Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
472629.12360410010571e-060.2144258244055720.8585676275598110.387266542907288
232160.9402771288211350.0007352840610907940.1490083469804520.0642376454306643
1124460.001044762721099940.9104288741878190.5469471404814930.41229084560643
716730.002657294857057640.8397047567381880.1498993032933260.518909925661157
675090.00432050543374860.1205556615530850.320037545806860.681026835076817

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr3R47262.TG.PASSAC=30GT0/00/00/00/10/00/10/10/00/10/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/01/10/01/10/10/10/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/01/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/0
chr3R23216.GT.PASSAC=12GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R112445.AAA.PASSAC=8GT0/00/00/00/10/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R112446.AAA.PASSAC=17GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R71673.TTT.PASSAC=62GT1/10/00/00/00/10/00/00/10/00/10/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/01/10/01/10/01/00/00/00/00/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/10/10/00/00/10/00/01/01/11/11/00/01/10/11/10/01/00/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/01/00/00/00/00/00/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/10/01/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/10/01/10/10/00/00/00/00/00/10/10/00/00/00/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/10/10/00/00/00/00/00/00/10/01/11/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/00/00/00/10/00/11/10/10/00/00/00/00/00/00/0
chr3R67509.GA.PASSAC=22GT0/01/10/01/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/01/10/01/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr3R47262CCATGGCACATTAAACCGATCGGGTTTTTTTTTAACAAGTTCTTATATAAGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr3R23216GATTAGTTTGTGGCCTTTATGTTTGCAGCGGCCAATGTGATAAGGTGGAAG
chr3R112445AGAAATTTGAAAAAAGTGAAAAAAAACTCGACTAGATCAAAAGTAAAAAAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SANGER_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr3R112446GAAATTTGAAAAAAGTGAAAAAAAACTCGACTAGATCAAAAGTAAAAAAATDmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_NAR_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chr3R71673TCAAAATTGTAAATAACATATTTTTAATTTTTTCCTGCCAATTTCGATGGG
chr3R67509CTTCTCCAGCTTAAGTAGGGCTATGTCGTCATAGTACATCTTTTTTTTGTADmelanogaster-FlyFactorSurvey-Atf.2_SANGER_5_FBgn0050420