Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
55308024.18995836395962e-070.8542272566991760.7940585106941410.818561567682314
55307092.64660619932885e-060.9811908301694010.6068019714396440.608102689285611
55795880.6173350498573821.29429199820606e-050.328968694324370.0094595186301695
54743290.9391743656190746.25145698131973e-050.01226806197201620.177788752420222
55442330.0718709726292220.000141889275436150.7735379227447850.00443384314037734

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chrX5530802.TC.PASSAC=54GT0/00/01/10/01/10/00/00/01/11/10/01/10/00/01/10/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/01/10/01/11/10/00/01/11/10/01/11/11/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/01/10/01/10/00/01/11/10/00/0
chrX5530709.CG.PASSAC=63GT1/10/01/10/01/10/00/00/01/11/10/01/10/00/01/10/00/00/00/00/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/01/10/01/11/10/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/11/10/01/11/11/11/10/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/01/11/10/00/00/01/11/10/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/11/11/10/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/01/10/01/10/00/01/11/10/00/0
chrX5579588.AAAA.PASSAC=19GT0/00/00/00/01/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/01/10/01/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX5474329.TC,G.PASSAC=3,15GT2/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/02/20/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/02/20/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/02/22/20/00/00/0
chrX5544233.TG.PASSAC=28GT0/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/10/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/01/11/00/01/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX5544233.TTCGGGGG.PASSAC=6GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chrX5530802GTCCCGCTCTCTTATTCTTGGGAGTCTTGTGGAACGCATTTGAAATGCATT
chrX5530709CATCCCTATATATAAATGTATCTGCCACTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCTCT
chrX5579588CTAAGGTCTTTGGCTAAAACAAAAAAAACCACAAAATGGCTGGCGAGTGTCNA
chrX5474329TCATAACTTGACTAAAAGTGATCATAAAAATGAAAGAATAACTGTTTTGAGDmelanogaster-JASPAR_2014-CAD-MA0216.2
chrX5544233TTGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGGTTTATGCCATAGTTTGTCTCGCTCTAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SANGER_5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-lola.PD_SANGER_5_FBgn0005630 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Rel_SANGER_5_FBgn0014018
chrX5544233TTGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGGTTTATGCCATAGTTTGTCTCGCTCTAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG7368_SANGER_5_FBgn0036179 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Rel_SANGER_5_FBgn0014018