Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
119119833.69147115349366e-120.6108332300973870.2154506642759670.778536964131565
118763800.0002590570312701360.8152663691886510.9022262505540340.417927504103795
119156780.0004579437497247130.6247506022334630.3527071948116780.86472627067396
118602000.0004969506359717630.1936795548286780.5415827375614630.231430122111951
119116130.0005634747302570350.7771473481544210.4479662378782620.309592587477995

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chrX11911983.TC.PASSAC=54GT1/11/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/11/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/01/11/10/01/01/11/10/00/00/00/01/10/01/10/01/11/10/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/01/10/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/01/10/01/11/11/10/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/0
chrX11876380.TA.PASSAC=20GT0/00/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/01/11/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/01/10/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX11876380.TTT.PASSAC=9GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX11915678.CT.PASSAC=20GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX11860200.CT.PASSAC=12GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/0
chrX11911613.TC.PASSAC=121GT1/11/11/11/11/11/11/11/11/11/10/00/01/11/10/01/11/11/11/11/10/01/11/10/01/11/11/11/11/11/11/11/11/11/11/11/11/11/11/10/01/10/00/01/10/01/10/01/10/01/10/00/01/10/00/00/01/10/00/01/10/00/00/01/11/11/10/01/10/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/01/11/11/10/01/11/11/11/11/11/11/11/10/01/11/11/11/11/11/11/11/11/10/01/11/11/11/00/01/11/11/11/11/10/01/11/10/01/11/10/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/01/00/01/10/00/01/11/10/00/00/00/01/11/10/00/01/11/10/00/01/10/01/11/10/01/11/10/01/10/01/11/11/10/00/01/11/10/01/10/01/10/01/11/10/00/00/01/11/10/01/11/11/11/10/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chrX11911983GAGCTGGGCTCACAAGTGGAGCTGTGAAACTATCGATGTTACAATCGAGGCDmelanogaster-JASPAR_2014-BEAF-32-MA0529.1
chrX11876380AGTTGTCTGAAATTTTTTTTTTTTTTATGTTGACGATGTCTTTCGGAACGADmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SANGER_2.5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jigr1_SANGER_5_FBgn0039350 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SANGER_5_FBgn0010768 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chrX11876380AGTTGTCTGAAATTTTTTTTTTTTTTATGTTGACGATGTCTTTCGGAACGA
chrX11915678GCCAATGGCGCCATCGCCAGCCATCTGCAATTGATACCGAAGAAGGCGCCCDmelanogaster-FlyFactorSurvey-Hand_da_SANGER_5_FBgn0000413 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Hand_da_SANGER_5_FBgn0032209
chrX11860200GTTGAACGTCCCTCGGTTGCAACGCAAGTATCGGTCTTTGTTTTTCACTTC
chrX11911613CTGGAACTGGTGTACACGGATCTTTTGCGGCACGATCTGCAGCAGAAACTC