Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
199705495.61532166217895e-060.9182700242636160.4084355743354390.19177825136117
198993886.73140185636256e-060.8497847972102820.9015715014123310.843906782934644
198993820.0001055529446275860.6253406584295080.5292732036974560.840291614005305
198993780.0001125146251137180.4524871601703940.6226706747712930.92122621465098
199375890.9703483572492090.07610974651324510.0001440558599758110.118311006469588

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R19970549.GC.PASSAC=51GT0/00/01/10/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/10/01/10/00/01/10/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/11/10/01/10/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/11/10/11/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/11/10/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/10/00/00/00/00/01/10/01/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R19899383.GGGGGGG,GGGTGG,GGGTTG,GTGGGG,GTGTGG.PASSAC=69,2,3,1,1GT0/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/13/31/00/00/00/00/00/10/01/00/10/00/01/00/00/01/00/00/01/10/01/10/00/00/01/10/00/00/00/10/00/01/00/00/00/11/10/00/01/00/00/00/10/01/10/00/01/01/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/20/00/00/01/00/00/01/00/01/10/01/00/10/00/01/10/10/00/03/31/10/10/00/00/00/10/01/10/00/00/21/00/00/00/00/00/11/00/00/01/00/00/00/00/00/01/00/11/01/40/00/00/01/00/01/00/03/30/10/01/10/00/11/00/01/00/10/01/10/00/01/01/00/01/00/00/00/00/11/01/10/11/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/01/00/00/00/01/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/50/00/01/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/11/10/00/01/0
chr2R19899388.GGGGGG,GG,GGGGGGGTTGG,GGGTTGG,GGTGG,GTGGG,GTTGG.PASSAC=1,4,4,27,2,2,8GT7/74/40/00/00/04/50/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/04/60/00/04/70/04/40/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/04/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/04/00/00/00/00/00/00/00/04/70/00/00/00/00/00/00/04/04/44/30/00/04/70/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/04/40/00/00/00/00/00/00/04/70/00/00/00/00/00/00/00/00/00/04/70/03/32/20/00/00/00/00/00/04/40/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/04/40/00/00/00/00/00/04/00/00/00/00/00/00/00/00/40/00/04/44/30/00/04/40/04/50/00/00/00/00/00/00/00/00/64/70/00/00/00/00/00/04/40/00/00/04/70/00/04/40/00/0
chr2R19899382.GT.PASSAC=28GT0/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/01/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/01/01/10/00/01/10/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/01/10/00/0
chr2R19899378.GT.PASSAC=26GT0/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/01/10/00/0
chr2R19937589.CA.PASSAC=23GT0/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R19970549AGCTTTTCACCTGCCGAGTTTTACGAATATGCTGCGCTACCTGCTCATTCTDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG12768_SANGER_5_FBgn0037206
chr2R19899383CAGGATTTCACTGAATGGTGTGGGGGGGGGGGGGTGCGTTATCCGCATTTANA
chr2R19899388TTTCACTGAATGGTGTGGGGGGGGGGGGGTGCGTTATCCGCATTTATCTCANA
chr2R19899382CCAGGATTTCACTGAATGGTGTGGGGGGGGGGGGGTGCGTTATCCGCATTTDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SANGER_5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SOLEXA_2.5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-crol_F7.16_SANGER_5_FBgn0020309 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-klu_SOLEXA_5_FBgn0013469 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-l(3)neo38_SANGER_2.5_FBgn0086910 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-l(3)neo38_SOLEXA_2.5_FBgn0086910 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lmd_SANGER_5_FBgn0039039 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lmd_SOLEXA_5_FBgn0039039 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lola.PD_SANGER_5_FBgn0005630 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Opa_SANGER_5_FBgn0003002 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sr_SANGER_5_FBgn0003499 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sr_SOLEXA_5_FBgn0003499 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sug_SOLEXA_5_FBgn0033782
chr2R19899378GTGGCCAGGATTTCACTGAATGGTGTGGGGGGGGGGGGGTGCGTTATCCGCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SANGER_5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SOLEXA_2.5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-klu_SOLEXA_5_FBgn0013469 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lmd_SANGER_5_FBgn0039039 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lmd_SOLEXA_5_FBgn0039039 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lola.PD_SANGER_5_FBgn0005630 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sr_SANGER_5_FBgn0003499 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sr_SOLEXA_5_FBgn0003499 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sug_SOLEXA_5_FBgn0033782
chr2R19937589CATTAAGAACTATCAGGTGTCCGCCCGGCGGGAATGCGATCTCCTCTGCTC