Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
199720899.76040194297334e-070.05694686808272320.3691172151678830.0154912430628839
199649594.6057606453079e-050.5594138715885720.01305080455108430.0828213066013842
199043477.31508475039637e-050.07814965670627940.6879245542007920.449127722203834
198983710.0001349980604075720.6499239235369520.02340894210639610.10024484617525
199007540.0002230897723834770.6399257880132310.811461246966090.550275256020163

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr3R19972089.CA.PASSAC=11GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/0
chr3R19964959.GT,TAG.PASSAC=3,19GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/12/20/00/00/00/00/12/20/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/20/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/20/00/00/20/00/00/00/20/02/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/0
chr3R19904347.GA,C,CAAAAAAAA.PASSAC=16,4,1GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/10/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/02/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/30/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/10/1
chr3R19904347.GAG.PASSAC=4GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R19898371.AGATATGGCGAAGTGAAACG.PASSAC=40GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/01/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/01/10/00/00/00/01/01/11/10/00/01/00/00/00/00/00/00/01/00/00/01/00/00/00/00/00/01/00/01/10/00/00/01/01/10/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/01/00/00/01/10/01/00/00/00/01/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/0
chr3R19900754.GA.PASSAC=86GT0/01/10/01/10/01/10/00/01/11/11/10/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/01/01/10/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/01/11/10/01/10/00/01/10/00/00/00/00/11/11/00/01/10/01/11/11/11/11/10/00/00/00/01/01/10/00/01/11/11/10/00/00/00/00/01/10/01/11/00/01/10/00/00/01/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/01/11/10/01/11/01/10/01/10/00/00/00/00/00/10/00/01/10/01/10/00/01/10/00/01/10/00/01/11/10/00/00/01/11/11/00/01/10/00/00/00/11/10/00/01/11/10/00/00/00/00/00/01/10/00/10/00/00/00/01/10/01/11/11/11/11/10/01/10/01/11/11/10/00/00/00/01/10/01/10/00/00/01/11/10/00/01/11/00/00/01/10/01/10/01/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr3R19972089TCCGCACGTTATGATAATTTCAGACACACCAGTTCGAAATCAAGGAACTGCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-lola.PQ_SANGER_5_FBgn0005630
chr3R19964959ATGGACTGTGCACAGTAAATACATGATTTATGTTCTAGATTTGAGGAACTGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG4404_SANGER_5_FBgn0030432
chr3R19904347GCAAATAGCTGGTATGAACAAGAAGAAAAAAATAACAAAAAATCGATGCCTDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SANGER_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_SANGER_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr3R19904347GCAAATAGCTGGTATGAACAAGAAGAAAAAAATAACAAAAAATCGATGCCTDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SANGER_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172
chr3R19898371GATACTGGCTAGGTTTAAGGTAAGAGATATGGCGAAGTGAAACATTGTAATNA
chr3R19900754CAACAACAACAACAACAGGGTGGTGGCAGCCAAATGAGCATGCACAACAAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-luna_SANGER_5_FBgn0040765