Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
146842662.72566015042723e-100.02251856202805220.5231502309356240.436116478743345
146841513.90198506427822e-100.0148798241085010.5053048432886310.409255044365656
146841583.90198506427822e-100.0148798241085010.5053048432886310.409255044365656
146843352.94792084114384e-080.03589829562135770.5757361240723630.285485287568848
146842427.30950699819294e-080.5162893771226380.4085696314275560.796997740273587

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R14684266.GGC.PASSAC=27GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/0
chr2R14684151.GA.PASSAC=26GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/0
chr2R14684158.AT.PASSAC=25GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/0
chr2R14684335.TA,AAAAAAAAAAAAAAAAT,AAAAAAAAT,AAAAAAT,AAAAAT.PASSAC=1,10,122,50,6GT3/00/33/03/00/33/04/33/40/00/00/14/04/30/00/00/00/00/30/03/04/30/30/30/03/04/03/44/03/00/30/04/03/00/00/30/03/00/00/00/30/00/34/43/30/30/00/33/30/00/03/00/40/00/30/34/00/03/03/03/00/30/00/00/30/30/33/00/34/30/30/03/30/23/04/53/00/33/43/03/04/04/30/30/00/30/30/34/00/00/30/00/30/30/03/00/24/30/44/30/00/30/34/34/30/00/30/30/30/30/34/30/34/04/34/30/04/34/00/00/20/20/30/03/00/33/20/40/30/00/30/03/05/43/03/00/30/03/04/34/30/40/30/03/00/04/04/40/30/40/30/04/00/40/40/05/43/20/30/30/00/00/30/00/34/40/30/30/30/00/30/33/44/30/30/35/30/44/04/30/33/23/23/03/00/30/30/30/30/00/33/03/33/00/03/00/03/30/00/30/20/05/45/40/40/2
chr2R14684335.TTAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAACA,TAAACAAAAAT.PASSAC=3,4,28GT0/00/00/00/00/00/00/00/03/30/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/01/03/00/00/00/00/03/30/02/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/03/00/00/00/00/00/00/00/00/03/33/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/00/00/30/00/00/00/01/10/00/00/03/30/00/00/00/03/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/03/00/00/00/00/00/03/30/00/00/03/00/03/00/00/00/00/00/03/00/00/00/03/03/00/00/00/00/00/03/03/30/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/20/00/00/03/30/03/30/00/30/00/03/00/00/00/00/0
chr2R14684242.ACC,G,GC,TC.PASSAC=66,1,3,108GT4/41/14/44/44/41/14/41/10/01/10/04/44/40/04/44/44/44/41/11/14/41/11/00/01/14/41/14/44/40/40/04/44/44/44/40/04/43/31/11/10/04/44/44/44/41/14/44/40/01/14/44/40/04/44/44/41/14/41/11/11/40/02/21/04/41/14/44/04/44/41/44/41/14/44/44/41/11/14/41/14/44/41/00/01/04/41/14/40/04/40/01/14/44/44/40/04/44/44/40/01/04/44/44/40/01/14/44/44/11/44/41/14/44/44/40/01/14/43/34/41/11/00/01/11/14/44/41/04/44/40/04/44/44/41/11/10/04/44/41/00/01/00/04/41/14/44/41/10/01/14/44/40/00/01/14/41/11/01/10/00/01/01/14/44/44/41/14/40/04/41/04/44/41/11/14/44/44/44/41/44/44/04/44/41/01/04/41/03/34/01/11/14/40/01/10/01/10/01/14/40/04/44/44/44/4

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R14684266ACTGCAGTTTAAAACTTGTATATTGTTAAACAAAATGTTCATAACAAGCAT
chr2R14684151GCGTCTAAACATAACACAGCTGATGACAACAACAAGTGCCAGCTGCTGCCCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-HLH4C_SANGER_5_FBgn0011277
chr2R14684158AACATAACACAGCTGATGACAACAACAAGTGCCAGCTGCTGCCCACTTAGADmelanogaster-FlyFactorSurvey-Aef1_FlyReg_FBgn0005694 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Aef1_SANGER_5_FBgn0005694 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG12605_SANGER_10_FBgn0035481 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG4360_F1.3_SANGER_2.5_FBgn0038787
chr2R14684335TTATTATTACTATTATTATTAAAATCAATAAGATACTAACATAACCAAAAC
chr2R14684335TTATTATTACTATTATTATTAAAATCAATAAGATACTAACATAACCAAAACDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SANGER_2.5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SOLEXA_5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jigr1_SANGER_5_FBgn0039350 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_SANGER_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R14684242AAGTGCAACGATAGATTAGGGTGGACTGCAGTTTAAAACTTGTATATTGTT