Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
165803881.97869681707703e-080.7953895236074120.5922013971111410.941045076370753
164990370.6315708466992313.89709358490143e-050.104086889293540.015476013242302
165325849.16588911020293e-050.7986364686478160.6899389631459810.633989165694387
165475400.0001039565898021350.1683565106111990.190227147989860.84277135225503
165416790.00012474900765210.7048137745651650.3804297865380930.796533669694241

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr3L16580388.TGGTCACTCGAAAATCGTCACTATGATGTGAAGTATGATTATTCGGCCCGAATTCCTGAAACTACTCACAAAAATTAAGAAATGCTTTCCAAATTT,TGGTCACTCGAAAATCGTCACTATGATGTGAAGCATGATTATTCGGCCCGAATTCCTGAAACTACTCACAAAAATTAAGAAATGCTTTCCAAATT,TGGTCACTCGAAAATCGTCACTATGATGTGAAGTATGATTATTCGGCCCGAATTCCTGAAACTACTCACAAAAATTAAAAAATGCTTTCCAAATT,TGGTCACTCGAAAATCGTCACTATGATGTGAAGTATTATTCGGCCCGAATTCCTGAAACTACTCACAAAAATTAAGAAATGCTTTCCAAATT.PASSAC=2,1,11,1GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/02/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/03/30/00/00/04/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/33/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/30/03/30/00/03/30/00/00/03/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3L16499037.TC.PASSAC=24GT1/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3L16532584.GA,TTTTG.PASSAC=2,18GT0/00/00/00/10/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/22/20/00/00/00/00/00/00/22/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/00/00/00/00/02/22/20/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/0
chr3L16547538.TTTT,TTG.PASSAC=71,2GT0/00/00/00/10/01/10/00/00/00/00/10/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/01/01/11/11/11/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/11/00/00/01/01/01/10/00/00/01/00/01/20/00/01/01/11/00/00/01/00/01/00/11/01/00/00/00/01/00/00/01/00/01/01/10/01/01/01/00/00/00/01/00/00/00/00/01/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/11/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/10/11/00/01/11/10/01/00/00/00/11/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/01/01/00/01/00/00/01/11/10/01/00/01/00/01/21/00/00/00/01/00/00/1
chr3L16547540.TTT.PASSAC=53GT0/01/10/00/10/00/00/01/10/00/11/00/01/10/10/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/01/10/00/00/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/01/00/00/10/00/00/00/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/10/00/00/00/00/01/10/00/00/10/00/00/00/10/00/10/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/11/00/11/10/00/01/00/00/00/01/10/10/01/10/00/00/11/10/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/11/00/10/01/11/00/10/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/10/00/00/0
chr3L16541679.TG.PASSAC=36GT0/00/00/01/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/11/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/10/00/00/00/00/00/01/10/00/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr3L16580388AACTATTTACTAAATAATTTAAGCTGGTCACTCGAAAATCGTCACTATGATNA
chr3L16499037ACTCCAAGCGCTGCTCCTTCTGCATGTGAACATTTGGAGCAGATTTCACAGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-Mitf_SANGER_5_FBgn0263112
chr3L16532584CGCTTTCAGCTGCACGCGACTTTTGTTTTTGTTTGTTTTTCGCAATGGAAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG4360_F1.3_SANGER_2.5_FBgn0038787 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Hr51_SANGER_5_FBgn0034012 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_SANGER_2.5_FBgn0027339
chr3L16547538CTTGACGGTGGAAGAACCCTTTTTTTTTGCAAACCTGCCGCTTTTTTCCCTNA
chr3L16547540TGACGGTGGAAGAACCCTTTTTTTTTGCAAACCTGCCGCTTTTTTCCCTTCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr3L16541679TTTCGCATAATAAAATCAGTTGGATCCGGTTGCCTGTCGTCTTAGCTCTGCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-Ets98B_SANGER_10_FBgn0005659