Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
100390153.3561157691691e-060.7822454933227550.2066732049785870.0551260051746493
100391443.83278725396083e-060.9559065523764490.3537790781144490.166334417063843
99577920.1215969173855550.08437164185309953.97220632753912e-050.101914433605099
99579170.0514057344340510.09648926900483355.63079572514985e-050.11153400520332
99713160.2192622446342140.05540412617566520.1151019519544370.000144569321248123

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R10039015.CT.PASSAC=35GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/11/01/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R10039144.CT.PASSAC=32GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/10/01/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R9957791.TTT.PASSAC=1GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R9957792.TTTT,TTTT,TTTTT,TTTTTTTTT.PASSAC=6,21,35,10GT0/03/30/30/00/00/00/02/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/00/03/40/00/00/00/00/03/00/00/00/00/00/00/03/20/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/03/00/00/02/00/00/02/01/00/20/42/02/22/30/30/00/00/00/00/01/20/30/30/00/00/00/00/32/00/00/00/00/00/00/03/00/00/00/00/00/00/03/40/02/03/30/00/00/00/00/00/00/00/31/10/00/00/01/11/10/01/33/40/00/30/30/00/43/30/00/00/30/00/00/00/02/20/33/20/00/00/00/40/00/02/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/00/00/00/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/22/00/00/00/03/40/00/30/02/02/00/00/00/03/00/30/00/00/00/40/00/00/00/02/20/00/30/00/00/40/00/00/00/00/00/00/00/03/42/23/00/00/00/00/0
chr2R9957917.AG.PASSAC=54GT0/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/11/10/11/11/11/11/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/11/01/10/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/01/11/10/01/11/10/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/01/10/01/11/10/00/00/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/01/10/00/01/10/01/10/01/11/00/10/00/01/10/00/00/00/00/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/0
chr2R9971316.TTT,TA.PASSAC=148,8GT1/10/01/11/00/01/10/01/11/01/10/01/11/10/01/11/11/11/11/11/01/01/11/01/01/10/01/11/01/00/00/01/00/01/11/01/00/00/01/10/00/00/01/11/11/01/11/11/01/11/11/11/01/01/01/11/01/11/10/00/00/01/01/11/01/11/11/11/01/00/11/01/11/01/21/00/01/11/10/00/11/00/00/00/00/01/11/11/11/01/00/01/01/00/01/01/00/00/00/01/00/01/00/00/00/00/11/01/11/01/11/11/01/01/00/00/01/11/10/01/11/10/01/10/00/00/11/21/20/01/11/21/01/00/11/11/00/01/11/11/00/10/00/01/11/10/11/00/00/01/10/01/10/01/11/01/01/00/01/01/11/11/21/01/11/11/11/11/00/01/01/01/11/11/01/11/10/01/11/01/01/11/11/11/21/21/21/01/00/00/11/11/10/01/10/01/00/01/11/11/10/00/00/00/01/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R10039015CTGGTCCAGAATTGAGCAGACCTTCTCGAAAACCATCTCCTGCATGGGCGT
chr2R10039144GCGCGCCACCCAATCTTGCTCATCCGAATTGTTGTTCTTTACGTATTTTGC
chr2R9957791ACGCCTTTTGTACTTGAGCTTTTTTTGGATGGAAGCAGAAATTTAATAAATDmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R9957792CGCCTTTTGTACTTGAGCTTTTTTTGGATGGAAGCAGAAATTTAATAAATGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R9957917GCCCAGGCGGCGTTCTTCATCCAGAAATTTTCCCGCCTTGCCGTTGGCAGGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-dl_FlyReg_FBgn0000462 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lola.PC_SANGER_5_FBgn0005630 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-NFAT_SANGER_5_FBgn0030505
chr2R9971316GCAACCGAAAACCAACATGAAATTTTAAATTTGCAAAAATAAAATAAAGCG