Reference allele is: Major
P-values for top 5 SNPs
Position | JointP | 68_specificP | 1012_sepecificP | 24_specificP |
16657093 | 5.89299760316025e-09 | 0.374831195967207 | 0.496157190365185 | 0.669887179914158 |
16657094 | 5.89299760316025e-09 | 0.374831195967207 | 0.496157190365185 | 0.669887179914158 |
16656823 | 6.32101637030669e-09 | 0.375675241063908 | 0.39500993639123 | 0.697209261513708 |
16656170 | 1.49455487149647e-08 | 0.421711940001591 | 0.431287180845875 | 0.452276358696852 |
16655672 | 1.97573196447036e-08 | 0.376485443579271 | 0.323256936524106 | 0.725033748486201 |
Genotype info for top 5 SNPs
#CHROM | POS | ID | REF | ALT | QUAL | FILTER | INFO | FORMAT | DGRP-021 | DGRP-026 | DGRP-028 | DGRP-031 | DGRP-032 | DGRP-038 | DGRP-040 | DGRP-041 | DGRP-042 | DGRP-045 | DGRP-048 | DGRP-049 | DGRP-057 | DGRP-059 | DGRP-069 | DGRP-073 | DGRP-075 | DGRP-083 | DGRP-085 | DGRP-088 | DGRP-091 | DGRP-093 | DGRP-100 | DGRP-101 | DGRP-105 | DGRP-109 | DGRP-129 | DGRP-136 | DGRP-138 | DGRP-142 | DGRP-149 | DGRP-153 | DGRP-158 | DGRP-161 | DGRP-176 | DGRP-177 | DGRP-181 | DGRP-189 | DGRP-195 | DGRP-208 | DGRP-217 | DGRP-223 | DGRP-227 | DGRP-228 | DGRP-229 | DGRP-233 | DGRP-235 | DGRP-237 | DGRP-239 | DGRP-256 | DGRP-280 | DGRP-287 | DGRP-301 | DGRP-303 | DGRP-304 | DGRP-306 | DGRP-307 | DGRP-309 | DGRP-310 | DGRP-313 | DGRP-315 | DGRP-317 | DGRP-318 | DGRP-319 | DGRP-320 | DGRP-321 | DGRP-324 | DGRP-325 | DGRP-332 | DGRP-335 | DGRP-336 | DGRP-338 | DGRP-340 | DGRP-348 | DGRP-350 | DGRP-352 | DGRP-354 | DGRP-355 | DGRP-356 | DGRP-357 | DGRP-358 | DGRP-359 | DGRP-360 | DGRP-361 | DGRP-362 | DGRP-365 | DGRP-367 | DGRP-370 | DGRP-371 | DGRP-373 | DGRP-374 | DGRP-375 | DGRP-377 | DGRP-379 | DGRP-380 | DGRP-381 | DGRP-382 | DGRP-383 | DGRP-385 | DGRP-386 | DGRP-390 | DGRP-391 | DGRP-392 | DGRP-395 | DGRP-397 | DGRP-399 | DGRP-405 | DGRP-406 | DGRP-409 | DGRP-426 | DGRP-427 | DGRP-437 | DGRP-439 | DGRP-440 | DGRP-441 | DGRP-443 | DGRP-461 | DGRP-486 | DGRP-491 | DGRP-492 | DGRP-502 | DGRP-505 | DGRP-508 | DGRP-509 | DGRP-513 | DGRP-517 | DGRP-528 | DGRP-530 | DGRP-531 | DGRP-535 | DGRP-551 | DGRP-555 | DGRP-559 | DGRP-563 | DGRP-566 | DGRP-584 | DGRP-589 | DGRP-595 | DGRP-596 | DGRP-627 | DGRP-630 | DGRP-634 | DGRP-639 | DGRP-642 | DGRP-646 | DGRP-703 | DGRP-705 | DGRP-707 | DGRP-712 | DGRP-714 | DGRP-716 | DGRP-721 | DGRP-727 | DGRP-730 | DGRP-732 | DGRP-737 | DGRP-738 | DGRP-748 | DGRP-757 | DGRP-761 | DGRP-765 | DGRP-774 | DGRP-776 | DGRP-783 | DGRP-786 | DGRP-787 | DGRP-790 | DGRP-796 | DGRP-799 | DGRP-801 | DGRP-802 | DGRP-804 | DGRP-805 | DGRP-808 | DGRP-810 | DGRP-812 | DGRP-818 | DGRP-819 | DGRP-820 | DGRP-821 | DGRP-822 | DGRP-832 | DGRP-837 | DGRP-843 | DGRP-849 | DGRP-850 | DGRP-852 | DGRP-853 | DGRP-855 | DGRP-857 | DGRP-859 | DGRP-861 | DGRP-879 | DGRP-882 | DGRP-884 | DGRP-887 | DGRP-890 | DGRP-892 | DGRP-894 | DGRP-897 | DGRP-900 | DGRP-907 | DGRP-908 | DGRP-911 | DGRP-913 |
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| . | PASS | AC=3,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,3,5,1,1,1,4,2,28,3,31,1,6,1,5,1,1,1,7,19,3,1,1,1,1,1,1,2,3,1,5,1,2,1,1,1,1,1,1,8,1,2,1,1,1,4,26,1,1,2,1,2,1,2,1,1,1,13,25,2,1,3,1,1,8,1,2,2,2,1,1,2,1,1,2,2,1,20,1,3,3,1,3,5,1,1,1,1,4,2 | GT | 68/68 | 41/43 | 57/57 | 30/30 | 85/86 | 0/0 | 21/19 | 88/88 | 68/75 | 21/19 | 41/39 | 23/19 | 0/0 | 70/72 | 21/17 | 15/15 | 69/68 | 2/3 | 19/82 | 83/84 | 0/30 | 21/29 | 46/54 | 29/26 | 23/21 | 88/21 | 30/28 | 69/68 | 21/19 | 0/0 | 21/29 | 0/62 | 91/96 | 70/78 | 68/80 | 69/73 | 68/74 | 69/75 | 1/0 | 57/50 | 44/45 | 69/75 | 57/56 | 19/19 | 41/39 | 99/98 | 69/68 | 100/52 | 23/19 | 13/12 | 69/68 | 72/77 | 94/7 | 13/52 | 38/37 | 57/56 | 21/19 | 21/19 | 88/88 | 57/57 | 30/30 | 21/31 | 57/57 | 88/88 | 23/19 | 88/88 | 21/19 | 88/88 | 30/30 | 10/9 | 19/90 | 99/19 | 30/33 | 30/30 | 88/89 | 88/69 | 57/50 | 57/56 | 25/51 | 57/50 | 88/90 | 41/41 | 19/29 | 69/75 | 21/19 | 69/81 | 19/19 | 30/30 | 23/25 | 94/93 | 0/0 | 57/50 | 17/27 | 30/30 | 57/57 | 90/92 | 69/68 | 57/57 | 25/18 | 39/41 | 85/86 | 21/19 | 21/31 | 21/19 | 69/79 | 17/24 | 21/40 | 30/30 | 23/19 | 47/48 | 8/6 | 21/19 | 57/50 | 1/61 | 21/19 | 71/58 | 0/0 | 91/95 | 30/16 | 57/60 | 29/22 | 88/88 | 21/21 | 99/99 | 13/14 | 57/57 | 82/4 | 35/34 | 21/19 | 69/75 | 57/53 | 30/30 | 21/19 | 57/18 | 1/0 | 99/100 | 88/88 | 30/30 | 21/19 | 94/93 | 88/87 | 57/64 | 88/88 | 13/12 | 65/65 | 57/57 | 43/42 | 19/49 | 67/79 | 21/20 | 13/12 | 72/77 | 57/56 | 21/31 | 69/78 | 69/75 | 30/66 | 94/93 | 25/11 | 69/76 | 88/88 | 88/88 | 88/30 | 88/88 | 30/30 | 30/30 | 88/88 | 0/0 | 21/29 | 30/30 | 69/20 | 29/5 | 69/69 | 57/50 | 69/68 | 21/20 | 68/68 | 69/68 | 7/7 | 57/57 | 38/36 | 69/69 | 62/0 | 0/0 | 57/94 | 59/0 | 57/50 | 88/21 | 25/25 | 69/69 | 21/17 | 30/32 | 0/0 | 69/75 | 57/64 | 88/88 | 21/19 | 50/55 | 57/60 | 21/19 | 69/75 | 19/19 | 0/63 | 91/97 | 69/68 |
Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs
Chr | Position | Sequence | Motifs |
chr2L | 16657093 | AGTGGTGGTATTTTTTCAACTCAGTGAACGCAGCCCCACTGAAAACGTTTA | |
chr2L | 16657094 | GTGGTGGTATTTTTTCAACTCAGTGAACGCAGCCCCACTGAAAACGTTTAA | |
chr2L | 16656823 | AATGCTAACTGTTGTGAAACTTTCTGGGACCCTAAAATACTAGTGACTATA | |
chr2L | 16656170 | CTTTTGTTCTCCTTTTTTTTATTTCTGTTGTATTCGAGCAAAAACCGCAAA | Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768 |
chr2L | 16655672 | ACACACACTTGAGCGTACAGCGGCTAGACATGGGAAACTTTGCAGGGGGGT | |
chr2L | 16655672 | ACACACACTTGAGCGTACAGCGGCTAGACATGGGAAACTTTGCAGGGGGGT | NA |