Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
182603491.53295042803704e-070.7601863160627890.1927934033400250.487626812819649
182605318.38584796425095e-070.7992128760706150.2350964916412760.334650052591919
182593053.02221691531708e-060.9503980299701860.5379783279910030.75331058107023
182606283.08810907124479e-060.1838165086382170.1276590489838350.0780569131427746
182594313.36699644791914e-060.9511288543290940.3424650356612430.550158036278961

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R18260349.TTGATTTCTA,GT,TA.PASSAC=1,36,2GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/22/20/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/22/20/00/00/02/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/02/22/20/00/00/00/00/02/22/20/30/00/00/00/00/20/02/20/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/30/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/22/22/20/00/02/20/02/22/20/00/00/00/00/00/00/00/20/02/00/02/20/02/20/02/00/00/22/20/02/20/02/20/00/00/00/00/00/02/22/22/00/0
chr2R18260531.CA.PASSAC=36GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/10/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/10/01/10/01/10/01/10/01/00/00/11/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/11/01/10/0
chr2R18259305.GA.PASSAC=59GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/11/10/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/11/11/11/10/10/00/01/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/01/10/01/11/10/01/10/00/00/00/00/01/11/11/10/01/10/01/10/01/01/11/01/10/01/10/01/10/00/01/11/10/00/01/11/01/11/1
chr2R18260628.AGA.PASSAC=26GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/10/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/01/10/01/00/00/00/00/00/00/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/01/11/11/10/0
chr2R18259431.CT.PASSAC=59GT0/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/11/11/11/10/00/00/01/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/11/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/01/10/01/11/10/01/10/00/00/00/00/01/11/11/10/01/10/01/10/00/11/11/11/10/01/10/01/10/00/00/01/10/00/01/11/01/11/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R18260349TATTGGATTTTTCCTCTTGTTTTCTTTTTTCGTGAGATTTTCGCACCACAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-foxo_SANGER_10_FBgn0038197 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339
chr2R18260531CCAAAGCACTACACTACTACACTACACTATGCTGCGATGGACCGTTATTGG
chr2R18259305AAATCAAAATGGTTTCCGAGGGAAGAACTAATCATGTTCGACTTAAGCGGA
chr2R18260628TTGAACTGGCGAAAAAGAAAAAAAAGCACTCAAATTCACCAGCGAACTTTGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SANGER_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SANGER_2.5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R18259431TTTCAAAATTAAAATTCACAGCTTCCAAATCAAATTACTCGCCAAAACTCA