Reference allele is: Minor

P-values for top 5 SNPs

Position	JointP	68_specificP	1012_sepecificP	24_specificP
9144486	5.63519682524231e-10	0.402218106984079	0.769742648748651	0.214118152255361
9144484	2.85604967262562e-09	0.71642685405773	0.564947175404645	0.217163252803468
9143251	1.65085902958611e-06	0.149134114050267	0.684337614170171	0.0292791113704708
9156450	2.27734559356873e-06	0.357156843269078	0.326869900812569	0.695536514142828
9141984	4.99914010472986e-05	0.0903873649753792	0.633582747427299	0.0661804642213416

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	DGRP-021	DGRP-026	DGRP-028	DGRP-031	DGRP-032	DGRP-038	DGRP-040	DGRP-041	DGRP-042	DGRP-045	DGRP-048	DGRP-049	DGRP-057	DGRP-059	DGRP-069	DGRP-073	DGRP-075	DGRP-083	DGRP-085	DGRP-088	DGRP-091	DGRP-093	DGRP-100	DGRP-101	DGRP-105	DGRP-109	DGRP-129	DGRP-136	DGRP-138	DGRP-142	DGRP-149	DGRP-153	DGRP-158	DGRP-161	DGRP-176	DGRP-177	DGRP-181	DGRP-189	DGRP-195	DGRP-208	DGRP-217	DGRP-223	DGRP-227	DGRP-228	DGRP-229	DGRP-233	DGRP-235	DGRP-237	DGRP-239	DGRP-256	DGRP-280	DGRP-287	DGRP-301	DGRP-303	DGRP-304	DGRP-306	DGRP-307	DGRP-309	DGRP-310	DGRP-313	DGRP-315	DGRP-317	DGRP-318	DGRP-319	DGRP-320	DGRP-321	DGRP-324	DGRP-325	DGRP-332	DGRP-335	DGRP-336	DGRP-338	DGRP-340	DGRP-348	DGRP-350	DGRP-352	DGRP-354	DGRP-355	DGRP-356	DGRP-357	DGRP-358	DGRP-359	DGRP-360	DGRP-361	DGRP-362	DGRP-365	DGRP-367	DGRP-370	DGRP-371	DGRP-373	DGRP-374	DGRP-375	DGRP-377	DGRP-379	DGRP-380	DGRP-381	DGRP-382	DGRP-383	DGRP-385	DGRP-386	DGRP-390	DGRP-391	DGRP-392	DGRP-395	DGRP-397	DGRP-399	DGRP-405	DGRP-406	DGRP-409	DGRP-426	DGRP-427	DGRP-437	DGRP-439	DGRP-440	DGRP-441	DGRP-443	DGRP-461	DGRP-486	DGRP-491	DGRP-492	DGRP-502	DGRP-505	DGRP-508	DGRP-509	DGRP-513	DGRP-517	DGRP-528	DGRP-530	DGRP-531	DGRP-535	DGRP-551	DGRP-555	DGRP-559	DGRP-563	DGRP-566	DGRP-584	DGRP-589	DGRP-595	DGRP-596	DGRP-627	DGRP-630	DGRP-634	DGRP-639	DGRP-642	DGRP-646	DGRP-703	DGRP-705	DGRP-707	DGRP-712	DGRP-714	DGRP-716	DGRP-721	DGRP-727	DGRP-730	DGRP-732	DGRP-737	DGRP-738	DGRP-748	DGRP-757	DGRP-761	DGRP-765	DGRP-774	DGRP-776	DGRP-783	DGRP-786	DGRP-787	DGRP-790	DGRP-796	DGRP-799	DGRP-801	DGRP-802	DGRP-804	DGRP-805	DGRP-808	DGRP-810	DGRP-812	DGRP-818	DGRP-819	DGRP-820	DGRP-821	DGRP-822	DGRP-832	DGRP-837	DGRP-843	DGRP-849	DGRP-850	DGRP-852	DGRP-853	DGRP-855	DGRP-857	DGRP-859	DGRP-861	DGRP-879	DGRP-882	DGRP-884	DGRP-887	DGRP-890	DGRP-892	DGRP-894	DGRP-897	DGRP-900	DGRP-907	DGRP-908	DGRP-911	DGRP-913
chrX	9144486	.	G	CGAT,T	.	PASS	AC=1,165	GT	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	1/0	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/0	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	0/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/0	2/2	2/2	0/0	2/0	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/0	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2
chrX	9144484	.	C	A,AGCG	.	PASS	AC=9,164	GT	2/2	2/2	2/2	2/0	2/1	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/1	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/0	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	1/1	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	0/0	0/0	2/0	2/2	2/2	2/0	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/1	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/2	2/0	2/0	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/1	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	0/0	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/0	2/2	2/2	0/0	2/0	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	2/1	2/2	2/2	2/1	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/0	0/0	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	0/0	2/2	2/2	2/2	2/1	2/2	2/1	0/0	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	0/0	2/2	2/2	2/2	2/0
chrX	9143251	.	G	A	.	PASS	AC=168	GT	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1
chrX	9156450	.	T	C	.	PASS	AC=48	GT	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	1/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/1	1/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/1	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0
chrX	9141984	.	A	T	.	PASS	AC=173	GT	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	0/0	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	0/0	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1	1/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

Chr	Position	Sequence	Motifs
chrX	9144486	CGGGCGCTCGTGCAGCTTGATACAGTTACAGTTACAGATCCAGCACGCAAT
chrX	9144484	CACGGGCGCTCGTGCAGCTTGATACAGTTACAGTTACAGATCCAGCACGCA
chrX	9143251	ATAGCTAATCAAAATCTATACTTAGGTGTATTAAACAACGGAAGGTCGATG	Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-Bap_Cell_FBgn0004862 , Dmelanogaster-JASPAR_CORE-bap-MA0211.1
chrX	9156450	CCTCCCTCTGCTGGCGATGCTCCGTTTCTGAGGGAAACGTATCCCTTGTGA
chrX	9141984	ATCCTTAATAACTGACTGGTTTTTAGGCCACCCATTCCAATAACACCGCAT