Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
66971831.15633727788893e-090.3596846590762890.02346305013093160.331338591898857
66956906.38958007960855e-080.2708243325955210.03364502926245280.563003466380096
66905601.2141711065555e-060.05716961932427670.0310124352591380.338678481601028
66920241.2141711065555e-060.05716961932427670.0310124352591380.338678481601028
67178954.62172422579423e-060.1465248204880190.1660289485203670.557021517467282

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr2R6697183.GC.PASSAC=12GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R6695690.CT.PASSAC=20GT0/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/0
chr2R6690560.AT.PASSAC=10GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R6692024.GA.PASSAC=11GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R6717895.GA,T.PASSAC=2,11GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/22/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/02/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/00/00/00/00/12/22/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/20/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr2R6717895.GGAG,GA,GAA.PASSAC=10,24,21GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/30/00/00/00/00/00/03/00/00/00/00/02/20/00/00/03/02/20/00/03/02/20/00/01/10/00/00/00/01/00/02/11/12/00/00/00/00/02/22/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/30/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/30/00/00/00/00/00/03/20/00/03/00/00/00/00/00/00/00/00/33/30/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/30/00/00/00/00/00/00/00/00/20/02/30/00/00/00/33/20/02/00/00/00/00/00/00/00/03/20/00/20/01/10/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/30/00/01/10/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/01/20/02/21/10/00/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/30/00/03/20/00/03/20/30/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr2R6697183CCTGATGGCTGCTTTGTTGAACTAGTTCCAGTTCCGGAGCTAGTGAACCAA
chr2R6695690GACTAAACCCCGAAAAACCTAAAACGAGCAGGTTGCAAGCAGAAGCAAAAG
chr2R6690560CAGCTGCATACGTATTTCTGCGAAATCACTTTTAACCATCATCGCCTCGAC
chr2R6692024TGGGATAGACTCTTTCGACTTTTCGGTTACTTCGTCTCCAACTAACATGGG
chr2R6717895ATGTTGACAATGGCAGCCCAAAATGGAAAAAAAAAACCAAATTGCCAACGGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr2R6717895ATGTTGACAATGGCAGCCCAAAATGGAAAAAAAAAACCAAATTGCCAACGGNA