Reference allele is: Minor

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
161542061.27748945545395e-110.554993282472720.7530024792371240.0807288901960944
161449559.36821777800219e-080.2232662261353850.02028485808468930.650180311643951
161529299.45992170439922e-080.2719143732055960.004511353480731120.219542157367194
161448909.48837773860484e-080.6181369920578110.07362407065404980.452573357093733
161495141.02567043111555e-070.2320339674552220.004532730827530330.158889516565877

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr3R16154206.GCGGCGTG,CGGCGTTTTTTTTTTTT,CGGCGTTTTTTTTTTTTT,CTGCGTG.PASSAC=110,15,39,1GT1/11/11/10/11/00/33/10/00/01/10/10/01/11/10/11/13/13/30/11/11/13/24/03/03/23/20/00/01/11/10/03/03/01/13/00/00/01/00/30/00/00/00/00/03/20/00/11/11/13/30/00/00/00/33/22/30/00/11/11/10/01/10/00/21/11/11/11/10/11/20/03/31/11/01/11/11/10/03/31/01/10/00/00/01/00/01/11/10/01/01/11/00/31/11/13/21/03/33/20/00/11/10/00/31/30/01/10/01/00/01/11/01/01/01/10/00/10/00/00/01/11/01/11/11/11/10/20/01/10/00/11/11/31/11/31/01/13/20/01/00/10/30/10/01/10/10/21/11/11/10/00/00/00/01/01/11/01/00/03/10/00/01/10/01/10/01/00/31/11/00/11/10/00/31/10/01/11/11/00/01/11/10/00/23/00/30/03/01/30/01/11/03/30/01/11/11/13/20/03/10/01/01/10/01/0
chr3R16154206.GGGCGTTTTTTTTTTTT.PASSAC=5GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/0
chr3R16144955.AC.PASSAC=13GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R16152929.GT.PASSAC=12GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R16144890.GA.PASSAC=17GT0/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R16149514.TTC.PASSAC=15GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr3R16154206ACCTATCGATAGTTGTCAGAACTTGTTTTGCTTTTTACGTTAAAACAAAAC
chr3R16154206ACCTATCGATAGTTGTCAGAACTTGTTTTGCTTTTTACGTTAAAACAAAACDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SANGER_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SOLEXA_5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-JASPAR_CORE-br_Z1-MA0010.1
chr3R16144955AAATAGTAAGAAATACTCGTATGCATGGGTTCCCGAACATGCCACGTGTCA
chr3R16152929AGAAATGGGCGTGTGGCTGCCCCCGCCTCCTCCGCCACTGTTCGCTGTTGTDmelanogaster-FlyFactorSurvey-btd_NAR_FBgn0000233 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG5669_SOLEXA_5_FBgn0039169 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SOLEXA_2.5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-crol_F7.16_SANGER_5_FBgn0020309 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-klu_SOLEXA_5_FBgn0013469 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-l(3)neo38_SOLEXA_2.5_FBgn0086910 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Sp1_SOLEXA_2.5_FBgn0020378 , Dmelanogaster-JASPAR_CORE-btd-MA0443.1
chr3R16144890AGATAAGAGTTGCTACGCTTCGTTGTTGTCTAATTTAGTTATAATCGATTG
chr3R16149514GACAAAGTCCATATGCAAATCTCTTCCCTTTTAGCCTTGGGCATTCCTTTCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-pad_SANGER_5_FBgn0038418 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-pad_SOLEXA_5_FBgn0038418