Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
209188871.79562881801071e-160.4939583422471770.8210493561542280.955234393894308
209187201.06362804930128e-120.8670874522145020.3546238176768260.658317810961607
209294393.40810205973533e-120.08719454366156770.4624163414243610.855877489851998
209181223.83431867941858e-120.2919185725510240.1027136921999320.921893014361577
209182133.83431867941858e-120.2919185725510240.1027136921999320.921893014361577

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2L20918887.CGTTTC.PASSAC=21GT0/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/0
chr2L20918720.AT.PASSAC=1GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2L20918720.AGA,AA.PASSAC=24,36GT0/00/00/00/00/00/01/10/00/02/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/00/02/20/00/00/02/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/20/02/00/02/10/00/00/02/10/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/02/10/00/00/02/10/00/00/20/02/22/12/10/00/00/00/01/10/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/21/10/01/10/00/00/01/10/00/02/22/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/01/12/20/00/02/20/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/20/02/10/00/00/10/20/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/02/11/10/00/00/00/00/20/00/00/22/10/22/10/00/00/00/02/10/01/10/00/00/00/00/00/02/0
chr2L20929439.CA.PASSAC=31GT0/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/01/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/01/11/10/0
chr2L20918122.GT.PASSAC=37GT0/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/11/10/01/10/00/00/01/10/00/01/11/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/10/00/00/11/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/0
chr2L20918213.AT.PASSAC=38GT0/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/01/10/01/10/00/00/01/10/00/01/11/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/10/00/00/11/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/11/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2L20918887GTGGAGTGCACCTCTTTTATGCCGCGTTTGAAGAAGAAGCACAACGTAGTANA
chr2L20918720ACGAGCCTTCTAATTCCGACAAAAAGAAGAAGAGCACCATTCGGTGGCCTADmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172
chr2L20918720ACGAGCCTTCTAATTCCGACAAAAAGAAGAAGAGCACCATTCGGTGGCCTADmelanogaster-FlyFactorSurvey-eg_SANGER_5_FBgn0000560 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SOLEXA_5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2L20929439TGGGATTTATTTCGGGGAACTCGACTATAGCATTCTCTCTTGTTTGTATAC
chr2L20918122ATCACAATGCAGTTCACAAAAATAGTCACCATCTGTGCCCCTGGTTTTGGA
chr2L20918213GATCTCGTTTTTTATTTATTTATGATTCTTAATGCTTTCGTACGGAGTAGT