Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
124695888.91867027879927e-080.4777597463066930.02773914892804490.0264276031584621
125636986.23700864888307e-050.01669554355028970.256193871929160.513410920179477
124429510.1851335221065220.0001914480514185560.1654070612439960.0762386856962047
124427090.829265999281120.0002070851120587110.05805658722175110.248702107708438
124074190.0002582725667817150.8561364694052350.940627606095240.989661803038609

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R12469588.GGAA.PASSAC=21GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/01/1
chr2R12563698.GC.PASSAC=30GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/10/01/11/10/00/00/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/10/01/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/10/00/01/00/00/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/01/10/00/00/00/01/00/00/0
chr2R12442951.CT.PASSAC=53GT0/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/01/10/00/00/01/10/00/01/11/11/10/01/10/01/10/00/01/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/00/01/10/00/00/01/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/11/10/01/10/00/00/00/00/01/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R12442709.GA.PASSAC=31GT1/11/10/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/10/00/00/01/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/01/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/0
chr2R12407419.AT,TTTTTTT.PASSAC=26,3GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/10/00/00/10/00/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/10/00/00/00/10/10/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/10/00/00/10/10/10/00/00/00/01/20/00/00/0
chr2R12407419.AATTT,ATTTT,ATTTTTTT.PASSAC=5,19,5GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/20/20/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/20/00/00/00/00/00/11/00/00/00/00/00/00/10/20/00/30/00/00/20/00/00/30/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/20/00/00/02/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/30/20/20/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R12469588GAGCTCACGGCCTTGTACTTGAATGTAGCAACAGCGGCACAGTTCATAAGC
chr2R12563698CCGCGATTGTTTCGTGTTTTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGAGATGCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172
chr2R12442951TTGTAGTCGCCCCATGTCAATTTGCTCGGAGCCCGAGAAGCGCTGGACCGA
chr2R12442709GAGAAACGCTGGCGATATTGTTGTGCTCACTGTTAAGCATTATCGCGCAGC
chr2R12407419TTTATATTTCCTTCTTCTGGGTTTATTTTTTTTTTTGTATTTTTAGAGCCADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SANGER_2.5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_SANGER_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R12407419TTTATATTTCCTTCTTCTGGGTTTATTTTTTTTTTTGTATTTTTAGAGCCADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172