chr	start	end	name	FBgn	gene_name	thomas_et_al_dhs	thomas_et_al_dhs_distal	cad4	cad4_distal	2to4_tested	6to8_tested	10to12_tested	clade_specific	frac_all	frac_2to4	frac_6to8	frac_10to12	frac_2to4_clade1	frac_2to4_clade2	frac_2to4_clade3	frac_2to4_clade4	frac_2to4_clade5	frac_6to8_clade1	frac_6to8_clade2	frac_6to8_clade3	frac_6to8_clade4	frac_10to12_clade1	frac_10to12_clade2	frac_10to12_clade3	frac_10to12_clade4
chr2L	5543	5980	chr2L:5544-5980	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1016	0.1451	0.0947	0.0607	0.1103	0.1388	0.1981	0.1799	0.1103	0.1262	0.1064	0.1262	0.0651	0.108	0.0574	0.108	0.0641
chr2L	6666	6881	chr2L:6667-6881	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0532	0.0382	0.0177	0.0308	0.0524	0.0757	0.0666	0.0308	0.0393	0.0553	0.0393	0.0186	0.0245	0.0187	0.0245	0.0167
chr2L	7488	8077	chr2L:7489-8077	FBgn0031208	CG11023	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1248	0.1554	0.15	0.0629	0.105	0.1782	0.1691	0.2298	0.105	0.1993	0.1791	0.1993	0.1224	0.0743	0.0845	0.0743	0.0849
chr2L	8229	8647	chr2L:8230-8647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade2	0.0914	0.1218	0.102	0.0457	0.0997	0.1306	0.141	0.1592	0.0997	0.1063	0.1325	0.1063	0.0906	0.0482	0.0554	0.0482	0.0672
chr2L	8778	9035	chr2L:8779-9035	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0726	0.1022	0.0798	0.0315	0.0732	0.1058	0.1241	0.1439	0.0732	0.0876	0.1035	0.0876	0.0596	0.0383	0.0342	0.0383	0.0401
chr2L	9048	9337	chr2L:9049-9337	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0657	0.0925	0.0675	0.0338	0.071	0.0971	0.1159	0.1213	0.071	0.0616	0.083	0.0616	0.0682	0.0383	0.0426	0.0383	0.049
chr2L	12666	12817	chr2L:12667-12817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0387	0.054	0.0397	0.0205	0.0424	0.0519	0.0649	0.0793	0.0424	0.0429	0.0447	0.0429	0.0418	0.0222	0.0226	0.0222	0.0287
chr2L	16278	16429	chr2L:16279-16429	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0336	0.0338	0.0337	0.0159	0.0364	0.0402	0.0513	0.0159	0.0175	0.035	0.0175	0.0674	0.0092	0.0206	0.0092	0.0745
chr2L	18589	18778	chr2L:18590-18778	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0006.1,VT0007.1	VT0006.1,VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.13	0.1939	0.1395	0.0838	0.1767	0.1315	0.1732	0.0838	0.2385	0.2203	0.2385	0.1588	0.1432	0.1663	0.1432	0.1631
chr2L	18830	19017	chr2L:18831-19017	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0006.1,VT0007.1	VT0006.1,VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1967	0.1658	0.2424	0.181	0.0997	0.2063	0.1791	0.2338	0.0997	0.2832	0.2711	0.2832	0.244	0.1608	0.2192	0.1608	0.2262
chr2L	19079	19273	chr2L:19080-19273	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1073	0.094	0.136	0.0907	0.0488	0.1233	0.0973	0.1359	0.0488	0.1329	0.1553	0.1329	0.1681	0.0528	0.1038	0.0528	0.1298
chr2L	19582	19789	chr2L:19583-19789	distal	distal	none	none	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0674	0.0638	0.0788	0.059	0.0371	0.0772	0.0688	0.0959	0.0371	0.0942	0.0891	0.0942	0.0891	0.0574	0.087	0.0574	0.0834
chr2L	19819	19996	chr2L:19820-19996	distal	distal	none	none	VT0007.1	VT0007.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.076	0.0738	0.0845	0.0691	0.0498	0.0879	0.0787	0.1113	0.0498	0.0845	0.1032	0.0845	0.0914	0.0689	0.0948	0.0689	0.0964
chr2L	21412	21563	chr2L:21413-21563	FBgn0002121,FBgn0263584	CR43609,l(2)gl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0485	0.0396	0.0646	0.0408	0.0308	0.0495	0.0376	0.056	0.0308	0.0694	0.074	0.0694	0.0596	0.0352	0.0438	0.0352	0.0599
chr2L	21674	21867	chr2L:21675-21867	FBgn0002121,FBgn0263584	CR43609,l(2)gl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.094	0.1286	0.0937	0.0721	0.1078	0.1103	0.1179	0.0721	0.1383	0.1489	0.1383	0.1294	0.0873	0.1154	0.0873	0.1266
chr2L	22108	22259	chr2L:22109-22259	FBgn0263584	CR43609	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0356	0.0344	0.0318	0.0255	0.035	0.0467	0.048	0.0255	0.0374	0.0412	0.0374	0.0411	0.0237	0.0419	0.0237	0.0537
chr2L	26483	26660	chr2L:26484-26660	distal	distal	none	none	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0427	0.0652	0.0449	0.0152	0.0297	0.0709	0.0839	0.0899	0.0297	0.0338	0.0717	0.0338	0.0294	0.0184	0.0284	0.0184	0.0115
chr2L	26732	26898	chr2L:26733-26898	distal	distal	none	none	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0441	0.071	0.0428	0.0155	0.0488	0.0641	0.1025	0.0926	0.0488	0.0308	0.0711	0.0308	0.0217	0.0138	0.029	0.0138	0.012
chr2L	27021	27352	chr2L:27022-27352	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT0013.1	VT0013.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0998	0.1982	0.073	0.0194	0.1633	0.165	0.2682	0.2785	0.1633	0.0513	0.1212	0.0513	0.0302	0.0145	0.0303	0.0145	0.0156
chr2L	28017	28279	chr2L:28018-28279	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0909	0.17	0.0777	0.0171	0.1506	0.1073	0.2517	0.2498	0.1506	0.0344	0.1492	0.0344	0.0279	0.0168	0.0355	0.0168	0.0115
chr2L	28680	28881	chr2L:28681-28881	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0628	0.1408	0.0332	0.0079	0.1506	0.0791	0.2331	0.1686	0.1506	0.0278	0.0469	0.0278	0.0248	0.0077	0.0116	0.0077	0.0068
chr2L	30555	30706	chr2L:30556-30706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0259	0.0297	0.034	0.013	0.0159	0.0272	0.0437	0.0393	0.0159	0.0242	0.0412	0.0242	0.0279	0.01	0.0187	0.01	0.0182
chr2L	33755	33974	chr2L:33756-33974	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.052	0.0922	0.0395	0.0207	0.0689	0.0757	0.1406	0.1086	0.0689	0.0393	0.0527	0.0393	0.031	0.0191	0.0309	0.0191	0.0162
chr2L	34062	34368	chr2L:34063-34368	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0759	0.1014	0.0798	0.0429	0.052	0.1345	0.1103	0.1306	0.052	0.0803	0.1064	0.0803	0.0728	0.0413	0.0696	0.0413	0.0474
chr2L	34733	34884	chr2L:34734-34884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.023	0.0233	0.0264	0.0191	0.0095	0.0243	0.0316	0.032	0.0095	0.0308	0.0331	0.0308	0.0263	0.049	0.0181	0.049	0.013
chr2L	34948	35192	chr2L:34949-35192	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0354	0.0405	0.0387	0.026	0.0212	0.0471	0.0484	0.0546	0.0212	0.0368	0.0492	0.0368	0.0442	0.0482	0.0245	0.0482	0.0281
chr2L	35565	35834	chr2L:35566-35834	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1005	0.1439	0.0916	0.0618	0.1135	0.1388	0.1786	0.2052	0.1135	0.1099	0.1293	0.1099	0.062	0.0835	0.0819	0.0835	0.0693
chr2L	35849	36016	chr2L:35850-36016	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0537	0.0713	0.0574	0.0299	0.0445	0.0738	0.0895	0.1046	0.0445	0.0688	0.0836	0.0688	0.0333	0.0421	0.0355	0.0421	0.024
chr2L	36209	36592	chr2L:36210-36592	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0499	0.0563	0.0604	0.0313	0.0255	0.0549	0.0761	0.0819	0.0255	0.0731	0.0814	0.0731	0.0294	0.0383	0.0335	0.0383	0.0271
chr2L	42090	42346	chr2L:42091-42346	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0305	0.0405	0.0506	0.0138	0.0335	0.0355	0.0486	0.0138	0.035	0.0518	0.035	0.0589	0.0314	0.0729	0.0314	0.086
chr2L	43223	43382	chr2L:43224-43382	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0253	0.0238	0.0287	0.0233	0.0106	0.0233	0.0342	0.0293	0.0106	0.0356	0.0302	0.0356	0.0387	0.0222	0.0309	0.0222	0.0302
chr2L	44030	44197	chr2L:44031-44197	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0272	0.039	0.0268	0.0145	0.0085	0.035	0.0627	0.05	0.0085	0.035	0.0325	0.035	0.0201	0.013	0.0213	0.013	0.0193
chr2L	47067	47218	chr2L:47068-47218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0203	0.0181	0.023	0.0199	0.0053	0.017	0.0264	0.0273	0.0053	0.0223	0.0299	0.0223	0.0232	0.0084	0.0406	0.0084	0.0224
chr2L	47234	47385	chr2L:47235-47385	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0135	0.0176	0.021	0.0085	0.0117	0.0238	0.012	0.0085	0.0163	0.0251	0.0163	0.0163	0.0092	0.0413	0.0092	0.0255
chr2L	53736	53887	chr2L:53737-53887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0221	0.0214	0.0293	0.0149	0.0127	0.0272	0.0264	0.0233	0.0127	0.0489	0.0312	0.0489	0.0178	0.0207	0.0148	0.0207	0.0125
chr2L	55042	55353	chr2L:55043-55353	distal	distal	stage5	stage5	VT0025.1	VT0025.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.031	0.0461	0.0274	0.018	0.0255	0.0442	0.0623	0.062	0.0255	0.0332	0.037	0.0332	0.0225	0.0184	0.0342	0.0184	0.0156
chr2L	57630	57790	chr2L:57631-57790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0209	0.0279	0.0206	0.0127	0.0228	0.0216	0.032	0.0127	0.0199	0.0447	0.0199	0.0186	0.01	0.0548	0.01	0.012
chr2L	57992	58293	chr2L:57993-58293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0307	0.0363	0.0302	0.0148	0.0272	0.0441	0.0366	0.0148	0.0338	0.0547	0.0338	0.024	0.0138	0.0651	0.0138	0.0188
chr2L	59208	59424	chr2L:59209-59424	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0267	0.0143	0.0242	0.0432	0.0064	0.0165	0.0242	0.0113	0.0064	0.0211	0.036	0.0211	0.0217	0.0107	0.1077	0.0107	0.025
chr2L	59545	59696	chr2L:59546-59696	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0154	0.0125	0.0124	0.0219	0.0074	0.0087	0.0242	0.0107	0.0074	0.0133	0.0151	0.0133	0.0139	0.0115	0.0348	0.0115	0.0182
chr2L	64947	65109	chr2L:64948-65109	FBgn0051973	Cda5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0647	0.056	0.0865	0.0504	0.0297	0.0757	0.0528	0.0866	0.0297	0.1238	0.1045	0.1238	0.0651	0.0636	0.0645	0.0636	0.0735
chr2L	65182	65333	chr2L:65183-65333	FBgn0051973	Cda5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0491	0.0369	0.0689	0.0409	0.0223	0.0539	0.0363	0.048	0.0223	0.1014	0.0839	0.1014	0.0488	0.0567	0.0477	0.0567	0.0631
chr2L	65755	65962	chr2L:65756-65962	FBgn0051973	Cda5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0882	0.0783	0.1127	0.0723	0.0361	0.1083	0.0744	0.1179	0.0361	0.18	0.1248	0.18	0.0914	0.1018	0.0909	0.1018	0.1027
chr2L	66457	66608	chr2L:66458-66608	FBgn0067779	dbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0681	0.0444	0.0872	0.0735	0.0148	0.0699	0.0385	0.0646	0.0148	0.1298	0.0939	0.1298	0.086	0.1141	0.0812	0.1141	0.0922
chr2L	66800	67045	chr2L:66801-67045	FBgn0067779	dbr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.2625	0.223	0.3132	0.2509	0.1463	0.3243	0.1851	0.3225	0.1463	0.3943	0.3473	0.3943	0.2912	0.2933	0.2792	0.2933	0.2882
chr2L	67170	67400	chr2L:67171-67400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1363	0.127	0.1519	0.1296	0.0774	0.1801	0.1112	0.1872	0.0774	0.1969	0.1572	0.1969	0.1479	0.1562	0.1393	0.1562	0.1558
chr2L	72318	72670	chr2L:72319-72670	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0725	0.0451	0.051	0.1266	0.0255	0.0553	0.0588	0.0513	0.0255	0.0622	0.0453	0.0622	0.0751	0.1753	0.0838	0.1753	0.1553
chr2L	72724	72957	chr2L:72725-72957	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0438	0.0303	0.0313	0.0726	0.0095	0.0383	0.0411	0.034	0.0095	0.0411	0.0289	0.0411	0.0387	0.0934	0.0477	0.0934	0.087
chr2L	73148	73392	chr2L:73149-73392	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0242	0.0354	0.1361	0.0042	0.0374	0.0298	0.022	0.0042	0.0368	0.0315	0.0368	0.0542	0.2014	0.0748	0.2014	0.1662
chr2L	73924	74075	chr2L:73925-74075	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0133	0.014	0.0418	0.0064	0.0117	0.0229	0.0147	0.0064	0.0163	0.0135	0.0163	0.0108	0.036	0.0193	0.036	0.0323
chr2L	79040	79265	chr2L:79041-79265	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0318	0.0455	0.0284	0.0203	0.017	0.0578	0.0523	0.0646	0.017	0.0284	0.0389	0.0284	0.0225	0.0314	0.0226	0.0314	0.0167
chr2L	80156	80318	chr2L:80157-80318	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0305	0.0333	0.0195	0.0394	0.0138	0.0485	0.0424	0.0313	0.0138	0.029	0.0177	0.029	0.017	0.0475	0.0181	0.0475	0.0182
chr2L	81201	81352	chr2L:81202-81352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0282	0.0425	0.0189	0.0223	0.0212	0.0612	0.051	0.0446	0.0212	0.0199	0.0199	0.0199	0.0271	0.0559	0.0135	0.0559	0.0156
chr2L	84057	84208	chr2L:84058-84208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0278	0.0477	0.0199	0.0142	0.0371	0.0752	0.0454	0.0453	0.0371	0.0314	0.0196	0.0314	0.0155	0.0253	0.0123	0.0253	0.013
chr2L	85863	86014	chr2L:85864-86014	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.033	0.043	0.0288	0.0265	0.0297	0.0612	0.0415	0.05	0.0297	0.0326	0.0273	0.0326	0.055	0.026	0.0129	0.026	0.0552
chr2L	87352	87539	chr2L:87353-87539	FBgn0002931	net	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1754	0.1852	0.1953	0.1425	0.1453	0.2417	0.1851	0.2485	0.1453	0.2784	0.2093	0.2784	0.2022	0.2121	0.1309	0.2121	0.1735
chr2L	87649	87846	chr2L:87650-87846	FBgn0002931	net	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1399	0.1424	0.1571	0.1182	0.1082	0.166	0.173	0.1712	0.1082	0.2059	0.1727	0.2059	0.1596	0.1501	0.118	0.1501	0.1428
chr2L	88026	88177	chr2L:88027-88177	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0377	0.0447	0.0383	0.0292	0.0286	0.0476	0.0627	0.05	0.0286	0.0598	0.0373	0.0598	0.0395	0.0413	0.0284	0.0413	0.0323
chr2L	89271	89449	chr2L:89272-89449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0923	0.0213	0.0099	0.0891	0.0597	0.1427	0.1173	0.0891	0.0254	0.0273	0.0254	0.0225	0.0123	0.009	0.0123	0.0078
chr2L	90155	90306	chr2L:90156-90306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0325	0.0674	0.0175	0.01	0.052	0.117	0.0653	0.054	0.052	0.0447	0.01	0.0447	0.0124	0.026	0.0045	0.026	0.0089
chr2L	91025	91184	chr2L:91026-91184	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0609	0.082	0.0539	0.0451	0.0424	0.115	0.0913	0.0959	0.0424	0.1196	0.045	0.1196	0.031	0.1462	0.0271	0.1462	0.0182
chr2L	91487	91749	chr2L:91488-91749	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0878	0.1674	0.0562	0.0336	0.1707	0.167	0.205	0.2059	0.1707	0.0978	0.0601	0.0978	0.0418	0.0789	0.0277	0.0789	0.0224
chr2L	93146	93297	chr2L:93147-93297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0242	0.0236	0.0239	0.0252	0.0117	0.0432	0.0216	0.024	0.0117	0.0411	0.0235	0.0411	0.0217	0.0666	0.0206	0.0666	0.0219
chr2L	94161	94332	chr2L:94162-94332	FBgn0031216	CG11376	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0446	0.031	0.0376	0.0675	0.0148	0.0461	0.0359	0.0313	0.0148	0.0628	0.0296	0.0628	0.0503	0.1409	0.0464	0.1409	0.0792
chr2L	94641	94823	chr2L:94642-94823	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1079	0.1011	0.1193	0.103	0.0679	0.1223	0.1185	0.1266	0.0679	0.1552	0.1309	0.1552	0.1332	0.1401	0.089	0.1401	0.1365
chr2L	94870	95046	chr2L:94871-95046	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0855	0.0839	0.099	0.0726	0.052	0.1	0.1029	0.1059	0.052	0.1347	0.1058	0.1347	0.1038	0.085	0.0632	0.085	0.0964
chr2L	95138	95497	chr2L:95139-95497	FBgn0031216	CG11376	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0707	0.0761	0.0829	0.0512	0.0382	0.084	0.1038	0.0953	0.0382	0.1039	0.0916	0.1039	0.0798	0.0498	0.0554	0.0498	0.0724
chr2L	102241	102425	chr2L:102242-102425	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1337	0.1381	0.1536	0.1071	0.0933	0.1646	0.1683	0.1706	0.0933	0.1769	0.1653	0.1769	0.1526	0.0896	0.1012	0.0896	0.136
chr2L	102495	102706	chr2L:102496-102706	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0702	0.0758	0.089	0.0433	0.0414	0.0898	0.0965	0.0926	0.0414	0.1099	0.0974	0.1099	0.0767	0.0352	0.0258	0.0352	0.0422
chr2L	102808	102959	chr2L:102809-102959	FBgn0031217	CG11377	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0434	0.0436	0.0541	0.0316	0.0159	0.0529	0.0601	0.048	0.0159	0.0568	0.0566	0.0568	0.0767	0.0299	0.029	0.0299	0.0401
chr2L	106420	106633	chr2L:106421-106633	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0875	0.0729	0.11	0.0791	0.0286	0.1019	0.0822	0.0953	0.0286	0.1232	0.1158	0.1232	0.1371	0.0858	0.0761	0.0858	0.1063
chr2L	106668	106851	chr2L:106669-106851	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1155	0.0946	0.1464	0.105	0.0488	0.1286	0.1029	0.1272	0.0488	0.1878	0.1524	0.1878	0.1596	0.1256	0.1096	0.1256	0.1271
chr2L	107117	107295	chr2L:107118-107295	FBgn0005278,FBgn0026787	Nhe1,Sam-S	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0666	0.053	0.0914	0.0547	0.0201	0.0767	0.051	0.0793	0.0201	0.1473	0.0839	0.1473	0.0953	0.0789	0.0554	0.0789	0.0703
chr2L	107524	107718	chr2L:107525-107718	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0748	0.0709	0.0904	0.0621	0.0467	0.0981	0.0792	0.0853	0.0467	0.1298	0.0881	0.1298	0.0984	0.085	0.0606	0.085	0.0912
chr2L	107823	108265	chr2L:107824-108265	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.255	0.2127	0.282	0.2727	0.1548	0.2893	0.2206	0.2652	0.1548	0.343	0.2839	0.343	0.3664	0.3285	0.2927	0.3285	0.3486
chr2L	108539	109131	chr2L:108540-109131	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1491	0.1353	0.1716	0.1397	0.0509	0.2228	0.1172	0.1805	0.0509	0.2035	0.173	0.2035	0.2308	0.1715	0.1451	0.1715	0.1641
chr2L	109182	109400	chr2L:109183-109400	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1201	0.0997	0.1277	0.1345	0.0339	0.1976	0.0783	0.1046	0.0339	0.1582	0.1212	0.1582	0.1929	0.1753	0.1141	0.1753	0.174
chr2L	109447	109685	chr2L:109448-109685	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0751	0.0594	0.0868	0.0797	0.0223	0.0937	0.0631	0.0626	0.0223	0.1002	0.0768	0.1002	0.1665	0.0781	0.0677	0.0781	0.1391
chr2L	114515	114716	chr2L:114516-114716	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0967	0.1189	0.1038	0.0642	0.0806	0.1306	0.1505	0.1506	0.0806	0.1123	0.1113	0.1123	0.1301	0.0513	0.0445	0.0513	0.1021
chr2L	114724	114921	chr2L:114725-114921	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0719	0.0917	0.0782	0.0428	0.0604	0.0985	0.1272	0.1066	0.0604	0.1002	0.0775	0.1002	0.0891	0.0398	0.0271	0.0398	0.0688
chr2L	115132	115388	chr2L:115133-115388	FBgn0031228	CG11455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.098	0.0745	0.0418	0.071	0.1204	0.1207	0.1059	0.071	0.1123	0.0666	0.1123	0.0806	0.0452	0.0374	0.0452	0.061
chr2L	115721	115872	chr2L:115722-115872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0337	0.0375	0.0387	0.0238	0.0159	0.0417	0.051	0.0466	0.0159	0.0519	0.0405	0.0519	0.0434	0.0322	0.02	0.0322	0.0375
chr2L	120613	120896	chr2L:120614-120896	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0532	0.0313	0.0473	0.0841	0.0159	0.0417	0.0437	0.028	0.0159	0.0435	0.0357	0.0435	0.1092	0.0567	0.0438	0.0567	0.2157
chr2L	121038	121272	chr2L:121039-121272	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0512	0.0289	0.0459	0.082	0.0148	0.034	0.0398	0.0326	0.0148	0.0405	0.0376	0.0405	0.0999	0.0781	0.038	0.0781	0.1928
chr2L	121420	121860	chr2L:121421-121860	FBgn0031220	CG4822	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.097	0.0459	0.0996	0.1512	0.0244	0.0675	0.0593	0.0373	0.0244	0.1135	0.072	0.1135	0.227	0.1646	0.0774	0.1646	0.3429
chr2L	122395	122548	chr2L:122396-122548	FBgn0031220	CG4822	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0277	0.0155	0.0218	0.0478	0.0021	0.0272	0.0195	0.012	0.0021	0.0187	0.0199	0.0187	0.0465	0.0513	0.0393	0.0513	0.0954
chr2L	123437	123588	chr2L:123438-123588	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0211	0.0358	0.0221	0.0042	0.0267	0.0298	0.0213	0.0042	0.0399	0.0428	0.0399	0.0426	0.0337	0.0193	0.0337	0.0323
chr2L	124325	124476	chr2L:124326-124476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0259	0.0312	0.0274	0.0184	0.0085	0.0286	0.042	0.0526	0.0085	0.0278	0.0315	0.0278	0.0279	0.0161	0.0129	0.0161	0.0334
chr2L	124597	124852	chr2L:124598-124852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0389	0.0551	0.0339	0.0265	0.0233	0.049	0.0783	0.0833	0.0233	0.0296	0.0412	0.0296	0.0333	0.0184	0.0297	0.0184	0.0448
chr2L	128589	128880	chr2L:128590-128880	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0817	0.0327	0.0806	0.1377	0.0064	0.0466	0.0467	0.03	0.0064	0.0767	0.0666	0.0767	0.1007	0.0949	0.1206	0.0949	0.2043
chr2L	129064	129361	chr2L:129065-129361	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1701	0.049	0.2162	0.2547	0.0106	0.0927	0.0502	0.0446	0.0106	0.2886	0.1711	0.2886	0.2665	0.3009	0.256	0.3009	0.3476
chr2L	129609	129763	chr2L:129610-129763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0428	0.0203	0.0454	0.0652	0.0085	0.0291	0.0298	0.0153	0.0085	0.0459	0.0373	0.0459	0.086	0.0574	0.078	0.0574	0.112
chr2L	131179	131396	chr2L:131180-131396	FBgn0025683	CG3164	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0592	0.0432	0.068	0.0673	0.0223	0.0451	0.0571	0.0566	0.0223	0.0996	0.0662	0.0996	0.0782	0.0934	0.0548	0.0934	0.0969
chr2L	131446	131653	chr2L:131447-131653	FBgn0001142	Gs1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0758	0.0389	0.0766	0.116	0.0255	0.0466	0.0519	0.0433	0.0255	0.1033	0.0688	0.1033	0.1015	0.1394	0.0671	0.1394	0.1668
chr2L	131872	132123	chr2L:131873-132123	FBgn0001142	Gs1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.12	0.0411	0.1272	0.2003	0.0138	0.065	0.0454	0.0446	0.0138	0.2065	0.109	0.2065	0.172	0.2266	0.1966	0.2266	0.272
chr2L	134666	134867	chr2L:134667-134867	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	ewg_intronicCRM	ewg_intronicCRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0516	0.0386	0.0566	0.0606	0.0159	0.051	0.0497	0.0406	0.0159	0.0833	0.0447	0.0833	0.0775	0.0697	0.0561	0.0697	0.0948
chr2L	135353	135504	chr2L:135354-135504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0174	0.0246	0.0315	0.0085	0.0175	0.029	0.0127	0.0085	0.0308	0.0283	0.0308	0.0225	0.0276	0.0587	0.0276	0.0391
chr2L	136929	137080	chr2L:136930-137080	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0132	0.0202	0.0285	0.0074	0.0146	0.019	0.0153	0.0074	0.0332	0.0125	0.0332	0.0364	0.0582	0.0187	0.0582	0.0412
chr2L	137205	137356	chr2L:137206-137356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0199	0.0115	0.0171	0.0324	0	0.0136	0.0173	0.0147	0	0.0217	0.0145	0.0217	0.0318	0.0322	0.0206	0.0322	0.073
chr2L	138214	138508	chr2L:138215-138508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.058	0.0508	0.0712	0.0517	0.0329	0.0568	0.0558	0.0759	0.0329	0.0779	0.0945	0.0779	0.0728	0.0498	0.0896	0.0498	0.0662
chr2L	140130	140281	chr2L:140131-140281	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0186	0.0288	0.0248	0.0032	0.0199	0.0285	0.022	0.0032	0.0254	0.0434	0.0254	0.024	0.0123	0.058	0.0123	0.0276
chr2L	142863	143014	chr2L:142864-143014	FBgn0031224,FBgn0051974	CG11454,CG31974	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0414	0.0353	0.0495	0.0394	0.0191	0.0408	0.0424	0.0433	0.0191	0.0562	0.0514	0.0562	0.0658	0.0467	0.0406	0.0467	0.0511
chr2L	143170	143373	chr2L:143171-143373	FBgn0031224,FBgn0051974	CG11454,CG31974	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1339	0.1185	0.1627	0.1195	0.0838	0.1466	0.1215	0.1692	0.0838	0.1938	0.1775	0.1938	0.1882	0.1348	0.109	0.1348	0.1647
chr2L	143663	143814	chr2L:143664-143814	FBgn0031224	CG11454	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0381	0.0401	0.0458	0.0274	0.0138	0.0466	0.0536	0.0546	0.0138	0.0646	0.0473	0.0646	0.0511	0.0283	0.0239	0.0283	0.0406
chr2L	149663	149821	chr2L:149664-149821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0201	0.0204	0.0244	0.0152	0.018	0.0223	0.0272	0.022	0.018	0.0187	0.0344	0.0187	0.0147	0.0123	0.0316	0.0123	0.012
chr2L	150708	150859	chr2L:150709-150859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0266	0.0258	0.0311	0.0224	0.0074	0.0296	0.0368	0.032	0.0074	0.0302	0.0322	0.0302	0.031	0.0176	0.011	0.0176	0.037
chr2L	153322	153473	chr2L:153323-153473	FBgn0259818	CG42399	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0292	0.0292	0.0288	0.0298	0.0095	0.0383	0.0424	0.0286	0.0095	0.0368	0.0296	0.0368	0.0232	0.0176	0.0181	0.0176	0.0167
chr2L	155240	155424	chr2L:155241-155424	FBgn0031227	CG3709	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1319	0.1346	0.1532	0.1056	0.0986	0.1626	0.1626	0.1632	0.0986	0.1824	0.1698	0.1824	0.158	0.1118	0.1128	0.1118	0.1266
chr2L	155505	155915	chr2L:155506-155915	FBgn0031227,FBgn0031229	CG3436,CG3709	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1779	0.1786	0.2135	0.138	0.123	0.233	0.1886	0.2325	0.123	0.2421	0.2395	0.2421	0.2246	0.1447	0.1502	0.1447	0.1767
chr2L	156031	156204	chr2L:156032-156204	FBgn0031229	CG3436	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1725	0.1731	0.1963	0.1457	0.1357	0.2165	0.1981	0.2045	0.1357	0.2367	0.2186	0.2367	0.1991	0.1623	0.1502	0.1623	0.1866
chr2L	156349	156500	chr2L:156350-156500	FBgn0031229	CG3436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0857	0.0773	0.0982	0.0813	0.0573	0.085	0.0973	0.0933	0.0573	0.1081	0.1135	0.1081	0.103	0.0858	0.0851	0.0858	0.1146
chr2L	158609	158797	chr2L:158610-158797	FBgn0016977,FBgn0053635	CG33635,spen	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1706	0.1598	0.1984	0.1522	0.1145	0.1854	0.1843	0.2159	0.1145	0.2482	0.227	0.2482	0.1867	0.1708	0.1464	0.1708	0.185
chr2L	158912	159089	chr2L:158913-159089	FBgn0016977,FBgn0053635	CG33635,spen	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2289	0.2272	0.2589	0.198	0.2068	0.2578	0.2612	0.2791	0.2068	0.3219	0.2807	0.3219	0.2378	0.206	0.1792	0.206	0.2381
chr2L	160474	160684	chr2L:160475-160684	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.219	0.175	0.2668	0.2157	0.0912	0.2311	0.1856	0.2352	0.0912	0.3267	0.2958	0.3267	0.2517	0.2282	0.216	0.2282	0.2444
chr2L	160699	160973	chr2L:160700-160973	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2984	0.2178	0.3736	0.3059	0.1103	0.3165	0.2098	0.2851	0.1103	0.5072	0.3955	0.5072	0.3416	0.3277	0.3153	0.3277	0.3392
chr2L	160998	161172	chr2L:160999-161172	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1945	0.1433	0.2435	0.1977	0.0594	0.2238	0.1172	0.2092	0.0594	0.3098	0.2743	0.3098	0.2277	0.2037	0.2089	0.2037	0.2308
chr2L	161471	161665	chr2L:161472-161665	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2408	0.1767	0.2895	0.2592	0.1103	0.2519	0.1561	0.2505	0.1103	0.3635	0.3186	0.3635	0.2998	0.2741	0.2573	0.2741	0.2986
chr2L	161824	162043	chr2L:161825-162043	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3436	0.3192	0.3904	0.3196	0.2534	0.3942	0.346	0.4011	0.2534	0.5048	0.4151	0.5048	0.3501	0.3216	0.3224	0.3216	0.3637
chr2L	165650	165852	chr2L:165651-165852	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1206	0.1424	0.1429	0.0717	0.0753	0.1699	0.1397	0.2412	0.0753	0.1214	0.2068	0.1214	0.11	0.0574	0.1012	0.0574	0.0703
chr2L	166230	166616	chr2L:166231-166616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2035	0.1933	0.2556	0.1576	0.1209	0.249	0.1851	0.2931	0.1209	0.2452	0.3595	0.2452	0.1991	0.1478	0.2495	0.1478	0.1261
chr2L	166679	166904	chr2L:166680-166904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1991	0.2013	0.2315	0.1611	0.1463	0.2655	0.1907	0.2831	0.1463	0.2917	0.2743	0.2917	0.227	0.1907	0.1773	0.1907	0.1615
chr2L	168530	168681	chr2L:168531-168681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0379	0.0417	0.0406	0.0306	0.0297	0.0432	0.0536	0.0573	0.0297	0.0459	0.0479	0.0459	0.031	0.0184	0.0245	0.0184	0.0224
chr2L	170454	170634	chr2L:170455-170634	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0487	0.0477	0.0609	0.0365	0.0212	0.0602	0.061	0.0593	0.0212	0.0386	0.0662	0.0386	0.1185	0.0176	0.0258	0.0176	0.0823
chr2L	171607	171904	chr2L:171608-171904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1247	0.1357	0.1594	0.0742	0.0923	0.1291	0.1665	0.2025	0.0923	0.1021	0.2778	0.1021	0.0953	0.0444	0.1947	0.0444	0.0433
chr2L	172139	172338	chr2L:172140-172338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.0451	0.0534	0.0273	0.0244	0.0427	0.0696	0.0513	0.0244	0.026	0.0971	0.026	0.0287	0.0145	0.0696	0.0145	0.0177
chr2L	172616	172767	chr2L:172617-172767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0499	0.0459	0.021	0.0276	0.0456	0.0731	0.0653	0.0276	0.038	0.0749	0.038	0.0209	0.0092	0.0606	0.0092	0.0099
chr2L	172833	173082	chr2L:172834-173082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0558	0.0659	0.0702	0.0287	0.0361	0.0631	0.0908	0.0926	0.0361	0.0519	0.1161	0.0519	0.031	0.0161	0.0748	0.0161	0.0172
chr2L	179172	179470	chr2L:179173-179470	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0572	0.0623	0.0629	0.0453	0.0445	0.0689	0.0787	0.0746	0.0445	0.0465	0.0685	0.0465	0.0449	0.0153	0.0284	0.0153	0.0318
chr2L	181108	181265	chr2L:181109-181265	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0489	0.0444	0.0527	0.0497	0.0244	0.0471	0.0636	0.05	0.0244	0.0489	0.0666	0.0489	0.0395	0.0253	0.0355	0.0253	0.0224
chr2L	181517	181766	chr2L:181518-181766	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0839	0.0808	0.1114	0.0572	0.0456	0.1024	0.0934	0.1039	0.0456	0.1552	0.1215	0.1552	0.0682	0.0521	0.0471	0.0521	0.0464
chr2L	182248	182604	chr2L:182249-182604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0921	0.1159	0.0991	0.0577	0.087	0.1034	0.1687	0.1426	0.087	0.1051	0.1151	0.1051	0.0674	0.0383	0.06	0.0383	0.0604
chr2L	182703	182901	chr2L:182704-182901	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1306	0.1381	0.1336	0.1188	0.0923	0.1359	0.192	0.1686	0.0923	0.1383	0.1386	0.1383	0.1278	0.0904	0.1199	0.0904	0.1386
chr2L	182940	183161	chr2L:182941-183161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1001	0.1056	0.0991	0.095	0.0668	0.0995	0.1505	0.1352	0.0668	0.09	0.1103	0.09	0.1046	0.0796	0.0993	0.0796	0.1199
chr2L	183281	183432	chr2L:183282-183432	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.047	0.0642	0.0461	0.0287	0.0636	0.0471	0.0934	0.0819	0.0636	0.0465	0.0543	0.0465	0.0364	0.0237	0.0322	0.0237	0.0339
chr2L	183447	183598	chr2L:183448-183598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0728	0.0338	0.021	0.0626	0.0573	0.1099	0.0879	0.0626	0.0314	0.0379	0.0314	0.0325	0.0115	0.0226	0.0115	0.0281
chr2L	195239	195390	chr2L:195240-195390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0318	0.0421	0.0324	0.0196	0.0371	0.0379	0.0584	0.0506	0.0371	0.032	0.0399	0.032	0.0271	0.0184	0.0213	0.0184	0.0188
chr2L	195392	195591	chr2L:195393-195591	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.039	0.0507	0.0396	0.0253	0.0477	0.0427	0.0714	0.062	0.0477	0.0374	0.0514	0.0374	0.0333	0.0199	0.0348	0.0199	0.0328
chr2L	195714	195983	chr2L:195715-195983	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0577	0.0771	0.0482	0.0462	0.0721	0.067	0.096	0.1079	0.0721	0.0483	0.0624	0.0483	0.0426	0.0291	0.0484	0.0291	0.0735
chr2L	199463	199718	chr2L:199464-199718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0478	0.0698	0.0454	0.0259	0.0732	0.0495	0.1077	0.0773	0.0732	0.0411	0.064	0.0411	0.0318	0.023	0.0297	0.023	0.0292
chr2L	203308	203563	chr2L:203309-203563	FBgn0031231	mRpL10	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0987	0.09	0.1109	0.0951	0.0583	0.1024	0.1055	0.1206	0.0583	0.1214	0.1322	0.1214	0.1123	0.1049	0.0845	0.1049	0.1235
chr2L	203654	203847	chr2L:203655-203847	FBgn0031231	mRpL10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.1069	0.1368	0.1136	0.0573	0.1233	0.1337	0.1359	0.0573	0.1528	0.1572	0.1528	0.1394	0.1317	0.1135	0.1317	0.1412
chr2L	206112	206263	chr2L:206113-206263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0258	0.0254	0.0268	0.0252	0.0148	0.035	0.0272	0.0313	0.0148	0.0236	0.0341	0.0236	0.031	0.0597	0.0155	0.0597	0.0203
chr2L	207262	207441	chr2L:207263-207441	FBgn0031232,FBgn0031233	CG11490,CG11617	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.14	0.1292	0.1714	0.1177	0.0976	0.1515	0.1436	0.1805	0.0976	0.2077	0.19	0.2077	0.1689	0.1508	0.1289	0.1508	0.1397
chr2L	209566	209719	chr2L:209567-209719	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0397	0.0523	0.0437	0.0212	0.0223	0.0573	0.0584	0.0846	0.0223	0.0531	0.054	0.0531	0.0356	0.0168	0.0264	0.0168	0.0182
chr2L	210144	210303	chr2L:210145-210303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0457	0.056	0.0542	0.0248	0.0382	0.0442	0.0705	0.0913	0.0382	0.0604	0.0601	0.0604	0.0496	0.0176	0.0251	0.0176	0.0281
chr2L	210584	210735	chr2L:210585-210735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0421	0.0577	0.0468	0.0196	0.0392	0.065	0.067	0.0799	0.0392	0.0477	0.0572	0.0477	0.0442	0.0161	0.0187	0.0161	0.0224
chr2L	215151	215302	chr2L:215152-215302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0349	0.0567	0.0301	0.0159	0.0435	0.0485	0.0813	0.07	0.0435	0.0284	0.0363	0.0284	0.0248	0.0138	0.0187	0.0138	0.0167
chr2L	219484	219642	chr2L:219485-219642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0659	0.0786	0.068	0.0493	0.0679	0.0786	0.1008	0.0986	0.0679	0.0447	0.0601	0.0447	0.0356	0.0123	0.0181	0.0123	0.0219
chr2L	219710	219873	chr2L:219711-219873	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0743	0.09	0.0857	0.0443	0.053	0.0985	0.1142	0.1213	0.053	0.0827	0.0826	0.0827	0.0503	0.0337	0.0155	0.0337	0.0219
chr2L	220531	220785	chr2L:220532-220785	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2002	0.2299	0.2431	0.1198	0.1962	0.2587	0.2612	0.3058	0.1962	0.2784	0.2762	0.2784	0.2657	0.0636	0.1399	0.0636	0.1683
chr2L	221904	222133	chr2L:221905-222133	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2587	0.292	0.2948	0.1819	0.281	0.3083	0.3478	0.3658	0.281	0.3593	0.3338	0.3593	0.2727	0.1363	0.2218	0.1363	0.2074
chr2L	222168	222476	chr2L:222169-222476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.3384	0.3642	0.3997	0.2424	0.3362	0.4165	0.404	0.457	0.3362	0.5109	0.4267	0.5109	0.3563	0.1547	0.274	0.1547	0.259
chr2L	223037	223247	chr2L:223038-223247	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.189	0.249	0.2283	0.079	0.2365	0.2558	0.2954	0.3271	0.2365	0.2826	0.2711	0.2826	0.1782	0.0881	0.0922	0.0881	0.0709
chr2L	223973	224143	chr2L:223974-224143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1481	0.1669	0.1679	0.1056	0.1315	0.1976	0.2024	0.1965	0.1315	0.1715	0.191	0.1715	0.1611	0.1126	0.0858	0.1126	0.0797
chr2L	224213	224555	chr2L:224214-224555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.2564	0.264	0.2907	0.2103	0.2163	0.3175	0.3149	0.3038	0.2163	0.3164	0.3158	0.3164	0.2951	0.2014	0.1805	0.2014	0.211
chr2L	224832	225081	chr2L:224833-225081	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1089	0.1215	0.1193	0.0834	0.0817	0.1505	0.1406	0.1612	0.0817	0.1335	0.1238	0.1335	0.1077	0.0697	0.0516	0.0697	0.0709
chr2L	230774	230925	chr2L:230775-230925	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0308	0.044	0.0335	0.013	0.035	0.0374	0.0601	0.0613	0.035	0.0411	0.0428	0.0411	0.0256	0.0107	0.0148	0.0107	0.0146
chr2L	236071	236222	chr2L:236072-236222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0306	0.0466	0.0303	0.013	0.0488	0.0413	0.0657	0.052	0.0488	0.0386	0.0322	0.0386	0.0325	0.0123	0.0084	0.0123	0.0146
chr2L	243252	243403	chr2L:243253-243403	FBgn0262252	mir-965	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0413	0.0209	0.0205	0.0297	0.0374	0.0558	0.0613	0.0297	0.0217	0.0222	0.0217	0.0124	0.0084	0.0064	0.0084	0.013
chr2L	243625	243776	chr2L:243626-243776	FBgn0262252	mir-965	none	none	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0389	0.0555	0.0321	0.0279	0.0498	0.0524	0.077	0.062	0.0498	0.0338	0.0338	0.0338	0.0256	0.0084	0.0135	0.0084	0.0172
chr2L	244473	244662	chr2L:244474-244662	distal	distal	stage5	stage5	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0719	0.1125	0.0608	0.0387	0.0742	0.1243	0.1328	0.1606	0.0742	0.0954	0.0585	0.0954	0.0442	0.0322	0.0419	0.0322	0.0302
chr2L	244800	244951	chr2L:244801-244951	distal	distal	none	none	VT0108.1	VT0108.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0528	0.0572	0.0582	0.0418	0.0467	0.065	0.067	0.0713	0.0467	0.093	0.0611	0.093	0.0349	0.0199	0.0542	0.0199	0.0188
chr2L	246638	247033	chr2L:246639-247033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0109.1	VT0109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.2352	0.2377	0.2689	0.1954	0.1729	0.2612	0.2474	0.3718	0.1729	0.3563	0.2768	0.3563	0.2603	0.2052	0.1915	0.2052	0.2121
chr2L	247470	247799	chr2L:247471-247799	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0109.1	VT0109.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1363	0.1699	0.1363	0.0987	0.1368	0.1539	0.231	0.2232	0.1368	0.1322	0.1511	0.1322	0.1177	0.0528	0.1122	0.0528	0.0818
chr2L	248790	248996	chr2L:248791-248996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.1052	0.139	0.1006	0.0724	0.1124	0.1403	0.189	0.1712	0.1124	0.1341	0.1087	0.1341	0.0813	0.0643	0.06	0.0643	0.0823
chr2L	249236	249437	chr2L:249237-249437	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2593	0.2529	0.3122	0.2086	0.21	0.2927	0.2872	0.3304	0.21	0.407	0.345	0.407	0.2827	0.2243	0.2224	0.2243	0.2267
chr2L	249897	250097	chr2L:249898-250097	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1163	0.1626	0.1154	0.0655	0.1304	0.168	0.1834	0.2452	0.1304	0.1437	0.126	0.1437	0.0914	0.0819	0.0606	0.0819	0.0552
chr2L	250248	250399	chr2L:250249-250399	FBgn0086902	kis	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0851	0.1077	0.0905	0.0539	0.0721	0.1097	0.1406	0.1432	0.0721	0.1184	0.099	0.1184	0.0705	0.062	0.0438	0.062	0.0568
chr2L	250467	250663	chr2L:250468-250663	FBgn0086902	kis	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1337	0.1418	0.1555	0.1007	0.1039	0.1592	0.1778	0.1699	0.1039	0.1981	0.1701	0.1981	0.1441	0.1049	0.1012	0.1049	0.1032
chr2L	250750	250945	chr2L:250751-250945	FBgn0086902	kis	stage11,stage14,stage5	none	VT0112.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2031	0.1894	0.2442	0.1734	0.1379	0.2335	0.2232	0.2225	0.1379	0.2995	0.2678	0.2995	0.2308	0.1876	0.1805	0.1876	0.2121
chr2L	251009	251167	chr2L:251010-251167	FBgn0086902	kis	stage11,stage14,stage5	none	VT0112.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1227	0.1108	0.1425	0.1142	0.0679	0.1393	0.1349	0.1246	0.0679	0.1691	0.1627	0.1691	0.1208	0.1095	0.1277	0.1095	0.1313
chr2L	252297	252467	chr2L:252298-252467	FBgn0022246	Rpp30	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1073	0.0987	0.1287	0.0936	0.0573	0.118	0.1155	0.1372	0.0573	0.1661	0.1469	0.1661	0.1224	0.085	0.1135	0.085	0.1152
chr2L	259226	259377	chr2L:259227-259377	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0152	0.0192	0.0138	0.0123	0.0095	0.0194	0.029	0.0253	0.0095	0.0121	0.0141	0.0121	0.017	0.0054	0.0058	0.0054	0.0063
chr2L	267236	267512	chr2L:267237-267512	FBgn0031239	CG17075	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0424	0.033	0.0319	0.0643	0.018	0.0301	0.0532	0.0366	0.018	0.0248	0.0254	0.0248	0.0201	0.0069	0.02	0.0069	0.0287
chr2L	267806	268011	chr2L:267807-268011	FBgn0031239	CG17075	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0383	0.0228	0.0258	0.0695	0.0127	0.0223	0.0324	0.0286	0.0127	0.0199	0.0215	0.0199	0.0302	0.0107	0.0445	0.0107	0.0615
chr2L	268342	268493	chr2L:268343-268493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.0181	0.0181	0.0174	0.0117	0.0233	0.0225	0.022	0.0117	0.0242	0.0174	0.0242	0.0209	0.0115	0.0077	0.0115	0.0109
chr2L	271395	271557	chr2L:271396-271557	FBgn0031238	CG3645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0606	0.0674	0.0723	0.0402	0.0424	0.0699	0.0904	0.0886	0.0424	0.0827	0.0846	0.0827	0.0705	0.0452	0.0355	0.0452	0.0511
chr2L	271685	271850	chr2L:271686-271850	FBgn0031238	CG3645	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.122	0.1204	0.1482	0.095	0.0976	0.1316	0.1462	0.1552	0.0976	0.1854	0.1669	0.1854	0.1495	0.098	0.0941	0.098	0.1146
chr2L	271920	272093	chr2L:271921-272093	FBgn0031238	CG3645	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.072	0.0622	0.0958	0.0567	0.0318	0.0767	0.0787	0.0786	0.0318	0.1329	0.1013	0.1329	0.103	0.0781	0.058	0.0781	0.0688
chr2L	273623	273817	chr2L:273624-273817	FBgn0086856,FBgn0086912	CG11555,mbm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.114	0.1014	0.1393	0.1003	0.0647	0.133	0.1133	0.1272	0.0647	0.1763	0.1543	0.1763	0.1441	0.1149	0.0941	0.1149	0.1324
chr2L	273837	274093	chr2L:273838-274093	FBgn0086856,FBgn0086912	CG11555,mbm	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1036	0.0973	0.1232	0.0891	0.07	0.1146	0.1081	0.1312	0.07	0.1661	0.1354	0.1661	0.1232	0.1018	0.0941	0.1018	0.1126
chr2L	277191	277369	chr2L:277192-277369	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2182	0.2059	0.259	0.1873	0.1612	0.2155	0.2604	0.2625	0.1612	0.3031	0.282	0.3031	0.2587	0.1991	0.1902	0.1991	0.2095
chr2L	277453	277662	chr2L:277454-277662	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1688	0.1753	0.1912	0.1367	0.1527	0.1694	0.2279	0.2225	0.1527	0.2403	0.208	0.2403	0.1859	0.1639	0.1431	0.1639	0.1537
chr2L	277770	278009	chr2L:277771-278009	FBgn0003444,FBgn0086855	CG17078,smo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.088	0.1037	0.0939	0.0641	0.0848	0.0961	0.1423	0.1306	0.0848	0.1123	0.1042	0.1123	0.0899	0.075	0.0632	0.075	0.0782
chr2L	278175	278335	chr2L:278176-278335	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0573	0.0926	0.0497	0.0262	0.0838	0.0718	0.1423	0.1106	0.0838	0.061	0.0592	0.061	0.0449	0.0276	0.0335	0.0276	0.0339
chr2L	278657	278978	chr2L:278658-278978	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.1844	0.0425	0.0163	0.2333	0.0898	0.3032	0.2199	0.2333	0.0543	0.0495	0.0543	0.0341	0.0138	0.0161	0.0138	0.0193
chr2L	280297	280448	chr2L:280298-280448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0363	0.0722	0.022	0.0121	0.0679	0.0296	0.1423	0.0753	0.0679	0.0236	0.0273	0.0236	0.0186	0.0184	0.0135	0.0184	0.013
chr2L	282349	282563	chr2L:282350-282563	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0843	0.1707	0.0536	0.0213	0.176	0.0738	0.2829	0.2332	0.176	0.0411	0.0756	0.0411	0.0488	0.0268	0.0232	0.0268	0.0229
chr2L	283150	283330	chr2L:283151-283330	FBgn0031244	CG11601	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.085	0.0705	0.0901	0.0955	0.0657	0.0539	0.1038	0.0926	0.0657	0.0483	0.1113	0.0483	0.1541	0.0628	0.1161	0.0628	0.1485
chr2L	283419	283570	chr2L:283420-283570	FBgn0031244	CG11601	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0513	0.0503	0.0525	0.0511	0.035	0.0413	0.0792	0.0613	0.035	0.0308	0.0617	0.0308	0.0937	0.0406	0.0567	0.0406	0.0797
chr2L	283870	284100	chr2L:283871-284100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0558	0.1011	0.0398	0.0227	0.0551	0.0612	0.1315	0.1992	0.0551	0.038	0.0511	0.038	0.0325	0.0245	0.0264	0.0245	0.0261
chr2L	284945	285100	chr2L:284946-285100	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0499	0.0445	0.0605	0.0444	0.0286	0.0451	0.0597	0.0573	0.0286	0.058	0.065	0.058	0.0473	0.0383	0.0329	0.0383	0.0459
chr2L	285298	285461	chr2L:285299-285461	distal	distal	stage11	stage11	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0602	0.0436	0.0769	0.0604	0.0244	0.0417	0.0575	0.0673	0.0244	0.0688	0.0923	0.0688	0.0627	0.0613	0.0574	0.0613	0.0552
chr2L	285663	285846	chr2L:285664-285846	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1799	0.1138	0.2364	0.1918	0.0636	0.1354	0.1176	0.1872	0.0636	0.2059	0.2965	0.2059	0.1998	0.2113	0.2257	0.2113	0.1751
chr2L	286059	286451	chr2L:286060-286451	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1283	0.0851	0.167	0.1341	0.0403	0.1078	0.0982	0.1159	0.0403	0.0972	0.2511	0.0972	0.1464	0.1011	0.2141	0.1011	0.1313
chr2L	286541	286811	chr2L:286542-286811	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0131.1	VT0131.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0716	0.0515	0.0836	0.0809	0.0223	0.0573	0.067	0.0686	0.0223	0.0483	0.1051	0.0483	0.1301	0.0559	0.0729	0.0559	0.1141
chr2L	290464	290615	chr2L:290465-290615	distal	distal	none	none	VT0132.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0281	0.0183	0.0383	0.0277	0.0138	0.0257	0.0212	0.0193	0.0138	0.0616	0.036	0.0616	0.0496	0.0368	0.0251	0.0368	0.0438
chr2L	291789	291973	chr2L:291790-291973	FBgn0031245,FBgn0031247	CG11562,CG3625	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0378	0.0299	0.0324	0.0525	0.017	0.0248	0.0471	0.0346	0.017	0.0356	0.0367	0.0356	0.038	0.0544	0.0322	0.0544	0.0464
chr2L	292037	292257	chr2L:292038-292257	FBgn0031245,FBgn0031247	CG11562,CG3625	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0486	0.0413	0.0496	0.0556	0.0244	0.0466	0.0554	0.05	0.0244	0.0501	0.055	0.0501	0.0682	0.0727	0.0458	0.0727	0.0745
chr2L	292318	292501	chr2L:292319-292501	FBgn0031247	CG11562	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0838	0.0659	0.0881	0.0992	0.0456	0.0777	0.0731	0.0899	0.0456	0.093	0.1023	0.093	0.1162	0.1172	0.1012	0.1172	0.1438
chr2L	292532	292798	chr2L:292533-292798	FBgn0031247	CG11562	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0746	0.0664	0.0867	0.0703	0.0445	0.0728	0.0869	0.0806	0.0445	0.0845	0.1023	0.0845	0.1092	0.0827	0.0729	0.0827	0.0995
chr2L	294567	294774	chr2L:294568-294774	FBgn0017457,FBgn0024352	Hop,U2af38	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1112	0.1013	0.1315	0.1	0.0838	0.1092	0.1276	0.1306	0.0838	0.163	0.1431	0.163	0.1301	0.1034	0.1115	0.1034	0.1115
chr2L	295018	295220	chr2L:295019-295220	FBgn0017457,FBgn0024352	Hop,U2af38	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.129	0.1099	0.157	0.1196	0.0657	0.1369	0.1367	0.1346	0.0657	0.1751	0.1768	0.1751	0.1611	0.1302	0.1315	0.1302	0.135
chr2L	295284	295435	chr2L:295285-295435	FBgn0024352	Hop	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0683	0.0685	0.0819	0.0532	0.0329	0.0801	0.0874	0.0906	0.0329	0.0954	0.0865	0.0954	0.086	0.0528	0.0619	0.0528	0.0573
chr2L	297413	297587	chr2L:297414-297587	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.1201	0.1736	0.1432	0.0965	0.1612	0.1202	0.1526	0.0965	0.1963	0.1859	0.1963	0.2006	0.1669	0.1373	0.1669	0.1704
chr2L	297784	297977	chr2L:297785-297977	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2429	0.2031	0.289	0.2367	0.1569	0.2801	0.1907	0.2751	0.1569	0.3545	0.3122	0.3545	0.2874	0.2519	0.2502	0.2519	0.2741
chr2L	298078	298252	chr2L:298079-298252	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.1138	0.2019	0.1599	0.0583	0.1607	0.1133	0.1539	0.0583	0.2711	0.2093	0.2711	0.1983	0.1922	0.1522	0.1922	0.1996
chr2L	298343	298546	chr2L:298344-298546	FBgn0020622	Pi3K21B	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1118	0.0641	0.1472	0.1263	0.018	0.0913	0.0619	0.0959	0.018	0.1854	0.1514	0.1854	0.1596	0.1639	0.1199	0.1639	0.1516
chr2L	305391	305582	chr2L:305392-305582	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0649	0.054	0.0774	0.0634	0.0318	0.0743	0.0567	0.0686	0.0318	0.0767	0.0942	0.0767	0.0899	0.0697	0.0858	0.0697	0.0714
chr2L	305625	305797	chr2L:305626-305797	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1102	0.082	0.1392	0.11	0.052	0.1199	0.0766	0.1039	0.052	0.1492	0.1576	0.1492	0.1766	0.1126	0.1322	0.1126	0.1407
chr2L	305823	306021	chr2L:305824-306021	FBgn0004611	Plc21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1232	0.082	0.1489	0.1412	0.0467	0.118	0.0757	0.1133	0.0467	0.1528	0.1678	0.1528	0.1936	0.1401	0.1599	0.1401	0.1829
chr2L	306253	306502	chr2L:306254-306502	FBgn0004611	Plc21C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0455	0.0222	0.04	0.0776	0.0106	0.0272	0.0277	0.0253	0.0106	0.0338	0.046	0.0338	0.0635	0.0398	0.1057	0.0398	0.111
chr2L	306538	306729	chr2L:306539-306729	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0332	0.0166	0.0263	0.0595	0.0011	0.016	0.0285	0.02	0.0011	0.0229	0.0241	0.0229	0.0565	0.0421	0.0638	0.0421	0.1115
chr2L	307055	307507	chr2L:307056-307507	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0418	0.0171	0.0345	0.0773	0.0064	0.0214	0.0238	0.018	0.0064	0.035	0.0267	0.035	0.0674	0.1478	0.0503	0.1478	0.0797
chr2L	307519	307670	chr2L:307520-307670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0093	0.0151	0.028	0.0032	0.0117	0.0138	0.0087	0.0032	0.0175	0.0096	0.0175	0.0271	0.0727	0.0123	0.0727	0.0214
chr2L	310081	310246	chr2L:310082-310246	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0093	0.0146	0.0656	0.0021	0.0097	0.0156	0.01	0.0021	0.0115	0.0122	0.0115	0.0271	0.0406	0.0554	0.0406	0.0896
chr2L	312351	312666	chr2L:312352-312666	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0244	0.0173	0.0216	0.0355	0.0085	0.0194	0.0285	0.0127	0.0085	0.0151	0.0196	0.0151	0.0503	0.0184	0.0148	0.0184	0.0964
chr2L	313321	313601	chr2L:313322-313601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0224	0.0191	0.0208	0.0277	0.0074	0.0102	0.0368	0.0233	0.0074	0.0193	0.019	0.0193	0.0372	0.0191	0.0181	0.0191	0.0615
chr2L	314161	314312	chr2L:314162-314312	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.008	0.0108	0.0167	0	0.0083	0.0125	0.0107	0	0.006	0.0084	0.006	0.0232	0.0084	0.0039	0.0084	0.0224
chr2L	315086	315237	chr2L:315087-315237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0206	0.016	0.0206	0.0258	0.0106	0.0141	0.0268	0.016	0.0106	0.0211	0.0196	0.0211	0.0325	0.0199	0.0129	0.0199	0.0339
chr2L	322983	323134	chr2L:322984-323134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0133	0.0184	0.013	0.0042	0.0121	0.0247	0.012	0.0042	0.0145	0.0164	0.0145	0.0442	0.0115	0.009	0.0115	0.024
chr2L	328381	328532	chr2L:328382-328532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0107	0.0108	0.0164	0.0043	0	0.0112	0.0147	0.0167	0	0.0097	0.0312	0.0097	0.0046	0.0023	0.0058	0.0023	0.0068
chr2L	345726	345877	chr2L:345727-345877	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0216	0.0253	0.0253	0.0134	0.0223	0.0267	0.0333	0.0293	0.0223	0.0229	0.0305	0.0229	0.038	0.0084	0.0155	0.0084	0.0214
chr2L	346225	346468	chr2L:346226-346468	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0361	0.0456	0.0386	0.0228	0.0297	0.0505	0.0619	0.052	0.0297	0.0399	0.046	0.0399	0.0612	0.0398	0.0155	0.0398	0.0334
chr2L	346675	347080	chr2L:346676-347080	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.07	0.0865	0.0765	0.0443	0.0604	0.1097	0.1094	0.0913	0.0604	0.0864	0.0794	0.0864	0.1123	0.0697	0.0297	0.0697	0.062
chr2L	347088	347303	chr2L:347089-347303	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0376	0.0491	0.0371	0.0252	0.0382	0.049	0.0709	0.054	0.0382	0.032	0.0402	0.032	0.0565	0.0337	0.0226	0.0337	0.0375
chr2L	347425	347602	chr2L:347426-347602	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0348	0.0525	0.0315	0.0187	0.0456	0.0456	0.0731	0.0673	0.0456	0.0278	0.0376	0.0278	0.0387	0.0184	0.0239	0.0184	0.0245
chr2L	347677	347859	chr2L:347678-347859	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0541	0.0284	0.0192	0.0509	0.0461	0.0679	0.0806	0.0509	0.0248	0.0367	0.0248	0.0356	0.0291	0.0161	0.0291	0.024
chr2L	355891	356219	chr2L:355892-356219	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0599	0.1072	0.0423	0.0265	0.0764	0.084	0.1522	0.1486	0.0764	0.0368	0.0537	0.0368	0.055	0.0222	0.0206	0.0222	0.0469
chr2L	356225	356553	chr2L:356226-356553	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0919	0.1812	0.059	0.0283	0.176	0.1301	0.2755	0.2219	0.176	0.0483	0.0791	0.0483	0.0682	0.026	0.0284	0.026	0.0443
chr2L	356581	356732	chr2L:356582-356732	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.038	0.0664	0.0282	0.017	0.0467	0.0495	0.1051	0.0866	0.0467	0.0242	0.0373	0.0242	0.0333	0.013	0.0168	0.013	0.0261
chr2L	356783	357812	chr2L:356784-357812	FBgn0031250	Ent1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1653	0.1937	0.164	0.1349	0.1559	0.2	0.2578	0.2365	0.1559	0.1757	0.1833	0.1757	0.2014	0.1018	0.1283	0.1018	0.2293
chr2L	357857	358032	chr2L:357858-358032	FBgn0031250	Ent1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1168	0.1081	0.1404	0.1007	0.0594	0.1252	0.1241	0.1606	0.0594	0.1636	0.165	0.1636	0.1402	0.1026	0.0999	0.1026	0.1386
chr2L	358212	358363	chr2L:358213-358363	FBgn0031250	Ent1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0248	0.0322	0.0201	0.0191	0.0233	0.0368	0.0286	0.0191	0.0266	0.0402	0.0266	0.0302	0.0237	0.0174	0.0237	0.0229
chr2L	368241	368465	chr2L:368242-368465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0207	0.0376	0.0203	0.0064	0.0184	0.0324	0.028	0.0064	0.0236	0.0682	0.0236	0.0178	0.0161	0.0445	0.0161	0.0151
chr2L	368758	368975	chr2L:368759-368975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0747	0.0481	0.1088	0.067	0.0212	0.0602	0.0489	0.0766	0.0212	0.0954	0.174	0.0954	0.0627	0.0628	0.1283	0.0628	0.0422
chr2L	369259	369410	chr2L:369260-369410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.0231	0.0372	0.0127	0.0085	0.0272	0.0307	0.03	0.0085	0.0314	0.0582	0.0314	0.0186	0.0077	0.0174	0.0077	0.0135
chr2L	369732	369883	chr2L:369733-369883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0201	0.0172	0.0311	0.0113	0.0042	0.0107	0.0281	0.0286	0.0042	0.0248	0.0482	0.0248	0.0256	0.0061	0.0181	0.0061	0.0125
chr2L	371863	372112	chr2L:371864-372112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0292	0.0227	0.0447	0.0196	0.0106	0.0233	0.0329	0.0313	0.0106	0.0284	0.0743	0.0284	0.0349	0.0115	0.038	0.0115	0.0271
chr2L	372312	372523	chr2L:372313-372523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.031	0.0232	0.0478	0.0213	0.0032	0.0209	0.0381	0.0293	0.0032	0.0411	0.082	0.0411	0.024	0.0153	0.0509	0.0153	0.0198
chr2L	373740	373994	chr2L:373741-373994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0352	0.0328	0.06	0.0106	0.0085	0.035	0.042	0.0506	0.0085	0.026	0.1129	0.026	0.024	0.0061	0.0161	0.0061	0.0078
chr2L	375205	375356	chr2L:375206-375356	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.015	0.0232	0.0114	0.0042	0.0136	0.0242	0.0207	0.0042	0.0115	0.0315	0.0115	0.0217	0.0061	0.02	0.0061	0.012
chr2L	376593	376833	chr2L:376594-376833	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0364	0.0499	0.0453	0.0117	0.0106	0.0451	0.0489	0.1119	0.0106	0.026	0.0659	0.026	0.0465	0.0092	0.02	0.0092	0.0141
chr2L	377779	378178	chr2L:377780-378178	FBgn0000061	al	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1159	0.0845	0.1803	0.0802	0.0318	0.0757	0.0973	0.1652	0.0318	0.0477	0.3531	0.0477	0.1278	0.0245	0.2508	0.0245	0.0526
chr2L	379186	379337	chr2L:379187-379337	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0141	0.0268	0.0123	0.0053	0.0146	0.0225	0.0147	0.0053	0.0139	0.0367	0.0139	0.0372	0.0069	0.0142	0.0069	0.0224
chr2L	380736	380887	chr2L:380737-380887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0206	0.0327	0.0143	0.0095	0.0233	0.0234	0.0293	0.0095	0.0139	0.0598	0.0139	0.024	0.0054	0.0355	0.0054	0.013
chr2L	384835	384986	chr2L:384836-384986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.012	0.0081	0.0159	0.012	0.0032	0.0087	0.0138	0.008	0.0032	0.0139	0.0254	0.0139	0.0101	0.0061	0.0393	0.0061	0.0073
chr2L	388082	388332	chr2L:388083-388332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0222	0.0202	0.0265	0.0198	0.0064	0.0194	0.0346	0.018	0.0064	0.0103	0.0482	0.0103	0.0155	0.0054	0.0606	0.0054	0.0115
chr2L	389616	389767	chr2L:389617-389767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0122	0.0222	0.0139	0.0042	0.0112	0.0212	0.0127	0.0042	0.0103	0.0408	0.0103	0.0139	0.0023	0.0432	0.0023	0.0073
chr2L	389772	390070	chr2L:389773-390070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0229	0.0165	0.0329	0.0192	0.0095	0.0146	0.0281	0.0147	0.0095	0.0199	0.0579	0.0199	0.0209	0.0038	0.0567	0.0038	0.013
chr2L	390626	390777	chr2L:390627-390777	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0134	0.012	0.0168	0.0113	0.0021	0.0092	0.0216	0.0127	0.0021	0.0115	0.0273	0.0115	0.0124	0.01	0.0277	0.01	0.0063
chr2L	393704	393855	chr2L:393705-393855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0209	0.0226	0.0325	0.0063	0.0053	0.018	0.035	0.036	0.0053	0.0115	0.0672	0.0115	0.0101	0.0061	0.0129	0.0061	0.0031
chr2L	394383	394534	chr2L:394384-394534	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0102	0.0066	0.0128	0.0113	0	0.0053	0.0095	0.0127	0	0.0115	0.0212	0.0115	0.007	0.0031	0.0387	0.0031	0.0047
chr2L	395466	395690	chr2L:395467-395690	FBgn0263871	CR43718	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0428	0.0333	0.0471	0.0489	0.0148	0.0301	0.045	0.0526	0.0148	0.0344	0.0688	0.0344	0.0395	0.0329	0.0503	0.0329	0.0318
chr2L	395732	395951	chr2L:395733-395951	FBgn0263871	CR43718	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0352	0.0287	0.0373	0.0401	0.0117	0.0296	0.0411	0.0386	0.0117	0.0254	0.0537	0.0254	0.031	0.0184	0.0277	0.0184	0.0198
chr2L	401803	401954	chr2L:401804-401954	FBgn0031251	CG4213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0213	0.0226	0.0179	0.0237	0.0095	0.0257	0.0307	0.0266	0.0095	0.0332	0.0148	0.0332	0.0178	0.0827	0.0174	0.0827	0.0078
chr2L	402118	402348	chr2L:402119-402348	FBgn0031251	CG4213	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0456	0.0408	0.04	0.0571	0.0191	0.0617	0.0433	0.0473	0.0191	0.087	0.0328	0.087	0.0318	0.2044	0.04	0.2044	0.025
chr2L	403714	403888	chr2L:403715-403888	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1026	0.1013	0.1166	0.0887	0.0604	0.1267	0.1202	0.1266	0.0604	0.1335	0.1299	0.1335	0.1278	0.0888	0.0812	0.0888	0.11
chr2L	403941	404123	chr2L:403942-404123	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1511	0.137	0.1802	0.1351	0.0891	0.1816	0.1505	0.1706	0.0891	0.2349	0.1968	0.2349	0.1797	0.1432	0.1219	0.1432	0.172
chr2L	404190	404361	chr2L:404191-404361	FBgn0003278	RpI135	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1339	0.1234	0.1662	0.11	0.0795	0.1689	0.128	0.1546	0.0795	0.2234	0.1775	0.2234	0.1673	0.1263	0.0967	0.1263	0.1496
chr2L	412884	413045	chr2L:412885-413045	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.038	0.0312	0.0452	0.0379	0.0159	0.0388	0.0398	0.038	0.0159	0.0326	0.0379	0.0326	0.0829	0.0184	0.0245	0.0184	0.0875
chr2L	413258	413409	chr2L:413259-413409	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0269	0.0201	0.0332	0.0277	0.0032	0.0214	0.0324	0.0227	0.0032	0.0242	0.0264	0.0242	0.0635	0.013	0.0123	0.013	0.0683
chr2L	413886	414384	chr2L:413887-414384	FBgn0263350	alpha-Adaptin	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0944	0.0707	0.1195	0.0934	0.0308	0.0903	0.0787	0.0993	0.0308	0.1159	0.1289	0.1159	0.1448	0.085	0.0825	0.085	0.1303
chr2L	414448	414599	chr2L:414449-414599	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0619	0.1138	0.0787	0.0244	0.084	0.0597	0.0999	0.0244	0.1262	0.1254	0.1262	0.1177	0.0819	0.0651	0.0819	0.1037
chr2L	414690	414862	chr2L:414691-414862	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1772	0.1432	0.2263	0.1614	0.088	0.185	0.1471	0.2059	0.088	0.2723	0.2379	0.2723	0.237	0.17	0.1522	0.17	0.1907
chr2L	414971	415363	chr2L:414972-415363	FBgn0263350,FBgn0263933	alpha-Adaptin,ebi	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1791	0.158	0.2241	0.1533	0.1135	0.1835	0.1717	0.2272	0.1135	0.2796	0.2376	0.2796	0.2246	0.1715	0.1605	0.1715	0.1725
chr2L	419338	419499	chr2L:419339-419499	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0769	0.0863	0.0468	0.0467	0.0888	0.0921	0.0993	0.0467	0.1021	0.0968	0.1021	0.079	0.0413	0.0464	0.0413	0.0532
chr2L	419564	419734	chr2L:419565-419734	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1753	0.165	0.2128	0.1455	0.1273	0.2083	0.1881	0.1959	0.1273	0.256	0.2354	0.256	0.2107	0.157	0.1348	0.157	0.1845
chr2L	419843	420026	chr2L:419844-420026	FBgn0002593,FBgn0031252	CG13690,RpLP1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2285	0.2024	0.2816	0.1994	0.1569	0.2485	0.224	0.2585	0.1569	0.3545	0.3055	0.3545	0.2734	0.2198	0.207	0.2198	0.2381
chr2L	420172	420672	chr2L:420173-420672	FBgn0002593	RpLP1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1274	0.1102	0.1655	0.1047	0.052	0.1466	0.1202	0.1519	0.052	0.2186	0.1759	0.2186	0.1727	0.1271	0.0954	0.1271	0.1542
chr2L	420750	420901	chr2L:420751-420901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0587	0.0507	0.0784	0.0461	0.0265	0.0665	0.0593	0.0646	0.0265	0.0924	0.0836	0.0924	0.0968	0.059	0.0387	0.059	0.0631
chr2L	420961	421273	chr2L:420962-421273	FBgn0031253,FBgn0031254	CG11885,CG13692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.139	0.1149	0.1788	0.1223	0.071	0.1684	0.1129	0.1466	0.071	0.221	0.1897	0.221	0.2091	0.144	0.1212	0.144	0.1579
chr2L	421410	421583	chr2L:421411-421583	FBgn0031253,FBgn0031254	CG11885,CG13692	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.153	0.1958	0.15	0.105	0.1956	0.1626	0.2039	0.105	0.25	0.2186	0.25	0.1774	0.1539	0.167	0.1539	0.1782
chr2L	429617	429778	chr2L:429618-429778	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0186	0.0529	0.0423	0.0042	0.0267	0.0229	0.022	0.0042	0.0284	0.1016	0.0284	0.024	0.0061	0.1547	0.0061	0.0167
chr2L	430029	430182	chr2L:430030-430182	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0446	0.0181	0.0692	0.0472	0.0032	0.0262	0.0242	0.0207	0.0032	0.0223	0.136	0.0223	0.0465	0.0092	0.1702	0.0092	0.0193
chr2L	430380	430543	chr2L:430381-430543	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0454	0.0246	0.064	0.0482	0.0021	0.0408	0.0272	0.026	0.0021	0.0411	0.1051	0.0411	0.0573	0.0077	0.1644	0.0077	0.0302
chr2L	431094	431277	chr2L:431095-431277	FBgn0004583	ex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2196	0.2303	0.275	0.1468	0.1994	0.2689	0.2457	0.3065	0.1994	0.3291	0.3257	0.3291	0.2634	0.1018	0.2244	0.1018	0.2444
chr2L	431666	431871	chr2L:431667-431871	FBgn0004583	ex	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1779	0.181	0.2203	0.128	0.1813	0.2146	0.1981	0.2179	0.1813	0.2367	0.2498	0.2367	0.2517	0.0582	0.1908	0.0582	0.2277
chr2L	439107	439328	chr2L:439108-439328	FBgn0263870	CR43717	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0538	0.0267	0.101	0.0324	0.0106	0.0335	0.0342	0.0313	0.0106	0.064	0.1981	0.064	0.0201	0.0153	0.1025	0.0153	0.0141
chr2L	440735	440939	chr2L:440736-440939	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0545	0.0238	0.0961	0.0432	0.0042	0.0374	0.0225	0.0366	0.0042	0.0368	0.21	0.0368	0.0201	0.0115	0.1528	0.0115	0.0156
chr2L	441301	441582	chr2L:441302-441582	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.08	0.0408	0.1494	0.0476	0.0074	0.0558	0.045	0.06	0.0074	0.0954	0.3026	0.0954	0.024	0.0199	0.1676	0.0199	0.013
chr2L	441585	441736	chr2L:441586-441736	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0575	0.0431	0.0949	0.0326	0.0074	0.0471	0.0536	0.0713	0.0074	0.0471	0.1965	0.0471	0.017	0.0138	0.1109	0.0138	0.0115
chr2L	441887	442085	chr2L:441888-442085	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0798	0.09	0.1053	0.0405	0.052	0.0646	0.109	0.1739	0.052	0.0356	0.2309	0.0356	0.0186	0.0077	0.1534	0.0077	0.0073
chr2L	442239	442414	chr2L:442240-442414	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0632	0.0535	0.0906	0.0441	0.0308	0.0466	0.0536	0.1039	0.0308	0.0356	0.19	0.0356	0.0209	0.0199	0.147	0.0199	0.0182
chr2L	442424	442641	chr2L:442425-442641	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0713	0.0558	0.1055	0.0512	0.0361	0.0456	0.0606	0.1079	0.0361	0.0459	0.2209	0.0459	0.0232	0.026	0.1702	0.026	0.0182
chr2L	447215	447443	chr2L:447216-447443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0325	0.049	0.0319	0.0148	0.035	0.0422	0.0718	0.0633	0.035	0.0169	0.0505	0.0169	0.0333	0.0145	0.0226	0.0145	0.0203
chr2L	451846	452020	chr2L:451847-452020	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0295	0.0435	0.0412	0.0127	0.0427	0.035	0.0313	0.0127	0.0332	0.0434	0.0332	0.0821	0.023	0.0303	0.023	0.0933
chr2L	452061	452212	chr2L:452062-452212	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0313	0.0451	0.0383	0.0106	0.0442	0.035	0.042	0.0106	0.0423	0.0424	0.0423	0.0697	0.0237	0.0309	0.0237	0.0787
chr2L	452365	452824	chr2L:452366-452824	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1196	0.1074	0.1435	0.1069	0.0594	0.1383	0.1272	0.1352	0.0594	0.1679	0.1582	0.1679	0.1433	0.1164	0.1148	0.1164	0.1214
chr2L	452977	453146	chr2L:452978-453146	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1977	0.1719	0.2391	0.1812	0.1166	0.2233	0.176	0.2378	0.1166	0.2778	0.2592	0.2778	0.2401	0.1884	0.187	0.1884	0.2079
chr2L	453273	453424	chr2L:453274-453424	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0572	0.0471	0.0754	0.0485	0.018	0.0646	0.0441	0.0766	0.018	0.0942	0.081	0.0942	0.0736	0.049	0.0464	0.049	0.0631
chr2L	453442	453593	chr2L:453443-453593	FBgn0015924,FBgn0031256	CG4164,crq	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0368	0.0338	0.0456	0.0306	0.017	0.0427	0.0407	0.0413	0.017	0.0489	0.0495	0.0489	0.0511	0.0245	0.0322	0.0245	0.0365
chr2L	455433	455613	chr2L:455434-455613	FBgn0031257	CG4133	stage5	none	VT0204.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0528	0.0619	0.0552	0.0401	0.052	0.0675	0.0696	0.0859	0.052	0.0592	0.0592	0.0592	0.0403	0.0115	0.0168	0.0115	0.0214
chr2L	455760	456020	chr2L:455761-456020	FBgn0031257	CG4133	none	none	VT0204.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0486	0.0431	0.0547	0.048	0.0233	0.0515	0.0484	0.0626	0.0233	0.0471	0.0482	0.0471	0.0496	0.0222	0.0232	0.0222	0.0344
chr2L	467869	468028	chr2L:467870-468028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0189	0.0305	0.0394	0.0074	0.0194	0.0316	0.018	0.0074	0.0278	0.0334	0.0278	0.0287	0.0161	0.0271	0.0161	0.0323
chr2L	469088	469305	chr2L:469089-469305	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0105	0.0247	0.0611	0.0042	0.0107	0.0156	0.01	0.0042	0.0254	0.0222	0.0254	0.0503	0.0245	0.0896	0.0245	0.1188
chr2L	470206	470662	chr2L:470207-470662	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0634	0.0332	0.0392	0.1238	0.0106	0.0427	0.0497	0.0313	0.0106	0.0332	0.0354	0.0332	0.0798	0.0781	0.0741	0.0781	0.2694
chr2L	470883	471243	chr2L:470884-471243	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0682	0.0239	0.0627	0.1237	0.0074	0.0316	0.0324	0.0266	0.0074	0.0797	0.0457	0.0797	0.1263	0.0743	0.0696	0.0743	0.2871
chr2L	471395	471546	chr2L:471396-471546	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0389	0.0162	0.0379	0.0652	0.0074	0.0223	0.0221	0.014	0.0074	0.0525	0.0283	0.0525	0.0705	0.0482	0.0438	0.0482	0.1423
chr2L	472185	472563	chr2L:472186-472563	FBgn0027592	MED15	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0765	0.0456	0.0659	0.1227	0.017	0.049	0.0696	0.0473	0.017	0.0652	0.0691	0.0652	0.0976	0.144	0.136	0.144	0.1459
chr2L	472578	472791	chr2L:472579-472791	FBgn0027592	MED15	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0551	0.0415	0.0582	0.0668	0.0201	0.0432	0.0575	0.0526	0.0201	0.0652	0.0614	0.0652	0.0744	0.0842	0.0664	0.0842	0.0761
chr2L	472925	473094	chr2L:472926-473094	FBgn0027592	MED15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1001	0.0799	0.1138	0.1075	0.0509	0.0913	0.0913	0.1139	0.0509	0.1335	0.1222	0.1335	0.1208	0.1263	0.0961	0.1263	0.1199
chr2L	473178	473350	chr2L:473179-473350	FBgn0027592	MED15	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0544	0.0417	0.0622	0.0599	0.0244	0.0447	0.0506	0.0606	0.0244	0.067	0.0695	0.067	0.0596	0.059	0.0458	0.059	0.0578
chr2L	478707	478959	chr2L:478708-478959	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1324	0.0881	0.1754	0.1347	0.0424	0.1301	0.0913	0.1159	0.0424	0.1957	0.1926	0.1957	0.2153	0.1332	0.1676	0.1332	0.1636
chr2L	479097	479307	chr2L:479098-479307	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2189	0.1373	0.2937	0.2281	0.0689	0.2209	0.1254	0.1679	0.0689	0.375	0.3219	0.375	0.3284	0.2802	0.276	0.2802	0.2725
chr2L	479684	479907	chr2L:479685-479907	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1867	0.052	0.2883	0.2257	0.0095	0.1175	0.029	0.0513	0.0095	0.3907	0.3296	0.3907	0.3571	0.2986	0.2798	0.2986	0.32
chr2L	480139	480400	chr2L:480140-480400	FBgn0043364	cbt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2089	0.0839	0.3023	0.2461	0.0223	0.1665	0.0532	0.1053	0.0223	0.3816	0.3585	0.3816	0.3703	0.2994	0.3075	0.2994	0.3481
chr2L	480534	480685	chr2L:480535-480685	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1052	0.0455	0.1522	0.1205	0.0159	0.0786	0.0359	0.06	0.0159	0.1854	0.1968	0.1854	0.1448	0.1286	0.1689	0.1286	0.1548
chr2L	480689	481026	chr2L:480690-481026	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2334	0.1185	0.3426	0.2417	0.052	0.2	0.0852	0.1739	0.052	0.4487	0.4087	0.4487	0.3586	0.2856	0.2843	0.2856	0.3262
chr2L	481184	481389	chr2L:481185-481389	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2194	0.14	0.3004	0.2192	0.0774	0.2417	0.0982	0.1945	0.0774	0.3774	0.3556	0.3774	0.33	0.2397	0.2482	0.2397	0.3002
chr2L	484416	484567	chr2L:484417-484567	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0475	0.0133	0.0575	0.0746	0.0021	0.0296	0.0121	0.0093	0.0021	0.0568	0.0469	0.0568	0.1448	0.0919	0.0361	0.0919	0.1704
chr2L	484637	484839	chr2L:484638-484839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0642	0.0247	0.0796	0.0914	0.0064	0.0456	0.0268	0.0193	0.0064	0.064	0.0431	0.064	0.2672	0.0613	0.0335	0.0613	0.2527
chr2L	485888	486042	chr2L:485889-486042	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0398	0.0187	0.051	0.051	0.0032	0.0345	0.0177	0.0213	0.0032	0.0417	0.0309	0.0417	0.1619	0.0322	0.0284	0.0322	0.1245
chr2L	490117	490386	chr2L:490118-490386	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1539	0.1178	0.1832	0.1621	0.0668	0.1549	0.1198	0.1692	0.0668	0.1969	0.2061	0.1969	0.2138	0.1692	0.1767	0.1692	0.2079
chr2L	490594	490871	chr2L:490595-490871	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1612	0.1068	0.1565	0.2271	0.0562	0.1476	0.1073	0.1532	0.0562	0.1226	0.1698	0.1226	0.251	0.2427	0.2534	0.2427	0.3054
chr2L	490919	491105	chr2L:490920-491105	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0589	0.0591	0.0541	0.0641	0.0318	0.0738	0.0653	0.0839	0.0318	0.0417	0.0621	0.0417	0.0806	0.0582	0.0671	0.0582	0.1063
chr2L	491915	492255	chr2L:491916-492255	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0536	0.0723	0.062	0.0361	0.0617	0.0722	0.0593	0.0361	0.0556	0.091	0.0556	0.1108	0.0459	0.0851	0.0459	0.1027
chr2L	492334	492532	chr2L:492335-492532	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0689	0.0538	0.0826	0.0707	0.0371	0.0597	0.0727	0.0613	0.0371	0.0713	0.0942	0.0713	0.1348	0.0567	0.0761	0.0567	0.1339
chr2L	493135	493286	chr2L:493136-493286	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.012	0.0171	0.0368	0.0042	0.018	0.0143	0.0127	0.0042	0.0145	0.0161	0.0145	0.0356	0.0084	0.0245	0.0084	0.098
chr2L	494078	494229	chr2L:494079-494229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0231	0.0115	0.0263	0.0326	0.0053	0.0165	0.0143	0.0107	0.0053	0.0242	0.0199	0.0242	0.0697	0.0046	0.0168	0.0046	0.0943
chr2L	495476	495754	chr2L:495477-495754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0433	0.0273	0.0565	0.0467	0.0127	0.0345	0.0376	0.028	0.0127	0.0465	0.0601	0.0465	0.1177	0.0299	0.0496	0.0299	0.0964
chr2L	495947	496188	chr2L:495948-496188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0385	0.0289	0.0462	0.0408	0.0127	0.035	0.0402	0.032	0.0127	0.0435	0.0466	0.0435	0.0891	0.0253	0.0297	0.0253	0.1006
chr2L	496456	496679	chr2L:496457-496679	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0396	0.0322	0.0538	0.0323	0.0159	0.0422	0.0415	0.0326	0.0159	0.0616	0.0502	0.0616	0.0984	0.0115	0.0258	0.0115	0.0766
chr2L	497706	497857	chr2L:497707-497857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.026	0.0193	0.0283	0.0309	0.0042	0.0252	0.0307	0.0153	0.0042	0.0278	0.0277	0.0278	0.0589	0.026	0.0219	0.026	0.0709
chr2L	498106	498344	chr2L:498107-498344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0292	0.0203	0.0343	0.0337	0.0064	0.0262	0.0342	0.0113	0.0064	0.0344	0.0277	0.0344	0.0852	0.0459	0.0219	0.0459	0.0693
chr2L	498438	498714	chr2L:498439-498714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0289	0.0135	0.0331	0.0416	0.0021	0.0199	0.0177	0.0093	0.0021	0.0266	0.0238	0.0266	0.096	0.0697	0.0219	0.0697	0.0808
chr2L	498919	499070	chr2L:498920-499070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0091	0.0194	0.023	0.0042	0.0136	0.013	0.006	0.0042	0.0163	0.0154	0.0163	0.0534	0.0176	0.009	0.0176	0.0578
chr2L	501828	502151	chr2L:501829-502151	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0427	0.03	0.0495	0.0494	0.0074	0.0388	0.0376	0.0353	0.0074	0.0356	0.0511	0.0356	0.1053	0.013	0.0374	0.013	0.1188
chr2L	503876	504034	chr2L:503877-504034	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0241	0.0211	0.0286	0.0226	0.0085	0.0252	0.0298	0.022	0.0085	0.0175	0.0389	0.0175	0.0457	0.0222	0.0406	0.0222	0.0261
chr2L	505106	505494	chr2L:505107-505494	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0323	0.0534	0.0439	0.0085	0.0519	0.0411	0.0253	0.0085	0.0326	0.0408	0.0326	0.1603	0.013	0.0297	0.013	0.1131
chr2L	507176	507358	chr2L:507177-507358	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.026	0.009	0.0247	0.0465	0	0.0136	0.0138	0.0067	0	0.0175	0.0305	0.0175	0.0473	0.0207	0.1173	0.0207	0.0521
chr2L	510638	510921	chr2L:510639-510921	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1224	0.0906	0.1675	0.1083	0.0361	0.1359	0.0753	0.1439	0.0361	0.1733	0.1984	0.1733	0.2525	0.1945	0.0903	0.1945	0.1027
chr2L	511853	512036	chr2L:511854-512036	distal	distal	none	none	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0255	0.0103	0.0371	0.0297	0.0021	0.0121	0.0169	0.0093	0.0021	0.026	0.0338	0.026	0.1053	0.013	0.0264	0.013	0.0662
chr2L	515952	516103	chr2L:515953-516103	distal	distal	none	none	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0246	0.0112	0.0275	0.0363	0.0021	0.015	0.0138	0.014	0.0021	0.0236	0.018	0.0236	0.0689	0.0138	0.0123	0.0138	0.0724
chr2L	516362	516762	chr2L:516363-516762	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	ush_-12475/-6925	ush_-12475/-6925	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0922	0.0555	0.1034	0.1209	0.0148	0.1	0.0471	0.0646	0.0148	0.1153	0.0704	0.1153	0.2347	0.0636	0.04	0.0636	0.2225
chr2L	517851	518002	chr2L:517852-518002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0527	0.0734	0.0549	0.027	0.0392	0.1126	0.064	0.0939	0.0392	0.0773	0.0514	0.0773	0.072	0.0237	0.0135	0.0237	0.05
chr2L	518270	518676	chr2L:518271-518676	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1342	0.2625	0.0948	0.0343	0.2704	0.217	0.3365	0.3584	0.2704	0.0833	0.0939	0.0833	0.141	0.023	0.0174	0.023	0.0636
chr2L	519128	519314	chr2L:519129-519314	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0686	0.1053	0.0574	0.04	0.0944	0.0898	0.1427	0.1472	0.0944	0.0574	0.0633	0.0574	0.0829	0.0168	0.0355	0.0168	0.0782
chr2L	519492	519737	chr2L:519493-519737	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0956	0.0836	0.122	0.0801	0.0435	0.1218	0.08	0.1186	0.0435	0.1335	0.1164	0.1335	0.2169	0.0329	0.0587	0.0329	0.1652
chr2L	520554	520705	chr2L:520555-520705	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0411	0.0961	0.0497	0.0148	0.0549	0.0437	0.0593	0.0148	0.1268	0.1064	0.1268	0.1363	0.026	0.0722	0.026	0.0724
chr2L	521083	521319	chr2L:521084-521319	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1098	0.0783	0.1657	0.0837	0.0403	0.1126	0.074	0.1119	0.0403	0.1787	0.182	0.1787	0.2215	0.0421	0.0851	0.0421	0.1376
chr2L	522231	522488	chr2L:522232-522488	distal	distal	none	none	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1145	0.1034	0.132	0.1078	0.0689	0.1461	0.0921	0.1492	0.0689	0.1262	0.1193	0.1262	0.182	0.0482	0.0948	0.0482	0.1454
chr2L	523124	523346	chr2L:523125-523346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1953	0.1486	0.2449	0.1931	0.1103	0.2083	0.1332	0.2065	0.1103	0.2663	0.2669	0.2663	0.3222	0.1953	0.2025	0.1953	0.2757
chr2L	523377	523776	chr2L:523378-523776	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	ush_-1421/-25	ush_-1421/-25	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.3469	0.2967	0.4148	0.3285	0.2598	0.3864	0.2625	0.4237	0.2598	0.4994	0.4691	0.4994	0.4555	0.3522	0.3501	0.3522	0.4294
chr2L	524642	524793	chr2L:524643-524793	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0464	0.034	0.0604	0.045	0.0148	0.0422	0.0342	0.0546	0.0148	0.0562	0.0698	0.0562	0.0937	0.0184	0.0355	0.0184	0.1027
chr2L	526032	526217	chr2L:526033-526217	distal	distal	none	none	ush_1809/7908	ush_1809/7908	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0382	0.0282	0.0443	0.0429	0.0117	0.0354	0.0294	0.0446	0.0117	0.0332	0.0334	0.0332	0.0411	0.0168	0.0213	0.0168	0.0334
chr2L	528788	528939	chr2L:528789-528939	distal	distal	none	none	ush_1809/7908	ush_1809/7908	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.018	0.0194	0.0175	0.0169	0.0138	0.017	0.0251	0.0293	0.0138	0.0254	0.0161	0.0254	0.0209	0.0054	0.0052	0.0054	0.0115
chr2L	531519	531757	chr2L:531520-531757	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0656	0.0374	0.05	0.0551	0.0631	0.083	0.0913	0.0551	0.055	0.0367	0.055	0.0465	0.0904	0.0264	0.0904	0.0891
chr2L	531773	532020	chr2L:531774-532020	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0483	0.0487	0.0406	0.0563	0.0382	0.0519	0.0549	0.07	0.0382	0.0598	0.035	0.0598	0.0612	0.0804	0.029	0.0804	0.1162
chr2L	532166	532317	chr2L:532167-532317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0222	0.0248	0.0225	0.0191	0.0085	0.0306	0.0298	0.0353	0.0085	0.0272	0.0228	0.0272	0.0256	0.026	0.011	0.026	0.0354
chr2L	540241	540458	chr2L:540242-540458	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0914	0.0753	0.1147	0.0837	0.0467	0.0903	0.0917	0.0893	0.0467	0.1329	0.126	0.1329	0.141	0.0758	0.0793	0.0758	0.1287
chr2L	540617	541158	chr2L:540618-541158	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3546	0.301	0.4185	0.3442	0.1983	0.3961	0.3093	0.4004	0.1983	0.5217	0.4415	0.5217	0.4229	0.356	0.3862	0.356	0.3898
chr2L	541339	541604	chr2L:541340-541604	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0957	0.0935	0.1165	0.0753	0.0615	0.1175	0.096	0.1306	0.0615	0.1479	0.1251	0.1479	0.1115	0.0804	0.087	0.0804	0.1011
chr2L	542273	542452	chr2L:542274-542452	FBgn0010602	lwr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0669	0.0984	0.0655	0.0498	0.0786	0.0714	0.0946	0.0498	0.1147	0.1074	0.1147	0.103	0.0704	0.0748	0.0704	0.0792
chr2L	542508	542704	chr2L:542509-542704	FBgn0010602	lwr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1386	0.1305	0.1662	0.1173	0.0753	0.1612	0.1375	0.1879	0.0753	0.1896	0.1794	0.1896	0.1766	0.121	0.1289	0.121	0.1496
chr2L	544049	544200	chr2L:544050-544200	FBgn0031260	Spp	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0373	0.0581	0.033	0.0187	0.0297	0.0311	0.1185	0.0586	0.0297	0.0356	0.0415	0.0356	0.0333	0.0145	0.0219	0.0145	0.0255
chr2L	544562	544737	chr2L:544563-544737	FBgn0031260,FBgn0031261	Spp,nAcRbeta-21C	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.125	0.1155	0.1557	0.1018	0.0912	0.1282	0.1393	0.1446	0.0912	0.18	0.1666	0.18	0.1743	0.0781	0.1122	0.0781	0.1386
chr2L	545058	545209	chr2L:545059-545209	FBgn0031260,FBgn0031261	Spp,nAcRbeta-21C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0348	0.0217	0.0378	0.0461	0.0095	0.0267	0.0268	0.0273	0.0095	0.0399	0.0344	0.0399	0.0736	0.0153	0.0251	0.0153	0.1178
chr2L	547317	547468	chr2L:547318-547468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0079	0.0128	0.0181	0.0032	0.0087	0.0117	0.0067	0.0032	0.0103	0.0119	0.0103	0.0147	0.0038	0.0052	0.0038	0.0078
chr2L	548044	548195	chr2L:548045-548195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0192	0.0136	0.0198	0.0249	0.0032	0.0136	0.0199	0.02	0.0032	0.0109	0.0228	0.0109	0.0256	0.0054	0.0161	0.0054	0.0151
chr2L	549637	549788	chr2L:549638-549788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.012	0.0169	0.0202	0.0042	0.0107	0.0195	0.014	0.0042	0.0139	0.0167	0.0139	0.0186	0.0145	0.0129	0.0145	0.0172
chr2L	549971	550122	chr2L:549972-550122	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.015	0.0115	0.0146	0.0195	0.0021	0.015	0.0143	0.0147	0.0021	0.0127	0.0154	0.0127	0.0163	0.0092	0.0084	0.0092	0.0156
chr2L	550217	550368	chr2L:550218-550368	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0108	0.0108	0.0163	0.0011	0.0092	0.0195	0.0113	0.0011	0.0121	0.0116	0.0121	0.0108	0.0084	0.0032	0.0084	0.0104
chr2L	552543	552734	chr2L:552544-552734	FBgn0005660	Ets21C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0285	0.0128	0.0214	0.0538	0.0042	0.0146	0.0186	0.0167	0.0042	0.0133	0.0289	0.0133	0.0356	0.0237	0.136	0.0237	0.0636
chr2L	559464	559669	chr2L:559465-559669	FBgn0031263	CG2789	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0634	0.0356	0.0661	0.0915	0.0244	0.0427	0.042	0.0466	0.0244	0.061	0.0752	0.061	0.1069	0.121	0.1225	0.121	0.1172
chr2L	559712	559863	chr2L:559713-559863	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0346	0.0229	0.0397	0.0421	0.0106	0.0243	0.0298	0.032	0.0106	0.0477	0.0408	0.0477	0.0503	0.059	0.0471	0.059	0.0573
chr2L	559870	560021	chr2L:559871-560021	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.036	0.0218	0.0431	0.0441	0.0148	0.0199	0.0329	0.024	0.0148	0.0441	0.0447	0.0441	0.0643	0.0513	0.0567	0.0513	0.0568
chr2L	560034	560261	chr2L:560035-560261	FBgn0031263,FBgn0260933	CG2789,rempA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0695	0.0417	0.0852	0.0833	0.0201	0.0515	0.051	0.056	0.0201	0.0882	0.0955	0.0882	0.1084	0.0888	0.098	0.0888	0.1157
chr2L	560299	560496	chr2L:560300-560496	FBgn0260933	rempA	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0806	0.0553	0.1014	0.0859	0.035	0.0748	0.0532	0.0786	0.035	0.1081	0.1145	0.1081	0.1286	0.0949	0.0974	0.0949	0.1193
chr2L	564027	564239	chr2L:564028-564239	FBgn0031265	CG2794	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1177	0.1152	0.1429	0.093	0.0838	0.1388	0.1211	0.1619	0.0838	0.1872	0.1579	0.1872	0.1487	0.1141	0.0961	0.1141	0.1287
chr2L	568017	568205	chr2L:568018-568205	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1192	0.12	0.1415	0.0939	0.0742	0.1476	0.1324	0.1632	0.0742	0.1824	0.1611	0.1824	0.1294	0.0888	0.1135	0.0888	0.1209
chr2L	568227	568409	chr2L:568228-568409	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1368	0.1403	0.1602	0.1072	0.087	0.1665	0.1661	0.1845	0.087	0.1993	0.1762	0.1993	0.1572	0.121	0.1186	0.121	0.1324
chr2L	568521	568714	chr2L:568522-568714	FBgn0021874,FBgn0031266	CG2807,Nle	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0629	0.0646	0.0736	0.0492	0.0382	0.066	0.0869	0.0839	0.0382	0.0906	0.0833	0.0906	0.0751	0.0643	0.0522	0.0643	0.0584
chr2L	574147	574342	chr2L:574148-574342	FBgn0031267,FBgn0031268	Ipk2,cold	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1417	0.1267	0.1808	0.1156	0.0954	0.1655	0.122	0.1832	0.0954	0.215	0.2106	0.215	0.1782	0.1172	0.1244	0.1172	0.1558
chr2L	574411	574579	chr2L:574412-574579	FBgn0031267,FBgn0031268	Ipk2,cold	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1315	0.1094	0.1605	0.1242	0.0848	0.1403	0.112	0.1506	0.0848	0.1944	0.1846	0.1944	0.1549	0.1317	0.1444	0.1317	0.1579
chr2L	574876	575027	chr2L:574877-575027	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0389	0.0356	0.0476	0.0331	0.0148	0.0471	0.0428	0.0446	0.0148	0.0562	0.054	0.0562	0.0449	0.0253	0.0438	0.0253	0.0433
chr2L	575083	575234	chr2L:575084-575234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0309	0.0377	0.0212	0.0201	0.0369	0.0389	0.0386	0.0201	0.0441	0.0421	0.0441	0.0395	0.0138	0.0316	0.0138	0.0281
chr2L	576884	577073	chr2L:576885-577073	FBgn0013323,FBgn0023489	Pph13,Ptth	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.072	0.0591	0.1048	0.0503	0.0255	0.0762	0.0562	0.0946	0.0255	0.1268	0.1174	0.1268	0.1022	0.0567	0.0561	0.0567	0.0782
chr2L	583042	583232	chr2L:583043-583232	distal	distal	none	none	VT0268.1	VT0268.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0298	0.0223	0.0135	0.0085	0.0383	0.0238	0.0553	0.0085	0.0145	0.0225	0.0145	0.0077	0.0077	0.011	0.0077	0.0089
chr2L	585393	585636	chr2L:585394-585636	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0435	0.0315	0.0476	0.0524	0.0117	0.0398	0.0337	0.048	0.0117	0.0248	0.0415	0.0248	0.0302	0.0092	0.0213	0.0092	0.0172
chr2L	588011	588184	chr2L:588012-588184	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0535	0.0299	0.0085	0.0414	0.0427	0.0843	0.062	0.0414	0.0362	0.0322	0.0362	0.0263	0.0084	0.0064	0.0084	0.0083
chr2L	588319	588674	chr2L:588320-588674	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0326	0.0571	0.0255	0.0131	0.0435	0.0451	0.0826	0.0793	0.0435	0.0284	0.0302	0.0284	0.0147	0.013	0.011	0.013	0.0125
chr2L	589314	589465	chr2L:589315-589465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0128	0.0113	0.0138	0.0011	0.0102	0.0216	0.0193	0.0011	0.0066	0.0135	0.0066	0.0062	0.0023	0.0052	0.0023	0.0094
chr2L	589820	590049	chr2L:589821-590049	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0355	0.0394	0.0505	0.0148	0.017	0.0437	0.0467	0.0646	0.017	0.0314	0.0601	0.0314	0.0813	0.01	0.0316	0.01	0.0078
chr2L	590093	590277	chr2L:590094-590277	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0438	0.0598	0.0513	0.0178	0.0276	0.0689	0.0705	0.0886	0.0276	0.0266	0.0691	0.0266	0.079	0.0084	0.0458	0.0084	0.0099
chr2L	591616	591769	chr2L:591617-591769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0322	0.0274	0.0373	0.0319	0.0074	0.034	0.0333	0.0386	0.0074	0.0242	0.0228	0.0242	0.0256	0.01	0.0129	0.01	0.0109
chr2L	594695	594982	chr2L:594696-594982	FBgn0010323	Gsc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2148	0.197	0.2731	0.1707	0.1251	0.2369	0.2128	0.2805	0.1251	0.3533	0.3109	0.3533	0.1859	0.2282	0.2031	0.2282	0.1178
chr2L	595156	595332	chr2L:595157-595332	FBgn0010323	Gsc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0374	0.0787	0.0696	0.0159	0.0422	0.0519	0.0453	0.0159	0.0936	0.0942	0.0936	0.0759	0.0766	0.0703	0.0766	0.073
chr2L	597804	598060	chr2L:597805-598060	distal	distal	none	none	VT0277.1,VT0278.1	VT0277.1,VT0278.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0478	0.0799	0.05	0.0095	0.0626	0.0519	0.1293	0.1026	0.0626	0.0332	0.072	0.0332	0.0194	0.0054	0.0097	0.0054	0.0063
chr2L	599615	599793	chr2L:599616-599793	distal	distal	none	none	VT0278.1,VT0279.1	VT0278.1,VT0279.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.034	0.0466	0.0462	0.0064	0.0148	0.0646	0.0281	0.1019	0.0148	0.0556	0.063	0.0556	0.0155	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr2L	600640	600867	chr2L:600641-600867	distal	distal	stage5	stage5	VT0279.1	VT0279.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0699	0.0208	0.0088	0.0615	0.0296	0.1289	0.0759	0.0615	0.0229	0.0267	0.0229	0.0116	0.0092	0.0058	0.0092	0.0094
chr2L	601651	601887	chr2L:601652-601887	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0785	0.0308	0.0149	0.0657	0.0422	0.1272	0.1086	0.0657	0.0326	0.036	0.0326	0.0232	0.0123	0.0161	0.0123	0.0162
chr2L	601982	602227	chr2L:601983-602227	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0745	0.0528	0.0334	0.0382	0.0519	0.1168	0.1099	0.0382	0.0543	0.0556	0.0543	0.0558	0.0268	0.0342	0.0268	0.037
chr2L	602450	602635	chr2L:602451-602635	FBgn0031270	CG13689	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.1199	0.1547	0.1216	0.0764	0.1427	0.1332	0.1679	0.0764	0.1944	0.1701	0.1944	0.1387	0.124	0.1296	0.124	0.1318
chr2L	602692	602896	chr2L:602693-602896	FBgn0031270	CG13689	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1114	0.1008	0.1345	0.0978	0.0657	0.115	0.1146	0.1439	0.0657	0.1618	0.1595	0.1618	0.1177	0.0896	0.1109	0.0896	0.1131
chr2L	602999	603275	chr2L:603000-603275	FBgn0031270	CG13689	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0553	0.0649	0.0605	0.0389	0.0339	0.0728	0.0861	0.0833	0.0339	0.0592	0.0759	0.0592	0.048	0.023	0.0477	0.023	0.0438
chr2L	606226	606377	chr2L:606227-606377	FBgn0263657	CR43648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0266	0.0358	0.0298	0.013	0.0117	0.049	0.0337	0.058	0.0117	0.032	0.0405	0.032	0.024	0.01	0.0187	0.01	0.0162
chr2L	606440	606622	chr2L:606441-606622	FBgn0263657	CR43648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.034	0.0507	0.0345	0.0146	0.0255	0.0646	0.0536	0.0766	0.0255	0.032	0.0489	0.032	0.0287	0.0138	0.0155	0.0138	0.0198
chr2L	606827	606988	chr2L:606828-606988	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0293	0.043	0.0321	0.0109	0.0297	0.0515	0.0424	0.068	0.0297	0.032	0.0402	0.032	0.0356	0.0115	0.0123	0.0115	0.0141
chr2L	610259	610442	chr2L:610260-610442	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0236	0.0415	0.019	0.0085	0.0286	0.0563	0.051	0.042	0.0286	0.0229	0.0248	0.0229	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0089
chr2L	616859	617010	chr2L:616860-617010	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0106	0.009	0.0093	0.0138	0.0074	0.0073	0.0147	0.0087	0.0074	0.0091	0.0093	0.0091	0.017	0.0077	0.0071	0.0077	0.0349
chr2L	638871	639022	chr2L:638872-639022	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0209	0.0273	0.0268	0.0074	0.0159	0.0267	0.0411	0.0326	0.0159	0.0181	0.0489	0.0181	0.0085	0.0038	0.0142	0.0038	0.0057
chr2L	639487	639638	chr2L:639488-639638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0177	0.0258	0.0092	0.0085	0.0243	0.0182	0.0247	0.0085	0.0157	0.0434	0.0157	0.0147	0.0046	0.0206	0.0046	0.0063
chr2L	654707	654858	chr2L:654708-654858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0115	0.0209	0.0093	0.0053	0.0092	0.0143	0.0207	0.0053	0.0072	0.0392	0.0072	0.0132	0.0069	0.0303	0.0069	0.0021
chr2L	654861	655012	chr2L:654862-655012	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.011	0.0206	0.0123	0.0032	0.0083	0.0156	0.0187	0.0032	0.0097	0.0376	0.0097	0.0139	0.0084	0.0374	0.0084	0.0047
chr2L	663314	663465	chr2L:663315-663465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0149	0.0187	0.0189	0.0063	0.0064	0.0184	0.019	0.0373	0.0064	0.0163	0.0302	0.0163	0.0139	0.0084	0.011	0.0084	0.0042
chr2L	664276	664427	chr2L:664277-664427	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.0264	0.0207	0.007	0.0212	0.0257	0.0298	0.0413	0.0212	0.0193	0.0302	0.0193	0.0139	0.0069	0.0142	0.0069	0.0063
chr2L	667622	667786	chr2L:667623-667786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0419	0.0226	0.0093	0.0329	0.0524	0.0554	0.04	0.0329	0.0248	0.036	0.0248	0.0108	0.0092	0.02	0.0092	0.0068
chr2L	667807	667958	chr2L:667808-667958	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0209	0.0345	0.0213	0.0052	0.0255	0.0369	0.0506	0.036	0.0255	0.0199	0.0373	0.0199	0.0085	0.0046	0.0116	0.0046	0.0031
chr2L	668302	668453	chr2L:668303-668453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0173	0.0209	0.0226	0.0074	0.0117	0.017	0.0294	0.032	0.0117	0.0133	0.0431	0.0133	0.0093	0.0115	0.0103	0.0115	0.0057
chr2L	668904	669055	chr2L:668905-669055	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0228	0.0259	0.01	0.0085	0.0252	0.032	0.0266	0.0085	0.0187	0.0444	0.0187	0.0139	0.0092	0.0239	0.0092	0.0094
chr2L	671150	671301	chr2L:671151-671301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0123	0.0131	0.0181	0.0049	0.0011	0.0087	0.0164	0.0306	0.0011	0.0091	0.0354	0.0091	0.0108	0.0038	0.0097	0.0038	0.0031
chr2L	671564	671739	chr2L:671565-671739	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0245	0.0415	0.0234	0.0067	0.0392	0.0233	0.0502	0.0766	0.0392	0.0115	0.0457	0.0115	0.0116	0.0061	0.0155	0.0061	0.0016
chr2L	675621	675794	chr2L:675622-675794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0179	0.0264	0.0142	0.0064	0.017	0.0229	0.03	0.0064	0.0157	0.0453	0.0157	0.0139	0.0069	0.0335	0.0069	0.0083
chr2L	675937	676088	chr2L:675938-676088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0165	0.0157	0.0231	0.0103	0.0042	0.0165	0.0156	0.0286	0.0042	0.0079	0.0434	0.0079	0.0108	0.0046	0.0258	0.0046	0.0068
chr2L	676373	676524	chr2L:676374-676524	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0153	0.0242	0.0099	0.0042	0.0136	0.0203	0.0266	0.0042	0.0145	0.0428	0.0145	0.0147	0.0069	0.0206	0.0069	0.0104
chr2L	679931	680082	chr2L:679932-680082	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.0106	0.0207	0.0209	0.0053	0.0107	0.0108	0.018	0.0053	0.0091	0.0389	0.0091	0.0132	0.0115	0.0645	0.0115	0.0109
chr2L	682047	682198	chr2L:682048-682198	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0173	0.0241	0.0148	0.0064	0.018	0.0199	0.0306	0.0064	0.0169	0.0405	0.0169	0.0209	0.0107	0.029	0.0107	0.0182
chr2L	682560	682955	chr2L:682561-682955	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0384	0.0319	0.0492	0.0338	0.0148	0.0383	0.0372	0.046	0.0148	0.0483	0.0788	0.0483	0.0271	0.0429	0.0735	0.0429	0.0297
chr2L	683028	683181	chr2L:683029-683181	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0187	0.0128	0.022	0.0216	0.0053	0.0126	0.0143	0.022	0.0053	0.0115	0.0357	0.0115	0.0163	0.0283	0.0477	0.0283	0.0167
chr2L	683556	683825	chr2L:683557-683825	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.03	0.0322	0.0231	0.0053	0.0316	0.0389	0.0493	0.0053	0.0242	0.0524	0.0242	0.0217	0.0222	0.0625	0.0222	0.0167
chr2L	683936	684087	chr2L:683937-684087	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0242	0.0311	0.0114	0.0074	0.0243	0.0307	0.0393	0.0074	0.0284	0.0463	0.0284	0.0201	0.0145	0.0251	0.0145	0.0089
chr2L	684156	684395	chr2L:684157-684395	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.0395	0.0495	0.0266	0.0191	0.0417	0.0437	0.066	0.0191	0.0477	0.072	0.0477	0.0403	0.0345	0.0529	0.0345	0.0234
chr2L	684548	684699	chr2L:684549-684699	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0231	0.026	0.0097	0.0053	0.0189	0.0307	0.0393	0.0053	0.0163	0.0434	0.0163	0.0139	0.0077	0.0245	0.0077	0.0063
chr2L	685397	685548	chr2L:685398-685548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.016	0.0186	0.0214	0.0072	0.0095	0.0136	0.0238	0.034	0.0095	0.0127	0.0405	0.0127	0.0085	0.0038	0.0251	0.0038	0.0021
chr2L	696095	696246	chr2L:696096-696246	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.015	0.0106	0.023	0.0113	0.0011	0.0126	0.0108	0.0193	0.0011	0.0266	0.037	0.0266	0.0062	0.0115	0.0303	0.0115	0.0036
chr2L	696277	696469	chr2L:696278-696469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0191	0.0167	0.026	0.0143	0.0032	0.0189	0.0195	0.026	0.0032	0.0229	0.0473	0.0229	0.0108	0.0069	0.04	0.0069	0.0078
chr2L	701368	701586	chr2L:701369-701586	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.044	0.0486	0.0581	0.0234	0.0148	0.0563	0.0541	0.0799	0.0148	0.0332	0.0968	0.0332	0.0395	0.0115	0.0593	0.0115	0.0177
chr2L	701784	701990	chr2L:701785-701990	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1405	0.1449	0.1858	0.0859	0.087	0.1607	0.138	0.2632	0.087	0.125	0.2929	0.125	0.1371	0.0995	0.1947	0.0995	0.0558
chr2L	702120	702271	chr2L:702121-702271	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0617	0.0471	0.0904	0.0467	0.0286	0.0549	0.0381	0.0946	0.0286	0.0405	0.1621	0.0405	0.0581	0.0421	0.1302	0.0421	0.0234
chr2L	704911	705094	chr2L:704912-705094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.053	0.0404	0.0846	0.0323	0.0064	0.0422	0.0355	0.0906	0.0064	0.0175	0.1814	0.0175	0.0279	0.0084	0.118	0.0084	0.0094
chr2L	708091	708242	chr2L:708092-708242	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0426	0.0305	0.0698	0.0262	0.0138	0.0296	0.0368	0.0526	0.0138	0.0175	0.1502	0.0175	0.0217	0.0054	0.0941	0.0054	0.0109
chr2L	708323	708506	chr2L:708324-708506	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0752	0.0819	0.1114	0.0279	0.0498	0.0767	0.0848	0.1579	0.0498	0.0181	0.2473	0.0181	0.0232	0.0077	0.0986	0.0077	0.0104
chr2L	712868	713078	chr2L:712869-713078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0585	0.0718	0.0797	0.0205	0.0318	0.0573	0.0627	0.1785	0.0318	0.0175	0.1682	0.0175	0.0287	0.0038	0.0787	0.0038	0.0057
chr2L	713397	713795	chr2L:713398-713795	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.148	0.1548	0.2121	0.07	0.0848	0.1476	0.1215	0.3544	0.0848	0.0755	0.4145	0.0755	0.1332	0.026	0.2398	0.026	0.0276
chr2L	714315	714517	chr2L:714316-714517	FBgn0000497	ds	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0673	0.0699	0.0862	0.0436	0.0201	0.0631	0.0644	0.1619	0.0201	0.0223	0.1659	0.0223	0.062	0.0253	0.1173	0.0253	0.0234
chr2L	714546	714750	chr2L:714547-714750	FBgn0000497	ds	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0548	0.0425	0.0819	0.0389	0.0117	0.0388	0.0372	0.0999	0.0117	0.0356	0.1473	0.0356	0.0658	0.0383	0.0961	0.0383	0.0214
chr2L	714966	715205	chr2L:714967-715205	FBgn0000497	ds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.162	0.1583	0.2188	0.1039	0.0965	0.1607	0.125	0.3351	0.0965	0.1117	0.3949	0.1117	0.1619	0.1256	0.2669	0.1256	0.0464
chr2L	715226	715479	chr2L:715227-715479	FBgn0000497	ds	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1561	0.1543	0.2075	0.1017	0.1082	0.1515	0.1285	0.3205	0.1082	0.0737	0.3842	0.0737	0.1518	0.0865	0.3011	0.0865	0.0391
chr2L	715628	715813	chr2L:715629-715813	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0596	0.0384	0.0985	0.0405	0.0201	0.0379	0.0368	0.0793	0.0201	0.0278	0.191	0.0278	0.0604	0.0069	0.1393	0.0069	0.0141
chr2L	720825	720976	chr2L:720826-720976	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0107	0.0106	0.011	0.0106	0.0064	0.0068	0.0164	0.0153	0.0064	0.0079	0.018	0.0079	0.0077	0.0054	0.0284	0.0054	0.0073
chr2L	739875	740036	chr2L:739876-740036	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.036	0.0317	0.0518	0.0234	0.0148	0.033	0.0463	0.0366	0.0148	0.0399	0.073	0.0399	0.055	0.0168	0.0297	0.0168	0.0297
chr2L	740132	740327	chr2L:740133-740327	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0865	0.0669	0.1204	0.071	0.0339	0.0738	0.0878	0.0853	0.0339	0.1008	0.1614	0.1008	0.1309	0.0574	0.0961	0.0574	0.0834
chr2L	745826	746010	chr2L:745827-746010	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0361	0.0204	0.0288	0.0616	0.0085	0.0141	0.0363	0.0233	0.0085	0.0121	0.0405	0.0121	0.0449	0.0245	0.0858	0.0245	0.0865
chr2L	750456	750607	chr2L:750457-750607	FBgn0031275	GABA-B-R3	none	none	VT0353.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0122	0.0066	0.0076	0.0234	0.0021	0.0049	0.0134	0.006	0.0021	0.0054	0.008	0.0054	0.0023	0.0054	0.0071	0.0054	0.0073
chr2L	790118	790269	chr2L:790119-790269	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0112	0.0093	0.0137	0.0106	0.0011	0.0083	0.0195	0.0073	0.0011	0.0127	0.0141	0.0127	0.0248	0.0092	0.0077	0.0092	0.0208
chr2L	798440	798632	chr2L:798441-798632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0145	0.0125	0.023	0.0075	0.0032	0.0199	0.0173	0.0093	0.0032	0.0562	0.0103	0.0562	0.0341	0.0084	0.0032	0.0084	0.0089
chr2L	798753	798904	chr2L:798754-798904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0126	0.0113	0.017	0.0093	0.0053	0.0126	0.0173	0.012	0.0053	0.0308	0.0122	0.0308	0.0287	0.0115	0.0052	0.0115	0.0089
chr2L	810213	810364	chr2L:810214-810364	FBgn0051658	Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0276	0.0289	0.0265	0.0274	0.0127	0.0335	0.0359	0.04	0.0127	0.0187	0.0286	0.0187	0.0418	0.0245	0.0226	0.0245	0.0443
chr2L	810458	810859	chr2L:810459-810859	FBgn0051658	Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0685	0.076	0.0708	0.0575	0.0445	0.0937	0.0839	0.1039	0.0445	0.0574	0.0749	0.0574	0.1084	0.0429	0.0516	0.0429	0.0974
chr2L	811052	811203	chr2L:811053-811203	FBgn0051658,FBgn0086130	KH1,Nnf1b	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0198	0.0277	0.0246	0.0074	0.0262	0.0251	0.0253	0.0074	0.0242	0.0312	0.0242	0.0395	0.0268	0.0168	0.0268	0.0313
chr2L	811250	811426	chr2L:811251-811426	FBgn0086130	KH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0307	0.0204	0.0362	0.0362	0.0127	0.0272	0.0242	0.0233	0.0127	0.026	0.0453	0.026	0.0558	0.0352	0.0355	0.0352	0.049
chr2L	811491	811684	chr2L:811492-811684	FBgn0086130	KH1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.057	0.0319	0.0683	0.0727	0.0223	0.0437	0.0333	0.0393	0.0223	0.0652	0.0778	0.0652	0.0891	0.0735	0.0677	0.0735	0.1063
chr2L	815610	815761	chr2L:815611-815761	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0408	0.048	0.0347	0.0201	0.0379	0.0549	0.062	0.0201	0.0556	0.0553	0.0556	0.0496	0.0314	0.0432	0.0314	0.0474
chr2L	815886	816058	chr2L:815887-816058	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1043	0.1352	0.1017	0.0636	0.116	0.1215	0.1426	0.0636	0.154	0.154	0.154	0.1495	0.1049	0.1032	0.1049	0.1313
chr2L	816147	816307	chr2L:816148-816307	FBgn0031281,FBgn0031282	Pex12,Saf6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0513	0.0801	0.0515	0.0233	0.0641	0.0545	0.0779	0.0233	0.0906	0.09	0.0906	0.0837	0.0666	0.0477	0.0666	0.0568
chr2L	819521	819782	chr2L:819522-819782	FBgn0015621,FBgn0031284	CG3876,Clp	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1281	0.1132	0.143	0.1284	0.0657	0.1417	0.1263	0.1552	0.0657	0.1673	0.1547	0.1673	0.165	0.1332	0.1238	0.1332	0.1735
chr2L	819846	820032	chr2L:819847-820032	FBgn0015621,FBgn0031284	CG3876,Clp	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1522	0.1358	0.1777	0.1426	0.0848	0.1583	0.1644	0.1799	0.0848	0.2313	0.1945	0.2313	0.1689	0.1493	0.1406	0.1493	0.1819
chr2L	820993	821191	chr2L:820994-821191	FBgn0031285	CG3662	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0668	0.0718	0.0784	0.0485	0.0594	0.0743	0.0921	0.0933	0.0594	0.1069	0.0836	0.1069	0.0705	0.0536	0.0406	0.0536	0.0599
chr2L	821335	821521	chr2L:821336-821521	FBgn0031285	CG3662	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1335	0.128	0.1506	0.1207	0.105	0.1476	0.1458	0.1666	0.105	0.2017	0.1592	0.2017	0.1487	0.1202	0.0961	0.1202	0.1438
chr2L	821613	821854	chr2L:821614-821854	FBgn0031285	CG3662	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.083	0.0654	0.0926	0.0922	0.0509	0.0752	0.0787	0.0826	0.0509	0.1087	0.0929	0.1087	0.0953	0.0636	0.0522	0.0636	0.0797
chr2L	825807	826016	chr2L:825808-826016	FBgn0010583,FBgn0031286	CG3862,dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2047	0.1879	0.2412	0.1833	0.1432	0.2131	0.2119	0.2638	0.1432	0.2971	0.2662	0.2971	0.2308	0.2098	0.1663	0.2098	0.2277
chr2L	826107	826356	chr2L:826108-826356	FBgn0010583,FBgn0031286	CG3862,dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1656	0.164	0.1929	0.1373	0.0997	0.1932	0.1838	0.2378	0.0997	0.2603	0.2084	0.2603	0.1456	0.157	0.1173	0.157	0.1485
chr2L	826433	826725	chr2L:826434-826725	FBgn0010583	dock	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1854	0.2349	0.1923	0.1227	0.1866	0.2529	0.2695	0.3384	0.1866	0.2307	0.1958	0.2307	0.1007	0.0972	0.0709	0.0972	0.0782
chr2L	826874	827029	chr2L:826875-827029	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0463	0.0398	0.0415	0.0589	0.0255	0.0427	0.0528	0.0486	0.0255	0.0338	0.028	0.0338	0.031	0.026	0.02	0.026	0.0459
chr2L	827206	827393	chr2L:827207-827393	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.052	0.029	0.0433	0.0872	0.017	0.0282	0.0376	0.0426	0.017	0.0314	0.0293	0.0314	0.1154	0.121	0.0393	0.121	0.1626
chr2L	827399	827564	chr2L:827400-827564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0427	0.0255	0.0369	0.0682	0.0053	0.0267	0.035	0.0366	0.0053	0.0229	0.0222	0.0229	0.1092	0.0972	0.0413	0.0972	0.1277
chr2L	827779	827935	chr2L:827780-827935	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0429	0.0288	0.0541	0.0465	0.0127	0.0345	0.032	0.0393	0.0127	0.0362	0.0325	0.0362	0.1634	0.0322	0.0329	0.0322	0.1021
chr2L	831766	831917	chr2L:831767-831917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0262	0.0346	0.027	0.0157	0.0212	0.0272	0.0402	0.0673	0.0212	0.032	0.0273	0.032	0.0333	0.0123	0.02	0.0123	0.0245
chr2L	831935	832386	chr2L:831936-832386	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0575	0.083	0.0546	0.0322	0.0647	0.0704	0.1016	0.1312	0.0647	0.0598	0.0624	0.0598	0.0527	0.0299	0.0251	0.0299	0.0516
chr2L	832495	832646	chr2L:832496-832646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0286	0.0406	0.0286	0.0152	0.0297	0.0306	0.0532	0.068	0.0297	0.0338	0.0334	0.0338	0.0294	0.0107	0.0168	0.0107	0.0219
chr2L	832698	832907	chr2L:832699-832907	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0394	0.0542	0.0405	0.0216	0.0414	0.0413	0.0675	0.0919	0.0414	0.0483	0.0405	0.0483	0.0519	0.0184	0.0181	0.0184	0.0354
chr2L	833203	833452	chr2L:833204-833452	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0547	0.0537	0.0701	0.039	0.0414	0.0549	0.0593	0.0813	0.0414	0.0948	0.0775	0.0948	0.0728	0.0413	0.0316	0.0413	0.0787
chr2L	834201	834352	chr2L:834202-834352	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.0365	0.0232	0.0167	0.0244	0.0282	0.0502	0.0573	0.0244	0.0254	0.0251	0.0254	0.0248	0.0161	0.02	0.0161	0.0167
chr2L	837909	838060	chr2L:837910-838060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.017	0.0229	0.0135	0.0142	0.017	0.0204	0.0264	0.0406	0.017	0.0193	0.0167	0.0193	0.007	0.0107	0.0168	0.0107	0.0052
chr2L	838543	838717	chr2L:838544-838717	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0275	0.036	0.0307	0.0143	0.017	0.051	0.0324	0.0526	0.017	0.0634	0.028	0.0634	0.0209	0.0191	0.0155	0.0191	0.0162
chr2L	838925	839650	chr2L:838926-839650	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0663	0.0735	0.0651	0.0596	0.0318	0.1029	0.0822	0.0959	0.0318	0.1316	0.0621	0.1316	0.0341	0.1309	0.0683	0.1309	0.0516
chr2L	839931	840429	chr2L:839932-840429	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.05	0.072	0.0485	0.0272	0.0382	0.0699	0.0887	0.1159	0.0382	0.0707	0.0543	0.0707	0.0302	0.0322	0.0342	0.0322	0.0276
chr2L	844567	844718	chr2L:844568-844718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0153	0.0148	0.0234	0.0042	0.0131	0.0199	0.0247	0.0042	0.0187	0.0186	0.0187	0.0116	0.0513	0.0355	0.0513	0.0162
chr2L	845269	845479	chr2L:845270-845479	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0325	0.0396	0.0268	0.0308	0.017	0.0515	0.0385	0.0646	0.017	0.0459	0.0244	0.0459	0.0194	0.0796	0.0284	0.0796	0.0229
chr2L	845795	845946	chr2L:845796-845946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0207	0.0163	0.0189	0.0276	0.0042	0.0214	0.0147	0.0286	0.0042	0.038	0.0164	0.038	0.0178	0.0873	0.0251	0.0873	0.0167
chr2L	846479	846865	chr2L:846480-846865	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0442	0.0385	0.0308	0.0652	0.0233	0.0364	0.0471	0.0586	0.0233	0.0296	0.0373	0.0296	0.0403	0.1187	0.1277	0.1187	0.0433
chr2L	847697	847848	chr2L:847698-847848	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0377	0.0348	0.0298	0.0497	0.0159	0.032	0.0394	0.0666	0.0159	0.0205	0.0395	0.0205	0.0403	0.0268	0.0877	0.0268	0.0776
chr2L	847950	848117	chr2L:847951-848117	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.031	0.0419	0.0443	0.0127	0.034	0.0303	0.058	0.0127	0.0193	0.0727	0.0193	0.0341	0.0214	0.1186	0.0214	0.0386
chr2L	849845	850186	chr2L:849846-850186	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1397	0.2668	0.1114	0.0287	0.2365	0.2505	0.3106	0.4024	0.2365	0.1075	0.1666	0.1075	0.0542	0.0314	0.0342	0.0314	0.0271
chr2L	850613	850836	chr2L:850614-850836	FBgn0020304	drongo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1172	0.1284	0.1382	0.0816	0.0954	0.1345	0.1445	0.1979	0.0954	0.1576	0.1659	0.1576	0.1348	0.0781	0.0877	0.0781	0.0948
chr2L	850980	851158	chr2L:850981-851158	FBgn0020304	drongo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2191	0.2101	0.2544	0.1902	0.1601	0.251	0.2366	0.2698	0.1601	0.3086	0.2801	0.3086	0.2463	0.2014	0.207	0.2014	0.2272
chr2L	851320	851471	chr2L:851321-851471	FBgn0020304	drongo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0688	0.0673	0.0844	0.0533	0.0424	0.0835	0.0804	0.0813	0.0424	0.1202	0.09	0.1202	0.0767	0.059	0.0503	0.059	0.0646
chr2L	852663	852920	chr2L:852664-852920	FBgn0020545,FBgn0031287	CG4291,kraken	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1343	0.1047	0.1615	0.1374	0.07	0.1272	0.1267	0.1233	0.07	0.1854	0.1765	0.1854	0.2146	0.1799	0.1509	0.1799	0.185
chr2L	855336	855543	chr2L:855337-855543	FBgn0031288	CG13949	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1151	0.1093	0.1317	0.1032	0.053	0.1233	0.1471	0.1399	0.053	0.1546	0.1479	0.1546	0.1425	0.1041	0.1051	0.1041	0.1449
chr2L	855664	855815	chr2L:855665-855815	FBgn0031288	CG13949	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0345	0.0527	0.0337	0.0074	0.0393	0.048	0.046	0.0074	0.0616	0.0592	0.0616	0.0643	0.0306	0.0271	0.0306	0.0511
chr2L	856434	856585	chr2L:856435-856585	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0354	0.0307	0.0508	0.024	0.0085	0.0437	0.0407	0.034	0.0085	0.0356	0.0486	0.0356	0.1255	0.0207	0.0251	0.0207	0.0459
chr2L	856608	856760	chr2L:856609-856760	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0315	0.0595	0.0288	0.0053	0.0476	0.0424	0.0333	0.0053	0.029	0.0688	0.029	0.1425	0.0123	0.0368	0.0123	0.0615
chr2L	856881	857095	chr2L:856882-857095	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0541	0.0375	0.0831	0.0407	0.0106	0.0515	0.0471	0.0433	0.0106	0.0302	0.0968	0.0302	0.2107	0.0207	0.0593	0.0207	0.0797
chr2L	857320	857471	chr2L:857321-857471	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0252	0.0145	0.0359	0.0255	0.0032	0.0146	0.0212	0.02	0.0032	0.0121	0.0347	0.0121	0.1092	0.0184	0.0206	0.0184	0.0604
chr2L	858000	858162	chr2L:858001-858162	FBgn0262177	mir-375	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0277	0.0161	0.0339	0.0338	0.0085	0.0209	0.0182	0.0213	0.0085	0.0199	0.0241	0.0199	0.1084	0.0161	0.0213	0.0161	0.0907
chr2L	858369	858552	chr2L:858370-858552	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0167	0.0319	0.0255	0.0064	0.0218	0.026	0.0153	0.0064	0.0187	0.0248	0.0187	0.0999	0.0069	0.0181	0.0069	0.0631
chr2L	865781	865978	chr2L:865782-865978	FBgn0086031	snoRNA:Me28S-U1230	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0677	0.0926	0.0735	0.0334	0.0647	0.0883	0.1185	0.1372	0.0647	0.0616	0.0785	0.0616	0.1325	0.0123	0.0529	0.0123	0.0568
chr2L	867035	867214	chr2L:867036-867214	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0909	0.0445	0.1278	0.1022	0.0159	0.0626	0.042	0.0686	0.0159	0.0779	0.172	0.0779	0.1596	0.0245	0.2108	0.0245	0.124
chr2L	867236	867445	chr2L:867237-867445	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1064	0.0756	0.1472	0.0961	0.0339	0.0762	0.0856	0.1386	0.0339	0.0731	0.2363	0.0731	0.1433	0.0161	0.2611	0.0161	0.086
chr2L	867645	867828	chr2L:867646-867828	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1258	0.1467	0.1544	0.0709	0.1145	0.1194	0.1964	0.2185	0.1145	0.0731	0.2637	0.0731	0.1317	0.0199	0.1928	0.0199	0.0547
chr2L	867962	868125	chr2L:867963-868125	FBgn0029095	aru	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.138	0.1661	0.1648	0.077	0.1326	0.1447	0.2215	0.2405	0.1326	0.0864	0.2768	0.0864	0.1418	0.036	0.1915	0.036	0.0584
chr2L	868259	868432	chr2L:868260-868432	FBgn0029095	aru	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1336	0.1514	0.1565	0.0886	0.1283	0.1243	0.1903	0.2385	0.1283	0.0906	0.2695	0.0906	0.1177	0.0459	0.2115	0.0459	0.0839
chr2L	869750	869945	chr2L:869751-869945	FBgn0020305	dbe	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1286	0.1214	0.1585	0.1039	0.0817	0.1359	0.1436	0.1686	0.0817	0.183	0.1936	0.183	0.151	0.1187	0.1231	0.1187	0.1225
chr2L	870369	870556	chr2L:870370-870556	FBgn0053526	PNUTS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1722	0.1588	0.2049	0.1514	0.1177	0.1864	0.1691	0.2252	0.1177	0.2645	0.2109	0.2645	0.2076	0.1631	0.1638	0.1631	0.1793
chr2L	870764	870954	chr2L:870765-870954	FBgn0053526	PNUTS	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1745	0.1646	0.2102	0.1464	0.1135	0.2063	0.192	0.2099	0.1135	0.2729	0.2219	0.2729	0.1859	0.1501	0.1457	0.1501	0.1725
chr2L	870969	871143	chr2L:870970-871143	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2104	0.1997	0.2508	0.178	0.1527	0.2495	0.2262	0.2478	0.1527	0.3225	0.2746	0.3225	0.2355	0.1953	0.1838	0.1953	0.2048
chr2L	871379	871567	chr2L:871380-871567	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2505	0.2393	0.2849	0.2252	0.1898	0.2908	0.2772	0.2911	0.1898	0.3635	0.3113	0.3635	0.2641	0.2381	0.2405	0.2381	0.2574
chr2L	871648	871832	chr2L:871649-871832	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1523	0.1548	0.1741	0.1256	0.1177	0.1772	0.205	0.1726	0.1177	0.2277	0.1868	0.2277	0.1588	0.1348	0.1386	0.1348	0.1407
chr2L	873830	873981	chr2L:873831-873981	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0534	0.0492	0.0602	0.0506	0.0392	0.0549	0.0601	0.0626	0.0392	0.0646	0.0643	0.0646	0.079	0.0505	0.0368	0.0505	0.0703
chr2L	874226	874423	chr2L:874227-874423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0751	0.0739	0.0954	0.054	0.0573	0.083	0.0895	0.0953	0.0573	0.0906	0.1135	0.0906	0.1325	0.0413	0.0664	0.0413	0.0829
chr2L	884708	885016	chr2L:884709-885016	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0581	0.0521	0.0725	0.049	0.0308	0.0558	0.0662	0.072	0.0308	0.0864	0.0852	0.0864	0.0713	0.0482	0.0529	0.0482	0.0657
chr2L	885090	885253	chr2L:885091-885253	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0641	0.0883	0.0656	0.0361	0.0704	0.0796	0.0873	0.0361	0.1051	0.1006	0.1051	0.0945	0.0697	0.0741	0.0697	0.0808
chr2L	885419	885570	chr2L:885420-885570	FBgn0031292	CG15824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0212	0.0237	0.0213	0.0184	0.0117	0.0214	0.0342	0.0293	0.0117	0.0242	0.0273	0.0242	0.0147	0.0184	0.0161	0.0184	0.0162
chr2L	886587	886738	chr2L:886588-886738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0092	0.0088	0.0069	0.0123	0.0011	0.0083	0.0151	0.01	0.0011	0.0048	0.0061	0.0048	0.0046	0.0023	6e-04	0.0023	0.0036
chr2L	892766	892917	chr2L:892767-892917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0076	0.0076	0.0089	0.0011	0.0068	0.0147	0.0073	0.0011	0.0072	0.0061	0.0072	0.0054	0.0046	0.0013	0.0046	0.0031
chr2L	893419	893570	chr2L:893420-893570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0113	0.0117	0.0141	0.0021	0.0136	0.0169	0.014	0.0021	0.0145	0.0122	0.0145	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	893801	893952	chr2L:893802-893952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0142	0.0119	0.0125	0.0021	0.0155	0.0251	0.0133	0.0021	0.0085	0.0135	0.0085	0.0054	8e-04	0.0032	8e-04	0.0042
chr2L	901363	901551	chr2L:901364-901551	FBgn0003916	snRNA:U1:21D	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1386	0.1901	0.1312	0.0893	0.1866	0.2049	0.2124	0.2465	0.1866	0.1655	0.137	0.1655	0.1294	0.1263	0.0754	0.1263	0.1006
chr2L	901552	901769	chr2L:901553-901769	FBgn0003916	snRNA:U1:21D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.2142	0.2019	0.1397	0.1888	0.2393	0.2504	0.2605	0.1888	0.2361	0.1974	0.2361	0.237	0.1639	0.1225	0.1639	0.1579
chr2L	914048	914199	chr2L:914049-914199	FBgn0046113	GluRIIC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0112	0.0135	0.0089	0.0113	0.0032	0.0218	0.0164	0.01	0.0032	0.0127	0.0096	0.0127	0.0077	0.0398	0.0045	0.0398	0.0073
chr2L	914538	914689	chr2L:914539-914689	FBgn0046113	GluRIIC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.011	0.0118	0.01	0.0113	0.0053	0.018	0.016	0.008	0.0053	0.0121	0.0113	0.0121	0.0093	0.0406	0.0045	0.0406	0.0021
chr2L	918892	919052	chr2L:918893-919052	distal	distal	none	none	VT0440.1	VT0440.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0108	0.0156	0.032	0.0053	0.0117	0.019	0.0073	0.0053	0.0103	0.0113	0.0103	0.0101	0.01	0.0052	0.01	0.0099
chr2L	921900	922090	chr2L:921901-922090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0649	0.0728	0.0694	0.0511	0.0498	0.0835	0.0852	0.0959	0.0498	0.0694	0.0727	0.0694	0.0705	0.0276	0.0438	0.0276	0.0453
chr2L	922183	922364	chr2L:922184-922364	FBgn0028481	CG4341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0578	0.0669	0.0569	0.0487	0.0551	0.0748	0.0761	0.0906	0.0551	0.0598	0.0592	0.0598	0.0434	0.0184	0.0226	0.0184	0.036
chr2L	922643	922870	chr2L:922644-922870	FBgn0028481	CG4341	stage14,stage5	none	VT0443.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0429	0.0246	0.0544	0.0308	0.0359	0.0696	0.0466	0.0308	0.0242	0.0222	0.0242	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0109
chr2L	928447	928598	chr2L:928448-928598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0082	0.0066	0.0138	0.0042	0.0039	0.016	0.0093	0.0042	0.0097	0.0061	0.0097	0.0046	0.013	0.0077	0.013	0.0146
chr2L	930931	931082	chr2L:930932-931082	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0079	0.0072	0.0107	0.0032	0.0078	0.0151	0.0053	0.0032	0.0066	0.01	0.0066	0.0062	0.0054	0.0045	0.0054	0.0047
chr2L	931431	931582	chr2L:931432-931582	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.006	0.0041	0.0097	0.0021	0.0024	0.0125	0.006	0.0021	0.0054	0.0032	0.0054	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.001
chr2L	937023	937174	chr2L:937024-937174	distal	distal	none	none	VT0450.1,VT0451.1	VT0450.1,VT0451.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0061	0.0072	0.0095	0.0011	0.0053	0.0104	0.0073	0.0011	0.0085	0.0087	0.0085	0.0039	0.0061	0.0045	0.0061	0.0047
chr2L	937306	937457	chr2L:937307-937457	distal	distal	none	none	VT0450.1,VT0451.1	VT0450.1,VT0451.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0074	0.0083	0.0051	0.0089	0.0074	0.0053	0.0151	0.0067	0.0074	0.0072	0.0045	0.0072	0.0031	0.0054	0.0019	0.0054	0.0063
chr2L	984646	984797	chr2L:984647-984797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0078	0.0075	0.0062	0.0099	0.0042	0.0083	0.0125	0.0033	0.0042	0.006	0.0058	0.006	0.0015	8e-04	0.0026	8e-04	0.0036
chr2L	991374	991525	chr2L:991375-991525	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0117	0.011	0.0143	0.0096	0.0053	0.0058	0.0221	0.0107	0.0053	0.0103	0.0122	0.0103	0.0077	0.0054	0.0032	0.0054	0.0036
chr2L	991828	991979	chr2L:991829-991979	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0123	0.013	0.0117	0.0124	0.0032	0.0146	0.0195	0.0147	0.0032	0.0163	0.0106	0.0163	0.0062	0.0283	0.0071	0.0283	0.0057
chr2L	994913	995064	chr2L:994914-995064	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0067	0.0059	0.0063	0.0081	0.0042	0.0034	0.0117	0.0053	0.0042	0.0091	0.0061	0.0091	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0057
chr2L	1006602	1006794	chr2L:1006603-1006794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0876	0.0748	0.108	0.0797	0.0498	0.085	0.0913	0.1013	0.0498	0.1322	0.1186	0.1322	0.0991	0.085	0.0825	0.085	0.0813
chr2L	1006970	1007121	chr2L:1006971-1007121	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0249	0.0429	0.0259	0.0074	0.034	0.0307	0.03	0.0074	0.0447	0.0486	0.0447	0.0318	0.0268	0.0342	0.0268	0.0198
chr2L	1007207	1007367	chr2L:1007208-1007367	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0463	0.0339	0.0689	0.0354	0.0074	0.0578	0.0329	0.04	0.0074	0.0592	0.0781	0.0592	0.0411	0.0345	0.0361	0.0345	0.0302
chr2L	1007369	1007792	chr2L:1007370-1007792	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0998	0.0694	0.1378	0.092	0.0233	0.1175	0.0653	0.0793	0.0233	0.0924	0.1572	0.0924	0.0728	0.0919	0.0864	0.0919	0.0698
chr2L	1007847	1008260	chr2L:1007848-1008260	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1407	0.088	0.1766	0.1603	0.0361	0.1388	0.0904	0.0979	0.0361	0.1588	0.1775	0.1588	0.0976	0.2067	0.1283	0.2067	0.1105
chr2L	1019715	1019866	chr2L:1019716-1019866	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0075	0.0066	0.0075	0.0085	0.0011	0.0078	0.0104	0.0073	0.0011	0.006	0.0093	0.006	0.0039	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr2L	1036905	1037056	chr2L:1036906-1037056	FBgn0031296	CG4415	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0205	0.0381	0.0132	0.0088	0.0255	0.0238	0.0657	0.0486	0.0255	0.0181	0.0138	0.0181	0.0139	0.0084	0.0084	0.0084	0.012
chr2L	1043272	1043423	chr2L:1043273-1043423	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0047	0.0041	0.0162	0.0011	0.0034	0.0104	0.0033	0.0011	0.0048	0.0045	0.0048	0.0015	0.0069	0.0058	0.0069	0.0099
chr2L	1047658	1047826	chr2L:1047659-1047826	FBgn0031294	IA-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0323	0.0267	0.0329	0.0379	0.0138	0.0248	0.0394	0.034	0.0138	0.0368	0.035	0.0368	0.0558	0.0383	0.0368	0.0383	0.0464
chr2L	1048172	1048339	chr2L:1048173-1048339	FBgn0031294	IA-2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0225	0.0137	0.0128	0.0429	0.0042	0.0126	0.0225	0.018	0.0042	0.0127	0.0145	0.0127	0.0178	0.0253	0.0213	0.0253	0.0334
chr2L	1048876	1049027	chr2L:1048877-1049027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0165	0.0162	0.0327	0.0032	0.018	0.0216	0.0247	0.0032	0.0169	0.017	0.0169	0.0139	0.0115	0.011	0.0115	0.0125
chr2L	1049383	1049674	chr2L:1049384-1049674	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0597	0.0508	0.0744	0.0536	0.0212	0.0578	0.0554	0.0833	0.0212	0.0942	0.0894	0.0942	0.0744	0.0559	0.0651	0.0559	0.062
chr2L	1049793	1049949	chr2L:1049794-1049949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0314	0.0308	0.0374	0.0256	0.0159	0.033	0.032	0.0533	0.0159	0.0556	0.0431	0.0556	0.0287	0.0245	0.0387	0.0245	0.0302
chr2L	1050111	1050333	chr2L:1050112-1050333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.034	0.0381	0.0379	0.0249	0.0212	0.0345	0.0433	0.0666	0.0212	0.0483	0.046	0.0483	0.0356	0.0268	0.0361	0.0268	0.0297
chr2L	1050388	1050550	chr2L:1050389-1050550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0335	0.0305	0.0174	0.0201	0.0311	0.0411	0.0533	0.0201	0.0338	0.0389	0.0338	0.0279	0.0168	0.0232	0.0168	0.0208
chr2L	1050697	1050848	chr2L:1050698-1050848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0288	0.0235	0.011	0.0223	0.0233	0.0402	0.04	0.0223	0.0302	0.0283	0.0302	0.0178	0.0069	0.0168	0.0069	0.0141
chr2L	1054729	1054880	chr2L:1054730-1054880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0209	0.0229	0.0242	0.0149	0.0064	0.0228	0.0324	0.0326	0.0064	0.0175	0.0273	0.0175	0.0225	0.0084	0.0193	0.0084	0.0172
chr2L	1054967	1055195	chr2L:1054968-1055195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0299	0.0319	0.0214	0.017	0.0296	0.0363	0.0486	0.017	0.0254	0.0293	0.0254	0.0217	0.0092	0.0232	0.0092	0.0104
chr2L	1055211	1055406	chr2L:1055212-1055406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0292	0.0323	0.0305	0.0242	0.0223	0.0277	0.042	0.05	0.0223	0.0254	0.0315	0.0254	0.0194	0.0145	0.0239	0.0145	0.0167
chr2L	1055589	1055858	chr2L:1055590-1055858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0353	0.0394	0.0407	0.0246	0.0265	0.0408	0.0489	0.058	0.0265	0.0411	0.0486	0.0411	0.0248	0.0176	0.0206	0.0176	0.0177
chr2L	1056365	1056516	chr2L:1056366-1056516	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0276	0.0287	0.0302	0.0237	0.0106	0.0316	0.0272	0.056	0.0106	0.0223	0.0309	0.0223	0.038	0.0138	0.0116	0.0138	0.0203
chr2L	1056679	1056901	chr2L:1056680-1056901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0302	0.0363	0.0331	0.0106	0.0301	0.0385	0.044	0.0106	0.038	0.0399	0.038	0.0256	0.023	0.0168	0.023	0.0214
chr2L	1057675	1057826	chr2L:1057676-1057826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0252	0.0317	0.0275	0.0153	0.0148	0.0277	0.0424	0.0506	0.0148	0.0254	0.0405	0.0254	0.017	0.0092	0.0213	0.0092	0.0146
chr2L	1058487	1058638	chr2L:1058488-1058638	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0315	0.0463	0.0305	0.0159	0.0383	0.026	0.0593	0.0159	0.0386	0.0736	0.0386	0.0287	0.0299	0.0696	0.0299	0.0167
chr2L	1058831	1059000	chr2L:1058832-1059000	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.0253	0.0405	0.0433	0.0106	0.0286	0.0234	0.048	0.0106	0.0326	0.0672	0.0326	0.0201	0.0597	0.0993	0.0597	0.0156
chr2L	1062527	1062872	chr2L:1062528-1062872	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.165	0.1233	0.2735	0.0927	0.0392	0.1874	0.1003	0.1992	0.0392	0.4481	0.3405	0.4481	0.1394	0.1294	0.1689	0.1294	0.0782
chr2L	1063118	1063314	chr2L:1063119-1063314	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1553	0.1478	0.2286	0.0834	0.0785	0.2136	0.1406	0.2012	0.0785	0.375	0.2695	0.375	0.1208	0.0835	0.1431	0.0835	0.0813
chr2L	1064699	1064858	chr2L:1064700-1064858	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0449	0.0353	0.0506	0.0493	0.017	0.0388	0.0385	0.058	0.017	0.0676	0.0704	0.0676	0.0279	0.1386	0.0645	0.1386	0.0188
chr2L	1066308	1066546	chr2L:1066309-1066546	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0728	0.1373	0.061	0.0136	0.1124	0.1146	0.1613	0.2392	0.1124	0.0459	0.1051	0.0459	0.0201	0.0115	0.0245	0.0115	0.0099
chr2L	1066769	1066920	chr2L:1066770-1066920	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0355	0.0657	0.031	0.0067	0.0233	0.0704	0.0614	0.1372	0.0233	0.0242	0.0492	0.0242	0.0139	0.01	0.0097	0.01	0.0042
chr2L	1067970	1068354	chr2L:1067971-1068354	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1672	0.2213	0.2036	0.0668	0.1898	0.1995	0.2617	0.3431	0.1898	0.221	0.3035	0.221	0.1077	0.1271	0.1083	0.1271	0.0464
chr2L	1068487	1068651	chr2L:1068488-1068651	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0843	0.1226	0.1043	0.0195	0.0668	0.1437	0.1215	0.2045	0.0668	0.1425	0.1566	0.1425	0.0356	0.0283	0.0264	0.0283	0.0167
chr2L	1068693	1068902	chr2L:1068694-1068902	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0862	0.1356	0.0995	0.0166	0.0848	0.1801	0.1151	0.2185	0.0848	0.1727	0.1312	0.1727	0.0341	0.023	0.0264	0.023	0.0109
chr2L	1069353	1069504	chr2L:1069354-1069504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0263	0.0304	0.0354	0.0118	0.0106	0.0277	0.0372	0.0533	0.0106	0.0405	0.0498	0.0405	0.0201	0.0077	0.0058	0.0077	0.0068
chr2L	1070903	1071054	chr2L:1070904-1071054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0259	0.0198	0.0274	0.0311	0.0127	0.0204	0.0251	0.0266	0.0127	0.0308	0.0373	0.0308	0.0248	0.0207	0.0703	0.0207	0.0292
chr2L	1071452	1071603	chr2L:1071453-1071603	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0414	0.0319	0.0495	0.0432	0.0117	0.0325	0.0437	0.0453	0.0117	0.0374	0.0807	0.0374	0.0442	0.0291	0.1128	0.0291	0.0323
chr2L	1072331	1072483	chr2L:1072332-1072483	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0413	0.0446	0.0543	0.0234	0.0297	0.0563	0.0476	0.0626	0.0297	0.0423	0.0579	0.0423	0.1015	0.0268	0.0245	0.0268	0.0396
chr2L	1074393	1074586	chr2L:1074394-1074586	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0736	0.0567	0.098	0.0656	0.0244	0.0738	0.0709	0.0686	0.0244	0.1226	0.1267	0.1226	0.0906	0.1455	0.0961	0.1455	0.0495
chr2L	1074747	1074898	chr2L:1074748-1074898	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.049	0.0425	0.057	0.0475	0.0212	0.0456	0.0532	0.0633	0.0212	0.0737	0.0768	0.0737	0.0457	0.1103	0.0664	0.1103	0.0302
chr2L	1075615	1075870	chr2L:1075616-1075870	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1084	0.0841	0.1555	0.084	0.0498	0.1223	0.0874	0.1099	0.0498	0.2615	0.1563	0.2615	0.1673	0.1011	0.0922	0.1011	0.1172
chr2L	1076582	1076797	chr2L:1076583-1076797	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.1812	0.0604	0.0184	0.1644	0.1277	0.2388	0.2898	0.1644	0.0586	0.0788	0.0586	0.0565	0.0184	0.0284	0.0184	0.0151
chr2L	1077067	1077272	chr2L:1077068-1077272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1608	0.175	0.1879	0.115	0.1304	0.1942	0.2249	0.2005	0.1304	0.2162	0.2273	0.2162	0.1952	0.1677	0.1444	0.1677	0.1376
chr2L	1077419	1077609	chr2L:1077420-1077609	FBgn0003310,FBgn0015905	S,ast	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2023	0.2005	0.2331	0.1703	0.1654	0.2248	0.2392	0.2472	0.1654	0.282	0.272	0.282	0.2363	0.1868	0.1999	0.1868	0.2038
chr2L	1077676	1077907	chr2L:1077677-1077907	FBgn0003310,FBgn0015905	S,ast	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2827	0.2607	0.3424	0.2416	0.2153	0.2874	0.2954	0.3551	0.2153	0.4293	0.3707	0.4293	0.3145	0.2603	0.2386	0.2603	0.2845
chr2L	1080828	1081008	chr2L:1080829-1081008	FBgn0031298	Atg4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0905	0.1155	0.0907	0.0541	0.1083	0.0908	0.1419	0.0541	0.1286	0.1305	0.1286	0.1325	0.0965	0.0883	0.0965	0.1183
chr2L	1081038	1081265	chr2L:1081039-1081265	FBgn0031298	Atg4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0712	0.0607	0.0879	0.0646	0.0339	0.068	0.0666	0.0939	0.0339	0.0954	0.0997	0.0954	0.0868	0.0567	0.0683	0.0567	0.0912
chr2L	1082804	1082955	chr2L:1082805-1082955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0167	0.0195	0.0281	0.0032	0.0233	0.0216	0.0213	0.0032	0.0217	0.0177	0.0217	0.0186	0.0253	0.0148	0.0253	0.0208
chr2L	1086758	1086921	chr2L:1086759-1086921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0373	0.034	0.0195	0.0127	0.033	0.0541	0.0553	0.0127	0.0308	0.0473	0.0308	0.0294	0.0214	0.029	0.0214	0.0167
chr2L	1089651	1089803	chr2L:1089652-1089803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0207	0.0217	0.0192	0.0212	0.0085	0.0252	0.0294	0.028	0.0085	0.0181	0.019	0.0181	0.031	0.0291	0.0239	0.0291	0.0307
chr2L	1094735	1094886	chr2L:1094736-1094886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0066	0.0049	0.006	0.0093	0.0011	0.0053	0.0095	0.002	0.0011	0.0103	0.0058	0.0103	0.0062	0.026	0.0052	0.026	0.0068
chr2L	1102507	1102695	chr2L:1102508-1102695	FBgn0031299	CG4629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0249	0.0117	0.0175	0.0476	0.0064	0.0126	0.0186	0.0107	0.0064	0.0163	0.0132	0.0163	0.0442	0.0475	0.0181	0.0475	0.1032
chr2L	1107728	1107961	chr2L:1107729-1107961	FBgn0261938	mtRNApol	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0451	0.0373	0.0599	0.0377	0.017	0.0408	0.0523	0.0473	0.017	0.0809	0.0585	0.0809	0.072	0.0467	0.0303	0.0467	0.049
chr2L	1108023	1108197	chr2L:1108024-1108197	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0837	0.0702	0.1008	0.0801	0.035	0.0811	0.0874	0.0913	0.035	0.1262	0.0942	0.1262	0.1371	0.0988	0.0664	0.0988	0.1027
chr2L	1108298	1108471	chr2L:1108299-1108471	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1731	0.1433	0.2184	0.1567	0.0997	0.1694	0.1704	0.1812	0.0997	0.2693	0.2315	0.2693	0.2254	0.1937	0.1554	0.1937	0.1871
chr2L	1108532	1108709	chr2L:1108533-1108709	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1076	0.0943	0.1327	0.0947	0.0615	0.1068	0.1133	0.1246	0.0615	0.1479	0.1553	0.1479	0.1201	0.1141	0.0974	0.1141	0.111
chr2L	1108858	1109009	chr2L:1108859-1109009	FBgn0031301,FBgn0261938	CG14339,mtRNApol	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0255	0.0254	0.0317	0.0188	0.0106	0.0286	0.0376	0.0293	0.0106	0.0374	0.0318	0.0374	0.0325	0.0138	0.0239	0.0138	0.024
chr2L	1117548	1117715	chr2L:1117549-1117715	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.039	0.0631	0.0291	0.023	0.0509	0.0282	0.109	0.0813	0.0509	0.0266	0.0405	0.0266	0.024	0.0245	0.0451	0.0245	0.0198
chr2L	1118213	1118404	chr2L:1118214-1118404	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.089	0.0976	0.0879	0.0806	0.0732	0.0951	0.1233	0.1352	0.0732	0.1353	0.0891	0.1353	0.0953	0.1845	0.0561	0.1845	0.0844
chr2L	1118742	1118893	chr2L:1118743-1118893	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0543	0.0799	0.0364	0.0453	0.0764	0.0617	0.1081	0.1113	0.0764	0.0628	0.0299	0.0628	0.0511	0.1041	0.0297	0.1041	0.0604
chr2L	1118920	1119188	chr2L:1118921-1119188	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1343	0.1691	0.1076	0.1246	0.1326	0.1592	0.2396	0.2025	0.1326	0.1963	0.082	0.1963	0.1689	0.258	0.0928	0.258	0.1824
chr2L	1119268	1119478	chr2L:1119269-1119478	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0818	0.1094	0.0731	0.0606	0.0742	0.1	0.1535	0.1426	0.0742	0.1202	0.0566	0.1202	0.1201	0.1164	0.0484	0.1164	0.0886
chr2L	1119542	1119888	chr2L:1119543-1119888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0928	0.1692	0.0556	0.0482	0.1336	0.132	0.234	0.2398	0.1336	0.0755	0.0502	0.0755	0.0937	0.062	0.049	0.062	0.0844
chr2L	1119943	1120123	chr2L:1119944-1120123	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0529	0.1326	0.0131	0.0075	0.1495	0.0636	0.2271	0.1539	0.1495	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0084	0.0103	0.0084	0.0109
chr2L	1122567	1122718	chr2L:1122568-1122718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0174	0.0181	0.0189	0.0106	0.015	0.0229	0.028	0.0106	0.0211	0.0232	0.0211	0.0186	0.0153	0.0542	0.0153	0.0104
chr2L	1128413	1128810	chr2L:1128414-1128810	FBgn0016926	Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.0985	0.1298	0.1029	0.0817	0.1039	0.1159	0.1372	0.0817	0.1419	0.1367	0.1419	0.1503	0.1034	0.0948	0.1034	0.1277
chr2L	1128881	1129049	chr2L:1128882-1129049	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1349	0.1119	0.1638	0.129	0.087	0.1228	0.128	0.1599	0.087	0.1818	0.1768	0.1818	0.1689	0.1294	0.1302	0.1294	0.1553
chr2L	1129187	1129359	chr2L:1129188-1129359	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1468	0.1164	0.1777	0.1471	0.0806	0.133	0.1397	0.1539	0.0806	0.2029	0.1958	0.2029	0.1875	0.144	0.1451	0.144	0.1944
chr2L	1129446	1129726	chr2L:1129447-1129726	FBgn0016926,FBgn0031304	CG4552,Pino	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0776	0.0587	0.0939	0.0809	0.0382	0.0709	0.0696	0.074	0.0382	0.1075	0.1016	0.1075	0.1193	0.0827	0.0767	0.0827	0.1157
chr2L	1134404	1134555	chr2L:1134405-1134555	FBgn0031305,FBgn0031306	CG4577,Iris	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0129	0.0101	0.0119	0.0171	0.0021	0.0083	0.0177	0.0113	0.0021	0.0157	0.0125	0.0157	0.0116	0.0199	0.0045	0.0199	0.0047
chr2L	1135846	1135997	chr2L:1135847-1135997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0138	0.0147	0.0109	0.016	0.0042	0.0146	0.0264	0.0133	0.0042	0.0145	0.0125	0.0145	0.0124	0.0345	0.0168	0.0345	0.0135
chr2L	1136479	1136681	chr2L:1136480-1136681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0209	0.0179	0.0157	0.0299	0.0064	0.018	0.0268	0.024	0.0064	0.0175	0.0164	0.0175	0.0217	0.0567	0.0206	0.0567	0.038
chr2L	1137108	1137259	chr2L:1137109-1137259	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0103	0.0098	0.0139	0	0.0078	0.0203	0.0107	0	0.0085	0.0119	0.0085	0.0132	0.0123	0.0039	0.0123	0.0083
chr2L	1142752	1143238	chr2L:1142753-1143238	FBgn0031307	MFS3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1578	0.0748	0.1679	0.2395	0.0329	0.0927	0.0878	0.1059	0.0329	0.1443	0.2421	0.1443	0.141	0.3086	0.3282	0.3086	0.2178
chr2L	1144689	1144840	chr2L:1144690-1144840	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0152	0.0143	0.0295	0.0021	0.0189	0.0247	0.014	0.0021	0.0145	0.0151	0.0145	0.017	0.0322	0.0129	0.0322	0.0584
chr2L	1147459	1147610	chr2L:1147460-1147610	FBgn0031308	CG4749	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.041	0.0383	0.0476	0.0368	0.0138	0.0388	0.0497	0.0606	0.0138	0.0531	0.0521	0.0531	0.0604	0.0643	0.0277	0.0643	0.0479
chr2L	1147701	1147905	chr2L:1147702-1147905	FBgn0031308	CG4749	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0851	0.0814	0.0928	0.0808	0.0424	0.0951	0.0913	0.1193	0.0424	0.1123	0.1032	0.1123	0.1185	0.1149	0.0709	0.1149	0.1079
chr2L	1147916	1148125	chr2L:1147917-1148125	FBgn0031308	CG4749	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.05	0.0491	0.0524	0.0483	0.0265	0.0529	0.0666	0.062	0.0265	0.0556	0.0566	0.0556	0.0759	0.0666	0.0432	0.0666	0.0683
chr2L	1149637	1149788	chr2L:1149638-1149788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0216	0.0289	0.0214	0.0136	0.0223	0.018	0.045	0.044	0.0223	0.0266	0.0219	0.0266	0.024	0.0153	0.0123	0.0153	0.0203
chr2L	1150609	1150807	chr2L:1150610-1150807	FBgn0031309,FBgn0031310	CG4764,Tfb4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1367	0.1352	0.1602	0.1127	0.105	0.1563	0.1561	0.1752	0.105	0.2095	0.165	0.2095	0.1503	0.1325	0.0986	0.1325	0.1386
chr2L	1156294	1156479	chr2L:1156295-1156479	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0705	0.0803	0.0826	0.0462	0.0562	0.0917	0.0891	0.1153	0.0562	0.1123	0.0887	0.1123	0.0395	0.013	0.0213	0.013	0.0281
chr2L	1157531	1157737	chr2L:1157532-1157737	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1137	0.1165	0.1211	0.1025	0.0764	0.133	0.1445	0.1466	0.0764	0.1069	0.1257	0.1069	0.1441	0.1034	0.0916	0.1034	0.0995
chr2L	1157840	1158021	chr2L:1157841-1158021	FBgn0261458	capt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1821	0.1567	0.2028	0.1877	0.0891	0.1786	0.1903	0.2065	0.0891	0.195	0.1865	0.195	0.2595	0.219	0.1464	0.219	0.2168
chr2L	1158102	1158284	chr2L:1158103-1158284	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.2534	0.2145	0.3129	0.2314	0.1495	0.2388	0.2478	0.2965	0.1495	0.3659	0.3232	0.3659	0.3269	0.2527	0.2121	0.2527	0.283
chr2L	1158360	1158555	chr2L:1158361-1158555	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1535	0.1195	0.2057	0.1341	0.0647	0.1417	0.1479	0.1559	0.0647	0.2554	0.2273	0.2554	0.1898	0.1409	0.1315	0.1409	0.1699
chr2L	1158587	1158796	chr2L:1158588-1158796	FBgn0031312,FBgn0261458	Tango14,capt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2141	0.1957	0.2674	0.1762	0.1347	0.2092	0.2483	0.2605	0.1347	0.317	0.2961	0.317	0.2657	0.1975	0.1876	0.1975	0.2105
chr2L	1158856	1159007	chr2L:1158857-1159007	FBgn0031312,FBgn0264267	CR43767,Tango14	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1227	0.0909	0.1709	0.1053	0.0562	0.0966	0.1151	0.1246	0.0562	0.2114	0.1794	0.2114	0.1743	0.1485	0.0967	0.1485	0.1303
chr2L	1162329	1162480	chr2L:1162330-1162480	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	CG5080	CG5080	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0211	0.0362	0.0595	0.0138	0.0233	0.0277	0.0266	0.0138	0.0694	0.0293	0.0694	0.0372	0.2473	0.0155	0.2473	0.0224
chr2L	1163825	1164057	chr2L:1163826-1164057	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0507	0.0279	0.0511	0.0756	0.0085	0.0417	0.0359	0.0266	0.0085	0.0737	0.0534	0.0737	0.0503	0.2312	0.0342	0.2312	0.0625
chr2L	1164064	1164245	chr2L:1164065-1164245	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0405	0.0278	0.0458	0.0487	0.0095	0.0316	0.0337	0.0386	0.0095	0.0622	0.0469	0.0622	0.0519	0.1149	0.0348	0.1149	0.0505
chr2L	1164336	1164516	chr2L:1164337-1164516	FBgn0031313,FBgn0031314	CG4785,CG5080	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0873	0.0621	0.108	0.0929	0.0392	0.084	0.0601	0.0893	0.0392	0.1443	0.1186	0.1443	0.0976	0.1401	0.0838	0.1401	0.1105
chr2L	1164559	1164710	chr2L:1164560-1164710	FBgn0031314	CG4785	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0445	0.0365	0.0544	0.0426	0.0286	0.0417	0.0385	0.0526	0.0286	0.0664	0.0617	0.0664	0.0434	0.0421	0.0419	0.0421	0.0552
chr2L	1166410	1166591	chr2L:1166411-1166591	FBgn0031315	CG14341	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0563	0.0512	0.0632	0.0543	0.0382	0.0505	0.0662	0.07	0.0382	0.0713	0.0704	0.0713	0.0666	0.0467	0.0613	0.0467	0.0771
chr2L	1169810	1169984	chr2L:1169811-1169984	FBgn0024314,FBgn0051922	CG31922,Plap	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.119	0.1561	0.1154	0.0891	0.1374	0.1401	0.1559	0.0891	0.1896	0.1614	0.1896	0.1596	0.121	0.1044	0.121	0.1308
chr2L	1170082	1170252	chr2L:1170083-1170252	FBgn0024314,FBgn0051922	CG31922,Plap	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1436	0.1215	0.1758	0.133	0.087	0.1485	0.1384	0.1619	0.087	0.2071	0.1894	0.2071	0.1758	0.1294	0.1418	0.1294	0.1506
chr2L	1172252	1172403	chr2L:1172253-1172403	FBgn0031317	CG5118	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0405	0.0322	0.0561	0.0327	0.0223	0.0383	0.0359	0.0413	0.0223	0.0574	0.0685	0.0574	0.0589	0.0268	0.0316	0.0268	0.0526
chr2L	1172468	1172619	chr2L:1172469-1172619	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0471	0.0803	0.0476	0.0233	0.0607	0.0497	0.0666	0.0233	0.0876	0.1003	0.0876	0.0689	0.0444	0.0606	0.0444	0.0563
chr2L	1172690	1172873	chr2L:1172691-1172873	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.1183	0.1961	0.1454	0.0827	0.1495	0.1241	0.1579	0.0827	0.2428	0.2209	0.2428	0.1967	0.1501	0.1651	0.1501	0.1819
chr2L	1172921	1173123	chr2L:1172922-1173123	FBgn0031317,FBgn0031318	CG4887,CG5118	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1324	0.1062	0.1695	0.121	0.0742	0.1286	0.1172	0.1432	0.0742	0.2089	0.1875	0.2089	0.1743	0.1263	0.1277	0.1263	0.1548
chr2L	1177584	1177771	chr2L:1177585-1177771	FBgn0031319	CG4896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1211	0.1103	0.1447	0.1072	0.0764	0.1199	0.1306	0.1519	0.0764	0.1685	0.1707	0.1685	0.1425	0.1179	0.0999	0.1179	0.1428
chr2L	1177848	1178034	chr2L:1177849-1178034	FBgn0031319	CG4896	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0652	0.0652	0.074	0.0556	0.0403	0.0689	0.0813	0.0906	0.0403	0.0815	0.0839	0.0815	0.0821	0.0758	0.0477	0.0758	0.0709
chr2L	1183959	1184141	chr2L:1183960-1184141	FBgn0031320,FBgn0031321	CG5126,Tgt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0893	0.0811	0.1005	0.0862	0.0636	0.0942	0.0783	0.1272	0.0636	0.1171	0.1125	0.1171	0.1309	0.1034	0.0774	0.1034	0.1287
chr2L	1184228	1184379	chr2L:1184229-1184379	FBgn0031320,FBgn0031321	CG5126,Tgt	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0407	0.0405	0.0444	0.0368	0.0265	0.0505	0.0415	0.0593	0.0265	0.0604	0.0498	0.0604	0.0534	0.0329	0.0432	0.0329	0.0573
chr2L	1185764	1185958	chr2L:1185765-1185958	FBgn0031322	CG5001	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0254	0.0325	0.0893	0.0106	0.033	0.0303	0.0313	0.0106	0.0254	0.0376	0.0254	0.0581	0.1317	0.1309	0.1317	0.1152
chr2L	1186033	1186263	chr2L:1186034-1186263	FBgn0031322	CG5001	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0333	0.0128	0.0237	0.0666	0.0042	0.017	0.013	0.0187	0.0042	0.0223	0.0241	0.0223	0.0411	0.1485	0.0754	0.1485	0.0714
chr2L	1186704	1186855	chr2L:1186705-1186855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0125	0.0088	0.0105	0.0187	0.0053	0.0083	0.0156	0.0067	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0108	0.0643	0.0116	0.0643	0.0063
chr2L	1186950	1187101	chr2L:1186951-1187101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.012	0.0082	0.0089	0.0198	0.0021	0.0097	0.0134	0.006	0.0021	0.0115	0.0109	0.0115	0.0046	0.0643	0.0116	0.0643	0.0125
chr2L	1200099	1200250	chr2L:1200100-1200250	FBgn0263081	CG43349	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.01	0.0087	0.009	0.0125	0.0011	0.0117	0.013	0.008	0.0011	0.0054	0.0096	0.0054	0.0194	0.0046	0.0052	0.0046	0.0344
chr2L	1200815	1200966	chr2L:1200816-1200966	FBgn0040723	CG5011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0103	0.0087	0.0096	0.0128	0.0032	0.0092	0.0164	0.0047	0.0032	0.0127	0.0068	0.0127	0.0225	0.0038	0.0052	0.0038	0.0344
chr2L	1201175	1201326	chr2L:1201176-1201326	FBgn0040723	CG5011	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0094	0.0092	0.0088	0.0104	0.0032	0.0073	0.0199	0.006	0.0032	0.0091	0.0074	0.0091	0.0194	0.0046	0.0045	0.0046	0.0287
chr2L	1201569	1201720	chr2L:1201570-1201720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0095	0.0093	0.0081	0.0111	0.0032	0.0107	0.0177	0.0033	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.017	0.0023	0.0039	0.0023	0.0307
chr2L	1205668	1205819	chr2L:1205669-1205819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0093	0.01	0.0071	0.0109	0.0053	0.0078	0.0203	0.0067	0.0053	0.0036	0.0093	0.0036	0.0031	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr2L	1207786	1207937	chr2L:1207787-1207937	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.004	0.0052	0.0096	0.0011	0.0049	0.0074	0.0027	0.0011	0.0048	0.0048	0.0048	0.0046	0.0031	0.0026	0.0031	0.0052
chr2L	1208161	1208312	chr2L:1208162-1208312	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.008	0.004	0.0063	0.0142	0.0021	0.0034	0.0091	7e-04	0.0021	0.0042	0.0058	0.0042	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0078
chr2L	1213366	1213517	chr2L:1213367-1213517	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0054	0.0061	0.0107	0.0021	0.0029	0.0121	0.0033	0.0021	0.0054	0.0048	0.0054	0.0077	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	1214125	1214276	chr2L:1214126-1214276	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.006	0.0066	0.0091	0.0011	0.0049	0.0099	0.008	0.0011	0.0066	0.0077	0.0066	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0021
chr2L	1216056	1216207	chr2L:1216057-1216207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.008	0.0094	0.013	0.0064	0.0073	0.0143	0.0053	0.0064	0.0121	0.0113	0.0121	0.0054	0.0069	0.0039	0.0069	0.0099
chr2L	1216984	1217135	chr2L:1216985-1217135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0086	0.0081	0.0058	0.0121	0.0032	0.0034	0.0169	0.0053	0.0032	0.006	0.0064	0.006	0.0054	8e-04	0.0039	8e-04	0.0083
chr2L	1217401	1217552	chr2L:1217402-1217552	FBgn0262944	CR43263	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0115	0.0082	0.0084	0.0187	0.0042	0.0053	0.019	0.004	0.0042	0.0042	0.0058	0.0042	0.0062	0.0046	0.0013	0.0046	0.0057
chr2L	1217964	1218115	chr2L:1217965-1218115	FBgn0262944	CR43263	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0094	0.0067	0.0071	0.015	0.0021	0.0049	0.0138	0.0033	0.0021	0.0048	0.0074	0.0048	0.0132	0.0061	0.0071	0.0061	0.0339
chr2L	1230378	1230529	chr2L:1230379-1230529	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0057	0.0052	0.0038	0.0084	0.0021	0.0058	0.0108	0.002	0.0021	0.006	0.0035	0.006	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr2L	1230547	1230698	chr2L:1230548-1230698	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0056	0.0042	0.0053	0.0075	0.0011	0.0049	0.0082	0.002	0.0011	0.0085	0.0055	0.0085	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.0031
chr2L	1233771	1233922	chr2L:1233772-1233922	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.006	0.0069	0.0118	0.0032	0.0044	0.0134	0.0027	0.0032	0.006	0.0087	0.006	0.0093	0.0031	0.0045	0.0031	0.0063
chr2L	1234306	1234457	chr2L:1234307-1234457	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0093	0.0057	0.0127	0.0042	0.0058	0.0177	0.0087	0.0042	0.0066	0.0048	0.0066	0.0031	8e-04	0	8e-04	0.0031
chr2L	1234688	1234839	chr2L:1234689-1234839	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0074	0.0076	0.0106	0.0011	0.0058	0.0143	0.0053	0.0011	0.0097	0.008	0.0097	0.0023	8e-04	6e-04	8e-04	0.0026
chr2L	1235564	1235715	chr2L:1235565-1235715	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0082	0.0075	0.0074	0.0099	0.0021	0.0078	0.0147	0.004	0.0021	0.006	0.0093	0.006	0.0015	0	0	0	0.0026
chr2L	1236165	1236316	chr2L:1236166-1236316	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0061	0.0046	0.0104	0.0021	0.0024	0.0134	0.004	0.0021	6e-04	0.0048	6e-04	0.0031	0.0031	0	0.0031	0.0021
chr2L	1236831	1236982	chr2L:1236832-1236982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0108	0.0116	0.0096	0.0113	0.0085	0.0092	0.0234	0.0073	0.0085	0.0097	0.009	0.0097	0.0085	0.0069	0.0026	0.0069	0.0057
chr2L	1244016	1244167	chr2L:1244017-1244167	distal	distal	stage14	stage14	VT0605.1,VT0606.1	VT0605.1,VT0606.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0057	0.0056	0.0152	0.0011	0.0044	0.0121	0.0047	0.0011	0.0079	0.0055	0.0079	0.0023	0.0038	0.0039	0.0038	0.0036
chr2L	1247232	1247383	chr2L:1247233-1247383	distal	distal	none	none	VT0607.1	VT0607.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0101	0.0095	0.0099	0.0111	0.0053	0.0049	0.0221	0.0053	0.0053	0.0103	0.0071	0.0103	0.0054	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2L	1247583	1247786	chr2L:1247584-1247786	distal	distal	none	none	VT0607.1,VT0608.1	VT0607.1,VT0608.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0201	0.0147	0.018	0.0284	0.0064	0.0117	0.0272	0.0153	0.0064	0.0079	0.0125	0.0079	0.0077	0.0046	0.011	0.0046	0.0083
chr2L	1252205	1252356	chr2L:1252206-1252356	distal	distal	none	none	VT0610.1	VT0610.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0099	0.0065	0.0082	0.0155	0.0011	0.0053	0.0151	0.0027	0.0011	0.0091	0.008	0.0091	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0052
chr2L	1253861	1254012	chr2L:1253862-1254012	distal	distal	none	none	VT0611.1	VT0611.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0065	0.006	0.0138	0.0032	0.0044	0.0134	0.0047	0.0032	0.0091	0.0039	0.0091	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr2L	1255777	1255928	chr2L:1255778-1255928	FBgn0041097	robo3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0146	0.0098	0.0084	0.0267	0.0032	0.0078	0.0195	0.008	0.0032	0.0066	0.0084	0.0066	0.0039	0.0015	0.0032	0.0015	0.0099
chr2L	1256217	1256399	chr2L:1256218-1256399	FBgn0041097	robo3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.0113	0.0124	0.0377	0.0042	0.0107	0.019	0.012	0.0042	0.0091	0.0106	0.0091	0.0077	0.0046	0.0058	0.0046	0.0078
chr2L	1264885	1265036	chr2L:1264886-1265036	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0103	0.0065	0.0089	0.016	0.0053	0.0034	0.0134	0.006	0.0053	0.0048	0.008	0.0048	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0026
chr2L	1271425	1271576	chr2L:1271426-1271576	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0125	0.0085	0.0104	0.0194	0.0053	0.0044	0.0186	0.006	0.0053	0.0127	0.0106	0.0127	0.0031	8e-04	0.0039	8e-04	0.0057
chr2L	1271948	1272099	chr2L:1271949-1272099	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0061	0.0086	0.0206	0.0053	0.0053	0.0112	0.004	0.0053	0.0085	0.0061	0.0085	0.0054	0.0023	0.0077	0.0023	0.0057
chr2L	1279866	1280017	chr2L:1279867-1280017	distal	distal	none	none	VT0625.1	VT0625.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.008	0.01	0.0136	0.0074	0.0092	0.013	0.0033	0.0074	0.0103	0.0109	0.0103	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2L	1288682	1288833	chr2L:1288683-1288833	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0087	0.0086	0.0113	0.0021	0.0058	0.0147	0.0133	0.0021	0.0103	0.0093	0.0103	0.0039	0.0069	0.0039	0.0069	0.0063
chr2L	1291064	1291215	chr2L:1291065-1291215	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0057	0.0057	0.0153	0.0053	0.0044	0.0121	0.0027	0.0053	0.006	0.0051	0.006	0.0054	0.0031	0.0013	0.0031	0.0047
chr2L	1296259	1296410	chr2L:1296260-1296410	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0091	0.0075	0.0072	0.0128	0.0011	0.0044	0.0164	0.0053	0.0011	0.0079	0.0093	0.0079	0.0031	0.0046	0.0045	0.0046	0.0047
chr2L	1297121	1297272	chr2L:1297122-1297272	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0065	0.0059	0.0047	0.0093	0.0074	0.0034	0.0104	0.0047	0.0074	0.003	0.0061	0.003	0.0023	8e-04	0.0019	8e-04	0.0026
chr2L	1297868	1298019	chr2L:1297869-1298019	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0046	0.0074	0.0095	0.0021	0.0039	0.0087	0.0033	0.0021	0.0066	0.0077	0.0066	0.007	0	0.0013	0	0.0057
chr2L	1298633	1298784	chr2L:1298634-1298784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.0064	0.0049	0.0093	0.0053	0.0049	0.0143	0.0013	0.0053	0.0066	0.0048	0.0066	0.0015	0.0015	0.0013	0.0015	0.001
chr2L	1303500	1303651	chr2L:1303501-1303651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0116	0.0124	0.0128	0.0085	0.0112	0.0156	0.0153	0.0085	0.0199	0.0138	0.0199	0.0054	0.0038	0.0058	0.0038	0.0047
chr2L	1304155	1304306	chr2L:1304156-1304306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0187	0.0207	0.0148	0.0206	0.018	0.0112	0.0363	0.0253	0.018	0.0127	0.0151	0.0127	0.0085	0.0092	0.0039	0.0092	0.0135
chr2L	1308037	1308188	chr2L:1308038-1308188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0091	0.0077	0.0067	0.0132	0.0032	0.0049	0.0156	0.006	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0054	0.0031	0.0032	0.0031	0.0016
chr2L	1312192	1312343	chr2L:1312193-1312343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.0057	0.0071	0.0173	0.0053	0.0034	0.013	0.0027	0.0053	0.0079	0.0061	0.0079	0.0046	0.0023	0.0013	0.0023	0.0042
chr2L	1320374	1320611	chr2L:1320375-1320611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0164	0.0107	0.014	0.0253	0.0053	0.0078	0.0225	0.008	0.0053	0.0115	0.0132	0.0115	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0073
chr2L	1321409	1321560	chr2L:1321410-1321560	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.007	0.0053	0.0107	0.0074	0.0053	0.0125	0.006	0.0074	0.0042	0.0042	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0052
chr2L	1321669	1321820	chr2L:1321670-1321820	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0064	0.0054	0.0056	0.0084	0.0032	0.0015	0.0121	0.0053	0.0032	0.006	0.0042	0.006	0.0015	0.0031	6e-04	0.0031	0.001
chr2L	1330487	1330638	chr2L:1330488-1330638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.007	0.0064	0.0058	0.0091	0.0011	0.0034	0.0143	0.006	0.0011	0.0115	0.0045	0.0115	0.0031	0.0038	0.0026	0.0038	0.0031
chr2L	1336233	1336384	chr2L:1336234-1336384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0107	0.0079	0.0094	0.0152	0.0032	0.0049	0.0164	0.0073	0.0032	0.0121	0.0064	0.0121	0.0031	0.0054	0.0032	0.0054	0.0042
chr2L	1346100	1346251	chr2L:1346101-1346251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0086	0.0114	0.0258	0.0032	0.0073	0.0169	0.008	0.0032	0.0121	0.0135	0.0121	0.0023	0.013	0.0058	0.013	0.0073
chr2L	1349735	1349886	chr2L:1349736-1349886	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0071	0.0055	0.0069	0.0093	0.0032	0.0044	0.0121	0.0013	0.0032	0.0066	0.0077	0.0066	0.0046	8e-04	0.0064	8e-04	0.0036
chr2L	1361687	1361838	chr2L:1361688-1361838	FBgn0053126	NLaz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0159	0.0091	0.0104	0.0294	0.0074	0.0102	0.0147	0.0073	0.0074	0.0072	0.0109	0.0072	0.0124	0.0299	0.0309	0.0299	0.0182
chr2L	1362340	1362507	chr2L:1362341-1362507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.014	0.0156	0.0485	0.0095	0.017	0.0164	0.018	0.0095	0.0115	0.0138	0.0115	0.0256	0.0429	0.0368	0.0429	0.0448
chr2L	1372445	1372662	chr2L:1372446-1372662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0153	0.0146	0.0183	0.0128	0.0042	0.0141	0.0221	0.0187	0.0042	0.0121	0.0174	0.0121	0.0062	0.0023	0.0045	0.0023	0.0083
chr2L	1372687	1372906	chr2L:1372688-1372906	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0192	0.0181	0.0141	0.0095	0.0194	0.0342	0.0147	0.0095	0.0175	0.0132	0.0175	0.0039	0.0023	0.0032	0.0023	0.0057
chr2L	1373078	1373229	chr2L:1373079-1373229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0138	0.0109	0.0095	0.0095	0.0097	0.0242	0.0167	0.0095	0.0121	0.0084	0.0121	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0063
chr2L	1375623	1375816	chr2L:1375624-1375816	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0332	0.0195	0.0095	0.018	0.0311	0.0489	0.0406	0.018	0.0199	0.0257	0.0199	0.0116	0.0054	0.0084	0.0054	0.0057
chr2L	1377569	1377720	chr2L:1377570-1377720	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0152	0.0116	0.0179	0.0162	0.0021	0.0146	0.0173	0.0113	0.0021	0.0175	0.0257	0.0175	0.0039	0.0084	0.0084	0.0084	0.0094
chr2L	1377882	1378033	chr2L:1377883-1378033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0151	0.0096	0.019	0.017	0.0032	0.0107	0.013	0.0127	0.0032	0.0175	0.0254	0.0175	0.0108	0.0054	0.0058	0.0054	0.0052
chr2L	1378682	1379221	chr2L:1378683-1379221	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0497	0.0553	0.0678	0.0235	0.0318	0.0573	0.0606	0.0953	0.0318	0.0694	0.1003	0.0694	0.0217	0.0138	0.0226	0.0138	0.0193
chr2L	1379500	1379759	chr2L:1379501-1379759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0401	0.0548	0.0447	0.0187	0.0403	0.0553	0.0623	0.0839	0.0403	0.0368	0.0666	0.0368	0.0217	0.0138	0.0239	0.0138	0.0125
chr2L	1379881	1380032	chr2L:1379882-1380032	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0279	0.0406	0.0294	0.012	0.0286	0.0345	0.0497	0.066	0.0286	0.0254	0.0418	0.0254	0.0116	0.0077	0.0142	0.0077	0.0115
chr2L	1380724	1380910	chr2L:1380725-1380910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0548	0.0464	0.0189	0.052	0.0495	0.0593	0.0866	0.052	0.0483	0.065	0.0483	0.0225	0.0115	0.0322	0.0115	0.0167
chr2L	1380953	1381128	chr2L:1380954-1381128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.0513	0.0406	0.0157	0.0435	0.0437	0.0584	0.0826	0.0435	0.0386	0.0605	0.0386	0.0147	0.0084	0.0271	0.0084	0.0167
chr2L	1381309	1381460	chr2L:1381310-1381460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0286	0.041	0.0329	0.01	0.0286	0.032	0.051	0.072	0.0286	0.0272	0.0524	0.0272	0.0116	0.0061	0.0155	0.0061	0.0083
chr2L	1381476	1381627	chr2L:1381477-1381627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0288	0.0371	0.0363	0.0113	0.0265	0.0306	0.0467	0.0613	0.0265	0.0314	0.0553	0.0314	0.0132	0.0046	0.0174	0.0046	0.0099
chr2L	1386121	1386319	chr2L:1386122-1386319	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0438	0.0619	0.0532	0.0134	0.0467	0.0519	0.0779	0.0953	0.0467	0.0489	0.0524	0.0489	0.0232	0.0115	0.0148	0.0115	0.013
chr2L	1387017	1387168	chr2L:1387018-1387168	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0298	0.0373	0.0385	0.012	0.0212	0.0379	0.0433	0.0613	0.0212	0.0417	0.0521	0.0417	0.0155	0.0054	0.0148	0.0054	0.0073
chr2L	1390307	1390489	chr2L:1390308-1390489	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0514	0.0522	0.0685	0.0316	0.0361	0.0534	0.058	0.0859	0.0361	0.0302	0.0698	0.0302	0.0194	0.0054	0.0187	0.0054	0.0094
chr2L	1390810	1391028	chr2L:1390811-1391028	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0475	0.0548	0.0558	0.0301	0.017	0.0529	0.0696	0.0926	0.017	0.0441	0.0601	0.0441	0.0256	0.0061	0.0232	0.0061	0.0198
chr2L	1391533	1391684	chr2L:1391534-1391684	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.044	0.0418	0.0135	0.0403	0.0451	0.051	0.0606	0.0403	0.0368	0.0505	0.0368	0.017	0.0092	0.0116	0.0092	0.0125
chr2L	1395916	1396103	chr2L:1395917-1396103	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0481	0.0604	0.0551	0.0267	0.035	0.0626	0.0601	0.1086	0.035	0.0435	0.0868	0.0435	0.0263	0.0107	0.0477	0.0107	0.0162
chr2L	1396574	1396951	chr2L:1396575-1396951	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0698	0.0796	0.0885	0.0384	0.0657	0.0762	0.0982	0.1106	0.0657	0.1033	0.1183	0.1033	0.0318	0.0207	0.038	0.0207	0.0245
chr2L	1396971	1397211	chr2L:1396972-1397211	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.057	0.0725	0.0688	0.0267	0.0424	0.0655	0.0926	0.1113	0.0424	0.0737	0.0913	0.0737	0.024	0.0168	0.0303	0.0168	0.0188
chr2L	1397218	1397464	chr2L:1397219-1397464	distal	distal	none	none	VT0688.1	VT0688.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0523	0.0693	0.0643	0.0202	0.0297	0.0641	0.0913	0.1053	0.0297	0.0694	0.0878	0.0694	0.0263	0.0138	0.0232	0.0138	0.0125
chr2L	1399409	1399560	chr2L:1399410-1399560	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0548	0.0541	0.0709	0.0377	0.0308	0.0592	0.067	0.0733	0.0308	0.0833	0.0842	0.0833	0.0813	0.0674	0.0451	0.0674	0.0354
chr2L	1399573	1399838	chr2L:1399574-1399838	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0873	0.0738	0.1178	0.0689	0.0392	0.0806	0.0921	0.1006	0.0392	0.1492	0.1373	0.1492	0.1309	0.1332	0.0793	0.1332	0.0766
chr2L	1402021	1402172	chr2L:1402022-1402172	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0348	0.0588	0.0326	0.0104	0.0403	0.0607	0.0753	0.0799	0.0403	0.0266	0.0489	0.0266	0.0155	0.0084	0.0077	0.0084	0.0063
chr2L	1402201	1402487	chr2L:1402202-1402487	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0556	0.0871	0.0565	0.0194	0.0626	0.082	0.1285	0.1046	0.0626	0.0628	0.0765	0.0628	0.0194	0.0123	0.0174	0.0123	0.0146
chr2L	1404707	1405301	chr2L:1404708-1405301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1511	0.1843	0.1877	0.0737	0.1559	0.1922	0.2279	0.2358	0.1559	0.1636	0.2717	0.1636	0.0666	0.0513	0.1199	0.0513	0.05
chr2L	1405483	1405732	chr2L:1405484-1405732	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0729	0.095	0.0887	0.0309	0.0901	0.1131	0.1073	0.1133	0.0901	0.0978	0.1051	0.0978	0.0364	0.0153	0.0342	0.0153	0.0245
chr2L	1406565	1406716	chr2L:1406566-1406716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.031	0.0325	0.0369	0.0227	0.0212	0.0306	0.0458	0.046	0.0212	0.032	0.0543	0.032	0.0178	0.0077	0.0264	0.0077	0.0318
chr2L	1406908	1407059	chr2L:1406909-1407059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0387	0.0406	0.0466	0.028	0.0255	0.0442	0.0545	0.0493	0.0255	0.0399	0.0566	0.0399	0.0178	0.0138	0.0213	0.0138	0.0266
chr2L	1407124	1407275	chr2L:1407125-1407275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0378	0.0431	0.041	0.0284	0.0212	0.0413	0.0571	0.0633	0.0212	0.0393	0.0531	0.0393	0.0201	0.0176	0.0264	0.0176	0.0396
chr2L	1407437	1407687	chr2L:1407438-1407687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0649	0.0595	0.0352	0.0286	0.0631	0.0895	0.0873	0.0286	0.0761	0.0714	0.0761	0.0387	0.0375	0.0355	0.0375	0.0495
chr2L	1409377	1409534	chr2L:1409378-1409534	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0743	0.1316	0.0684	0.0167	0.1166	0.0922	0.1899	0.1839	0.1166	0.0568	0.1058	0.0568	0.0356	0.0138	0.0187	0.0138	0.012
chr2L	1410883	1411503	chr2L:1410884-1411503	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	lea_robo2_5054	lea_robo2_5054	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.3007	0.469	0.3331	0.0771	0.4348	0.4558	0.5869	0.5883	0.4348	0.4191	0.5019	0.4191	0.0968	0.0375	0.2121	0.0375	0.0302
chr2L	1411738	1412009	chr2L:1411739-1412009	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.105	0.2029	0.0827	0.0202	0.1676	0.1417	0.3045	0.2705	0.1676	0.0773	0.1328	0.0773	0.0263	0.0115	0.0361	0.0115	0.0141
chr2L	1413403	1413554	chr2L:1413404-1413554	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0492	0.0659	0.0673	0.0107	0.0424	0.0694	0.0766	0.0993	0.0424	0.1171	0.081	0.1171	0.0147	0.0161	0.009	0.0161	0.0135
chr2L	1414284	1414464	chr2L:1414285-1414464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.053	0.0773	0.0588	0.0196	0.0435	0.0786	0.0956	0.1173	0.0435	0.1093	0.0511	0.1093	0.0542	0.0138	0.0309	0.0138	0.0188
chr2L	1414879	1415030	chr2L:1414880-1415030	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.053	0.0813	0.0496	0.0252	0.0626	0.0515	0.1267	0.1113	0.0626	0.0441	0.082	0.0441	0.0178	0.0115	0.0619	0.0115	0.0198
chr2L	1418310	1418507	chr2L:1418311-1418507	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0719	0.0831	0.0765	0.0542	0.0414	0.0816	0.0965	0.1412	0.0414	0.0755	0.0875	0.0755	0.0302	0.0138	0.0309	0.0138	0.0323
chr2L	1419146	1419434	chr2L:1419147-1419434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0968	0.1235	0.1121	0.0501	0.088	0.1461	0.1505	0.1526	0.088	0.1685	0.1135	0.1685	0.079	0.0674	0.0632	0.0674	0.0474
chr2L	1419587	1419738	chr2L:1419588-1419738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.066	0.0749	0.0754	0.0457	0.0541	0.0777	0.0995	0.0959	0.0541	0.1135	0.0839	0.1135	0.0496	0.1141	0.0432	0.1141	0.0292
chr2L	1419802	1419974	chr2L:1419803-1419974	FBgn0002543	lea	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0935	0.1196	0.1034	0.0533	0.0923	0.1214	0.1717	0.1366	0.0923	0.1812	0.1061	0.1812	0.0565	0.0904	0.0542	0.0904	0.0485
chr2L	1420345	1420582	chr2L:1420346-1420582	FBgn0002543	lea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3183	0.3228	0.3689	0.2576	0.2842	0.3718	0.3828	0.3751	0.2842	0.442	0.399	0.442	0.3346	0.2726	0.2637	0.2726	0.2897
chr2L	1420607	1420758	chr2L:1420608-1420758	FBgn0002543	lea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2031	0.215	0.2311	0.1592	0.1813	0.2316	0.2526	0.2831	0.1813	0.2717	0.2624	0.2717	0.206	0.1639	0.1702	0.1639	0.1813
chr2L	1421092	1421331	chr2L:1421093-1421331	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.094	0.0793	0.1478	0.0514	0.0498	0.0723	0.0943	0.1319	0.0498	0.0912	0.2447	0.0912	0.1394	0.0345	0.0961	0.0345	0.0709
chr2L	1421556	1421895	chr2L:1421557-1421895	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.187	0.2795	0.2241	0.0429	0.2587	0.2015	0.3728	0.4184	0.2587	0.0791	0.4119	0.0791	0.1751	0.0214	0.1283	0.0214	0.0255
chr2L	1422134	1422306	chr2L:1422135-1422306	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1018	0.1749	0.1041	0.0175	0.1336	0.1257	0.2483	0.2558	0.1336	0.0513	0.183	0.0513	0.0806	0.0092	0.0361	0.0092	0.0151
chr2L	1426098	1426406	chr2L:1426099-1426406	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1055	0.1027	0.1423	0.0684	0.0604	0.0942	0.1453	0.1459	0.0604	0.2186	0.1855	0.2186	0.0635	0.1141	0.0703	0.1141	0.0875
chr2L	1426429	1426627	chr2L:1426430-1426627	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0745	0.0526	0.1128	0.0568	0.0212	0.0636	0.0532	0.0939	0.0212	0.1673	0.1457	0.1673	0.0589	0.0926	0.0613	0.0926	0.0677
chr2L	1426648	1426851	chr2L:1426649-1426851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0586	0.0363	0.0878	0.0514	0.0117	0.0451	0.0394	0.056	0.0117	0.1335	0.1093	0.1335	0.0589	0.0613	0.0664	0.0613	0.0709
chr2L	1427007	1427248	chr2L:1427008-1427248	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0768	0.0324	0.1249	0.0735	0.0064	0.0539	0.035	0.038	0.0064	0.1999	0.1395	0.1999	0.127	0.1041	0.0961	0.1041	0.1053
chr2L	1427521	1427672	chr2L:1427522-1427672	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0298	0.0173	0.0439	0.0283	0.0032	0.0228	0.0225	0.02	0.0032	0.0483	0.0508	0.0483	0.055	0.0314	0.0335	0.0314	0.0459
chr2L	1429555	1429815	chr2L:1429556-1429815	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0752	0.1291	0.0741	0.0163	0.0827	0.1214	0.1561	0.2065	0.0827	0.0586	0.0855	0.0586	0.0209	0.0161	0.0245	0.0161	0.013
chr2L	1430471	1430831	chr2L:1430472-1430831	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.096	0.1039	0.1214	0.0592	0.0477	0.1519	0.0813	0.1712	0.0477	0.2126	0.1286	0.2126	0.0503	0.1577	0.0484	0.1577	0.0334
chr2L	1433688	1433860	chr2L:1433689-1433860	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0142	0.0261	0.0274	0.0042	0.0175	0.0199	0.014	0.0042	0.0399	0.0264	0.0399	0.0217	0.0459	0.0258	0.0459	0.0386
chr2L	1433983	1434134	chr2L:1433984-1434134	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.021	0.0133	0.0237	0.0265	0.0021	0.0209	0.0147	0.016	0.0021	0.0356	0.0228	0.0356	0.0209	0.0391	0.0213	0.0391	0.0443
chr2L	1435069	1435258	chr2L:1435070-1435258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0443	0.0475	0.0515	0.0329	0.0127	0.0816	0.0515	0.0473	0.0127	0.0598	0.0469	0.0598	0.0565	0.0391	0.0258	0.0391	0.0495
chr2L	1435523	1435969	chr2L:1435524-1435969	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0713	0.0684	0.101	0.0421	0.017	0.1087	0.0666	0.0906	0.017	0.0725	0.0839	0.0725	0.0325	0.0207	0.0181	0.0207	0.0234
chr2L	1436377	1436549	chr2L:1436378-1436549	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0357	0.0403	0.0484	0.0169	0.0074	0.0835	0.0355	0.0333	0.0074	0.0888	0.0347	0.0888	0.017	0.013	0.0142	0.013	0.0094
chr2L	1436985	1437247	chr2L:1436986-1437247	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0331	0.0292	0.0463	0.0228	0.0074	0.0471	0.0355	0.024	0.0074	0.0441	0.0643	0.0441	0.017	0.0199	0.0309	0.0199	0.0109
chr2L	1437599	1437750	chr2L:1437600-1437750	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0168	0.018	0.0231	0.0053	0.0184	0.0238	0.022	0.0053	0.0187	0.0164	0.0187	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	1439807	1440056	chr2L:1439808-1440056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0494	0.0812	0.0547	0.0424	0.0655	0.0623	0.0406	0.0424	0.1329	0.0826	0.1329	0.0341	0.0812	0.0593	0.0812	0.0349
chr2L	1441102	1441310	chr2L:1441103-1441310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0299	0.0202	0.048	0.0209	0.0021	0.0272	0.0268	0.0247	0.0021	0.0248	0.0254	0.0248	0.0085	0.0054	0.009	0.0054	0.0089
chr2L	1441826	1442332	chr2L:1441827-1442332	FBgn0263321	CG43402	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0624	0.0444	0.0921	0.0499	0.0127	0.0641	0.0484	0.062	0.0127	0.0978	0.0723	0.0978	0.0705	0.0184	0.0206	0.0184	0.0761
chr2L	1443503	1443668	chr2L:1443504-1443668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0325	0.0207	0.0505	0.026	0.0064	0.0311	0.0264	0.0207	0.0064	0.0483	0.0775	0.0483	0.0194	0.026	0.049	0.026	0.0203
chr2L	1443715	1443913	chr2L:1443716-1443913	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0386	0.0224	0.0584	0.0351	0.0064	0.0364	0.029	0.018	0.0064	0.0797	0.0768	0.0797	0.0263	0.0398	0.0606	0.0398	0.0287
chr2L	1445015	1445178	chr2L:1445016-1445178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0265	0.0595	0.0259	0.0042	0.0354	0.0333	0.0353	0.0042	0.035	0.1039	0.035	0.024	0.0153	0.0632	0.0153	0.0172
chr2L	1445330	1445757	chr2L:1445331-1445757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0631	0.04	0.1066	0.0411	0.0074	0.0607	0.0454	0.0533	0.0074	0.0791	0.1794	0.0791	0.0449	0.0276	0.0864	0.0276	0.0349
chr2L	1446325	1446607	chr2L:1446326-1446607	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0482	0.0383	0.0591	0.0472	0.0191	0.0461	0.0584	0.0353	0.0191	0.0604	0.0817	0.0604	0.0387	0.0888	0.0774	0.0888	0.0354
chr2L	1446683	1446988	chr2L:1446684-1446988	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0423	0.0366	0.0456	0.045	0.0159	0.0364	0.0584	0.0413	0.0159	0.0495	0.0588	0.0495	0.0325	0.0743	0.0799	0.0743	0.0354
chr2L	1447317	1447469	chr2L:1447318-1447469	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0211	0.0358	0.0178	0.0074	0.035	0.0212	0.0247	0.0074	0.0187	0.0354	0.0187	0.0736	0.0107	0.0206	0.0107	0.0208
chr2L	1447824	1447975	chr2L:1447825-1447975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0098	0.0181	0.0244	0	0.0121	0.0147	0.012	0	0.0133	0.0167	0.0133	0.0294	0.0046	0.011	0.0046	0.012
chr2L	1448242	1448620	chr2L:1448243-1448620	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.039	0.0343	0.0566	0.0249	0.0095	0.0553	0.0342	0.044	0.0095	0.0242	0.0797	0.0242	0.086	0.0153	0.0264	0.0153	0.0156
chr2L	1449182	1449333	chr2L:1449183-1449333	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0121	0.0105	0.0108	0.0155	0.0064	0.0102	0.0199	0.006	0.0064	0.0079	0.01	0.0079	0.007	0.0061	0.0103	0.0061	0.0063
chr2L	1450080	1450381	chr2L:1450081-1450381	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0339	0.0358	0.0405	0.0245	0.0148	0.0359	0.0428	0.0613	0.0148	0.0296	0.0585	0.0296	0.0302	0.0207	0.0368	0.0207	0.0307
chr2L	1452062	1452213	chr2L:1452063-1452213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0098	0.0148	0.0173	0.0021	0.0092	0.0177	0.01	0.0021	0.0121	0.0193	0.0121	0.0116	0.0322	0.0168	0.0322	0.0094
chr2L	1454679	1454830	chr2L:1454680-1454830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0126	0.0108	0.0135	0.0135	0.0042	0.0136	0.0125	0.0153	0.0042	0.0097	0.018	0.0097	0.0085	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	1455264	1455415	chr2L:1455265-1455415	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0077	0.0059	0.0093	0.0081	0.0011	0.0058	0.0091	0.008	0.0011	0.0085	0.0109	0.0085	0.0023	8e-04	0.0026	8e-04	0.0026
chr2L	1456203	1456391	chr2L:1456204-1456391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.023	0.0132	0.0379	0.0177	0.0042	0.0199	0.0143	0.016	0.0042	0.0453	0.0418	0.0453	0.055	0.0214	0.0297	0.0214	0.0167
chr2L	1456551	1456844	chr2L:1456552-1456844	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0443	0.0436	0.0633	0.0242	0.0212	0.0621	0.0484	0.0533	0.0212	0.0616	0.0772	0.0616	0.0868	0.0329	0.0413	0.0329	0.0214
chr2L	1457179	1457384	chr2L:1457180-1457384	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0389	0.0466	0.0522	0.0157	0.0276	0.0549	0.0554	0.06	0.0276	0.0332	0.0865	0.0332	0.0294	0.0184	0.0322	0.0184	0.0115
chr2L	1460926	1461135	chr2L:1460927-1461135	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1332	0.1201	0.1843	0.0919	0.0657	0.1607	0.1194	0.1765	0.0657	0.2053	0.2386	0.2053	0.1627	0.0873	0.1251	0.0873	0.1006
chr2L	1461430	1461581	chr2L:1461431-1461581	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0469	0.046	0.0636	0.0295	0.0159	0.066	0.0506	0.0593	0.0159	0.0803	0.0849	0.0803	0.0449	0.0283	0.0554	0.0283	0.0297
chr2L	1461686	1461837	chr2L:1461687-1461837	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0539	0.0437	0.0877	0.0281	0.0127	0.0704	0.0446	0.0553	0.0127	0.1039	0.1228	0.1039	0.0713	0.0191	0.078	0.0191	0.0151
chr2L	1461927	1462187	chr2L:1461928-1462187	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_BN31	Unspecified_BN31	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1271	0.1037	0.2121	0.0599	0.0403	0.185	0.0887	0.1173	0.0403	0.3037	0.2794	0.3037	0.134	0.0329	0.1818	0.0329	0.0318
chr2L	1462357	1462623	chr2L:1462358-1462623	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	Unspecified_BN31	Unspecified_BN31	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1289	0.1124	0.211	0.0571	0.0647	0.2257	0.0809	0.1026	0.0647	0.3376	0.2466	0.3376	0.1518	0.0559	0.1386	0.0559	0.0433
chr2L	1463315	1463648	chr2L:1463316-1463648	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1118	0.1285	0.1546	0.0464	0.0774	0.1136	0.1272	0.2558	0.0774	0.0779	0.2904	0.0779	0.086	0.0161	0.1457	0.0161	0.0214
chr2L	1465937	1466088	chr2L:1465938-1466088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0259	0.0202	0.0437	0.0127	0.0074	0.0228	0.0199	0.038	0.0074	0.0229	0.0695	0.0229	0.0155	0.0069	0.0258	0.0069	0.0094
chr2L	1466417	1466568	chr2L:1466418-1466568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0223	0.0202	0.0316	0.0143	0.0106	0.0238	0.0212	0.0326	0.0106	0.0248	0.0302	0.0248	0.0124	0.0046	0.009	0.0046	0.0094
chr2L	1466753	1466915	chr2L:1466754-1466915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.03	0.0382	0.0171	0.0159	0.0291	0.0407	0.0406	0.0159	0.0326	0.035	0.0326	0.0178	0.0046	0.009	0.0046	0.0141
chr2L	1467201	1467369	chr2L:1467202-1467369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0218	0.0163	0.0346	0.0138	0.0053	0.0199	0.0216	0.022	0.0053	0.0205	0.0325	0.0205	0.0108	0.0038	0.0045	0.0038	0.0063
chr2L	1468389	1468540	chr2L:1468390-1468540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0216	0.0197	0.0315	0.0128	0.0053	0.0214	0.0277	0.0273	0.0053	0.0193	0.0566	0.0193	0.0062	0.0138	0.0258	0.0138	0.0073
chr2L	1469970	1470179	chr2L:1469971-1470179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0426	0.0369	0.0628	0.0267	0.0191	0.0558	0.0342	0.0506	0.0191	0.0876	0.0669	0.0876	0.0302	0.0345	0.0142	0.0345	0.0177
chr2L	1470260	1470479	chr2L:1470261-1470479	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0417	0.0355	0.0654	0.0227	0.017	0.0524	0.0346	0.0473	0.017	0.1027	0.0675	0.1027	0.0318	0.023	0.011	0.023	0.013
chr2L	1470494	1470645	chr2L:1470495-1470645	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0219	0.0181	0.0357	0.011	0.0053	0.0223	0.0212	0.0286	0.0053	0.0537	0.0412	0.0537	0.0139	0.0123	0.0077	0.0123	0.0047
chr2L	1471027	1471273	chr2L:1471028-1471273	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0336	0.0249	0.0561	0.0187	0.0074	0.0408	0.0255	0.03	0.0074	0.1165	0.0585	0.1165	0.0194	0.036	0.0148	0.036	0.0135
chr2L	1471430	1471611	chr2L:1471431-1471611	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0235	0.0169	0.0374	0.0155	0.0032	0.0223	0.0208	0.0227	0.0032	0.0634	0.0431	0.0634	0.0232	0.0306	0.0155	0.0306	0.0104
chr2L	1473187	1473467	chr2L:1473188-1473467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.04	0.0417	0.0497	0.0273	0.0233	0.0403	0.0705	0.042	0.0233	0.0393	0.0434	0.0393	0.0124	0.0084	0.0103	0.0084	0.0125
chr2L	1473694	1473866	chr2L:1473695-1473866	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0233	0.0398	0.0195	0.0064	0.0257	0.0298	0.0366	0.0064	0.0411	0.0408	0.0411	0.0093	0.0069	0.0077	0.0069	0.0036
chr2L	1474426	1474603	chr2L:1474427-1474603	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0294	0.0507	0.0269	0.0082	0.0265	0.0403	0.0554	0.1073	0.0265	0.0181	0.0386	0.0181	0.0108	0.0061	0.0064	0.0061	0.0047
chr2L	1476585	1476754	chr2L:1476586-1476754	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0287	0.0341	0.0109	0.018	0.0277	0.0368	0.0426	0.018	0.0217	0.0479	0.0217	0.0124	0.013	0.011	0.013	0.0036
chr2L	1478509	1478727	chr2L:1478510-1478727	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0391	0.0725	0.0292	0.0127	0.0456	0.0704	0.0908	0.1059	0.0456	0.0254	0.0408	0.0254	0.0155	0.0069	0.0142	0.0069	0.0094
chr2L	1478796	1478994	chr2L:1478797-1478994	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0282	0.0525	0.0208	0.0091	0.0382	0.0447	0.0727	0.0733	0.0382	0.0151	0.0305	0.0151	0.0062	0.0069	0.0071	0.0069	0.0047
chr2L	1484005	1484156	chr2L:1484006-1484156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0137	0.0216	0.0118	0.0071	0.0085	0.018	0.0398	0.0193	0.0085	0.0115	0.019	0.0115	0.0039	0.0038	0.0045	0.0038	0.0042
chr2L	1484243	1484394	chr2L:1484244-1484394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0196	0.026	0.0199	0.012	0.0117	0.0272	0.0441	0.0207	0.0117	0.0175	0.0315	0.0175	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0047
chr2L	1485949	1486100	chr2L:1485950-1486100	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0261	0.046	0.0228	0.0074	0.0392	0.0432	0.0688	0.0513	0.0392	0.0205	0.0318	0.0205	0.0116	0.0168	0.0032	0.0168	0.0047
chr2L	1486204	1486448	chr2L:1486205-1486448	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0377	0.0694	0.0292	0.0117	0.0573	0.0796	0.0895	0.074	0.0573	0.0205	0.0334	0.0205	0.0116	0.0161	0.0077	0.0161	0.0104
chr2L	1489423	1489574	chr2L:1489424-1489574	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.012	0.0127	0.015	0.0078	0.0032	0.0107	0.0238	0.0107	0.0032	0.0145	0.0209	0.0145	0.0077	0.0023	0.0052	0.0023	0.0026
chr2L	1491896	1492080	chr2L:1491897-1492080	FBgn0051928	CG31928	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0759	0.0952	0.0891	0.0456	0.0879	0.0973	0.0939	0.0456	0.1069	0.1045	0.1069	0.103	0.0896	0.0845	0.0896	0.1063
chr2L	1492255	1492506	chr2L:1492256-1492506	FBgn0051928	CG31928	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0557	0.0582	0.0561	0.0525	0.0392	0.0558	0.0813	0.07	0.0392	0.0519	0.0579	0.0519	0.072	0.0444	0.049	0.0444	0.0584
chr2L	1502287	1502438	chr2L:1502288-1502438	FBgn0031344	CG7420	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.028	0.0315	0.0182	0.017	0.0286	0.035	0.0413	0.017	0.0362	0.0367	0.0362	0.031	0.0176	0.0264	0.0176	0.0208
chr2L	1502805	1503004	chr2L:1502806-1503004	FBgn0031344	CG7420	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1228	0.1319	0.0992	0.0923	0.1485	0.1375	0.1639	0.0923	0.1643	0.1492	0.1643	0.1379	0.108	0.1161	0.108	0.1131
chr2L	1504112	1504299	chr2L:1504113-1504299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0388	0.0447	0.0397	0.0312	0.0297	0.0505	0.0593	0.0546	0.0297	0.0386	0.0453	0.0386	0.0426	0.0383	0.0297	0.0383	0.0391
chr2L	1504379	1504735	chr2L:1504380-1504735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1231	0.1416	0.1359	0.0883	0.1135	0.1544	0.167	0.1912	0.1135	0.1745	0.1527	0.1745	0.1224	0.1003	0.0909	0.1003	0.0948
chr2L	1508144	1508420	chr2L:1508145-1508420	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0209	0.0444	0.0122	0.0042	0.0286	0.0165	0.0835	0.0593	0.0286	0.0109	0.0135	0.0109	0.0108	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	1509087	1509238	chr2L:1509088-1509238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0147	0.029	0.0095	0.0043	0.0148	0.0121	0.0359	0.068	0.0148	0.0054	0.0138	0.0054	0.0046	0.0038	0.0077	0.0038	0.0021
chr2L	1510247	1510398	chr2L:1510248-1510398	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0119	0.0233	0.0091	0.0022	0.0148	0.0126	0.0316	0.0453	0.0148	0.0085	0.0125	0.0085	0.0062	0.0023	0.0013	0.0023	0.001
chr2L	1510419	1510570	chr2L:1510420-1510570	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.013	0.0248	0.0107	0.0022	0.0053	0.0136	0.0363	0.0506	0.0053	0.0145	0.0113	0.0145	0.0077	0	0.0019	0	0.0026
chr2L	1510959	1511110	chr2L:1510960-1511110	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0159	0.0313	0.0121	0.0028	0.0159	0.0155	0.0666	0.0293	0.0159	0.0079	0.0193	0.0079	0.0116	0.0015	0.0026	0.0015	0.0042
chr2L	1517185	1517362	chr2L:1517186-1517362	FBgn0031345	CG18132	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0577	0.1442	0.0157	0.0072	0.1792	0.0437	0.2872	0.1286	0.1792	0.0097	0.0241	0.0097	0.0132	0.0046	0.0084	0.0046	0.0073
chr2L	1517368	1517519	chr2L:1517369-1517519	FBgn0031345	CG18132	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0464	0.1144	0.0146	0.0053	0.1495	0.0316	0.2331	0.0899	0.1495	0.0127	0.0225	0.0127	0.0077	0.0038	0.0077	0.0038	0.0057
chr2L	1517587	1517738	chr2L:1517588-1517738	FBgn0001174,FBgn0031345	CG18132,halo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0527	0.1294	0.0156	0.0078	0.1665	0.0393	0.2638	0.0999	0.1665	0.0151	0.0257	0.0151	0.0046	0.0084	0.0129	0.0084	0.0073
chr2L	1517915	1518220	chr2L:1517916-1518220	FBgn0001174,FBgn0031345	CG18132,halo	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.1088	0.2703	0.0377	0.0064	0.3309	0.1175	0.4615	0.3118	0.3309	0.0302	0.064	0.0302	0.0155	0.0054	0.0103	0.0054	0.0047
chr2L	1524499	1524650	chr2L:1524500-1524650	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0146	0.0338	0.0067	0.0019	0.0297	0.0073	0.0774	0.03	0.0297	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.001
chr2L	1524726	1524995	chr2L:1524727-1524995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.023	0.053	0.0099	0.0039	0.0488	0.015	0.1163	0.042	0.0488	0.0115	0.0138	0.0115	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0031
chr2L	1525273	1525479	chr2L:1525274-1525479	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0425	0.1094	0.009	0.0045	0.1304	0.0199	0.2552	0.066	0.1304	0.0085	0.0125	0.0085	0.0101	0.0015	0.009	0.0015	0.0026
chr2L	1525800	1525951	chr2L:1525801-1525951	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0125	0.0279	0.0039	0.0047	0.0244	0.0097	0.0644	0.0187	0.0244	0.003	0.0055	0.003	0.0046	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2L	1554427	1554593	chr2L:1554428-1554593	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0571	0.0383	0.077	0.0564	0.0138	0.0413	0.0411	0.068	0.0138	0.0314	0.1379	0.0314	0.0589	0.0123	0.1167	0.0123	0.0495
chr2L	1554985	1555175	chr2L:1554986-1555175	FBgn0261509	haf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0618	0.0239	0.0928	0.07	0.0106	0.0262	0.0303	0.0333	0.0106	0.0151	0.1891	0.0151	0.0519	0.0084	0.2018	0.0084	0.0255
chr2L	1555385	1555614	chr2L:1555386-1555614	FBgn0261509	haf	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0355	0.0174	0.0477	0.0422	0.0085	0.0189	0.0221	0.024	0.0085	0.0151	0.0965	0.0151	0.0209	0.0069	0.1431	0.0069	0.0146
chr2L	1556380	1556531	chr2L:1556381-1556531	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0353	0.0247	0.0579	0.0226	0.0138	0.033	0.0216	0.0393	0.0138	0.0121	0.1219	0.0121	0.0302	0.0054	0.0696	0.0054	0.0094
chr2L	1556712	1556983	chr2L:1556713-1556983	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0525	0.1462	0.0415	0.0159	0.0738	0.0463	0.0859	0.0159	0.038	0.2772	0.038	0.1286	0.01	0.1128	0.01	0.0208
chr2L	1557223	1557551	chr2L:1557224-1557551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0499	0.0227	0.0855	0.0414	0.0085	0.0291	0.0277	0.03	0.0085	0.0223	0.1595	0.0223	0.0736	0.0115	0.1096	0.0115	0.0234
chr2L	1559597	1559890	chr2L:1559598-1559890	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0634	0.0371	0.1058	0.0461	0.0191	0.0456	0.0484	0.0446	0.0191	0.0308	0.2177	0.0308	0.0488	0.0092	0.1625	0.0092	0.0193
chr2L	1560126	1560345	chr2L:1560127-1560345	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0234	0.0551	0.0299	0.0085	0.0301	0.0294	0.0286	0.0085	0.0157	0.1109	0.0157	0.0341	0.0061	0.1064	0.0061	0.0089
chr2L	1561677	1561828	chr2L:1561678-1561828	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0105	0.0214	0.0246	0.0042	0.0131	0.0173	0.0073	0.0042	0.0103	0.0386	0.0103	0.0116	0.0054	0.0806	0.0054	0.0125
chr2L	1569060	1569211	chr2L:1569061-1569211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.0086	0.0113	0.0114	0.0032	0.0049	0.0164	0.0107	0.0032	0.0042	0.0212	0.0042	0.0093	0.0054	0.0297	0.0054	0.0031
chr2L	1570271	1570422	chr2L:1570272-1570422	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0095	0.0072	0.0112	0.0102	0.0042	0.0053	0.0147	0.0047	0.0042	0.0115	0.018	0.0115	0.007	0.0054	0.0277	0.0054	0.0036
chr2L	1573790	1573944	chr2L:1573791-1573944	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0254	0.0125	0.032	0.0326	0.0064	0.0141	0.0169	0.0153	0.0064	0.0151	0.0585	0.0151	0.024	0.0061	0.109	0.0061	0.0115
chr2L	1574427	1574578	chr2L:1574428-1574578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0097	0.0143	0.0138	0.0011	0.0087	0.0173	0.01	0.0011	0.0133	0.0215	0.0133	0.0108	0.0046	0.0348	0.0046	0.0083
chr2L	1578791	1578942	chr2L:1578792-1578942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0107	0.0102	0.0102	0.0117	0.0053	0.0078	0.0208	0.0073	0.0053	0.0103	0.0158	0.0103	0.0062	0.0061	0.0277	0.0061	0.0078
chr2L	1579023	1579174	chr2L:1579024-1579174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0156	0.0153	0.0137	0.018	0.0095	0.0092	0.0281	0.016	0.0095	0.0097	0.0209	0.0097	0.007	0.0107	0.0426	0.0107	0.0141
chr2L	1579495	1579646	chr2L:1579496-1579646	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.011	0.0178	0.0195	0.0064	0.0083	0.019	0.012	0.0064	0.0169	0.0232	0.0169	0.0147	0.0145	0.0464	0.0145	0.0135
chr2L	1579965	1580116	chr2L:1579966-1580116	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0062	0.0117	0.0148	0.0021	0.0039	0.0121	0.0073	0.0021	0.0054	0.0148	0.0054	0.0163	0.0077	0.0342	0.0077	0.013
chr2L	1590121	1590272	chr2L:1590122-1590272	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0069	0.0072	0.0166	0.0032	0.0063	0.0117	0.0073	0.0032	0.0054	0.0109	0.0054	0.0046	0.0138	0.0361	0.0138	0.0063
chr2L	1594176	1594327	chr2L:1594177-1594327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0133	0.017	0.0111	0.0106	0.0083	0.0208	0.018	0.0106	0.0127	0.0141	0.0127	0.0077	0.0038	0.0129	0.0038	0.0073
chr2L	1596728	1596952	chr2L:1596729-1596952	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.029	0.0136	0.0317	0.0432	0.0085	0.0117	0.0225	0.0127	0.0085	0.0133	0.0559	0.0133	0.0248	0.0145	0.1464	0.0145	0.0156
chr2L	1611080	1611245	chr2L:1611081-1611245	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1156	0.0886	0.1461	0.1122	0.0636	0.1121	0.1016	0.1119	0.0636	0.1649	0.1588	0.1649	0.1549	0.1064	0.1225	0.1064	0.135
chr2L	1611323	1611496	chr2L:1611324-1611496	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0903	0.0618	0.1152	0.0947	0.0445	0.0801	0.0679	0.0833	0.0445	0.1329	0.1264	0.1329	0.1154	0.0873	0.1109	0.0873	0.1157
chr2L	1611596	1611756	chr2L:1611597-1611756	FBgn0031351,FBgn0051935	CG14352,CG31935	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0435	0.0283	0.0585	0.044	0.0117	0.033	0.0355	0.04	0.0117	0.0586	0.0688	0.0586	0.0612	0.0505	0.0516	0.0505	0.05
chr2L	1613558	1614011	chr2L:1613559-1614011	FBgn0021906	RFeSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0857	0.1228	0.0848	0.0562	0.0971	0.1159	0.0979	0.0562	0.1341	0.1363	0.1341	0.1201	0.0911	0.0883	0.0911	0.099
chr2L	1614116	1614297	chr2L:1614117-1614297	FBgn0021906	RFeSP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1561	0.1302	0.1901	0.1476	0.0912	0.1549	0.1665	0.1472	0.0912	0.2101	0.2016	0.2101	0.1913	0.1401	0.1476	0.1401	0.1605
chr2L	1614474	1614676	chr2L:1614475-1614676	FBgn0021906	RFeSP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0625	0.0464	0.0784	0.0629	0.035	0.0607	0.0502	0.054	0.035	0.0688	0.0756	0.0688	0.0604	0.0375	0.0554	0.0375	0.0448
chr2L	1615683	1615834	chr2L:1615684-1615834	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0067	0.0148	0.0377	0.0011	0.0107	0.0104	0.0047	0.0011	0.0066	0.0113	0.0066	0.0139	0.0077	0.0077	0.0077	0.0177
chr2L	1617787	1618037	chr2L:1617788-1618037	distal	distal	stage14	stage14	VT0809.1,VT0810.1	VT0809.1,VT0810.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.0087	0.011	0.0592	0.0032	0.0092	0.0138	0.0093	0.0032	0.0079	0.0074	0.0079	0.0085	0.01	0.0071	0.01	0.0125
chr2L	1624733	1624884	chr2L:1624734-1624884	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0065	0.0046	0.0155	0.0021	0.0068	0.0108	0.0067	0.0021	0.003	0.0045	0.003	0.0015	0.0023	0.0013	0.0023	0.0068
chr2L	1625029	1625180	chr2L:1625030-1625180	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.0035	0.0046	0.0134	0	0.0029	0.0069	0.0033	0	0.0024	0.0032	0.0024	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	1625763	1625914	chr2L:1625764-1625914	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0042	0.0079	0.0141	0.0021	0.0024	0.0091	0.004	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0077	0.0023	0.0039	0.0023	0.0109
chr2L	1626794	1626945	chr2L:1626795-1626945	distal	distal	none	none	VT0815.1	VT0815.1	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0066	0.0051	0.0034	0.0117	0.0021	0.0029	0.0108	0.0047	0.0021	0.003	0.0032	0.003	0.0031	0.0031	0.0039	0.0031	0.0021
chr2L	1627506	1627657	chr2L:1627507-1627657	distal	distal	none	none	VT0815.1	VT0815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0135	0.0087	0.0122	0.0202	0.0085	0.0073	0.0147	0.0073	0.0085	0.0121	0.0103	0.0121	0.0232	0.0145	0.02	0.0145	0.037
chr2L	1627938	1628089	chr2L:1627939-1628089	distal	distal	stage14	stage14	VT0815.1	VT0815.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0165	0.0105	0.011	0.0291	0.0074	0.0092	0.0182	0.0087	0.0074	0.0133	0.0077	0.0133	0.0232	0.0123	0.0206	0.0123	0.0693
chr2L	1630674	1630825	chr2L:1630675-1630825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0067	0.0063	0.0117	0.0032	0.0039	0.0117	0.008	0.0032	0.003	0.0077	0.003	0.0101	0.0084	0.0271	0.0084	0.0099
chr2L	1632969	1633120	chr2L:1632970-1633120	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0123	0.0059	0.0095	0.0224	0.0042	0.0058	0.0112	0.002	0.0042	0.0054	0.008	0.0054	0.0209	0.0153	0.0193	0.0153	0.0375
chr2L	1636566	1636760	chr2L:1636567-1636760	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0277	0.0122	0.0199	0.0535	0.0074	0.0087	0.0264	0.0067	0.0074	0.0127	0.0209	0.0127	0.0488	0.0421	0.0503	0.0421	0.11
chr2L	1637367	1637518	chr2L:1637368-1637518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0099	0.0069	0.0072	0.0162	0.0032	0.0044	0.0143	0.006	0.0032	0.0036	0.01	0.0036	0.0101	0.0077	0.0393	0.0077	0.0167
chr2L	1638478	1638652	chr2L:1638479-1638652	distal	distal	stage14	stage14	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0321	0.0098	0.0207	0.0695	0.0064	0.0097	0.0212	0.0027	0.0064	0.0133	0.0235	0.0133	0.0364	0.0413	0.0761	0.0413	0.1485
chr2L	1638868	1639027	chr2L:1638869-1639027	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0088	0.0148	0.0468	0.0064	0.0087	0.016	0.006	0.0064	0.0115	0.0199	0.0115	0.0232	0.023	0.0625	0.023	0.0959
chr2L	1639185	1639336	chr2L:1639186-1639336	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0159	0.0102	0.0123	0.0263	0.0064	0.0078	0.0208	0.0073	0.0064	0.0072	0.0177	0.0072	0.0132	0.0123	0.0496	0.0123	0.0412
chr2L	1639511	1639678	chr2L:1639512-1639678	distal	distal	none	none	VT0822.1	VT0822.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0223	0.0266	0.0421	0.0074	0.0218	0.0368	0.026	0.0074	0.0211	0.0341	0.0211	0.038	0.0436	0.0535	0.0436	0.0709
chr2L	1643144	1643366	chr2L:1643145-1643366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0252	0.0088	0.0146	0.0551	0.0042	0.0126	0.0138	0.004	0.0042	0.0115	0.0164	0.0115	0.024	0.0421	0.1064	0.0421	0.0636
chr2L	1643657	1643845	chr2L:1643658-1643845	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0353	0.0075	0.0244	0.0785	0.0074	0.0087	0.0108	0.0027	0.0074	0.0151	0.0167	0.0151	0.0674	0.0735	0.0696	0.0735	0.1204
chr2L	1646293	1646558	chr2L:1646294-1646558	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0277	0.016	0.0273	0.0412	0.0042	0.017	0.026	0.0173	0.0042	0.0229	0.0193	0.0229	0.0256	0.0628	0.0181	0.0628	0.0615
chr2L	1646835	1646986	chr2L:1646836-1646986	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0136	0.0245	0.0336	0.0127	0.0107	0.0229	0.0127	0.0127	0.0157	0.0225	0.0157	0.0232	0.0245	0.0155	0.0245	0.0422
chr2L	1648781	1648959	chr2L:1648782-1648959	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0827.1	VT0827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0504	0.0277	0.0414	0.0856	0.0138	0.0286	0.0441	0.0266	0.0138	0.0386	0.0318	0.0386	0.0767	0.0743	0.0432	0.0743	0.087
chr2L	1648993	1649219	chr2L:1648994-1649219	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0827.1	VT0827.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0587	0.0248	0.0452	0.1114	0.0159	0.0267	0.035	0.0266	0.0159	0.0411	0.0286	0.0411	0.0775	0.1026	0.0477	0.1026	0.1136
chr2L	1649542	1649693	chr2L:1649543-1649693	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0284	0.0061	0.0211	0.0614	0.0021	0.0058	0.0091	0.006	0.0021	0.0133	0.0129	0.0133	0.0225	0.0375	0.0239	0.0375	0.0599
chr2L	1649907	1650093	chr2L:1649908-1650093	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.032	0.0079	0.0201	0.0721	0.0021	0.0117	0.0112	0.0067	0.0021	0.0121	0.0151	0.0121	0.0279	0.0368	0.0335	0.0368	0.0636
chr2L	1650813	1650974	chr2L:1650814-1650974	FBgn0086758	chinmo	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.037	0.0228	0.0388	0.0508	0.0074	0.0272	0.0264	0.0333	0.0074	0.0308	0.0186	0.0308	0.017	0.0138	0.0161	0.0138	0.0188
chr2L	1651167	1651340	chr2L:1651168-1651340	FBgn0086758	chinmo	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0628	0.025	0.0552	0.1132	0.0085	0.0272	0.0346	0.03	0.0085	0.0296	0.0302	0.0296	0.0573	0.0773	0.0754	0.0773	0.1126
chr2L	1652020	1652171	chr2L:1652021-1652171	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0305	0.0191	0.0301	0.0436	0.0053	0.0175	0.035	0.02	0.0053	0.0109	0.0167	0.0109	0.0217	0.0161	0.0219	0.0161	0.0271
chr2L	1654378	1654553	chr2L:1654379-1654553	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT0830.1	VT0830.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0978	0.0512	0.1184	0.1273	0.0244	0.0612	0.0709	0.054	0.0244	0.1504	0.1116	0.1504	0.0976	0.1417	0.1044	0.1417	0.1574
chr2L	1656672	1656923	chr2L:1656673-1656923	distal	distal	stage14	stage14	VT0831.1,VT0832.1	VT0831.1,VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0126	0.0162	0.0454	0.0042	0.0121	0.019	0.014	0.0042	0.0151	0.0113	0.0151	0.0333	0.0452	0.0284	0.0452	0.0896
chr2L	1657096	1657306	chr2L:1657097-1657306	distal	distal	stage14	stage14	VT0832.1	VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0338	0.0107	0.0178	0.0773	0.0011	0.0155	0.0156	0.01	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.0411	0.0949	0.0613	0.0949	0.1371
chr2L	1658244	1658395	chr2L:1658245-1658395	distal	distal	none	none	VT0832.1	VT0832.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.025	0.0111	0.0253	0.0404	0.0042	0.0121	0.0177	0.0107	0.0042	0.0169	0.0267	0.0169	0.0232	0.0191	0.0774	0.0191	0.0328
chr2L	1658752	1658903	chr2L:1658753-1658903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0212	0.0117	0.0293	0.0228	0.0064	0.0092	0.0229	0.008	0.0064	0.0211	0.027	0.0211	0.0163	0.0184	0.0239	0.0184	0.0266
chr2L	1662575	1662823	chr2L:1662576-1662823	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0323	0.0148	0.0241	0.0609	0.0085	0.0126	0.026	0.0127	0.0085	0.0133	0.0116	0.0133	0.0116	0.0168	0.0193	0.0168	0.025
chr2L	1662956	1663107	chr2L:1662957-1663107	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0355	0.0217	0.0348	0.0517	0.0117	0.0218	0.0342	0.02	0.0117	0.0236	0.0199	0.0236	0.0194	0.0168	0.0206	0.0168	0.0302
chr2L	1663221	1663443	chr2L:1663222-1663443	distal	distal	stage14	stage14	VT0836.1	VT0836.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0482	0.0229	0.0439	0.081	0.0064	0.0277	0.0346	0.0193	0.0064	0.035	0.0244	0.035	0.0248	0.0176	0.0245	0.0176	0.0396
chr2L	1667598	1667749	chr2L:1667599-1667749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0219	0.0137	0.026	0.0265	0.0064	0.0121	0.0247	0.0127	0.0064	0.0272	0.0251	0.0272	0.0225	0.0498	0.0148	0.0498	0.0224
chr2L	1669752	1670002	chr2L:1669753-1670002	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0382	0.0547	0.0374	0.0206	0.0308	0.0388	0.0787	0.0893	0.0308	0.0193	0.0248	0.0193	0.0271	0.0123	0.0123	0.0123	0.0146
chr2L	1670448	1670599	chr2L:1670449-1670599	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.024	0.0111	0.0308	0.0309	0.0011	0.0126	0.0173	0.0113	0.0011	0.0121	0.0119	0.0121	0.0039	0.0038	0.0071	0.0038	0.0083
chr2L	1670607	1670758	chr2L:1670608-1670758	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0254	0.0103	0.0378	0.0287	0.0042	0.0117	0.016	0.0087	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0054	0.0031	0.0077	0.0031	0.0063
chr2L	1671256	1671427	chr2L:1671257-1671427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0176	0.0103	0.0188	0.0245	0.0032	0.0087	0.0169	0.012	0.0032	0.0066	0.008	0.0066	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0073
chr2L	1672289	1672443	chr2L:1672290-1672443	distal	distal	stage14	stage14	VT0841.1	VT0841.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0307	0.0108	0.0299	0.0538	0.0053	0.0136	0.0143	0.012	0.0053	0.0223	0.0141	0.0223	0.0101	0.0077	0.0135	0.0077	0.0125
chr2L	1677451	1677701	chr2L:1677452-1677701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0077	0.0126	0.0279	0.0053	0.0049	0.0147	0.008	0.0053	0.0024	0.0093	0.0024	0.0039	0	0.0026	0	0.0073
chr2L	1677849	1678000	chr2L:1677850-1678000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.0065	0.0081	0.0152	0.0011	0.0068	0.0112	0.0073	0.0011	0.0048	0.0058	0.0048	0.0039	0	0.0019	0	0.0036
chr2L	1688418	1688569	chr2L:1688419-1688569	distal	distal	stage5	stage5	VT0845.1	VT0845.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0167	0.0246	0.0115	0.0136	0.0255	0.0165	0.045	0.018	0.0255	0.0109	0.0122	0.0109	0.0077	0.0061	0.0064	0.0061	0.0146
chr2L	1690980	1691131	chr2L:1690981-1691131	distal	distal	none	none	VT0847.1	VT0847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.01	0.0103	0.021	0.0042	0.0107	0.0164	0.008	0.0042	0.0079	0.009	0.0079	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.012
chr2L	1691137	1691288	chr2L:1691138-1691288	distal	distal	none	none	VT0847.1	VT0847.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0126	0.009	0.0102	0.0192	0.0064	0.0068	0.0177	0.006	0.0064	0.0085	0.0064	0.0085	0.0077	0.0054	0.0103	0.0054	0.0104
chr2L	1692635	1692786	chr2L:1692636-1692786	distal	distal	none	none	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0093	0.0069	0.0063	0.0152	0.0032	0.0053	0.013	0.006	0.0032	0.006	0.0042	0.006	0.0108	0.0038	0.0084	0.0038	0.0334
chr2L	1693072	1693223	chr2L:1693073-1693223	distal	distal	stage14	stage14	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0131	0.0066	0.0093	0.0246	0	0.0058	0.0143	0.004	0	0.003	0.0068	0.003	0.0217	0.0038	0.0045	0.0038	0.0662
chr2L	1693653	1693804	chr2L:1693654-1693804	distal	distal	none	none	VT0849.1	VT0849.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0104	0.0079	0.0085	0.0155	0.0021	0.0073	0.0173	0.0033	0.0021	0.0048	0.0084	0.0048	0.0155	0.0061	0.0032	0.0061	0.0125
chr2L	1699110	1699261	chr2L:1699111-1699261	distal	distal	none	none	VT0850.1	VT0850.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0173	0.0178	0.0157	0.0185	0.0032	0.0146	0.0333	0.0213	0.0032	0.0157	0.018	0.0157	0.0116	0.0084	0.0135	0.0084	0.0177
chr2L	1704532	1704703	chr2L:1704533-1704703	FBgn0011570	cpb	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0486	0.0445	0.0485	0.0532	0.0308	0.0437	0.0683	0.0473	0.0308	0.0519	0.0537	0.0519	0.0488	0.0582	0.0432	0.0582	0.0584
chr2L	1704798	1704980	chr2L:1704799-1704980	FBgn0011570	cpb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.113	0.1031	0.1296	0.1058	0.0657	0.1165	0.1319	0.1299	0.0657	0.1546	0.1408	0.1546	0.1371	0.1057	0.0961	0.1057	0.1371
chr2L	1705111	1705333	chr2L:1705112-1705333	FBgn0011570	cpb	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.076	0.0659	0.0876	0.0745	0.0424	0.0699	0.0913	0.072	0.0424	0.1008	0.0923	0.1008	0.0976	0.0574	0.0677	0.0574	0.1146
chr2L	1710352	1710521	chr2L:1710353-1710521	FBgn0031356,FBgn0031357	CG17660,mRpL48	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1612	0.1553	0.1879	0.1384	0.1018	0.1738	0.199	0.1939	0.1018	0.244	0.2013	0.244	0.1859	0.1554	0.1348	0.1554	0.1777
chr2L	1710822	1710973	chr2L:1710823-1710973	FBgn0031356,FBgn0031357	CG17660,mRpL48	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0457	0.0479	0.0565	0.0313	0.0255	0.05	0.0662	0.06	0.0255	0.0688	0.0682	0.0688	0.0589	0.0345	0.0329	0.0345	0.0479
chr2L	1715540	1715703	chr2L:1715541-1715703	FBgn0086698	frtz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0542	0.0492	0.0676	0.045	0.0244	0.0612	0.058	0.0633	0.0244	0.093	0.0746	0.093	0.0713	0.0574	0.049	0.0574	0.0625
chr2L	1715813	1715995	chr2L:1715814-1715995	FBgn0086698	frtz	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1511	0.1281	0.2022	0.1206	0.0859	0.1573	0.1445	0.1639	0.0859	0.2796	0.2084	0.2796	0.196	0.1539	0.1438	0.1539	0.1574
chr2L	1716090	1716278	chr2L:1716091-1716278	FBgn0086698	frtz	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0525	0.0466	0.0709	0.039	0.018	0.0549	0.0614	0.0586	0.018	0.1298	0.0595	0.1298	0.0697	0.062	0.0419	0.062	0.05
chr2L	1716514	1716812	chr2L:1716515-1716812	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0432	0.0385	0.061	0.0288	0.017	0.035	0.0606	0.0473	0.017	0.1256	0.0486	0.1256	0.0658	0.0368	0.0361	0.0368	0.036
chr2L	1717088	1717239	chr2L:1717089-1717239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0237	0.0209	0.0364	0.0128	0.0085	0.0248	0.0316	0.0207	0.0085	0.0864	0.0228	0.0864	0.0372	0.0191	0.0161	0.0191	0.0151
chr2L	1717623	1717774	chr2L:1717624-1717774	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0151	0.0364	0.011	0.0053	0.0209	0.0199	0.014	0.0053	0.09	0.0251	0.09	0.0333	0.0207	0.0077	0.0207	0.0109
chr2L	1717996	1718147	chr2L:1717997-1718147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0235	0.016	0.0424	0.0111	0.0053	0.018	0.0242	0.0173	0.0053	0.1081	0.027	0.1081	0.0411	0.0153	0.0129	0.0153	0.0125
chr2L	1718176	1718327	chr2L:1718177-1718327	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0248	0.0179	0.0447	0.0106	0.0053	0.0223	0.0229	0.022	0.0053	0.1171	0.0293	0.1171	0.038	0.0138	0.0084	0.0138	0.013
chr2L	1718690	1718841	chr2L:1718691-1718841	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0274	0.0183	0.0501	0.0125	0.0106	0.0204	0.0238	0.0227	0.0106	0.1347	0.0289	0.1347	0.0449	0.026	0.009	0.026	0.013
chr2L	1719283	1719434	chr2L:1719284-1719434	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0275	0.0192	0.047	0.0155	0.0085	0.0277	0.0268	0.0153	0.0085	0.1214	0.0277	0.1214	0.0496	0.0291	0.0148	0.0291	0.013
chr2L	1719444	1719595	chr2L:1719445-1719595	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0227	0.0171	0.04	0.0102	0.0074	0.0252	0.0225	0.014	0.0074	0.1129	0.0203	0.1129	0.0411	0.0191	0.0103	0.0191	0.0089
chr2L	1721042	1721194	chr2L:1721043-1721194	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.03	0.0169	0.0418	0.0316	0.0042	0.0184	0.0225	0.024	0.0042	0.0694	0.0277	0.0694	0.0899	0.0168	0.0161	0.0168	0.0766
chr2L	1723229	1723443	chr2L:1723230-1723443	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0822	0.0501	0.1225	0.0739	0.0233	0.0782	0.0446	0.0726	0.0233	0.1226	0.1929	0.1226	0.0782	0.1233	0.1309	0.1233	0.0568
chr2L	1723735	1723901	chr2L:1723736-1723901	FBgn0031359	CG18317	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0406	0.094	0.0512	0.0106	0.0641	0.0281	0.074	0.0106	0.0743	0.1466	0.0743	0.0751	0.0505	0.0993	0.0505	0.0511
chr2L	1724316	1724504	chr2L:1724317-1724504	FBgn0031359	CG18317	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0983	0.0643	0.1253	0.1068	0.0286	0.0917	0.0593	0.0993	0.0286	0.151	0.1399	0.151	0.1572	0.1462	0.1051	0.1462	0.1303
chr2L	1727193	1727374	chr2L:1727194-1727374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0177	0.0317	0.0568	0.0032	0.0209	0.0255	0.02	0.0032	0.0429	0.0264	0.0429	0.0418	0.1202	0.0239	0.1202	0.0469
chr2L	1727664	1727851	chr2L:1727665-1727851	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0883	0.035	0.0852	0.1514	0.0148	0.0461	0.0415	0.044	0.0148	0.0966	0.0804	0.0966	0.1108	0.2106	0.1238	0.2106	0.1532
chr2L	1728006	1728200	chr2L:1728007-1728200	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1299	0.0755	0.1471	0.1717	0.0371	0.1024	0.0761	0.1126	0.0371	0.1667	0.1521	0.1667	0.1805	0.2029	0.1728	0.2029	0.1855
chr2L	1728388	1728563	chr2L:1728389-1728563	FBgn0260648	Rrp40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1699	0.1324	0.2024	0.1763	0.0986	0.1646	0.1462	0.1752	0.0986	0.2566	0.2129	0.2566	0.206	0.2159	0.1805	0.2159	0.1907
chr2L	1728651	1728823	chr2L:1728652-1728823	FBgn0260648	Rrp40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1509	0.1243	0.1799	0.1489	0.0954	0.1602	0.1276	0.1699	0.0954	0.2264	0.1926	0.2264	0.1782	0.183	0.147	0.183	0.1626
chr2L	1729825	1729976	chr2L:1729826-1729976	FBgn0000579,FBgn0031360	CG31937,Eno	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0449	0.0374	0.0533	0.0441	0.0244	0.0451	0.0402	0.058	0.0244	0.058	0.0624	0.058	0.0713	0.0268	0.0748	0.0268	0.0631
chr2L	1732296	1732512	chr2L:1732297-1732512	FBgn0031361,FBgn0264494	CG17646,CG17652	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1558	0.1289	0.2009	0.1365	0.0976	0.1597	0.1319	0.1832	0.0976	0.2397	0.2039	0.2397	0.1805	0.1332	0.1225	0.1332	0.1365
chr2L	1732770	1732922	chr2L:1732771-1732922	FBgn0031361,FBgn0264494	CG17646,CG17652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.041	0.0307	0.0509	0.0418	0.0117	0.0417	0.0411	0.0286	0.0117	0.0459	0.0395	0.0459	0.0426	0.0199	0.0303	0.0199	0.036
chr2L	1736988	1737160	chr2L:1736989-1737160	distal	distal	stage5	stage5	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0466	0.0401	0.059	0.0402	0.0148	0.0573	0.045	0.05	0.0148	0.0707	0.0678	0.0707	0.0813	0.0337	0.06	0.0337	0.0636
chr2L	1737292	1737566	chr2L:1737293-1737566	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1358	0.0693	0.1801	0.1615	0.0297	0.1228	0.0619	0.0753	0.0297	0.2729	0.1846	0.2729	0.2285	0.209	0.2147	0.209	0.2428
chr2L	1737792	1738100	chr2L:1737793-1738100	distal	distal	stage14	stage14	VT0872.1	VT0872.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0385	0.0162	0.0401	0.0616	0.0085	0.0209	0.0221	0.018	0.0085	0.058	0.0399	0.058	0.055	0.0513	0.1219	0.0513	0.0745
chr2L	1738380	1738565	chr2L:1738381-1738565	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0101	0.0175	0.0485	0.0011	0.0112	0.0173	0.0107	0.0011	0.0151	0.0209	0.0151	0.0248	0.0314	0.0928	0.0314	0.0688
chr2L	1739073	1739224	chr2L:1739074-1739224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0198	0.0125	0.016	0.032	0.0042	0.0136	0.0242	0.0067	0.0042	0.0169	0.0183	0.0169	0.0209	0.0123	0.0251	0.0123	0.0771
chr2L	1743691	1743842	chr2L:1743692-1743842	distal	distal	none	none	VT0875.1	VT0875.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.0107	0.0142	0.0177	0.0053	0.0092	0.0173	0.012	0.0053	0.0145	0.0129	0.0145	0.0263	0.0084	0.0148	0.0084	0.0365
chr2L	1751598	1751749	chr2L:1751599-1751749	FBgn0027597	CG17712	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0272	0.0302	0.0312	0.0194	0.0106	0.0524	0.0316	0.03	0.0106	0.0405	0.0318	0.0405	0.0333	0.0191	0.0219	0.0191	0.0219
chr2L	1751764	1751978	chr2L:1751765-1751978	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0484	0.0446	0.0594	0.0407	0.0138	0.0689	0.0502	0.0466	0.0138	0.0773	0.064	0.0773	0.0573	0.0391	0.0393	0.0391	0.0474
chr2L	1752035	1752207	chr2L:1752036-1752207	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0906	0.0774	0.1126	0.0813	0.0392	0.1	0.0856	0.1073	0.0392	0.1389	0.1267	0.1389	0.103	0.0796	0.087	0.0796	0.1021
chr2L	1752424	1752575	chr2L:1752425-1752575	FBgn0027597,FBgn0031364	CG17648,CG17712	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.0199	0.0286	0.0209	0.0085	0.0252	0.0281	0.0233	0.0085	0.0393	0.0312	0.0393	0.024	0.026	0.0161	0.026	0.0261
chr2L	1753007	1753158	chr2L:1753008-1753158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0136	0.0154	0.0146	0.0085	0.017	0.0182	0.0147	0.0085	0.0211	0.0138	0.0211	0.0116	0.0069	0.0103	0.0069	0.0109
chr2L	1754120	1754271	chr2L:1754121-1754271	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0161	0.0115	0.0092	0.0053	0.016	0.0298	0.0127	0.0053	0.0127	0.0141	0.0127	0.0062	0.0046	0.0045	0.0046	0.0063
chr2L	1755968	1756119	chr2L:1755969-1756119	FBgn0041249	Gr22f	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0166	0.0277	0.0138	0.0074	0.0148	0.0252	0.0484	0.0227	0.0148	0.0109	0.0154	0.0109	0.0178	0.0084	0.0097	0.0084	0.0068
chr2L	1759045	1759215	chr2L:1759046-1759215	FBgn0031365	CG17650	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0209	0.0333	0.0175	0.0109	0.035	0.0282	0.0484	0.038	0.035	0.0133	0.0206	0.0133	0.024	0.0084	0.0058	0.0084	0.0089
chr2L	1786250	1786401	chr2L:1786251-1786401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.008	0.0088	0.0109	0.0085	0.0044	0.013	0.0087	0.0085	0.0121	0.0077	0.0121	0.0046	0	0.0058	0	0.0026
chr2L	1788228	1788379	chr2L:1788229-1788379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0078	0.0072	0.0071	0.0091	0.0032	0.0083	0.0121	0.006	0.0032	0.0054	0.0074	0.0054	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0026
chr2L	1812518	1812669	chr2L:1812519-1812669	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	FALSE	none	0.0062	0.0045	0.0071	0.007	0.0011	0.0029	0.0099	0.0033	0.0011	0.0097	0.0064	0.0097	0.0054	8e-04	6e-04	8e-04	0.0031
chr2L	1836377	1836528	chr2L:1836378-1836528	FBgn0051665	wry	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0075	0.0056	0.0223	0.0074	0.0053	0.0147	0.0047	0.0074	0.0036	0.0068	0.0036	0.0023	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr2L	1837573	1837724	chr2L:1837574-1837724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0087	0.0072	0.0067	0.0125	0.0064	0.0053	0.0147	0.004	0.0064	0.0072	0.0055	0.0072	0.0108	0.0023	0.0052	0.0023	0.0083
chr2L	1838062	1838213	chr2L:1838063-1838213	distal	distal	none	none	VT0921.1	VT0921.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0066	0.0058	0.0185	0.0074	0.0029	0.0143	0.004	0.0074	0.0036	0.0058	0.0036	0.0054	0.0046	0.0039	0.0046	0.0073
chr2L	1838608	1838759	chr2L:1838609-1838759	distal	distal	none	none	VT0921.1	VT0921.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0074	0.0052	0.0072	0.01	0.0032	0.0058	0.0087	0.0033	0.0032	0.0085	0.0074	0.0085	0.0023	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2L	1871817	1871968	chr2L:1871818-1871968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0093	0.0075	0.01	0.0021	0.0049	0.0182	0.0113	0.0021	0.0085	0.0074	0.0085	0.0077	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr2L	1879215	1879366	chr2L:1879216-1879366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0139	0.0095	0.0082	0.0252	0.0032	0.0078	0.0169	0.0093	0.0032	0.0097	0.0071	0.0097	0.0139	0.0145	0.0116	0.0145	0.0677
chr2L	1884470	1884746	chr2L:1884471-1884746	FBgn0031373,FBgn0031374	CG15358,CG7337	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2341	0.1644	0.2954	0.2447	0.0944	0.1981	0.1743	0.2438	0.0944	0.3762	0.3257	0.3762	0.2897	0.281	0.2631	0.281	0.2871
chr2L	1884934	1885162	chr2L:1884935-1885162	FBgn0031374	CG7337	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.109	0.0998	0.1269	0.0996	0.0689	0.0942	0.1047	0.1819	0.0689	0.1407	0.1424	0.1407	0.1394	0.1011	0.0986	0.1011	0.111
chr2L	1885358	1885542	chr2L:1885359-1885542	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0436	0.0313	0.0489	0.0517	0.0117	0.0272	0.0381	0.0546	0.0117	0.0405	0.064	0.0405	0.0364	0.0214	0.0297	0.0214	0.0302
chr2L	1885876	1886160	chr2L:1885877-1886160	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0533	0.0425	0.0773	0.039	0.0117	0.049	0.042	0.0806	0.0117	0.0489	0.1373	0.0489	0.0473	0.0191	0.0696	0.0191	0.0417
chr2L	1886459	1886610	chr2L:1886460-1886610	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0711	0.0871	0.0878	0.0348	0.0647	0.0563	0.1189	0.1479	0.0647	0.0193	0.1814	0.0193	0.0596	0.0168	0.1019	0.0168	0.024
chr2L	1886617	1886839	chr2L:1886618-1886839	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1146	0.1403	0.1536	0.0432	0.0997	0.0932	0.1791	0.2612	0.0997	0.0362	0.3129	0.0362	0.1015	0.0123	0.1412	0.0123	0.0224
chr2L	1886989	1887176	chr2L:1886990-1887176	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0565	0.0594	0.0822	0.0251	0.0339	0.0413	0.0705	0.1179	0.0339	0.0169	0.1762	0.0169	0.0271	0.0077	0.0877	0.0077	0.0104
chr2L	1902170	1902321	chr2L:1902171-1902321	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0151	0.0128	0.0189	0.0135	0.0021	0.0165	0.0177	0.016	0.0021	0.0169	0.0254	0.0169	0.0194	0.0069	0.0226	0.0069	0.0208
chr2L	1902364	1902515	chr2L:1902365-1902515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0202	0.0194	0.024	0.017	0.0117	0.0209	0.0268	0.0233	0.0117	0.0187	0.0296	0.0187	0.0387	0.0123	0.0239	0.0123	0.0276
chr2L	1903045	1903296	chr2L:1903046-1903296	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0167	0.0294	0.026	0.0085	0.0209	0.0234	0.0187	0.0085	0.0211	0.0482	0.0211	0.0232	0.0046	0.0761	0.0046	0.0193
chr2L	1903961	1904112	chr2L:1903962-1904112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0096	0.0204	0.0117	0.0064	0.0078	0.0151	0.012	0.0064	0.0157	0.0344	0.0157	0.0132	0.0061	0.0264	0.0061	0.0109
chr2L	1909331	1909482	chr2L:1909332-1909482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0253	0.0157	0.0274	0.0338	0.0053	0.0155	0.019	0.0286	0.0053	0.0211	0.0363	0.0211	0.0287	0.013	0.0361	0.013	0.0339
chr2L	1909799	1910002	chr2L:1909800-1910002	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1399	0.097	0.1924	0.1302	0.0657	0.1175	0.106	0.1346	0.0657	0.2077	0.2145	0.2077	0.2355	0.075	0.1657	0.075	0.1954
chr2L	1910079	1910230	chr2L:1910080-1910230	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0702	0.051	0.0995	0.0595	0.0286	0.0621	0.0606	0.066	0.0286	0.1033	0.1058	0.1033	0.1433	0.0345	0.0729	0.0345	0.098
chr2L	1910303	1910454	chr2L:1910304-1910454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0287	0.0197	0.0373	0.0294	0.0117	0.0189	0.0277	0.0253	0.0117	0.0459	0.0399	0.0459	0.0503	0.0153	0.0432	0.0153	0.0479
chr2L	1911289	1911440	chr2L:1911290-1911440	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.024	0.0113	0.0237	0.0384	0.0074	0.0092	0.019	0.0113	0.0074	0.0163	0.0257	0.0163	0.0457	0.0199	0.0464	0.0199	0.0808
chr2L	1911601	1911781	chr2L:1911602-1911781	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0281	0.0106	0.0218	0.0544	0.0064	0.0102	0.0164	0.0133	0.0064	0.0097	0.0235	0.0097	0.0511	0.0176	0.0696	0.0176	0.1193
chr2L	1913446	1913597	chr2L:1913447-1913597	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0206	0.0091	0.0293	0.024	0.0021	0.0102	0.0125	0.0133	0.0021	0.0272	0.0312	0.0272	0.0643	0.026	0.0206	0.026	0.0443
chr2L	1918753	1918904	chr2L:1918754-1918904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0107	0.0195	0.0152	0.0042	0.0087	0.0169	0.014	0.0042	0.0133	0.0283	0.0133	0.0201	0.01	0.0284	0.01	0.0156
chr2L	1918960	1919111	chr2L:1918961-1919111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0111	0.0213	0.013	0.0021	0.0102	0.013	0.02	0.0021	0.0187	0.0302	0.0187	0.0225	0.0077	0.0284	0.0077	0.013
chr2L	1926233	1926689	chr2L:1926234-1926689	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.046	0.0216	0.0609	0.0568	0.0074	0.0272	0.0251	0.0273	0.0074	0.0694	0.0672	0.0694	0.0937	0.0743	0.0722	0.0743	0.0844
chr2L	1930708	1930859	chr2L:1930709-1930859	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.011	0.0088	0.0127	0.0117	0.0042	0.0092	0.0138	0.008	0.0042	0.0066	0.0199	0.0066	0.0124	0.0077	0.0316	0.0077	0.0078
chr2L	1937816	1937967	chr2L:1937817-1937967	FBgn0011859	tRNA:G3:22BCa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0306	0.0353	0.033	0.0227	0.0265	0.0388	0.0441	0.044	0.0265	0.0531	0.0338	0.0531	0.0287	0.0283	0.0219	0.0283	0.037
chr2L	1938087	1938291	chr2L:1938088-1938291	FBgn0011859	tRNA:G3:22BCa	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0958	0.1077	0.0945	0.084	0.0859	0.1272	0.1246	0.1359	0.0859	0.1757	0.0704	0.1757	0.1263	0.1378	0.0671	0.1378	0.1428
chr2L	1944667	1944954	chr2L:1944668-1944954	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0403	0.0223	0.05	0.0497	0.0106	0.0248	0.029	0.028	0.0106	0.0314	0.0498	0.0314	0.0395	0.0123	0.0335	0.0123	0.0302
chr2L	1946213	1946364	chr2L:1946214-1946364	FBgn0053673	CG33673	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0172	0.0169	0.0254	0.0086	0.0064	0.0209	0.0199	0.0247	0.0064	0.0242	0.0341	0.0242	0.0186	0.0092	0.011	0.0092	0.0078
chr2L	1948070	1948385	chr2L:1948071-1948385	distal	distal	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0174	0.0297	0.0212	0.0074	0.017	0.0234	0.0266	0.0074	0.0236	0.0251	0.0236	0.0473	0.0115	0.009	0.0115	0.0459
chr2L	1949117	1949268	chr2L:1949118-1949268	distal	distal	none	none	CG31760_R9D03	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0123	0.0113	0.0156	0.0096	0.0053	0.0112	0.0156	0.016	0.0053	0.0103	0.0199	0.0103	0.017	0.0054	0.0052	0.0054	0.0047
chr2L	1954585	1954803	chr2L:1954586-1954803	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG31760_R9D06	CG31760_R9D06	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1506	0.2155	0.1591	0.0688	0.1813	0.232	0.2171	0.3398	0.1813	0.224	0.146	0.224	0.0302	0.0145	0.0264	0.0145	0.0109
chr2L	1954916	1955067	chr2L:1954917-1955067	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	CG31760_R9D06	CG31760_R9D06	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0665	0.086	0.0772	0.0331	0.0541	0.0976	0.0718	0.1632	0.0541	0.0912	0.0897	0.0912	0.0287	0.0459	0.02	0.0459	0.0151
chr2L	1957457	1957608	chr2L:1957458-1957608	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D06,VT0983.1	CG31760_R9D06,VT0983.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.023	0.0451	0.0161	0.0058	0.035	0.034	0.0683	0.0593	0.035	0.0151	0.0199	0.0151	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr2L	1958157	1958367	chr2L:1958158-1958367	distal	distal	stage5	stage5	VT0983.1,VT0984.1	VT0983.1,VT0984.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0419	0.0891	0.024	0.0088	0.0944	0.0549	0.1276	0.1292	0.0944	0.0127	0.028	0.0127	0.0108	0.0031	0.0071	0.0031	0.0036
chr2L	1958400	1958551	chr2L:1958401-1958551	distal	distal	stage5	stage5	VT0983.1,VT0984.1	VT0983.1,VT0984.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0281	0.0616	0.0145	0.0056	0.0615	0.0374	0.09	0.0879	0.0615	0.0091	0.0154	0.0091	0.0116	0.0015	0.0058	0.0015	0.0057
chr2L	1959181	1959332	chr2L:1959182-1959332	distal	distal	stage14	stage14	VT0984.1	VT0984.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.012	0.0113	0.0164	0.0053	0.0112	0.0173	0.0147	0.0053	0.0079	0.0103	0.0079	0.0085	0.0038	0.0032	0.0038	0.0063
chr2L	1959924	1960075	chr2L:1959925-1960075	distal	distal	stage14	stage14	CG31760_R9D10,VT0984.1,VT0985.1	CG31760_R9D10,VT0984.1,VT0985.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0095	0.0121	0.0226	0.0021	0.0112	0.0151	0.0093	0.0021	0.0085	0.0087	0.0085	0.0101	0.0061	0.0019	0.0061	0.0068
chr2L	1960961	1961232	chr2L:1960962-1961232	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D10,VT0985.1	CG31760_R9D10,VT0985.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.036	0.0708	0.0251	0.0089	0.0509	0.0432	0.099	0.1219	0.0509	0.0205	0.0331	0.0205	0.0085	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2L	1962087	1962399	chr2L:1962088-1962399	distal	distal	stage5	stage5	CG31760_R9D10,CG31760_R9D11	CG31760_R9D10	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0388	0.0639	0.026	0.0246	0.0498	0.049	0.1077	0.0686	0.0498	0.0242	0.0219	0.0242	0.0248	0.0069	0.0103	0.0069	0.0135
chr2L	1965353	1965504	chr2L:1965354-1965504	FBgn0051942	tRNA:CR31942	none	none	CG31760_R9D11	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.0284	0.0273	0.0118	0.0223	0.0223	0.0446	0.034	0.0223	0.0266	0.0296	0.0266	0.0217	0.0084	0.0077	0.0084	0.0109
chr2L	1967348	1967524	chr2L:1967349-1967524	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.033	0.027	0.035	0.0373	0.0064	0.0393	0.0303	0.038	0.0064	0.0217	0.0193	0.0217	0.0194	0.0084	0.0123	0.0084	0.0162
chr2L	1967565	1967716	chr2L:1967566-1967716	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.0257	0.0345	0.0376	0.0064	0.0306	0.0337	0.0366	0.0064	0.0242	0.0244	0.0242	0.0287	0.0123	0.0135	0.0123	0.0276
chr2L	1970481	1970784	chr2L:1970482-1970784	FBgn0031375	erm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2248	0.1676	0.2888	0.2184	0.0753	0.2456	0.1626	0.2278	0.0753	0.3472	0.3084	0.3472	0.2091	0.2205	0.1979	0.2205	0.2293
chr2L	1972779	1972988	chr2L:1972780-1972988	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.236	0.2394	0.2664	0.199	0.1866	0.265	0.2777	0.3191	0.1866	0.3273	0.3141	0.3273	0.2239	0.2381	0.2179	0.2381	0.2017
chr2L	1973188	1973371	chr2L:1973189-1973371	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0601	0.087	0.0581	0.0323	0.0498	0.0718	0.1384	0.1086	0.0498	0.0543	0.0781	0.0543	0.0403	0.0268	0.0471	0.0268	0.0307
chr2L	1974027	1974225	chr2L:1974028-1974225	FBgn0031376	Der-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0969	0.0881	0.1159	0.0861	0.0424	0.1058	0.0999	0.1252	0.0424	0.1504	0.1257	0.1504	0.1007	0.0819	0.0986	0.0819	0.1115
chr2L	1974233	1974431	chr2L:1974234-1974431	FBgn0031376	Der-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0826	0.0728	0.1041	0.0699	0.0339	0.0903	0.0796	0.1079	0.0339	0.1407	0.1023	0.1407	0.1022	0.0689	0.0761	0.0689	0.0985
chr2L	1979365	1979810	chr2L:1979366-1979810	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1036	0.1301	0.1142	0.0624	0.087	0.1437	0.1561	0.1759	0.087	0.1069	0.1373	0.1069	0.103	0.0636	0.0645	0.0636	0.0834
chr2L	1979826	1979977	chr2L:1979827-1979977	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0442	0.0472	0.0551	0.0288	0.0308	0.0578	0.0536	0.0626	0.0308	0.0586	0.0585	0.0586	0.0565	0.0253	0.0335	0.0253	0.0339
chr2L	1980449	1980634	chr2L:1980450-1980634	FBgn0031377	CG15356	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0626	0.0471	0.0877	0.0524	0.0201	0.0621	0.0519	0.0673	0.0201	0.1063	0.0987	0.1063	0.0844	0.0406	0.0535	0.0406	0.0625
chr2L	1980710	1980877	chr2L:1980711-1980877	FBgn0031377,FBgn0031378	CG15356,CG15362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1241	0.0935	0.1631	0.1156	0.052	0.1102	0.1125	0.1233	0.052	0.2059	0.1746	0.2059	0.1689	0.1018	0.1212	0.1018	0.1376
chr2L	1981052	1981362	chr2L:1981053-1981362	FBgn0031377,FBgn0031378	CG15356,CG15362	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1135	0.0842	0.1415	0.1154	0.0498	0.1073	0.0934	0.1119	0.0498	0.1721	0.1601	0.1721	0.1464	0.111	0.1315	0.111	0.1537
chr2L	1981512	1981737	chr2L:1981513-1981737	FBgn0031378,FBgn0031379	CG15362,CG7289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0563	0.0379	0.0741	0.0572	0.0159	0.0519	0.0458	0.0466	0.0159	0.0857	0.0804	0.0857	0.0875	0.0674	0.0696	0.0674	0.0683
chr2L	1981776	1981962	chr2L:1981777-1981962	FBgn0031379	CG7289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.052	0.0369	0.0676	0.0517	0.018	0.0466	0.0441	0.05	0.018	0.0797	0.0704	0.0797	0.0798	0.0559	0.0619	0.0559	0.0657
chr2L	1982094	1982280	chr2L:1982095-1982280	FBgn0031379	CG7289	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1284	0.1008	0.1656	0.1182	0.0573	0.1345	0.1029	0.1392	0.0573	0.2132	0.1749	0.2132	0.1572	0.134	0.1315	0.134	0.1412
chr2L	1982364	1982556	chr2L:1982365-1982556	FBgn0031379	CG7289	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0604	0.0467	0.0808	0.0532	0.0201	0.0573	0.0541	0.0633	0.0201	0.1045	0.0945	0.1045	0.0813	0.0766	0.0535	0.0766	0.0604
chr2L	1986437	1986588	chr2L:1986438-1986588	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0123	0.0209	0.024	0.0021	0.0175	0.0169	0.0127	0.0021	0.0181	0.0215	0.0181	0.0418	0.0115	0.0129	0.0115	0.0573
chr2L	1987462	1987635	chr2L:1987463-1987635	FBgn0001125	Got2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.012	0.0237	0.0661	0.0011	0.016	0.0186	0.0113	0.0011	0.0254	0.0222	0.0254	0.0488	0.0521	0.0542	0.0521	0.1261
chr2L	1987697	1987878	chr2L:1987698-1987878	FBgn0001125,FBgn0031381	Got2,Npc2a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0344	0.0087	0.0194	0.0797	0.0011	0.0141	0.0117	0.0073	0.0011	0.006	0.0193	0.006	0.048	0.0636	0.0606	0.0636	0.1485
chr2L	1988164	1988354	chr2L:1988165-1988354	FBgn0001125,FBgn0031381	Got2,Npc2a	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0257	0.008	0.015	0.0572	0.0011	0.0121	0.0117	0.006	0.0011	0.0066	0.0141	0.0066	0.0395	0.0383	0.0342	0.0383	0.1282
chr2L	1989274	1989425	chr2L:1989275-1989425	FBgn0262148	CR42874	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0111	0.0074	0.0077	0.0191	0.0011	0.0073	0.0143	0.0053	0.0011	0.0042	0.0084	0.0042	0.0155	0.0077	0.0052	0.0077	0.0568
chr2L	1989612	1989763	chr2L:1989613-1989763	FBgn0262148	CR42874	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade4	0.009	0.0072	0.0063	0.0138	0.0011	0.0063	0.0134	0.0053	0.0011	0.0072	0.0051	0.0072	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0391
chr2L	2006441	2006592	chr2L:2006442-2006592	FBgn0053543	CG33543	stage14	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0064	0.0056	0.017	0.0032	0.0063	0.0095	0.006	0.0032	0.0036	0.0051	0.0036	0.0062	0.0023	0.0032	0.0023	0.0036
chr2L	2009075	2009289	chr2L:2009076-2009289	FBgn0051943,FBgn0051944	tRNA:CR31943,tRNA:CR31944	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1481	0.1636	0.1651	0.112	0.1516	0.1767	0.1912	0.2019	0.1516	0.2126	0.1814	0.2126	0.1727	0.1508	0.1141	0.1508	0.1485
chr2L	2009411	2009614	chr2L:2009412-2009614	FBgn0031384,FBgn0051943,FBgn0051944	CG4238,tRNA:CR31943,tRNA:CR31944	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.156	0.1656	0.1741	0.1253	0.1548	0.1816	0.1903	0.2059	0.1548	0.2313	0.1762	0.2313	0.1766	0.1631	0.118	0.1631	0.1673
chr2L	2009723	2009901	chr2L:2009724-2009901	FBgn0031384,FBgn0051944	CG4238,tRNA:CR31944	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.14	0.1257	0.1711	0.122	0.0848	0.149	0.1458	0.1612	0.0848	0.192	0.1859	0.192	0.182	0.1302	0.1309	0.1302	0.1501
chr2L	2010043	2010267	chr2L:2010044-2010267	FBgn0031384,FBgn0051939	CG4238,tRNA:CR31939	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0733	0.0607	0.0906	0.0685	0.035	0.0699	0.067	0.0893	0.035	0.099	0.0965	0.099	0.1007	0.072	0.0806	0.072	0.0875
chr2L	2010379	2010530	chr2L:2010380-2010530	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0277	0.0506	0.0434	0.0191	0.0345	0.0272	0.042	0.0191	0.0562	0.054	0.0562	0.0643	0.0482	0.0503	0.0482	0.0578
chr2L	2010621	2010798	chr2L:2010622-2010798	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0779	0.0789	0.1014	0.0511	0.0636	0.0922	0.0891	0.1026	0.0636	0.1516	0.1	0.1516	0.1038	0.075	0.0496	0.075	0.0745
chr2L	2010860	2011047	chr2L:2010861-2011047	FBgn0051939,FBgn0051940	tRNA:CR31939,tRNA:CR31940	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1245	0.1297	0.1515	0.089	0.1071	0.1524	0.1401	0.1759	0.1071	0.2089	0.1637	0.2089	0.1464	0.1263	0.098	0.1263	0.1318
chr2L	2012847	2012998	chr2L:2012848-2012998	FBgn0051669	tRNA:CR31669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0372	0.0386	0.0472	0.0245	0.0212	0.0417	0.0502	0.0493	0.0212	0.0543	0.0633	0.0543	0.0387	0.0138	0.0471	0.0138	0.0281
chr2L	2013167	2013354	chr2L:2013168-2013354	FBgn0051669	tRNA:CR31669	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1095	0.1383	0.1284	0.0564	0.1113	0.1481	0.176	0.1706	0.1113	0.16	0.136	0.16	0.1425	0.0888	0.069	0.0888	0.0714
chr2L	2013542	2013730	chr2L:2013543-2013730	FBgn0051669	tRNA:CR31669	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0456	0.0717	0.048	0.0139	0.052	0.0845	0.077	0.0999	0.052	0.0513	0.0466	0.0513	0.0627	0.013	0.0174	0.013	0.0135
chr2L	2013915	2014121	chr2L:2013916-2014121	distal	distal	stage11,stage5	stage11	Unspecified_5278	Unspecified_5278	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1213	0.2021	0.1194	0.033	0.1718	0.2233	0.2297	0.2705	0.1718	0.1389	0.1235	0.1389	0.0999	0.0222	0.0361	0.0222	0.0245
chr2L	2031315	2031466	chr2L:2031316-2031466	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0232	0.0253	0.0228	0.0212	0.017	0.0267	0.0394	0.0187	0.017	0.0393	0.0244	0.0393	0.0225	0.0306	0.0251	0.0306	0.0266
chr2L	2031616	2031792	chr2L:2031617-2031792	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.097	0.1223	0.0931	0.0731	0.1135	0.1204	0.1574	0.1452	0.1135	0.1582	0.0836	0.1582	0.1232	0.108	0.078	0.108	0.1141
chr2L	2031981	2032132	chr2L:2031982-2032132	FBgn0011860	tRNA:G3:22BCb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0289	0.0353	0.0313	0.0192	0.0265	0.0364	0.0489	0.0406	0.0265	0.0441	0.0325	0.0441	0.0325	0.0191	0.0258	0.0191	0.0313
chr2L	2032324	2032475	chr2L:2032325-2032475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0231	0.0229	0.0251	0.021	0.0095	0.0282	0.0337	0.0247	0.0095	0.0326	0.0322	0.0326	0.0186	0.0107	0.0464	0.0107	0.0245
chr2L	2037579	2037765	chr2L:2037580-2037765	FBgn0003557,FBgn0259230	Su(dx),lectin-22C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1969	0.1856	0.2307	0.1725	0.1453	0.2087	0.2111	0.2478	0.1453	0.2645	0.2614	0.2645	0.2386	0.1899	0.1812	0.1899	0.1959
chr2L	2037865	2038368	chr2L:2037866-2038368	FBgn0003557	Su(dx)	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.217	0.2281	0.2307	0.1895	0.1909	0.2146	0.3123	0.2778	0.1909	0.2343	0.2672	0.2343	0.2665	0.1899	0.1941	0.1899	0.26
chr2L	2038882	2039052	chr2L:2038883-2039052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0331	0.0351	0.0357	0.0281	0.0244	0.0393	0.0471	0.0393	0.0244	0.0302	0.0305	0.0302	0.0744	0.0176	0.0155	0.0176	0.0662
chr2L	2045072	2045303	chr2L:2045073-2045303	FBgn0028952	Kebab	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0428	0.0481	0.0558	0.0226	0.017	0.0471	0.0696	0.0693	0.017	0.0676	0.0685	0.0676	0.0457	0.0391	0.0251	0.0391	0.0219
chr2L	2045389	2045559	chr2L:2045390-2045559	FBgn0028952	Kebab	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0996	0.1079	0.1412	0.0447	0.0732	0.115	0.1306	0.1552	0.0732	0.195	0.1637	0.195	0.11	0.0789	0.049	0.0789	0.0453
chr2L	2109951	2110102	chr2L:2109952-2110102	FBgn0053516	dpr3	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0109	0.01	0.0074	0.0159	0.0053	0.0083	0.0182	0.0073	0.0053	0.0079	0.0077	0.0079	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0036
chr2L	2110441	2110726	chr2L:2110442-2110726	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0345	0.0596	0.0178	0.0249	0.0382	0.0432	0.0839	0.0939	0.0382	0.0199	0.0209	0.0199	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	0.0078
chr2L	2127537	2127688	chr2L:2127538-2127688	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0175	0.0193	0.0235	0.0089	0.0138	0.0199	0.026	0.0227	0.0138	0.0356	0.0293	0.0356	0.0093	0.0054	0.0097	0.0054	0.0063
chr2L	2130341	2130520	chr2L:2130342-2130520	FBgn0004507	GlyP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1215	0.0494	0.1292	0.1936	0.017	0.0869	0.0402	0.06	0.017	0.163	0.135	0.163	0.1929	0.2312	0.2012	0.2312	0.2569
chr2L	2130678	2130903	chr2L:2130679-2130903	FBgn0004507	GlyP	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0782	0.0223	0.0593	0.1614	0.0064	0.035	0.0229	0.026	0.0064	0.0568	0.0588	0.0568	0.1255	0.2144	0.1612	0.2144	0.2251
chr2L	2132561	2132712	chr2L:2132562-2132712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0176	0.0138	0.0127	0.0272	0.0021	0.0175	0.0203	0.0133	0.0021	0.0139	0.0132	0.0139	0.0194	0.0735	0.0148	0.0735	0.0261
chr2L	2134177	2134328	chr2L:2134178-2134328	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0182	0.0213	0.0168	0.0164	0.0106	0.0282	0.0255	0.026	0.0106	0.0145	0.017	0.0145	0.0325	0.0123	0.0193	0.0123	0.0307
chr2L	2138223	2138452	chr2L:2138224-2138452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0263	0.038	0.0259	0.0136	0.0191	0.0393	0.0631	0.0326	0.0191	0.026	0.0315	0.026	0.0225	0.0199	0.0129	0.0199	0.0146
chr2L	2144649	2144800	chr2L:2144650-2144800	FBgn0031390	tho2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0489	0.056	0.0557	0.0337	0.0276	0.0621	0.0792	0.0626	0.0276	0.0821	0.0531	0.0821	0.0596	0.0475	0.0239	0.0475	0.0464
chr2L	2144856	2145033	chr2L:2144857-2145033	FBgn0031390	tho2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0656	0.0654	0.0836	0.046	0.0382	0.0704	0.096	0.0666	0.0382	0.1165	0.0839	0.1165	0.0829	0.072	0.0387	0.072	0.0526
chr2L	2145062	2145282	chr2L:2145063-2145282	FBgn0031390	tho2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1176	0.1581	0.0961	0.0838	0.1184	0.1609	0.1446	0.0838	0.2017	0.1717	0.2017	0.1541	0.1087	0.0748	0.1087	0.1225
chr2L	2145336	2145547	chr2L:2145337-2145547	FBgn0031390	tho2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0894	0.106	0.0648	0.0742	0.0864	0.1202	0.1153	0.0742	0.1407	0.1203	0.1407	0.0844	0.0704	0.049	0.0704	0.0808
chr2L	2145594	2146015	chr2L:2145595-2146015	FBgn0031390	tho2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0984	0.1123	0.114	0.0659	0.0817	0.1165	0.1579	0.1292	0.0817	0.1431	0.1334	0.1431	0.0984	0.0689	0.0658	0.0689	0.075
chr2L	2147190	2147390	chr2L:2147191-2147390	FBgn0027509,FBgn0031391	CG11723,CG7261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.166	0.1726	0.1914	0.1306	0.1326	0.1966	0.2033	0.2305	0.1326	0.2542	0.2051	0.2542	0.1789	0.1378	0.1257	0.1378	0.1662
chr2L	2147451	2147652	chr2L:2147452-2147652	FBgn0027509,FBgn0031391	CG11723,CG7261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1176	0.114	0.1401	0.0968	0.0912	0.1272	0.1362	0.1472	0.0912	0.1824	0.1492	0.1824	0.1325	0.1072	0.0922	0.1072	0.1225
chr2L	2151666	2151839	chr2L:2151667-2151839	FBgn0031392	AIF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0943	0.0918	0.1133	0.0763	0.053	0.101	0.122	0.1173	0.053	0.131	0.1305	0.131	0.1201	0.0881	0.0729	0.0881	0.0964
chr2L	2151962	2152180	chr2L:2151963-2152180	FBgn0031392	AIF	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0849	0.0809	0.1055	0.0667	0.0403	0.0864	0.1133	0.1006	0.0403	0.1316	0.1154	0.1316	0.1077	0.0789	0.0613	0.0789	0.0943
chr2L	2155604	2155803	chr2L:2155605-2155803	FBgn0031393	CG15382	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0668	0.123	0.0532	0.0191	0.1071	0.0519	0.2591	0.0899	0.1071	0.064	0.073	0.064	0.048	0.0176	0.0206	0.0176	0.0276
chr2L	2155932	2156118	chr2L:2155933-2156118	FBgn0031393	CG15382	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0651	0.0965	0.0701	0.0245	0.0339	0.0631	0.1817	0.1059	0.0339	0.0912	0.1006	0.0912	0.0449	0.0268	0.0309	0.0268	0.0313
chr2L	2156927	2157078	chr2L:2156928-2157078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0381	0.0555	0.0388	0.018	0.0233	0.0408	0.0947	0.0706	0.0233	0.0429	0.0563	0.0429	0.0232	0.0199	0.0213	0.0199	0.0261
chr2L	2161440	2161693	chr2L:2161441-2161693	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2684	0.2606	0.3302	0.2094	0.1739	0.3466	0.2266	0.3944	0.1739	0.4789	0.3929	0.4789	0.2301	0.3553	0.2863	0.3553	0.26
chr2L	2162319	2162647	chr2L:2162320-2162647	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1082.1	VT1082.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1548	0.1169	0.172	0.1782	0.0626	0.1816	0.0986	0.1599	0.0626	0.2271	0.2248	0.2271	0.1495	0.2917	0.2547	0.2917	0.2204
chr2L	2162958	2163598	chr2L:2162959-2163598	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1082.1	VT1082.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2436	0.1828	0.3168	0.2313	0.0615	0.3068	0.1358	0.2638	0.0615	0.5079	0.3916	0.5079	0.2293	0.4541	0.3308	0.4541	0.2303
chr2L	2163703	2163942	chr2L:2163704-2163942	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1082.1,VT1083.1	VT1082.1,VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1708	0.183	0.2164	0.1074	0.1156	0.184	0.2046	0.3025	0.1156	0.2681	0.3283	0.2681	0.1224	0.1922	0.2224	0.1922	0.0568
chr2L	2164597	2164910	chr2L:2164598-2164910	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1083.1	VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1715	0.2202	0.2009	0.0849	0.1527	0.2636	0.2184	0.3411	0.1527	0.3339	0.2797	0.3339	0.0519	0.1616	0.1399	0.1616	0.0589
chr2L	2164995	2165402	chr2L:2164996-2165402	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1083.1	VT1083.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2493	0.3568	0.2904	0.084	0.3277	0.3689	0.4157	0.4697	0.3277	0.462	0.3981	0.462	0.0976	0.1103	0.158	0.1103	0.062
chr2L	2166732	2166935	chr2L:2166733-2166935	distal	distal	stage11	stage11	VT1085.1	VT1085.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.074	0.0662	0.1041	0.0499	0.0244	0.0835	0.0619	0.1166	0.0244	0.099	0.1852	0.099	0.0294	0.0237	0.1515	0.0237	0.0318
chr2L	2166965	2167116	chr2L:2166966-2167116	distal	distal	stage11	stage11	VT1085.1	VT1085.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.06	0.0449	0.0871	0.0471	0.0223	0.0558	0.0441	0.0746	0.0223	0.0773	0.1559	0.0773	0.0248	0.0283	0.1348	0.0283	0.0281
chr2L	2168292	2168505	chr2L:2168293-2168505	distal	distal	none	none	VT1085.1,aop_E-lacZ	VT1085.1,aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.061	0.0467	0.0878	0.0475	0.017	0.0694	0.0458	0.0673	0.017	0.0839	0.0907	0.0839	0.1859	0.0237	0.0438	0.0237	0.1042
chr2L	2169516	2169667	chr2L:2169517-2169667	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.032	0.0283	0.0425	0.0246	0.0074	0.033	0.0376	0.04	0.0074	0.0441	0.0524	0.0441	0.0604	0.0115	0.0174	0.0115	0.0578
chr2L	2170120	2170296	chr2L:2170121-2170296	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0457	0.032	0.0522	0.0538	0.0159	0.0413	0.0346	0.046	0.0159	0.0495	0.0563	0.0495	0.0968	0.0237	0.0361	0.0237	0.1433
chr2L	2171342	2171527	chr2L:2171343-2171527	distal	distal	none	none	aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0223	0.039	0.0312	0.0106	0.0262	0.0203	0.0386	0.0106	0.0386	0.0405	0.0386	0.079	0.026	0.0245	0.026	0.0698
chr2L	2172421	2172735	chr2L:2172422-2172735	distal	distal	stage5	stage5	aop_D-lacZ,aop_E-lacZ	aop_E-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1078	0.2205	0.0675	0.026	0.1686	0.1796	0.2439	0.3984	0.1686	0.0628	0.0887	0.0628	0.0542	0.0237	0.0232	0.0237	0.038
chr2L	2173479	2173630	chr2L:2173480-2173630	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0286	0.0335	0.0282	0.0235	0.0201	0.0267	0.0389	0.0613	0.0201	0.032	0.0334	0.032	0.0333	0.0092	0.0219	0.0092	0.0287
chr2L	2174973	2175124	chr2L:2174974-2175124	distal	distal	none	none	VT1090.1,aop_D-lacZ	VT1090.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4	0.0633	0.0636	0.0737	0.0517	0.0297	0.0665	0.0735	0.1059	0.0297	0.0773	0.0965	0.0773	0.086	0.0421	0.0542	0.0421	0.0907
chr2L	2175485	2175708	chr2L:2175486-2175708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1090.1,aop_D-lacZ	VT1090.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1201	0.1028	0.164	0.0912	0.0626	0.1092	0.0999	0.1872	0.0626	0.1304	0.2569	0.1304	0.1619	0.1217	0.1567	0.1217	0.0938
chr2L	2177322	2177505	chr2L:2177323-2177505	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0603	0.047	0.0843	0.049	0.017	0.0641	0.0402	0.0813	0.017	0.0864	0.1003	0.0864	0.1363	0.0444	0.0535	0.0444	0.0855
chr2L	2178048	2178519	chr2L:2178049-2178519	FBgn0000097	aop	stage14,stage5	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2064	0.2087	0.2341	0.1734	0.1368	0.2476	0.2137	0.3171	0.1368	0.3068	0.2505	0.3068	0.3075	0.1799	0.1651	0.1799	0.2595
chr2L	2178652	2178847	chr2L:2178653-2178847	FBgn0000097	aop	stage14,stage5	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1918	0.1734	0.2292	0.1714	0.1273	0.217	0.1605	0.2712	0.1273	0.3134	0.2662	0.3134	0.2401	0.1853	0.1825	0.1853	0.2147
chr2L	2180002	2180153	chr2L:2180003-2180153	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0344	0.0199	0.0447	0.0394	0.0053	0.0311	0.0186	0.0286	0.0053	0.0556	0.0646	0.0556	0.0256	0.0168	0.1006	0.0168	0.0433
chr2L	2180418	2180569	chr2L:2180419-2180569	distal	distal	none	none	aop_D-lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0376	0.0244	0.0511	0.0375	0.0032	0.0393	0.0281	0.026	0.0032	0.096	0.0547	0.096	0.0364	0.0391	0.0451	0.0391	0.0672
chr2L	2180791	2180962	chr2L:2180792-2180962	distal	distal	stage14	stage14	VT1093.1,aop_D-lacZ	VT1093.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0754	0.0586	0.0971	0.0703	0.0117	0.1369	0.0389	0.0466	0.0117	0.253	0.0723	0.253	0.0643	0.1631	0.0445	0.1631	0.098
chr2L	2181664	2181908	chr2L:2181665-2181908	distal	distal	stage11,stage5	stage5	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.105	0.1143	0.173	0.0202	0.0403	0.1495	0.0783	0.2352	0.0403	0.346	0.2135	0.346	0.0395	0.0222	0.0387	0.0222	0.0167
chr2L	2182092	2182350	chr2L:2182093-2182350	distal	distal	stage11,stage5	stage5	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1641	0.16	0.2651	0.0579	0.0689	0.2403	0.112	0.2831	0.0689	0.4541	0.326	0.4541	0.1309	0.0544	0.1038	0.0544	0.0651
chr2L	2182579	2182846	chr2L:2182580-2182846	distal	distal	stage11	none	VT1093.1,aop_J-lacZ	VT1093.1,aop_J-lacZ	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1229	0.0798	0.2293	0.0544	0.0265	0.1369	0.058	0.1133	0.0265	0.3744	0.3122	0.3744	0.0759	0.0391	0.0961	0.0391	0.0756
chr2L	2182985	2183332	chr2L:2182986-2183332	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1391	0.0941	0.2593	0.0577	0.0265	0.1563	0.0623	0.1519	0.0265	0.401	0.3871	0.401	0.0612	0.0551	0.1096	0.0551	0.0677
chr2L	2183576	2183727	chr2L:2183577-2183727	FBgn0264082	CG43751	none	none	VT1095.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0424	0.0916	0.0142	0.0117	0.0529	0.0359	0.0833	0.0117	0.1274	0.1498	0.1274	0.0124	0.0214	0.0232	0.0214	0.0135
chr2L	2187642	2187793	chr2L:2187643-2187793	distal	distal	none	none	VT1097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.014	0.0092	0.0176	0.0153	0.0011	0.0112	0.0138	0.0113	0.0011	0.0217	0.0235	0.0217	0.0116	0.0092	0.0084	0.0092	0.0078
chr2L	2188189	2188474	chr2L:2188190-2188474	distal	distal	stage11	stage11	VT1097.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0556	0.0313	0.0926	0.0422	0.0117	0.0471	0.0368	0.034	0.0117	0.1111	0.1466	0.1111	0.0403	0.0207	0.1025	0.0207	0.0318
chr2L	2188774	2189073	chr2L:2188775-2189073	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0715	0.0406	0.1138	0.0595	0.0148	0.0587	0.0433	0.0573	0.0148	0.1335	0.1772	0.1335	0.0581	0.0214	0.1825	0.0214	0.0318
chr2L	2189090	2189241	chr2L:2189091-2189241	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.044	0.028	0.0685	0.0348	0.0223	0.034	0.0281	0.042	0.0223	0.0972	0.1003	0.0972	0.0302	0.0153	0.107	0.0153	0.0198
chr2L	2189326	2189557	chr2L:2189327-2189557	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0673	0.0422	0.1044	0.0544	0.018	0.0573	0.0497	0.0526	0.018	0.1365	0.1611	0.1365	0.0349	0.0214	0.1689	0.0214	0.0313
chr2L	2191433	2191584	chr2L:2191434-2191584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0288	0.0345	0.0329	0.0178	0.0159	0.0325	0.0532	0.0406	0.0159	0.0393	0.0431	0.0393	0.0232	0.0184	0.0251	0.0184	0.0182
chr2L	2192328	2192498	chr2L:2192329-2192498	FBgn0031395	CG10874	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.1138	0.1721	0.1249	0.0626	0.1422	0.1306	0.1546	0.0626	0.2089	0.1949	0.2089	0.1704	0.1279	0.1418	0.1279	0.1532
chr2L	2193542	2193717	chr2L:2193543-2193717	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.107	0.027	0.0958	0.2087	0.0074	0.0354	0.0407	0.0253	0.0074	0.0471	0.0987	0.0471	0.2192	0.2297	0.2166	0.2297	0.2788
chr2L	2195441	2195612	chr2L:2195442-2195612	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0685	0.0786	0.0869	0.0369	0.0339	0.1005	0.0878	0.1099	0.0339	0.1014	0.1196	0.1014	0.0651	0.0413	0.0406	0.0413	0.0417
chr2L	2196619	2196891	chr2L:2196620-2196891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2575	0.1772	0.3282	0.2697	0.0965	0.2568	0.1384	0.2798	0.0965	0.436	0.383	0.436	0.3253	0.2994	0.2869	0.2994	0.3382
chr2L	2196904	2197272	chr2L:2196905-2197272	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3498	0.26	0.433	0.3589	0.1485	0.367	0.2119	0.4051	0.1485	0.5761	0.4926	0.5761	0.4322	0.4257	0.4068	0.4257	0.4059
chr2L	2197589	2198012	chr2L:2197590-2198012	FBgn0085201	CG34172	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.1382	0.0587	0.1496	0.2145	0.0255	0.101	0.0437	0.0793	0.0255	0.1111	0.1662	0.1111	0.2851	0.3216	0.2418	0.3216	0.2058
chr2L	2198685	2199031	chr2L:2198686-2199031	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1439	0.0456	0.1731	0.2218	0.0106	0.0913	0.0372	0.0466	0.0106	0.2035	0.1678	0.2035	0.3253	0.3017	0.2353	0.3017	0.2835
chr2L	2199650	2199801	chr2L:2199651-2199801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.051	0.0128	0.0576	0.0865	0.0011	0.0282	0.013	0.0067	0.0011	0.0658	0.064	0.0658	0.0844	0.0949	0.1393	0.0949	0.1032
chr2L	2199912	2200063	chr2L:2199913-2200063	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0648	0.0169	0.0835	0.0979	0.0032	0.0335	0.0182	0.0127	0.0032	0.1039	0.1016	0.1039	0.0999	0.0865	0.1915	0.0865	0.1089
chr2L	2200258	2200512	chr2L:2200259-2200512	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1924	0.0663	0.2926	0.2234	0.0148	0.132	0.0489	0.0726	0.0148	0.3973	0.3428	0.3973	0.3455	0.2757	0.2727	0.2757	0.3168
chr2L	2201419	2201629	chr2L:2201420-2201629	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0761	0.0232	0.0901	0.1198	0.0064	0.0398	0.0195	0.0313	0.0064	0.1256	0.0807	0.1256	0.1572	0.1983	0.1154	0.1983	0.1939
chr2L	2202077	2202310	chr2L:2202078-2202310	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1972	0.085	0.2898	0.221	0.0286	0.1534	0.0519	0.1272	0.0286	0.4052	0.3379	0.4052	0.33	0.3063	0.2837	0.3063	0.3299
chr2L	2202450	2202631	chr2L:2202451-2202631	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1624	0.0859	0.2332	0.1703	0.0382	0.1345	0.0601	0.1419	0.0382	0.3267	0.255	0.3267	0.2998	0.2534	0.2076	0.2534	0.2559
chr2L	2202952	2203103	chr2L:2202953-2203103	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0696	0.0259	0.0924	0.0934	0.0148	0.0408	0.0285	0.0286	0.0148	0.1679	0.073	0.1679	0.1456	0.1485	0.0696	0.1485	0.1579
chr2L	2203198	2203504	chr2L:2203199-2203504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1282	0.0336	0.1651	0.1933	0.0117	0.068	0.0311	0.0293	0.0117	0.2874	0.1305	0.2874	0.2719	0.2703	0.1812	0.2703	0.3106
chr2L	2212543	2212694	chr2L:2212544-2212694	FBgn0031397	CG15385	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0141	0.0195	0.034	0.0053	0.0107	0.0225	0.0187	0.0053	0.0211	0.018	0.0211	0.0217	0.0222	0.0103	0.0222	0.0255
chr2L	2213959	2214145	chr2L:2213960-2214145	FBgn0010288,FBgn0085203	CG34174,Uch	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0851	0.0662	0.0989	0.0912	0.0361	0.082	0.0683	0.1026	0.0361	0.1171	0.1109	0.1171	0.1263	0.0896	0.0883	0.0896	0.1225
chr2L	2214167	2214344	chr2L:2214168-2214344	FBgn0010288,FBgn0085203	CG34174,Uch	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1131	0.0941	0.1371	0.1081	0.0573	0.1146	0.1086	0.1292	0.0573	0.1757	0.1598	0.1757	0.1425	0.111	0.1032	0.111	0.1433
chr2L	2216007	2216177	chr2L:2216008-2216177	FBgn0031398	CG10880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0588	0.0485	0.0783	0.049	0.0191	0.0592	0.0562	0.0713	0.0191	0.0972	0.0913	0.0972	0.0829	0.0513	0.0503	0.0513	0.0547
chr2L	2216240	2216407	chr2L:2216241-2216407	FBgn0031398	CG10880	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1049	0.087	0.1298	0.0976	0.0445	0.1189	0.0869	0.1219	0.0445	0.16	0.1495	0.16	0.134	0.0965	0.1096	0.0965	0.1209
chr2L	2216546	2217114	chr2L:2216547-2217114	FBgn0031398,FBgn0031399,FBgn0040715,FBgn0259717	CG10880,CG15386,CG42371,mio	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.127	0.1107	0.1584	0.1108	0.0636	0.135	0.1328	0.1446	0.0636	0.1902	0.1791	0.1902	0.1782	0.1202	0.1373	0.1202	0.1344
chr2L	2217191	2217391	chr2L:2217192-2217391	FBgn0031399,FBgn0040715,FBgn0259717	CG15386,CG42371,mio	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1464	0.1392	0.1734	0.1248	0.0944	0.1709	0.1618	0.1759	0.0944	0.2289	0.1855	0.2289	0.1828	0.1394	0.1212	0.1394	0.1532
chr2L	2220395	2220550	chr2L:2220396-2220550	FBgn0031401	papi	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0502	0.0457	0.0615	0.0428	0.0318	0.0495	0.0532	0.0626	0.0318	0.0797	0.0682	0.0797	0.062	0.0475	0.0451	0.0475	0.0547
chr2L	2220638	2220820	chr2L:2220639-2220820	FBgn0031401	papi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1067	0.0889	0.1324	0.0985	0.053	0.1078	0.1034	0.1193	0.053	0.1661	0.154	0.1661	0.1371	0.1233	0.1225	0.1233	0.1037
chr2L	2220858	2221256	chr2L:2220859-2221256	FBgn0031401	papi	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1018	0.0783	0.1268	0.1007	0.0414	0.0903	0.1003	0.1039	0.0414	0.1473	0.1611	0.1473	0.1208	0.1187	0.1625	0.1187	0.0881
chr2L	2221941	2222132	chr2L:2221942-2222132	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0557	0.0788	0.0437	0.043	0.0742	0.0612	0.0939	0.1306	0.0742	0.0356	0.0431	0.0356	0.0457	0.0337	0.0464	0.0337	0.0526
chr2L	2225780	2226133	chr2L:2225781-2226133	FBgn0010704	l(2)s5379	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1062	0.0842	0.1305	0.104	0.0403	0.1078	0.099	0.1079	0.0403	0.1757	0.1444	0.1757	0.1216	0.1141	0.0922	0.1141	0.1042
chr2L	2226214	2226396	chr2L:2226215-2226396	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1284	0.1069	0.1544	0.1239	0.0594	0.1413	0.1103	0.1492	0.0594	0.1963	0.1768	0.1963	0.1332	0.1302	0.1296	0.1302	0.1454
chr2L	2226426	2226603	chr2L:2226427-2226603	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.141	0.1196	0.1684	0.1348	0.071	0.1447	0.1215	0.1832	0.071	0.2077	0.1887	0.2077	0.1704	0.1394	0.1483	0.1394	0.1589
chr2L	2226729	2226991	chr2L:2226730-2226991	FBgn0010704,FBgn0031403	CG15387,l(2)s5379	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1159	0.1077	0.1308	0.1086	0.0498	0.132	0.1081	0.1726	0.0498	0.1437	0.1341	0.1437	0.1689	0.1194	0.1128	0.1194	0.1433
chr2L	2227347	2227498	chr2L:2227348-2227498	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0379	0.0282	0.044	0.0421	0.0106	0.034	0.0298	0.046	0.0106	0.0465	0.0524	0.0465	0.055	0.0398	0.0509	0.0398	0.0594
chr2L	2228217	2228507	chr2L:2228218-2228507	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0389	0.0585	0.0746	0.0106	0.0631	0.0437	0.0406	0.0106	0.0519	0.0489	0.0519	0.134	0.059	0.0477	0.059	0.1678
chr2L	2235944	2236095	chr2L:2235945-2236095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0213	0.016	0.0241	0.0241	0.0074	0.0199	0.019	0.0213	0.0074	0.0229	0.0315	0.0229	0.0225	0.01	0.0251	0.01	0.0485
chr2L	2236215	2236671	chr2L:2236216-2236671	FBgn0262126	gho	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0789	0.0626	0.0949	0.0797	0.0361	0.0738	0.0757	0.0833	0.0361	0.1063	0.1167	0.1063	0.1069	0.0697	0.0928	0.0697	0.1256
chr2L	2236833	2237045	chr2L:2236834-2237045	FBgn0262126	gho	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1445	0.1203	0.1746	0.1384	0.0742	0.151	0.1237	0.1732	0.0742	0.2107	0.1968	0.2107	0.1921	0.1401	0.1496	0.1401	0.1751
chr2L	2237154	2237343	chr2L:2237155-2237343	FBgn0262126	gho	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0447	0.0405	0.0575	0.0352	0.0212	0.049	0.0433	0.058	0.0212	0.067	0.0704	0.067	0.048	0.036	0.0297	0.036	0.049
chr2L	2242244	2242435	chr2L:2242245-2242435	FBgn0031405	CG4267	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0828	0.0258	0.1119	0.1145	0.0095	0.0427	0.0281	0.0293	0.0095	0.1171	0.1428	0.1171	0.1619	0.1087	0.1702	0.1087	0.1944
chr2L	2279485	2279698	chr2L:2279486-2279698	FBgn0264084	CR43753	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.023	0.0127	0.0185	0.0395	0.0085	0.0087	0.0247	0.0107	0.0085	0.0151	0.017	0.0151	0.0364	0.0299	0.0309	0.0299	0.0485
chr2L	2279842	2279993	chr2L:2279843-2279993	FBgn0264084	CR43753	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0172	0.0096	0.0174	0.0255	0.0085	0.0087	0.0143	0.01	0.0085	0.0223	0.0167	0.0223	0.0294	0.0176	0.0335	0.0176	0.0401
chr2L	2311483	2311634	chr2L:2311484-2311634	FBgn0031414	eys	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0166	0.0175	0.0274	0.0085	0.0117	0.0294	0.02	0.0085	0.0127	0.0199	0.0127	0.0201	0.0054	0.0142	0.0054	0.012
chr2L	2311957	2312108	chr2L:2311958-2312108	FBgn0031414	eys	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0092	0.0095	0.0102	0.0032	0.0058	0.0151	0.0153	0.0032	0.0103	0.0096	0.0103	0.0046	8e-04	0.0084	8e-04	0.0073
chr2L	2334821	2334972	chr2L:2334822-2334972	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade2	0.0081	0.0046	0.0057	0.0148	0.0032	0.0039	0.0065	0.006	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0062	0.0061	0.0329	0.0061	0.0078
chr2L	2335101	2335252	chr2L:2335102-2335252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0099	0.0064	0.0085	0.0153	0.0042	0.0034	0.0125	0.0073	0.0042	0.0079	0.0122	0.0079	0.0085	0.0038	0.0329	0.0038	0.012
chr2L	2356171	2356400	chr2L:2356172-2356400	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0165	0.0258	0.0164	0.0042	0.0131	0.026	0.024	0.0042	0.0199	0.0354	0.0199	0.0325	0.0115	0.029	0.0115	0.0214
chr2L	2357070	2357221	chr2L:2357071-2357221	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0395	0.0355	0.0486	0.0338	0.0297	0.0359	0.0424	0.0506	0.0297	0.0356	0.0691	0.0356	0.0527	0.0237	0.0535	0.0237	0.0412
chr2L	2357269	2357483	chr2L:2357270-2357483	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0964	0.0745	0.1269	0.0875	0.0403	0.0796	0.0869	0.1186	0.0403	0.1153	0.164	0.1153	0.1479	0.0804	0.1103	0.0804	0.1162
chr2L	2357515	2357689	chr2L:2357516-2357689	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.095	0.0725	0.124	0.0883	0.0382	0.0869	0.0774	0.1079	0.0382	0.1322	0.1511	0.1322	0.1441	0.0942	0.0928	0.0942	0.1199
chr2L	2357758	2358148	chr2L:2357759-2358148	FBgn0031413	CG9967	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0712	0.058	0.0905	0.0648	0.0318	0.0689	0.0709	0.0726	0.0318	0.0918	0.1103	0.0918	0.1084	0.0674	0.0735	0.0674	0.0896
chr2L	2362325	2362521	chr2L:2362326-2362521	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0334	0.0524	0.0405	0.0053	0.0422	0.0493	0.034	0.0053	0.0314	0.0386	0.0314	0.1526	0.0191	0.0232	0.0191	0.111
chr2L	2362772	2363041	chr2L:2362773-2363041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0559	0.0421	0.0635	0.0631	0.0127	0.0515	0.0562	0.0486	0.0127	0.0694	0.0598	0.0694	0.1146	0.0544	0.0625	0.0544	0.1209
chr2L	2363052	2363226	chr2L:2363053-2363226	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.057	0.0384	0.0671	0.0666	0.0117	0.0519	0.0454	0.0526	0.0117	0.0719	0.0691	0.0719	0.1069	0.0812	0.0664	0.0812	0.1115
chr2L	2363515	2363701	chr2L:2363516-2363701	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0822	0.0575	0.1	0.0902	0.0318	0.0748	0.0649	0.0779	0.0318	0.1214	0.1183	0.1214	0.1015	0.1034	0.0961	0.1034	0.1365
chr2L	2363783	2363976	chr2L:2363784-2363976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0809	0.0567	0.098	0.0893	0.0286	0.0718	0.0619	0.0793	0.0286	0.1087	0.1068	0.1087	0.1387	0.0949	0.0935	0.0949	0.1277
chr2L	2364064	2364229	chr2L:2364065-2364229	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.093	0.0586	0.1189	0.103	0.0329	0.0859	0.0571	0.0759	0.0329	0.1407	0.1241	0.1407	0.1627	0.1133	0.1122	0.1133	0.1324
chr2L	2364336	2364512	chr2L:2364337-2364512	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1868	0.1008	0.2579	0.205	0.0297	0.1689	0.0766	0.1512	0.0297	0.3297	0.2772	0.3297	0.2835	0.2152	0.2108	0.2152	0.2517
chr2L	2364594	2364783	chr2L:2364595-2364783	FBgn0014010	Rab5	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1432	0.0801	0.1999	0.1514	0.0286	0.115	0.0757	0.1166	0.0286	0.247	0.2251	0.247	0.2107	0.1608	0.158	0.1608	0.1876
chr2L	2364868	2365050	chr2L:2364869-2365050	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2096	0.1687	0.2571	0.203	0.1082	0.2102	0.183	0.2298	0.1082	0.3074	0.2823	0.3074	0.2603	0.2098	0.2076	0.2098	0.2314
chr2L	2365230	2365426	chr2L:2365231-2365426	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2298	0.2117	0.2673	0.2087	0.1453	0.2456	0.2457	0.2745	0.1453	0.337	0.2817	0.337	0.251	0.2129	0.2211	0.2129	0.235
chr2L	2365493	2365688	chr2L:2365494-2365688	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.1297	0.1668	0.1092	0.0848	0.1568	0.1505	0.1646	0.0848	0.2095	0.1778	0.2095	0.1534	0.1018	0.1302	0.1018	0.1183
chr2L	2365728	2365934	chr2L:2365729-2365934	FBgn0014010,FBgn0261647	Axud1,Rab5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0678	0.0833	0.0654	0.0533	0.0647	0.0728	0.1146	0.1086	0.0647	0.0755	0.0691	0.0755	0.0689	0.0536	0.0516	0.0536	0.0667
chr2L	2366128	2366284	chr2L:2366129-2366284	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0419	0.0766	0.0299	0.0162	0.0647	0.0369	0.1397	0.0893	0.0647	0.0314	0.0383	0.0314	0.0248	0.0207	0.0161	0.0207	0.0188
chr2L	2370401	2370595	chr2L:2370402-2370595	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.0565	0.0268	0.0185	0.0562	0.033	0.1029	0.052	0.0562	0.026	0.0331	0.026	0.0294	0.0176	0.0142	0.0176	0.0281
chr2L	2371803	2372004	chr2L:2371804-2372004	FBgn0031417	CG3597	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.0426	0.0425	0.039	0.0276	0.0359	0.0701	0.046	0.0276	0.0368	0.0376	0.0368	0.0991	0.0222	0.0245	0.0222	0.0907
chr2L	2373668	2373849	chr2L:2373669-2373849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0417	0.0304	0.0516	0.0433	0.0148	0.0296	0.0398	0.04	0.0148	0.0507	0.0453	0.0507	0.0937	0.0291	0.0335	0.0291	0.099
chr2L	2374535	2374750	chr2L:2374536-2374750	FBgn0031418,FBgn0031419	CG15390,CG3609	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1704	0.1476	0.1954	0.1685	0.0933	0.182	0.1769	0.1865	0.0933	0.2421	0.2084	0.2421	0.206	0.2037	0.167	0.2037	0.2006
chr2L	2375519	2375670	chr2L:2375520-2375670	FBgn0031420	CG9866	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0558	0.0459	0.0745	0.0462	0.0212	0.0481	0.0649	0.058	0.0212	0.0936	0.0781	0.0936	0.0689	0.0551	0.0484	0.0551	0.0495
chr2L	2375773	2375951	chr2L:2375774-2375951	FBgn0031420	CG9866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.172	0.1539	0.2019	0.1593	0.0912	0.1757	0.189	0.1999	0.0912	0.2331	0.2199	0.2331	0.2076	0.1776	0.1657	0.1776	0.1798
chr2L	2376217	2376396	chr2L:2376218-2376396	FBgn0031420	CG9866	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2088	0.1833	0.2434	0.1991	0.1135	0.235	0.2059	0.2318	0.1135	0.3116	0.2585	0.3116	0.22	0.1998	0.2076	0.1998	0.2262
chr2L	2376495	2376646	chr2L:2376496-2376646	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0632	0.0704	0.0671	0.0507	0.0467	0.0723	0.0817	0.1079	0.0467	0.0894	0.0727	0.0894	0.0697	0.0559	0.0445	0.0559	0.0563
chr2L	2380565	2380737	chr2L:2380566-2380737	FBgn0264672	Eogt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0744	0.0748	0.0921	0.0544	0.0339	0.0816	0.0965	0.1066	0.0339	0.1045	0.1061	0.1045	0.0922	0.0444	0.069	0.0444	0.0703
chr2L	2380783	2381225	chr2L:2380784-2381225	FBgn0264672	Eogt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1888	0.1796	0.2242	0.1603	0.1283	0.1932	0.2137	0.2585	0.1283	0.2355	0.2736	0.2355	0.2308	0.1317	0.2005	0.1317	0.1996
chr2L	2383047	2383224	chr2L:2383048-2383224	FBgn0031422	CG9870	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0682	0.0865	0.0756	0.0371	0.084	0.0731	0.1019	0.0371	0.0894	0.1051	0.0894	0.0914	0.0888	0.087	0.0888	0.0943
chr2L	2383390	2383591	chr2L:2383391-2383591	FBgn0031422	CG9870	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0385	0.0346	0.043	0.0379	0.0276	0.0311	0.0381	0.0573	0.0276	0.0489	0.0527	0.0489	0.0442	0.0306	0.049	0.0306	0.049
chr2L	2388657	2388808	chr2L:2388658-2388808	distal	distal	stage14	stage14	VT1206.1	VT1206.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0192	0.0212	0.0142	0.0224	0.0085	0.0238	0.0251	0.0333	0.0085	0.0109	0.0183	0.0109	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0078
chr2L	2389157	2389308	chr2L:2389158-2389308	distal	distal	none	none	VT1206.1	VT1206.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0158	0.0143	0.0205	0.0064	0.0175	0.0247	0.016	0.0064	0.0079	0.018	0.0079	0.0054	0.0054	0.0045	0.0054	0.0094
chr2L	2391539	2391690	chr2L:2391540-2391690	FBgn0031424	VGlut	stage14	none	VT1208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0069	0.0074	0.0202	0.0042	0.0049	0.013	0.0067	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0039	0.0023	0.0026	0.0023	0.0063
chr2L	2392735	2392886	chr2L:2392736-2392886	distal	distal	none	none	VT1208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0085	0.0085	0.0182	0.0032	0.0092	0.013	0.01	0.0032	0.0085	0.0058	0.0085	0.0054	0.0031	0.0026	0.0031	0.0031
chr2L	2397033	2397184	chr2L:2397034-2397184	distal	distal	none	none	VT1211.1	VT1211.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.01	0.0082	0.0062	0.0163	0.0064	0.0078	0.0151	0.004	0.0064	0.0036	0.008	0.0036	0.0015	0.0061	0.0039	0.0061	0.0052
chr2L	2397802	2397953	chr2L:2397803-2397953	distal	distal	none	none	VT1211.1	VT1211.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0113	0.0076	0.0099	0.017	0.0032	0.0063	0.0156	0.0047	0.0032	0.0103	0.0084	0.0103	0.0054	0.0054	0.0032	0.0054	0.0031
chr2L	2400055	2400206	chr2L:2400056-2400206	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0061	0.0086	0.0315	0.0032	0.0049	0.0112	0.006	0.0032	0.0091	0.0045	0.0091	0.0031	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	2402113	2402264	chr2L:2402114-2402264	distal	distal	none	none	VT1214.1	VT1214.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0117	0.0121	0.0076	0.0156	0.0042	0.0102	0.0203	0.016	0.0042	0.0109	0.0071	0.0109	0.0046	0.0038	0.0058	0.0038	0.0031
chr2L	2402519	2402670	chr2L:2402520-2402670	distal	distal	none	none	VT1214.1,VT1215.1	VT1214.1,VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0098	0.008	0.0081	0.0136	0.0042	0.0068	0.0143	0.008	0.0042	0.0085	0.0064	0.0085	0.0054	0.0015	0.0039	0.0015	0.0057
chr2L	2402735	2402886	chr2L:2402736-2402886	distal	distal	stage14	stage14	VT1214.1,VT1215.1	VT1214.1,VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.009	0.0079	0.0139	0.0074	0.0083	0.0164	0.006	0.0074	0.0066	0.0061	0.0066	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0073
chr2L	2403924	2404075	chr2L:2403925-2404075	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0105	0.0103	0.0095	0.0117	0.0032	0.0112	0.0177	0.0087	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0039	0.0054	0.0013	0.0054	0.0026
chr2L	2404185	2404336	chr2L:2404186-2404336	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0106	0.0103	0.0128	0.0032	0.0102	0.0203	0.0087	0.0032	0.0048	0.0096	0.0048	0.0077	0.0046	0.0019	0.0046	0.0036
chr2L	2404414	2404610	chr2L:2404415-2404610	distal	distal	none	none	VT1215.1	VT1215.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0133	0.0101	0.0107	0.0198	0.0064	0.0058	0.0199	0.0107	0.0064	0.0054	0.0064	0.0054	0.0039	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr2L	2405758	2405909	chr2L:2405759-2405909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0101	0.0098	0.0088	0.0118	0.0042	0.0121	0.0156	0.0067	0.0042	0.0097	0.0045	0.0097	0.0054	8e-04	0.0013	8e-04	0.0026
chr2L	2415249	2415400	chr2L:2415250-2415400	FBgn0031426	CG18641	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0081	0.0064	0.0091	0.0088	0.0021	0.0029	0.0134	0.0073	0.0021	0.0066	0.0135	0.0066	0.0077	0.0023	0.0316	0.0023	0.0036
chr2L	2420238	2420389	chr2L:2420239-2420389	FBgn0031428,FBgn0085476	CG34447,CG9886	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0237	0.0242	0.0286	0.0178	0.0127	0.0282	0.0268	0.036	0.0127	0.0326	0.0296	0.0326	0.0403	0.0191	0.0206	0.0191	0.0214
chr2L	2420479	2420659	chr2L:2420480-2420659	FBgn0031428,FBgn0085476	CG34447,CG9886	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0912	0.0739	0.1102	0.0898	0.0382	0.0951	0.0766	0.1059	0.0382	0.1437	0.1186	0.1437	0.1263	0.098	0.0974	0.098	0.1152
chr2L	2420686	2420926	chr2L:2420687-2420926	FBgn0031428	CG9886	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0759	0.0581	0.0958	0.0741	0.0318	0.0786	0.0562	0.0833	0.0318	0.1184	0.109	0.1184	0.1092	0.0773	0.0748	0.0773	0.1068
chr2L	2423896	2424161	chr2L:2423897-2424161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0131	0.0174	0.0216	0.0074	0.0126	0.0199	0.016	0.0074	0.0187	0.0174	0.0187	0.0279	0.0115	0.0135	0.0115	0.0505
chr2L	2427863	2428014	chr2L:2427864-2428014	FBgn0000490	dpp	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0111	0.009	0.0102	0.0146	0.0064	0.0068	0.0164	0.008	0.0064	0.0103	0.0148	0.0103	0.0062	0.0061	0.0322	0.0061	0.0177
chr2L	2430453	2430604	chr2L:2430454-2430604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0089	0.0093	0.0072	0.0102	0.0042	0.0058	0.0195	0.008	0.0042	0.0036	0.0113	0.0036	0.0101	0.0061	0.0322	0.0061	0.0036
chr2L	2433467	2433618	chr2L:2433468-2433618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0099	0.0069	0.0085	0.0148	0.0032	0.0068	0.0087	0.01	0.0032	0.0048	0.0138	0.0048	0.0108	0.0046	0.038	0.0046	0.0146
chr2L	2433742	2433893	chr2L:2433743-2433893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.0103	0.0155	0.0178	0.0011	0.0107	0.0173	0.0127	0.0011	0.0085	0.0244	0.0085	0.017	0.0015	0.0554	0.0015	0.0156
chr2L	2438056	2438207	chr2L:2438057-2438207	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.011	0.0124	0.0107	0.0032	0.0136	0.0143	0.0127	0.0032	0.0145	0.0203	0.0145	0.0046	0.0115	0.0258	0.0115	0.0052
chr2L	2438804	2438958	chr2L:2438805-2438958	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0218	0.034	0.0206	0.0074	0.0252	0.0324	0.022	0.0074	0.0169	0.0559	0.0169	0.0372	0.0092	0.0664	0.0092	0.0115
chr2L	2439165	2439343	chr2L:2439166-2439343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0265	0.0259	0.033	0.0201	0.0042	0.0311	0.0385	0.0306	0.0042	0.0157	0.0611	0.0157	0.0201	0.0092	0.0664	0.0092	0.0104
chr2L	2444071	2444222	chr2L:2444072-2444222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0232	0.027	0.0298	0.0117	0.0042	0.0325	0.0402	0.0306	0.0042	0.0405	0.0389	0.0405	0.0186	0.0153	0.0135	0.0153	0.0104
chr2L	2444293	2444444	chr2L:2444294-2444444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0383	0.0486	0.0451	0.0194	0.0159	0.0592	0.064	0.0606	0.0159	0.0513	0.0614	0.0513	0.0325	0.0237	0.0226	0.0237	0.0151
chr2L	2445904	2446064	chr2L:2445905-2446064	distal	distal	none	none	dpp_265lacZ,dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	dpp_265lacZ,dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0255	0.0201	0.0435	0.0117	0.0021	0.0374	0.0173	0.0247	0.0021	0.0948	0.0283	0.0948	0.062	0.026	0.0129	0.026	0.0109
chr2L	2446182	2446392	chr2L:2446183-2446392	distal	distal	none	none	dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	dpp_674lacZ,dpp_dpp419_NR	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0227	0.0189	0.0297	0.0191	0.0011	0.0248	0.0242	0.024	0.0011	0.0525	0.0257	0.0525	0.0356	0.0413	0.0239	0.0413	0.0177
chr2L	2447498	2447649	chr2L:2447499-2447649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0305	0.0401	0.0379	0.0114	0.0095	0.0461	0.0307	0.0873	0.0095	0.032	0.0601	0.032	0.0302	0.0115	0.0187	0.0115	0.0125
chr2L	2448076	2448236	chr2L:2448077-2448236	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0373	0.0737	0.0293	0.0056	0.0106	0.1058	0.0381	0.1686	0.0106	0.0393	0.0434	0.0393	0.0139	0.0046	0.009	0.0046	0.0052
chr2L	2448474	2448922	chr2L:2448475-2448922	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1177	0.0906	0.1872	0.0719	0.0138	0.1272	0.0709	0.1719	0.0138	0.3231	0.2399	0.3231	0.0953	0.1409	0.1103	0.1409	0.0568
chr2L	2449718	2450047	chr2L:2449719-2450047	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.116	0.1468	0.1586	0.035	0.0838	0.1398	0.1912	0.2159	0.0838	0.1298	0.2817	0.1298	0.0767	0.0306	0.0922	0.0306	0.024
chr2L	2450814	2451285	chr2L:2450815-2451285	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2181	0.2019	0.2582	0.192	0.1622	0.1961	0.2379	0.2951	0.1622	0.2687	0.3598	0.2687	0.2758	0.2481	0.2908	0.2481	0.2616
chr2L	2451966	2452175	chr2L:2451967-2452175	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0304	0.0365	0.0374	0.0159	0.0191	0.034	0.0471	0.0593	0.0191	0.0332	0.0428	0.0332	0.0689	0.0138	0.0258	0.0138	0.024
chr2L	2454495	2454721	chr2L:2454496-2454721	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1453	0.2051	0.1519	0.0713	0.1941	0.1437	0.3062	0.2645	0.1941	0.1322	0.2334	0.1322	0.11	0.0904	0.1341	0.0904	0.0521
chr2L	2454742	2454940	chr2L:2454743-2454940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	dpp_P1delta2,dpp_core_promoter	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2042	0.2443	0.244	0.1157	0.2047	0.2112	0.3283	0.3331	0.2047	0.2911	0.3325	0.2911	0.2068	0.1677	0.2192	0.1677	0.0875
chr2L	2456558	2456718	chr2L:2456559-2456718	distal	distal	stage5	stage5	dpp_dl_mel	dpp_dl_mel	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0766	0.1871	0.0261	0.0085	0.2291	0.0825	0.3365	0.1832	0.2291	0.0205	0.0415	0.0205	0.0163	0.0031	0.0142	0.0031	0.0047
chr2L	2456806	2457026	chr2L:2456807-2457026	distal	distal	stage5	stage5	dpp_85.8MX,dpp_dl_mel	dpp_85.8MX,dpp_dl_mel	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0902	0.2125	0.0374	0.0114	0.2598	0.1063	0.3257	0.2758	0.2598	0.0332	0.0559	0.0332	0.0256	0.0054	0.0206	0.0054	0.0073
chr2L	2457083	2457309	chr2L:2457084-2457309	distal	distal	stage5	stage5	dpp_85.8MX	dpp_85.8MX	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0803	0.1929	0.0308	0.0088	0.2291	0.0816	0.3023	0.2698	0.2291	0.0254	0.0508	0.0254	0.0194	0.0107	0.0135	0.0107	0.0063
chr2L	2460962	2461148	chr2L:2460963-2461148	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.0474	0.0508	0.012	0.018	0.0388	0.0471	0.1086	0.018	0.0199	0.0987	0.0199	0.0209	0.0038	0.0297	0.0038	0.0073
chr2L	2461407	2461661	chr2L:2461408-2461661	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0849	0.0866	0.1275	0.0363	0.0297	0.0864	0.0835	0.1805	0.0297	0.0459	0.2511	0.0459	0.0767	0.0069	0.1289	0.0069	0.012
chr2L	2461852	2462301	chr2L:2461853-2462301	FBgn0012016	tRNA:Y1:22Fa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0814	0.0995	0.1076	0.0326	0.0382	0.0971	0.1142	0.1805	0.0382	0.0586	0.2026	0.0586	0.0635	0.0145	0.0999	0.0145	0.0125
chr2L	2462464	2462712	chr2L:2462465-2462712	FBgn0012016	tRNA:Y1:22Fa	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0792	0.1168	0.084	0.0319	0.088	0.0913	0.1592	0.1746	0.088	0.0429	0.1447	0.0429	0.0775	0.01	0.0928	0.01	0.0219
chr2L	2463257	2463420	chr2L:2463258-2463420	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.0252	0.0499	0.0148	0.0053	0.0238	0.0329	0.0433	0.0053	0.0193	0.1048	0.0193	0.0132	0.0092	0.0458	0.0092	0.0063
chr2L	2468158	2468309	chr2L:2468159-2468309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0132	0.0155	0.0081	0.0042	0.015	0.0177	0.0173	0.0042	0.0109	0.028	0.0109	0.0077	0.0031	0.0264	0.0031	0.0031
chr2L	2470485	2470637	chr2L:2470486-2470637	distal	distal	stage11	stage11	dpp_BS1.1	dpp_BS1.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0187	0.0137	0.0307	0.011	0.0032	0.016	0.0203	0.0167	0.0032	0.0139	0.063	0.0139	0.0062	0.0077	0.0361	0.0077	0.0036
chr2L	2473820	2474121	chr2L:2473821-2474121	distal	distal	stage14	stage14	dpp_BS2.0	dpp_BS2.0	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0143	0.0184	0.0187	0.0053	0.016	0.0199	0.0193	0.0053	0.0054	0.0392	0.0054	0.0054	0.0031	0.0735	0.0031	0.0042
chr2L	2483874	2484025	chr2L:2483875-2484025	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0176	0.0127	0.0334	0.0058	0.0074	0.015	0.0177	0.0147	0.0074	0.0272	0.0588	0.0272	0.0093	0.0023	0.0077	0.0023	0.0052
chr2L	2484501	2484652	chr2L:2484502-2484652	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0159	0.0145	0.0273	0.0052	0.0106	0.0175	0.019	0.0153	0.0106	0.0254	0.0444	0.0254	0.0108	0.0031	0.011	0.0031	0.0031
chr2L	2485764	2485915	chr2L:2485765-2485915	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0151	0.0101	0.027	0.0077	0.0032	0.0131	0.0138	0.0113	0.0032	0.0097	0.055	0.0097	0.0101	0.0084	0.0181	0.0084	0.0063
chr2L	2488453	2488604	chr2L:2488454-2488604	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0236	0.0173	0.025	0.029	0.0117	0.0218	0.0234	0.0153	0.0117	0.0193	0.0421	0.0193	0.0132	0.0123	0.0825	0.0123	0.0229
chr2L	2492344	2492495	chr2L:2492345-2492495	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0485	0.0605	0.0402	0.035	0.0447	0.0657	0.064	0.035	0.0761	0.0717	0.0761	0.0534	0.0413	0.0516	0.0413	0.05
chr2L	2492633	2492784	chr2L:2492634-2492784	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.1706	0.1863	0.1447	0.1718	0.1835	0.1929	0.2232	0.1718	0.2258	0.1977	0.2258	0.189	0.1524	0.1509	0.1524	0.1714
chr2L	2492803	2493064	chr2L:2492804-2493064	FBgn0011818,FBgn0015816	Slh,oaf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2551	0.2493	0.2924	0.2207	0.2195	0.2942	0.2682	0.3351	0.2195	0.3708	0.3026	0.3708	0.3021	0.2427	0.2431	0.2427	0.2517
chr2L	2493291	2493520	chr2L:2493292-2493520	FBgn0011818	oaf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1105	0.1211	0.1214	0.0866	0.087	0.1398	0.1423	0.1559	0.087	0.157	0.1264	0.157	0.1278	0.1018	0.0948	0.1018	0.0943
chr2L	2493705	2493889	chr2L:2493706-2493889	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0575	0.0804	0.0576	0.0318	0.052	0.0859	0.1012	0.1113	0.052	0.0924	0.0605	0.0924	0.0426	0.036	0.0335	0.036	0.038
chr2L	2493913	2494128	chr2L:2493914-2494128	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0645	0.0897	0.0688	0.0316	0.0785	0.0981	0.1055	0.1153	0.0785	0.122	0.0666	0.122	0.0558	0.0391	0.0309	0.0391	0.0406
chr2L	2494556	2494739	chr2L:2494557-2494739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0436	0.0516	0.0534	0.024	0.0297	0.0612	0.0588	0.0726	0.0297	0.0966	0.0482	0.0966	0.0434	0.0191	0.0213	0.0191	0.0198
chr2L	2529505	2529796	chr2L:2529506-2529796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0111	0.0109	0.0178	0.0032	0.0112	0.0208	0.0093	0.0032	0.0151	0.0093	0.0151	0.0085	0.0352	0.0045	0.0352	0.0047
chr2L	2530380	2530531	chr2L:2530381-2530531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0146	0.0138	0.0114	0.0106	0.0146	0.0255	0.01	0.0106	0.0236	0.0116	0.0236	0.0054	0.01	0.0032	0.01	0.0057
chr2L	2574781	2574942	chr2L:2574782-2574942	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0702	0.099	0.0661	0.0426	0.1029	0.068	0.1626	0.0986	0.1029	0.0694	0.0743	0.0694	0.0806	0.0375	0.0419	0.0375	0.0625
chr2L	2575024	2575201	chr2L:2575025-2575201	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1417	0.1601	0.1518	0.1102	0.1188	0.165	0.2154	0.1865	0.1188	0.1673	0.1794	0.1673	0.1487	0.1149	0.1083	0.1149	0.1443
chr2L	2575256	2575426	chr2L:2575257-2575426	FBgn0026778,FBgn0085343	CG34314,Rad1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.0996	0.0895	0.06	0.0636	0.0976	0.1337	0.1299	0.0636	0.1021	0.1029	0.1021	0.0875	0.0666	0.0658	0.0666	0.073
chr2L	2576626	2576850	chr2L:2576627-2576850	FBgn0031434	insv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1365	0.2333	0.1128	0.0544	0.2078	0.1903	0.3261	0.3011	0.2078	0.0918	0.1219	0.0918	0.0697	0.0436	0.0548	0.0436	0.0464
chr2L	2576881	2577032	chr2L:2576882-2577032	FBgn0031434	insv	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.0788	0.1243	0.0654	0.0428	0.1018	0.1063	0.1752	0.1539	0.1018	0.061	0.0704	0.061	0.0442	0.0368	0.0432	0.0368	0.0417
chr2L	2577180	2577430	chr2L:2577181-2577430	FBgn0031434,FBgn0031435	CG9883,insv	stage11,stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1209	0.2157	0.0987	0.0393	0.1919	0.2092	0.2504	0.3091	0.1919	0.0936	0.1125	0.0936	0.0364	0.0207	0.0387	0.0207	0.0292
chr2L	2577749	2578094	chr2L:2577750-2578094	FBgn0031435	CG9883	stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1168	0.2605	0.0514	0.028	0.3531	0.0961	0.4671	0.2538	0.3531	0.0453	0.0608	0.0453	0.0519	0.0299	0.029	0.0299	0.0271
chr2L	2578404	2578555	chr2L:2578405-2578555	distal	distal	stage5	none	Unspecified_HC_21	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0909	0.0237	0.0116	0.106	0.0364	0.1804	0.0726	0.106	0.0223	0.0254	0.0223	0.0279	0.01	0.0097	0.01	0.0167
chr2L	2578581	2578732	chr2L:2578582-2578732	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0941	0.0236	0.0123	0.1029	0.0388	0.1946	0.0673	0.1029	0.0199	0.0273	0.0199	0.024	0.013	0.0116	0.013	0.0172
chr2L	2578916	2579086	chr2L:2578917-2579086	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0482	0.1054	0.0222	0.0127	0.1485	0.0379	0.205	0.0839	0.1485	0.0205	0.0277	0.0205	0.0217	0.0145	0.0103	0.0145	0.0162
chr2L	2579374	2579526	chr2L:2579375-2579526	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.053	0.1007	0.0344	0.0201	0.1198	0.0476	0.1959	0.0753	0.1198	0.0393	0.0395	0.0393	0.0318	0.0222	0.0226	0.0222	0.0266
chr2L	2579759	2579910	chr2L:2579760-2579910	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0702	0.092	0.0671	0.0493	0.0764	0.0684	0.1505	0.1013	0.0764	0.0719	0.0775	0.0719	0.0627	0.0567	0.0451	0.0567	0.0641
chr2L	2579971	2580162	chr2L:2579972-2580162	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1374	0.1463	0.1471	0.117	0.1262	0.1447	0.1877	0.1825	0.1262	0.1733	0.1605	0.1733	0.1464	0.1256	0.1186	0.1256	0.1407
chr2L	2580178	2580354	chr2L:2580179-2580354	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1527	0.1622	0.1195	0.1304	0.1597	0.1899	0.1912	0.1304	0.1969	0.1691	0.1969	0.1634	0.1256	0.1219	0.1256	0.1475
chr2L	2580431	2580597	chr2L:2580432-2580597	FBgn0031436,FBgn0031437	CG3214,p16-ARC	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0602	0.0609	0.0706	0.048	0.0445	0.0597	0.0835	0.0779	0.0445	0.0707	0.0682	0.0707	0.0821	0.049	0.0503	0.049	0.0589
chr2L	2584382	2584533	chr2L:2584383-2584533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0223	0.0188	0.0237	0.0245	0.0053	0.0165	0.0316	0.0253	0.0053	0.0248	0.0193	0.0248	0.0534	0.0145	0.0148	0.0145	0.0584
chr2L	2584658	2584980	chr2L:2584659-2584980	FBgn0026479	Drp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0541	0.045	0.0628	0.0546	0.017	0.0568	0.0567	0.06	0.017	0.0707	0.0595	0.0707	0.0922	0.0436	0.0464	0.0436	0.0865
chr2L	2585076	2585270	chr2L:2585077-2585270	FBgn0026479	Drp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0722	0.0537	0.093	0.0699	0.0233	0.0631	0.0688	0.0686	0.0233	0.1081	0.1013	0.1081	0.1046	0.0773	0.0754	0.0773	0.0818
chr2L	2585305	2585563	chr2L:2585306-2585563	FBgn0026479	Drp1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1484	0.109	0.1948	0.1415	0.0604	0.1311	0.138	0.1306	0.0604	0.2192	0.2071	0.2192	0.2107	0.16	0.1476	0.16	0.1631
chr2L	2585746	2585897	chr2L:2585747-2585897	FBgn0026479	Drp1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0306	0.0278	0.0368	0.027	0.0201	0.0272	0.0385	0.0353	0.0201	0.0386	0.0418	0.0386	0.0387	0.0291	0.0213	0.0291	0.0328
chr2L	2595463	2595614	chr2L:2595464-2595614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0143	0.0097	0.0118	0.0223	0.0021	0.0097	0.0156	0.0113	0.0021	0.0133	0.0119	0.0133	0.0155	0.0107	0.0161	0.0107	0.0193
chr2L	2605233	2605384	chr2L:2605234-2605384	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0068	0.009	0.0042	0.0071	0.0021	0.0049	0.0216	0.0053	0.0021	0.006	0.0032	0.006	0.0023	0.0015	0.0013	0.0015	0.0016
chr2L	2611833	2611984	chr2L:2611834-2611984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0223	0.0322	0.024	0.0093	0.0233	0.0223	0.0571	0.032	0.0233	0.026	0.0302	0.026	0.0139	0.0123	0.0045	0.0123	0.0031
chr2L	2612124	2612301	chr2L:2612125-2612301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0823	0.1168	0.0883	0.0373	0.0891	0.1126	0.1587	0.1439	0.0891	0.1008	0.1064	0.1008	0.0503	0.0161	0.0193	0.0161	0.0162
chr2L	2615380	2615531	chr2L:2615381-2615531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.008	0.0076	0.0069	0.0097	0.0042	0.0053	0.0138	0.0073	0.0042	0.0085	0.0048	0.0085	0.0039	8e-04	0.0032	8e-04	0.0052
chr2L	2615663	2615814	chr2L:2615664-2615814	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0133	0.0076	0.0146	0.0106	0.0107	0.0247	0.0107	0.0106	0.0085	0.0087	0.0085	0.0046	0.0061	0.0045	0.0061	0.0089
chr2L	2631791	2631942	chr2L:2631792-2631942	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0057	0.0065	0.0096	0.0032	0.0044	0.0095	0.0053	0.0032	0.0079	0.0077	0.0079	0.0015	0.0015	6e-04	0.0015	0.0026
chr2L	2632800	2632951	chr2L:2632801-2632951	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0061	0.0048	0.0123	0.0032	0.0039	0.0138	0.004	0.0032	0.006	0.0035	0.006	0.0031	0.0061	0.0026	0.0061	0.0021
chr2L	2633249	2633400	chr2L:2633250-2633400	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0077	0.0027	0.0053	0.0159	0	0.0024	0.0048	0.0033	0	0.003	0.0045	0.003	0.0023	0.0023	0.0019	0.0023	0.0031
chr2L	2636440	2636611	chr2L:2636441-2636611	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0072	0.0084	0.0384	0.0021	0.0044	0.0138	0.008	0.0021	0.0066	0.0051	0.0066	0.0031	0.0023	0.0052	0.0023	0.0063
chr2L	2636968	2637160	chr2L:2636969-2637160	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0219	0.01	0.0117	0.0465	0.0032	0.0097	0.0203	0.0067	0.0032	0.0048	0.0071	0.0048	0.007	0.0038	0.0064	0.0038	0.0109
chr2L	2637300	2637451	chr2L:2637301-2637451	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0146	0.0133	0.0089	0.0224	0.0053	0.0068	0.0303	0.0093	0.0053	0.0085	0.0045	0.0085	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0073
chr2L	2657583	2657734	chr2L:2657584-2657734	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0055	0.0044	0.0039	0.0086	0.0011	0.0024	0.0091	0.0053	0.0011	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0.0023	0	0.0023	0.0031
chr2L	2664225	2664376	chr2L:2664226-2664376	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0102	0.0088	0.0096	0.0032	0.0039	0.0186	0.0153	0.0032	0.0103	0.009	0.0103	0.0054	0.0015	0.0019	0.0015	0.0052
chr2L	2674838	2674989	chr2L:2674839-2674989	FBgn0051690	CG31690	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0088	0.0096	0.0066	0.0104	0.0042	0.0053	0.0203	0.008	0.0042	0.0066	0.0068	0.0066	0.0077	0.0031	0.0019	0.0031	0.0047
chr2L	2676402	2676553	chr2L:2676403-2676553	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0045	0.0037	0.0196	0.0032	0.0049	0.0078	0.0013	0.0032	0.0012	0.0023	0.0012	8e-04	0.0031	0.0013	0.0031	0.0078
chr2L	2677573	2677809	chr2L:2677574-2677809	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0547	0.0532	0.0325	0.0806	0.0456	0.0427	0.0809	0.0613	0.0456	0.0169	0.0167	0.0169	0.0558	0.0406	0.0258	0.0406	0.0709
chr2L	2690309	2690460	chr2L:2690310-2690460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.016	0.0104	0.0142	0.0095	0.0136	0.0238	0.02	0.0095	0.0157	0.0084	0.0157	0.0085	0.0054	0.0039	0.0054	0.0036
chr2L	2697999	2698150	chr2L:2698000-2698150	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0067	0.0061	0.0084	0.0032	0.0044	0.0134	0.006	0.0032	0.0097	0.0077	0.0097	0.0039	0.0038	0.0019	0.0038	0.0042
chr2L	2698587	2698738	chr2L:2698588-2698738	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0062	0.0056	0.0042	0.0089	0.0011	0.0039	0.0143	0.002	0.0011	0.0054	0.0042	0.0054	0.0031	0.0046	0.0026	0.0046	0.0036
chr2L	2700402	2700553	chr2L:2700403-2700553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.024	0.0221	0.0273	0.0224	0.0127	0.0243	0.0294	0.028	0.0127	0.0386	0.0286	0.0386	0.0294	0.0237	0.0219	0.0237	0.036
chr2L	2705686	2705837	chr2L:2705687-2705837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0084	0.0095	0.0074	0.0085	0.0085	0.0053	0.0164	0.01	0.0085	0.0115	0.0061	0.0115	0.0046	8e-04	0.0032	8e-04	0.001
chr2L	2709462	2709613	chr2L:2709463-2709613	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0091	0.0113	0.0063	0.0095	0.0042	0.0087	0.0208	0.0127	0.0042	0.0066	0.0058	0.0066	0.0046	0.0023	0.0019	0.0023	0.0057
chr2L	2716048	2716199	chr2L:2716049-2716199	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0073	0.0054	0.0063	0.0104	0.0053	0.0039	0.0104	0.004	0.0053	0.0042	0.0051	0.0042	0.0085	0.0031	0.0026	0.0031	0.0036
chr2L	2724522	2724739	chr2L:2724523-2724739	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0872	0.0885	0.0893	0.0836	0.0467	0.1015	0.1172	0.1066	0.0467	0.1087	0.099	0.1087	0.0829	0.0674	0.098	0.0674	0.099
chr2L	2724849	2725037	chr2L:2724850-2725037	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0424	0.0383	0.0478	0.0409	0.0106	0.0447	0.0545	0.046	0.0106	0.0465	0.0585	0.0465	0.0503	0.0345	0.0567	0.0345	0.0474
chr2L	2727316	2727467	chr2L:2727317-2727467	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0075	0.0064	0.0065	0.0099	0.0021	0.0044	0.0117	0.006	0.0021	0.0054	0.0077	0.0054	0.0085	0.0077	0.0251	0.0077	0.0089
chr2L	2728215	2728366	chr2L:2728216-2728366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0109	0.0086	0.0085	0.016	0	0.0068	0.0195	0.0053	0	0.0072	0.0122	0.0072	0.0054	0.0084	0.0464	0.0084	0.0109
chr2L	2730026	2730177	chr2L:2730027-2730177	FBgn0031449	CG31689	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	none	0.0105	0.0064	0.0055	0.0207	0.0032	0.0063	0.0108	0.006	0.0032	0.0054	0.0045	0.0054	0.0101	0.0291	0.0226	0.0291	0.0302
chr2L	2731689	2731840	chr2L:2731690-2731840	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0074	0.0102	0.0284	0.0032	0.0073	0.0134	0.0047	0.0032	0.0072	0.0093	0.0072	0.024	0.0145	0.011	0.0145	0.0797
chr2L	2731893	2732178	chr2L:2731894-2732178	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0263	0.0143	0.0165	0.0503	0.0032	0.015	0.026	0.0093	0.0032	0.0169	0.0148	0.0169	0.0349	0.0666	0.0284	0.0666	0.1079
chr2L	2733032	2733308	chr2L:2733033-2733308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0194	0.0157	0.0181	0.0251	0.0032	0.0136	0.0285	0.014	0.0032	0.0284	0.0151	0.0284	0.0248	0.0383	0.0135	0.0383	0.049
chr2L	2733542	2733693	chr2L:2733543-2733693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0125	0.0106	0.01	0.0173	0.0042	0.0073	0.0208	0.0093	0.0042	0.0042	0.0129	0.0042	0.0194	0.0138	0.0103	0.0138	0.0375
chr2L	2739637	2739835	chr2L:2739638-2739835	FBgn0031450	Hrs	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0647	0.0638	0.076	0.0533	0.0276	0.0694	0.0856	0.0839	0.0276	0.1008	0.082	0.1008	0.0736	0.059	0.0477	0.059	0.0667
chr2L	2739929	2740099	chr2L:2739930-2740099	FBgn0031450	Hrs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1352	0.1185	0.1633	0.1228	0.0626	0.1335	0.154	0.1559	0.0626	0.2029	0.1823	0.2029	0.1565	0.1317	0.1438	0.1317	0.1417
chr2L	2740276	2740427	chr2L:2740277-2740427	FBgn0031450	Hrs	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0356	0.0323	0.0404	0.0341	0.0127	0.0379	0.0407	0.0433	0.0127	0.0513	0.0453	0.0513	0.038	0.0329	0.0393	0.0329	0.0485
chr2L	2745004	2745176	chr2L:2745005-2745176	FBgn0031451,FBgn0031452	CG9961,Cwc25	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0898	0.0917	0.107	0.0688	0.0604	0.0956	0.1146	0.1326	0.0604	0.1383	0.1209	0.1383	0.0937	0.0865	0.0587	0.0865	0.0829
chr2L	2748633	2748792	chr2L:2748634-2748792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.121	0.1002	0.1487	0.1139	0.0657	0.1325	0.1051	0.1326	0.0657	0.1969	0.1608	0.1969	0.1448	0.1172	0.1161	0.1172	0.147
chr2L	2749478	2749768	chr2L:2749479-2749768	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1468	0.1361	0.1637	0.1402	0.0891	0.1393	0.1825	0.1726	0.0891	0.1721	0.1987	0.1721	0.1495	0.1462	0.1425	0.1462	0.1188
chr2L	2750236	2750405	chr2L:2750237-2750405	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1336	0.1429	0.1706	0.0827	0.0954	0.1481	0.1912	0.1759	0.0954	0.1395	0.2479	0.1395	0.1534	0.0812	0.1489	0.0812	0.0719
chr2L	2750883	2751162	chr2L:2750884-2751162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1832	0.2861	0.1739	0.0784	0.2609	0.2592	0.3841	0.3564	0.2609	0.1824	0.201	0.1824	0.1998	0.0735	0.0967	0.0735	0.0902
chr2L	2752355	2752562	chr2L:2752356-2752562	FBgn0031453	CG9894	stage11,stage14	none	CG9894_5174	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2238	0.1466	0.2799	0.2486	0.0838	0.2209	0.1263	0.2045	0.0838	0.3865	0.2624	0.3865	0.2626	0.2772	0.2392	0.2772	0.2715
chr2L	2752762	2752959	chr2L:2752763-2752959	FBgn0031453,FBgn0250906	CG9894,Pgk	stage11,stage14,stage5	none	CG9894_5174,VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2575	0.2246	0.3107	0.2359	0.1697	0.283	0.2413	0.2891	0.1697	0.3841	0.3203	0.3841	0.3114	0.2351	0.2373	0.2351	0.2731
chr2L	2753047	2753324	chr2L:2753048-2753324	FBgn0031453,FBgn0250906	CG9894,Pgk	stage11,stage14,stage5	none	CG9894_5174,VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3795	0.373	0.4378	0.3228	0.334	0.4393	0.4325	0.4317	0.334	0.5368	0.4637	0.5368	0.4121	0.3308	0.323	0.3308	0.358
chr2L	2753422	2753573	chr2L:2753423-2753573	FBgn0250906	Pgk	stage11,stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1849	0.2268	0.2113	0.109	0.2036	0.2413	0.282	0.2685	0.2036	0.3255	0.2125	0.3255	0.1448	0.1057	0.1051	0.1057	0.1105
chr2L	2753669	2754061	chr2L:2753670-2754061	distal	distal	stage11,stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2665	0.2768	0.3088	0.2085	0.2397	0.3136	0.3279	0.3324	0.2397	0.4197	0.3141	0.4197	0.2734	0.2358	0.1954	0.2358	0.2574
chr2L	2754107	2754258	chr2L:2754108-2754258	distal	distal	stage5	none	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1407	0.1553	0.1627	0.1001	0.1569	0.1684	0.1912	0.1779	0.1569	0.2246	0.1711	0.2246	0.1356	0.0926	0.1057	0.0926	0.1172
chr2L	2754433	2754621	chr2L:2754434-2754621	distal	distal	stage11	stage11	VT1404.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2089	0.2187	0.231	0.1738	0.1856	0.2534	0.2608	0.2605	0.1856	0.3037	0.2392	0.3037	0.2076	0.1884	0.176	0.1884	0.1902
chr2L	2755124	2755275	chr2L:2755125-2755275	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2074	0.2245	0.2402	0.1522	0.2036	0.2592	0.266	0.2612	0.2036	0.2935	0.255	0.2935	0.2262	0.1179	0.1509	0.1179	0.1787
chr2L	2755305	2755553	chr2L:2755306-2755553	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.307	0.2969	0.3549	0.2656	0.2503	0.3578	0.34	0.3504	0.2503	0.4378	0.3762	0.4378	0.3447	0.2642	0.2585	0.2642	0.3085
chr2L	2755930	2756193	chr2L:2755931-2756193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1186	0.1776	0.1179	0.0535	0.1951	0.1466	0.2574	0.1992	0.1951	0.1425	0.1135	0.1425	0.0744	0.0482	0.049	0.0482	0.0417
chr2L	2757455	2757681	chr2L:2757456-2757681	distal	distal	none	none	VT1406.1	VT1406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.155	0.1935	0.1676	0.098	0.1845	0.185	0.237	0.2505	0.1845	0.1854	0.1553	0.1854	0.1301	0.0475	0.0619	0.0475	0.1183
chr2L	2757970	2758192	chr2L:2757971-2758192	distal	distal	stage11	stage11	VT1406.1	VT1406.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1415	0.1758	0.1547	0.0886	0.1707	0.167	0.2236	0.2265	0.1707	0.1419	0.1498	0.1419	0.0999	0.059	0.0632	0.059	0.0735
chr2L	2759596	2759783	chr2L:2759597-2759783	FBgn0031454,FBgn0031455,FBgn0031456	CG9960,Trn-SR,snapin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1622	0.1569	0.1929	0.1344	0.1007	0.1864	0.189	0.2019	0.1007	0.2325	0.2116	0.2325	0.1782	0.1332	0.1219	0.1332	0.1751
chr2L	2759826	2760022	chr2L:2759827-2760022	FBgn0031454,FBgn0031455,FBgn0031456	CG9960,Trn-SR,snapin	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1673	0.1601	0.1991	0.1404	0.0901	0.1917	0.2024	0.1939	0.0901	0.2512	0.2174	0.2512	0.182	0.1432	0.1322	0.1432	0.172
chr2L	2765606	2765786	chr2L:2765607-2765786	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0698	0.1577	0.1166	0.0414	0.099	0.0636	0.1006	0.0414	0.1975	0.163	0.1975	0.172	0.1363	0.1251	0.1363	0.1501
chr2L	2765835	2766021	chr2L:2765836-2766021	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1488	0.111	0.1898	0.1459	0.0817	0.1529	0.1168	0.1346	0.0817	0.2428	0.2032	0.2428	0.1836	0.147	0.1554	0.147	0.186
chr2L	2766115	2766292	chr2L:2766116-2766292	FBgn0031457,FBgn0031458	CG3077,aph-1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1776	0.1665	0.2089	0.1558	0.1177	0.2058	0.1946	0.1939	0.1177	0.2585	0.2232	0.2585	0.2022	0.1447	0.1767	0.1447	0.197
chr2L	2767488	2767647	chr2L:2767489-2767647	FBgn0028398	Taf10	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0772	0.0788	0.0905	0.0609	0.0498	0.0864	0.1003	0.0999	0.0498	0.1099	0.0965	0.1099	0.0899	0.0559	0.0619	0.0559	0.0823
chr2L	2767770	2767947	chr2L:2767771-2767947	FBgn0026324,FBgn0028398	Taf10,Taf10b	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1517	0.1462	0.1782	0.1288	0.1379	0.1617	0.167	0.1892	0.1379	0.2246	0.1839	0.2246	0.1921	0.134	0.1244	0.134	0.1709
chr2L	2769624	2769956	chr2L:2769625-2769956	FBgn0019830,FBgn0031459	CG2862,colt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1263	0.1204	0.1501	0.1068	0.0742	0.1272	0.1531	0.1679	0.0742	0.1757	0.1685	0.1757	0.1549	0.1187	0.1225	0.1187	0.1386
chr2L	2770027	2770229	chr2L:2770028-2770229	FBgn0019830,FBgn0031459	CG2862,colt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1337	0.1324	0.1524	0.1146	0.0901	0.1447	0.1626	0.1799	0.0901	0.1975	0.1717	0.1975	0.1402	0.1332	0.1277	0.1332	0.136
chr2L	2779393	2779837	chr2L:2779394-2779837	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0956	0.1249	0.1062	0.0512	0.1029	0.1189	0.1825	0.1286	0.1029	0.1673	0.0974	0.1673	0.1278	0.0666	0.0355	0.0666	0.0709
chr2L	2779870	2780021	chr2L:2779871-2780021	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0511	0.0543	0.0221	0.0392	0.0427	0.0779	0.054	0.0392	0.0731	0.0527	0.0731	0.079	0.0345	0.0116	0.0345	0.0323
chr2L	2780319	2780497	chr2L:2780320-2780497	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0344	0.0344	0.0414	0.0267	0.0255	0.0422	0.0471	0.028	0.0255	0.0586	0.0386	0.0586	0.0589	0.0207	0.0116	0.0207	0.0552
chr2L	2797438	2797589	chr2L:2797439-2797589	FBgn0264369	CR43821	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0067	0.0065	0.0173	0.0011	0.0063	0.0108	0.0093	0.0011	0.0042	0.0042	0.0042	0.007	0.0031	0.0052	0.0031	0.0083
chr2L	2798996	2799147	chr2L:2798997-2799147	distal	distal	stage14	stage14	VT1427.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0172	0.0182	0.0089	0.0251	0.0127	0.0146	0.032	0.016	0.0127	0.0109	0.0061	0.0109	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0125
chr2L	2799621	2799772	chr2L:2799622-2799772	FBgn0004242	Syt1	none	none	VT1427.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.008	0.0052	0.0219	0.0064	0.0068	0.0138	0.0067	0.0064	0.006	0.0045	0.006	0.0031	0.0046	0.0013	0.0046	0.0115
chr2L	2799955	2800106	chr2L:2799956-2800106	FBgn0004242	Syt1	stage14	none	VT1427.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0118	0.0052	0.0065	0.0249	0.0053	0.0044	0.0087	0.0047	0.0053	0.003	0.0061	0.003	0.0046	0.0023	0.0064	0.0023	0.012
chr2L	2800359	2800510	chr2L:2800360-2800510	FBgn0004242	Syt1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.017	0.0088	0.01	0.0337	0.0064	0.0102	0.013	0.008	0.0064	0.0097	0.009	0.0097	0.0155	0.0092	0.0045	0.0092	0.0271
chr2L	2801166	2801351	chr2L:2801167-2801351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0103	0.0188	0.0195	0.0053	0.0112	0.0151	0.0113	0.0053	0.0109	0.0122	0.0109	0.0589	0.0077	0.011	0.0077	0.0521
chr2L	2804699	2804937	chr2L:2804700-2804937	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1261	0.0661	0.1688	0.1464	0.0233	0.0966	0.0709	0.0833	0.0233	0.2059	0.1862	0.2059	0.2378	0.1769	0.2044	0.1769	0.223
chr2L	2805050	2805231	chr2L:2805051-2805231	FBgn0031461	daw	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0578	0.0313	0.0709	0.0731	0.0127	0.0379	0.0424	0.038	0.0127	0.09	0.0746	0.09	0.1022	0.0773	0.0922	0.0773	0.1271
chr2L	2807481	2807632	chr2L:2807482-2807632	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.017	0.0222	0.0128	0.0159	0.0127	0.0131	0.0372	0.0313	0.0127	0.0127	0.0135	0.0127	0.0186	0.0123	0.0174	0.0123	0.0292
chr2L	2807699	2807850	chr2L:2807700-2807850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0185	0.0194	0.0165	0.0195	0.0117	0.0141	0.0372	0.018	0.0117	0.0127	0.0161	0.0127	0.031	0.0084	0.0181	0.0084	0.0453
chr2L	2808087	2808301	chr2L:2808088-2808301	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0822	0.086	0.082	0.0781	0.0732	0.0612	0.1479	0.0846	0.0732	0.1087	0.082	0.1087	0.1247	0.0858	0.0877	0.0858	0.1443
chr2L	2814944	2815139	chr2L:2814945-2815139	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0497	0.1159	0.0197	0.0088	0.1421	0.0277	0.2167	0.1332	0.1421	0.0229	0.0251	0.0229	0.0163	0.0092	0.0135	0.0092	0.0063
chr2L	2815750	2815901	chr2L:2815751-2815901	FBgn0031463	CG15400	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0363	0.0194	0.0279	0.0308	0.0248	0.0588	0.04	0.0308	0.0145	0.0177	0.0145	0.0209	0.013	0.0123	0.013	0.0167
chr2L	2822533	2822835	chr2L:2822534-2822835	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0244	0.0303	0.0278	0.0142	0.0095	0.0199	0.0411	0.0586	0.0095	0.0248	0.0463	0.0248	0.0108	0.0054	0.0406	0.0054	0.0099
chr2L	2829726	2829923	chr2L:2829727-2829923	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0775	0.0304	0.1213	0.082	0.0138	0.0408	0.0333	0.0366	0.0138	0.1655	0.1482	0.1655	0.1077	0.0743	0.1689	0.0743	0.0865
chr2L	2830049	2830323	chr2L:2830050-2830323	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1144	0.028	0.1826	0.1362	0.0074	0.0505	0.0272	0.026	0.0074	0.2615	0.217	0.2615	0.1975	0.1095	0.2482	0.1095	0.1886
chr2L	2830622	2830980	chr2L:2830623-2830980	FBgn0031464	Duox	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0746	0.0193	0.0978	0.1108	0.0053	0.032	0.0268	0.012	0.0053	0.1528	0.117	0.1528	0.1007	0.1026	0.2263	0.1026	0.1266
chr2L	2837821	2837972	chr2L:2837822-2837972	FBgn0031466,FBgn0031467	CG3119,Cpr23B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0121	0.0088	0.0151	0.0125	0.0064	0.0083	0.0164	0.0053	0.0064	0.0072	0.0299	0.0072	0.0062	0.0061	0.04	0.0061	0.0052
chr2L	2840209	2840360	chr2L:2840210-2840360	FBgn0031468	CG2975	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0114	0.0085	0.0138	0.0121	0.0053	0.0058	0.0164	0.0073	0.0053	0.0072	0.0238	0.0072	0.0093	0.0046	0.0393	0.0046	0.0047
chr2L	2855259	2855531	chr2L:2855260-2855531	FBgn0031473	CG3104	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0437	0.0237	0.048	0.0614	0.0085	0.0301	0.0285	0.0333	0.0085	0.0489	0.0563	0.0489	0.0596	0.0567	0.0754	0.0567	0.0891
chr2L	2855671	2855841	chr2L:2855672-2855841	FBgn0015521,FBgn0031473	CG3104,RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1564	0.1221	0.193	0.1544	0.071	0.1553	0.1419	0.1466	0.071	0.2367	0.2064	0.2367	0.1789	0.1822	0.1541	0.1822	0.1808
chr2L	2855967	2856163	chr2L:2855968-2856163	FBgn0015521,FBgn0031473	CG3104,RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1946	0.1515	0.2451	0.1873	0.088	0.2015	0.1708	0.1879	0.088	0.317	0.2588	0.317	0.2076	0.1907	0.1902	0.1907	0.2246
chr2L	2856269	2856494	chr2L:2856270-2856494	FBgn0015521	RpS21	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1109	0.0816	0.149	0.1017	0.0382	0.1078	0.0947	0.1039	0.0382	0.1963	0.1579	0.1963	0.1418	0.1011	0.1103	0.1011	0.1178
chr2L	2856754	2856948	chr2L:2856755-2856948	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1115	0.112	0.1401	0.0794	0.0774	0.1345	0.1259	0.1452	0.0774	0.1685	0.1643	0.1685	0.1278	0.1087	0.0683	0.1087	0.0912
chr2L	2857031	2857224	chr2L:2857032-2857224	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1983	0.177	0.2401	0.1763	0.1198	0.2175	0.1955	0.2298	0.1198	0.2995	0.2601	0.2995	0.2339	0.1953	0.1754	0.1953	0.2001
chr2L	2857302	2857488	chr2L:2857303-2857488	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.089	0.1109	0.0695	0.0541	0.1	0.1099	0.1159	0.0541	0.1395	0.117	0.1395	0.1053	0.0681	0.0638	0.0681	0.0803
chr2L	2857505	2857685	chr2L:2857506-2857685	FBgn0031474	CG2991	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0763	0.0734	0.0902	0.0643	0.0541	0.0767	0.0982	0.0873	0.0541	0.1039	0.0913	0.1039	0.0899	0.0613	0.0574	0.0613	0.0631
chr2L	2858183	2858334	chr2L:2858184-2858334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0526	0.0475	0.0603	0.0499	0.0127	0.0568	0.0502	0.0793	0.0127	0.0417	0.0579	0.0417	0.1139	0.075	0.0587	0.075	0.0547
chr2L	2861626	2861845	chr2L:2861627-2861845	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.0692	0.1627	0.1039	0.018	0.1068	0.0532	0.1159	0.018	0.0755	0.2643	0.0755	0.1967	0.1271	0.2083	0.1271	0.0917
chr2L	2862406	2862609	chr2L:2862407-2862609	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1665	0.1198	0.2307	0.1483	0.0636	0.1845	0.0861	0.1859	0.0636	0.2705	0.2839	0.2705	0.2595	0.2266	0.1883	0.2266	0.2142
chr2L	2864277	2864428	chr2L:2864278-2864428	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0351	0.0307	0.0433	0.0311	0.0127	0.0413	0.0402	0.0353	0.0127	0.038	0.0514	0.038	0.0503	0.0322	0.0226	0.0322	0.0396
chr2L	2867616	2868041	chr2L:2867617-2868041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0545	0.0631	0.0617	0.0369	0.0541	0.0568	0.0878	0.0766	0.0541	0.0749	0.0682	0.0749	0.079	0.0383	0.04	0.0383	0.0537
chr2L	2872215	2872366	chr2L:2872216-2872366	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0275	0.0196	0.0255	0.0386	0.0042	0.0199	0.0277	0.026	0.0042	0.0266	0.0296	0.0266	0.0302	0.0329	0.0761	0.0329	0.0412
chr2L	2872766	2872917	chr2L:2872767-2872917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0464	0.0447	0.0448	0.05	0.0233	0.0505	0.0502	0.068	0.0233	0.0429	0.0511	0.0429	0.0581	0.0498	0.0464	0.0498	0.0907
chr2L	2873010	2873161	chr2L:2873011-2873161	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0406	0.0425	0.0378	0.0415	0.0371	0.0471	0.0493	0.0573	0.0371	0.0308	0.0463	0.0308	0.048	0.0306	0.0426	0.0306	0.0735
chr2L	2873239	2873391	chr2L:2873240-2873391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0549	0.071	0.0558	0.0358	0.0615	0.0655	0.0813	0.1126	0.0615	0.0568	0.0675	0.0568	0.0519	0.036	0.0438	0.036	0.0422
chr2L	2873717	2873953	chr2L:2873718-2873953	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1196	0.1573	0.1334	0.0622	0.1283	0.168	0.1648	0.2425	0.1283	0.1649	0.1637	0.1649	0.1084	0.0567	0.0567	0.0567	0.0672
chr2L	2874136	2874353	chr2L:2874137-2874353	FBgn0051694	CG31694	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1109	0.112	0.1327	0.0858	0.0679	0.1282	0.1298	0.1606	0.0679	0.1763	0.137	0.1763	0.1348	0.0858	0.0909	0.0858	0.1105
chr2L	2874450	2874631	chr2L:2874451-2874631	FBgn0031478,FBgn0051694	CG31694,CG8814	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1945	0.1836	0.2297	0.1679	0.1347	0.2049	0.2106	0.2478	0.1347	0.2814	0.2531	0.2814	0.2332	0.2006	0.1728	0.2006	0.1928
chr2L	2874787	2874971	chr2L:2874788-2874971	FBgn0031478,FBgn0051694	CG31694,CG8814	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1817	0.1534	0.2185	0.173	0.1124	0.1806	0.1786	0.1959	0.1124	0.2627	0.2502	0.2627	0.2432	0.1975	0.1747	0.1975	0.2199
chr2L	2878158	2878342	chr2L:2878159-2878342	FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1216	0.0935	0.1584	0.1125	0.0668	0.1141	0.1112	0.1166	0.0668	0.1896	0.1749	0.1896	0.1758	0.1049	0.1225	0.1049	0.135
chr2L	2878402	2878578	chr2L:2878403-2878578	FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1502	0.1162	0.1949	0.1391	0.0848	0.1612	0.1215	0.1406	0.0848	0.2385	0.2167	0.2385	0.2045	0.1485	0.1406	0.1485	0.1615
chr2L	2878664	2878901	chr2L:2878665-2878901	FBgn0028970,FBgn0031479,FBgn0051950	CG31950,Prx6005,betaggt-II	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1083	0.083	0.1449	0.0965	0.0583	0.1034	0.0921	0.1046	0.0583	0.195	0.1527	0.195	0.1464	0.098	0.0999	0.098	0.1105
chr2L	2879009	2879189	chr2L:2879010-2879189	FBgn0028970	betaggt-II	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1219	0.0987	0.1537	0.1131	0.0647	0.1369	0.1012	0.1226	0.0647	0.2023	0.1614	0.2023	0.151	0.0942	0.1186	0.0942	0.1371
chr2L	2885124	2885331	chr2L:2885125-2885331	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2479	0.2292	0.2886	0.2241	0.2078	0.267	0.2526	0.2885	0.2078	0.3659	0.3312	0.3659	0.2796	0.2305	0.234	0.2305	0.2725
chr2L	2887133	2887284	chr2L:2887134-2887284	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0759	0.0865	0.0873	0.0515	0.052	0.1	0.1034	0.1173	0.052	0.0845	0.1122	0.0845	0.0759	0.0482	0.0593	0.0482	0.0646
chr2L	2888083	2888263	chr2L:2888084-2888263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1573	0.1609	0.1806	0.1278	0.1188	0.1806	0.1894	0.2179	0.1188	0.2319	0.1875	0.2319	0.1851	0.134	0.1302	0.134	0.1475
chr2L	2888907	2889127	chr2L:2888908-2889127	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1483.1	VT1483.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1709	0.2205	0.1769	0.109	0.1729	0.234	0.2422	0.3251	0.1729	0.2512	0.192	0.2512	0.1541	0.1715	0.1264	0.1715	0.1172
chr2L	2889273	2889485	chr2L:2889274-2889485	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1483.1	VT1483.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1379	0.174	0.1577	0.0758	0.1166	0.1995	0.205	0.2318	0.1166	0.2548	0.1563	0.2548	0.1448	0.1386	0.0845	0.1386	0.0808
chr2L	2894133	2894292	chr2L:2894134-2894292	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0301	0.0322	0.0237	0.0347	0.0138	0.0369	0.0389	0.0446	0.0138	0.0175	0.0186	0.0175	0.017	0.0046	0.0084	0.0046	0.0099
chr2L	2895824	2895975	chr2L:2895825-2895975	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0133	0.0128	0.0242	0.0042	0.0165	0.0186	0.016	0.0042	0.0145	0.0141	0.0145	0.0093	0.0069	0.0045	0.0069	0.012
chr2L	2896092	2896243	chr2L:2896093-2896243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0183	0.0161	0.0164	0.0228	0.0064	0.0131	0.0272	0.02	0.0064	0.0151	0.0183	0.0151	0.0147	0.0123	0.0097	0.0123	0.012
chr2L	2896794	2896964	chr2L:2896795-2896964	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0319	0.0378	0.0458	0.0106	0.0442	0.0394	0.0386	0.0106	0.0386	0.0334	0.0386	0.0674	0.0391	0.0277	0.0391	0.0714
chr2L	2897243	2897447	chr2L:2897244-2897447	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1311	0.0889	0.1614	0.145	0.0414	0.1534	0.0852	0.0919	0.0414	0.2452	0.1312	0.2452	0.2424	0.1853	0.0993	0.1853	0.2277
chr2L	2897708	2897919	chr2L:2897709-2897919	distal	distal	none	none	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0422	0.029	0.0499	0.0485	0.0095	0.0374	0.0389	0.0326	0.0095	0.0519	0.045	0.0519	0.0875	0.0712	0.0387	0.0712	0.0558
chr2L	2898286	2898499	chr2L:2898287-2898499	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0513	0.0356	0.059	0.0604	0.0127	0.0451	0.0428	0.048	0.0127	0.0628	0.0505	0.0628	0.0558	0.0291	0.0335	0.0291	0.0537
chr2L	2899668	2899819	chr2L:2899669-2899819	distal	distal	none	none	VT1488.1	VT1488.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.0158	0.0147	0.0184	0.0095	0.0184	0.0195	0.02	0.0095	0.0187	0.0141	0.0187	0.0201	0.0551	0.011	0.0551	0.0089
chr2L	2900313	2900464	chr2L:2900314-2900464	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.023	0.0303	0.0198	0.0182	0.0138	0.0262	0.0532	0.0286	0.0138	0.0139	0.0215	0.0139	0.0403	0.0161	0.0155	0.0161	0.0323
chr2L	2900557	2900709	chr2L:2900558-2900709	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0325	0.0356	0.033	0.0284	0.0201	0.0393	0.0476	0.042	0.0201	0.0302	0.0241	0.0302	0.0852	0.0191	0.0181	0.0191	0.0651
chr2L	2906305	2906456	chr2L:2906306-2906456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.02	0.0208	0.0263	0.0121	0.0074	0.0252	0.032	0.0207	0.0074	0.0175	0.0206	0.0175	0.0782	0.0153	0.009	0.0153	0.0203
chr2L	2907809	2908236	chr2L:2907810-2908236	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0506	0.0508	0.0555	0.0451	0.017	0.0515	0.0653	0.0819	0.017	0.0471	0.065	0.0471	0.0782	0.023	0.0619	0.023	0.0406
chr2L	2908382	2908533	chr2L:2908383-2908533	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0251	0.0269	0.0251	0.0231	0.0127	0.0218	0.0428	0.0346	0.0127	0.0157	0.0322	0.0157	0.0418	0.0115	0.0374	0.0115	0.0214
chr2L	2908836	2909063	chr2L:2908837-2909063	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.075	0.0861	0.0687	0.0696	0.0498	0.0947	0.0917	0.1372	0.0498	0.0393	0.0907	0.0393	0.1115	0.0268	0.1599	0.0268	0.037
chr2L	2909244	2909454	chr2L:2909245-2909454	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0341	0.0386	0.0355	0.0276	0.0244	0.035	0.0502	0.06	0.0244	0.0266	0.0473	0.0266	0.0473	0.013	0.0445	0.013	0.0156
chr2L	2909559	2909846	chr2L:2909560-2909846	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0475	0.0475	0.0456	0.0496	0.0212	0.0437	0.0528	0.0893	0.0212	0.0296	0.0611	0.0296	0.0426	0.0176	0.0561	0.0176	0.0292
chr2L	2910327	2910478	chr2L:2910328-2910478	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0211	0.0176	0.0227	0.0231	0.0085	0.017	0.0251	0.022	0.0085	0.0205	0.028	0.0205	0.0256	0.0107	0.0213	0.0107	0.0146
chr2L	2911159	2911310	chr2L:2911160-2911310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0109	0.0088	0.0081	0.0162	0.0042	0.0087	0.0156	0.0067	0.0042	0.0048	0.008	0.0048	0.0132	0.0107	0.0052	0.0107	0.0057
chr2L	2915966	2916117	chr2L:2915967-2916117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0178	0.0143	0.0139	0.0053	0.0175	0.0238	0.0293	0.0053	0.0139	0.0129	0.0139	0.0132	0.0092	0.0058	0.0092	0.0068
chr2L	2916200	2916351	chr2L:2916201-2916351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0136	0.0167	0.0131	0.0107	0.0127	0.0126	0.0234	0.026	0.0127	0.0121	0.0138	0.0121	0.0085	0.0069	0.0039	0.0069	0.0078
chr2L	2918340	2918491	chr2L:2918341-2918491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0143	0.0131	0.0126	0.0175	0.0074	0.0155	0.016	0.0153	0.0074	0.0175	0.0135	0.0175	0.0139	0.049	0.0103	0.049	0.0073
chr2L	2920085	2920236	chr2L:2920086-2920236	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0214	0.0303	0.0184	0.0148	0.0223	0.0277	0.048	0.032	0.0223	0.0199	0.0174	0.0199	0.024	0.0161	0.0084	0.0161	0.0115
chr2L	2920287	2920447	chr2L:2920288-2920447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0224	0.0345	0.0188	0.0128	0.0233	0.0282	0.0558	0.038	0.0233	0.0175	0.0193	0.0175	0.0201	0.013	0.0064	0.013	0.0099
chr2L	2920982	2921133	chr2L:2920983-2921133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0136	0.0076	0.0115	0.0226	0.0011	0.0087	0.0121	0.0093	0.0011	0.0121	0.0119	0.0121	0.0101	0.0092	0.0071	0.0092	0.0099
chr2L	2925172	2925323	chr2L:2925173-2925323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0127	0.0123	0.0102	0.016	0.0127	0.0112	0.0177	0.014	0.0127	0.0085	0.0103	0.0085	0.0147	0.0054	0.0052	0.0054	0.0083
chr2L	2929915	2930066	chr2L:2929916-2930066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0128	0.0116	0.0115	0.0155	0.0064	0.0136	0.0138	0.016	0.0064	0.0121	0.0148	0.0121	0.0101	0.0092	0.0103	0.0092	0.0141
chr2L	2930696	2930861	chr2L:2930697-2930861	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0154	0.0118	0.0164	0.0182	0.0064	0.0107	0.0186	0.0147	0.0064	0.0115	0.0129	0.0115	0.0155	0.0031	0.0058	0.0031	0.0063
chr2L	2931712	2931863	chr2L:2931713-2931863	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0158	0.0245	0.0185	0.0095	0.0218	0.0169	0.02	0.0095	0.0284	0.0225	0.0284	0.031	0.0283	0.0142	0.0283	0.0135
chr2L	2932001	2932188	chr2L:2932002-2932188	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0211	0.0247	0.0262	0.0074	0.0272	0.0277	0.0227	0.0074	0.029	0.0257	0.029	0.0294	0.0413	0.02	0.0413	0.012
chr2L	2935937	2936090	chr2L:2935938-2936090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0185	0.0117	0.0236	0.0203	0.0053	0.0117	0.0212	0.0087	0.0053	0.0193	0.0161	0.0193	0.0713	0.0184	0.0129	0.0184	0.0422
chr2L	2937841	2937992	chr2L:2937842-2937992	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0122	0.0142	0.0098	0.0125	0.0021	0.0141	0.0234	0.0193	0.0021	0.0103	0.01	0.0103	0.0093	0.0107	0.009	0.0107	0.0073
chr2L	2938086	2938237	chr2L:2938087-2938237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0127	0.0104	0.0123	0.0053	0.0121	0.019	0.0147	0.0053	0.0079	0.0129	0.0079	0.0101	0.0077	0.0064	0.0077	0.0073
chr2L	2941217	2941368	chr2L:2941218-2941368	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0154	0.015	0.0161	0.0152	0.0085	0.0175	0.0182	0.018	0.0085	0.0229	0.0122	0.0229	0.017	0.0069	0.0064	0.0069	0.0047
chr2L	2944917	2945068	chr2L:2944918-2945068	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0257	0.0267	0.0286	0.0216	0.0106	0.0282	0.0329	0.0366	0.0106	0.0302	0.0273	0.0302	0.0465	0.0306	0.0239	0.0306	0.0271
chr2L	2945300	2945618	chr2L:2945301-2945618	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0413	0.0439	0.0519	0.0269	0.0276	0.0485	0.0558	0.0533	0.0276	0.055	0.0579	0.055	0.0581	0.0268	0.0245	0.0268	0.0281
chr2L	2945750	2945929	chr2L:2945751-2945929	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0568	0.0628	0.0711	0.0344	0.0318	0.0748	0.0735	0.0906	0.0318	0.0743	0.0862	0.0743	0.0813	0.0375	0.0368	0.0375	0.0412
chr2L	2945987	2946180	chr2L:2945988-2946180	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0648	0.073	0.0813	0.0376	0.0308	0.0883	0.0891	0.1039	0.0308	0.0912	0.0939	0.0912	0.0914	0.0452	0.0464	0.0452	0.0391
chr2L	2954475	2954626	chr2L:2954476-2954626	FBgn0010263	Rbp9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0275	0.0373	0.0237	0.0206	0.0212	0.0354	0.058	0.044	0.0212	0.0205	0.0296	0.0205	0.0271	0.0214	0.0142	0.0214	0.0271
chr2L	2954747	2954898	chr2L:2954748-2954898	FBgn0010263	Rbp9	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0236	0.0263	0.0223	0.022	0.0138	0.0286	0.0381	0.028	0.0138	0.0199	0.0283	0.0199	0.0248	0.0214	0.0142	0.0214	0.0334
chr2L	2955721	2956157	chr2L:2955722-2956157	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0866	0.0626	0.0999	0.099	0.0223	0.0796	0.0766	0.0866	0.0223	0.1286	0.1039	0.1286	0.1286	0.1034	0.1122	0.1034	0.1433
chr2L	2956684	2956858	chr2L:2956685-2956858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0268	0.0207	0.0313	0.0285	0.0117	0.0252	0.0255	0.026	0.0117	0.0362	0.028	0.0362	0.0527	0.0383	0.0277	0.0383	0.0433
chr2L	2956968	2957318	chr2L:2956969-2957318	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0764	0.0748	0.0761	0.0785	0.0424	0.083	0.0822	0.1126	0.0424	0.0906	0.0791	0.0906	0.11	0.1026	0.0896	0.1026	0.1209
chr2L	2957429	2957580	chr2L:2957430-2957580	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0308	0.0243	0.0291	0.04	0.0117	0.0301	0.0346	0.0253	0.0117	0.029	0.0293	0.029	0.0465	0.0329	0.0458	0.0329	0.0714
chr2L	2957823	2958106	chr2L:2957824-2958106	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0351	0.0451	0.0634	0.018	0.0398	0.0433	0.0486	0.018	0.035	0.0595	0.035	0.0573	0.0444	0.0974	0.0444	0.099
chr2L	2958142	2958299	chr2L:2958143-2958299	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0294	0.0264	0.0246	0.0095	0.0301	0.0407	0.04	0.0095	0.0199	0.0373	0.0199	0.0232	0.0314	0.0329	0.0314	0.0214
chr2L	2958974	2959146	chr2L:2958975-2959146	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.028	0.0148	0.0203	0.0512	0.0074	0.0165	0.019	0.0193	0.0074	0.0272	0.0196	0.0272	0.0271	0.1685	0.0451	0.1685	0.0255
chr2L	2967041	2967222	chr2L:2967042-2967222	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0295	0.0454	0.0308	0.0103	0.0244	0.0485	0.0614	0.0613	0.0244	0.029	0.0347	0.029	0.0232	0.013	0.0077	0.013	0.0104
chr2L	2969585	2969769	chr2L:2969586-2969769	FBgn0024920	Ts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0983	0.1034	0.1148	0.0744	0.0573	0.1325	0.1055	0.1559	0.0573	0.1021	0.1428	0.1021	0.1177	0.0896	0.078	0.0896	0.0907
chr2L	2969893	2970044	chr2L:2969894-2970044	FBgn0024920	Ts	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.05	0.0499	0.0329	0.0159	0.0655	0.0545	0.07	0.0159	0.0453	0.0653	0.0453	0.0442	0.0375	0.038	0.0375	0.0448
chr2L	2972401	2972584	chr2L:2972402-2972584	FBgn0004584,FBgn0260639	Rrp1,gammaTub23C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1095	0.1782	0.1301	0.0636	0.168	0.083	0.1632	0.0636	0.2186	0.1846	0.2186	0.1789	0.1447	0.1296	0.1447	0.1569
chr2L	2972779	2972948	chr2L:2972780-2972948	FBgn0004584,FBgn0260639	Rrp1,gammaTub23C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1178	0.0856	0.1548	0.1132	0.0488	0.1175	0.0718	0.1372	0.0488	0.1969	0.1678	0.1969	0.1464	0.1256	0.1206	0.1256	0.136
chr2L	2976790	2976993	chr2L:2976791-2976993	FBgn0031483,FBgn0031484	CG3165,CG9641	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1098	0.0776	0.1529	0.0983	0.035	0.1136	0.0718	0.1093	0.035	0.2095	0.1701	0.2095	0.1332	0.1309	0.1103	0.1309	0.1006
chr2L	2977047	2977224	chr2L:2977048-2977224	FBgn0031483,FBgn0031484	CG3165,CG9641	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1499	0.1265	0.1958	0.1256	0.0732	0.1752	0.1172	0.1852	0.0732	0.2736	0.2148	0.2736	0.1766	0.1662	0.1199	0.1662	0.136
chr2L	2977559	2977710	chr2L:2977560-2977710	FBgn0031484	CG3165	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0444	0.0406	0.0574	0.0345	0.0159	0.0544	0.0471	0.0513	0.0159	0.0996	0.0572	0.0996	0.0465	0.0513	0.0322	0.0513	0.036
chr2L	2978803	2979125	chr2L:2978804-2979125	FBgn0031485	CG9643	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.1002	0.1264	0.073	0.0583	0.1107	0.1371	0.1206	0.0583	0.1649	0.1447	0.1649	0.1092	0.0911	0.0677	0.0911	0.0969
chr2L	2979207	2979402	chr2L:2979208-2979402	FBgn0031485	CG9643	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.1076	0.1387	0.0976	0.0827	0.1306	0.1211	0.1399	0.0827	0.1763	0.1576	0.1763	0.127	0.1103	0.1012	0.1103	0.1251
chr2L	2979650	2980060	chr2L:2979651-2980060	FBgn0031485	CG9643	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0856	0.099	0.0929	0.0627	0.0679	0.1	0.1324	0.1199	0.0679	0.096	0.1129	0.096	0.093	0.0681	0.0613	0.0681	0.0818
chr2L	2980226	2980377	chr2L:2980227-2980377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0355	0.0446	0.0409	0.0195	0.0244	0.0383	0.0727	0.0526	0.0244	0.0423	0.055	0.0423	0.0325	0.0123	0.02	0.0123	0.0255
chr2L	2987358	2987814	chr2L:2987359-2987814	FBgn0025109,FBgn0250786	Bem46,Chd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1974	0.1989	0.2249	0.1656	0.1559	0.2199	0.2439	0.2485	0.1559	0.2681	0.2412	0.2681	0.2363	0.1608	0.1844	0.1608	0.211
chr2L	2988017	2988207	chr2L:2988018-2988207	FBgn0025109,FBgn0250786	Bem46,Chd1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1429	0.1444	0.1631	0.1191	0.1198	0.1553	0.1765	0.1812	0.1198	0.2095	0.1836	0.2095	0.1479	0.0995	0.1431	0.0995	0.1464
chr2L	2988279	2988548	chr2L:2988280-2988548	FBgn0025109	Bem46	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0821	0.0864	0.0978	0.0602	0.0626	0.0777	0.1155	0.1106	0.0626	0.1202	0.1058	0.1202	0.0984	0.0582	0.0748	0.0582	0.0735
chr2L	2989066	2989297	chr2L:2989067-2989297	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0444	0.053	0.0467	0.0322	0.0318	0.0485	0.0761	0.0653	0.0318	0.0525	0.0421	0.0525	0.0937	0.0436	0.0174	0.0436	0.0589
chr2L	2992438	2992589	chr2L:2992439-2992589	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0461	0.0441	0.0613	0.0316	0.0286	0.0413	0.0623	0.056	0.0286	0.0779	0.0669	0.0779	0.0442	0.0368	0.0309	0.0368	0.0354
chr2L	2992695	2993096	chr2L:2992696-2993096	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1849	0.2303	0.1636	0.141	0.2024	0.2262	0.2378	0.141	0.2699	0.2695	0.2699	0.2084	0.1822	0.1825	0.1822	0.1939
chr2L	2993116	2993283	chr2L:2993117-2993283	FBgn0002989,FBgn0025681	CG3558,okr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0849	0.0824	0.099	0.0724	0.0668	0.0801	0.1021	0.1186	0.0668	0.0966	0.1286	0.0966	0.0945	0.0896	0.0851	0.0896	0.0803
chr2L	2993321	2993509	chr2L:2993322-2993509	FBgn0025681	CG3558	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1076	0.1163	0.117	0.0877	0.1029	0.0942	0.1492	0.1719	0.1029	0.1008	0.1637	0.1008	0.1224	0.1049	0.1264	0.1049	0.0964
chr2L	2993607	2993758	chr2L:2993608-2993758	distal	distal	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0321	0.0303	0.0336	0.0323	0.0159	0.0252	0.0471	0.038	0.0159	0.0266	0.0405	0.0266	0.0534	0.0176	0.0309	0.0176	0.0709
chr2L	2998826	2999013	chr2L:2998827-2999013	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0729	0.085	0.059	0.053	0.0709	0.0965	0.0939	0.053	0.1099	0.1	0.1099	0.086	0.0835	0.0716	0.0835	0.0787
chr2L	2999149	2999351	chr2L:2999150-2999351	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1928	0.2058	0.2291	0.1384	0.1622	0.2267	0.2548	0.2518	0.1622	0.288	0.264	0.288	0.2285	0.1799	0.1844	0.1799	0.1829
chr2L	2999443	2999687	chr2L:2999444-2999687	FBgn0031488	CG17265	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.109	0.141	0.1197	0.0617	0.1145	0.1345	0.1955	0.1672	0.1145	0.1443	0.1402	0.1443	0.1007	0.0643	0.0767	0.0643	0.0776
chr2L	2999745	2999950	chr2L:2999746-2999950	FBgn0031488	CG17265	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.106	0.1577	0.1086	0.0453	0.1304	0.1505	0.2076	0.1992	0.1304	0.1238	0.1215	0.1238	0.0953	0.0475	0.0464	0.0475	0.0438
chr2L	3000253	3000495	chr2L:3000254-3000495	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.1434	0.1063	0.0322	0.1209	0.1117	0.1894	0.2205	0.1209	0.0616	0.1871	0.0616	0.048	0.0184	0.0845	0.0184	0.0172
chr2L	3000600	3000925	chr2L:3000601-3000925	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1319	0.1914	0.1435	0.0528	0.1792	0.1252	0.2781	0.2712	0.1792	0.0845	0.2585	0.0845	0.0674	0.0268	0.156	0.0268	0.0219
chr2L	3001414	3001565	chr2L:3001415-3001565	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0227	0.0229	0.0251	0.0198	0.0138	0.0199	0.0329	0.0306	0.0138	0.0163	0.0424	0.0163	0.0147	0.01	0.0632	0.01	0.0078
chr2L	3004065	3004216	chr2L:3004066-3004216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0171	0.0137	0.0179	0.0199	0.0074	0.0141	0.016	0.0227	0.0074	0.0145	0.0305	0.0145	0.0093	0.0038	0.0677	0.0038	0.0089
chr2L	3005166	3005317	chr2L:3005167-3005317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0251	0.0312	0.0279	0.0153	0.0244	0.0233	0.0398	0.0506	0.0244	0.0175	0.0505	0.0175	0.0085	0.0061	0.0387	0.0061	0.0115
chr2L	3005595	3005850	chr2L:3005596-3005850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0653	0.1081	0.0598	0.0237	0.1188	0.0641	0.151	0.1579	0.1188	0.032	0.108	0.032	0.0263	0.0084	0.0567	0.0084	0.0208
chr2L	3006107	3006263	chr2L:3006108-3006263	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0293	0.0311	0.021	0.0138	0.0316	0.0368	0.0453	0.0138	0.0272	0.0495	0.0272	0.0163	0.0191	0.049	0.0191	0.0172
chr2L	3007042	3007262	chr2L:3007043-3007262	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0376	0.0771	0.0188	0.0141	0.0806	0.051	0.1194	0.0926	0.0806	0.0097	0.0322	0.0097	0.0139	0.0054	0.0426	0.0054	0.0068
chr2L	3008047	3008278	chr2L:3008048-3008278	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0278	0.029	0.036	0.0174	0.0095	0.0306	0.0346	0.0493	0.0095	0.0115	0.0717	0.0115	0.0132	0.0023	0.0632	0.0023	0.0036
chr2L	3018249	3018448	chr2L:3018250-3018448	FBgn0031489,FBgn0031490	CG17224,CG17264	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1047	0.1033	0.119	0.0904	0.0986	0.1248	0.1211	0.1153	0.0986	0.1347	0.128	0.1347	0.1696	0.1585	0.0845	0.1585	0.1386
chr2L	3023087	3023267	chr2L:3023088-3023267	FBgn0031491,FBgn0031492	CG3542,alpha4GT1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1318	0.1262	0.1619	0.1049	0.0954	0.1476	0.1484	0.1632	0.0954	0.1938	0.1733	0.1938	0.1743	0.1072	0.1103	0.1072	0.1146
chr2L	3023399	3023550	chr2L:3023400-3023550	FBgn0031491,FBgn0031492	CG3542,alpha4GT1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0473	0.0413	0.0605	0.0395	0.0233	0.0466	0.0558	0.048	0.0233	0.0797	0.0598	0.0797	0.0674	0.049	0.0406	0.049	0.0448
chr2L	3026132	3026283	chr2L:3026133-3026283	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.035	0.0466	0.0393	0.0174	0.0308	0.0461	0.0644	0.052	0.0308	0.0477	0.0424	0.0477	0.0364	0.0199	0.0181	0.0199	0.0208
chr2L	3026381	3026678	chr2L:3026382-3026678	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0707	0.0529	0.0238	0.0477	0.067	0.0956	0.0933	0.0477	0.064	0.0621	0.064	0.048	0.0299	0.0226	0.0299	0.0313
chr2L	3028856	3029015	chr2L:3028857-3029015	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0613	0.058	0.0731	0.0521	0.0392	0.0607	0.0809	0.0693	0.0392	0.0888	0.0775	0.0888	0.0682	0.0559	0.0464	0.0559	0.0776
chr2L	3029135	3029310	chr2L:3029136-3029310	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.136	0.127	0.1664	0.1127	0.0838	0.1456	0.1548	0.1572	0.0838	0.2114	0.1785	0.2114	0.1572	0.1179	0.1173	0.1179	0.1407
chr2L	3029435	3029755	chr2L:3029436-3029755	FBgn0031493,FBgn0031494	CG17219,CG3605	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0804	0.0836	0.0996	0.0558	0.0498	0.0893	0.1146	0.0986	0.0498	0.1528	0.0965	0.1528	0.0806	0.0513	0.0548	0.0513	0.0683
chr2L	3029808	3029959	chr2L:3029809-3029959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.037	0.042	0.0461	0.0214	0.0191	0.0408	0.058	0.0566	0.0191	0.0556	0.0482	0.0556	0.0411	0.0184	0.0148	0.0184	0.0261
chr2L	3030089	3030293	chr2L:3030090-3030293	FBgn0031495	GABPI	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0639	0.057	0.082	0.0518	0.0414	0.0583	0.0705	0.0753	0.0414	0.093	0.0865	0.093	0.0891	0.0436	0.0419	0.0436	0.0636
chr2L	3030420	3030593	chr2L:3030421-3030593	FBgn0031495	GABPI	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1229	0.1572	0.1142	0.0795	0.1417	0.1471	0.1592	0.0795	0.1896	0.1669	0.1896	0.1704	0.1126	0.1122	0.1126	0.1423
chr2L	3030672	3030844	chr2L:3030673-3030844	FBgn0031495	GABPI	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.053	0.0495	0.0654	0.0434	0.0339	0.0563	0.0584	0.0686	0.0339	0.0882	0.0605	0.0882	0.0883	0.0406	0.0464	0.0406	0.0651
chr2L	3037165	3037359	chr2L:3037166-3037359	FBgn0031497,FBgn0031498	CG17259,CG17260	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1142	0.0779	0.1451	0.1209	0.0467	0.0995	0.0813	0.1073	0.0467	0.1667	0.1714	0.1667	0.1518	0.121	0.1341	0.121	0.1391
chr2L	3037432	3037601	chr2L:3037433-3037601	FBgn0031497,FBgn0031498	CG17259,CG17260	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0922	0.1576	0.1331	0.0636	0.1126	0.096	0.1286	0.0636	0.1769	0.1859	0.1769	0.158	0.1409	0.1457	0.1409	0.1496
chr2L	3039333	3039492	chr2L:3039334-3039492	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.035	0.0557	0.0341	0.0201	0.0393	0.0407	0.054	0.0201	0.07	0.0566	0.07	0.0511	0.0375	0.0277	0.0375	0.0485
chr2L	3039503	3039706	chr2L:3039504-3039706	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0661	0.0553	0.0862	0.0563	0.0286	0.0714	0.0675	0.07	0.0286	0.1027	0.0868	0.1027	0.0837	0.0605	0.0567	0.0605	0.0641
chr2L	3039780	3039965	chr2L:3039781-3039965	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.1092	0.1588	0.1186	0.0626	0.1432	0.1168	0.1512	0.0626	0.192	0.1695	0.192	0.1534	0.1225	0.1225	0.1225	0.1303
chr2L	3039976	3040198	chr2L:3039977-3040198	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.1138	0.1444	0.1079	0.0732	0.1374	0.1293	0.1532	0.0732	0.1667	0.1572	0.1667	0.1549	0.111	0.1025	0.111	0.1287
chr2L	3040273	3040458	chr2L:3040274-3040458	FBgn0031500,FBgn0243513	CG17221,cnir	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0533	0.0459	0.0669	0.0468	0.0286	0.0505	0.0584	0.0553	0.0286	0.0707	0.0678	0.0707	0.0852	0.0436	0.0458	0.0436	0.0552
chr2L	3041922	3042129	chr2L:3041923-3042129	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0362	0.0275	0.032	0.0504	0.0117	0.0257	0.0476	0.024	0.0117	0.026	0.0209	0.026	0.086	0.0191	0.0206	0.0191	0.1391
chr2L	3044757	3044908	chr2L:3044758-3044908	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0172	0.0135	0.0174	0.0213	0.0064	0.015	0.0208	0.014	0.0064	0.0115	0.0145	0.0115	0.0418	0.0084	0.0084	0.0084	0.0578
chr2L	3045103	3045269	chr2L:3045104-3045269	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0225	0.0196	0.0237	0.0244	0.0032	0.0228	0.029	0.022	0.0032	0.0139	0.0232	0.0139	0.0627	0.0153	0.0097	0.0153	0.0599
chr2L	3046614	3046915	chr2L:3046615-3046915	FBgn0263847	CR43708	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0536	0.0576	0.0655	0.0362	0.0297	0.0631	0.0597	0.0993	0.0297	0.0658	0.054	0.0658	0.1255	0.0459	0.0232	0.0459	0.0709
chr2L	3048571	3048899	chr2L:3048572-3048899	FBgn0003934	snRNA:U5:23D	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.1609	0.0499	0.0125	0.1601	0.1141	0.2037	0.2525	0.1601	0.0248	0.0646	0.0248	0.0682	0.013	0.02	0.013	0.0115
chr2L	3049243	3049394	chr2L:3049244-3049394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0179	0.031	0.0136	0.0079	0.0297	0.0214	0.0467	0.0393	0.0297	0.0127	0.0161	0.0127	0.0124	0.0061	0.0103	0.0061	0.0115
chr2L	3055232	3055383	chr2L:3055233-3055383	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0149	0.0218	0.0156	0.0064	0.0085	0.0199	0.0411	0.0187	0.0085	0.0133	0.0183	0.0133	0.0186	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	3055514	3055665	chr2L:3055515-3055665	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0179	0.0249	0.0165	0.0117	0.0138	0.0146	0.0476	0.028	0.0138	0.0199	0.0145	0.0199	0.0232	0.0084	0.0174	0.0084	0.0177
chr2L	3055889	3056110	chr2L:3055890-3056110	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.04	0.0405	0.0296	0.0508	0.0339	0.0277	0.0597	0.056	0.0339	0.0163	0.0305	0.0163	0.0457	0.0153	0.0896	0.0153	0.0646
chr2L	3056428	3056650	chr2L:3056429-3056650	FBgn0027571	CG3523	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0466	0.026	0.0331	0.0844	0.0127	0.0218	0.0437	0.0266	0.0127	0.0175	0.0322	0.0175	0.055	0.0467	0.1296	0.0467	0.0865
chr2L	3056827	3057005	chr2L:3056828-3057005	FBgn0027571	CG3523	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0307	0.0318	0.0307	0.0294	0.0117	0.0383	0.0398	0.042	0.0117	0.038	0.0305	0.038	0.024	0.0084	0.0187	0.0084	0.0193
chr2L	3057936	3058343	chr2L:3057937-3058343	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.0241	0.0445	0.0553	0.0095	0.032	0.0363	0.0193	0.0095	0.0278	0.0264	0.0278	0.1565	0.0207	0.0303	0.0207	0.1464
chr2L	3058538	3058751	chr2L:3058539-3058751	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.015	0.0354	0.0518	0.0064	0.017	0.0212	0.0147	0.0064	0.0266	0.0203	0.0266	0.1177	0.0406	0.0348	0.0406	0.1214
chr2L	3059121	3059376	chr2L:3059122-3059376	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0522	0.0351	0.0362	0.089	0.0148	0.0325	0.0532	0.0413	0.0148	0.0248	0.0354	0.0248	0.0658	0.0528	0.0909	0.0528	0.1172
chr2L	3069943	3070094	chr2L:3069944-3070094	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0189	0.0409	0.0095	0.0047	0.0456	0.0121	0.058	0.0746	0.0456	0.0103	0.0113	0.0103	0.007	0.0023	0.0084	0.0023	0.0047
chr2L	3070257	3070408	chr2L:3070258-3070408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0456	0.0115	0.0084	0.0477	0.0141	0.0722	0.0713	0.0477	0.0133	0.0119	0.0133	0.0108	0.0023	0.0129	0.0023	0.0125
chr2L	3070502	3070653	chr2L:3070503-3070653	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0239	0.0489	0.0118	0.0093	0.0424	0.0204	0.0826	0.068	0.0424	0.0115	0.0164	0.0115	0.0085	0.0061	0.0129	0.0061	0.0135
chr2L	3070900	3071308	chr2L:3070901-3071308	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.041	0.0884	0.0197	0.0114	0.0944	0.0417	0.1397	0.1146	0.0944	0.0175	0.0232	0.0175	0.0186	0.0023	0.0123	0.0023	0.0141
chr2L	3071540	3071691	chr2L:3071541-3071691	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0345	0.0783	0.0142	0.0079	0.1029	0.0306	0.1285	0.0906	0.1029	0.0121	0.017	0.0121	0.0124	0.0031	0.0161	0.0031	0.0047
chr2L	3071870	3072067	chr2L:3071871-3072067	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0616	0.1473	0.0193	0.0121	0.21	0.0699	0.2465	0.1486	0.21	0.0181	0.0296	0.0181	0.0108	0.0077	0.0232	0.0077	0.0109
chr2L	3072268	3072493	chr2L:3072269-3072493	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0904	0.2246	0.0254	0.012	0.2768	0.1155	0.3421	0.2911	0.2768	0.0157	0.0392	0.0157	0.0194	0.0145	0.0174	0.0145	0.012
chr2L	3078417	3078614	chr2L:3078418-3078614	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0248	0.0567	0.0099	0.0056	0.0488	0.0286	0.1025	0.0653	0.0488	0.0091	0.0141	0.0091	0.0077	0.0015	0.0097	0.0015	0.0063
chr2L	3078800	3079049	chr2L:3078801-3079049	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.0689	0.0142	0.0086	0.0647	0.0524	0.1064	0.074	0.0647	0.0103	0.0196	0.0103	0.0163	0.0084	0.0135	0.0084	0.0052
chr2L	3079538	3079689	chr2L:3079539-3079689	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0486	0.0157	0.0077	0.0403	0.018	0.083	0.0753	0.0403	0.0175	0.0196	0.0175	0.0108	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	3079748	3079934	chr2L:3079749-3079934	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0279	0.0621	0.0124	0.0067	0.071	0.0228	0.1272	0.0466	0.071	0.0109	0.0167	0.0109	0.0077	0.0061	0.0071	0.0061	0.0094
chr2L	3080275	3080426	chr2L:3080276-3080426	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0235	0.0451	0.0171	0.0064	0.0403	0.0218	0.0774	0.054	0.0403	0.0193	0.019	0.0193	0.0155	0.0046	0.0058	0.0046	0.0073
chr2L	3080452	3080688	chr2L:3080453-3080688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0382	0.074	0.0296	0.0077	0.052	0.0427	0.1185	0.1039	0.052	0.0374	0.0347	0.0374	0.0217	0.0077	0.0077	0.0077	0.0094
chr2L	3082910	3083163	chr2L:3082911-3083163	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0422	0.0955	0.014	0.0138	0.0965	0.0646	0.1207	0.1566	0.0965	0.0109	0.0177	0.0109	0.0108	0.0069	0.0148	0.0069	0.0068
chr2L	3083620	3083829	chr2L:3083621-3083829	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0439	0.0971	0.0188	0.0121	0.0562	0.0879	0.0952	0.1932	0.0562	0.0205	0.0206	0.0205	0.017	0.0084	0.0168	0.0084	0.0104
chr2L	3086436	3086587	chr2L:3086437-3086587	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0134	0.0091	0.0115	0.0203	0.0021	0.0073	0.0156	0.0093	0.0021	0.0151	0.0103	0.0151	0.0178	0.0291	0.0148	0.0291	0.0365
chr2L	3088372	3088523	chr2L:3088373-3088523	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0135	0.0103	0.0343	0.0053	0.0131	0.0229	0.0147	0.0053	0.0072	0.0106	0.0072	0.0132	0.0184	0.0097	0.0184	0.0089
chr2L	3090036	3090187	chr2L:3090037-3090187	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0099	0.0096	0.0081	0.0121	0.0042	0.0112	0.0156	0.006	0.0042	0.0066	0.0122	0.0066	0.0039	0.0084	0.0077	0.0084	0.0047
chr2L	3090340	3090491	chr2L:3090341-3090491	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0165	0.0116	0.0138	0.0249	0.0011	0.0141	0.0182	0.0113	0.0011	0.0097	0.0161	0.0097	0.0124	0.0138	0.0129	0.0138	0.0109
chr2L	3094364	3094515	chr2L:3094365-3094515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0286	0.0231	0.0339	0.029	0.0117	0.0262	0.0281	0.0306	0.0117	0.0338	0.046	0.0338	0.0395	0.0314	0.0496	0.0314	0.036
chr2L	3094602	3094753	chr2L:3094603-3094753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0214	0.0206	0.0256	0.0177	0.0095	0.0189	0.0324	0.0247	0.0095	0.0193	0.0379	0.0193	0.0318	0.013	0.0329	0.013	0.0219
chr2L	3095020	3095337	chr2L:3095021-3095337	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1056	0.0765	0.1279	0.1135	0.0276	0.0757	0.0995	0.1153	0.0276	0.1262	0.1727	0.1262	0.1464	0.1478	0.1618	0.1478	0.149
chr2L	3100783	3100934	chr2L:3100784-3100934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0148	0.014	0.0132	0.0175	0.0074	0.0092	0.0221	0.0207	0.0074	0.0157	0.0138	0.0157	0.0178	0.049	0.0155	0.049	0.0104
chr2L	3101106	3101257	chr2L:3101107-3101257	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0214	0.0133	0.0173	0.0348	0.0032	0.0136	0.019	0.016	0.0032	0.029	0.0125	0.029	0.024	0.1133	0.0245	0.1133	0.0167
chr2L	3106373	3106549	chr2L:3106374-3106549	distal	distal	stage14	stage14	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0116	0.0246	0.0299	0.0011	0.0136	0.0156	0.018	0.0011	0.0187	0.0412	0.0187	0.0155	0.023	0.0722	0.023	0.0208
chr2L	3106585	3106736	chr2L:3106586-3106736	distal	distal	stage14	stage14	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.011	0.0175	0.0196	0.0011	0.0112	0.016	0.0173	0.0011	0.0157	0.0277	0.0157	0.0108	0.0092	0.0522	0.0092	0.0104
chr2L	3107220	3107371	chr2L:3107221-3107371	distal	distal	none	none	VT1593.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0126	0.0071	0.0127	0.0187	0.0053	0.0049	0.0117	0.0093	0.0053	0.0066	0.0193	0.0066	0.0139	0.0092	0.0516	0.0092	0.0068
chr2L	3107640	3107791	chr2L:3107641-3107791	distal	distal	none	none	VT1593.1,VT1594.1	VT1593.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.01	0.0162	0.0281	0.0042	0.0068	0.0186	0.01	0.0042	0.0121	0.0244	0.0121	0.0163	0.0138	0.0845	0.0138	0.0141
chr2L	3108068	3108292	chr2L:3108069-3108292	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.082	0.0401	0.09	0.12	0.018	0.0524	0.0493	0.0513	0.018	0.0676	0.1177	0.0676	0.1301	0.1455	0.2141	0.1455	0.1407
chr2L	3108293	3108568	chr2L:3108294-3108568	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.129	0.0889	0.1542	0.1462	0.0467	0.1097	0.1042	0.1159	0.0467	0.1594	0.1823	0.1594	0.2045	0.1516	0.2153	0.1516	0.2027
chr2L	3116131	3116282	chr2L:3116132-3116282	distal	distal	none	none	VT1598.1	VT1598.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0135	0.0112	0.0102	0.0196	0.0053	0.0083	0.0225	0.01	0.0053	0.0157	0.0087	0.0157	0.0178	0.0613	0.0097	0.0613	0.0125
chr2L	3121885	3122036	chr2L:3121886-3122036	distal	distal	none	none	VT1601.1	VT1601.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0085	0.0197	0.0163	0.0032	0.0112	0.0099	0.0107	0.0032	0.0091	0.0138	0.0091	0.0666	0.0107	0.0174	0.0107	0.0287
chr2L	3122277	3122428	chr2L:3122278-3122428	distal	distal	none	none	VT1601.1	VT1601.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0149	0.0128	0.0136	0.0187	0.0053	0.0107	0.0216	0.0153	0.0053	0.0109	0.0138	0.0109	0.0248	0.0077	0.0322	0.0077	0.024
chr2L	3123641	3123831	chr2L:3123642-3123831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0133	0.0096	0.0129	0.0178	0.0032	0.0126	0.0138	0.0093	0.0032	0.0097	0.0106	0.0097	0.0349	0.0115	0.011	0.0115	0.0406
chr2L	3124739	3124918	chr2L:3124740-3124918	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0243	0.0072	0.0156	0.0529	0.0021	0.0112	0.0121	0.0027	0.0021	0.0115	0.0167	0.0115	0.0287	0.0513	0.0458	0.0513	0.1136
chr2L	3128227	3128488	chr2L:3128228-3128488	FBgn0031504	CG15403	none	none	VT1603.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0229	0.0168	0.0206	0.0323	0.0106	0.0136	0.0307	0.016	0.0106	0.0223	0.0164	0.0223	0.0124	0.0061	0.0123	0.0061	0.0156
chr2L	3130558	3130778	chr2L:3130559-3130778	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0263	0.0177	0.0296	0.0322	0.0074	0.0228	0.0225	0.0207	0.0074	0.0525	0.0141	0.0525	0.0155	0.013	0.0161	0.013	0.0135
chr2L	3131520	3131671	chr2L:3131521-3131671	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0241	0.0189	0.0302	0.0231	0.0148	0.016	0.0255	0.026	0.0148	0.0417	0.0309	0.0417	0.0225	0.0138	0.0213	0.0138	0.0198
chr2L	3131764	3131965	chr2L:3131765-3131965	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0674	0.0557	0.0895	0.0561	0.0286	0.066	0.064	0.0779	0.0286	0.1431	0.0881	0.1431	0.0906	0.0582	0.0477	0.0582	0.0787
chr2L	3132306	3132457	chr2L:3132307-3132457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0171	0.0241	0.0139	0.0085	0.0189	0.0225	0.02	0.0085	0.0429	0.0206	0.0429	0.031	0.0107	0.0097	0.0107	0.0203
chr2L	3144091	3144242	chr2L:3144092-3144242	FBgn0015600	toc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0146	0.0123	0.0117	0.0203	0.0053	0.0102	0.019	0.016	0.0053	0.0115	0.0129	0.0115	0.0124	0.0077	0.0084	0.0077	0.0156
chr2L	3144809	3144988	chr2L:3144810-3144988	FBgn0015600	toc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1092	0.0845	0.1273	0.1171	0.0498	0.0976	0.1051	0.1066	0.0498	0.1449	0.1392	0.1449	0.1418	0.108	0.109	0.108	0.135
chr2L	3145110	3145503	chr2L:3145111-3145503	FBgn0015600,FBgn0031505	CG12400,toc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1144	0.0899	0.1396	0.1142	0.0456	0.0985	0.1133	0.1233	0.0456	0.1679	0.1553	0.1679	0.1448	0.1187	0.1109	0.1187	0.1475
chr2L	3145642	3145819	chr2L:3145643-3145819	FBgn0031505	CG12400	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.0937	0.1418	0.1131	0.0573	0.1107	0.109	0.1272	0.0573	0.1703	0.1514	0.1703	0.1518	0.1309	0.1083	0.1309	0.1501
chr2L	3149072	3149306	chr2L:3149073-3149306	distal	distal	stage11	stage11	VT1615.1	VT1615.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0401	0.0228	0.0478	0.0508	0.0064	0.0296	0.0303	0.0286	0.0064	0.029	0.0257	0.029	0.1108	0.026	0.0239	0.026	0.1068
chr2L	3151126	3151277	chr2L:3151127-3151277	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.027	0.0196	0.0387	0.0226	0.0021	0.0286	0.0281	0.018	0.0021	0.0326	0.027	0.0326	0.1115	0.0222	0.0142	0.0222	0.0427
chr2L	3152071	3152431	chr2L:3152072-3152431	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0663	0.0447	0.085	0.0699	0.0148	0.0689	0.0532	0.044	0.0148	0.1039	0.0508	0.1039	0.2332	0.1516	0.0271	0.1516	0.1146
chr2L	3152743	3152935	chr2L:3152744-3152935	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.07	0.058	0.0817	0.0707	0.035	0.0728	0.0675	0.0706	0.035	0.1165	0.0582	0.1165	0.1712	0.147	0.0355	0.147	0.111
chr2L	3153140	3153346	chr2L:3153141-3153346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0617	0.0293	0.0736	0.0848	0.0074	0.0529	0.0311	0.026	0.0074	0.1111	0.0489	0.1111	0.1518	0.1891	0.0335	0.1891	0.1318
chr2L	3153436	3153679	chr2L:3153437-3153679	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0569	0.0247	0.0627	0.0865	0.0053	0.0413	0.0277	0.0227	0.0053	0.09	0.036	0.09	0.134	0.1868	0.0251	0.1868	0.135
chr2L	3158115	3158290	chr2L:3158116-3158290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0579	0.0516	0.059	0.0636	0.0255	0.0631	0.064	0.064	0.0255	0.0845	0.045	0.0845	0.1177	0.0865	0.0251	0.0865	0.1397
chr2L	3158408	3158570	chr2L:3158409-3158570	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0618	0.0496	0.0704	0.0659	0.0233	0.0689	0.0558	0.0573	0.0233	0.1063	0.0486	0.1063	0.1348	0.085	0.0316	0.085	0.1402
chr2L	3158641	3158858	chr2L:3158642-3158858	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1119	0.1322	0.1019	0.0604	0.1379	0.1293	0.1486	0.0604	0.1836	0.1277	0.1836	0.1766	0.124	0.0735	0.124	0.1735
chr2L	3158859	3159038	chr2L:3158860-3159038	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0903	0.0783	0.1135	0.0783	0.0361	0.1087	0.0731	0.1186	0.0361	0.1697	0.1222	0.1697	0.1077	0.1133	0.0767	0.1133	0.1027
chr2L	3159205	3159425	chr2L:3159206-3159425	FBgn0011648	Mad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1848	0.1619	0.2105	0.1821	0.1135	0.2073	0.1743	0.2079	0.1135	0.2772	0.2283	0.2772	0.2053	0.2458	0.1831	0.2458	0.2163
chr2L	3159541	3159712	chr2L:3159542-3159712	FBgn0011648,FBgn0260817	Mad,gkt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1278	0.1155	0.1461	0.1216	0.088	0.1374	0.1354	0.1426	0.088	0.1775	0.1569	0.1775	0.1557	0.1401	0.1315	0.1401	0.1381
chr2L	3163607	3163789	chr2L:3163608-3163789	FBgn0014906	Hydr2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.07	0.0643	0.0907	0.0538	0.0477	0.0772	0.0714	0.0846	0.0477	0.1232	0.0913	0.1232	0.0991	0.0636	0.0438	0.0636	0.0745
chr2L	3163873	3164416	chr2L:3163874-3164416	FBgn0014906	Hydr2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0848	0.0909	0.1009	0.0604	0.0647	0.0966	0.1168	0.1213	0.0647	0.1208	0.1141	0.1208	0.1154	0.0613	0.0535	0.0613	0.0881
chr2L	3164586	3164871	chr2L:3164587-3164871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0529	0.0573	0.0589	0.0415	0.0286	0.0646	0.0783	0.0713	0.0286	0.0604	0.0723	0.0604	0.0674	0.0391	0.0277	0.0391	0.0761
chr2L	3165417	3165619	chr2L:3165418-3165619	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0642	0.0627	0.0876	0.0404	0.0318	0.0544	0.0627	0.1319	0.0318	0.0278	0.1762	0.0278	0.0434	0.0107	0.1128	0.0107	0.0261
chr2L	3165834	3166002	chr2L:3165835-3166002	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0356	0.0376	0.0435	0.0246	0.0244	0.0383	0.045	0.0573	0.0244	0.035	0.0698	0.035	0.0349	0.0168	0.0561	0.0168	0.0261
chr2L	3169537	3169710	chr2L:3169538-3169710	FBgn0011985	tRNA:S7:23Eb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.086	0.0904	0.0994	0.0664	0.0668	0.0956	0.112	0.1139	0.0668	0.1039	0.1206	0.1039	0.0976	0.0704	0.0683	0.0704	0.1027
chr2L	3170577	3170728	chr2L:3170578-3170728	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0558	0.0518	0.0248	0.0371	0.0694	0.0722	0.062	0.0371	0.0664	0.0624	0.0664	0.0395	0.0207	0.0226	0.0207	0.0281
chr2L	3170732	3170937	chr2L:3170733-3170937	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0664	0.0773	0.0788	0.0405	0.0541	0.1034	0.0839	0.0933	0.0541	0.1002	0.0952	0.1002	0.0596	0.0375	0.0342	0.0375	0.0537
chr2L	3171038	3171217	chr2L:3171039-3171217	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1269	0.1322	0.1476	0.0982	0.1029	0.1553	0.1479	0.1739	0.1029	0.1775	0.1707	0.1775	0.1294	0.1103	0.0935	0.1103	0.124
chr2L	3171319	3171513	chr2L:3171320-3171513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0695	0.0743	0.0859	0.0462	0.0498	0.085	0.0934	0.0853	0.0498	0.1081	0.1023	0.1081	0.072	0.0528	0.0503	0.0528	0.0578
chr2L	3171537	3171688	chr2L:3171538-3171688	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0507	0.0537	0.0285	0.0392	0.0578	0.0644	0.056	0.0392	0.0694	0.0624	0.0694	0.0434	0.036	0.0264	0.036	0.0328
chr2L	3172444	3172674	chr2L:3172445-3172674	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.08	0.1044	0.0582	0.0509	0.0869	0.099	0.1026	0.0509	0.1383	0.1158	0.1383	0.0937	0.0528	0.0671	0.0528	0.074
chr2L	3172764	3172946	chr2L:3172765-3172946	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1582	0.1503	0.1832	0.1394	0.122	0.1728	0.1683	0.1952	0.122	0.2331	0.2026	0.2331	0.1619	0.1562	0.1393	0.1562	0.1589
chr2L	3172995	3173190	chr2L:3172996-3173190	FBgn0011984,FBgn0085435	CG34406,tRNA:S7:23Ea	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2215	0.213	0.2543	0.195	0.176	0.249	0.2392	0.2692	0.176	0.3019	0.2862	0.3019	0.2494	0.232	0.1844	0.232	0.2355
chr2L	3199665	3199835	chr2L:3199666-3199835	FBgn0085422	CG34393	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0283	0.0408	0.0325	0.0099	0.0212	0.0417	0.0454	0.0686	0.0212	0.0598	0.0331	0.0598	0.0101	0.0015	0.0032	0.0015	0.0021
chr2L	3265715	3265885	chr2L:3265716-3265885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0433	0.0465	0.057	0.0248	0.0212	0.05	0.0536	0.0713	0.0212	0.0791	0.0617	0.0791	0.0457	0.0207	0.0193	0.0207	0.0188
chr2L	3280560	3280792	chr2L:3280561-3280792	FBgn0031514	CG3332	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0145	0.0131	0.0154	0.0152	0.0032	0.0097	0.0264	0.0087	0.0032	0.0133	0.0135	0.0133	0.0372	0.0077	0.0123	0.0077	0.0339
chr2L	3293782	3293948	chr2L:3293783-3293948	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0345	0.0194	0.0379	0.0476	0.0074	0.0257	0.0208	0.0273	0.0074	0.0344	0.0437	0.0344	0.0658	0.0291	0.0509	0.0291	0.0995
chr2L	3294093	3294251	chr2L:3294094-3294251	FBgn0031515	CG9664	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0301	0.0166	0.0329	0.0422	0.0032	0.0199	0.0182	0.0273	0.0032	0.032	0.0312	0.032	0.0736	0.0199	0.0419	0.0199	0.0959
chr2L	3294655	3294845	chr2L:3294656-3294845	FBgn0031515	CG9664	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0415	0.031	0.0444	0.0501	0.0201	0.0393	0.0329	0.0453	0.0201	0.0405	0.0453	0.0405	0.0868	0.0253	0.049	0.0253	0.1214
chr2L	3295858	3296009	chr2L:3295859-3296009	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.0147	0.0221	0.0153	0.0042	0.0175	0.019	0.0187	0.0042	0.0242	0.0093	0.0242	0.0666	0.01	0.0064	0.01	0.0365
chr2L	3298083	3298249	chr2L:3298084-3298249	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.025	0.0152	0.031	0.0292	0.0011	0.0223	0.0208	0.0167	0.0011	0.0296	0.0219	0.0296	0.086	0.0084	0.0123	0.0084	0.0813
chr2L	3298309	3298460	chr2L:3298310-3298460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0262	0.0155	0.0332	0.0304	0.0053	0.0262	0.0169	0.0133	0.0053	0.0326	0.0219	0.0326	0.096	0.013	0.011	0.013	0.0818
chr2L	3299340	3299503	chr2L:3299341-3299503	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.034	0.0217	0.0405	0.0405	0.0042	0.0335	0.0264	0.0193	0.0042	0.0302	0.0331	0.0302	0.1123	0.0153	0.0116	0.0153	0.1209
chr2L	3299763	3299918	chr2L:3299764-3299918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0421	0.0275	0.0548	0.0444	0.0095	0.0485	0.0272	0.024	0.0095	0.0465	0.0344	0.0465	0.1673	0.0184	0.0161	0.0184	0.1266
chr2L	3302048	3302355	chr2L:3302049-3302355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1707	0.1011	0.2242	0.1898	0.0223	0.1767	0.0593	0.1712	0.0223	0.3514	0.237	0.3514	0.2091	0.2611	0.2025	0.2611	0.2486
chr2L	3302482	3302633	chr2L:3302483-3302633	FBgn0031516	CG9663	none	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0724	0.0425	0.1013	0.0741	0.0085	0.082	0.0247	0.066	0.0085	0.157	0.1003	0.157	0.11	0.098	0.0793	0.098	0.0985
chr2L	3302641	3302869	chr2L:3302642-3302869	FBgn0031516	CG9663	stage11,stage14	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1037	0.0568	0.142	0.1141	0.018	0.1029	0.0337	0.0893	0.018	0.1854	0.1563	0.1854	0.1689	0.1294	0.1115	0.1294	0.1787
chr2L	3303064	3303465	chr2L:3303065-3303465	FBgn0031516	CG9663	stage11,stage14,stage5	none	CG9663_intronicCRM	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2642	0.1746	0.3473	0.2729	0.0573	0.3024	0.0913	0.2991	0.0573	0.4535	0.39	0.4535	0.3153	0.2933	0.2721	0.2933	0.3163
chr2L	3303572	3303784	chr2L:3303573-3303784	FBgn0031516,FBgn0031518	CG3277,CG9663	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1314	0.0955	0.169	0.1303	0.0477	0.1476	0.0731	0.1432	0.0477	0.1999	0.1977	0.1999	0.1518	0.1302	0.1302	0.1302	0.1563
chr2L	3308215	3308375	chr2L:3308216-3308375	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0196	0.0216	0.0214	0.0085	0.018	0.032	0.0207	0.0085	0.0193	0.0235	0.0193	0.0434	0.01	0.0168	0.01	0.0485
chr2L	3308629	3308780	chr2L:3308630-3308780	FBgn0031517	CG15406	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0255	0.0336	0.0244	0.0177	0.0191	0.0311	0.0484	0.0446	0.0191	0.0211	0.0289	0.0211	0.0403	0.0168	0.0129	0.0168	0.0281
chr2L	3319599	3319771	chr2L:3319600-3319771	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0417	0.0466	0.0194	0.0223	0.0451	0.0493	0.0593	0.0223	0.0616	0.0537	0.0616	0.0418	0.026	0.0174	0.026	0.0245
chr2L	3319858	3320041	chr2L:3319859-3320041	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.0816	0.094	0.0707	0.0498	0.0932	0.0978	0.1086	0.0498	0.1027	0.1129	0.1027	0.1131	0.0888	0.0793	0.0888	0.1006
chr2L	3320268	3320419	chr2L:3320269-3320419	FBgn0031519,FBgn0031520	CG3326,CG8837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0195	0.0223	0.0181	0.018	0.0095	0.0194	0.042	0.0187	0.0095	0.0205	0.0219	0.0205	0.0209	0.0191	0.0168	0.0191	0.0266
chr2L	3323206	3323357	chr2L:3323207-3323357	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0181	0.0173	0.0141	0.0233	0.0042	0.018	0.0337	0.0127	0.0042	0.0151	0.0148	0.0151	0.0256	0.0138	0.0155	0.0138	0.0532
chr2L	3323413	3323564	chr2L:3323414-3323564	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0165	0.015	0.0132	0.022	0.0074	0.016	0.0242	0.0147	0.0074	0.0151	0.0135	0.0151	0.0194	0.0084	0.0103	0.0084	0.0537
chr2L	3324084	3324235	chr2L:3324085-3324235	FBgn0053281	CG33281	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0136	0.0165	0.0095	0.015	0.0127	0.0092	0.0324	0.0147	0.0127	0.0127	0.009	0.0127	0.0139	0.0077	0.0071	0.0077	0.0339
chr2L	3338726	3338960	chr2L:3338727-3338960	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0814	0.0272	0.0749	0.1491	0.0085	0.0422	0.0346	0.024	0.0085	0.0791	0.0556	0.0791	0.1975	0.193	0.1644	0.193	0.2606
chr2L	3339105	3339299	chr2L:3339106-3339299	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0221	0.0647	0.1361	0.0117	0.0311	0.0311	0.0167	0.0117	0.0688	0.0508	0.0688	0.158	0.1845	0.176	0.1845	0.2152
chr2L	3339514	3339713	chr2L:3339515-3339713	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0843	0.0178	0.0761	0.1675	0.0011	0.0379	0.019	0.0093	0.0011	0.0978	0.0585	0.0978	0.1751	0.255	0.2031	0.255	0.2444
chr2L	3345899	3346200	chr2L:3345900-3346200	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0259	0.0086	0.0234	0.0482	0.0053	0.0112	0.0138	0.006	0.0053	0.0211	0.026	0.0211	0.0395	0.0444	0.1032	0.0444	0.0563
chr2L	3346405	3346786	chr2L:3346406-3346786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0366	0.013	0.0284	0.0721	0.0074	0.0136	0.0195	0.0147	0.0074	0.0278	0.0437	0.0278	0.0209	0.0498	0.2037	0.0498	0.0526
chr2L	3348151	3348302	chr2L:3348152-3348302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0148	0.0074	0.009	0.0295	0.0074	0.0053	0.0134	0.0053	0.0074	0.0103	0.0074	0.0103	0.0194	0.0551	0.0232	0.0551	0.0443
chr2L	3348366	3348617	chr2L:3348367-3348617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0284	0.0092	0.0183	0.0609	0.0042	0.0092	0.0169	0.0047	0.0042	0.0211	0.0116	0.0211	0.048	0.1018	0.0548	0.1018	0.0985
chr2L	3354781	3354958	chr2L:3354782-3354958	FBgn0020445	E23	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0864	0.0178	0.0844	0.1653	0.0085	0.0383	0.0173	0.008	0.0085	0.0562	0.0923	0.0562	0.1936	0.2312	0.2095	0.2312	0.2621
chr2L	3355220	3355404	chr2L:3355221-3355404	FBgn0020445	E23	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0586	0.0216	0.0522	0.1069	0.0074	0.0286	0.029	0.0213	0.0074	0.0368	0.0572	0.0368	0.1131	0.1432	0.1399	0.1432	0.1714
chr2L	3366184	3366395	chr2L:3366185-3366395	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0111	0.0171	0.0213	0.0053	0.0102	0.016	0.016	0.0053	0.0175	0.0138	0.0175	0.0387	0.0084	0.0103	0.0084	0.0521
chr2L	3366650	3366801	chr2L:3366651-3366801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0117	0.0095	0.0114	0.0146	0.0053	0.0092	0.0156	0.01	0.0053	0.0115	0.0119	0.0115	0.0217	0.0092	0.0123	0.0092	0.0313
chr2L	3372174	3372325	chr2L:3372175-3372325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0204	0.0293	0.029	0.0138	0.0233	0.026	0.0253	0.0138	0.026	0.0305	0.026	0.0519	0.0184	0.0161	0.0184	0.061
chr2L	3372528	3372781	chr2L:3372529-3372781	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0828	0.0779	0.0989	0.0707	0.0424	0.0981	0.0887	0.1113	0.0424	0.128	0.1068	0.128	0.0999	0.0697	0.0677	0.0697	0.1037
chr2L	3372790	3372941	chr2L:3372791-3372941	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0406	0.0381	0.0494	0.0337	0.0148	0.0456	0.048	0.0506	0.0148	0.0725	0.0486	0.0725	0.0457	0.0306	0.0342	0.0306	0.0391
chr2L	3372997	3373218	chr2L:3372998-3373218	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0726	0.0553	0.0925	0.0699	0.0138	0.0689	0.067	0.0773	0.0138	0.1147	0.1032	0.1147	0.1061	0.0743	0.078	0.0743	0.087
chr2L	3373369	3373542	chr2L:3373370-3373542	FBgn0085423	CG34394	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1177	0.1072	0.1359	0.1095	0.0647	0.1257	0.1215	0.1532	0.0647	0.1824	0.1441	0.1824	0.1278	0.1164	0.1199	0.1164	0.1371
chr2L	3373643	3373794	chr2L:3373644-3373794	FBgn0085423	CG34394	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0356	0.0491	0.0376	0.0212	0.0403	0.0484	0.044	0.0212	0.061	0.0534	0.061	0.0418	0.0368	0.0438	0.0368	0.0474
chr2L	3375593	3375744	chr2L:3375594-3375744	FBgn0031528	CG15412	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0211	0.0231	0.0203	0.0198	0.0085	0.0214	0.0329	0.0313	0.0085	0.0332	0.0199	0.0332	0.0132	0.0574	0.0123	0.0574	0.0135
chr2L	3376410	3376598	chr2L:3376411-3376598	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0433	0.0381	0.0523	0.0393	0.0233	0.0461	0.0428	0.0493	0.0233	0.0616	0.0572	0.0616	0.0519	0.0452	0.0374	0.0452	0.0495
chr2L	3376676	3376846	chr2L:3376677-3376846	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1071	0.0928	0.1232	0.1054	0.0551	0.1248	0.0913	0.1306	0.0551	0.1443	0.137	0.1443	0.1177	0.1003	0.1006	0.1003	0.1303
chr2L	3376886	3377064	chr2L:3376887-3377064	FBgn0016698,FBgn0031529	CG9662,Ptpa	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1035	0.0926	0.1164	0.1017	0.0573	0.115	0.1016	0.1272	0.0573	0.1413	0.1235	0.1413	0.117	0.0965	0.0967	0.0965	0.1261
chr2L	3411761	3411912	chr2L:3411762-3411912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0091	0.0062	0.0077	0.0138	0.0042	0.0044	0.0125	0.0033	0.0042	0.0042	0.0122	0.0042	0.007	0.01	0.0361	0.01	0.0057
chr2L	3412242	3412393	chr2L:3412243-3412393	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.01	0.0069	0.0088	0.0149	0.0021	0.0063	0.013	0.0033	0.0021	0.0103	0.0106	0.0103	0.007	0.0069	0.0406	0.0069	0.0073
chr2L	3413772	3413923	chr2L:3413773-3413923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0085	0.007	0.0167	0.0053	0.0044	0.0156	0.0093	0.0053	0.0066	0.0077	0.0066	0.0085	0.0046	0.0219	0.0046	0.0323
chr2L	3414162	3414313	chr2L:3414163-3414313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0138	0.0096	0.0112	0.0214	0.0085	0.0097	0.0147	0.0073	0.0085	0.0145	0.0109	0.0145	0.0163	0.0115	0.0239	0.0115	0.0427
chr2L	3417644	3417795	chr2L:3417645-3417795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0136	0.0082	0.0127	0.0206	0.0032	0.0092	0.0125	0.0073	0.0032	0.0145	0.0183	0.0145	0.0023	0.0038	0.0664	0.0038	0.0094
chr2L	3418088	3418239	chr2L:3418089-3418239	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0084	0.006	0.007	0.0125	0.0032	0.0049	0.0108	0.006	0.0032	0.0054	0.0077	0.0054	0.0062	0.0031	0.0374	0.0031	0.0089
chr2L	3422921	3423141	chr2L:3422922-3423141	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0638	0.0566	0.0628	0.073	0.035	0.0655	0.0627	0.0839	0.035	0.0453	0.082	0.0453	0.0705	0.0643	0.1225	0.0643	0.0803
chr2L	3426117	3426345	chr2L:3426118-3426345	FBgn0031530	pgant2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0745	0.0598	0.0728	0.0927	0.0467	0.065	0.0722	0.0806	0.0467	0.0453	0.0572	0.0453	0.0558	0.0268	0.0426	0.0268	0.0698
chr2L	3426742	3426907	chr2L:3426743-3426907	FBgn0031530	pgant2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0328	0.0146	0.0305	0.0558	0.0148	0.0121	0.019	0.0173	0.0148	0.0151	0.0154	0.0151	0.0209	0.0061	0.0297	0.0061	0.0292
chr2L	3439433	3439584	chr2L:3439434-3439584	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0085	0.0169	0.0308	0.0032	0.0083	0.0138	0.01	0.0032	0.0091	0.0309	0.0091	0.0093	0.0107	0.1077	0.0107	0.0104
chr2L	3439938	3440100	chr2L:3439939-3440100	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0107	0.0213	0.0327	0.0042	0.0097	0.0164	0.014	0.0042	0.0079	0.0408	0.0079	0.0155	0.0054	0.1096	0.0054	0.0151
chr2L	3441230	3441421	chr2L:3441231-3441421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0361	0.0304	0.0322	0.0468	0.0127	0.0238	0.045	0.0453	0.0127	0.0248	0.0415	0.0248	0.0364	0.0237	0.0948	0.0237	0.0401
chr2L	3443512	3443663	chr2L:3443513-3443663	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0302	0.0141	0.0081	0.0244	0.018	0.0476	0.044	0.0244	0.0127	0.0161	0.0127	0.0178	0.013	0.0071	0.013	0.0099
chr2L	3449574	3449752	chr2L:3449575-3449752	FBgn0031534	Snx1	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0562	0.035	0.0453	0.0918	0.0201	0.0408	0.048	0.0393	0.0201	0.0362	0.0434	0.0362	0.0922	0.0827	0.0999	0.0827	0.1386
chr2L	3449871	3450195	chr2L:3449872-3450195	FBgn0031534	Snx1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0421	0.0217	0.0312	0.0767	0.0064	0.0257	0.0294	0.026	0.0064	0.0199	0.0302	0.0199	0.0697	0.0613	0.0729	0.0613	0.1475
chr2L	3450219	3450414	chr2L:3450220-3450414	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0142	0.017	0.0343	0.0021	0.0165	0.0208	0.018	0.0021	0.0121	0.0186	0.0121	0.0356	0.0245	0.0174	0.0245	0.0829
chr2L	3451823	3452261	chr2L:3451824-3452261	FBgn0031535	CG12795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0652	0.0611	0.0647	0.0705	0.0392	0.0607	0.0843	0.0779	0.0392	0.0845	0.0688	0.0845	0.0697	0.072	0.0671	0.072	0.1001
chr2L	3452377	3452581	chr2L:3452378-3452581	FBgn0031535	CG12795	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0972	0.0899	0.1115	0.0898	0.0679	0.1024	0.1146	0.1053	0.0679	0.1479	0.1232	0.1479	0.1053	0.0888	0.0993	0.0888	0.1172
chr2L	3456735	3456924	chr2L:3456736-3456924	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0505	0.0618	0.0404	0.0308	0.0539	0.074	0.054	0.0308	0.0682	0.0678	0.0682	0.0666	0.0521	0.0413	0.0521	0.0495
chr2L	3456995	3457170	chr2L:3456996-3457170	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1248	0.1094	0.1516	0.1124	0.0721	0.1306	0.1259	0.1432	0.0721	0.1872	0.1685	0.1872	0.1565	0.1164	0.1283	0.1164	0.1417
chr2L	3457236	3457417	chr2L:3457237-3457417	FBgn0031536,FBgn0031537	Cog3,sec5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1264	0.1084	0.1557	0.1143	0.0668	0.1291	0.122	0.1466	0.0668	0.1884	0.1807	0.1884	0.1565	0.1172	0.1206	0.1172	0.1501
chr2L	3461938	3462103	chr2L:3461939-3462103	FBgn0031538	CG3246	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0428	0.0429	0.0383	0.0475	0.0265	0.0354	0.0735	0.0426	0.0265	0.035	0.0312	0.035	0.0875	0.0184	0.0245	0.0184	0.1329
chr2L	3465635	3465845	chr2L:3465636-3465845	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0983	0.1436	0.0859	0.0614	0.1029	0.1097	0.2409	0.1579	0.1029	0.1135	0.082	0.1135	0.1007	0.0689	0.0587	0.0689	0.0954
chr2L	3466015	3466214	chr2L:3466016-3466214	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.2247	0.2159	0.159	0.1803	0.2316	0.2984	0.2725	0.1803	0.2603	0.2405	0.2603	0.2324	0.1914	0.1515	0.1914	0.2017
chr2L	3466341	3466617	chr2L:3466342-3466617	FBgn0005616,FBgn0021967	Pdsw,msl-2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1241	0.1343	0.0964	0.0827	0.1369	0.1661	0.1472	0.0827	0.1618	0.1479	0.1618	0.1518	0.1126	0.0903	0.1126	0.1256
chr2L	3466786	3466937	chr2L:3466787-3466937	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0397	0.0456	0.0463	0.0258	0.0223	0.0485	0.064	0.056	0.0223	0.0447	0.0466	0.0447	0.0674	0.0322	0.0219	0.0322	0.0354
chr2L	3469681	3469832	chr2L:3469682-3469832	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0512	0.0526	0.0662	0.0333	0.0329	0.0646	0.0631	0.066	0.0329	0.0779	0.0759	0.0779	0.0705	0.0467	0.0322	0.0467	0.05
chr2L	3469907	3470109	chr2L:3469908-3470109	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.1284	0.1589	0.0852	0.088	0.1422	0.1462	0.1805	0.088	0.1932	0.1807	0.1932	0.165	0.124	0.1006	0.124	0.1193
chr2L	3470228	3470379	chr2L:3470229-3470379	FBgn0031540,FBgn0051776	CG31776,CG3238	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0472	0.0462	0.064	0.0299	0.0276	0.0485	0.0554	0.066	0.0276	0.0779	0.0772	0.0779	0.0589	0.0375	0.0361	0.0375	0.0401
chr2L	3472362	3472540	chr2L:3472363-3472540	FBgn0051956	pgant4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0825	0.0698	0.1079	0.0688	0.0361	0.0825	0.093	0.0833	0.0361	0.1147	0.1322	0.1147	0.1077	0.0766	0.0703	0.0766	0.0912
chr2L	3476486	3476776	chr2L:3476487-3476776	FBgn0264549	CR43928	stage11,stage14,stage5	none	Thor,VT1787.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1627	0.1761	0.1952	0.1121	0.1294	0.1524	0.202	0.3091	0.1294	0.0785	0.317	0.0785	0.1046	0.0482	0.1335	0.0482	0.0485
chr2L	3478339	3478537	chr2L:3478340-3478537	FBgn0261560	Thor	stage11,stage14,stage5	none	VT1787.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.189	0.1453	0.2292	0.1937	0.0997	0.1738	0.1337	0.2338	0.0997	0.215	0.2945	0.215	0.237	0.2259	0.2218	0.2259	0.2277
chr2L	3478716	3478867	chr2L:3478717-3478867	FBgn0261560	Thor	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0558	0.0446	0.0706	0.0522	0.0191	0.051	0.0497	0.07	0.0191	0.0598	0.0916	0.0598	0.0813	0.0582	0.0729	0.0582	0.0558
chr2L	3478955	3479142	chr2L:3478956-3479142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0455	0.0329	0.059	0.0447	0.0127	0.0432	0.0316	0.052	0.0127	0.0447	0.0759	0.0447	0.0728	0.0352	0.0535	0.0352	0.0683
chr2L	3480022	3480211	chr2L:3480023-3480211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0432	0.0399	0.049	0.0405	0.0255	0.0461	0.0515	0.048	0.0255	0.0646	0.0521	0.0646	0.0542	0.0658	0.0361	0.0658	0.0469
chr2L	3480554	3480728	chr2L:3480555-3480728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.077	0.0747	0.0929	0.0621	0.0488	0.0854	0.0856	0.1046	0.0488	0.1033	0.1071	0.1033	0.0991	0.0812	0.0754	0.0812	0.0803
chr2L	3491036	3491235	chr2L:3491037-3491235	FBgn0031542	CG15414	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0588	0.0548	0.0825	0.0372	0.0286	0.0617	0.0692	0.0726	0.0286	0.0966	0.1068	0.0966	0.086	0.0391	0.0787	0.0391	0.038
chr2L	3504788	3505056	chr2L:3504789-3505056	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0225	0.0217	0.0197	0.0265	0.0042	0.0364	0.0221	0.024	0.0042	0.0356	0.0135	0.0356	0.0039	0.0023	0.0071	0.0023	0.0089
chr2L	3505106	3505341	chr2L:3505107-3505341	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0244	0.0249	0.0217	0.0269	0.0106	0.0345	0.0303	0.0273	0.0106	0.0374	0.0167	0.0374	0.0108	0.0138	0.0084	0.0138	0.0141
chr2L	3506213	3506364	chr2L:3506214-3506364	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0113	0.0061	0.0085	0.0202	0.0011	0.0078	0.0108	0.004	0.0011	0.0115	0.0077	0.0115	0.0108	0.0092	0.0181	0.0092	0.0266
chr2L	3506373	3506559	chr2L:3506374-3506559	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0095	0.0136	0.035	0.0021	0.0112	0.0156	0.0073	0.0021	0.0145	0.0119	0.0145	0.024	0.0138	0.0393	0.0138	0.0542
chr2L	3507261	3507434	chr2L:3507262-3507434	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0295	0.0106	0.0199	0.0611	0.0053	0.0146	0.0164	0.006	0.0053	0.0248	0.0151	0.0248	0.0395	0.0459	0.0883	0.0459	0.0974
chr2L	3507892	3508043	chr2L:3507893-3508043	FBgn0014396	tim	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0141	0.0112	0.0131	0.0185	0.0021	0.0092	0.0221	0.01	0.0021	0.0248	0.0113	0.0248	0.0178	0.0115	0.02	0.0115	0.0313
chr2L	3514547	3514719	chr2L:3514548-3514719	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0843	0.0594	0.1104	0.0836	0.0339	0.0859	0.0597	0.0746	0.0339	0.1516	0.1129	0.1516	0.1294	0.0972	0.089	0.0972	0.1089
chr2L	3514766	3514966	chr2L:3514767-3514966	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0865	0.0678	0.1112	0.0805	0.0424	0.083	0.0774	0.0846	0.0424	0.1371	0.1244	0.1371	0.117	0.0842	0.0825	0.0842	0.11
chr2L	3515081	3515414	chr2L:3515082-3515414	FBgn0031544,FBgn0053123	CG17593,CG33123	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0539	0.053	0.0637	0.0443	0.0297	0.0587	0.0731	0.0573	0.0297	0.0972	0.0595	0.0972	0.0759	0.0498	0.0355	0.0498	0.0568
chr2L	3524632	3524783	chr2L:3524633-3524783	FBgn0031548	CG8852	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0161	0.0106	0.0159	0.0226	0.0042	0.0107	0.0182	0.0107	0.0042	0.0326	0.0148	0.0326	0.0116	0.0743	0.009	0.0743	0.0135
chr2L	3524938	3525089	chr2L:3524939-3525089	FBgn0031548	CG8852	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0156	0.0125	0.0152	0.0196	0.0053	0.0155	0.0143	0.018	0.0053	0.0266	0.0141	0.0266	0.0163	0.0643	0.0103	0.0643	0.0104
chr2L	3530017	3530217	chr2L:3530018-3530217	FBgn0031549	Spindly	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0411	0.0425	0.056	0.0233	0.0148	0.0539	0.0549	0.0526	0.0148	0.0767	0.0637	0.0767	0.0442	0.0322	0.0239	0.0322	0.0224
chr2L	3530320	3530483	chr2L:3530321-3530483	FBgn0031549,FBgn0031550	Che-13,Spindly	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0961	0.0902	0.1189	0.0777	0.0679	0.1112	0.0999	0.1093	0.0679	0.1407	0.1389	0.1407	0.1115	0.0904	0.0832	0.0904	0.0907
chr2L	3530573	3530911	chr2L:3530574-3530911	FBgn0031549,FBgn0031550	Che-13,Spindly	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0661	0.0623	0.0778	0.0574	0.0445	0.0718	0.0696	0.0813	0.0445	0.0833	0.0942	0.0833	0.079	0.0743	0.0445	0.0743	0.0688
chr2L	3532463	3532648	chr2L:3532464-3532648	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0439	0.0334	0.0097	0.0074	0.0718	0.035	0.0673	0.0074	0.0435	0.0367	0.0435	0.0434	0.0123	0.0116	0.0123	0.0115
chr2L	3532958	3533222	chr2L:3532959-3533222	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0452	0.0618	0.0569	0.0138	0.017	0.099	0.0471	0.0953	0.017	0.055	0.0588	0.055	0.1077	0.0123	0.0155	0.0123	0.0219
chr2L	3533385	3533647	chr2L:3533386-3533647	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0338	0.0535	0.0329	0.0128	0.017	0.0791	0.0471	0.0859	0.017	0.0266	0.037	0.0266	0.0589	0.0107	0.0174	0.0107	0.0182
chr2L	3534183	3534467	chr2L:3534184-3534467	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0568	0.0181	0.0511	0.1063	0.0042	0.0291	0.0208	0.0187	0.0042	0.0592	0.0601	0.0592	0.0697	0.0972	0.1457	0.0972	0.1746
chr2L	3538633	3538835	chr2L:3538634-3538835	FBgn0024244	drm	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1329	0.117	0.1829	0.0958	0.0668	0.134	0.1237	0.1859	0.0668	0.1117	0.281	0.1117	0.1782	0.049	0.205	0.049	0.0881
chr2L	3539003	3539178	chr2L:3539004-3539178	FBgn0024244	drm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1815	0.1716	0.2383	0.1301	0.1188	0.2121	0.1821	0.2392	0.1188	0.2494	0.3048	0.2494	0.2138	0.1149	0.1992	0.1149	0.1391
chr2L	3539444	3539676	chr2L:3539445-3539676	FBgn0024244	drm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2264	0.2212	0.2897	0.1627	0.1697	0.2587	0.2379	0.3025	0.1697	0.3696	0.3392	0.3696	0.2781	0.1394	0.2469	0.1394	0.211
chr2L	3540024	3540235	chr2L:3540025-3540235	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1455	0.0914	0.1859	0.1618	0.0456	0.1286	0.0792	0.1419	0.0456	0.224	0.2399	0.224	0.1712	0.2328	0.2353	0.2328	0.1881
chr2L	3541367	3541555	chr2L:3541368-3541555	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0568	0.0733	0.0796	0.0134	0.0265	0.0646	0.0606	0.1772	0.0265	0.0586	0.1434	0.0586	0.0341	0.0153	0.0193	0.0153	0.0177
chr2L	3541813	3541964	chr2L:3541814-3541964	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0403	0.0632	0.0454	0.0092	0.018	0.0752	0.0484	0.1359	0.018	0.032	0.0768	0.032	0.024	0.0084	0.0155	0.0084	0.0099
chr2L	3542116	3542267	chr2L:3542117-3542267	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0366	0.0649	0.0335	0.0085	0.0212	0.0714	0.0631	0.1233	0.0212	0.035	0.0466	0.035	0.0302	0.0061	0.0135	0.0061	0.0104
chr2L	3545278	3545540	chr2L:3545279-3545540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0544	0.038	0.0604	0.0661	0.0095	0.0524	0.0441	0.052	0.0095	0.0393	0.0553	0.0393	0.1557	0.0559	0.0522	0.0559	0.1376
chr2L	3545658	3545809	chr2L:3545659-3545809	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0282	0.0376	0.0274	0.0185	0.017	0.035	0.0463	0.0653	0.017	0.0205	0.0322	0.0205	0.0465	0.0161	0.029	0.0161	0.0266
chr2L	3546864	3547015	chr2L:3546865-3547015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0351	0.0429	0.0425	0.0184	0.0191	0.0549	0.045	0.0633	0.0191	0.061	0.0502	0.061	0.0411	0.0268	0.029	0.0268	0.0177
chr2L	3547043	3547221	chr2L:3547044-3547221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0432	0.0526	0.0562	0.0184	0.0223	0.0723	0.0515	0.0753	0.0223	0.0882	0.0662	0.0882	0.0473	0.0283	0.0277	0.0283	0.0162
chr2L	3548928	3549558	chr2L:3548929-3549558	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1011	0.1493	0.118	0.0287	0.0594	0.1854	0.1285	0.2712	0.0594	0.0664	0.1453	0.0664	0.1952	0.0115	0.0432	0.0115	0.0422
chr2L	3549703	3549983	chr2L:3549704-3549983	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0501	0.1011	0.0327	0.0123	0.0308	0.1243	0.0679	0.2212	0.0308	0.0175	0.0502	0.0175	0.0256	0.0077	0.02	0.0077	0.0073
chr2L	3550578	3550729	chr2L:3550579-3550729	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0307	0.0317	0.015	0.0138	0.0354	0.0342	0.0493	0.0138	0.029	0.0434	0.029	0.031	0.0092	0.0361	0.0092	0.0135
chr2L	3550788	3550939	chr2L:3550789-3550939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.034	0.0349	0.0138	0.0127	0.0383	0.0411	0.0513	0.0127	0.0284	0.0502	0.0284	0.0333	0.0107	0.0245	0.0107	0.0167
chr2L	3553091	3553242	chr2L:3553092-3553242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.015	0.0254	0.0137	0.0049	0.0201	0.0121	0.048	0.0273	0.0201	0.0163	0.019	0.0163	0.0101	0.0015	0.0097	0.0015	0.0057
chr2L	3555410	3555722	chr2L:3555411-3555722	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0401	0.0706	0.0249	0.0159	0.049	0.0506	0.054	0.0159	0.035	0.1328	0.035	0.0318	0.0069	0.0735	0.0069	0.0172
chr2L	3555972	3556132	chr2L:3555973-3556132	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0174	0.0435	0.0169	0.0032	0.0223	0.0242	0.02	0.0032	0.0236	0.0823	0.0236	0.0232	0.0038	0.0471	0.0038	0.0146
chr2L	3556303	3556454	chr2L:3556304-3556454	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0225	0.0239	0.0294	0.0132	0.0117	0.0214	0.0376	0.0293	0.0117	0.0151	0.0547	0.0151	0.0132	0.0031	0.0413	0.0031	0.0078
chr2L	3556543	3556694	chr2L:3556544-3556694	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0161	0.0227	0.0149	0.0085	0.015	0.0264	0.016	0.0085	0.0121	0.0424	0.0121	0.0101	0.0077	0.0445	0.0077	0.0099
chr2L	3557005	3557156	chr2L:3557006-3557156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0128	0.012	0.0152	0.011	0.0042	0.0092	0.0229	0.012	0.0042	0.0109	0.0244	0.0109	0.007	0.0069	0.029	0.0069	0.0094
chr2L	3557248	3557399	chr2L:3557249-3557399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0124	0.0116	0.0145	0.011	0.0042	0.0092	0.0199	0.014	0.0042	0.0115	0.0219	0.0115	0.0077	0.0061	0.0309	0.0061	0.0068
chr2L	3558133	3558284	chr2L:3558134-3558284	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0217	0.0178	0.0362	0.0102	0.0053	0.0214	0.0242	0.0233	0.0053	0.032	0.0614	0.032	0.0186	0.0061	0.0251	0.0061	0.0099
chr2L	3561752	3561903	chr2L:3561753-3561903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0156	0.0117	0.0198	0.0152	0.0042	0.0146	0.016	0.0147	0.0042	0.0151	0.0232	0.0151	0.0209	0.0184	0.0168	0.0184	0.025
chr2L	3562724	3562875	chr2L:3562725-3562875	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0217	0.0176	0.0292	0.0181	0.0053	0.0228	0.0212	0.0207	0.0053	0.0296	0.0447	0.0296	0.0139	0.0207	0.0277	0.0207	0.0214
chr2L	3563183	3563440	chr2L:3563184-3563440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.025	0.036	0.0207	0.0085	0.0311	0.0337	0.0313	0.0085	0.026	0.054	0.026	0.031	0.0145	0.04	0.0145	0.0203
chr2L	3564736	3564887	chr2L:3564737-3564887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0201	0.0199	0.0269	0.0127	0.0106	0.0267	0.0242	0.0213	0.0106	0.0272	0.0305	0.0272	0.0116	0.0123	0.0148	0.0123	0.0109
chr2L	3566289	3566440	chr2L:3566290-3566440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0151	0.0106	0.0193	0.0156	0.0011	0.0117	0.0182	0.0107	0.0011	0.0181	0.0257	0.0181	0.0155	0.0107	0.0413	0.0107	0.0104
chr2L	3566493	3566644	chr2L:3566494-3566644	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0113	0.0218	0.0188	0.0021	0.0141	0.0173	0.0127	0.0021	0.0205	0.0286	0.0205	0.0186	0.0145	0.0509	0.0145	0.0115
chr2L	3566760	3566911	chr2L:3566761-3566911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0165	0.0121	0.0221	0.0155	0.0053	0.0131	0.0195	0.0133	0.0053	0.0211	0.0331	0.0211	0.0178	0.0123	0.0413	0.0123	0.0094
chr2L	3569739	3569890	chr2L:3569740-3569890	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0137	0.0201	0.0198	0.0064	0.0141	0.0199	0.0153	0.0064	0.0151	0.0309	0.0151	0.0163	0.0069	0.0613	0.0069	0.0104
chr2L	3570203	3570354	chr2L:3570204-3570354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0189	0.0126	0.0255	0.0187	0.0021	0.0209	0.0143	0.0153	0.0021	0.0399	0.0322	0.0399	0.0186	0.0214	0.0471	0.0214	0.012
chr2L	3570430	3570864	chr2L:3570431-3570864	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0553	0.0413	0.0788	0.0453	0.0095	0.0646	0.0428	0.054	0.0095	0.0797	0.0904	0.0797	0.1301	0.0406	0.0896	0.0406	0.0511
chr2L	3571555	3571780	chr2L:3571556-3571780	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0603	0.0327	0.0886	0.0603	0.0042	0.0534	0.0303	0.0466	0.0042	0.0568	0.081	0.0568	0.0573	0.0138	0.0187	0.0138	0.0349
chr2L	3572731	3572982	chr2L:3572732-3572982	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.041	0.029	0.0534	0.0407	0.0074	0.0456	0.0251	0.0433	0.0074	0.0423	0.0563	0.0423	0.0991	0.0459	0.0355	0.0459	0.0698
chr2L	3573265	3573420	chr2L:3573266-3573420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0234	0.0095	0.0247	0.0376	0.0021	0.0175	0.0134	0.0033	0.0021	0.0145	0.0183	0.0145	0.0759	0.0253	0.0155	0.0253	0.0959
chr2L	3573650	3573990	chr2L:3573651-3573990	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0539	0.0268	0.0725	0.0638	0.0095	0.0456	0.0272	0.0273	0.0095	0.0791	0.0585	0.0791	0.1751	0.0758	0.0355	0.0758	0.1313
chr2L	3574215	3574438	chr2L:3574216-3574438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0304	0.0141	0.042	0.0358	0.0021	0.0238	0.0147	0.018	0.0021	0.0411	0.0453	0.0411	0.0806	0.0597	0.0303	0.0597	0.0568
chr2L	3579832	3580075	chr2L:3579833-3580075	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0425	0.0527	0.0467	0.0265	0.0477	0.0466	0.0722	0.0653	0.0477	0.032	0.0814	0.032	0.031	0.0291	0.0593	0.0291	0.0234
chr2L	3580177	3580350	chr2L:3580178-3580350	FBgn0004892	sob	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.038	0.0409	0.0496	0.022	0.0212	0.0369	0.0567	0.0606	0.0212	0.0193	0.0971	0.0193	0.031	0.0168	0.0567	0.0168	0.0162
chr2L	3580810	3581085	chr2L:3580811-3581085	FBgn0004892	sob	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2045	0.2555	0.2313	0.1182	0.2291	0.2039	0.3101	0.4017	0.2291	0.0688	0.3958	0.0688	0.2417	0.1187	0.2785	0.1187	0.0974
chr2L	3584007	3584158	chr2L:3584008-3584158	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0305	0.0647	0.0162	0.0064	0.0403	0.0268	0.0586	0.0064	0.0272	0.1228	0.0272	0.0325	0.0046	0.0477	0.0046	0.0146
chr2L	3584226	3584377	chr2L:3584227-3584377	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0346	0.0299	0.0603	0.0117	0.0117	0.035	0.026	0.06	0.0117	0.0284	0.1032	0.0284	0.055	0.0054	0.0309	0.0054	0.012
chr2L	3584437	3584609	chr2L:3584438-3584609	distal	distal	none	none	VT1839.1	VT1839.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0363	0.0405	0.053	0.0132	0.0106	0.0568	0.0346	0.07	0.0106	0.0272	0.0875	0.0272	0.0565	0.0061	0.0355	0.0061	0.0109
chr2L	3587248	3587399	chr2L:3587249-3587399	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0205	0.0091	0.0311	0.0217	0.0032	0.0155	0.0125	0.006	0.0032	0.0181	0.0585	0.0181	0.017	0.01	0.0729	0.01	0.0104
chr2L	3587986	3588175	chr2L:3587987-3588175	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0742	0.0378	0.128	0.056	0.0159	0.0485	0.0385	0.06	0.0159	0.0707	0.255	0.0707	0.0302	0.0689	0.1444	0.0689	0.0214
chr2L	3588195	3588436	chr2L:3588196-3588436	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0995	0.0622	0.1642	0.07	0.0265	0.084	0.0493	0.1086	0.0265	0.1274	0.2942	0.1274	0.0604	0.0957	0.1721	0.0957	0.0292
chr2L	3588647	3589117	chr2L:3588648-3589117	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0768	0.0449	0.1316	0.0522	0.0138	0.0617	0.0424	0.0733	0.0138	0.0658	0.2209	0.0658	0.0519	0.0322	0.0941	0.0322	0.0287
chr2L	3589345	3589542	chr2L:3589346-3589542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0482	0.0403	0.0836	0.0181	0.0053	0.0568	0.0264	0.0873	0.0053	0.058	0.1453	0.058	0.0271	0.0145	0.0277	0.0145	0.0109
chr2L	3591119	3591270	chr2L:3591120-3591270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0106	0.0326	0.0266	0.0032	0.0117	0.0138	0.014	0.0032	0.0175	0.0592	0.0175	0.0232	0.013	0.0799	0.013	0.0208
chr2L	3593334	3593485	chr2L:3593335-3593485	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0106	0.0199	0.0132	0.0011	0.0117	0.016	0.014	0.0011	0.0157	0.0325	0.0157	0.0124	0.0054	0.0387	0.0054	0.0089
chr2L	3593861	3594116	chr2L:3593862-3594116	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0528	0.0427	0.0864	0.0273	0.0244	0.0568	0.0415	0.0626	0.0244	0.0694	0.1325	0.0694	0.0759	0.0153	0.0658	0.0153	0.0266
chr2L	3594232	3594455	chr2L:3594233-3594455	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0629	0.0538	0.1094	0.022	0.0223	0.0854	0.051	0.072	0.0223	0.1051	0.1624	0.1051	0.0922	0.013	0.0464	0.013	0.0245
chr2L	3598823	3598987	chr2L:3598824-3598987	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0252	0.013	0.0307	0.0327	0.0021	0.018	0.0186	0.0133	0.0021	0.0296	0.0495	0.0296	0.0163	0.0436	0.0729	0.0436	0.0261
chr2L	3599310	3599461	chr2L:3599311-3599461	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0204	0.0122	0.0278	0.0214	0.0032	0.0165	0.0156	0.0153	0.0032	0.029	0.0405	0.029	0.0217	0.0306	0.0316	0.0306	0.0182
chr2L	3599610	3599761	chr2L:3599611-3599761	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0241	0.0188	0.0379	0.0149	0.0074	0.0214	0.0238	0.0273	0.0074	0.0278	0.0569	0.0278	0.0426	0.0199	0.0264	0.0199	0.012
chr2L	3600322	3600473	chr2L:3600323-3600473	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0327	0.0158	0.0633	0.018	0.0074	0.015	0.0195	0.0266	0.0074	0.0236	0.1331	0.0236	0.0147	0.0054	0.0587	0.0054	0.0104
chr2L	3600512	3600663	chr2L:3600513-3600663	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0334	0.0199	0.0593	0.0201	0.0085	0.0243	0.0186	0.0353	0.0085	0.0302	0.1196	0.0302	0.0147	0.0046	0.0703	0.0046	0.0094
chr2L	3600735	3600898	chr2L:3600736-3600898	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0265	0.0742	0.0202	0.0064	0.0345	0.0177	0.0573	0.0064	0.0507	0.1376	0.0507	0.031	0.0046	0.0664	0.0046	0.012
chr2L	3601225	3601439	chr2L:3601226-3601439	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0398	0.037	0.0647	0.0156	0.0127	0.0505	0.0346	0.0593	0.0127	0.0821	0.0939	0.0821	0.0442	0.0084	0.038	0.0084	0.0172
chr2L	3602827	3603015	chr2L:3602828-3603015	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0494	0.1038	0.0321	0.0075	0.0371	0.116	0.0541	0.2598	0.0371	0.0308	0.0415	0.0308	0.0116	0.0038	0.0123	0.0038	0.0078
chr2L	3605208	3605359	chr2L:3605209-3605359	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0381	0.0666	0.0343	0.0106	0.0774	0.0592	0.0856	0.0799	0.0774	0.0393	0.0453	0.0393	0.031	0.0107	0.0174	0.0107	0.0109
chr2L	3606518	3606994	chr2L:3606519-3606994	FBgn0002985	odd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3945	0.4504	0.4596	0.2607	0.4369	0.4879	0.5143	0.5443	0.4369	0.5978	0.5383	0.5978	0.3803	0.3193	0.3669	0.3193	0.2496
chr2L	3610616	3610767	chr2L:3610617-3610767	distal	distal	stage5	stage5	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0526	0.1205	0.0245	0.0075	0.1379	0.0417	0.247	0.0919	0.1379	0.0223	0.0305	0.0223	0.0139	0.0046	0.0058	0.0046	0.0052
chr2L	3610771	3611285	chr2L:3610772-3611285	distal	distal	stage5	stage5	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.118	0.2569	0.0648	0.0212	0.2651	0.1015	0.4628	0.2878	0.2651	0.0537	0.0804	0.0537	0.0372	0.0092	0.0155	0.0092	0.0104
chr2L	3611777	3612099	chr2L:3611778-3612099	distal	distal	none	none	odd_-5_construct	odd_-5_construct	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0626	0.0845	0.0641	0.0366	0.0774	0.0583	0.1609	0.062	0.0774	0.0773	0.0624	0.0773	0.0852	0.0299	0.0432	0.0299	0.0448
chr2L	3612140	3612349	chr2L:3612141-3612349	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.0439	0.0604	0.0472	0.0361	0.0388	0.0779	0.0346	0.0361	0.0604	0.0627	0.0604	0.0736	0.036	0.0535	0.036	0.0542
chr2L	3612679	3612830	chr2L:3612680-3612830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0308	0.025	0.05	0.0162	0.0085	0.0325	0.0368	0.024	0.0085	0.1057	0.0495	0.1057	0.0341	0.0153	0.0239	0.0153	0.0229
chr2L	3612916	3613126	chr2L:3612917-3613126	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0445	0.0452	0.074	0.0113	0.0191	0.0801	0.042	0.0446	0.0191	0.2162	0.0505	0.2162	0.0294	0.0092	0.0155	0.0092	0.0172
chr2L	3613324	3613475	chr2L:3613325-3613475	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.032	0.043	0.0411	0.0096	0.018	0.0835	0.0376	0.0346	0.018	0.1262	0.0235	0.1262	0.0194	0.0145	0.0084	0.0145	0.0109
chr2L	3613635	3613880	chr2L:3613636-3613880	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0474	0.0685	0.056	0.0145	0.0382	0.1214	0.0619	0.0633	0.0382	0.1425	0.0328	0.1425	0.0503	0.0176	0.0168	0.0176	0.0219
chr2L	3614544	3614837	chr2L:3614545-3614837	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0582	0.129	0.0316	0.0082	0.122	0.1146	0.1458	0.1939	0.122	0.0483	0.037	0.0483	0.0186	0.0069	0.0135	0.0069	0.0083
chr2L	3615064	3615276	chr2L:3615065-3615276	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.059	0.1343	0.0288	0.0078	0.2036	0.067	0.2219	0.1252	0.2036	0.0459	0.0338	0.0459	0.0163	0.0038	0.0116	0.0038	0.013
chr2L	3615343	3615640	chr2L:3615344-3615640	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0653	0.1508	0.031	0.0075	0.2163	0.0806	0.2487	0.1459	0.2163	0.0447	0.0373	0.0447	0.0186	0.0038	0.011	0.0038	0.0115
chr2L	3617389	3617540	chr2L:3617390-3617540	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0199	0.0158	0.0256	0.0182	0.0106	0.0238	0.0203	0.012	0.0106	0.0477	0.0238	0.0477	0.0271	0.0107	0.0084	0.0107	0.0453
chr2L	3617701	3617852	chr2L:3617702-3617852	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0308	0.0327	0.0349	0.0244	0.0223	0.0432	0.0441	0.028	0.0223	0.0658	0.0309	0.0658	0.0325	0.0191	0.0174	0.0191	0.0516
chr2L	3618245	3618464	chr2L:3618246-3618464	distal	distal	none	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0578	0.0688	0.0731	0.0287	0.0477	0.0961	0.0757	0.0759	0.0477	0.1353	0.0714	0.1353	0.0658	0.0337	0.0309	0.0337	0.0427
chr2L	3618774	3618951	chr2L:3618775-3618951	FBgn0015663	Dot	stage11	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0679	0.0575	0.0539	0.0509	0.0757	0.0843	0.0833	0.0509	0.0785	0.0633	0.0785	0.0596	0.0528	0.0664	0.0528	0.0709
chr2L	3619055	3619362	chr2L:3619056-3619362	FBgn0015663	Dot	stage11,stage14,stage5	none	Dot_enhancer	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0866	0.119	0.064	0.0752	0.071	0.135	0.1561	0.1406	0.071	0.0646	0.0775	0.0646	0.0767	0.0712	0.087	0.0712	0.1157
chr2L	3620382	3620533	chr2L:3620383-3620533	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0127	0.0211	0.0149	0.0042	0.015	0.0156	0.0173	0.0042	0.0211	0.0305	0.0211	0.0178	0.0123	0.0322	0.0123	0.0172
chr2L	3624514	3624928	chr2L:3624515-3624928	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0433	0.0401	0.0609	0.0274	0.0085	0.0539	0.0407	0.0666	0.0085	0.0399	0.101	0.0399	0.0589	0.0161	0.0387	0.0161	0.0443
chr2L	3625063	3625214	chr2L:3625064-3625214	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0237	0.0204	0.036	0.0138	0.0095	0.0238	0.0234	0.032	0.0095	0.0284	0.0588	0.0284	0.0294	0.0176	0.0174	0.0176	0.0193
chr2L	3628912	3629173	chr2L:3628913-3629173	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0517	0.044	0.0725	0.0375	0.0201	0.0743	0.0446	0.0473	0.0201	0.0682	0.0605	0.0682	0.1851	0.0322	0.0322	0.0322	0.0844
chr2L	3630947	3631098	chr2L:3630948-3631098	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0226	0.0184	0.0289	0.0203	0.0106	0.0282	0.0195	0.0193	0.0106	0.0236	0.0402	0.0236	0.0341	0.01	0.0509	0.01	0.0182
chr2L	3631406	3631630	chr2L:3631407-3631630	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0506	0.0577	0.0595	0.0327	0.0318	0.0786	0.051	0.0899	0.0318	0.055	0.0884	0.055	0.0503	0.0322	0.06	0.0322	0.037
chr2L	3631693	3631921	chr2L:3631694-3631921	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0706	0.0689	0.089	0.0524	0.0318	0.0951	0.0614	0.1079	0.0318	0.1045	0.1135	0.1045	0.0751	0.0827	0.0619	0.0827	0.0651
chr2L	3632046	3632346	chr2L:3632047-3632346	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1853	0.1371	0.2751	0.1406	0.0901	0.1835	0.1034	0.2318	0.0901	0.3309	0.3431	0.3309	0.2943	0.1899	0.1921	0.1899	0.1959
chr2L	3632527	3632751	chr2L:3632528-3632751	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1115	0.0894	0.1581	0.0851	0.0435	0.115	0.0679	0.1732	0.0435	0.189	0.2087	0.189	0.151	0.1225	0.118	0.1225	0.123
chr2L	3632838	3633094	chr2L:3632839-3633094	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.078	0.0773	0.0967	0.0583	0.0382	0.101	0.0653	0.1359	0.0382	0.1141	0.1277	0.1141	0.0775	0.0972	0.0619	0.0972	0.0834
chr2L	3633984	3634165	chr2L:3633985-3634165	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0693	0.067	0.0945	0.044	0.0488	0.0767	0.0701	0.1026	0.0488	0.1232	0.1161	0.1232	0.0937	0.0681	0.0619	0.0681	0.0516
chr2L	3639889	3640259	chr2L:3639890-3640259	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0369	0.0198	0.0372	0.0557	0.0032	0.0286	0.0264	0.016	0.0032	0.0495	0.0309	0.0495	0.0689	0.0559	0.0251	0.0559	0.1376
chr2L	3640932	3641083	chr2L:3640933-3641083	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0125	0.0093	0.0118	0.0167	0.0021	0.0068	0.0169	0.0113	0.0021	0.006	0.0132	0.006	0.0248	0.0115	0.0103	0.0115	0.0433
chr2L	3642320	3642471	chr2L:3642321-3642471	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0097	0.0054	0.0075	0.0169	0	0.0053	0.0095	0.006	0	0.0115	0.0055	0.0115	0.0108	0.0452	0.0129	0.0452	0.0193
chr2L	3646079	3646282	chr2L:3646080-3646282	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0245	0.0315	0.0192	0.0226	0.0255	0.0238	0.0523	0.034	0.0255	0.0139	0.0257	0.0139	0.0256	0.0054	0.0496	0.0054	0.0349
chr2L	3647779	3647930	chr2L:3647780-3647930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0103	0.0076	0.0095	0.0141	0.0032	0.0044	0.0138	0.0093	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.0101	0.0046	0.0116	0.0046	0.0313
chr2L	3648225	3648404	chr2L:3648226-3648404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0302	0.0069	0.0174	0.0705	0.0032	0.0092	0.0078	0.0087	0.0032	0.0103	0.0129	0.0103	0.0534	0.0766	0.0748	0.0766	0.1126
chr2L	3648495	3648668	chr2L:3648496-3648668	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0306	0.0141	0.0251	0.0551	0.0085	0.015	0.0143	0.0253	0.0085	0.0296	0.0235	0.0296	0.0442	0.0681	0.0767	0.0681	0.0834
chr2L	3655339	3655494	chr2L:3655340-3655494	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0405	0.0191	0.0424	0.0625	0.0053	0.0306	0.0234	0.0147	0.0053	0.0495	0.045	0.0495	0.0666	0.0904	0.0799	0.0904	0.0964
chr2L	3655603	3655794	chr2L:3655604-3655794	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0969	0.0442	0.1194	0.1309	0.017	0.0816	0.0363	0.0453	0.017	0.1479	0.1354	0.1479	0.1681	0.1715	0.1767	0.1715	0.1939
chr2L	3655893	3656108	chr2L:3655894-3656108	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1222	0.0661	0.1513	0.153	0.0286	0.1277	0.0532	0.064	0.0286	0.2428	0.1473	0.2428	0.2115	0.2052	0.1921	0.2052	0.2345
chr2L	3656377	3656559	chr2L:3656378-3656559	FBgn0000721	for	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0603	0.0354	0.0775	0.0693	0.018	0.0655	0.0294	0.0353	0.018	0.1371	0.0691	0.1371	0.1046	0.0881	0.0961	0.0881	0.0974
chr2L	3656590	3656761	chr2L:3656591-3656761	FBgn0000721	for	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0509	0.0305	0.0605	0.0632	0.0201	0.0553	0.0255	0.0286	0.0201	0.1129	0.0527	0.1129	0.0759	0.0789	0.0825	0.0789	0.0985
chr2L	3656858	3657020	chr2L:3656859-3657020	FBgn0000721	for	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0744	0.044	0.0892	0.0922	0.0244	0.0801	0.0376	0.044	0.0244	0.1473	0.0839	0.1473	0.1201	0.1248	0.1277	0.1248	0.1334
chr2L	3657372	3657775	chr2L:3657373-3657775	FBgn0000721	for	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2072	0.1839	0.2453	0.1913	0.1485	0.2228	0.199	0.2372	0.1485	0.3031	0.2711	0.3031	0.2115	0.1845	0.1844	0.1845	0.2319
chr2L	3657948	3658118	chr2L:3657949-3658118	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0726	0.0557	0.0944	0.0675	0.0339	0.0757	0.0588	0.0733	0.0339	0.1141	0.0849	0.1141	0.0527	0.0352	0.0496	0.0352	0.038
chr2L	3658290	3658441	chr2L:3658291-3658441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0389	0.0293	0.0464	0.0414	0.0148	0.0398	0.0303	0.0386	0.0148	0.055	0.0473	0.055	0.0403	0.0467	0.0419	0.0467	0.0328
chr2L	3662163	3662324	chr2L:3662164-3662324	FBgn0085369	CG34340	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0592	0.0214	0.0924	0.065	0.0095	0.0388	0.0199	0.0207	0.0095	0.1673	0.0794	0.1673	0.1046	0.0988	0.0529	0.0988	0.0735
chr2L	3662450	3662650	chr2L:3662451-3662650	FBgn0085369	CG34340	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1536	0.0904	0.2044	0.1686	0.0636	0.135	0.0783	0.1193	0.0636	0.3261	0.1759	0.3261	0.1882	0.2098	0.1309	0.2098	0.1855
chr2L	3667790	3667941	chr2L:3667791-3667941	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0243	0.0221	0.0344	0.0159	0.0148	0.0248	0.0247	0.0306	0.0148	0.0314	0.0482	0.0314	0.0349	0.0115	0.0245	0.0115	0.0245
chr2L	3672710	3672861	chr2L:3672711-3672861	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade1	0.0106	0.0097	0.0118	0.0103	0.0032	0.0102	0.013	0.0127	0.0032	0.0115	0.0109	0.0115	0.0093	0.0069	0.0064	0.0069	0.0198
chr2L	3673643	3673803	chr2L:3673644-3673803	distal	distal	none	none	VT1887.1	VT1887.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0186	0.0183	0.0231	0.0139	0.0042	0.0325	0.0186	0.02	0.0042	0.0531	0.0177	0.0531	0.007	0.0092	0.0064	0.0092	0.012
chr2L	3675765	3675916	chr2L:3675766-3675916	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0075	0.0065	0.0067	0.0095	0.0032	0.0034	0.0117	0.008	0.0032	0.0066	0.0064	0.0066	0.0039	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	3676038	3676189	chr2L:3676039-3676189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0108	0.011	0.0102	0.0114	0.0032	0.0102	0.0186	0.012	0.0032	0.0115	0.009	0.0115	0.007	0.0046	0.0013	0.0046	0.0057
chr2L	3677090	3677241	chr2L:3677091-3677241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.01	0.0069	0.0081	0.0155	0.0021	0.0044	0.0147	0.006	0.0021	0.0085	0.0068	0.0085	0.0062	0.0046	0.0058	0.0046	0.0063
chr2L	3681371	3681538	chr2L:3681372-3681538	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0138	0.025	0.0242	0.0085	0.015	0.0212	0.014	0.0085	0.0205	0.0167	0.0205	0.0054	0.0046	0.0026	0.0046	0.0078
chr2L	3681615	3681791	chr2L:3681616-3681791	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0235	0.0223	0.0278	0.0202	0.0074	0.0262	0.0277	0.028	0.0074	0.0169	0.0212	0.0169	0.0108	0.0061	0.0045	0.0061	0.0078
chr2L	3682212	3682385	chr2L:3682213-3682385	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0315	0.035	0.0293	0.0299	0.0244	0.0359	0.0407	0.054	0.0244	0.032	0.0315	0.032	0.0333	0.0268	0.0322	0.0268	0.0422
chr2L	3682766	3682917	chr2L:3682767-3682917	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0093	0.0119	0.0361	0.0085	0.0083	0.0164	0.0073	0.0085	0.0079	0.0103	0.0079	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.012
chr2L	3685026	3685177	chr2L:3685027-3685177	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.012	0.0146	0.0182	0.0064	0.0117	0.016	0.0167	0.0064	0.0145	0.0093	0.0145	0.0093	0.0077	0.0045	0.0077	0.0182
chr2L	3685594	3685759	chr2L:3685595-3685759	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0229	0.011	0.025	0.0338	0.0064	0.0112	0.0147	0.0153	0.0064	0.0109	0.0119	0.0109	0.0062	0.0069	0.0045	0.0069	0.0099
chr2L	3686387	3686538	chr2L:3686388-3686538	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0128	0.0075	0.0112	0.0205	0.0011	0.0068	0.0125	0.0087	0.0011	0.0066	0.0096	0.0066	0.0062	0.0061	0.0045	0.0061	0.012
chr2L	3693283	3693555	chr2L:3693284-3693555	FBgn0031559,FBgn0051779	Acp24A4,CG3513	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0178	0.0162	0.0168	0.0206	0.0032	0.0155	0.0264	0.0207	0.0032	0.0175	0.0174	0.0175	0.024	0.0145	0.0116	0.0145	0.0401
chr2L	3705473	3705624	chr2L:3705474-3705624	FBgn0051778	CG31778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0104	0.0093	0.0075	0.0149	0.0021	0.0073	0.0186	0.0087	0.0021	0.0054	0.008	0.0054	0.0132	0.0031	0.0058	0.0031	0.0443
chr2L	3705896	3706047	chr2L:3705897-3706047	FBgn0051778	CG31778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0133	0.0131	0.0098	0.0174	0.0053	0.0102	0.0229	0.0153	0.0053	0.0097	0.0103	0.0097	0.0132	0.0038	0.0071	0.0038	0.05
chr2L	3706978	3707129	chr2L:3706979-3707129	FBgn0051777	CG31777	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0201	0.0153	0.0131	0.033	0.0064	0.016	0.0229	0.018	0.0064	0.0091	0.0093	0.0091	0.0325	0.0107	0.0058	0.0107	0.1027
chr2L	3711650	3711829	chr2L:3711651-3711829	FBgn0015376	cutlet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.084	0.0679	0.1025	0.0816	0.0265	0.082	0.0718	0.1053	0.0265	0.1159	0.1074	0.1159	0.1208	0.0819	0.0845	0.0819	0.1042
chr2L	3711941	3712092	chr2L:3711942-3712092	FBgn0015376	cutlet	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0418	0.0275	0.0527	0.0458	0.0095	0.034	0.0307	0.042	0.0095	0.0592	0.0582	0.0592	0.0635	0.0544	0.0464	0.0544	0.0594
chr2L	3712752	3712965	chr2L:3712753-3712965	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.075	0.0571	0.0926	0.0758	0.0255	0.0796	0.0571	0.0773	0.0255	0.1087	0.1026	0.1087	0.1123	0.075	0.0651	0.075	0.1115
chr2L	3713064	3713235	chr2L:3713065-3713235	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1482	0.1107	0.1978	0.1358	0.071	0.1456	0.1138	0.1512	0.071	0.2391	0.2109	0.2391	0.2324	0.1455	0.1289	0.1455	0.1829
chr2L	3713285	3713470	chr2L:3713286-3713470	FBgn0031566,FBgn0051955	CG2818,CG31955	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.139	0.1097	0.176	0.1312	0.0636	0.1417	0.1068	0.1626	0.0636	0.2271	0.1749	0.2271	0.2339	0.1386	0.1219	0.1386	0.1949
chr2L	3713593	3714000	chr2L:3713594-3714000	FBgn0031566	CG2818	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1075	0.0808	0.1382	0.1036	0.053	0.1102	0.0813	0.1019	0.053	0.1818	0.1408	0.1818	0.1689	0.0949	0.0851	0.0949	0.1704
chr2L	3718096	3718247	chr2L:3718097-3718247	FBgn0003386,FBgn0040104	Shaw,lectin-24A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.009	0.01	0.016	0.0032	0.0107	0.0112	0.012	0.0032	0.0169	0.0077	0.0169	0.0101	0.0191	0.0045	0.0191	0.013
chr2L	3718516	3718667	chr2L:3718517-3718667	FBgn0003386	Shaw	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0123	0.0091	0.0118	0.0074	0.0131	0.0169	0.014	0.0074	0.0115	0.01	0.0115	0.0054	0.0153	0.0052	0.0153	0.0078
chr2L	3718710	3718861	chr2L:3718711-3718861	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0124	0.0142	0.0093	0.0138	0.0095	0.0097	0.0221	0.0187	0.0095	0.0157	0.009	0.0157	0.007	0.0161	0.0039	0.0161	0.0099
chr2L	3719223	3719374	chr2L:3719224-3719374	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.012	0.0121	0.0153	0.0053	0.0102	0.0186	0.0147	0.0053	0.0085	0.0119	0.0085	0.0232	0.0276	0.0084	0.0276	0.0167
chr2L	3719466	3719629	chr2L:3719467-3719629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0236	0.0228	0.019	0.0295	0.0085	0.0257	0.0298	0.028	0.0085	0.0193	0.0196	0.0193	0.0372	0.0429	0.0193	0.0429	0.0469
chr2L	3719742	3719893	chr2L:3719743-3719893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0198	0.0142	0.0173	0.0117	0.018	0.026	0.032	0.0117	0.0193	0.0135	0.0193	0.0209	0.0322	0.0129	0.0322	0.0182
chr2L	3730048	3730199	chr2L:3730049-3730199	FBgn0031568	CG10019	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0153	0.0071	0.009	0.0313	0.0021	0.0078	0.0125	0.0053	0.0021	0.0066	0.0084	0.0066	0.0139	0.0191	0.0161	0.0191	0.0391
chr2L	3730301	3730522	chr2L:3730302-3730522	FBgn0031568	CG10019	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0209	0.0071	0.0108	0.0473	0.0021	0.0073	0.0134	0.0047	0.0021	0.0079	0.01	0.0079	0.0163	0.0544	0.0226	0.0544	0.0573
chr2L	3732563	3732714	chr2L:3732564-3732714	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0221	0.0158	0.0251	0.0259	0.0074	0.0218	0.0212	0.014	0.0074	0.0229	0.0312	0.0229	0.0349	0.0436	0.0264	0.0436	0.0292
chr2L	3740551	3740702	chr2L:3740552-3740702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0226	0.0198	0.0246	0.0234	0.0106	0.0184	0.0311	0.024	0.0106	0.0302	0.0296	0.0302	0.0287	0.0184	0.0258	0.0184	0.0375
chr2L	3748798	3748968	chr2L:3748799-3748968	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0291	0.0267	0.031	0.0297	0.0106	0.032	0.0381	0.028	0.0106	0.0417	0.036	0.0417	0.0341	0.0398	0.0329	0.0398	0.0485
chr2L	3755456	3755607	chr2L:3755457-3755607	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0129	0.0113	0.0127	0.0149	0.0074	0.0063	0.0221	0.0107	0.0074	0.0097	0.0154	0.0097	0.0178	0.0046	0.0142	0.0046	0.0172
chr2L	3756935	3757086	chr2L:3756936-3757086	FBgn0263846	CG43707	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0085	0.0065	0.0055	0.0141	0.0032	0.0034	0.013	0.008	0.0032	0.003	0.0071	0.003	0.0023	0.0054	0.0039	0.0054	0.0052
chr2L	3762831	3763024	chr2L:3762832-3763024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0344	0.0233	0.0419	0.0387	0.0127	0.0223	0.032	0.0306	0.0127	0.035	0.0569	0.035	0.0542	0.049	0.0471	0.049	0.0584
chr2L	3766020	3766316	chr2L:3766021-3766316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0241	0.0143	0.015	0.045	0.0021	0.0131	0.0238	0.0193	0.0021	0.0145	0.0174	0.0145	0.0194	0.1577	0.0181	0.1577	0.0349
chr2L	3769582	3769738	chr2L:3769583-3769738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0558	0.0521	0.0772	0.0365	0.0159	0.0583	0.0549	0.0993	0.0159	0.0242	0.1669	0.0242	0.0178	0.0299	0.1141	0.0299	0.0146
chr2L	3770162	3770615	chr2L:3770163-3770615	FBgn0263843	CR43704	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1093	0.128	0.1364	0.0586	0.0498	0.115	0.1263	0.2751	0.0498	0.0356	0.2887	0.0356	0.0519	0.0276	0.1844	0.0276	0.0292
chr2L	3771110	3771383	chr2L:3771111-3771383	FBgn0004893	bowl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1901	0.2256	0.2255	0.1117	0.158	0.2078	0.2591	0.3671	0.158	0.0616	0.4148	0.0616	0.1704	0.0322	0.3121	0.0322	0.0787
chr2L	3771595	3771971	chr2L:3771596-3771971	FBgn0004893	bowl	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2583	0.2914	0.3093	0.1653	0.2524	0.2714	0.314	0.4644	0.2524	0.1866	0.5061	0.1866	0.292	0.17	0.3798	0.17	0.1386
chr2L	3772932	3773195	chr2L:3772933-3773195	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1149	0.0512	0.1763	0.1188	0.0201	0.085	0.0368	0.0839	0.0201	0.1401	0.2707	0.1401	0.2006	0.1279	0.2489	0.1279	0.11
chr2L	3773622	3773833	chr2L:3773623-3773833	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0742	0.0409	0.114	0.0678	0.0138	0.0481	0.0355	0.0839	0.0138	0.0211	0.2392	0.0211	0.0643	0.0176	0.2302	0.0176	0.0302
chr2L	3775711	3775975	chr2L:3775712-3775975	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1188	0.112	0.1769	0.0627	0.0583	0.1655	0.0965	0.1612	0.0583	0.0682	0.301	0.0682	0.2037	0.0268	0.1534	0.0268	0.0651
chr2L	3776336	3776571	chr2L:3776337-3776571	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1085	0.0894	0.1642	0.0688	0.0201	0.1592	0.0515	0.1499	0.0201	0.0531	0.2711	0.0531	0.2316	0.0168	0.1838	0.0168	0.0787
chr2L	3776874	3777253	chr2L:3776875-3777253	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1086	0.0819	0.1645	0.0773	0.0318	0.133	0.0662	0.1126	0.0318	0.0821	0.2566	0.0821	0.2401	0.0528	0.1631	0.0528	0.0959
chr2L	3777344	3777495	chr2L:3777345-3777495	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0511	0.0328	0.0779	0.0422	0.0117	0.0529	0.0307	0.0413	0.0117	0.0386	0.1096	0.0386	0.1448	0.0268	0.0787	0.0268	0.0615
chr2L	3778656	3779050	chr2L:3778657-3779050	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.133	0.1233	0.1846	0.0873	0.0604	0.1782	0.1094	0.1845	0.0604	0.1413	0.264	0.1413	0.2641	0.0513	0.1599	0.0513	0.1376
chr2L	3781106	3781424	chr2L:3781107-3781424	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0676	0.0307	0.1142	0.0577	0.0106	0.0476	0.035	0.0333	0.0106	0.0362	0.2299	0.0362	0.0674	0.0176	0.1986	0.0176	0.025
chr2L	3785523	3785701	chr2L:3785524-3785701	FBgn0051958	CG31958	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0493	0.0408	0.0614	0.0454	0.0127	0.0646	0.0376	0.0573	0.0127	0.0616	0.0765	0.0616	0.0705	0.0436	0.0529	0.0436	0.0703
chr2L	3786324	3786498	chr2L:3786325-3786498	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0981	0.0734	0.1367	0.0834	0.0297	0.1092	0.0683	0.1026	0.0297	0.1739	0.1646	0.1739	0.1201	0.0904	0.1051	0.0904	0.1126
chr2L	3787072	3787328	chr2L:3787073-3787328	FBgn0031571	CG3921	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0413	0.0199	0.0387	0.068	0.0032	0.0209	0.0329	0.02	0.0032	0.0236	0.0576	0.0236	0.0449	0.0214	0.2005	0.0214	0.0537
chr2L	3787486	3787637	chr2L:3787487-3787637	FBgn0031571	CG3921	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0093	0.0176	0.0288	0.0011	0.0097	0.013	0.0153	0.0011	0.0133	0.0244	0.0133	0.0225	0.0069	0.0967	0.0069	0.0182
chr2L	3789223	3789402	chr2L:3789224-3789402	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0257	0.0102	0.0187	0.0507	0.0032	0.0121	0.0147	0.012	0.0032	0.0072	0.0277	0.0072	0.0263	0.0283	0.1244	0.0283	0.0469
chr2L	3789665	3790023	chr2L:3789666-3790023	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0696	0.0374	0.0544	0.1221	0.018	0.0466	0.0446	0.0453	0.018	0.0284	0.0781	0.0284	0.0798	0.0559	0.2701	0.0559	0.1417
chr2L	3790919	3791070	chr2L:3790920-3791070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.0087	0.0119	0.0141	0.0011	0.0097	0.0156	0.0067	0.0011	0.0133	0.0154	0.0133	0.007	0.0077	0.0097	0.0077	0.0073
chr2L	3791758	3791909	chr2L:3791759-3791909	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0166	0.0122	0.0142	0.0241	0.0053	0.0121	0.0182	0.0147	0.0053	0.0115	0.0164	0.0115	0.0271	0.0084	0.0271	0.0084	0.0495
chr2L	3802831	3802996	chr2L:3802832-3802996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0741	0.0578	0.0792	0.0866	0.0329	0.0718	0.0631	0.0806	0.0329	0.0719	0.0913	0.0719	0.1046	0.0888	0.0922	0.0888	0.11
chr2L	3803100	3803291	chr2L:3803101-3803291	FBgn0021800	l(2)k16918	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0721	0.0609	0.0721	0.0845	0.0371	0.0757	0.0727	0.0799	0.0371	0.0664	0.0814	0.0664	0.1115	0.0865	0.0851	0.0865	0.1183
chr2L	3803336	3803561	chr2L:3803337-3803561	FBgn0021800	l(2)k16918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1233	0.0813	0.1247	0.1686	0.0414	0.116	0.0839	0.1013	0.0414	0.1202	0.1453	0.1202	0.1673	0.1792	0.1747	0.1792	0.2116
chr2L	3803742	3804040	chr2L:3803743-3804040	FBgn0021800	l(2)k16918	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1818	0.1418	0.1749	0.2342	0.0954	0.1752	0.1691	0.1632	0.0954	0.1896	0.1939	0.1896	0.2006	0.2848	0.2173	0.2848	0.2527
chr2L	3804335	3804486	chr2L:3804336-3804486	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.046	0.0214	0.0463	0.073	0.0032	0.0325	0.0264	0.0207	0.0032	0.0338	0.0633	0.0338	0.0589	0.0842	0.0948	0.0842	0.0735
chr2L	3804527	3804695	chr2L:3804528-3804695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0603	0.026	0.0478	0.1121	0.0074	0.0437	0.0238	0.03	0.0074	0.0477	0.0498	0.0477	0.0775	0.1539	0.1154	0.1539	0.1313
chr2L	3804845	3805023	chr2L:3804846-3805023	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0661	0.0206	0.051	0.1335	0.0095	0.0325	0.0203	0.022	0.0095	0.0465	0.045	0.0465	0.1053	0.1968	0.1122	0.1968	0.173
chr2L	3805572	3805789	chr2L:3805573-3805789	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0817	0.0445	0.0641	0.1427	0.0201	0.0578	0.048	0.0626	0.0201	0.0713	0.0543	0.0713	0.117	0.2144	0.1012	0.2144	0.1829
chr2L	3806000	3806173	chr2L:3806001-3806173	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0564	0.0683	0.0391	0.062	0.0573	0.0573	0.09	0.0993	0.0573	0.0362	0.0322	0.0362	0.0364	0.0651	0.0271	0.0651	0.0417
chr2L	3806301	3806650	chr2L:3806302-3806650	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1176	0.1599	0.0989	0.0908	0.1315	0.1646	0.1933	0.2225	0.1315	0.0888	0.1016	0.0888	0.0767	0.0781	0.049	0.0781	0.049
chr2L	3813108	3813259	chr2L:3813109-3813259	FBgn0031573	CG3407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0409	0.0619	0.0394	0.0223	0.0529	0.0463	0.0526	0.0223	0.0815	0.0614	0.0815	0.0689	0.0421	0.0471	0.0421	0.0365
chr2L	3813350	3813546	chr2L:3813351-3813546	FBgn0031573	CG3407	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1378	0.1174	0.1778	0.1167	0.0657	0.15	0.1341	0.1526	0.0657	0.2391	0.1897	0.2391	0.1766	0.1294	0.118	0.1294	0.1303
chr2L	3813661	3814058	chr2L:3813662-3814058	FBgn0031573	CG3407	none	none	slp1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0745	0.0666	0.1004	0.055	0.0265	0.0825	0.08	0.0866	0.0265	0.1643	0.1045	0.1643	0.0759	0.0766	0.0529	0.0766	0.0568
chr2L	3814195	3814417	chr2L:3814196-3814417	distal	distal	stage11	stage11	slp1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0415	0.028	0.0675	0.028	0.0074	0.0481	0.0281	0.032	0.0074	0.1679	0.0495	0.1679	0.0426	0.0513	0.0251	0.0513	0.0292
chr2L	3816337	3816488	chr2L:3816338-3816488	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0072	0.0059	0.0071	0.0089	0.0021	0.0063	0.0087	0.008	0.0021	0.0091	0.0077	0.0091	0.0062	0.0031	0.0032	0.0031	0.0042
chr2L	3818002	3818196	chr2L:3818003-3818196	distal	distal	stage5	stage5	VT1965.1,slp1_u8172	VT1965.1,slp1_u8172	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0465	0.0963	0.0311	0.0078	0.0445	0.1267	0.0644	0.1905	0.0445	0.0543	0.0325	0.0543	0.0124	0.0038	0.0077	0.0038	0.0068
chr2L	3818208	3818359	chr2L:3818209-3818359	distal	distal	stage5	stage5	VT1965.1,slp1_u8172	VT1965.1,slp1_u8172	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0376	0.074	0.0273	0.0081	0.0318	0.0985	0.0446	0.1526	0.0318	0.0525	0.0277	0.0525	0.0093	0.0038	0.0097	0.0038	0.0063
chr2L	3818727	3818967	chr2L:3818728-3818967	distal	distal	stage11	stage11	VT1965.1,VT1966.1,slp1_u6550	VT1965.1,VT1966.1,slp1_u6550	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0645	0.0739	0.1	0.0152	0.018	0.1257	0.0588	0.1013	0.018	0.2579	0.0904	0.2579	0.0287	0.0306	0.0193	0.0306	0.0063
chr2L	3820158	3820317	chr2L:3820159-3820317	distal	distal	none	none	VT1966.1,VT1967.1,slp1_5-4,slp1_u6550	VT1966.1,VT1967.1,slp1_5-4,slp1_u6550	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0399	0.0553	0.0544	0.0068	0.0255	0.0675	0.0415	0.1126	0.0255	0.0556	0.0923	0.0556	0.0054	0.0092	0.0071	0.0092	0.0063
chr2L	3821395	3821694	chr2L:3821396-3821694	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1967.1,slp1_u4739	VT1967.1,slp1_u4739	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0616	0.0911	0.0731	0.0159	0.0308	0.1233	0.0744	0.1586	0.0308	0.0996	0.0804	0.0996	0.0279	0.0123	0.0123	0.0123	0.0104
chr2L	3822228	3822379	chr2L:3822229-3822379	distal	distal	none	none	slp1_5-3	slp1_5-3	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.038	0.0805	0.0242	0.0056	0.053	0.049	0.1466	0.0946	0.053	0.0338	0.0277	0.0338	0.0085	0.0023	0.0064	0.0023	0.0052
chr2L	3822427	3822705	chr2L:3822428-3822705	distal	distal	stage5	stage5	slp1_5-3	slp1_5-3	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.0644	0.1432	0.0369	0.0065	0.1166	0.1379	0.1622	0.2212	0.1166	0.0568	0.0463	0.0568	0.007	0.0061	0.0071	0.0061	0.0052
chr2L	3823666	3823817	chr2L:3823667-3823817	distal	distal	none	none	slp1_5-2,slp1_u1609	slp1_5-2	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0632	0.0623	0.012	0.0286	0.0748	0.0528	0.1252	0.0286	0.093	0.0884	0.093	0.0225	0.0123	0.0206	0.0123	0.013
chr2L	3824733	3824884	chr2L:3824734-3824884	distal	distal	none	none	slp1_u1609	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade3	0.0376	0.0598	0.04	0.01	0.0382	0.0379	0.1099	0.0606	0.0382	0.0616	0.0476	0.0616	0.0124	0.0069	0.0142	0.0069	0.0052
chr2L	3825475	3825680	chr2L:3825476-3825680	FBgn0003430	slp1	stage11,stage14,stage5	none	slp1_u1609	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2404	0.2547	0.2915	0.1684	0.1983	0.2825	0.3067	0.3165	0.1983	0.3955	0.319	0.3955	0.1898	0.1485	0.1863	0.1485	0.1381
chr2L	3827444	3827715	chr2L:3827445-3827715	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT1970.1	VT1970.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1296	0.1463	0.1923	0.0422	0.0541	0.2078	0.1042	0.2738	0.0541	0.2307	0.3061	0.2307	0.0387	0.0314	0.1006	0.0314	0.0261
chr2L	3827961	3828260	chr2L:3827962-3828260	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1970.1,slp2_i2330	VT1970.1,slp2_i2330	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1128	0.0975	0.1831	0.0529	0.0435	0.1573	0.0644	0.1599	0.0435	0.3146	0.254	0.3146	0.0356	0.0681	0.1186	0.0681	0.0375
chr2L	3828377	3828557	chr2L:3828378-3828557	distal	distal	stage11	stage11	VT1970.1,VT1971.1,slp2_i2330	VT1970.1,VT1971.1,slp2_i2330	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0474	0.0304	0.0812	0.0294	0.0117	0.0437	0.0316	0.044	0.0117	0.1081	0.1228	0.1081	0.0248	0.0237	0.0619	0.0237	0.0344
chr2L	3829164	3829315	chr2L:3829165-3829315	distal	distal	none	none	VT1970.1,VT1971.1,slp1_slp_B	VT1970.1,VT1971.1,slp1_slp_B	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0566	0.0362	0.011	0.0308	0.0515	0.0887	0.058	0.0308	0.0459	0.0441	0.0459	0.0209	0.01	0.0116	0.01	0.0125
chr2L	3831582	3831813	chr2L:3831583-3831813	distal	distal	stage14	stage14	VT1972.1,VT1973.1	VT1972.1,VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0429	0.0315	0.0618	0.035	0.0148	0.0306	0.0446	0.0466	0.0148	0.0598	0.0768	0.0598	0.0318	0.0237	0.0258	0.0237	0.0568
chr2L	3832219	3832388	chr2L:3832220-3832388	distal	distal	none	none	VT1973.1	VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0871	0.043	0.1202	0.1	0.0095	0.085	0.0368	0.0446	0.0095	0.2258	0.0958	0.2258	0.0844	0.1639	0.049	0.1639	0.0912
chr2L	3832556	3832734	chr2L:3832557-3832734	distal	distal	none	none	VT1973.1	VT1973.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0593	0.0399	0.0772	0.0613	0.017	0.067	0.0372	0.048	0.017	0.151	0.064	0.151	0.0287	0.0842	0.0271	0.0842	0.0594
chr2L	3833159	3833310	chr2L:3833160-3833310	distal	distal	none	none	VT1973.1,VT1974.1	VT1973.1,VT1974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0289	0.0269	0.0371	0.0223	0.0106	0.0325	0.0268	0.0433	0.0106	0.0435	0.0376	0.0435	0.0139	0.0107	0.0116	0.0107	0.0141
chr2L	3833932	3834136	chr2L:3833933-3834136	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_02,VT1974.1	Unspecified_HC_02,VT1974.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0529	0.1043	0.0387	0.0111	0.0933	0.0583	0.2007	0.0893	0.0933	0.0459	0.0534	0.0459	0.0209	0.0107	0.0103	0.0107	0.0089
chr2L	3835330	3835591	chr2L:3835331-3835591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	slp2_i93109	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1191	0.0666	0.1703	0.1216	0.0339	0.0825	0.0692	0.1019	0.0339	0.1655	0.2431	0.1655	0.1758	0.1746	0.2147	0.1746	0.0995
chr2L	3836559	3836870	chr2L:3836560-3836870	FBgn0004567	slp2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2544	0.2458	0.3107	0.2023	0.1856	0.3039	0.2465	0.3398	0.1856	0.4046	0.3617	0.4046	0.2099	0.2067	0.2379	0.2067	0.1933
chr2L	3840636	3840861	chr2L:3840637-3840861	distal	distal	none	none	slp2_d2445	slp2_d2445	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0352	0.0236	0.0537	0.0279	0.0106	0.0345	0.0229	0.0313	0.0106	0.0531	0.0752	0.0531	0.0271	0.0245	0.0464	0.0245	0.0328
chr2L	3842437	3842588	chr2L:3842438-3842588	distal	distal	none	none	slp2_d5778	slp2_d5778	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0324	0.0207	0.0075	0.0117	0.0296	0.0359	0.0646	0.0117	0.0223	0.0254	0.0223	0.0062	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	3842886	3843037	chr2L:3842887-3843037	distal	distal	none	none	slp2_d5778	slp2_d5778	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0206	0.0252	0.0265	0.0091	0.0095	0.0238	0.0281	0.05	0.0095	0.0236	0.0296	0.0236	0.0124	0.0077	0.0032	0.0077	0.0063
chr2L	3843757	3843908	chr2L:3843758-3843908	distal	distal	none	none	slp2_d5778,slp2_d6383	slp2_d5778,slp2_d6383	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.023	0.0174	0.0287	0.023	0.0074	0.0209	0.0212	0.024	0.0074	0.0272	0.0357	0.0272	0.0271	0.0092	0.0284	0.0092	0.0422
chr2L	3845245	3845583	chr2L:3845246-3845583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT1979.1	VT1979.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0627	0.0593	0.0761	0.0517	0.0244	0.0743	0.0606	0.0913	0.0244	0.0429	0.0527	0.0429	0.0124	0.0092	0.0181	0.0092	0.0089
chr2L	3846588	3846746	chr2L:3846589-3846746	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1979.1,VT1980.1	VT1979.1,VT1980.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0373	0.0228	0.0491	0.0405	0.0085	0.0286	0.0285	0.0293	0.0085	0.0242	0.0347	0.0242	0.0147	0.01	0.011	0.01	0.013
chr2L	3849097	3849248	chr2L:3849098-3849248	distal	distal	none	none	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0262	0.0345	0.0175	0.0042	0.0257	0.0381	0.0393	0.0042	0.0223	0.0341	0.0223	0.0093	0.0054	0.0123	0.0054	0.0052
chr2L	3849357	3849575	chr2L:3849358-3849575	distal	distal	stage11	stage11	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0479	0.0457	0.0689	0.0272	0.0286	0.051	0.0467	0.0766	0.0286	0.0477	0.0659	0.0477	0.0232	0.0061	0.0142	0.0061	0.012
chr2L	3849585	3849793	chr2L:3849586-3849793	distal	distal	stage11	stage11	VT1981.1	VT1981.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0501	0.0503	0.0777	0.0196	0.0255	0.0636	0.0497	0.0799	0.0255	0.0592	0.0849	0.0592	0.0287	0.0046	0.0148	0.0046	0.0094
chr2L	3850809	3850960	chr2L:3850810-3850960	distal	distal	none	none	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0167	0.0353	0.0188	0.0085	0.0189	0.0199	0.0247	0.0085	0.0223	0.0579	0.0223	0.0186	0.0123	0.0548	0.0123	0.0073
chr2L	3851208	3851365	chr2L:3851209-3851365	distal	distal	stage14	stage14	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0318	0.0206	0.0449	0.0299	0.0053	0.0238	0.0251	0.028	0.0053	0.0229	0.0849	0.0229	0.017	0.0145	0.1012	0.0145	0.0094
chr2L	3851916	3852128	chr2L:3851917-3852128	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1982.1	VT1982.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0233	0.05	0.0287	0.0085	0.0228	0.0311	0.0353	0.0085	0.0163	0.0984	0.0163	0.0155	0.013	0.0954	0.013	0.0089
chr2L	3853284	3853503	chr2L:3853285-3853503	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0375	0.051	0.047	0.0121	0.0159	0.0388	0.0389	0.1359	0.0159	0.0248	0.0842	0.0248	0.0155	0.0107	0.0284	0.0107	0.0042
chr2L	3853974	3854125	chr2L:3853975-3854125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0161	0.0252	0.0173	0.0047	0.0085	0.0214	0.0264	0.0526	0.0085	0.0103	0.0264	0.0103	0.0054	0.0015	0.0084	0.0015	0.0036
chr2L	3854375	3854609	chr2L:3854376-3854609	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0285	0.0555	0.0214	0.0063	0.0361	0.0432	0.0493	0.1226	0.0361	0.0187	0.0264	0.0187	0.0054	0.0038	0.0103	0.0038	0.0042
chr2L	3855295	3855597	chr2L:3855296-3855597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0626	0.0395	0.0933	0.0546	0.0223	0.0495	0.0424	0.0586	0.0223	0.0936	0.1354	0.0936	0.0643	0.0666	0.1115	0.0666	0.049
chr2L	3855952	3856178	chr2L:3855953-3856178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0429	0.0314	0.053	0.0446	0.0159	0.0413	0.0398	0.0333	0.0159	0.055	0.0765	0.055	0.0349	0.0658	0.089	0.0658	0.024
chr2L	3856241	3856430	chr2L:3856242-3856430	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0381	0.0233	0.0478	0.0439	0.0053	0.0301	0.0255	0.038	0.0053	0.0411	0.0794	0.0411	0.0232	0.0651	0.1032	0.0651	0.0177
chr2L	3856631	3856810	chr2L:3856632-3856810	distal	distal	none	none	VT1985.1	VT1985.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0388	0.0191	0.0496	0.049	0.0074	0.0248	0.0247	0.0227	0.0074	0.0326	0.0942	0.0326	0.0155	0.0597	0.1322	0.0597	0.0193
chr2L	3860568	3860719	chr2L:3860569-3860719	distal	distal	none	none	VT1987.1	VT1987.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0208	0.0287	0.0223	0.0103	0.0233	0.0267	0.0407	0.034	0.0233	0.0199	0.0318	0.0199	0.0147	0.0061	0.0193	0.0061	0.0073
chr2L	3860799	3860950	chr2L:3860800-3860950	distal	distal	none	none	VT1987.1	VT1987.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0363	0.0291	0.0097	0.0159	0.034	0.0536	0.046	0.0159	0.0205	0.0476	0.0205	0.0101	0.0092	0.0187	0.0092	0.0047
chr2L	3861224	3861519	chr2L:3861225-3861519	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.075	0.0973	0.1043	0.018	0.0541	0.0985	0.0852	0.1979	0.0541	0.0562	0.1971	0.0562	0.0318	0.0153	0.0342	0.0153	0.0104
chr2L	3861650	3862122	chr2L:3861651-3862122	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1015	0.1061	0.161	0.0311	0.0382	0.1267	0.0839	0.2205	0.0382	0.1093	0.2865	0.1093	0.0666	0.0207	0.0542	0.0207	0.024
chr2L	3862527	3862715	chr2L:3862528-3862715	FBgn0031574	CG3964	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1413	0.1246	0.1741	0.1238	0.0668	0.151	0.1319	0.1939	0.0668	0.2035	0.1994	0.2035	0.1541	0.134	0.1244	0.134	0.1459
chr2L	3862776	3862958	chr2L:3862777-3862958	FBgn0031574	CG3964	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1536	0.1257	0.1939	0.1404	0.0689	0.1621	0.1341	0.1819	0.0689	0.2337	0.2164	0.2337	0.1859	0.1447	0.1386	0.1447	0.1704
chr2L	3867551	3867750	chr2L:3867552-3867750	FBgn0031575	Cep97	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1254	0.0923	0.1656	0.1181	0.0435	0.118	0.1077	0.1219	0.0435	0.2017	0.192	0.2017	0.1557	0.1126	0.1225	0.1126	0.1454
chr2L	3867962	3868202	chr2L:3867963-3868202	FBgn0031575	Cep97	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0656	0.0427	0.0869	0.0677	0.0127	0.051	0.0519	0.0613	0.0127	0.119	0.1006	0.119	0.0875	0.0697	0.0606	0.0697	0.0803
chr2L	3872101	3872295	chr2L:3872102-3872295	FBgn0051957	CG31957	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.071	0.0492	0.1015	0.062	0.0286	0.0568	0.058	0.0726	0.0286	0.1232	0.109	0.1232	0.1108	0.0712	0.0651	0.0712	0.0688
chr2L	3872395	3872573	chr2L:3872396-3872573	FBgn0051957	CG31957	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1579	0.1206	0.2119	0.1401	0.0817	0.1544	0.1324	0.1559	0.0817	0.2687	0.2322	0.2687	0.2107	0.1585	0.1464	0.1585	0.1652
chr2L	3872664	3872848	chr2L:3872665-3872848	FBgn0051957	CG31957	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0708	0.0626	0.0868	0.0624	0.0424	0.0825	0.067	0.0773	0.0424	0.093	0.1074	0.093	0.0798	0.0658	0.0651	0.0658	0.0834
chr2L	3888321	3888504	chr2L:3888322-3888504	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0562	0.0137	0.1014	0.0542	0.0011	0.0204	0.016	0.0193	0.0011	0.0187	0.1945	0.0187	0.096	0.0069	0.1599	0.0069	0.0459
chr2L	3888770	3888968	chr2L:3888771-3888968	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0543	0.0172	0.0822	0.065	0.0064	0.0233	0.0247	0.0153	0.0064	0.0217	0.1527	0.0217	0.079	0.01	0.176	0.01	0.0709
chr2L	3889364	3889531	chr2L:3889365-3889531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.011	0.0298	0.0316	0.0032	0.0112	0.0186	0.012	0.0032	0.0151	0.0505	0.0151	0.0302	0.0069	0.0883	0.0069	0.0307
chr2L	3889684	3889876	chr2L:3889685-3889876	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0373	0.0172	0.0501	0.0455	0.0032	0.0238	0.0199	0.0227	0.0032	0.0338	0.0768	0.0338	0.0604	0.0161	0.0909	0.0161	0.0709
chr2L	3890131	3890282	chr2L:3890132-3890282	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0307	0.0194	0.0421	0.0308	0.0095	0.0238	0.0272	0.018	0.0095	0.032	0.0608	0.032	0.048	0.0276	0.0464	0.0276	0.0521
chr2L	3896065	3896284	chr2L:3896066-3896284	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0465	0.0233	0.0529	0.0655	0.0106	0.0301	0.0311	0.0266	0.0106	0.0417	0.0675	0.0417	0.0751	0.0299	0.0593	0.0299	0.1277
chr2L	3896662	3896813	chr2L:3896663-3896813	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0086	0.016	0.0329	0.0042	0.0092	0.0151	0.0067	0.0042	0.0151	0.0161	0.0151	0.0294	0.0092	0.0123	0.0092	0.0907
chr2L	3914725	3914898	chr2L:3914726-3914898	FBgn0051773	CG31773	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0413	0.0165	0.0097	0.0403	0.0155	0.0774	0.0433	0.0403	0.0205	0.0203	0.0205	0.0077	0.0077	0.0116	0.0077	0.0078
chr2L	3933858	3934009	chr2L:3933859-3934009	distal	distal	none	none	VT2028.1	VT2028.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0107	0.0065	0.0085	0.018	0.0011	0.0073	0.0112	0.0067	0.0011	0.0085	0.0122	0.0085	0.0054	0.0077	0.0445	0.0077	0.0078
chr2L	3939296	3939447	chr2L:3939297-3939447	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0073	0.0047	0.0063	0.0113	0.0032	0.0029	0.0099	0.002	0.0032	0.0048	0.009	0.0048	0.0023	0.0015	0.0019	0.0015	0.0068
chr2L	3991782	3991933	chr2L:3991783-3991933	FBgn0051774	fred	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0168	0.0117	0.0231	0.0148	0.0107	0.0285	0.0193	0.0148	0.0103	0.0129	0.0103	0.0085	0.0054	0.0071	0.0054	0.0057
chr2L	3992496	3992647	chr2L:3992497-3992647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0118	0.0141	0.0104	0.0109	0.0138	0.0155	0.0173	0.0153	0.0138	0.0103	0.0132	0.0103	0.007	0.0038	0.0032	0.0038	0.0026
chr2L	4018302	4018453	chr2L:4018303-4018453	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0113	0.0091	0.0113	0.0021	0.0121	0.0182	0.0133	0.0021	0.0066	0.0096	0.0066	0.0054	0.0077	0.0026	0.0077	0.0036
chr2L	4019859	4020047	chr2L:4019860-4020047	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0694	0.0666	0.0829	0.0577	0.0361	0.083	0.08	0.0813	0.0361	0.0924	0.1058	0.0924	0.0775	0.0528	0.087	0.0528	0.0766
chr2L	4020305	4020547	chr2L:4020306-4020547	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0292	0.03	0.0329	0.0241	0.0191	0.034	0.0389	0.0373	0.0191	0.0254	0.054	0.0254	0.0232	0.0161	0.049	0.0161	0.0203
chr2L	4021018	4021234	chr2L:4021019-4021234	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0178	0.0126	0.0232	0.0175	0.0042	0.0141	0.0195	0.0133	0.0042	0.0115	0.0437	0.0115	0.0116	0.0115	0.0535	0.0115	0.0068
chr2L	4021571	4021727	chr2L:4021572-4021727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0132	0.0297	0.0181	0.0074	0.0126	0.019	0.0187	0.0074	0.0187	0.0572	0.0187	0.0085	0.0138	0.0554	0.0138	0.0057
chr2L	4022032	4022322	chr2L:4022033-4022322	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1	VT2079.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0697	0.0556	0.0942	0.0588	0.0286	0.0626	0.0666	0.0813	0.0286	0.0537	0.174	0.0537	0.0527	0.0375	0.1425	0.0375	0.0448
chr2L	4023413	4023564	chr2L:4023414-4023564	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1	VT2079.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0274	0.0207	0.0294	0.0327	0.0106	0.0243	0.0234	0.0313	0.0106	0.026	0.037	0.026	0.0132	0.0145	0.0251	0.0145	0.0099
chr2L	4023622	4023875	chr2L:4023623-4023875	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2079.1,VT2080.1	VT2079.1,VT2080.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0412	0.0317	0.0416	0.0514	0.0106	0.0456	0.0277	0.0513	0.0106	0.0326	0.0518	0.0326	0.0209	0.0138	0.0297	0.0138	0.0141
chr2L	4027788	4027939	chr2L:4027789-4027939	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0103	0.0072	0.0131	0.0106	0.0021	0.0121	0.0069	0.0093	0.0021	0.0199	0.0167	0.0199	0.0062	0.0322	0.0077	0.0322	0.0036
chr2L	4028824	4029029	chr2L:4028825-4029029	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1112	0.1398	0.1352	0.0531	0.0859	0.1451	0.154	0.2305	0.0859	0.0755	0.2553	0.0755	0.072	0.0237	0.1612	0.0237	0.0193
chr2L	4030337	4030548	chr2L:4030338-4030548	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1616	0.1715	0.1928	0.1164	0.1326	0.1709	0.2063	0.2418	0.1326	0.0815	0.3116	0.0815	0.1844	0.0391	0.2489	0.0391	0.1068
chr2L	4030743	4030894	chr2L:4030744-4030894	FBgn0000547	ed	none	none	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0535	0.0626	0.0567	0.0397	0.0361	0.0578	0.0787	0.0993	0.0361	0.032	0.101	0.032	0.0325	0.0145	0.1135	0.0145	0.0245
chr2L	4031268	4031483	chr2L:4031269-4031483	FBgn0000547	ed	stage11,stage14,stage5	none	VT2083.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.2126	0.2159	0.2574	0.1599	0.1686	0.2417	0.2539	0.2751	0.1686	0.2983	0.3016	0.2983	0.2347	0.1608	0.2005	0.1608	0.1897
chr2L	4031756	4032011	chr2L:4031757-4032011	FBgn0000547	ed	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1959	0.2475	0.2254	0.106	0.2025	0.2282	0.3283	0.3165	0.2025	0.2017	0.3174	0.2017	0.1805	0.0858	0.2205	0.0858	0.0896
chr2L	4034463	4034739	chr2L:4034464-4034739	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1371	0.2451	0.1346	0.0189	0.2163	0.2422	0.3062	0.3151	0.2163	0.1908	0.1887	0.1908	0.062	0.0084	0.0374	0.0084	0.0104
chr2L	4037340	4037491	chr2L:4037341-4037491	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.032	0.0464	0.0319	0.0162	0.0286	0.0451	0.0666	0.0533	0.0286	0.0236	0.0527	0.0236	0.0186	0.0061	0.0335	0.0061	0.0115
chr2L	4037990	4038231	chr2L:4037991-4038231	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0551	0.0592	0.0552	0.0506	0.0403	0.0481	0.0852	0.0839	0.0403	0.0278	0.054	0.0278	0.0155	0.0077	0.0309	0.0077	0.0167
chr2L	4038576	4038727	chr2L:4038577-4038727	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0181	0.0124	0.0182	0.0127	0.0141	0.0307	0.0207	0.0127	0.0072	0.0151	0.0072	0.0054	0.0015	0.0071	0.0015	0.0042
chr2L	4041014	4041297	chr2L:4041015-4041297	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade5	0.0353	0.0405	0.0402	0.0242	0.0371	0.0272	0.0614	0.0553	0.0371	0.0314	0.0572	0.0314	0.0194	0.0061	0.0226	0.0061	0.0042
chr2L	4042733	4043718	chr2L:4042734-4043718	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1033	0.1259	0.1187	0.0613	0.0891	0.1204	0.1704	0.1579	0.0891	0.0737	0.1781	0.0737	0.1309	0.062	0.109	0.062	0.0537
chr2L	4043886	4044037	chr2L:4043887-4044037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0241	0.0278	0.0299	0.0136	0.017	0.0316	0.0372	0.03	0.017	0.0236	0.0518	0.0236	0.0155	0.0138	0.0239	0.0138	0.0083
chr2L	4045309	4045482	chr2L:4045310-4045482	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.053	0.0552	0.0575	0.0455	0.0308	0.0718	0.0631	0.0706	0.0308	0.128	0.0563	0.128	0.0263	0.1317	0.0419	0.1317	0.0245
chr2L	4045672	4045849	chr2L:4045673-4045849	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0405	0.04	0.0337	0.0233	0.0471	0.0471	0.0533	0.0233	0.0688	0.0498	0.0688	0.0201	0.0896	0.038	0.0896	0.0177
chr2L	4049049	4049200	chr2L:4049050-4049200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.0409	0.0367	0.0231	0.0308	0.0311	0.0601	0.0573	0.0308	0.0236	0.0611	0.0236	0.0349	0.0168	0.0368	0.0168	0.0313
chr2L	4050015	4050166	chr2L:4050016-4050166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0293	0.0379	0.0299	0.0189	0.0244	0.0345	0.0463	0.0593	0.0244	0.0211	0.0511	0.0211	0.0077	0.0115	0.0271	0.0115	0.0094
chr2L	4050832	4050996	chr2L:4050833-4050996	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0583	0.0319	0.0102	0.0435	0.0282	0.0856	0.0999	0.0435	0.0181	0.0582	0.0181	0.0155	0.0061	0.0206	0.0061	0.0057
chr2L	4052038	4052189	chr2L:4052039-4052189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0345	0.0411	0.0371	0.0244	0.0201	0.0388	0.0575	0.056	0.0201	0.026	0.0682	0.026	0.0101	0.0145	0.0741	0.0145	0.0078
chr2L	4052652	4052911	chr2L:4052653-4052911	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0652	0.0641	0.0803	0.0499	0.053	0.0592	0.0835	0.0833	0.053	0.0592	0.1479	0.0592	0.024	0.0391	0.1431	0.0391	0.0188
chr2L	4053350	4053534	chr2L:4053351-4053534	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0714	0.057	0.1049	0.0508	0.0424	0.0519	0.0709	0.0833	0.0424	0.0465	0.2061	0.0465	0.0511	0.036	0.127	0.036	0.0401
chr2L	4053725	4053933	chr2L:4053726-4053933	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1061	0.1301	0.1311	0.0519	0.1018	0.1092	0.1587	0.2059	0.1018	0.0731	0.2527	0.0731	0.0519	0.026	0.1605	0.026	0.0214
chr2L	4053963	4054192	chr2L:4053964-4054192	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.099	0.1265	0.1192	0.0462	0.1166	0.0864	0.1765	0.1852	0.1166	0.067	0.2341	0.067	0.0364	0.0153	0.1547	0.0153	0.012
chr2L	4054848	4055058	chr2L:4054849-4055058	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0669	0.0533	0.1052	0.04	0.0265	0.0578	0.0558	0.0913	0.0265	0.0827	0.1958	0.0827	0.0225	0.0452	0.1064	0.0452	0.012
chr2L	4055277	4055540	chr2L:4055278-4055540	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0562	0.0739	0.0671	0.0245	0.0424	0.0646	0.0843	0.1326	0.0424	0.0876	0.1016	0.0876	0.0186	0.0299	0.0613	0.0299	0.012
chr2L	4055807	4056071	chr2L:4055808-4056071	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.1009	0.1543	0.1129	0.0281	0.1442	0.1442	0.1847	0.2125	0.1442	0.221	0.1338	0.221	0.0341	0.0245	0.0561	0.0245	0.0099
chr2L	4057019	4057252	chr2L:4057020-4057252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0701	0.0805	0.0807	0.0468	0.0721	0.0767	0.106	0.1026	0.0721	0.1027	0.1116	0.1027	0.055	0.0613	0.0845	0.0613	0.0401
chr2L	4060510	4060661	chr2L:4060511-4060661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0312	0.0338	0.0382	0.0207	0.0159	0.032	0.0502	0.0433	0.0159	0.0223	0.0723	0.0223	0.0178	0.0077	0.0561	0.0077	0.0073
chr2L	4060792	4060973	chr2L:4060793-4060973	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0542	0.0604	0.0642	0.0363	0.0509	0.0583	0.0705	0.0873	0.0509	0.0586	0.1084	0.0586	0.0325	0.0237	0.0948	0.0237	0.013
chr2L	4063345	4063564	chr2L:4063346-4063564	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0417	0.0364	0.0177	0.0339	0.0354	0.0584	0.0553	0.0339	0.0272	0.0627	0.0272	0.0201	0.0061	0.0374	0.0061	0.012
chr2L	4063648	4063878	chr2L:4063649-4063878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0418	0.0441	0.0466	0.0338	0.0414	0.0417	0.0532	0.062	0.0414	0.0471	0.0688	0.0471	0.0442	0.023	0.0696	0.023	0.0323
chr2L	4064679	4064870	chr2L:4064680-4064870	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0334	0.0457	0.0343	0.0185	0.0308	0.0364	0.0558	0.0746	0.0308	0.0199	0.0556	0.0199	0.0279	0.01	0.0297	0.01	0.0115
chr2L	4064978	4065250	chr2L:4064979-4065250	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0439	0.0556	0.0437	0.0311	0.0467	0.049	0.0757	0.0773	0.0467	0.0211	0.0666	0.0211	0.0503	0.0161	0.038	0.0161	0.0349
chr2L	4065486	4065637	chr2L:4065487-4065637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0195	0.0269	0.0203	0.0104	0.0127	0.0189	0.0437	0.036	0.0127	0.0145	0.0312	0.0145	0.0186	0.0061	0.0168	0.0061	0.0078
chr2L	4069989	4070404	chr2L:4069990-4070404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0476	0.0587	0.0525	0.0299	0.0498	0.0451	0.0783	0.0853	0.0498	0.0284	0.0955	0.0284	0.024	0.0161	0.0709	0.0161	0.0141
chr2L	4070863	4071117	chr2L:4070864-4071117	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.0566	0.0348	0.0146	0.0382	0.0451	0.0722	0.0959	0.0382	0.0211	0.0621	0.0211	0.0147	0.0054	0.0251	0.0054	0.0073
chr2L	4071311	4071696	chr2L:4071312-4071696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0576	0.0847	0.0586	0.026	0.0594	0.0684	0.1172	0.1286	0.0594	0.0429	0.1016	0.0429	0.0256	0.0176	0.0548	0.0176	0.013
chr2L	4071748	4072063	chr2L:4071749-4072063	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0436	0.0601	0.0444	0.0244	0.053	0.0413	0.0822	0.0893	0.053	0.032	0.073	0.032	0.0341	0.0176	0.0625	0.0176	0.0109
chr2L	4073243	4073394	chr2L:4073244-4073394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0219	0.032	0.0195	0.0132	0.0244	0.0262	0.0433	0.044	0.0244	0.0151	0.0325	0.0151	0.0108	0.0038	0.0226	0.0038	0.0057
chr2L	4074877	4075061	chr2L:4074878-4075061	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0324	0.0421	0.0312	0.0228	0.0244	0.0335	0.0644	0.0566	0.0244	0.0175	0.054	0.0175	0.0116	0.0077	0.0232	0.0077	0.0089
chr2L	4079865	4080016	chr2L:4079866-4080016	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0289	0.0344	0.036	0.0149	0.0159	0.032	0.0454	0.0553	0.0159	0.0266	0.0605	0.0266	0.0201	0.0092	0.0316	0.0092	0.0063
chr2L	4080404	4080555	chr2L:4080405-4080555	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0286	0.0396	0.0299	0.0149	0.0329	0.0248	0.0619	0.0546	0.0329	0.0163	0.0521	0.0163	0.0186	0.013	0.029	0.013	0.0099
chr2L	4080706	4080874	chr2L:4080707-4080874	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0438	0.0626	0.0449	0.0217	0.0562	0.0597	0.0748	0.0879	0.0562	0.0236	0.0823	0.0236	0.031	0.0184	0.0542	0.0184	0.0115
chr2L	4081091	4081305	chr2L:4081092-4081305	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0394	0.0563	0.0414	0.0184	0.0445	0.0549	0.0675	0.0806	0.0445	0.0211	0.0807	0.0211	0.0178	0.01	0.0529	0.01	0.0057
chr2L	4084824	4084975	chr2L:4084825-4084975	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.024	0.0268	0.0247	0.0199	0.0223	0.0233	0.032	0.0433	0.0223	0.0217	0.0424	0.0217	0.0054	0.0054	0.0161	0.0054	0.0063
chr2L	4085334	4085485	chr2L:4085335-4085485	FBgn0086032	snoRNA:Me28S-C437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0188	0.0228	0.0202	0.0128	0.017	0.0238	0.0251	0.0366	0.017	0.0109	0.0357	0.0109	0.0077	0.0077	0.0148	0.0077	0.0026
chr2L	4085534	4085685	chr2L:4085535-4085685	FBgn0086032	snoRNA:Me28S-C437	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0215	0.0253	0.0226	0.0162	0.018	0.0248	0.0298	0.038	0.018	0.0151	0.037	0.0151	0.0155	0.013	0.0245	0.013	0.0036
chr2L	4089570	4089732	chr2L:4089571-4089732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0247	0.0275	0.0184	0.0191	0.0267	0.029	0.0366	0.0191	0.0266	0.0447	0.0266	0.0201	0.0222	0.0393	0.0222	0.0099
chr2L	4089802	4089978	chr2L:4089803-4089978	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0399	0.0462	0.0451	0.0272	0.0201	0.0481	0.0497	0.0799	0.0201	0.0447	0.0714	0.0447	0.0279	0.0276	0.0529	0.0276	0.0172
chr2L	4091761	4091912	chr2L:4091762-4091912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0227	0.0283	0.0209	0.0185	0.0148	0.0291	0.032	0.0453	0.0148	0.0187	0.0331	0.0187	0.0132	0.0398	0.0264	0.0398	0.0078
chr2L	4092038	4092189	chr2L:4092039-4092189	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0237	0.0255	0.0254	0.0196	0.0138	0.0277	0.0229	0.0466	0.0138	0.0211	0.0383	0.0211	0.0225	0.0429	0.0226	0.0429	0.0099
chr2L	4093594	4093869	chr2L:4093595-4093869	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0497	0.0528	0.0562	0.0391	0.0308	0.0563	0.0528	0.0906	0.0308	0.0399	0.0904	0.0399	0.038	0.0391	0.0832	0.0391	0.0214
chr2L	4094010	4094194	chr2L:4094011-4094194	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.0424	0.0481	0.028	0.0286	0.0442	0.048	0.0646	0.0286	0.0399	0.0801	0.0399	0.024	0.0237	0.06	0.0237	0.0141
chr2L	4094311	4094472	chr2L:4094312-4094472	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0349	0.0409	0.041	0.0214	0.0244	0.0383	0.0458	0.0706	0.0244	0.0302	0.0714	0.0302	0.0178	0.0123	0.0477	0.0123	0.0073
chr2L	4096330	4096642	chr2L:4096331-4096642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0461	0.0629	0.0505	0.0226	0.0562	0.065	0.0657	0.0979	0.0562	0.0447	0.083	0.0447	0.0201	0.01	0.0484	0.01	0.0156
chr2L	4098408	4098559	chr2L:4098409-4098559	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0267	0.0324	0.0339	0.0125	0.0138	0.0325	0.0372	0.0566	0.0138	0.0199	0.0643	0.0199	0.0116	0.0031	0.0264	0.0031	0.0036
chr2L	4098650	4098801	chr2L:4098651-4098801	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0264	0.0338	0.0332	0.0106	0.0138	0.034	0.0394	0.056	0.0138	0.0163	0.0592	0.0163	0.0194	0.0069	0.0219	0.0069	0.0042
chr2L	4098933	4099084	chr2L:4098934-4099084	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0242	0.0262	0.0325	0.0128	0.0106	0.0248	0.0324	0.044	0.0106	0.0248	0.0559	0.0248	0.0163	0.0077	0.0303	0.0077	0.0052
chr2L	4099323	4099615	chr2L:4099324-4099615	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0361	0.044	0.0437	0.0189	0.0255	0.0335	0.0476	0.0873	0.0255	0.0326	0.0743	0.0326	0.0225	0.0145	0.0361	0.0145	0.0099
chr2L	4101944	4102095	chr2L:4101945-4102095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0206	0.0229	0.0234	0.0149	0.0085	0.0296	0.0229	0.0353	0.0085	0.0193	0.0395	0.0193	0.0101	0.0031	0.0264	0.0031	0.0078
chr2L	4104847	4105127	chr2L:4104848-4105127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0322	0.0391	0.0382	0.0178	0.0201	0.0427	0.0372	0.0733	0.0201	0.029	0.0585	0.029	0.0232	0.0092	0.0335	0.0092	0.0068
chr2L	4105271	4105501	chr2L:4105272-4105501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.032	0.035	0.0396	0.0202	0.0191	0.0345	0.0376	0.066	0.0191	0.0272	0.0662	0.0272	0.0287	0.0168	0.0374	0.0168	0.0146
chr2L	4107570	4107721	chr2L:4107571-4107721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0217	0.0214	0.0308	0.0121	0.0095	0.0248	0.0225	0.0373	0.0095	0.0193	0.0534	0.0193	0.0139	0.0077	0.0193	0.0077	0.0073
chr2L	4108545	4108696	chr2L:4108546-4108696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0208	0.0213	0.0254	0.0153	0.018	0.0233	0.0255	0.0253	0.018	0.0187	0.0421	0.0187	0.0101	0.0046	0.0226	0.0046	0.0047
chr2L	4113573	4113781	chr2L:4113574-4113781	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0279	0.034	0.0335	0.0149	0.0138	0.035	0.0324	0.0693	0.0138	0.029	0.0559	0.029	0.0139	0.0069	0.0251	0.0069	0.0063
chr2L	4116086	4116242	chr2L:4116087-4116242	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0247	0.035	0.0256	0.0123	0.0159	0.0345	0.0376	0.066	0.0159	0.0217	0.0383	0.0217	0.0139	0.0092	0.0219	0.0092	0.0047
chr2L	4116579	4116982	chr2L:4116580-4116982	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0409	0.0446	0.0504	0.0265	0.018	0.0539	0.0398	0.0846	0.018	0.0417	0.0788	0.0417	0.0201	0.0191	0.0406	0.0191	0.0104
chr2L	4117557	4117708	chr2L:4117558-4117708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0221	0.0187	0.0297	0.0175	0.0053	0.0243	0.019	0.0313	0.0053	0.0187	0.0489	0.0187	0.0178	0.0084	0.0303	0.0084	0.0109
chr2L	4118747	4119005	chr2L:4118748-4119005	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0386	0.0378	0.0426	0.035	0.0244	0.032	0.0588	0.0426	0.0244	0.0181	0.0405	0.0181	0.0395	0.0023	0.0155	0.0023	0.0125
chr2L	4119330	4119517	chr2L:4119331-4119517	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0301	0.0186	0.0294	0.0439	0.0064	0.0267	0.0255	0.016	0.0064	0.0145	0.0257	0.0145	0.0155	0.0031	0.0129	0.0031	0.0172
chr2L	4121646	4121806	chr2L:4121647-4121806	FBgn0014033	Sr-CI	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.0249	0.0299	0.0214	0.0127	0.0282	0.032	0.0313	0.0127	0.0187	0.0357	0.0187	0.0488	0.0046	0.0174	0.0046	0.0479
chr2L	4123235	4123541	chr2L:4123236-4123541	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0459	0.0651	0.0511	0.0188	0.053	0.0573	0.0982	0.07	0.053	0.035	0.0736	0.035	0.0465	0.0061	0.0226	0.0061	0.0193
chr2L	4123594	4123984	chr2L:4123595-4123984	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0614	0.0796	0.0711	0.0305	0.0477	0.0757	0.1189	0.0873	0.0477	0.035	0.0936	0.035	0.0914	0.0107	0.0245	0.0107	0.0464
chr2L	4124147	4124298	chr2L:4124148-4124298	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0246	0.0293	0.018	0.0138	0.0272	0.0311	0.0293	0.0138	0.0157	0.0347	0.0157	0.0395	0.0054	0.0097	0.0054	0.0287
chr2L	4124864	4125027	chr2L:4124865-4125027	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0309	0.015	0.0343	0.045	0.0106	0.0209	0.0147	0.02	0.0106	0.0121	0.0267	0.0121	0.0116	0.0015	0.0129	0.0015	0.012
chr2L	4125331	4125482	chr2L:4125332-4125482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0191	0.0097	0.0136	0.0355	0.0021	0.0136	0.0117	0.014	0.0021	0.0048	0.0122	0.0048	0.0085	0.0054	0.0058	0.0054	0.0109
chr2L	4125600	4125751	chr2L:4125601-4125751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0126	0.023	0.026	0.0011	0.015	0.0186	0.0147	0.0011	0.0121	0.019	0.0121	0.017	0.0038	0.0077	0.0038	0.012
chr2L	4125882	4126033	chr2L:4125883-4126033	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.017	0.0162	0.0175	0.0174	0.0095	0.0155	0.0242	0.0167	0.0095	0.0079	0.0141	0.0079	0.0132	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	4128696	4128860	chr2L:4128697-4128860	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0221	0.0113	0.0209	0.0354	0.0042	0.0121	0.0186	0.012	0.0042	0.0072	0.0129	0.0072	0.0054	0.0015	0.0032	0.0015	0.0052
chr2L	4129313	4129464	chr2L:4129314-4129464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0087	0.0123	0.0245	0.0042	0.0092	0.0104	0.014	0.0042	0.0085	0.0122	0.0085	0.0085	0.0046	0.0032	0.0046	0.0057
chr2L	4132332	4132483	chr2L:4132333-4132483	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0192	0.0199	0.016	0.022	0.0042	0.0393	0.0182	0.0193	0.0042	0.0115	0.0148	0.0115	0.0085	0.0092	0.0064	0.0092	0.0057
chr2L	4132495	4132649	chr2L:4132496-4132649	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.022	0.0242	0.0165	0.0258	0.0095	0.0476	0.0208	0.0207	0.0095	0.0103	0.017	0.0103	0.0085	0.0107	0.0039	0.0107	0.0078
chr2L	4132994	4133164	chr2L:4132995-4133164	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0199	0.013	0.018	0.0297	0.0053	0.0107	0.0199	0.0173	0.0053	0.0151	0.0116	0.0151	0.0101	0.0077	0.009	0.0077	0.0146
chr2L	4133648	4133853	chr2L:4133649-4133853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0093	0.0104	0.0164	0.0021	0.0112	0.0147	0.0093	0.0021	0.0097	0.009	0.0097	0.0046	0.0038	0.0045	0.0038	0.0089
chr2L	4134237	4134388	chr2L:4134238-4134388	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0117	0.0155	0.0132	0.0064	0.0131	0.0169	0.0107	0.0064	0.0085	0.0174	0.0085	0.0054	0.0046	0.0045	0.0046	0.0068
chr2L	4142473	4142624	chr2L:4142474-4142624	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0093	0.0062	0.0114	0.0053	0.0053	0.0186	0.0073	0.0053	0.0091	0.0058	0.0091	0.0054	8e-04	0.0019	8e-04	0.0021
chr2L	4153324	4153475	chr2L:4153325-4153475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0104	0.0072	0.0102	0.0141	0.0021	0.0053	0.0147	0.0073	0.0021	0.0054	0.0129	0.0054	0.007	0.0038	0.0071	0.0038	0.0057
chr2L	4185957	4186108	chr2L:4185958-4186108	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0239	0.0294	0.0225	0.0192	0.0159	0.0233	0.0515	0.03	0.0159	0.0157	0.0296	0.0157	0.024	0.023	0.0206	0.023	0.025
chr2L	4187470	4187640	chr2L:4187471-4187640	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.045	0.0406	0.0509	0.0434	0.0286	0.0442	0.0523	0.0493	0.0286	0.0507	0.0675	0.0507	0.0503	0.0406	0.0426	0.0406	0.0542
chr2L	4187716	4187886	chr2L:4187717-4187886	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0754	0.1009	0.0769	0.0509	0.0961	0.0839	0.0986	0.0509	0.1081	0.1183	0.1081	0.1146	0.0896	0.0864	0.0896	0.0907
chr2L	4187977	4188184	chr2L:4187978-4188184	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0416	0.0409	0.0494	0.034	0.0212	0.049	0.0519	0.054	0.0212	0.0628	0.0576	0.0628	0.0488	0.0436	0.0348	0.0436	0.0427
chr2L	4188232	4188383	chr2L:4188233-4188383	FBgn0040102,FBgn0051961	CG31961,lectin-24Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0244	0.0229	0.0293	0.0207	0.0117	0.0252	0.0311	0.0286	0.0117	0.038	0.0328	0.038	0.0294	0.0368	0.0155	0.0368	0.0266
chr2L	4194898	4195049	chr2L:4194899-4195049	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0198	0.0206	0.0234	0.015	0.0064	0.0238	0.0324	0.0193	0.0064	0.0169	0.0257	0.0169	0.0534	0.0161	0.0219	0.0161	0.0182
chr2L	4197334	4197523	chr2L:4197335-4197523	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0606	0.0305	0.0685	0.0854	0.0127	0.0447	0.0268	0.0466	0.0127	0.0332	0.1006	0.0332	0.1038	0.0789	0.127	0.0789	0.1032
chr2L	4197566	4197825	chr2L:4197567-4197825	FBgn0031589	CG3714	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0694	0.0302	0.073	0.1093	0.0042	0.0447	0.0294	0.044	0.0042	0.0435	0.0952	0.0435	0.1139	0.0965	0.1386	0.0965	0.147
chr2L	4197990	4198155	chr2L:4197991-4198155	FBgn0031589	CG3714	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0683	0.0239	0.0671	0.1192	0.0095	0.0354	0.0268	0.0293	0.0095	0.0453	0.073	0.0453	0.127	0.1172	0.1244	0.1172	0.1725
chr2L	4198210	4198387	chr2L:4198211-4198387	FBgn0031589	CG3714	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0508	0.0258	0.0504	0.0791	0.0127	0.032	0.0307	0.0333	0.0127	0.0302	0.0614	0.0302	0.0906	0.0781	0.0928	0.0781	0.1115
chr2L	4198467	4198643	chr2L:4198468-4198643	FBgn0031589	CG3714	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0331	0.0227	0.0381	0.0393	0.0064	0.0243	0.0303	0.0306	0.0064	0.0211	0.0514	0.0211	0.0581	0.026	0.0709	0.026	0.0479
chr2L	4199066	4199217	chr2L:4199067-4199217	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0207	0.0169	0.0275	0.0173	0.0053	0.0131	0.0212	0.0326	0.0053	0.0103	0.0489	0.0103	0.0225	0.013	0.0342	0.013	0.0125
chr2L	4208784	4208935	chr2L:4208785-4208935	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.023	0.0356	0.0246	0.0072	0.0074	0.0272	0.0333	0.0839	0.0074	0.0175	0.0408	0.0175	0.0124	0.0069	0.0161	0.0069	0.0042
chr2L	4218739	4218890	chr2L:4218740-4218890	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0295	0.0221	0.0386	0.0279	0.0074	0.0194	0.0242	0.0433	0.0074	0.0133	0.0781	0.0133	0.0163	0.0046	0.107	0.0046	0.0073
chr2L	4219171	4219322	chr2L:4219172-4219322	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0274	0.0543	0.0285	0.017	0.0267	0.0311	0.0406	0.017	0.0127	0.1196	0.0127	0.0124	0.0077	0.1096	0.0077	0.0078
chr2L	4220399	4220550	chr2L:4220400-4220550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0377	0.0303	0.0523	0.0301	0.0106	0.0417	0.0264	0.0526	0.0106	0.029	0.1042	0.029	0.0132	0.0084	0.1064	0.0084	0.0068
chr2L	4220573	4220724	chr2L:4220574-4220724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0354	0.0278	0.0525	0.0252	0.0106	0.035	0.0281	0.0466	0.0106	0.0236	0.1058	0.0236	0.0186	0.0061	0.0864	0.0061	0.0073
chr2L	4221241	4221446	chr2L:4221242-4221446	FBgn0001075	ft	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1086	0.1336	0.1379	0.0485	0.0636	0.1718	0.1163	0.2258	0.0636	0.1057	0.2203	0.1057	0.0999	0.0153	0.1586	0.0153	0.0219
chr2L	4221542	4221693	chr2L:4221543-4221693	FBgn0001075	ft	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0791	0.088	0.1038	0.0419	0.0594	0.1034	0.0843	0.1439	0.0594	0.0616	0.1791	0.0616	0.0736	0.01	0.1425	0.01	0.0193
chr2L	4221705	4221936	chr2L:4221706-4221936	FBgn0001075	ft	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1509	0.1641	0.2095	0.0717	0.1209	0.1748	0.1298	0.3291	0.1209	0.096	0.3698	0.096	0.1534	0.0123	0.256	0.0123	0.0255
chr2L	4222410	4222680	chr2L:4222411-4222680	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1321	0.1079	0.2136	0.0698	0.0255	0.133	0.0722	0.2385	0.0255	0.154	0.3666	0.154	0.1402	0.026	0.2224	0.026	0.037
chr2L	4222758	4223000	chr2L:4222759-4223000	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1006	0.0773	0.1694	0.0512	0.0201	0.0961	0.051	0.1706	0.0201	0.125	0.3003	0.125	0.0906	0.013	0.1818	0.013	0.0193
chr2L	4223208	4223359	chr2L:4223209-4223359	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.06	0.036	0.1119	0.0298	0.0064	0.0461	0.0242	0.0779	0.0064	0.0688	0.2177	0.0688	0.038	0.01	0.0967	0.01	0.0162
chr2L	4223920	4224071	chr2L:4223921-4224071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0431	0.0872	0.0411	0.018	0.0505	0.0458	0.07	0.018	0.0839	0.1305	0.0839	0.0713	0.023	0.0696	0.023	0.05
chr2L	4224209	4224379	chr2L:4224210-4224379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1109	0.0958	0.1466	0.0887	0.0551	0.1209	0.0965	0.1426	0.0551	0.1697	0.1814	0.1697	0.1479	0.0789	0.109	0.0789	0.1162
chr2L	4224510	4224718	chr2L:4224511-4224718	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0815	0.0666	0.1088	0.0684	0.035	0.0772	0.0774	0.0959	0.035	0.1051	0.1212	0.1051	0.1696	0.0521	0.0677	0.0521	0.1261
chr2L	4224995	4225146	chr2L:4224996-4225146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0318	0.0274	0.042	0.0256	0.0095	0.033	0.0346	0.0366	0.0095	0.0417	0.0531	0.0417	0.0434	0.0237	0.0187	0.0237	0.0521
chr2L	4226874	4227086	chr2L:4226875-4227086	FBgn0031590	CG3702	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1429	0.1377	0.167	0.1223	0.105	0.1505	0.173	0.1606	0.105	0.1938	0.1887	0.1938	0.1479	0.1279	0.1302	0.1279	0.1417
chr2L	4227609	4227776	chr2L:4227610-4227776	FBgn0003941	RpL40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.136	0.1246	0.1596	0.1228	0.0721	0.135	0.1522	0.1772	0.0721	0.2023	0.1756	0.2023	0.1541	0.1378	0.1051	0.1378	0.1595
chr2L	4227853	4228217	chr2L:4227854-4228217	FBgn0003941	RpL40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1076	0.1003	0.1329	0.088	0.0551	0.1141	0.1289	0.1326	0.0551	0.1751	0.1466	0.1751	0.1301	0.1133	0.078	0.1133	0.1141
chr2L	4244560	4244711	chr2L:4244561-4244711	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0108	0.0105	0.0117	0.0042	0.0073	0.0182	0.0167	0.0042	0.0109	0.0122	0.0109	0.007	0.0015	0.0039	0.0015	0.0078
chr2L	4252849	4253015	chr2L:4252850-4253015	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0153	0.0245	0.0224	0.0095	0.0146	0.0225	0.0207	0.0095	0.0157	0.0219	0.0157	0.0116	0.0031	0.0103	0.0031	0.0063
chr2L	4253208	4253423	chr2L:4253209-4253423	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0198	0.0168	0.0187	0.0245	0.0064	0.0126	0.0368	0.01	0.0064	0.0175	0.0174	0.0175	0.0108	0.0054	0.0116	0.0054	0.012
chr2L	4256860	4257027	chr2L:4256861-4257027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0157	0.0242	0.0157	0.0061	0.0106	0.0311	0.0234	0.0386	0.0106	0.0145	0.0164	0.0145	0.0077	0.01	0.0019	0.01	0.0042
chr2L	4257077	4257236	chr2L:4257078-4257236	FBgn0031591	CG15425	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0165	0.0247	0.0166	0.0072	0.017	0.0291	0.0242	0.042	0.017	0.0139	0.0145	0.0139	0.0085	0.0084	0.0064	0.0084	0.0073
chr2L	4280591	4280742	chr2L:4280592-4280742	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.032	0.0647	0.018	0.0107	0.053	0.033	0.1302	0.0553	0.053	0.0097	0.0305	0.0097	0.007	0.0015	0.0064	0.0015	0.0042
chr2L	4281334	4281543	chr2L:4281335-4281543	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0685	0.1488	0.0319	0.0189	0.1463	0.0612	0.2686	0.1765	0.1463	0.0175	0.0508	0.0175	0.0232	0.01	0.0213	0.01	0.0115
chr2L	4281772	4281923	chr2L:4281773-4281923	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0517	0.1001	0.0232	0.029	0.0944	0.0432	0.1899	0.1039	0.0944	0.0133	0.0296	0.0133	0.0077	0.0061	0.0148	0.0061	0.0094
chr2L	4281925	4282287	chr2L:4281926-4282287	distal	distal	stage5	stage5	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1083	0.1925	0.0628	0.0641	0.2057	0.0883	0.3607	0.1779	0.2057	0.0211	0.099	0.0211	0.0263	0.0123	0.069	0.0123	0.0146
chr2L	4282502	4282768	chr2L:4282503-4282768	FBgn0010473	tutl	stage11	none	VT2208.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0969	0.1062	0.1117	0.0702	0.0721	0.0767	0.1734	0.1206	0.0721	0.0284	0.2277	0.0284	0.038	0.0168	0.2044	0.0168	0.0276
chr2L	4282914	4283261	chr2L:4282915-4283261	FBgn0010473	tutl	stage11,stage14,stage5	none	VT2208.1,VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.2818	0.3224	0.2869	0.2307	0.3107	0.2893	0.4187	0.4037	0.3107	0.2283	0.4206	0.2283	0.1487	0.1922	0.3378	0.1922	0.1261
chr2L	4283373	4283608	chr2L:4283374-4283608	FBgn0010473	tutl	stage11,stage14,stage5	none	VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1062	0.1051	0.1043	0.1095	0.087	0.0883	0.1535	0.1286	0.087	0.0658	0.1386	0.0658	0.0465	0.0482	0.1051	0.0482	0.0521
chr2L	4284116	4284267	chr2L:4284117-4284267	distal	distal	none	none	VT2209.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0438	0.0572	0.0388	0.0344	0.0403	0.0413	0.0839	0.0866	0.0403	0.0139	0.0727	0.0139	0.0093	0.0115	0.058	0.0115	0.0068
chr2L	4286056	4286207	chr2L:4286057-4286207	distal	distal	none	none	VT2210.1	VT2210.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0355	0.0386	0.0352	0.0324	0.0191	0.0267	0.0657	0.048	0.0191	0.0157	0.064	0.0157	0.0248	0.0123	0.087	0.0123	0.0234
chr2L	4286755	4286925	chr2L:4286756-4286925	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2210.1	VT2210.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0508	0.0389	0.0623	0.0514	0.0286	0.0262	0.0558	0.0586	0.0286	0.0199	0.126	0.0199	0.0294	0.0084	0.1683	0.0084	0.0276
chr2L	4286972	4287241	chr2L:4286973-4287241	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0842	0.1147	0.0871	0.0469	0.1145	0.0709	0.1293	0.2159	0.1145	0.0242	0.183	0.0242	0.0287	0.0153	0.1476	0.0153	0.0229
chr2L	4287329	4287561	chr2L:4287330-4287561	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.065	0.1115	0.0528	0.0263	0.1124	0.0583	0.1246	0.2312	0.1124	0.0175	0.1039	0.0175	0.0209	0.0107	0.0825	0.0107	0.0073
chr2L	4289501	4289652	chr2L:4289502-4289652	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0107	0.0152	0.0071	0.0095	0.0106	0.0044	0.035	0.0127	0.0106	0.0048	0.0113	0.0048	0.0039	0.0046	0.0077	0.0046	0.0036
chr2L	4289718	4289869	chr2L:4289719-4289869	distal	distal	none	none	VT2213.1	VT2213.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0115	0.0141	0.0085	0.012	0.0064	0.0073	0.0272	0.0153	0.0064	0.0036	0.0138	0.0036	0.0023	0.0038	0.0103	0.0038	0.0031
chr2L	4292474	4292625	chr2L:4292475-4292625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.011	0.0132	0.0096	0.0102	0.0032	0.0087	0.0264	0.014	0.0032	0.0085	0.0141	0.0085	0.0023	0.0031	0.0116	0.0031	0.0042
chr2L	4292888	4293039	chr2L:4292889-4293039	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0166	0.0211	0.0145	0.0141	0.0064	0.0092	0.042	0.026	0.0064	0.0054	0.0206	0.0054	0.0062	0.0038	0.0174	0.0038	0.0099
chr2L	4301526	4301677	chr2L:4301527-4301677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0201	0.038	0.0143	0.0064	0.0382	0.0194	0.0627	0.0466	0.0382	0.0097	0.0228	0.0097	0.0062	0.0046	0.0084	0.0046	0.0031
chr2L	4302546	4302697	chr2L:4302547-4302697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0097	0.0122	0.0086	0.0081	0.0074	0.0083	0.0229	0.0107	0.0074	0.0018	0.0132	0.0018	0.0039	0.0046	0.0032	0.0046	0.0016
chr2L	4305942	4306093	chr2L:4305943-4306093	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.019	0.0292	0.0162	0.0106	0.0212	0.015	0.0549	0.032	0.0212	0.0097	0.0228	0.0097	0.0147	0.0054	0.0155	0.0054	0.0099
chr2L	4310376	4310527	chr2L:4310377-4310527	distal	distal	stage14	stage14	VT2223.1	VT2223.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0156	0.0192	0.014	0.0135	0.0106	0.0112	0.0407	0.0127	0.0106	0.0085	0.0196	0.0085	0.007	0.0054	0.0129	0.0054	0.0047
chr2L	4310581	4310732	chr2L:4310582-4310732	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0159	0.0206	0.0129	0.0141	0.0106	0.0136	0.0415	0.016	0.0106	0.0066	0.0154	0.0066	0.0093	0.0046	0.0103	0.0046	0.0052
chr2L	4312366	4312591	chr2L:4312367-4312591	distal	distal	none	none	VT2225.1,VT2226.1	VT2225.1,VT2226.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0292	0.0369	0.0317	0.018	0.0329	0.0155	0.0662	0.0453	0.0329	0.0163	0.0505	0.0163	0.0132	0.0077	0.0155	0.0077	0.0135
chr2L	4314748	4314899	chr2L:4314749-4314899	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.014	0.0257	0.0093	0.0061	0.0233	0.0112	0.0506	0.0233	0.0233	0.0036	0.0154	0.0036	0.007	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr2L	4314958	4315109	chr2L:4314959-4315109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0122	0.0231	0.0074	0.0054	0.0201	0.0078	0.0502	0.0187	0.0201	0.006	0.0103	0.006	0.0062	0.0031	0.009	0.0031	0.0031
chr2L	4322232	4322492	chr2L:4322233-4322492	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0297	0.04	0.027	0.021	0.0456	0.0165	0.0709	0.0433	0.0456	0.0175	0.0399	0.0175	0.0201	0.0123	0.0342	0.0123	0.0234
chr2L	4322791	4322942	chr2L:4322792-4322942	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0323	0.0181	0.0149	0.0286	0.0194	0.058	0.0326	0.0286	0.0127	0.0277	0.0127	0.0108	0.0115	0.0181	0.0115	0.0156
chr2L	4324379	4324657	chr2L:4324380-4324657	FBgn0028482	CG16857	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0237	0.0187	0.0226	0.0306	0.0032	0.0131	0.0376	0.0187	0.0032	0.0187	0.0312	0.0187	0.017	0.0222	0.0406	0.0222	0.0433
chr2L	4331909	4332060	chr2L:4331910-4332060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0322	0.0107	0.0207	0.0688	0.0021	0.0073	0.0186	0.0133	0.0021	0.0127	0.0235	0.0127	0.0333	0.0444	0.0767	0.0444	0.1178
chr2L	4332586	4332737	chr2L:4332587-4332737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0141	0.0242	0.0368	0.0064	0.0131	0.0212	0.016	0.0064	0.0181	0.0193	0.0181	0.0565	0.0245	0.0245	0.0245	0.086
chr2L	4332764	4332948	chr2L:4332765-4332948	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0298	0.0151	0.0303	0.0458	0.0032	0.0209	0.0177	0.018	0.0032	0.0205	0.0283	0.0205	0.072	0.036	0.0361	0.036	0.1011
chr2L	4333278	4333546	chr2L:4333279-4333546	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.187	0.0943	0.2221	0.2519	0.0382	0.1471	0.0835	0.1213	0.0382	0.2198	0.2807	0.2198	0.2378	0.3055	0.2798	0.3055	0.3022
chr2L	4333719	4333943	chr2L:4333720-4333943	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1838	0.1191	0.1916	0.2475	0.0764	0.1568	0.1224	0.1539	0.0764	0.1238	0.2614	0.1238	0.2177	0.2933	0.2643	0.2933	0.2949
chr2L	4334128	4334367	chr2L:4334129-4334367	FBgn0020762	Atet	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0847	0.054	0.0937	0.1092	0.0318	0.0816	0.0567	0.0573	0.0318	0.0797	0.117	0.0797	0.103	0.1263	0.1425	0.1263	0.1089
chr2L	4334520	4334682	chr2L:4334521-4334682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0449	0.027	0.0425	0.0675	0.017	0.0267	0.0433	0.0253	0.017	0.0254	0.0363	0.0254	0.0395	0.0452	0.0419	0.0452	0.0401
chr2L	4334797	4335015	chr2L:4334798-4335015	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0487	0.0375	0.0444	0.066	0.0276	0.0316	0.0688	0.0286	0.0276	0.0272	0.0434	0.0272	0.0364	0.0383	0.0516	0.0383	0.062
chr2L	4335040	4335191	chr2L:4335041-4335191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0314	0.0317	0.0282	0.0348	0.0244	0.0277	0.0554	0.0253	0.0244	0.0169	0.0244	0.0169	0.0356	0.023	0.0309	0.023	0.0443
chr2L	4335871	4336225	chr2L:4335872-4336225	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0888	0.0946	0.0964	0.0741	0.0562	0.1063	0.0852	0.1679	0.0562	0.0864	0.1331	0.0864	0.0852	0.0574	0.0974	0.0574	0.1282
chr2L	4339812	4339963	chr2L:4339813-4339963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0208	0.0169	0.023	0.0228	0.0064	0.0189	0.0285	0.0153	0.0064	0.0127	0.0296	0.0127	0.0294	0.0168	0.0135	0.0168	0.0469
chr2L	4340095	4340652	chr2L:4340096-4340652	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0757	0.0718	0.0603	0.0969	0.0488	0.0699	0.0952	0.0939	0.0488	0.0477	0.0624	0.0477	0.0782	0.0804	0.0316	0.0804	0.124
chr2L	4344635	4344901	chr2L:4344636-4344901	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.052	0.0424	0.0525	0.0622	0.0244	0.051	0.0584	0.042	0.0244	0.0876	0.0511	0.0876	0.0411	0.1845	0.0471	0.1845	0.0401
chr2L	4344922	4345198	chr2L:4344923-4345198	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0502	0.0609	0.047	0.0416	0.053	0.0607	0.0874	0.0606	0.053	0.0779	0.0489	0.0779	0.031	0.1049	0.0303	0.1049	0.0354
chr2L	4345348	4345499	chr2L:4345349-4345499	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0444	0.047	0.0462	0.0397	0.0265	0.0505	0.061	0.0613	0.0265	0.0658	0.0469	0.0658	0.0364	0.0766	0.0413	0.0766	0.0328
chr2L	4345579	4345735	chr2L:4345580-4345735	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0713	0.0673	0.082	0.0639	0.0392	0.0791	0.0804	0.0873	0.0392	0.09	0.0945	0.09	0.0697	0.085	0.0664	0.085	0.0662
chr2L	4345804	4346033	chr2L:4345805-4346033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1776	0.1543	0.2074	0.1711	0.0901	0.1976	0.1657	0.2052	0.0901	0.2494	0.2177	0.2494	0.2014	0.206	0.1689	0.206	0.174
chr2L	4346725	4347054	chr2L:4346726-4347054	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1592	0.1037	0.2046	0.1714	0.0424	0.1626	0.0917	0.1452	0.0424	0.2633	0.1859	0.2633	0.1061	0.2243	0.1006	0.2243	0.0834
chr2L	4349734	4349887	chr2L:4349735-4349887	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0445	0.0406	0.0709	0.0198	0.0159	0.0578	0.035	0.068	0.0159	0.058	0.0836	0.058	0.0132	0.0153	0.0187	0.0153	0.0135
chr2L	4349893	4350070	chr2L:4349894-4350070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0525	0.0501	0.0832	0.0214	0.0223	0.0641	0.0463	0.0819	0.0223	0.0791	0.1026	0.0791	0.017	0.0191	0.0213	0.0191	0.0141
chr2L	4350650	4350816	chr2L:4350651-4350816	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0456	0.0275	0.0892	0.018	0.0042	0.0466	0.0221	0.038	0.0042	0.1588	0.0887	0.1588	0.0124	0.0184	0.0174	0.0184	0.0182
chr2L	4350996	4351153	chr2L:4350997-4351153	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0715	0.0533	0.135	0.022	0.0064	0.1102	0.0264	0.0773	0.0064	0.2174	0.1325	0.2174	0.0209	0.0145	0.0181	0.0145	0.0141
chr2L	4351214	4351399	chr2L:4351215-4351399	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0611	0.0659	0.0964	0.017	0.017	0.133	0.0467	0.0733	0.017	0.157	0.0884	0.157	0.0186	0.0153	0.0116	0.0153	0.0083
chr2L	4351743	4351894	chr2L:4351744-4351894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0362	0.0432	0.0495	0.0138	0.0148	0.0714	0.0385	0.0526	0.0148	0.0676	0.0395	0.0676	0.0077	0.0145	0.0123	0.0145	0.0068
chr2L	4351992	4352215	chr2L:4351993-4352215	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0563	0.071	0.0708	0.024	0.0244	0.1005	0.0735	0.1006	0.0244	0.0864	0.0656	0.0864	0.0186	0.0184	0.0239	0.0184	0.0068
chr2L	4354851	4355098	chr2L:4354852-4355098	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0651	0.0428	0.01	0.035	0.0398	0.109	0.0879	0.035	0.0332	0.0714	0.0332	0.0163	0.0084	0.0258	0.0084	0.0047
chr2L	4355146	4355357	chr2L:4355147-4355357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0385	0.0451	0.0139	0.0074	0.0306	0.0601	0.0553	0.0074	0.0284	0.0768	0.0284	0.0248	0.0061	0.0451	0.0061	0.0063
chr2L	4357796	4358283	chr2L:4357797-4358283	distal	distal	stage11	stage11	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0567	0.0637	0.0793	0.0241	0.035	0.0583	0.0934	0.0839	0.035	0.061	0.1109	0.061	0.0705	0.01	0.0542	0.01	0.0208
chr2L	4358346	4358497	chr2L:4358347-4358497	distal	distal	none	none	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0192	0.0184	0.0272	0.0113	0.0085	0.0233	0.0264	0.0187	0.0085	0.0229	0.0421	0.0229	0.0186	0.0031	0.0264	0.0031	0.0109
chr2L	4358988	4359285	chr2L:4358989-4359285	distal	distal	none	none	VT2248.1	VT2248.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0262	0.0487	0.0319	0.0042	0.0282	0.0342	0.0386	0.0042	0.0634	0.0508	0.0634	0.0434	0.0406	0.0413	0.0406	0.0354
chr2L	4359399	4359607	chr2L:4359400-4359607	distal	distal	none	none	Unspecified_BN35	Unspecified_BN35	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0313	0.0254	0.0438	0.0241	0.0106	0.0301	0.0311	0.0346	0.0106	0.0731	0.0453	0.0731	0.0318	0.0375	0.0245	0.0375	0.0323
chr2L	4362627	4362858	chr2L:4362628-4362858	FBgn0026319	Traf4	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0454	0.0477	0.0596	0.027	0.0117	0.0573	0.0597	0.0626	0.0117	0.1039	0.0662	0.1039	0.0341	0.036	0.0445	0.036	0.0255
chr2L	4363152	4363303	chr2L:4363153-4363303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0356	0.0449	0.047	0.0128	0.0212	0.049	0.058	0.0593	0.0212	0.0574	0.0675	0.0574	0.0209	0.0199	0.02	0.0199	0.0094
chr2L	4363659	4364042	chr2L:4363660-4364042	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1567	0.2621	0.1759	0.018	0.1866	0.2898	0.3032	0.3544	0.1866	0.3992	0.1839	0.3992	0.0333	0.0207	0.0251	0.0207	0.0151
chr2L	4364150	4364301	chr2L:4364151-4364301	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0652	0.1036	0.0777	0.0086	0.0604	0.1112	0.1207	0.1506	0.0604	0.1479	0.0894	0.1479	0.0209	0.0054	0.0103	0.0054	0.0099
chr2L	4364536	4364687	chr2L:4364537-4364687	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0428	0.0556	0.053	0.0173	0.0382	0.0631	0.0727	0.0613	0.0382	0.0924	0.0537	0.0924	0.0457	0.0191	0.0193	0.0191	0.0276
chr2L	4364815	4365270	chr2L:4364816-4365270	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0891	0.0694	0.1316	0.0646	0.0308	0.0942	0.0882	0.0646	0.0308	0.1963	0.1096	0.1963	0.2262	0.0536	0.0535	0.0536	0.1376
chr2L	4365664	4365826	chr2L:4365665-4365826	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0379	0.0269	0.0552	0.0311	0.0095	0.0374	0.0372	0.0253	0.0095	0.0465	0.0598	0.0465	0.1077	0.0291	0.0393	0.0291	0.0552
chr2L	4365830	4365981	chr2L:4365831-4365981	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.034	0.0221	0.0506	0.0292	0.0095	0.0257	0.0316	0.024	0.0095	0.0495	0.0527	0.0495	0.0906	0.0268	0.0426	0.0268	0.0479
chr2L	4366023	4366174	chr2L:4366024-4366174	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0327	0.0244	0.0463	0.0272	0.0085	0.0301	0.0333	0.0286	0.0085	0.0501	0.0553	0.0501	0.0612	0.0199	0.0529	0.0199	0.0344
chr2L	4366712	4366879	chr2L:4366713-4366879	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0512	0.1109	0.0288	0.0091	0.0795	0.0913	0.144	0.1699	0.0795	0.0272	0.0421	0.0272	0.0178	0.0023	0.0206	0.0023	0.0089
chr2L	4368518	4368669	chr2L:4368519-4368669	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.074	0.1463	0.0546	0.0145	0.1495	0.1199	0.1817	0.2112	0.1495	0.0622	0.0659	0.0622	0.0387	0.0084	0.0193	0.0084	0.0255
chr2L	4368770	4369038	chr2L:4368771-4369038	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1302	0.2213	0.1152	0.0448	0.2365	0.2073	0.2478	0.3165	0.2365	0.1262	0.1511	0.1262	0.0953	0.0314	0.0651	0.0314	0.0766
chr2L	4369184	4369413	chr2L:4369185-4369413	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0652	0.0692	0.0811	0.0432	0.035	0.0888	0.0627	0.1113	0.035	0.0628	0.0965	0.0628	0.1317	0.0145	0.0606	0.0145	0.0907
chr2L	4370092	4370302	chr2L:4370093-4370302	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0673	0.1246	0.0589	0.0124	0.0668	0.1553	0.1207	0.1979	0.0668	0.0495	0.0688	0.0495	0.0256	0.0115	0.0168	0.0115	0.0115
chr2L	4370666	4370914	chr2L:4370667-4370914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0808	0.1097	0.0896	0.039	0.0636	0.1369	0.1047	0.1739	0.0636	0.0574	0.1344	0.0574	0.0503	0.0168	0.1161	0.0168	0.0182
chr2L	4371411	4371617	chr2L:4371412-4371617	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1224	0.125	0.1619	0.076	0.071	0.165	0.1151	0.1885	0.071	0.1969	0.1682	0.1969	0.1084	0.0513	0.0709	0.0513	0.0985
chr2L	4371811	4372033	chr2L:4371812-4372033	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3014	0.2917	0.3676	0.2394	0.2428	0.3592	0.2855	0.3964	0.2428	0.4789	0.3759	0.4789	0.3253	0.2741	0.2708	0.2741	0.3048
chr2L	4372300	4372451	chr2L:4372301-4372451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0683	0.084	0.0464	0.0435	0.0947	0.0619	0.0986	0.0435	0.1262	0.0781	0.1262	0.0759	0.0735	0.0374	0.0735	0.0646
chr2L	4372908	4373070	chr2L:4372909-4373070	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0562	0.0517	0.066	0.0504	0.018	0.0864	0.0467	0.0606	0.018	0.0815	0.0531	0.0815	0.1193	0.059	0.0335	0.059	0.1016
chr2L	4373294	4373445	chr2L:4373295-4373445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0522	0.0663	0.0648	0.0227	0.0191	0.1165	0.061	0.0753	0.0191	0.1274	0.0527	0.1274	0.0449	0.0406	0.0135	0.0406	0.0328
chr2L	4375192	4375380	chr2L:4375193-4375380	distal	distal	none	none	Traf1_PE,Traf4_1.7kb_CRM	Traf1_PE,Traf4_1.7kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0989	0.1152	0.1266	0.0504	0.0636	0.1403	0.0982	0.2045	0.0636	0.0882	0.2116	0.0882	0.0511	0.0544	0.1193	0.0544	0.0323
chr2L	4375807	4375958	chr2L:4375808-4375958	distal	distal	stage14	stage14	Traf4_1.7kb_CRM	Traf4_1.7kb_CRM	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0499	0.0461	0.0528	0.0508	0.0244	0.0757	0.0389	0.0573	0.0244	0.058	0.0653	0.058	0.0534	0.1516	0.0471	0.1516	0.0297
chr2L	4376439	4376590	chr2L:4376440-4376590	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0482	0.0414	0.0476	0.0564	0.0212	0.0733	0.0363	0.0426	0.0212	0.0809	0.0453	0.0809	0.0395	0.1761	0.0484	0.1761	0.0344
chr2L	4376641	4376836	chr2L:4376642-4376836	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0648	0.0508	0.0751	0.0692	0.0191	0.0917	0.0433	0.0553	0.0191	0.1377	0.073	0.1377	0.0565	0.206	0.0658	0.206	0.0438
chr2L	4377808	4378077	chr2L:4377809-4378077	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0797	0.0722	0.0966	0.0695	0.0318	0.115	0.0727	0.0779	0.0318	0.1159	0.1183	0.1159	0.1015	0.0827	0.0793	0.0827	0.1157
chr2L	4378329	4378653	chr2L:4378330-4378653	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1276	0.1935	0.1303	0.0508	0.1198	0.216	0.2163	0.2845	0.1198	0.1208	0.1637	0.1208	0.1681	0.0804	0.0554	0.0804	0.0646
chr2L	4379227	4379406	chr2L:4379228-4379406	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0428	0.0633	0.0407	0.022	0.0201	0.1053	0.0398	0.0979	0.0201	0.0556	0.0428	0.0556	0.0349	0.0536	0.0142	0.0536	0.0219
chr2L	4382341	4382613	chr2L:4382342-4382613	FBgn0031597	CG17612	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0938	0.0876	0.1193	0.0728	0.0583	0.1097	0.0973	0.1113	0.0583	0.1528	0.1325	0.1528	0.1061	0.0988	0.069	0.0988	0.0891
chr2L	4382673	4382842	chr2L:4382674-4382842	FBgn0031597	CG17612	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1151	0.1102	0.1357	0.0982	0.0764	0.1296	0.1272	0.1446	0.0764	0.1649	0.1511	0.1649	0.1317	0.1348	0.0922	0.1348	0.1251
chr2L	4385908	4386162	chr2L:4385909-4386162	FBgn0031598	CG3338	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1243	0.1145	0.1533	0.1033	0.0742	0.1267	0.1419	0.1479	0.0742	0.1926	0.1756	0.1926	0.1487	0.1126	0.109	0.1126	0.1334
chr2L	4386262	4386730	chr2L:4386263-4386730	FBgn0031598	CG3338	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1085	0.1054	0.1291	0.0894	0.0573	0.1199	0.1315	0.1379	0.0573	0.1564	0.1502	0.1564	0.1278	0.1087	0.1038	0.1087	0.1172
chr2L	4386742	4386893	chr2L:4386743-4386893	FBgn0261976	Psf2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0503	0.066	0.0348	0.0276	0.0573	0.0649	0.062	0.0276	0.0694	0.0823	0.0694	0.0713	0.0429	0.0426	0.0429	0.0547
chr2L	4387002	4387167	chr2L:4387003-4387167	FBgn0261976	Psf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1151	0.1193	0.1412	0.0819	0.0901	0.1447	0.1362	0.1452	0.0901	0.1963	0.1582	0.1963	0.134	0.1011	0.1012	0.1011	0.1324
chr2L	4387272	4387447	chr2L:4387273-4387447	FBgn0261976	Psf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0459	0.0515	0.0544	0.0304	0.0265	0.065	0.0649	0.0593	0.0265	0.07	0.0595	0.07	0.0565	0.0329	0.0309	0.0329	0.0537
chr2L	4393402	4393553	chr2L:4393403-4393553	FBgn0031600	CG3652	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0353	0.0358	0.0442	0.0252	0.0212	0.0306	0.0467	0.0533	0.0212	0.0465	0.0556	0.0465	0.048	0.0237	0.0251	0.0237	0.0287
chr2L	4393783	4393962	chr2L:4393784-4393962	FBgn0022153,FBgn0031600	CG3652,l(2)k05819	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1403	0.1152	0.1763	0.129	0.0785	0.1461	0.1272	0.1392	0.0785	0.1963	0.21	0.1963	0.1782	0.1371	0.1425	0.1371	0.161
chr2L	4394105	4394284	chr2L:4394106-4394284	FBgn0022153,FBgn0031600	CG3652,l(2)k05819	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.1448	0.1203	0.1773	0.1365	0.0817	0.1519	0.1345	0.1466	0.0817	0.1981	0.2167	0.1981	0.1704	0.1394	0.1528	0.1394	0.1798
chr2L	4394424	4394580	chr2L:4394425-4394580	FBgn0022153	l(2)k05819	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0387	0.032	0.0472	0.0368	0.0085	0.0388	0.0385	0.044	0.0085	0.0586	0.0527	0.0586	0.0496	0.0352	0.0393	0.0352	0.0573
chr2L	4396618	4396769	chr2L:4396619-4396769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0141	0.011	0.0154	0.0163	0.0042	0.0121	0.0156	0.0147	0.0042	0.0157	0.0206	0.0157	0.0163	0.0498	0.009	0.0498	0.012
chr2L	4403138	4403318	chr2L:4403139-4403318	FBgn0031601	Dim1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0713	0.0653	0.0879	0.0597	0.0435	0.0733	0.0766	0.0906	0.0435	0.1141	0.0974	0.1141	0.0914	0.062	0.0677	0.062	0.0782
chr2L	4403403	4403669	chr2L:4403404-4403669	FBgn0031601	Dim1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0504	0.0502	0.0577	0.0425	0.0318	0.051	0.0679	0.0646	0.0318	0.07	0.065	0.07	0.0658	0.0459	0.0496	0.0459	0.049
chr2L	4405314	4405465	chr2L:4405315-4405465	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0156	0.0237	0.0147	0.0077	0.0138	0.0189	0.0342	0.032	0.0138	0.0205	0.0164	0.0205	0.0108	0.0107	0.009	0.0107	0.0073
chr2L	4418183	4418343	chr2L:4418184-4418343	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0229	0.0155	0.0256	0.0283	0.0053	0.0189	0.0212	0.0187	0.0053	0.0417	0.0199	0.0417	0.0341	0.0559	0.0155	0.0559	0.0334
chr2L	4418969	4419169	chr2L:4418970-4419169	FBgn0051963	tRNA:CR31963	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0392	0.0421	0.0263	0.05	0.018	0.05	0.0532	0.0526	0.018	0.0489	0.0148	0.0489	0.0496	0.0881	0.0193	0.0881	0.0948
chr2L	4440729	4440880	chr2L:4440730-4440880	FBgn0031602	CG15431	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0148	0.0095	0.0095	0.0265	0.0011	0.0078	0.016	0.012	0.0011	0.0066	0.0087	0.0066	0.0062	0.0084	0.0071	0.0084	0.0115
chr2L	4441171	4441372	chr2L:4441172-4441372	FBgn0031602	CG15431	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0258	0.0117	0.0171	0.051	0.0032	0.0136	0.0169	0.0113	0.0032	0.0115	0.0174	0.0115	0.0256	0.0436	0.038	0.0436	0.0438
chr2L	4442027	4442225	chr2L:4442028-4442225	FBgn0031603,FBgn0259958	CG15432,Sfp24F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0397	0.0394	0.0451	0.0341	0.0191	0.051	0.0458	0.05	0.0191	0.0543	0.0495	0.0543	0.0534	0.0322	0.0316	0.0322	0.0464
chr2L	4442300	4442503	chr2L:4442301-4442503	FBgn0031603,FBgn0259958	CG15432,Sfp24F	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0859	0.0789	0.1013	0.077	0.052	0.0888	0.0904	0.1093	0.052	0.1063	0.1238	0.1063	0.1146	0.0865	0.078	0.0865	0.0959
chr2L	4442665	4442837	chr2L:4442666-4442837	FBgn0031603	CG15432	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0394	0.0551	0.0345	0.0212	0.0451	0.0484	0.05	0.0212	0.0495	0.0698	0.0495	0.0666	0.0352	0.0368	0.0352	0.0448
chr2L	4444381	4444532	chr2L:4444382-4444532	FBgn0027609,FBgn0031604	Elp3,morgue	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0638	0.0641	0.0764	0.0496	0.0498	0.0675	0.0843	0.0746	0.0498	0.1014	0.0862	0.1014	0.079	0.0559	0.0554	0.0559	0.0578
chr2L	4444619	4444834	chr2L:4444620-4444834	FBgn0027609,FBgn0031604	Elp3,morgue	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1459	0.1375	0.177	0.1212	0.1018	0.1641	0.1566	0.1759	0.1018	0.2415	0.2006	0.2415	0.1735	0.1363	0.1244	0.1363	0.1569
chr2L	4448255	4448406	chr2L:4448256-4448406	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.048	0.037	0.067	0.0395	0.0159	0.0447	0.0441	0.052	0.0159	0.0906	0.072	0.0906	0.0666	0.0436	0.0406	0.0436	0.0505
chr2L	4448498	4448717	chr2L:4448499-4448717	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0889	0.0705	0.11	0.0862	0.0498	0.0942	0.0792	0.0866	0.0498	0.1516	0.1228	0.1516	0.1092	0.0934	0.0948	0.0934	0.11
chr2L	4448816	4449006	chr2L:4448817-4449006	FBgn0025684	MFS18	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1232	0.1149	0.1404	0.1136	0.0817	0.151	0.1189	0.1492	0.0817	0.1878	0.1572	0.1878	0.1294	0.1309	0.1064	0.1309	0.1428
chr2L	4452853	4453135	chr2L:4452854-4453135	FBgn0031606	CG15439	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1201	0.1307	0.1428	0.0834	0.1039	0.1461	0.151	0.1779	0.1039	0.1914	0.1518	0.1914	0.1479	0.1064	0.0806	0.1064	0.0834
chr2L	4453262	4453413	chr2L:4453263-4453413	FBgn0031606	CG15439	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0509	0.0612	0.0631	0.026	0.0403	0.0684	0.083	0.0733	0.0403	0.0827	0.0701	0.0827	0.0565	0.0222	0.0239	0.0222	0.0261
chr2L	4454164	4454326	chr2L:4454165-4454326	FBgn0031607,FBgn0040705	CG15434,CG15440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0728	0.0669	0.0901	0.0604	0.0339	0.0748	0.0913	0.0813	0.0339	0.1165	0.0981	0.1165	0.0837	0.0643	0.0619	0.0643	0.0651
chr2L	4454411	4454584	chr2L:4454412-4454584	FBgn0031607,FBgn0040705	CG15434,CG15440	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1446	0.1413	0.1622	0.1288	0.0933	0.1733	0.1652	0.1799	0.0933	0.2059	0.1768	0.2059	0.1603	0.1432	0.1328	0.1432	0.148
chr2L	4456775	4456926	chr2L:4456776-4456926	FBgn0019982	Gs1l	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0666	0.0557	0.069	0.076	0.0361	0.0621	0.0701	0.0693	0.0361	0.0767	0.073	0.0767	0.0976	0.0773	0.0574	0.0773	0.1313
chr2L	4458237	4458450	chr2L:4458238-4458450	FBgn0261606	RpL27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2116	0.1924	0.25	0.1909	0.1463	0.2325	0.2089	0.2578	0.1463	0.3146	0.2656	0.3146	0.2595	0.2067	0.2005	0.2067	0.2288
chr2L	4458539	4458719	chr2L:4458540-4458719	FBgn0261606	RpL27A	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.108	0.0906	0.1329	0.1001	0.0551	0.1131	0.1077	0.1113	0.0551	0.1649	0.1531	0.1649	0.1084	0.1087	0.1096	0.1087	0.1079
chr2L	4458794	4458958	chr2L:4458795-4458958	FBgn0261606	RpL27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.188	0.1701	0.2236	0.1691	0.1156	0.2126	0.1938	0.2112	0.1156	0.2723	0.2447	0.2723	0.2223	0.1715	0.1799	0.1715	0.1944
chr2L	4459079	4459247	chr2L:4459080-4459247	FBgn0053002	mRpL27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0934	0.0828	0.1207	0.0755	0.0414	0.1039	0.0973	0.1099	0.0414	0.1498	0.1341	0.1498	0.1154	0.0858	0.0787	0.0858	0.0917
chr2L	4459297	4459451	chr2L:4459298-4459451	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0827	0.0678	0.1058	0.0739	0.0318	0.0985	0.0779	0.0819	0.0318	0.1407	0.118	0.1407	0.1046	0.0658	0.0825	0.0658	0.0875
chr2L	4459529	4459705	chr2L:4459530-4459705	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.154	0.1264	0.1978	0.1367	0.0742	0.1675	0.141	0.1586	0.0742	0.2572	0.2228	0.2572	0.1797	0.1417	0.1534	0.1417	0.1621
chr2L	4459791	4459964	chr2L:4459792-4459964	FBgn0031608,FBgn0053002	CG15435,mRpL27	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1465	0.1295	0.1768	0.1323	0.1018	0.1568	0.1501	0.1606	0.1018	0.2295	0.1961	0.2295	0.1658	0.1493	0.1412	0.1493	0.1569
chr2L	4462956	4463107	chr2L:4462957-4463107	FBgn0031609	CG15443	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0835	0.0737	0.1133	0.0617	0.0382	0.0874	0.0874	0.1013	0.0382	0.1347	0.1322	0.1347	0.117	0.0651	0.0722	0.0651	0.061
chr2L	4463408	4463641	chr2L:4463409-4463641	FBgn0031609,FBgn0031610	CG15436,CG15443	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1603	0.1593	0.1854	0.1338	0.1198	0.1825	0.1721	0.2199	0.1198	0.2168	0.21	0.2168	0.1797	0.147	0.1489	0.147	0.1381
chr2L	4463963	4464114	chr2L:4463964-4464114	FBgn0031610	CG15436	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.05	0.0456	0.0562	0.048	0.0318	0.0558	0.0528	0.0553	0.0318	0.064	0.0656	0.064	0.0658	0.0636	0.0542	0.0636	0.0542
chr2L	4464330	4464481	chr2L:4464331-4464481	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0466	0.0447	0.0522	0.0426	0.017	0.0592	0.0562	0.05	0.017	0.0761	0.0566	0.0761	0.0465	0.0421	0.0503	0.0421	0.0568
chr2L	4464576	4464978	chr2L:4464577-4464978	FBgn0031611	CG17840	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1017	0.0946	0.1109	0.0994	0.0498	0.1175	0.109	0.1259	0.0498	0.1401	0.1199	0.1401	0.1309	0.1133	0.1083	0.1133	0.1423
chr2L	4465063	4465227	chr2L:4465064-4465227	FBgn0031611	CG17840	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.07	0.0891	0.0815	0.035	0.0888	0.0748	0.1046	0.035	0.1045	0.1016	0.1045	0.1015	0.0926	0.0916	0.0926	0.1131
chr2L	4475643	4475878	chr2L:4475644-4475878	distal	distal	stage14	stage14	VT2311.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0192	0.0121	0.0203	0.026	0.0042	0.0141	0.0195	0.0107	0.0042	0.0085	0.0293	0.0085	0.0325	0.0084	0.0406	0.0084	0.0521
chr2L	4477083	4477244	chr2L:4477084-4477244	FBgn0011603	ine	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0233	0.0186	0.0235	0.0285	0.0085	0.015	0.0316	0.0233	0.0085	0.0151	0.0341	0.0151	0.0279	0.0145	0.0458	0.0145	0.0521
chr2L	4531606	4531757	chr2L:4531607-4531757	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0142	0.0204	0.0097	0.0085	0.0107	0.0234	0.0187	0.0085	0.0139	0.0331	0.0139	0.0147	0.0069	0.0219	0.0069	0.0063
chr2L	4532178	4532379	chr2L:4532179-4532379	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0182	0.0201	0.0263	0.0071	0.0074	0.0121	0.0234	0.046	0.0074	0.0157	0.0476	0.0157	0.0116	0.0069	0.0135	0.0069	0.0042
chr2L	4533566	4533811	chr2L:4533567-4533811	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0374	0.0305	0.0127	0.0201	0.0252	0.0571	0.0586	0.0201	0.0163	0.0489	0.0163	0.0248	0.0046	0.0277	0.0046	0.0094
chr2L	4568194	4568377	chr2L:4568195-4568377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0169	0.0292	0.0148	0.0053	0.018	0.0107	0.0476	0.0493	0.018	0.0103	0.028	0.0103	0.0046	0.0038	0.0116	0.0038	0.0042
chr2L	4569300	4569451	chr2L:4569301-4569451	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0159	0.0121	0.0195	0.0162	0.0042	0.0102	0.0212	0.0133	0.0042	0.0085	0.037	0.0085	0.0108	0.0061	0.0477	0.0061	0.0146
chr2L	4570476	4570627	chr2L:4570477-4570627	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0212	0.0348	0.0212	0.0061	0.0276	0.0218	0.0493	0.054	0.0276	0.0103	0.0408	0.0103	0.0132	0.0038	0.0135	0.0038	0.0036
chr2L	4570901	4571080	chr2L:4570902-4571080	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0283	0.0556	0.0198	0.0071	0.053	0.0238	0.0973	0.0713	0.053	0.0115	0.037	0.0115	0.0139	0.0038	0.0193	0.0038	0.0052
chr2L	4571350	4571567	chr2L:4571351-4571567	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0255	0.0307	0.0226	0.017	0.0165	0.0407	0.0366	0.017	0.0133	0.0621	0.0133	0.0108	0.0092	0.0767	0.0092	0.0094
chr2L	4573478	4573710	chr2L:4573479-4573710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0307	0.0273	0.036	0.0285	0.018	0.0209	0.0424	0.0373	0.018	0.0121	0.0743	0.0121	0.0116	0.0038	0.1025	0.0038	0.012
chr2L	4573910	4574061	chr2L:4573911-4574061	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0281	0.0265	0.0349	0.0224	0.0159	0.0199	0.0398	0.0386	0.0159	0.0109	0.074	0.0109	0.0132	0.0015	0.0851	0.0015	0.0057
chr2L	4574093	4574244	chr2L:4574094-4574244	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0301	0.0295	0.0376	0.0224	0.0233	0.0233	0.042	0.0366	0.0233	0.0085	0.0842	0.0085	0.0108	0.0023	0.0838	0.0023	0.0031
chr2L	4574553	4574888	chr2L:4574554-4574888	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0665	0.1147	0.0617	0.0181	0.1007	0.0592	0.1622	0.1919	0.1007	0.0175	0.1267	0.0175	0.0232	0.0054	0.0587	0.0054	0.0073
chr2L	4576206	4576357	chr2L:4576207-4576357	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.041	0.0291	0.007	0.0339	0.0228	0.0796	0.0373	0.0339	0.0169	0.0559	0.0169	0.0077	0.0061	0.0142	0.0061	0.0063
chr2L	4576607	4576768	chr2L:4576608-4576768	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0369	0.0318	0.058	0.0194	0.0201	0.0209	0.0575	0.0353	0.0201	0.0254	0.1177	0.0254	0.0155	0.0153	0.0542	0.0153	0.0135
chr2L	4577911	4578062	chr2L:4577912-4578062	FBgn0031613	HP6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0259	0.0329	0.0327	0.0107	0.0265	0.0272	0.051	0.04	0.0265	0.0157	0.063	0.0157	0.0163	0.0046	0.0348	0.0046	0.0036
chr2L	4578155	4578307	chr2L:4578156-4578307	FBgn0031613	HP6	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0263	0.0461	0.0212	0.0099	0.0424	0.0282	0.0731	0.06	0.0424	0.0139	0.0392	0.0139	0.0093	0.0054	0.0297	0.0054	0.0052
chr2L	4578921	4579072	chr2L:4578922-4579072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0118	0.0227	0.0187	0.0042	0.0087	0.0199	0.0167	0.0042	0.0103	0.046	0.0103	0.0085	0.0015	0.0722	0.0015	0.0063
chr2L	4579771	4579922	chr2L:4579772-4579922	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0207	0.0339	0.0077	0.0085	0.0214	0.0316	0.0233	0.0085	0.0151	0.0659	0.0151	0.0132	0.0054	0.0213	0.0054	0.0036
chr2L	4582830	4582981	chr2L:4582831-4582981	FBgn0263869	CR43716	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0138	0.027	0.0127	0.0032	0.0117	0.0234	0.0187	0.0032	0.0085	0.0489	0.0085	0.0155	0.0061	0.0387	0.0061	0.0036
chr2L	4583243	4583411	chr2L:4583244-4583411	FBgn0263869	CR43716	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0204	0.0196	0.0274	0.0135	0.0042	0.0184	0.0277	0.0286	0.0042	0.0151	0.0498	0.0151	0.0101	0.0046	0.0393	0.0046	0.0078
chr2L	4583611	4583766	chr2L:4583612-4583766	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0198	0.0174	0.0284	0.0131	0.0032	0.0126	0.0281	0.0273	0.0032	0.0133	0.0553	0.0133	0.0108	0.0023	0.04	0.0023	0.0063
chr2L	4585897	4586048	chr2L:4585898-4586048	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.014	0.0116	0.0198	0.0103	0.0042	0.0087	0.016	0.0207	0.0042	0.0097	0.0389	0.0097	0.0062	8e-04	0.0368	8e-04	0.0031
chr2L	4586078	4586336	chr2L:4586079-4586336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0172	0.0273	0.0162	0.0053	0.015	0.0251	0.0233	0.0053	0.0097	0.054	0.0097	0.0132	0.0046	0.0587	0.0046	0.0031
chr2L	4588921	4589072	chr2L:4588922-4589072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0143	0.0196	0.0138	0.0088	0.0085	0.0165	0.0164	0.0486	0.0085	0.0054	0.0241	0.0054	0.0085	0.0061	0.029	0.0061	0.0026
chr2L	4589107	4589258	chr2L:4589108-4589258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0158	0.0189	0.0175	0.0104	0.0064	0.015	0.0203	0.0426	0.0064	0.0066	0.0315	0.0066	0.0108	0.0023	0.0374	0.0023	0.0036
chr2L	4591952	4592185	chr2L:4591953-4592185	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0417	0.0654	0.0336	0.024	0.0445	0.0267	0.1189	0.0853	0.0445	0.0079	0.0717	0.0079	0.0147	0.0023	0.0896	0.0023	0.0078
chr2L	4594953	4595208	chr2L:4594954-4595208	FBgn0053196	dp	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1232	0.1502	0.1524	0.061	0.1283	0.0976	0.1579	0.3065	0.1283	0.0254	0.3328	0.0254	0.0333	0.0054	0.2347	0.0054	0.0167
chr2L	4597411	4597835	chr2L:4597412-4597835	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	GJ5377	GJ5377	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1151	0.1255	0.1735	0.0393	0.052	0.1063	0.0722	0.3471	0.052	0.0266	0.381	0.0266	0.0403	0.0054	0.1483	0.0054	0.0073
chr2L	4598659	4598810	chr2L:4598660-4598810	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0227	0.0218	0.0348	0.0104	0.0053	0.0184	0.0268	0.0433	0.0053	0.0048	0.0768	0.0048	0.0062	0.0015	0.0406	0.0015	0.0026
chr2L	4610666	4610850	chr2L:4610667-4610850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0371	0.0203	0.0079	0.0339	0.0189	0.0627	0.0486	0.0339	0.0066	0.0389	0.0066	0.0085	0.0023	0.0258	0.0023	0.0031
chr2L	4614232	4614461	chr2L:4614233-4614461	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0992	0.0867	0.1357	0.073	0.0668	0.0772	0.1107	0.1266	0.0668	0.035	0.2817	0.035	0.0534	0.0061	0.274	0.0061	0.0214
chr2L	4614510	4614708	chr2L:4614511-4614708	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0673	0.0653	0.089	0.0457	0.0477	0.0544	0.0869	0.0933	0.0477	0.0229	0.1807	0.0229	0.038	0.0069	0.1702	0.0069	0.0109
chr2L	4627354	4627505	chr2L:4627355-4627505	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0144	0.013	0.0133	0.0171	0.0064	0.0097	0.0195	0.0167	0.0064	0.0079	0.0215	0.0079	0.0085	0.0054	0.0554	0.0054	0.0073
chr2L	4627641	4627792	chr2L:4627642-4627792	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0101	0.0093	0.0121	0.0089	0.0053	0.0063	0.0169	0.01	0.0053	0.006	0.0199	0.006	0.0093	0.0031	0.0258	0.0031	0.0047
chr2L	4661046	4661216	chr2L:4661047-4661216	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0132	0.0253	0.065	0.0032	0.0136	0.0225	0.0133	0.0032	0.0163	0.0312	0.0163	0.0403	0.0521	0.089	0.0521	0.0813
chr2L	4682701	4682852	chr2L:4682702-4682852	FBgn0031620	CG11929	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0155	0.0378	0.0043	0.0028	0.017	0.0078	0.0982	0.0187	0.017	0.0048	0.0029	0.0048	0.0077	0.0046	0.0032	0.0046	0.0026
chr2L	4683306	4683457	chr2L:4683307-4683457	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0157	0.037	0.0063	0.0022	0.0095	0.0083	0.1025	0.0093	0.0095	0.0048	0.0113	0.0048	0.0039	0.0031	0.0026	0.0031	0.0026
chr2L	4683707	4683858	chr2L:4683708-4683858	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0136	0.0328	0.0055	0.0013	0.0085	0.0073	0.0921	0.008	0.0085	0.0072	0.0071	0.0072	0.0023	0.0023	6e-04	0.0023	5e-04
chr2L	4684095	4684246	chr2L:4684096-4684246	FBgn0000227	Bsg25A	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0194	0.0476	0.0062	0.0022	0.0159	0.0083	0.1311	0.0113	0.0159	0.0066	0.0077	0.0066	0.0054	0.0038	0.0019	0.0038	0.0021
chr2L	4684400	4684605	chr2L:4684401-4684605	FBgn0000227	Bsg25A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0295	0.0744	0.0084	0.0025	0.0435	0.0117	0.2016	0.0213	0.0435	0.0091	0.0103	0.0091	0.0085	0.0031	0.0019	0.0031	0.0021
chr2L	4687366	4687603	chr2L:4687367-4687603	FBgn0031621	CG15634	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0252	0.0611	0.0085	0.0035	0.0297	0.015	0.1652	0.016	0.0297	0.0091	0.0113	0.0091	0.0077	0.0015	0.0039	0.0015	0.0031
chr2L	4687692	4687843	chr2L:4687693-4687843	FBgn0031621	CG15634	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0176	0.0413	0.0063	0.0035	0.0159	0.0068	0.1172	0.008	0.0159	0.006	0.0077	0.006	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	0.0016
chr2L	4688148	4688299	chr2L:4688149-4688299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0174	0.0383	0.0089	0.0033	0.0127	0.0087	0.1029	0.0113	0.0127	0.0133	0.009	0.0133	0.0101	0.0061	0.0019	0.0061	0.0021
chr2L	4700960	4701111	chr2L:4700961-4701111	FBgn0031623	Taf12L	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0096	0.0183	0.0057	0.004	0.0064	0.0141	0.0376	0.0147	0.0064	0.0048	0.0064	0.0048	0.0077	0.0031	0.0058	0.0031	0.0047
chr2L	4725868	4726061	chr2L:4725869-4726061	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0214	0.0262	0.0198	0.0178	0.0159	0.016	0.0497	0.0253	0.0159	0.0145	0.027	0.0145	0.0217	0.0123	0.0181	0.0123	0.0177
chr2L	4726128	4726357	chr2L:4726129-4726357	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.058	0.0733	0.0548	0.0446	0.0445	0.0549	0.1077	0.1006	0.0445	0.0441	0.0746	0.0441	0.0434	0.0314	0.0445	0.0314	0.0417
chr2L	4760628	4760779	chr2L:4760629-4760779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0085	0.0072	0.0066	0.012	0.0042	0.0019	0.016	0.0073	0.0042	0.0085	0.0068	0.0085	0.0046	0.0015	0.0045	0.0015	0.0031
chr2L	4793997	4794194	chr2L:4793998-4794194	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0503	0.0405	0.0458	0.0661	0.0138	0.0481	0.0562	0.0446	0.0138	0.0447	0.0453	0.0447	0.0666	0.0689	0.0535	0.0689	0.0693
chr2L	4794254	4794430	chr2L:4794255-4794430	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0812	0.05	0.081	0.1163	0.0191	0.0646	0.0567	0.0706	0.0191	0.087	0.0855	0.087	0.0953	0.1233	0.1115	0.1233	0.1381
chr2L	4794518	4794689	chr2L:4794519-4794689	FBgn0031627,FBgn0031628	CG15630,CG3294	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0659	0.1124	0.1186	0.0339	0.0752	0.0748	0.0953	0.0339	0.1286	0.1232	0.1286	0.1216	0.134	0.1251	0.134	0.1391
chr2L	4798939	4799090	chr2L:4798940-4799090	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0152	0.0113	0.0166	0.0178	0.0042	0.0078	0.0208	0.0147	0.0042	0.0151	0.027	0.0151	0.0054	0.0038	0.0625	0.0038	0.0057
chr2L	4800269	4800420	chr2L:4800270-4800420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0086	0.0161	0.0202	0.0021	0.0097	0.0151	0.008	0.0021	0.0127	0.0267	0.0127	0.0124	8e-04	0.078	8e-04	0.0083
chr2L	4801445	4801596	chr2L:4801446-4801596	FBgn0031629	Clect27	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0139	0.0126	0.0121	0.0174	0.0042	0.0097	0.0251	0.0093	0.0042	0.006	0.0222	0.006	0.0046	0.0015	0.069	0.0015	0.0031
chr2L	4801880	4802031	chr2L:4801881-4802031	FBgn0031629	Clect27	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0105	0.0119	0.0267	0.0074	0.0117	0.0173	0.0067	0.0074	0.0066	0.0212	0.0066	0.0101	0.0054	0.0948	0.0054	0.0104
chr2L	4802252	4802403	chr2L:4802253-4802403	FBgn0031629	Clect27	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0136	0.0086	0.0137	0.0189	0.0042	0.0121	0.0121	0.0073	0.0042	0.0085	0.0215	0.0085	0.0132	0.0031	0.0703	0.0031	0.0089
chr2L	4805939	4806090	chr2L:4805940-4806090	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0126	0.0112	0.0169	0.0093	0.0042	0.0121	0.0156	0.0153	0.0042	0.0103	0.0141	0.0103	0.007	0.0031	0.0103	0.0031	0.0042
chr2L	4810182	4810366	chr2L:4810183-4810366	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1994	0.1451	0.2463	0.2087	0.0795	0.1976	0.1488	0.1979	0.0795	0.279	0.2775	0.279	0.2308	0.2213	0.2508	0.2213	0.2168
chr2L	4810508	4810686	chr2L:4810509-4810686	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1108	0.072	0.1501	0.1108	0.0339	0.1078	0.0705	0.0913	0.0339	0.1202	0.1871	0.1202	0.1356	0.0804	0.1663	0.0804	0.1172
chr2L	4810867	4811058	chr2L:4810868-4811058	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1519	0.0734	0.2179	0.1671	0.0286	0.1262	0.0437	0.1139	0.0286	0.1999	0.2823	0.1999	0.1952	0.1355	0.207	0.1355	0.197
chr2L	4811500	4811878	chr2L:4811501-4811878	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3783	0.3178	0.4435	0.3745	0.263	0.418	0.2872	0.4324	0.263	0.5133	0.4907	0.5133	0.4229	0.3874	0.3985	0.3874	0.4294
chr2L	4812324	4812511	chr2L:4812325-4812511	FBgn0031630	CG15629	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1183	0.1092	0.1379	0.1069	0.0859	0.1335	0.1116	0.1572	0.0859	0.1624	0.1669	0.1624	0.1325	0.1302	0.1418	0.1302	0.1303
chr2L	4812774	4812925	chr2L:4812775-4812925	FBgn0031630	CG15629	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0435	0.0391	0.0482	0.0432	0.0329	0.0369	0.0532	0.0486	0.0329	0.0393	0.0752	0.0393	0.0325	0.023	0.1122	0.023	0.0313
chr2L	4817800	4818052	chr2L:4817801-4818052	FBgn0031631,FBgn0263577	CG3225,mir-4910	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0656	0.0671	0.0507	0.0424	0.0684	0.0904	0.0746	0.0424	0.0791	0.0788	0.0791	0.0651	0.0482	0.0548	0.0482	0.0677
chr2L	4818183	4818363	chr2L:4818184-4818363	FBgn0031631,FBgn0263577	CG3225,mir-4910	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1119	0.1154	0.124	0.0948	0.0838	0.1272	0.1501	0.1346	0.0838	0.1588	0.135	0.1588	0.1278	0.1041	0.0986	0.1041	0.1084
chr2L	4820480	4820680	chr2L:4820481-4820680	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0759	0.1135	0.0622	0.0489	0.0817	0.1005	0.1362	0.1812	0.0817	0.0332	0.0669	0.0332	0.0256	0.0084	0.02	0.0084	0.0141
chr2L	4820802	4820990	chr2L:4820803-4820990	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1131	0.1685	0.093	0.0731	0.1357	0.135	0.1912	0.2805	0.1357	0.0592	0.0981	0.0592	0.0318	0.0153	0.0316	0.0153	0.0167
chr2L	4821075	4821425	chr2L:4821076-4821425	FBgn0031632	CG15628	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1104	0.1695	0.0905	0.0663	0.1516	0.1345	0.205	0.2645	0.1516	0.0634	0.0971	0.0634	0.0372	0.0168	0.0219	0.0168	0.0198
chr2L	4821647	4821837	chr2L:4821648-4821837	FBgn0031632	CG15628	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0997	0.1732	0.0602	0.061	0.1909	0.1223	0.2253	0.2472	0.1909	0.0308	0.0646	0.0308	0.0194	0.0176	0.0168	0.0176	0.013
chr2L	4822353	4822504	chr2L:4822354-4822504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0487	0.0733	0.0467	0.0235	0.0456	0.0641	0.1021	0.1039	0.0456	0.0393	0.0595	0.0393	0.0178	0.0107	0.0187	0.0107	0.012
chr2L	4823626	4823777	chr2L:4823627-4823777	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.1463	0.0232	0.0078	0.1644	0.049	0.2318	0.2132	0.1644	0.0181	0.0331	0.0181	0.0116	0.0077	0.011	0.0077	0.0042
chr2L	4823883	4824164	chr2L:4823884-4824164	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1013	0.2369	0.0396	0.0174	0.2619	0.0854	0.3828	0.3284	0.2619	0.0205	0.0617	0.0205	0.024	0.0176	0.0239	0.0176	0.0099
chr2L	4829185	4829374	chr2L:4829186-4829374	distal	distal	stage5	none	VT2458.1	VT2458.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.04	0.0754	0.0279	0.0138	0.0679	0.0534	0.1133	0.0973	0.0679	0.0229	0.0293	0.0229	0.0442	0.0138	0.009	0.0138	0.0182
chr2L	4829506	4829657	chr2L:4829507-4829657	FBgn0263575	mir-4912	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0298	0.0536	0.0242	0.0092	0.0414	0.0316	0.0882	0.0706	0.0414	0.0248	0.0254	0.0248	0.0294	0.0092	0.0103	0.0092	0.0078
chr2L	4830392	4830543	chr2L:4830393-4830543	FBgn0031633,FBgn0263575	CG2976,mir-4912	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0729	0.0895	0.075	0.0522	0.0668	0.0816	0.1289	0.1033	0.0668	0.0827	0.081	0.0827	0.0798	0.0482	0.0535	0.0482	0.075
chr2L	4830603	4830792	chr2L:4830604-4830792	FBgn0031633	CG2976	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1262	0.1453	0.131	0.0996	0.1198	0.149	0.1821	0.1839	0.1198	0.1612	0.1453	0.1612	0.1294	0.1103	0.0961	0.1103	0.1287
chr2L	4830941	4831092	chr2L:4830942-4831092	FBgn0031633	CG2976	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0347	0.0364	0.0373	0.0299	0.0339	0.032	0.0497	0.046	0.0339	0.0489	0.0408	0.0489	0.0302	0.0299	0.0322	0.0299	0.0365
chr2L	4835473	4835624	chr2L:4835474-4835624	FBgn0031634	Ir25a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0268	0.0187	0.0285	0.0233	0.0214	0.042	0.0313	0.0233	0.0272	0.0196	0.0272	0.017	0.0911	0.0116	0.0911	0.0208
chr2L	4835785	4835936	chr2L:4835786-4835936	FBgn0031634	Ir25a	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0239	0.0249	0.0217	0.0252	0.0117	0.0233	0.0372	0.0313	0.0117	0.0308	0.0219	0.0308	0.024	0.0835	0.011	0.0835	0.0167
chr2L	4836035	4836186	chr2L:4836036-4836186	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0209	0.0189	0.0192	0.0251	0.0053	0.0199	0.0281	0.024	0.0053	0.0314	0.0183	0.0314	0.0178	0.0835	0.011	0.0835	0.0151
chr2L	4837915	4838081	chr2L:4837916-4838081	FBgn0031635,FBgn0031636	CG12194,CG15626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1871	0.1832	0.2251	0.1497	0.1442	0.1951	0.2223	0.2372	0.1442	0.2548	0.2662	0.2548	0.2014	0.1462	0.1696	0.1462	0.1647
chr2L	4838182	4838406	chr2L:4838183-4838406	FBgn0031635,FBgn0031636	CG12194,CG15626	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1558	0.1877	0.1701	0.1044	0.1729	0.1655	0.2491	0.2385	0.1729	0.1691	0.2074	0.1691	0.1565	0.0804	0.1193	0.0804	0.0886
chr2L	4838763	4838962	chr2L:4838764-4838962	FBgn0031636	CG12194	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0646	0.1028	0.048	0.0402	0.1071	0.0626	0.1687	0.1139	0.1071	0.0429	0.0608	0.0429	0.0349	0.0352	0.0445	0.0352	0.0328
chr2L	4840704	4840855	chr2L:4840705-4840855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0241	0.0343	0.0194	0.018	0.0117	0.0223	0.0679	0.0353	0.0117	0.0175	0.0235	0.0175	0.0225	0.0299	0.0123	0.0299	0.0156
chr2L	4846785	4846982	chr2L:4846786-4846982	FBgn0031637	CG2950	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1036	0.0867	0.1146	0.1104	0.0541	0.1068	0.096	0.1146	0.0541	0.1178	0.1415	0.1178	0.1193	0.1531	0.1167	0.1531	0.1428
chr2L	4847235	4847409	chr2L:4847236-4847409	FBgn0031637,FBgn0031638	CG11927,CG2950	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.116	0.0805	0.1358	0.1341	0.0403	0.1199	0.0822	0.0993	0.0403	0.1443	0.1656	0.1443	0.1433	0.1723	0.1302	0.1723	0.1553
chr2L	4847636	4847846	chr2L:4847637-4847846	FBgn0031637,FBgn0031638	CG11927,CG2950	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0915	0.0805	0.1096	0.084	0.0573	0.0908	0.0969	0.1066	0.0573	0.1371	0.1238	0.1371	0.1022	0.0942	0.0851	0.0942	0.0995
chr2L	4849978	4850258	chr2L:4849979-4850258	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0616	0.0644	0.0675	0.0518	0.0414	0.0689	0.0787	0.0899	0.0414	0.0833	0.0772	0.0833	0.0596	0.0597	0.0342	0.0597	0.0709
chr2L	4850323	4850502	chr2L:4850324-4850502	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0904	0.0847	0.1042	0.0817	0.0562	0.1024	0.0891	0.1199	0.0562	0.1292	0.1141	0.1292	0.0976	0.0842	0.0767	0.0842	0.1089
chr2L	4850540	4850745	chr2L:4850541-4850745	FBgn0031639,FBgn0031640	CG11926,mRpS2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0796	0.0678	0.0939	0.077	0.0488	0.0786	0.0722	0.0933	0.0488	0.1165	0.101	0.1165	0.093	0.0796	0.0761	0.0796	0.0917
chr2L	4852630	4852933	chr2L:4852631-4852933	FBgn0051660	pog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0868	0.0915	0.0879	0.0802	0.0615	0.0951	0.1081	0.1366	0.0615	0.1021	0.0987	0.1021	0.0418	0.0345	0.0219	0.0345	0.0292
chr2L	4853166	4853317	chr2L:4853167-4853317	FBgn0051660	pog	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.036	0.0406	0.0214	0.0468	0.0223	0.0379	0.0536	0.0586	0.0223	0.0181	0.0199	0.0181	0.0147	0.013	0.0064	0.013	0.0135
chr2L	4853525	4853676	chr2L:4853526-4853676	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0187	0.0129	0.0221	0.0106	0.015	0.0268	0.0273	0.0106	0.0181	0.0113	0.0181	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr2L	4855963	4856114	chr2L:4855964-4856114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.013	0.0121	0.0104	0.0169	0.0021	0.015	0.0156	0.0147	0.0021	0.0163	0.0106	0.0163	0.0046	0.0314	0.0103	0.0314	0.0073
chr2L	4856340	4856491	chr2L:4856341-4856491	distal	distal	none	none	VT2472.1	VT2472.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.0191	0.0126	0.022	0.0085	0.0228	0.0251	0.022	0.0085	0.0193	0.0138	0.0193	0.0077	0.0383	0.0161	0.0383	0.0135
chr2L	4857523	4857674	chr2L:4857524-4857674	distal	distal	stage14	stage14	VT2472.1	VT2472.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0116	0.0096	0.0081	0.0177	0.0032	0.0058	0.016	0.0133	0.0032	0.0066	0.0071	0.0066	0.0062	0.01	0.0026	0.01	0.0089
chr2L	4865719	4865870	chr2L:4865720-4865870	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0092	0.0077	0.0095	0.0032	0.0068	0.0164	0.01	0.0032	0.0109	0.0077	0.0109	0.0093	0.0222	0.0097	0.0222	0.0031
chr2L	4874298	4874449	chr2L:4874299-4874449	distal	distal	none	none	VT2481.1	VT2481.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0139	0.0138	0.0157	0.0121	0.0042	0.0155	0.0208	0.0127	0.0042	0.0205	0.018	0.0205	0.0132	0.0314	0.0077	0.0314	0.0068
chr2L	4880453	4880604	chr2L:4880454-4880604	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0175	0.014	0.0146	0.0245	0.0085	0.0165	0.0173	0.0193	0.0085	0.0187	0.0177	0.0187	0.0132	0.0919	0.011	0.0919	0.0089
chr2L	4880625	4880776	chr2L:4880626-4880776	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0162	0.012	0.0113	0.0262	0.0042	0.0112	0.0195	0.0153	0.0042	0.0151	0.0119	0.0151	0.0108	0.0972	0.0142	0.0972	0.0094
chr2L	4882513	4882664	chr2L:4882514-4882664	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0343	0.039	0.0331	0.0302	0.0212	0.0413	0.048	0.0566	0.0212	0.0477	0.0331	0.0477	0.0341	0.0697	0.0219	0.0697	0.0266
chr2L	4882675	4882931	chr2L:4882676-4882931	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0804	0.0619	0.0934	0.0869	0.0382	0.0743	0.074	0.0786	0.0382	0.1322	0.0965	0.1322	0.1007	0.17	0.0767	0.17	0.0849
chr2L	4883017	4883209	chr2L:4883018-4883209	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1216	0.1022	0.144	0.1186	0.0657	0.1204	0.1146	0.1372	0.0657	0.1793	0.1662	0.1793	0.1309	0.16	0.1161	0.16	0.1371
chr2L	4883236	4883405	chr2L:4883237-4883405	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0768	0.0962	0.0808	0.053	0.0816	0.1008	0.0959	0.053	0.1178	0.1135	0.1178	0.0914	0.0873	0.069	0.0873	0.1073
chr2L	4883465	4883687	chr2L:4883466-4883687	FBgn0000286,FBgn0031643	CG3008,Cf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0495	0.0581	0.0501	0.0297	0.05	0.0657	0.0653	0.0297	0.0713	0.0685	0.0713	0.0519	0.0636	0.0484	0.0636	0.0573
chr2L	4886695	4886905	chr2L:4886696-4886905	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0568	0.0288	0.044	0.1022	0.0117	0.0393	0.0415	0.0247	0.0117	0.0942	0.0328	0.0942	0.0511	0.245	0.0664	0.245	0.1266
chr2L	4887665	4887850	chr2L:4887666-4887850	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0574	0.0333	0.0629	0.0783	0.0085	0.0432	0.045	0.0373	0.0085	0.0876	0.0659	0.0876	0.0798	0.1524	0.0787	0.1524	0.0964
chr2L	4889546	4889767	chr2L:4889547-4889767	FBgn0031644	CG15625	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0839	0.1887	0.0401	0.0149	0.2089	0.118	0.2967	0.2032	0.2089	0.0338	0.0389	0.0338	0.0318	0.0222	0.0161	0.0222	0.0167
chr2L	4891904	4892210	chr2L:4891905-4892210	FBgn0031645	CG3036	stage11,stage14,stage5	none	VT2489.1,VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.3342	0.3215	0.3786	0.2997	0.2831	0.3859	0.3547	0.3791	0.2831	0.4626	0.4003	0.4626	0.3819	0.3515	0.3146	0.3515	0.346
chr2L	4893157	4893308	chr2L:4893158-4893308	distal	distal	none	none	VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0675	0.0338	0.0167	0.053	0.0777	0.0986	0.0553	0.053	0.0465	0.0296	0.0465	0.0426	0.0207	0.0142	0.0207	0.0219
chr2L	4893915	4894066	chr2L:4893916-4894066	distal	distal	none	none	VT2490.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.03	0.0417	0.0301	0.0169	0.0265	0.0515	0.051	0.0506	0.0265	0.0266	0.0215	0.0266	0.0813	0.0115	0.0077	0.0115	0.0401
chr2L	4898421	4898594	chr2L:4898422-4898594	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0293	0.038	0.0273	0.0219	0.0223	0.0544	0.0484	0.0313	0.0223	0.0181	0.0135	0.0181	0.0999	0.026	0.0129	0.026	0.0433
chr2L	4902353	4902614	chr2L:4902354-4902614	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0519	0.1029	0.0367	0.0116	0.0848	0.082	0.1652	0.1066	0.0848	0.026	0.0315	0.026	0.0937	0.0184	0.0103	0.0184	0.0135
chr2L	4903480	4903869	chr2L:4903481-4903869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0887	0.0786	0.0652	0.0456	0.1078	0.1181	0.0926	0.0456	0.0966	0.0727	0.0966	0.1232	0.0896	0.0748	0.0896	0.1021
chr2L	4903954	4904121	chr2L:4903955-4904121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0619	0.0587	0.0676	0.0593	0.0318	0.0772	0.074	0.0606	0.0318	0.0864	0.0611	0.0864	0.1046	0.0743	0.0722	0.0743	0.087
chr2L	4905530	4905681	chr2L:4905531-4905681	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0163	0.0168	0.0162	0.0159	0.0095	0.0209	0.0251	0.0127	0.0095	0.0121	0.0212	0.0121	0.0248	0.013	0.0393	0.013	0.013
chr2L	4906685	4906857	chr2L:4906686-4906857	FBgn0031646	CG2837	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0336	0.0348	0.0253	0.0265	0.0403	0.0433	0.032	0.0265	0.032	0.0322	0.032	0.0806	0.0161	0.0348	0.0161	0.0448
chr2L	4908451	4908610	chr2L:4908452-4908610	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0332	0.0285	0.0307	0.0411	0.018	0.0301	0.0372	0.036	0.018	0.032	0.0347	0.032	0.048	0.0628	0.0438	0.0628	0.0641
chr2L	4913557	4913708	chr2L:4913558-4913708	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0107	0.0101	0.0104	0.0118	0.0032	0.0063	0.0208	0.0067	0.0032	0.0127	0.0084	0.0127	0.0217	0.0046	0.0084	0.0046	0.0287
chr2L	4915987	4916156	chr2L:4915988-4916156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0112	0.0166	0.0181	0.0032	0.0131	0.0195	0.0093	0.0032	0.0181	0.0113	0.0181	0.0465	0.0084	0.0148	0.0084	0.0401
chr2L	4917843	4917994	chr2L:4917844-4917994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0081	0.0076	0.0164	0.0064	0.0097	0.0117	0.0073	0.0064	0.0054	0.0093	0.0054	0.0101	0.0061	0.0071	0.0061	0.0453
chr2L	4928482	4928633	chr2L:4928483-4928633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0137	0.0074	0.0086	0.0263	0.0021	0.0034	0.0173	0.0053	0.0021	0.0079	0.0068	0.0079	0.0186	0.0077	0.009	0.0077	0.0662
chr2L	4929297	4929448	chr2L:4929298-4929448	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0099	0.0062	0.0066	0.0175	0.0011	0.0068	0.0121	0.0033	0.0011	0.0036	0.0055	0.0036	0.0163	0.0069	0.0058	0.0069	0.0479
chr2L	4929669	4929820	chr2L:4929670-4929820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0112	0.0082	0.0088	0.0171	0.0021	0.0078	0.0147	0.0093	0.0021	0.0066	0.0058	0.0066	0.0132	0.013	0.0123	0.013	0.036
chr2L	4929962	4930113	chr2L:4929963-4930113	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0103	0.0081	0.0134	0.0032	0.0087	0.0177	0.0113	0.0032	0.0066	0.0055	0.0066	0.0147	0.0054	0.0045	0.0054	0.0323
chr2L	4936518	4936669	chr2L:4936519-4936669	FBgn0031649	hoe2	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.0057	0.0077	0.0132	0.0042	0.0053	0.0091	0.0053	0.0042	0.0097	0.0068	0.0097	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0063
chr2L	4941474	4941625	chr2L:4941475-4941625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0128	0.0123	0.015	0.0032	0.0146	0.0212	0.0113	0.0032	0.0133	0.0129	0.0133	0.0139	0.0145	0.0058	0.0145	0.0026
chr2L	4944862	4945013	chr2L:4944863-4945013	FBgn0031651	mRpL24	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0319	0.0292	0.0419	0.0241	0.0265	0.0301	0.0424	0.0247	0.0265	0.0483	0.0424	0.0483	0.0542	0.0283	0.0181	0.0283	0.0297
chr2L	4945053	4945206	chr2L:4945054-4945206	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0376	0.0537	0.0384	0.0223	0.0451	0.0471	0.0453	0.0223	0.0707	0.0582	0.0707	0.0604	0.0406	0.0342	0.0406	0.0526
chr2L	4945275	4945458	chr2L:4945276-4945458	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0991	0.0779	0.1192	0.1007	0.0445	0.1	0.0809	0.1073	0.0445	0.1437	0.128	0.1437	0.1239	0.121	0.1012	0.121	0.1235
chr2L	4945498	4945685	chr2L:4945499-4945685	FBgn0015000,FBgn0031651	betaggt-I,mRpL24	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1225	0.1032	0.1494	0.1145	0.0594	0.1364	0.1068	0.1332	0.0594	0.1872	0.1617	0.1872	0.1611	0.1363	0.118	0.1363	0.1324
chr2L	4949442	4949593	chr2L:4949443-4949593	FBgn0031652	jet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.0391	0.061	0.0391	0.0233	0.0413	0.0463	0.0566	0.0233	0.0749	0.0659	0.0749	0.0635	0.0421	0.0413	0.0421	0.0505
chr2L	4949698	4949905	chr2L:4949699-4949905	FBgn0031652	jet	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1087	0.0906	0.1353	0.0997	0.052	0.1087	0.0939	0.1359	0.052	0.157	0.1473	0.157	0.1441	0.1103	0.1096	0.1103	0.1303
chr2L	4955387	4955595	chr2L:4955388-4955595	FBgn0020906,FBgn0031655	Jon25Bi,Marcal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0737	0.0754	0.0911	0.0526	0.0445	0.084	0.0878	0.1133	0.0445	0.1069	0.1064	0.1069	0.0899	0.0613	0.0574	0.0613	0.0683
chr2L	4955673	4955841	chr2L:4955674-4955841	FBgn0031655	Marcal1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0345	0.037	0.042	0.0234	0.0127	0.0388	0.0476	0.0566	0.0127	0.0525	0.0476	0.0525	0.0372	0.0245	0.0277	0.0245	0.0292
chr2L	4955936	4956154	chr2L:4955937-4956154	FBgn0031655	Marcal1	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0279	0.0333	0.0317	0.0178	0.0148	0.0374	0.0467	0.0413	0.0148	0.0368	0.0357	0.0368	0.0364	0.0168	0.0161	0.0168	0.0245
chr2L	4965596	4965762	chr2L:4965597-4965762	FBgn0083961,FBgn0264372	CG34125,CR43824	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0576	0.0587	0.0581	0.0557	0.0318	0.0704	0.0623	0.0893	0.0318	0.0574	0.0659	0.0574	0.0829	0.0421	0.0709	0.0421	0.0943
chr2L	4967698	4967876	chr2L:4967699-4967876	FBgn0015834	Trip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1329	0.1319	0.1522	0.1129	0.1029	0.1612	0.154	0.1646	0.1029	0.1836	0.163	0.1836	0.1704	0.121	0.1167	0.121	0.1344
chr2L	4968874	4969040	chr2L:4968875-4969040	FBgn0031657,FBgn0262467	CG3756,Scox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1089	0.1088	0.1237	0.0927	0.0594	0.1248	0.1306	0.1519	0.0594	0.1612	0.1241	0.1612	0.1332	0.108	0.1006	0.108	0.1032
chr2L	4969209	4969360	chr2L:4969210-4969360	FBgn0031657,FBgn0262467	CG3756,Scox	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0576	0.0633	0.0402	0.0382	0.0631	0.0796	0.0673	0.0382	0.0749	0.0701	0.0749	0.0604	0.0406	0.0406	0.0406	0.0532
chr2L	4971062	4971213	chr2L:4971063-4971213	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0787	0.0751	0.1008	0.0583	0.0477	0.0976	0.0835	0.0919	0.0477	0.1389	0.1013	0.1389	0.1022	0.0613	0.0554	0.0613	0.0745
chr2L	4971361	4971549	chr2L:4971362-4971549	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1963	0.17	0.2444	0.173	0.122	0.2053	0.1959	0.2132	0.122	0.3092	0.2595	0.3092	0.2409	0.2014	0.1734	0.2014	0.1928
chr2L	4971595	4971797	chr2L:4971596-4971797	FBgn0031659	CG14043	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1435	0.1209	0.1735	0.1358	0.0657	0.1466	0.1449	0.1546	0.0657	0.2174	0.1871	0.2174	0.1689	0.1524	0.1438	0.1524	0.148
chr2L	4973889	4974061	chr2L:4973890-4974061	FBgn0010607,FBgn0031660	l(2)05714,mRpL28	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1109	0.0899	0.1423	0.1001	0.053	0.1218	0.1047	0.1106	0.053	0.1709	0.1543	0.1709	0.1572	0.1018	0.1038	0.1018	0.1266
chr2L	4976699	4976850	chr2L:4976700-4976850	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.054	0.05	0.0678	0.0433	0.0201	0.049	0.0709	0.0653	0.0201	0.0719	0.0743	0.0719	0.0751	0.0444	0.038	0.0444	0.0573
chr2L	4976938	4977123	chr2L:4976939-4977123	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1453	0.1316	0.1758	0.1273	0.07	0.1544	0.1544	0.1779	0.07	0.2077	0.1945	0.2077	0.1859	0.1363	0.1231	0.1363	0.1569
chr2L	4977217	4977416	chr2L:4977218-4977416	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1339	0.1167	0.1626	0.1218	0.0594	0.1519	0.1254	0.1586	0.0594	0.1836	0.1765	0.1836	0.1782	0.121	0.1103	0.121	0.1605
chr2L	4977424	4977576	chr2L:4977425-4977576	FBgn0031661,FBgn0031662	CG3792,Gmd	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0733	0.0626	0.0855	0.072	0.0308	0.0864	0.0627	0.0853	0.0308	0.0839	0.0881	0.0839	0.1286	0.0452	0.0613	0.0452	0.1245
chr2L	4981230	4981415	chr2L:4981231-4981415	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1661	0.1324	0.2046	0.1615	0.0976	0.1665	0.1388	0.1785	0.0976	0.2657	0.2232	0.2657	0.2115	0.1884	0.1638	0.1884	0.1881
chr2L	4981521	4981685	chr2L:4981522-4981685	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1851	0.1429	0.2311	0.1819	0.0997	0.2039	0.141	0.1812	0.0997	0.2772	0.263	0.2772	0.2432	0.1991	0.1767	0.1991	0.2282
chr2L	4981777	4982025	chr2L:4981778-4982025	FBgn0031664,FBgn0083962	CG34126,CG8892	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0848	0.0682	0.1088	0.077	0.035	0.0917	0.0796	0.0779	0.035	0.1208	0.1248	0.1208	0.1154	0.0781	0.0671	0.0781	0.111
chr2L	4991525	4991676	chr2L:4991526-4991676	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0292	0.0349	0.0247	0.0276	0.0201	0.0262	0.0584	0.0373	0.0201	0.0284	0.0318	0.0284	0.0271	0.0352	0.0368	0.0352	0.0307
chr2L	4995389	4995540	chr2L:4995390-4995540	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0402	0.0354	0.0382	0.0476	0.0159	0.0345	0.0575	0.036	0.0159	0.0537	0.0447	0.0537	0.038	0.0812	0.0606	0.0812	0.0537
chr2L	4995855	4996006	chr2L:4995856-4996006	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.041	0.0545	0.0357	0.0318	0.0233	0.0364	0.1021	0.054	0.0233	0.0386	0.0457	0.0386	0.0387	0.0314	0.0554	0.0314	0.0328
chr2L	4996440	4996591	chr2L:4996441-4996591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0411	0.0341	0.0458	0.0436	0.0127	0.0306	0.0489	0.052	0.0127	0.0236	0.0746	0.0236	0.0473	0.0138	0.1212	0.0138	0.0386
chr2L	4997379	4997591	chr2L:4997380-4997591	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1366	0.0487	0.1885	0.1778	0.0191	0.0796	0.0562	0.042	0.0191	0.2156	0.2219	0.2156	0.2634	0.157	0.2444	0.157	0.2814
chr2L	4997753	4997941	chr2L:4997754-4997941	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1271	0.0561	0.169	0.1606	0.0255	0.0767	0.0722	0.0566	0.0255	0.1963	0.1842	0.1963	0.2595	0.1593	0.2186	0.1593	0.2527
chr2L	4998103	4998278	chr2L:4998104-4998278	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0832	0.0738	0.1081	0.0664	0.0297	0.0835	0.1034	0.0866	0.0297	0.1268	0.1183	0.1268	0.1317	0.0352	0.0806	0.0352	0.1115
chr2L	4999017	4999200	chr2L:4999018-4999200	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.103	0.0867	0.1255	0.0965	0.0541	0.1092	0.1029	0.1059	0.0541	0.1413	0.1463	0.1413	0.1464	0.1531	0.0928	0.1531	0.1355
chr2L	5000286	5000508	chr2L:5000287-5000508	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2436	0.3045	0.2919	0.1227	0.3171	0.3102	0.3538	0.3857	0.3171	0.3865	0.3553	0.3865	0.2254	0.2037	0.1599	0.2037	0.1454
chr2L	5000693	5000922	chr2L:5000694-5000922	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1978	0.2808	0.2286	0.0714	0.2842	0.2481	0.3529	0.3638	0.2842	0.1999	0.3257	0.1999	0.1689	0.1248	0.1038	0.1248	0.0641
chr2L	5001065	5001294	chr2L:5001066-5001294	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1439	0.1519	0.1807	0.0944	0.1071	0.1636	0.183	0.2005	0.1071	0.2023	0.2344	0.2023	0.1394	0.1087	0.136	0.1087	0.1167
chr2L	5001312	5001555	chr2L:5001313-5001555	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1397	0.1427	0.1647	0.1089	0.0827	0.1447	0.1825	0.1945	0.0827	0.1679	0.2138	0.1679	0.134	0.108	0.1483	0.108	0.1209
chr2L	5003788	5004007	chr2L:5003789-5004007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0807	0.0889	0.1062	0.0434	0.0583	0.1	0.1163	0.1053	0.0583	0.1316	0.1328	0.1316	0.062	0.0283	0.0368	0.0283	0.0208
chr2L	5004024	5004215	chr2L:5004025-5004215	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0915	0.1007	0.1175	0.0528	0.0604	0.1121	0.1315	0.1219	0.0604	0.1419	0.1399	0.1419	0.0767	0.0368	0.049	0.0368	0.0328
chr2L	5004447	5004598	chr2L:5004448-5004598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0272	0.0275	0.022	0.0327	0.0148	0.0262	0.0381	0.0366	0.0148	0.0169	0.0273	0.0169	0.0178	0.0161	0.02	0.0161	0.0193
chr2L	5004883	5005034	chr2L:5004884-5005034	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0371	0.0183	0.0293	0.0667	0.0011	0.0194	0.0264	0.026	0.0011	0.0211	0.0299	0.0211	0.0263	0.0413	0.0271	0.0413	0.0334
chr2L	5005411	5005562	chr2L:5005412-5005562	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0287	0.0122	0.0212	0.0553	0.0053	0.0146	0.0216	0.006	0.0053	0.0187	0.0154	0.0187	0.0263	0.0329	0.0148	0.0329	0.0349
chr2L	5006290	5006441	chr2L:5006291-5006441	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0214	0.0141	0.0211	0.0301	0.0053	0.0146	0.0186	0.0193	0.0053	0.0211	0.0193	0.0211	0.0403	0.0681	0.0142	0.0681	0.0406
chr2L	5009401	5009580	chr2L:5009402-5009580	FBgn0053113	Rtnl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1363	0.1317	0.1765	0.0972	0.0573	0.1777	0.1427	0.1752	0.0573	0.2319	0.1955	0.2319	0.151	0.1072	0.1012	0.1072	0.0933
chr2L	5009683	5009872	chr2L:5009684-5009872	FBgn0053113	Rtnl1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2308	0.2049	0.2773	0.2089	0.1379	0.2602	0.2379	0.2352	0.1379	0.3249	0.3064	0.3249	0.2564	0.2312	0.2147	0.2312	0.2355
chr2L	5010222	5010373	chr2L:5010223-5010373	FBgn0031668,FBgn0259719	CG31917,Tfb5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0506	0.048	0.064	0.039	0.0255	0.0563	0.0588	0.0633	0.0255	0.0713	0.0733	0.0713	0.0542	0.0368	0.0406	0.0368	0.0511
chr2L	5010511	5010679	chr2L:5010512-5010679	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.058	0.0517	0.0735	0.0482	0.0233	0.0573	0.0636	0.0713	0.0233	0.0888	0.0791	0.0888	0.0689	0.0559	0.0458	0.0559	0.0568
chr2L	5010755	5010924	chr2L:5010756-5010924	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1432	0.1241	0.1746	0.1299	0.0965	0.1456	0.1388	0.1612	0.0965	0.2264	0.1852	0.2264	0.1619	0.1394	0.1418	0.1394	0.1459
chr2L	5011002	5011171	chr2L:5011003-5011171	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1709	0.1453	0.2098	0.1568	0.1092	0.1733	0.1548	0.1952	0.1092	0.25	0.2273	0.25	0.2091	0.1746	0.1625	0.1746	0.1923
chr2L	5011243	5011440	chr2L:5011244-5011440	FBgn0031668,FBgn0031670,FBgn0259719	CG31917,CG3887,Tfb5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0694	0.1039	0.0751	0.0445	0.0728	0.0891	0.0886	0.0445	0.1286	0.1084	0.1286	0.1131	0.0743	0.0722	0.0743	0.1136
chr2L	5011679	5011830	chr2L:5011680-5011830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0313	0.0282	0.0343	0.0316	0.0138	0.0311	0.0359	0.0346	0.0138	0.0405	0.0296	0.0405	0.0434	0.0199	0.0148	0.0199	0.074
chr2L	5020092	5020243	chr2L:5020093-5020243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0132	0.0117	0.0096	0.0187	0.0032	0.0097	0.0203	0.0147	0.0032	0.0175	0.009	0.0175	0.0085	0.0475	0.0064	0.0475	0.0266
chr2L	5020683	5020834	chr2L:5020684-5020834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0199	0.0221	0.0176	0.0199	0.0148	0.0248	0.0307	0.0213	0.0148	0.0308	0.0167	0.0308	0.0186	0.036	0.0077	0.036	0.0328
chr2L	5021812	5021963	chr2L:5021813-5021963	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.0135	0.0126	0.0189	0.0064	0.015	0.0229	0.008	0.0064	0.0139	0.0087	0.0139	0.0294	0.01	0.0019	0.01	0.0558
chr2L	5022007	5022158	chr2L:5022008-5022158	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.016	0.0136	0.0217	0.0085	0.018	0.0272	0.012	0.0085	0.0187	0.0096	0.0187	0.024	0.0161	0.0032	0.0161	0.0594
chr2L	5022729	5022880	chr2L:5022730-5022880	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0194	0.0155	0.0213	0.0219	0.0074	0.0155	0.026	0.0133	0.0074	0.0393	0.0158	0.0393	0.0287	0.0253	0.0071	0.0253	0.0521
chr2L	5023607	5023822	chr2L:5023608-5023822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0247	0.0186	0.0213	0.0352	0.0021	0.0189	0.0363	0.014	0.0021	0.0199	0.0148	0.0199	0.0519	0.0153	0.0064	0.0153	0.1053
chr2L	5024630	5024821	chr2L:5024631-5024821	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0365	0.0183	0.0352	0.0583	0.0074	0.0248	0.0268	0.016	0.0074	0.0465	0.0235	0.0465	0.0744	0.0896	0.0181	0.0896	0.1235
chr2L	5027390	5027593	chr2L:5027391-5027593	distal	distal	stage11,stage14	stage11	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0611	0.0359	0.0675	0.0823	0.017	0.0476	0.0532	0.026	0.017	0.1111	0.0505	0.1111	0.1208	0.1217	0.0387	0.1217	0.1772
chr2L	5028047	5028318	chr2L:5028048-5028318	FBgn0016075	vkg	none	none	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0261	0.0162	0.0214	0.0423	0.0095	0.0189	0.0251	0.01	0.0095	0.0217	0.0219	0.0217	0.0372	0.0237	0.011	0.0237	0.1162
chr2L	5029424	5029681	chr2L:5029425-5029681	FBgn0000299	Cg25C	stage11,stage14	none	Cg25C_Promoter	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0477	0.0239	0.0363	0.0869	0.0159	0.0233	0.0385	0.0233	0.0159	0.0459	0.0244	0.0459	0.0821	0.1233	0.0226	0.1233	0.2064
chr2L	5030638	5030799	chr2L:5030639-5030799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0295	0.0191	0.0306	0.04	0.0042	0.0233	0.0272	0.0193	0.0042	0.0272	0.0277	0.0272	0.0689	0.0291	0.0193	0.0291	0.1047
chr2L	5036199	5036398	chr2L:5036200-5036398	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0385	0.035	0.0452	0.0351	0.0117	0.0393	0.042	0.0546	0.0117	0.0447	0.0486	0.0447	0.0325	0.0199	0.0161	0.0199	0.0599
chr2L	5037377	5037807	chr2L:5037378-5037807	FBgn0260451,FBgn0260470	CG14042,SP555	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.082	0.0527	0.065	0.1335	0.0159	0.066	0.0536	0.0833	0.0159	0.0435	0.0514	0.0435	0.0395	0.0314	0.038	0.0314	0.1308
chr2L	5042058	5042229	chr2L:5042059-5042229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.046	0.0623	0.0449	0.029	0.0477	0.0772	0.0735	0.0666	0.0477	0.1039	0.0325	0.1039	0.0302	0.0498	0.0258	0.0498	0.0255
chr2L	5042375	5042543	chr2L:5042376-5042543	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0402	0.0465	0.0466	0.0262	0.0265	0.0646	0.0532	0.0466	0.0265	0.1027	0.0338	0.1027	0.0294	0.0559	0.0193	0.0559	0.0193
chr2L	5042754	5042957	chr2L:5042755-5042957	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0541	0.048	0.0647	0.0492	0.0339	0.0573	0.0558	0.056	0.0339	0.0996	0.0621	0.0996	0.0519	0.0697	0.0438	0.0697	0.0443
chr2L	5043140	5043319	chr2L:5043141-5043319	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1899	0.1793	0.222	0.1664	0.1326	0.2204	0.1994	0.2345	0.1326	0.282	0.2367	0.282	0.2022	0.1753	0.1715	0.1753	0.1923
chr2L	5043534	5043778	chr2L:5043535-5043778	FBgn0031674,FBgn0053995	CG31919,CG33995	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1306	0.1254	0.1627	0.1011	0.0753	0.1675	0.128	0.1666	0.0753	0.1836	0.1852	0.1836	0.1394	0.0888	0.1044	0.0888	0.0959
chr2L	5043781	5043932	chr2L:5043782-5043932	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0731	0.0588	0.0928	0.0675	0.0318	0.0752	0.0649	0.0813	0.0318	0.0876	0.1161	0.0876	0.0736	0.0498	0.0948	0.0498	0.0698
chr2L	5044339	5044578	chr2L:5044340-5044578	FBgn0031673	CG31650	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0633	0.0482	0.075	0.0674	0.0265	0.0646	0.0571	0.0546	0.0265	0.0471	0.1061	0.0471	0.096	0.0398	0.1296	0.0398	0.0803
chr2L	5044639	5044851	chr2L:5044640-5044851	FBgn0031673	CG31650	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0475	0.0309	0.0532	0.0599	0.0138	0.0432	0.0381	0.0333	0.0138	0.0338	0.0598	0.0338	0.0968	0.0375	0.0883	0.0375	0.0995
chr2L	5045296	5045490	chr2L:5045297-5045490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0611	0.036	0.0647	0.0851	0.0095	0.0534	0.0489	0.0326	0.0095	0.0374	0.0614	0.0374	0.1541	0.1011	0.069	0.1011	0.1511
chr2L	5045705	5045856	chr2L:5045706-5045856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0323	0.0289	0.0377	0.0301	0.0106	0.0432	0.0376	0.0253	0.0106	0.0266	0.037	0.0266	0.0829	0.0283	0.0226	0.0283	0.0495
chr2L	5050109	5050267	chr2L:5050110-5050267	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.081	0.0594	0.1202	0.0622	0.0212	0.0709	0.0454	0.1266	0.0212	0.0362	0.2158	0.0362	0.0852	0.026	0.1257	0.026	0.0636
chr2L	5050952	5051237	chr2L:5050953-5051237	FBgn0031675	CG9121	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0722	0.0459	0.0735	0.1003	0.0191	0.0597	0.0502	0.0593	0.0191	0.0411	0.0701	0.0411	0.0596	0.1156	0.0516	0.1156	0.0604
chr2L	5052457	5052640	chr2L:5052458-5052640	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1099	0.0946	0.1373	0.0968	0.07	0.1199	0.1012	0.1199	0.07	0.1649	0.1367	0.1649	0.1448	0.1026	0.0986	0.1026	0.1162
chr2L	5052703	5052898	chr2L:5052704-5052898	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1936	0.174	0.2301	0.1756	0.1368	0.2141	0.183	0.2318	0.1368	0.2681	0.2379	0.2681	0.2525	0.1845	0.1689	0.1845	0.2241
chr2L	5052988	5053139	chr2L:5052989-5053139	FBgn0022023,FBgn0031676	CG14040,eIF-3p40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.082	0.0729	0.0966	0.076	0.053	0.0874	0.074	0.1066	0.053	0.1105	0.1064	0.1105	0.1038	0.0689	0.0671	0.0689	0.1214
chr2L	5053534	5053954	chr2L:5053535-5053954	FBgn0022023	eIF-3p40	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.085	0.1301	0.0789	0.0414	0.1018	0.0922	0.1873	0.1819	0.1018	0.0978	0.09	0.0978	0.0666	0.0413	0.04	0.0413	0.0677
chr2L	5054703	5054872	chr2L:5054704-5054872	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0857	0.0759	0.1089	0.0713	0.0477	0.0859	0.0887	0.1046	0.0477	0.1262	0.1232	0.1262	0.1131	0.0658	0.0754	0.0658	0.0912
chr2L	5055015	5055259	chr2L:5055016-5055259	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2107	0.2311	0.2319	0.1649	0.1866	0.2563	0.2738	0.2885	0.1866	0.282	0.2466	0.282	0.2239	0.1715	0.1457	0.1715	0.2048
chr2L	5055404	5055612	chr2L:5055405-5055612	FBgn0014857,FBgn0031677	CG14036,His3.3A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1063	0.1175	0.1297	0.068	0.0764	0.1184	0.1535	0.1519	0.0764	0.1691	0.1267	0.1691	0.1092	0.0597	0.0451	0.0597	0.0818
chr2L	5055701	5056032	chr2L:5055702-5056032	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1401	0.1462	0.172	0.0983	0.1039	0.1699	0.1756	0.1812	0.1039	0.2138	0.1682	0.2138	0.1658	0.0766	0.06	0.0766	0.1277
chr2L	5056162	5056468	chr2L:5056163-5056468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1072	0.1332	0.1217	0.0622	0.1039	0.1374	0.1691	0.1726	0.1039	0.1443	0.1177	0.1443	0.1201	0.0597	0.0419	0.0597	0.0829
chr2L	5059710	5059905	chr2L:5059711-5059905	FBgn0028694	Rpn11	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1432	0.1223	0.1805	0.1256	0.0827	0.1466	0.1406	0.1572	0.0827	0.2258	0.1907	0.2258	0.1797	0.1263	0.1367	0.1263	0.1501
chr2L	5060085	5060253	chr2L:5060086-5060253	FBgn0028694	Rpn11	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1058	0.0864	0.1299	0.1011	0.0626	0.1049	0.099	0.1086	0.0626	0.1721	0.1392	0.1721	0.1239	0.1026	0.1115	0.1026	0.1193
chr2L	5060327	5060484	chr2L:5060328-5060484	FBgn0028572	qtc	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0391	0.0585	0.0389	0.0212	0.0505	0.048	0.0446	0.0212	0.0743	0.0646	0.0743	0.0558	0.0345	0.0406	0.0345	0.0542
chr2L	5061573	5061724	chr2L:5061574-5061724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.0111	0.0168	0.0181	0.0021	0.0087	0.0156	0.0187	0.0021	0.0103	0.0241	0.0103	0.0186	0.01	0.0368	0.01	0.0125
chr2L	5062873	5063047	chr2L:5062874-5063047	FBgn0264368	CR43820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0239	0.0156	0.0194	0.038	0.0085	0.0175	0.0212	0.018	0.0085	0.0193	0.0158	0.0193	0.0124	0.0107	0.0064	0.0107	0.013
chr2L	5063179	5063330	chr2L:5063180-5063330	FBgn0264368	CR43820	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0171	0.0206	0.0251	0.0064	0.0175	0.0268	0.0187	0.0064	0.0181	0.019	0.0181	0.0225	0.0077	0.0058	0.0077	0.0135
chr2L	5064102	5064371	chr2L:5064103-5064371	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0207	0.0246	0.0483	0.0117	0.0228	0.0251	0.0253	0.0117	0.0169	0.0232	0.0169	0.0209	0.0123	0.0277	0.0123	0.0151
chr2L	5065465	5065616	chr2L:5065466-5065616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0165	0.0166	0.0168	0.016	0.0032	0.016	0.0281	0.0193	0.0032	0.0091	0.026	0.0091	0.0155	0.0038	0.0277	0.0038	0.0109
chr2L	5070585	5070767	chr2L:5070586-5070767	FBgn0261608	RpL37A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0665	0.058	0.0824	0.0586	0.0286	0.0636	0.0774	0.0706	0.0286	0.1123	0.0884	0.1123	0.0744	0.0666	0.0619	0.0666	0.0709
chr2L	5070887	5071057	chr2L:5070888-5071057	FBgn0261608	RpL37A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.152	0.1322	0.1891	0.1333	0.0933	0.1544	0.1553	0.1686	0.0933	0.2343	0.2064	0.2343	0.1828	0.1447	0.1399	0.1447	0.1631
chr2L	5071131	5071412	chr2L:5071132-5071412	FBgn0261608	RpL37A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0878	0.0801	0.1104	0.0714	0.0541	0.0971	0.0995	0.0893	0.0541	0.1401	0.1138	0.1401	0.1239	0.075	0.0722	0.075	0.0912
chr2L	5072349	5072537	chr2L:5072350-5072537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0414	0.0427	0.0513	0.0291	0.0212	0.0505	0.0519	0.0526	0.0212	0.0779	0.0489	0.0779	0.0581	0.0413	0.0316	0.0413	0.037
chr2L	5073270	5073436	chr2L:5073271-5073436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0412	0.0525	0.0449	0.0246	0.0339	0.0573	0.0692	0.0613	0.0339	0.0694	0.0434	0.0694	0.0565	0.0368	0.0219	0.0368	0.0365
chr2L	5073534	5073753	chr2L:5073535-5073753	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0584	0.089	0.0577	0.0249	0.0774	0.0883	0.1047	0.1199	0.0774	0.0876	0.0601	0.0876	0.0627	0.0345	0.0219	0.0345	0.0334
chr2L	5078222	5078373	chr2L:5078223-5078373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0167	0.0209	0.0138	0.0064	0.0136	0.0298	0.018	0.0064	0.0236	0.0222	0.0236	0.0178	0.0077	0.0071	0.0077	0.012
chr2L	5079266	5079447	chr2L:5079267-5079447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0242	0.0434	0.0227	0.017	0.0282	0.0294	0.0306	0.017	0.0459	0.0469	0.0459	0.0658	0.0253	0.0187	0.0253	0.0391
chr2L	5080829	5080980	chr2L:5080830-5080980	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0131	0.0216	0.0185	0.0042	0.0126	0.0151	0.0227	0.0042	0.0133	0.0341	0.0133	0.0194	0.0153	0.0361	0.0153	0.0193
chr2L	5084262	5084425	chr2L:5084263-5084425	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.026	0.0186	0.0296	0.0304	0.0053	0.0199	0.0281	0.022	0.0053	0.0429	0.0299	0.0429	0.0395	0.0766	0.0219	0.0766	0.0302
chr2L	5084471	5084660	chr2L:5084472-5084660	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0277	0.0315	0.0323	0.0148	0.0262	0.0446	0.0313	0.0148	0.0465	0.0305	0.0465	0.0426	0.0459	0.029	0.0459	0.0453
chr2L	5086996	5087195	chr2L:5086997-5087195	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0334	0.0237	0.0461	0.0304	0.0064	0.035	0.0298	0.0193	0.0064	0.0405	0.035	0.0405	0.1232	0.0191	0.0232	0.0191	0.0568
chr2L	5087355	5087552	chr2L:5087356-5087552	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0337	0.0248	0.0437	0.0326	0.0106	0.0301	0.0316	0.028	0.0106	0.035	0.0395	0.035	0.1061	0.0153	0.0239	0.0153	0.0714
chr2L	5092709	5092915	chr2L:5092710-5092915	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.1035	0.1221	0.1099	0.0758	0.0817	0.1218	0.151	0.1752	0.0817	0.0954	0.1424	0.0954	0.0945	0.0681	0.1141	0.0681	0.0667
chr2L	5092969	5093192	chr2L:5092970-5093192	FBgn0031681	pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2035	0.1959	0.236	0.1763	0.1336	0.2252	0.215	0.2845	0.1336	0.2621	0.2691	0.2621	0.2223	0.1746	0.1973	0.1746	0.2001
chr2L	5093215	5093401	chr2L:5093216-5093401	FBgn0031681	pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2181	0.1922	0.268	0.1923	0.1315	0.2476	0.2016	0.2512	0.1315	0.3219	0.2958	0.3219	0.2595	0.1922	0.2076	0.1922	0.2345
chr2L	5093475	5093669	chr2L:5093476-5093669	FBgn0031681,FBgn0031682	CG5828,pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.191	0.1575	0.2266	0.1894	0.1156	0.1956	0.1691	0.2085	0.1156	0.2856	0.2453	0.2856	0.2401	0.1907	0.2083	0.1907	0.2324
chr2L	5093884	5094061	chr2L:5093885-5094061	FBgn0031681,FBgn0031682	CG5828,pgant5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1166	0.0918	0.1357	0.1232	0.0573	0.0981	0.1159	0.1226	0.0573	0.157	0.1473	0.157	0.1588	0.1271	0.1302	0.1271	0.1496
chr2L	5096285	5096458	chr2L:5096286-5096458	FBgn0031683	CG4230	stage11,stage14,stage5	none	VT2594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1627	0.135	0.1977	0.1551	0.0774	0.167	0.1319	0.1972	0.0774	0.2524	0.2135	0.2524	0.1867	0.1455	0.1554	0.1455	0.1902
chr2L	5096863	5097015	chr2L:5096864-5097015	distal	distal	stage14	stage14	VT2594.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.043	0.0305	0.0454	0.0543	0.0159	0.034	0.0368	0.042	0.0159	0.0501	0.0367	0.0501	0.0271	0.0314	0.0193	0.0314	0.0261
chr2L	5099735	5100025	chr2L:5099736-5100025	FBgn0031684	CG8680	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0785	0.0707	0.0925	0.0719	0.0414	0.0796	0.0826	0.1039	0.0414	0.1045	0.1023	0.1045	0.103	0.0781	0.0651	0.0781	0.0891
chr2L	5100138	5100301	chr2L:5100139-5100301	FBgn0031684	CG8680	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1125	0.0988	0.1315	0.1069	0.0467	0.1194	0.1172	0.1332	0.0467	0.1504	0.1489	0.1504	0.134	0.121	0.0999	0.121	0.1298
chr2L	5100731	5100888	chr2L:5100732-5100888	FBgn0261836	Msp-300	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0337	0.0174	0.0325	0.0533	0.0032	0.0218	0.0264	0.0153	0.0032	0.0725	0.0251	0.0725	0.0294	0.2067	0.0174	0.2067	0.0214
chr2L	5101366	5101517	chr2L:5101367-5101517	FBgn0261836	Msp-300	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0233	0.0128	0.0164	0.0425	0.0032	0.0184	0.019	0.01	0.0032	0.0296	0.0141	0.0296	0.0194	0.1669	0.0181	0.1669	0.0167
chr2L	5105027	5105290	chr2L:5105028-5105290	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0297	0.0345	0.0249	0.0297	0.0201	0.0383	0.0441	0.0453	0.0201	0.0489	0.0225	0.0489	0.0155	0.0919	0.0187	0.0919	0.0109
chr2L	5105296	5105447	chr2L:5105297-5105447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0241	0.0236	0.0212	0.028	0.0085	0.033	0.0281	0.0266	0.0085	0.0459	0.0158	0.0459	0.0132	0.1034	0.0129	0.1034	0.0057
chr2L	5107691	5107940	chr2L:5107692-5107940	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0524	0.0346	0.0374	0.0887	0.018	0.0277	0.0588	0.0393	0.018	0.0193	0.0383	0.0193	0.0682	0.0345	0.1289	0.0345	0.0917
chr2L	5108389	5108598	chr2L:5108390-5108598	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0703	0.0305	0.0449	0.1426	0.0117	0.034	0.0441	0.0353	0.0117	0.0199	0.0531	0.0199	0.072	0.0314	0.1889	0.0314	0.209
chr2L	5108833	5109013	chr2L:5108834-5109013	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.029	0.0213	0.0212	0.0462	0.0106	0.0199	0.0316	0.0273	0.0106	0.0193	0.0193	0.0193	0.0201	0.0153	0.0316	0.0153	0.0344
chr2L	5109199	5109350	chr2L:5109200-5109350	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0079	0.009	0.0246	0.0011	0.0058	0.0134	0.0093	0.0011	0.0109	0.0077	0.0109	0.0054	0.0107	0.0071	0.0107	0.0073
chr2L	5113210	5113361	chr2L:5113211-5113361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0172	0.0162	0.0162	0.0192	0.0085	0.0194	0.0238	0.0173	0.0085	0.0163	0.0183	0.0163	0.0225	0.0237	0.0355	0.0237	0.0156
chr2L	5119141	5119292	chr2L:5119142-5119292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0121	0.0185	0.0132	0.0042	0.0126	0.0195	0.0127	0.0042	0.0133	0.028	0.0133	0.0186	0.0145	0.0322	0.0145	0.0078
chr2L	5119644	5119795	chr2L:5119645-5119795	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0141	0.0102	0.0128	0.0198	0.0021	0.0087	0.0208	0.0087	0.0021	0.0109	0.0203	0.0109	0.007	0.0168	0.0509	0.0168	0.0156
chr2L	5119820	5119971	chr2L:5119821-5119971	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0124	0.0085	0.0095	0.0201	0.0064	0.0063	0.0173	0.004	0.0064	0.0127	0.0109	0.0127	0.0077	0.0168	0.0406	0.0168	0.0229
chr2L	5145172	5145469	chr2L:5145173-5145469	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0321	0.0157	0.0227	0.0606	0.0085	0.0223	0.0195	0.012	0.0085	0.0163	0.0267	0.0163	0.0403	0.0505	0.0928	0.0505	0.1021
chr2L	5145472	5145632	chr2L:5145473-5145632	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0269	0.0096	0.0142	0.0602	0.0042	0.0126	0.013	0.0087	0.0042	0.0054	0.0161	0.0054	0.0302	0.0253	0.0922	0.0253	0.1172
chr2L	5145896	5146260	chr2L:5145897-5146260	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0416	0.0151	0.0197	0.0954	0.0138	0.0165	0.0247	0.0107	0.0138	0.0115	0.0183	0.0115	0.0434	0.0475	0.1186	0.0475	0.1761
chr2L	5147637	5147799	chr2L:5147638-5147799	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0071	0.0141	0.0375	0.0021	0.0063	0.0138	0.0053	0.0021	0.0115	0.0161	0.0115	0.0256	0.0299	0.0471	0.0299	0.0631
chr2L	5149510	5149661	chr2L:5149511-5149661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0151	0.0121	0.0105	0.0234	0.0042	0.0102	0.0199	0.012	0.0042	0.0085	0.0109	0.0085	0.0194	0.0222	0.0148	0.0222	0.0547
chr2L	5149954	5150105	chr2L:5149955-5150105	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0203	0.0117	0.0173	0.0333	0.0074	0.0107	0.019	0.012	0.0074	0.0205	0.0167	0.0205	0.0263	0.0949	0.0206	0.0949	0.0302
chr2L	5151301	5151452	chr2L:5151302-5151452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0148	0.0101	0.0127	0.0223	0.0064	0.0078	0.019	0.0073	0.0064	0.0054	0.0161	0.0054	0.0232	0.0214	0.04	0.0214	0.0208
chr2L	5153744	5153895	chr2L:5153745-5153895	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0061	0.0037	0.0049	0.0099	0.0042	0.0019	0.0056	0.004	0.0042	0.0042	0.0058	0.0042	0.007	0.0375	0.0039	0.0375	0.0036
chr2L	5153934	5154085	chr2L:5153935-5154085	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0081	0.006	0.0069	0.012	0.0042	0.0053	0.0104	0.0047	0.0042	0.0085	0.0087	0.0085	0.0085	0.0406	0.0045	0.0406	0.0052
chr2L	5156450	5156601	chr2L:5156451-5156601	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0106	0.008	0.0084	0.016	0.0064	0.0078	0.013	0.006	0.0064	0.0127	0.0071	0.0127	0.0116	0.0452	0.011	0.0452	0.0146
chr2L	5156602	5156753	chr2L:5156603-5156753	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0101	0.0085	0.008	0.0143	0.0032	0.0083	0.0156	0.006	0.0032	0.0151	0.0061	0.0151	0.0077	0.0475	0.0084	0.0475	0.0094
chr2L	5185705	5185856	chr2L:5185706-5185856	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0211	0.0229	0.0217	0.0182	0.017	0.0189	0.032	0.0293	0.017	0.0175	0.0296	0.0175	0.0209	0.0276	0.0316	0.0276	0.013
chr2L	5186612	5186958	chr2L:5186613-5186958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0332	0.0349	0.0322	0.0323	0.0127	0.0345	0.0558	0.036	0.0127	0.0368	0.0289	0.0368	0.0356	0.0858	0.0168	0.0858	0.0245
chr2L	5195456	5195607	chr2L:5195457-5195607	FBgn0065107	snmRNA:128	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0112	0.0171	0.0071	0.0091	0.0117	0.0087	0.0411	0.0067	0.0117	0.0079	0.008	0.0079	0.0101	0.0115	0.0058	0.0115	0.0146
chr2L	5195797	5195948	chr2L:5195798-5195948	FBgn0065107	snmRNA:128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0188	0.0121	0.0113	0.0344	0.0053	0.0107	0.0225	0.0087	0.0053	0.0085	0.009	0.0085	0.0302	0.0161	0.0226	0.0161	0.0849
chr2L	5196132	5196283	chr2L:5196133-5196283	FBgn0065107	snmRNA:128	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0127	0.0118	0.0107	0.0159	0.0074	0.0068	0.0234	0.0113	0.0074	0.0091	0.0116	0.0091	0.0178	0.0145	0.0123	0.0145	0.0328
chr2L	5196695	5196883	chr2L:5196696-5196883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.022	0.0178	0.0225	0.0263	0.0032	0.015	0.0316	0.0187	0.0032	0.0127	0.0193	0.0127	0.0658	0.026	0.0116	0.026	0.0604
chr2L	5196948	5197099	chr2L:5196949-5197099	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0183	0.0145	0.0195	0.0213	0.0064	0.0165	0.0234	0.012	0.0064	0.0103	0.019	0.0103	0.0503	0.0184	0.0077	0.0184	0.0532
chr2L	5197347	5197650	chr2L:5197348-5197650	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0431	0.0278	0.0385	0.0653	0.0085	0.0403	0.0376	0.0247	0.0085	0.032	0.0289	0.032	0.096	0.0475	0.0187	0.0475	0.1647
chr2L	5202691	5202874	chr2L:5202692-5202874	FBgn0083028	snoRNA:Psi18S-525k	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0391	0.0875	0.0127	0.0141	0.0827	0.0272	0.1778	0.0826	0.0827	0.0097	0.017	0.0097	0.0163	0.0291	0.0155	0.0291	0.0115
chr2L	5208916	5209067	chr2L:5208917-5209067	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0235	0.0253	0.0241	0.0207	0.0138	0.0291	0.035	0.0266	0.0138	0.026	0.0286	0.026	0.0271	0.0452	0.0174	0.0452	0.0224
chr2L	5209080	5209252	chr2L:5209081-5209252	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0324	0.036	0.0368	0.0234	0.0148	0.0359	0.0467	0.0533	0.0148	0.0368	0.0514	0.0368	0.0325	0.0467	0.0187	0.0467	0.0271
chr2L	5209342	5209521	chr2L:5209343-5209521	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0839	0.0859	0.093	0.0716	0.0498	0.0956	0.112	0.1033	0.0498	0.1105	0.109	0.1105	0.1092	0.1095	0.0735	0.1095	0.1068
chr2L	5209613	5209848	chr2L:5209614-5209848	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0518	0.048	0.0608	0.0462	0.0308	0.0568	0.0631	0.0513	0.0308	0.064	0.0666	0.064	0.0922	0.0559	0.0458	0.0559	0.0844
chr2L	5210399	5210550	chr2L:5210400-5210550	FBgn0031689	Cyp28d1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.018	0.016	0.0147	0.0238	0.0032	0.0146	0.0277	0.0153	0.0032	0.0181	0.0164	0.0181	0.0194	0.0276	0.0155	0.0276	0.0433
chr2L	5217624	5217818	chr2L:5217625-5217818	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0282	0.0273	0.0371	0.0195	0.0064	0.0388	0.0329	0.032	0.0064	0.0314	0.0598	0.0314	0.0333	0.0314	0.0284	0.0314	0.0172
chr2L	5217902	5218053	chr2L:5217903-5218053	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0266	0.0231	0.0374	0.0185	0.0074	0.0306	0.0255	0.03	0.0074	0.0284	0.0611	0.0284	0.0349	0.0222	0.0335	0.0222	0.0167
chr2L	5218188	5218368	chr2L:5218189-5218368	FBgn0031692	TpnC25D	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0343	0.0349	0.0448	0.022	0.0106	0.0485	0.0467	0.0366	0.0106	0.0374	0.0714	0.0374	0.038	0.026	0.0335	0.026	0.0266
chr2L	5218389	5218836	chr2L:5218390-5218836	FBgn0031692	TpnC25D	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0577	0.0642	0.0758	0.0305	0.0318	0.0874	0.077	0.0726	0.0318	0.0592	0.126	0.0592	0.0589	0.0276	0.0593	0.0276	0.0349
chr2L	5219411	5219629	chr2L:5219412-5219629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.039	0.0456	0.047	0.023	0.0244	0.0612	0.0484	0.0586	0.0244	0.0489	0.0704	0.0489	0.0411	0.0176	0.0355	0.0176	0.0328
chr2L	5219683	5219834	chr2L:5219684-5219834	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0274	0.0335	0.0332	0.0141	0.0138	0.0456	0.0376	0.0406	0.0138	0.029	0.0531	0.029	0.0263	0.0069	0.0251	0.0069	0.0203
chr2L	5219861	5220078	chr2L:5219862-5220078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0379	0.0444	0.0453	0.0224	0.0201	0.0607	0.0493	0.0546	0.0201	0.0399	0.0711	0.0399	0.0403	0.0184	0.0348	0.0184	0.0339
chr2L	5220282	5220500	chr2L:5220283-5220500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.037	0.0427	0.0471	0.0194	0.0233	0.049	0.0549	0.0506	0.0233	0.0356	0.074	0.0356	0.0511	0.0237	0.0297	0.0237	0.0224
chr2L	5220810	5220961	chr2L:5220811-5220961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0299	0.0353	0.0387	0.0142	0.018	0.0417	0.0415	0.0473	0.018	0.0302	0.0624	0.0302	0.0372	0.0199	0.0258	0.0199	0.0141
chr2L	5221532	5221683	chr2L:5221533-5221683	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0303	0.037	0.036	0.0164	0.017	0.0471	0.0424	0.0466	0.017	0.0266	0.0605	0.0266	0.0263	0.0123	0.0361	0.0123	0.0156
chr2L	5225510	5225773	chr2L:5225511-5225773	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0586	0.0605	0.0543	0.0244	0.0743	0.0662	0.0773	0.0244	0.0543	0.0875	0.0543	0.0496	0.1026	0.0638	0.1026	0.0563
chr2L	5227320	5227534	chr2L:5227321-5227534	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0385	0.0406	0.0486	0.0251	0.0148	0.0583	0.0463	0.05	0.0148	0.0429	0.0775	0.0429	0.0395	0.0176	0.06	0.0176	0.0214
chr2L	5228759	5228910	chr2L:5228760-5228910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0279	0.0258	0.0349	0.0224	0.0117	0.0398	0.0225	0.034	0.0117	0.0133	0.0592	0.0133	0.0403	0.0107	0.0464	0.0107	0.0276
chr2L	5231712	5231864	chr2L:5231713-5231864	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0457	0.0385	0.0627	0.0351	0.0233	0.0587	0.032	0.05	0.0233	0.0731	0.092	0.0731	0.0473	0.0191	0.06	0.0191	0.0573
chr2L	5232166	5232442	chr2L:5232167-5232442	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0769	0.0842	0.1069	0.0359	0.0339	0.1311	0.0804	0.1093	0.0339	0.1757	0.1322	0.1757	0.0589	0.0498	0.049	0.0498	0.0427
chr2L	5233536	5233763	chr2L:5233537-5233763	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0734	0.1094	0.0483	0.0255	0.1044	0.0783	0.0946	0.0255	0.0876	0.1206	0.0876	0.2215	0.0291	0.0451	0.0291	0.1016
chr2L	5233916	5234140	chr2L:5233917-5234140	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0722	0.0896	0.085	0.0387	0.0414	0.0985	0.0688	0.1879	0.0414	0.0604	0.1186	0.0604	0.0984	0.023	0.058	0.023	0.0532
chr2L	5234817	5234984	chr2L:5234818-5234984	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1124	0.0815	0.1817	0.0709	0.0403	0.1325	0.0649	0.1119	0.0403	0.2428	0.2531	0.2428	0.134	0.1378	0.1186	0.1378	0.0459
chr2L	5235052	5235266	chr2L:5235053-5235266	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1344	0.122	0.2088	0.0666	0.0636	0.1772	0.1163	0.1619	0.0636	0.2893	0.2961	0.2893	0.1332	0.1225	0.1193	0.1225	0.0474
chr2L	5236426	5236577	chr2L:5236427-5236577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0663	0.0482	0.0871	0.0638	0.0233	0.0738	0.0497	0.0553	0.0233	0.1069	0.1135	0.1069	0.0945	0.1317	0.0941	0.1317	0.049
chr2L	5237294	5237583	chr2L:5237295-5237583	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2891	0.2929	0.35	0.2182	0.2248	0.3573	0.3101	0.3797	0.2248	0.4384	0.4119	0.4384	0.3486	0.2917	0.276	0.2917	0.2652
chr2L	5237991	5238193	chr2L:5237992-5238193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0941	0.1125	0.1075	0.0588	0.0997	0.082	0.1618	0.1539	0.0997	0.1431	0.1466	0.1431	0.0697	0.1164	0.0806	0.1164	0.0505
chr2L	5238577	5238783	chr2L:5238578-5238783	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1274	0.0894	0.1759	0.1166	0.017	0.1641	0.0575	0.1332	0.017	0.3116	0.2322	0.3116	0.072	0.2443	0.1689	0.2443	0.1021
chr2L	5239642	5239989	chr2L:5239643-5239989	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	tkv_5428	tkv_5428	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1571	0.1574	0.2115	0.0969	0.0382	0.2947	0.0783	0.2558	0.0382	0.2198	0.3379	0.2198	0.0852	0.1577	0.2012	0.1577	0.0495
chr2L	5240060	5240211	chr2L:5240061-5240211	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.086	0.103	0.0564	0.0276	0.1558	0.051	0.1292	0.0276	0.1377	0.1524	0.1377	0.0341	0.1149	0.0993	0.1149	0.0302
chr2L	5240630	5240855	chr2L:5240631-5240855	FBgn0051914,FBgn0051971	tRNA:CR31914,tRNA:CR31971	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1667	0.1694	0.1976	0.1298	0.1071	0.2184	0.1847	0.2132	0.1071	0.2591	0.2138	0.2591	0.1828	0.1983	0.1322	0.1983	0.172
chr2L	5241066	5241243	chr2L:5241067-5241243	FBgn0051914,FBgn0051971	tRNA:CR31914,tRNA:CR31971	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.093	0.1012	0.1048	0.0709	0.0891	0.1117	0.1237	0.1146	0.0891	0.1341	0.1129	0.1341	0.1139	0.1087	0.0774	0.1087	0.098
chr2L	5242884	5243059	chr2L:5242885-5243059	FBgn0046776	CR14033	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0344	0.057	0.0307	0.0134	0.0509	0.0476	0.0766	0.074	0.0509	0.0308	0.0318	0.0308	0.0395	0.013	0.0129	0.013	0.0167
chr2L	5245473	5245674	chr2L:5245474-5245674	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5481	Unspecified_5481	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.067	0.0351	0.1152	0.0496	0.0064	0.0665	0.0316	0.038	0.0064	0.1492	0.1637	0.1492	0.0604	0.0919	0.0845	0.0919	0.025
chr2L	5245829	5246041	chr2L:5245830-5246041	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5481	Unspecified_5481	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0449	0.0255	0.0717	0.0372	0	0.0369	0.032	0.0333	0	0.0628	0.1209	0.0628	0.0302	0.0536	0.0883	0.0536	0.0182
chr2L	5247013	5247369	chr2L:5247014-5247369	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0553	0.0315	0.0763	0.0589	0.0064	0.0451	0.0359	0.0353	0.0064	0.1117	0.1026	0.1117	0.0364	0.1156	0.0825	0.1156	0.0552
chr2L	5247533	5248015	chr2L:5247534-5248015	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0997	0.0546	0.1504	0.0944	0.0127	0.0947	0.0523	0.06	0.0127	0.1775	0.217	0.1775	0.1131	0.147	0.1818	0.147	0.0761
chr2L	5248704	5248855	chr2L:5248705-5248855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0223	0.0174	0.0263	0.0234	0.0053	0.0204	0.0264	0.0187	0.0053	0.0181	0.0457	0.0181	0.0155	0.0184	0.0638	0.0184	0.0141
chr2L	5249790	5249941	chr2L:5249791-5249941	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0169	0.0194	0.0212	0.0093	0.0042	0.0218	0.0208	0.0346	0.0042	0.0229	0.0341	0.0229	0.0093	0.0038	0.0226	0.0038	0.0073
chr2L	5249957	5250108	chr2L:5249958-5250108	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0166	0.0202	0.0221	0.0067	0.0074	0.0233	0.0177	0.0413	0.0074	0.0272	0.0344	0.0272	0.0077	0.0054	0.0129	0.0054	0.0063
chr2L	5253628	5253779	chr2L:5253629-5253779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.0182	0.0273	0.0092	0.0032	0.018	0.032	0.0193	0.0032	0.0103	0.0521	0.0103	0.0201	0.0061	0.02	0.0061	0.0068
chr2L	5254049	5254243	chr2L:5254050-5254243	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0228	0.0174	0.0269	0.0244	0.0042	0.0199	0.0303	0.0127	0.0042	0.0121	0.0437	0.0121	0.0333	0.0084	0.0484	0.0084	0.0349
chr2L	5254426	5254577	chr2L:5254427-5254577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0194	0.0163	0.022	0.0201	0.0032	0.0214	0.0221	0.0187	0.0032	0.0199	0.0299	0.0199	0.0225	0.0077	0.0426	0.0077	0.0245
chr2L	5255430	5255597	chr2L:5255431-5255597	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0341	0.0155	0.0552	0.0318	0.0074	0.0228	0.016	0.0153	0.0074	0.0423	0.0961	0.0423	0.0364	0.0161	0.0819	0.0161	0.0313
chr2L	5255713	5255864	chr2L:5255714-5255864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0285	0.0102	0.04	0.0363	0.0042	0.0141	0.013	0.0113	0.0042	0.0169	0.0723	0.0169	0.0403	0.0161	0.0909	0.0161	0.0417
chr2L	5256250	5256670	chr2L:5256251-5256670	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0825	0.0455	0.1269	0.0751	0.0117	0.0728	0.0484	0.0506	0.0117	0.0646	0.1553	0.0646	0.2618	0.0214	0.1057	0.0214	0.1532
chr2L	5261481	5261669	chr2L:5261482-5261669	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0622	0.0618	0.0864	0.0361	0.0255	0.0757	0.0675	0.0953	0.0255	0.0924	0.1228	0.0924	0.072	0.036	0.0613	0.036	0.0412
chr2L	5261738	5261915	chr2L:5261739-5261915	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0677	0.0733	0.0879	0.0391	0.0424	0.084	0.0861	0.0993	0.0424	0.0876	0.1232	0.0876	0.0813	0.0452	0.06	0.0452	0.0479
chr2L	5262042	5262193	chr2L:5262043-5262193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0263	0.0335	0.0317	0.0124	0.0159	0.0359	0.0493	0.0393	0.0159	0.0248	0.0489	0.0248	0.0271	0.0153	0.0174	0.0153	0.0141
chr2L	5262258	5262515	chr2L:5262259-5262515	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0339	0.039	0.0463	0.0145	0.0212	0.0388	0.0549	0.0513	0.0212	0.032	0.0817	0.032	0.0248	0.0145	0.0245	0.0145	0.013
chr2L	5262565	5262748	chr2L:5262566-5262748	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0324	0.0375	0.042	0.016	0.0286	0.0481	0.045	0.042	0.0286	0.0405	0.0662	0.0405	0.0209	0.0168	0.0355	0.0168	0.0104
chr2L	5264314	5264465	chr2L:5264315-5264465	FBgn0031693	Cyp4ac1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.0157	0.0232	0.0159	0.0074	0.0165	0.0238	0.0173	0.0074	0.0284	0.0257	0.0284	0.031	0.0084	0.0103	0.0084	0.037
chr2L	5269694	5269953	chr2L:5269695-5269953	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0508	0.0575	0.032	0.0223	0.0636	0.064	0.0573	0.0223	0.0682	0.0698	0.0682	0.0527	0.0391	0.0393	0.0391	0.0401
chr2L	5270016	5270189	chr2L:5270017-5270189	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.0523	0.0571	0.0301	0.0329	0.0592	0.0636	0.0666	0.0329	0.067	0.0695	0.067	0.0503	0.036	0.04	0.036	0.0318
chr2L	5270329	5270533	chr2L:5270330-5270533	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.118	0.1123	0.1438	0.0959	0.0604	0.1427	0.1259	0.1472	0.0604	0.1787	0.1678	0.1787	0.127	0.1462	0.1251	0.1462	0.1131
chr2L	5270600	5271001	chr2L:5270601-5271001	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1706	0.1559	0.2067	0.1475	0.0732	0.1985	0.1726	0.2112	0.0732	0.2856	0.2344	0.2856	0.1828	0.2052	0.1715	0.2052	0.1819
chr2L	5271046	5271237	chr2L:5271047-5271237	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1379	0.1097	0.1725	0.1315	0.0626	0.1383	0.1189	0.1466	0.0626	0.2283	0.1997	0.2283	0.1743	0.173	0.1444	0.173	0.1558
chr2L	5271268	5271449	chr2L:5271269-5271449	FBgn0003716	tkv	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.121	0.1046	0.1463	0.1117	0.0626	0.1214	0.1207	0.1386	0.0626	0.1812	0.1675	0.1812	0.1526	0.1432	0.1135	0.1432	0.136
chr2L	5274048	5274199	chr2L:5274049-5274199	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0336	0.0695	0.0199	0.0084	0.0403	0.0233	0.1782	0.024	0.0403	0.0211	0.0228	0.0211	0.0209	0.01	0.0064	0.01	0.0109
chr2L	5274603	5274754	chr2L:5274604-5274754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0299	0.0643	0.0141	0.0089	0.052	0.0194	0.1605	0.0266	0.052	0.0181	0.0161	0.0181	0.0108	0.0123	0.0084	0.0123	0.0104
chr2L	5275107	5275258	chr2L:5275108-5275258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0295	0.0664	0.0122	0.0071	0.0509	0.0092	0.1773	0.0173	0.0509	0.0163	0.0119	0.0163	0.0139	0.0092	0.0084	0.0092	0.0057
chr2L	5275541	5275692	chr2L:5275542-5275692	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0332	0.0714	0.0143	0.0111	0.0467	0.0189	0.1817	0.0233	0.0467	0.0205	0.0125	0.0205	0.0147	0.0084	0.0148	0.0084	0.0089
chr2L	5276218	5276369	chr2L:5276219-5276369	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0421	0.081	0.024	0.0185	0.0541	0.0228	0.1951	0.0406	0.0541	0.0187	0.0248	0.0187	0.0225	0.0168	0.0116	0.0168	0.0219
chr2L	5277024	5277212	chr2L:5277025-5277212	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0563	0.127	0.0256	0.0109	0.1357	0.0471	0.2807	0.066	0.1357	0.0248	0.0341	0.0248	0.0201	0.0168	0.0123	0.0168	0.0125
chr2L	5277214	5277492	chr2L:5277215-5277492	distal	distal	stage5	stage5	Unspecified_HC_27	Unspecified_HC_27	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0775	0.1734	0.0353	0.0166	0.2185	0.0612	0.3612	0.1019	0.2185	0.0423	0.0421	0.0423	0.0279	0.0291	0.0135	0.0291	0.0177
chr2L	5277844	5278187	chr2L:5277845-5278187	FBgn0000228	Bsg25D	stage11	none	Unspecified_HC_27	Unspecified_HC_27	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0768	0.0922	0.083	0.0526	0.0732	0.0757	0.1553	0.0859	0.0732	0.1008	0.0916	0.1008	0.0868	0.0697	0.0509	0.0697	0.062
chr2L	5278222	5278373	chr2L:5278223-5278373	FBgn0000228	Bsg25D	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0778	0.069	0.0971	0.0663	0.0308	0.0704	0.0947	0.0839	0.0308	0.128	0.101	0.128	0.1038	0.0835	0.0651	0.0835	0.0719
chr2L	5278466	5278648	chr2L:5278467-5278648	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.165	0.1449	0.1964	0.153	0.0848	0.1699	0.1843	0.1719	0.0848	0.2542	0.2109	0.2542	0.189	0.1608	0.1457	0.1608	0.1876
chr2L	5278700	5278851	chr2L:5278701-5278851	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.0714	0.0948	0.068	0.0477	0.0835	0.0904	0.0846	0.0477	0.1208	0.1023	0.1208	0.0852	0.0789	0.0619	0.0789	0.0709
chr2L	5278944	5279128	chr2L:5278945-5279128	FBgn0000228,FBgn0031696	Bsg25D,Bub1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1435	0.129	0.1678	0.1331	0.0891	0.1383	0.1808	0.1339	0.0891	0.2126	0.1814	0.2126	0.1557	0.1539	0.127	0.1539	0.1569
chr2L	5288824	5289018	chr2L:5288825-5289018	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.094	0.0788	0.1076	0.0961	0.0403	0.0927	0.0965	0.1039	0.0403	0.1008	0.1434	0.1008	0.1294	0.0827	0.1644	0.0827	0.1256
chr2L	5291357	5291534	chr2L:5291358-5291534	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2664.1	VT2664.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0373	0.0178	0.04	0.0561	0.0106	0.0272	0.0195	0.0173	0.0106	0.0296	0.0225	0.0296	0.1332	0.0222	0.0187	0.0222	0.1647
chr2L	5292321	5292646	chr2L:5292322-5292646	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0478	0.0417	0.06	0.0411	0.0095	0.0524	0.0562	0.0446	0.0095	0.0598	0.0363	0.0598	0.1588	0.0329	0.0309	0.0329	0.0881
chr2L	5293004	5293284	chr2L:5293005-5293284	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1326	0.058	0.1802	0.1639	0.0148	0.0864	0.0623	0.0653	0.0148	0.2198	0.1714	0.2198	0.3029	0.2297	0.1547	0.2297	0.2673
chr2L	5293381	5293563	chr2L:5293382-5293563	distal	distal	none	none	VT2666.1	VT2666.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0545	0.0277	0.0737	0.0635	0.0106	0.0379	0.029	0.0353	0.0106	0.0888	0.0698	0.0888	0.1325	0.0842	0.0516	0.0842	0.1131
chr2L	5294666	5294817	chr2L:5294667-5294817	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0229	0.0115	0.0166	0.0426	0.0032	0.016	0.0177	0.006	0.0032	0.0115	0.0113	0.0115	0.0496	0.0536	0.0232	0.0536	0.0969
chr2L	5294847	5294998	chr2L:5294848-5294998	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0242	0.0123	0.0195	0.0425	0.0021	0.0121	0.0242	0.0087	0.0021	0.0139	0.017	0.0139	0.0519	0.0712	0.0232	0.0712	0.0813
chr2L	5296967	5297178	chr2L:5296968-5297178	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2668.1,VT2669.1	VT2668.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0598	0.118	0.1192	0.0191	0.0898	0.0536	0.0866	0.0191	0.1021	0.1611	0.1021	0.1425	0.0919	0.2063	0.0919	0.1683
chr2L	5297678	5297829	chr2L:5297679-5297829	distal	distal	stage14	stage14	VT2668.1,VT2669.1	VT2668.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0302	0.0116	0.024	0.0578	0.0042	0.0126	0.0182	0.01	0.0042	0.0145	0.0334	0.0145	0.0426	0.0322	0.1302	0.0322	0.074
chr2L	5298853	5299004	chr2L:5298854-5299004	distal	distal	none	none	VT2669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.01	0.017	0.0441	0.0053	0.0136	0.0138	0.0087	0.0053	0.0066	0.0186	0.0066	0.0426	0.0337	0.0484	0.0337	0.0948
chr2L	5299189	5299359	chr2L:5299190-5299359	FBgn0016076	vri	none	none	VT2669.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0399	0.0122	0.0289	0.083	0.0032	0.0218	0.0151	0.0087	0.0032	0.0127	0.0325	0.0127	0.0736	0.0827	0.1038	0.0827	0.1542
chr2L	5299526	5299677	chr2L:5299527-5299677	FBgn0016076	vri	stage14	none	VT2669.1,VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0329	0.0115	0.0246	0.0659	0.0053	0.0199	0.0112	0.012	0.0053	0.0121	0.0318	0.0121	0.0527	0.0674	0.0806	0.0674	0.1188
chr2L	5300297	5300607	chr2L:5300298-5300607	distal	distal	stage14	stage14	VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0536	0.0133	0.0334	0.1209	0.0053	0.0165	0.0199	0.012	0.0053	0.0217	0.0354	0.0217	0.0775	0.0942	0.1934	0.0942	0.1996
chr2L	5301365	5301588	chr2L:5301366-5301588	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT2670.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0692	0.0282	0.0835	0.0994	0.0042	0.0447	0.0277	0.0393	0.0042	0.0616	0.1061	0.0616	0.1309	0.1049	0.1831	0.1049	0.1006
chr2L	5305441	5305766	chr2L:5305442-5305766	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT2673.1	VT2673.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1977	0.1658	0.2203	0.2087	0.1071	0.217	0.1704	0.2172	0.1071	0.2343	0.2543	0.2343	0.3021	0.2381	0.265	0.2381	0.3179
chr2L	5306537	5306769	chr2L:5306538-5306769	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1137	0.0937	0.1089	0.1413	0.0435	0.1194	0.0934	0.1379	0.0435	0.1347	0.0859	0.1347	0.1325	0.1194	0.0858	0.1194	0.1668
chr2L	5314204	5314360	chr2L:5314205-5314360	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.025	0.0314	0.0234	0.0195	0.0191	0.0252	0.0441	0.0466	0.0191	0.0248	0.0273	0.0248	0.0217	0.0138	0.0148	0.0138	0.0151
chr2L	5314454	5314605	chr2L:5314455-5314605	FBgn0031697	CG14024	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0213	0.0197	0.0149	0.0127	0.0136	0.0333	0.0326	0.0127	0.026	0.0186	0.026	0.017	0.0123	0.0097	0.0123	0.0099
chr2L	5314715	5314976	chr2L:5314716-5314976	FBgn0031697	CG14024	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0319	0.0264	0.0303	0.0398	0.0064	0.0277	0.0415	0.03	0.0064	0.026	0.0318	0.026	0.0302	0.013	0.011	0.013	0.0188
chr2L	5316839	5317127	chr2L:5316840-5317127	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0404	0.0532	0.0398	0.0266	0.0403	0.0529	0.0744	0.0626	0.0403	0.0447	0.0473	0.0447	0.0395	0.0299	0.0264	0.0299	0.037
chr2L	5320124	5320275	chr2L:5320125-5320275	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0232	0.0267	0.0241	0.0182	0.0117	0.0233	0.0424	0.032	0.0117	0.0266	0.027	0.0266	0.0333	0.0077	0.011	0.0077	0.0459
chr2L	5324947	5325130	chr2L:5324948-5325130	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1447	0.138	0.1685	0.1262	0.0986	0.1529	0.1652	0.1812	0.0986	0.2005	0.1968	0.2005	0.1588	0.1309	0.1502	0.1309	0.1475
chr2L	5325425	5325616	chr2L:5325426-5325616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2126	0.1825	0.2549	0.1997	0.1347	0.2136	0.2089	0.2298	0.1347	0.3092	0.2801	0.3092	0.2626	0.2175	0.2289	0.2175	0.2147
chr2L	5325777	5326121	chr2L:5325778-5326121	distal	distal	stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1233	0.1153	0.1438	0.1099	0.0891	0.1204	0.1432	0.1472	0.0891	0.1727	0.1592	0.1727	0.1518	0.1202	0.1341	0.1202	0.1162
chr2L	5326166	5326379	chr2L:5326167-5326379	FBgn0031698	Ncoa6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1281	0.1063	0.1542	0.1238	0.0732	0.1223	0.1198	0.1419	0.0732	0.1703	0.1743	0.1703	0.1642	0.1417	0.1418	0.1417	0.1324
chr2L	5326660	5326828	chr2L:5326661-5326828	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1737	0.1422	0.2107	0.1685	0.0891	0.168	0.1644	0.1965	0.0891	0.2572	0.2312	0.2572	0.1975	0.1723	0.1779	0.1723	0.1866
chr2L	5326943	5327102	chr2L:5326944-5327102	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0651	0.0535	0.0772	0.0649	0.0361	0.0558	0.0683	0.0713	0.0361	0.0894	0.082	0.0894	0.079	0.0597	0.0754	0.0597	0.0662
chr2L	5327153	5327339	chr2L:5327154-5327339	FBgn0015031,FBgn0031698	Ncoa6,cype	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1128	0.147	0.1145	0.0764	0.1126	0.1453	0.1486	0.0764	0.1643	0.1611	0.1643	0.1588	0.1233	0.1135	0.1233	0.1376
chr2L	5332808	5332959	chr2L:5332809-5332959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0115	0.0126	0.0118	0.01	0.0064	0.0058	0.0229	0.0167	0.0064	0.0091	0.0148	0.0091	0.017	8e-04	0.0077	8e-04	0.0276
chr2L	5361901	5362052	chr2L:5361902-5362052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0258	0.028	0.0296	0.0192	0.0095	0.035	0.0355	0.0386	0.0095	0.0223	0.0363	0.0223	0.0341	0.0245	0.0193	0.0245	0.0214
chr2L	5362134	5362788	chr2L:5362135-5362788	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1261	0.1162	0.1484	0.1127	0.071	0.1063	0.1622	0.1559	0.071	0.0864	0.1929	0.0864	0.1673	0.1654	0.0993	0.1654	0.0829
chr2L	5363167	5363318	chr2L:5363168-5363318	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0286	0.0405	0.0282	0.0159	0.0286	0.0209	0.0705	0.0506	0.0286	0.0272	0.0383	0.0272	0.0232	0.0184	0.0181	0.0184	0.0151
chr2L	5363761	5363912	chr2L:5363762-5363912	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0254	0.039	0.0249	0.0107	0.0276	0.0214	0.0636	0.0566	0.0276	0.0109	0.0399	0.0109	0.0225	0.0153	0.0097	0.0153	0.0104
chr2L	5365742	5365928	chr2L:5365743-5365928	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0979	0.0776	0.1265	0.0891	0.0477	0.0913	0.0943	0.0926	0.0477	0.1534	0.1408	0.1534	0.1193	0.1049	0.1032	0.1049	0.1016
chr2L	5366003	5366187	chr2L:5366004-5366187	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0998	0.077	0.1278	0.0946	0.0424	0.0932	0.0947	0.0919	0.0424	0.1528	0.1453	0.1528	0.1162	0.0957	0.1057	0.0957	0.1084
chr2L	5366498	5366751	chr2L:5366499-5366751	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0376	0.0499	0.0373	0.0244	0.0318	0.0408	0.0636	0.0693	0.0318	0.0338	0.0476	0.0338	0.0349	0.0214	0.0361	0.0214	0.0297
chr2L	5366975	5367276	chr2L:5366976-5367276	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0365	0.046	0.0414	0.0205	0.0148	0.0578	0.0528	0.066	0.0148	0.0477	0.0563	0.0477	0.0248	0.0191	0.0438	0.0191	0.0141
chr2L	5367732	5367883	chr2L:5367733-5367883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0142	0.0128	0.0171	0.0124	0.0074	0.0136	0.0195	0.0127	0.0074	0.0145	0.0264	0.0145	0.0085	0.01	0.0251	0.01	0.0115
chr2L	5370741	5370892	chr2L:5370742-5370892	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0169	0.0345	0.0103	0.0043	0.0223	0.0223	0.0588	0.04	0.0223	0.0097	0.0109	0.0097	0.0116	0.0061	0.0039	0.0061	0.0036
chr2L	5376488	5376639	chr2L:5376489-5376639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.017	0.0142	0.0198	0.0171	0.0064	0.017	0.0199	0.016	0.0064	0.0169	0.0309	0.0169	0.0093	0.0107	0.0548	0.0107	0.0042
chr2L	5377111	5377262	chr2L:5377112-5377262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.0218	0.0204	0.033	0.011	0.0095	0.0257	0.0251	0.0233	0.0095	0.0658	0.0357	0.0658	0.0147	0.0107	0.0193	0.0107	0.0099
chr2L	5377315	5377488	chr2L:5377316-5377488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0285	0.0336	0.0377	0.0128	0.0095	0.0563	0.0355	0.034	0.0095	0.093	0.0344	0.093	0.0124	0.0153	0.0219	0.0153	0.0141
chr2L	5378822	5378973	chr2L:5378823-5378973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0171	0.0128	0.0197	0.0189	0.0042	0.0131	0.019	0.0167	0.0042	0.0199	0.0264	0.0199	0.0132	0.0077	0.0464	0.0077	0.0198
chr2L	5379276	5379497	chr2L:5379277-5379497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0122	0.0313	0.0189	0.0042	0.017	0.0143	0.0153	0.0042	0.0393	0.0434	0.0393	0.0217	0.01	0.0535	0.01	0.012
chr2L	5381347	5381767	chr2L:5381348-5381767	FBgn0262097	CG42850	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0455	0.078	0.0448	0.01	0.0255	0.1034	0.0446	0.1712	0.0255	0.0737	0.0569	0.0737	0.0155	0.0107	0.0084	0.0107	0.0063
chr2L	5381912	5382148	chr2L:5381913-5382148	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0272	0.0422	0.027	0.0104	0.0106	0.067	0.0337	0.066	0.0106	0.0495	0.0289	0.0495	0.0108	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr2L	5382174	5382325	chr2L:5382175-5382325	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0178	0.025	0.0189	0.0084	0.0085	0.0325	0.0203	0.0466	0.0085	0.0338	0.0203	0.0338	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	5383189	5383340	chr2L:5383190-5383340	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0143	0.0141	0.0213	0.0067	0.0032	0.0194	0.0169	0.0187	0.0032	0.0145	0.0334	0.0145	0.0155	0.0054	0.0148	0.0054	0.0047
chr2L	5391902	5392148	chr2L:5391903-5392148	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0395	0.0562	0.048	0.0116	0.018	0.0612	0.0493	0.1126	0.018	0.0507	0.0505	0.0507	0.0163	0.013	0.0155	0.013	0.0073
chr2L	5392223	5392374	chr2L:5392224-5392374	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0226	0.0379	0.0222	0.006	0.0159	0.033	0.0303	0.0953	0.0159	0.0127	0.0254	0.0127	0.0116	0.0061	0.0071	0.0061	0.0031
chr2L	5392926	5393077	chr2L:5392927-5393077	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0168	0.0198	0.0254	0.0039	0.0085	0.0194	0.0277	0.028	0.0085	0.0145	0.0476	0.0145	0.0116	0.0069	0.0064	0.0069	0.0016
chr2L	5399187	5399367	chr2L:5399188-5399367	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0354	0.0304	0.0613	0.0125	0.0042	0.0354	0.0242	0.0693	0.0042	0.0248	0.1273	0.0248	0.0132	0.0153	0.029	0.0153	0.0057
chr2L	5400706	5400857	chr2L:5400707-5400857	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0204	0.0391	0.0168	0.0033	0.0106	0.0408	0.0402	0.072	0.0106	0.0223	0.0174	0.0223	0.0077	8e-04	0.0039	8e-04	0.0036
chr2L	5403660	5403882	chr2L:5403661-5403882	FBgn0016660	H15	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2939	0.2909	0.3358	0.2514	0.2375	0.3437	0.3248	0.3584	0.2375	0.4263	0.3621	0.4263	0.3013	0.2818	0.2766	0.2818	0.271
chr2L	5410466	5410782	chr2L:5410467-5410782	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0668	0.1481	0.0344	0.0117	0.105	0.1262	0.1522	0.2751	0.105	0.0223	0.0402	0.0223	0.0186	0.0061	0.0103	0.0061	0.0151
chr2L	5412121	5412309	chr2L:5412122-5412309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0535	0.0223	0.0077	0.0488	0.0393	0.0934	0.0453	0.0488	0.0199	0.026	0.0199	0.024	0.0092	0.0103	0.0092	0.0057
chr2L	5412542	5412710	chr2L:5412543-5412710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0515	0.0082	0.0079	0.0403	0.0262	0.1051	0.0446	0.0403	0.0085	0.0077	0.0085	0.0062	0.0084	0.0026	0.0084	0.0042
chr2L	5414630	5414888	chr2L:5414631-5414888	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0546	0.0693	0.0698	0.0216	0.0276	0.0835	0.0822	0.0979	0.0276	0.0888	0.0897	0.0888	0.038	0.026	0.0213	0.026	0.0214
chr2L	5418201	5418384	chr2L:5418202-5418384	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0393	0.0359	0.0666	0.0132	0.0106	0.0466	0.0251	0.0726	0.0106	0.0344	0.127	0.0344	0.0155	0.0077	0.0206	0.0077	0.0031
chr2L	5418694	5418845	chr2L:5418695-5418845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0149	0.0158	0.022	0.0063	0.0053	0.017	0.0234	0.0187	0.0053	0.0091	0.0402	0.0091	0.0124	0.0038	0.011	0.0038	0.0052
chr2L	5421696	5421878	chr2L:5421697-5421878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0314	0.0217	0.0299	0.0437	0.0064	0.0223	0.0303	0.03	0.0064	0.0169	0.0289	0.0169	0.0349	0.0161	0.0258	0.0161	0.0261
chr2L	5423057	5423208	chr2L:5423058-5423208	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0177	0.0143	0.0284	0.0096	0.0085	0.0146	0.0177	0.022	0.0085	0.0266	0.0479	0.0266	0.0124	0.0077	0.0226	0.0077	0.0047
chr2L	5423299	5423450	chr2L:5423300-5423450	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0146	0.0137	0.0218	0.0078	0.0053	0.015	0.0208	0.012	0.0053	0.0399	0.0232	0.0399	0.0116	0.0084	0.0142	0.0084	0.0047
chr2L	5423607	5423758	chr2L:5423608-5423758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0176	0.0142	0.0272	0.0109	0.0021	0.0223	0.0177	0.0107	0.0021	0.0707	0.0193	0.0707	0.0139	0.0199	0.0168	0.0199	0.0052
chr2L	5423904	5424055	chr2L:5423905-5424055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0153	0.0117	0.0214	0.0127	0.0032	0.0136	0.0177	0.01	0.0032	0.0489	0.0164	0.0489	0.0139	0.0329	0.0077	0.0329	0.0104
chr2L	5424109	5424260	chr2L:5424110-5424260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0132	0.0092	0.0154	0.0153	0	0.0121	0.0121	0.01	0	0.0362	0.0119	0.0362	0.0077	0.0413	0.0097	0.0413	0.0156
chr2L	5424471	5424622	chr2L:5424472-5424622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0123	0.0105	0.0181	0.0081	0.0032	0.0184	0.0099	0.0133	0.0032	0.0501	0.0122	0.0501	0.0077	0.0237	0.0039	0.0237	0.0052
chr2L	5424630	5424781	chr2L:5424631-5424781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0193	0.0174	0.0292	0.0106	0.0042	0.0286	0.0186	0.02	0.0042	0.0827	0.018	0.0827	0.0124	0.0245	0.0077	0.0245	0.0089
chr2L	5425321	5425472	chr2L:5425322-5425472	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.0146	0.0169	0.0187	0.0064	0.0121	0.0238	0.016	0.0064	0.0169	0.018	0.0169	0.0085	0.0084	0.0142	0.0084	0.0052
chr2L	5425657	5425808	chr2L:5425658-5425808	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0173	0.0146	0.0178	0.0199	0.0074	0.017	0.0216	0.0133	0.0074	0.0139	0.0196	0.0139	0.0077	0.0054	0.0155	0.0054	0.0099
chr2L	5427227	5427465	chr2L:5427228-5427465	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0293	0.0218	0.0354	0.0311	0.0074	0.0233	0.0316	0.0266	0.0074	0.0453	0.0437	0.0453	0.0147	0.1057	0.0168	0.1057	0.0109
chr2L	5428093	5428244	chr2L:5428094-5428244	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0137	0.011	0.0207	0.0091	0.0053	0.0083	0.0169	0.0153	0.0053	0.0236	0.0305	0.0236	0.007	0.0077	0.0239	0.0077	0.0031
chr2L	5429503	5429654	chr2L:5429504-5429654	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0163	0.0247	0.0164	0.007	0.0159	0.018	0.0394	0.032	0.0159	0.0187	0.0196	0.0187	0.0147	0.0069	0.009	0.0069	0.0063
chr2L	5430716	5431005	chr2L:5430717-5431005	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade1	0.0331	0.0236	0.0478	0.0276	0.0159	0.0272	0.0298	0.024	0.0159	0.0368	0.0556	0.0368	0.0225	0.023	0.0426	0.023	0.0234
chr2L	5431066	5431320	chr2L:5431067-5431320	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0331	0.0232	0.0516	0.024	0.0095	0.0238	0.0324	0.028	0.0095	0.0368	0.0489	0.0368	0.0124	0.0107	0.0181	0.0107	0.0125
chr2L	5431927	5432154	chr2L:5431928-5432154	FBgn0263866	CR43713	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0332	0.0209	0.0377	0.0421	0.0095	0.0194	0.0329	0.0227	0.0095	0.0127	0.017	0.0127	0.0194	0.0092	0.0064	0.0092	0.0125
chr2L	5432917	5433116	chr2L:5432918-5433116	FBgn0263867	CR43714	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0243	0.0236	0.0303	0.0185	0.0106	0.018	0.0411	0.028	0.0106	0.0242	0.0312	0.0242	0.0294	0.0115	0.0148	0.0115	0.0099
chr2L	5433240	5433391	chr2L:5433241-5433391	FBgn0263867	CR43714	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0209	0.0182	0.0298	0.0141	0.0085	0.0141	0.0242	0.0313	0.0085	0.026	0.0238	0.026	0.0209	0.0092	0.0064	0.0092	0.0063
chr2L	5437680	5437874	chr2L:5437681-5437874	FBgn0086033	snoRNA:Me28S-A2486	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0137	0.0193	0.029	0.0021	0.0121	0.0234	0.0173	0.0021	0.0248	0.0238	0.0248	0.0101	0.0865	0.0284	0.0865	0.013
chr2L	5442645	5442796	chr2L:5442646-5442796	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0235	0.0133	0.0325	0.0249	0.0021	0.0146	0.0195	0.018	0.0021	0.0205	0.0511	0.0205	0.0302	0.0123	0.0703	0.0123	0.0162
chr2L	5442863	5443014	chr2L:5442864-5443014	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0143	0.0258	0.0295	0.0064	0.017	0.0221	0.0127	0.0064	0.0103	0.0463	0.0103	0.0163	0.01	0.0967	0.01	0.0109
chr2L	5443434	5443626	chr2L:5443435-5443626	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0237	0.0197	0.027	0.0246	0.0095	0.0194	0.0294	0.0227	0.0095	0.0205	0.0405	0.0205	0.0194	0.0077	0.0799	0.0077	0.0089
chr2L	5445618	5445798	chr2L:5445619-5445798	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0115	0.0268	0.0475	0.0032	0.015	0.0177	0.0093	0.0032	0.0109	0.0125	0.0109	0.0108	0.01	0.0084	0.01	0.0109
chr2L	5446356	5446594	chr2L:5446357-5446594	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0196	0.0439	0.0728	0.0117	0.0175	0.0281	0.024	0.0117	0.0205	0.0244	0.0205	0.0147	0.0191	0.0123	0.0191	0.024
chr2L	5448290	5448454	chr2L:5448291-5448454	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0198	0.0126	0.0192	0.0287	0.0011	0.0121	0.0195	0.0173	0.0011	0.0145	0.0113	0.0145	0.0054	0.0031	0.0058	0.0031	0.0057
chr2L	5451827	5451978	chr2L:5451828-5451978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0102	0.0092	0.0108	0.0106	0.0021	0.0102	0.0125	0.0113	0.0021	0.0133	0.0106	0.0133	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0063
chr2L	5452134	5452285	chr2L:5452135-5452285	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0161	0.0138	0.0171	0.0174	0.0032	0.0141	0.0182	0.022	0.0032	0.0236	0.0167	0.0236	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	0.0057
chr2L	5452890	5453041	chr2L:5452891-5453041	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0152	0.0112	0.0203	0.0142	0.0032	0.0117	0.0147	0.0167	0.0032	0.0272	0.0193	0.0272	0.0155	0.0314	0.0077	0.0314	0.0083
chr2L	5453260	5453641	chr2L:5453261-5453641	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0322	0.026	0.0391	0.0316	0.0106	0.034	0.0376	0.0233	0.0106	0.0791	0.0347	0.0791	0.0248	0.0536	0.0251	0.0536	0.0203
chr2L	5453797	5454001	chr2L:5453798-5454001	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0239	0.0167	0.032	0.0231	0.0021	0.0209	0.0242	0.0213	0.0021	0.0586	0.0344	0.0586	0.0186	0.0513	0.0258	0.0513	0.0162
chr2L	5454433	5454584	chr2L:5454434-5454584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0149	0.0142	0.0227	0.0071	0.0042	0.0175	0.0173	0.0213	0.0042	0.0163	0.0209	0.0163	0.0263	0.0107	0.0058	0.0107	0.0068
chr2L	5454637	5454788	chr2L:5454638-5454788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0134	0.0133	0.0201	0.0061	0.0011	0.015	0.0182	0.02	0.0011	0.0175	0.0193	0.0175	0.0124	0.0069	0.0045	0.0069	0.0052
chr2L	5455597	5455825	chr2L:5455598-5455825	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0351	0.0592	0.0339	0.0096	0.0223	0.0655	0.0679	0.0893	0.0223	0.0556	0.0354	0.0556	0.0124	0.0115	0.009	0.0115	0.0063
chr2L	5456476	5456695	chr2L:5456477-5456695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0379	0.048	0.0552	0.0075	0.0085	0.0723	0.032	0.0899	0.0085	0.1329	0.0498	0.1329	0.0108	0.0054	0.0077	0.0054	0.0047
chr2L	5457042	5457193	chr2L:5457043-5457193	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0207	0.0391	0.018	0.0031	0.0255	0.0233	0.0372	0.0946	0.0255	0.0332	0.0206	0.0332	0.0062	0.0046	0.0019	0.0046	0.0026
chr2L	5459652	5459803	chr2L:5459653-5459803	distal	distal	none	none	GJ5451	GJ5451	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0205	0.0293	0.0259	0.0047	0.0021	0.0621	0.026	0.0253	0.0021	0.0664	0.0212	0.0664	0.0101	0.0069	0.0039	0.0069	0.0031
chr2L	5461270	5461652	chr2L:5461271-5461652	FBgn0261963	mid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3844	0.374	0.4584	0.315	0.3224	0.4427	0.3962	0.4704	0.3224	0.5368	0.527	0.5368	0.3633	0.3247	0.3881	0.3247	0.3028
chr2L	5464735	5465008	chr2L:5464736-5465008	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.051	0.0754	0.0586	0.0153	0.0233	0.0539	0.0528	0.2099	0.0233	0.035	0.1068	0.035	0.0256	0.01	0.0322	0.01	0.0068
chr2L	5465241	5465392	chr2L:5465242-5465392	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0292	0.0265	0.0478	0.0118	0.0074	0.0311	0.019	0.06	0.0074	0.0441	0.081	0.0441	0.0201	0.0115	0.0232	0.0115	0.0057
chr2L	5467902	5468200	chr2L:5467903-5468200	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0706	0.073	0.0989	0.0368	0.035	0.1039	0.0476	0.1312	0.035	0.1594	0.1225	0.1594	0.0542	0.0375	0.0696	0.0375	0.0297
chr2L	5468608	5469071	chr2L:5468609-5469071	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0736	0.0376	0.098	0.087	0.0085	0.0636	0.0407	0.0386	0.0085	0.195	0.0984	0.195	0.0573	0.2029	0.0993	0.2029	0.0672
chr2L	5471912	5472139	chr2L:5471913-5472139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0316	0.0489	0.0293	0.0148	0.0297	0.0383	0.064	0.0759	0.0297	0.0229	0.0264	0.0229	0.007	0.0092	0.0123	0.0092	0.0047
chr2L	5472542	5472693	chr2L:5472543-5472693	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0196	0.028	0.0198	0.01	0.0138	0.0408	0.032	0.0346	0.0138	0.0356	0.0215	0.0356	0.0093	0.0199	0.0077	0.0199	0.0078
chr2L	5473546	5473697	chr2L:5473547-5473697	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0213	0.0351	0.0197	0.0077	0.0297	0.0214	0.0606	0.036	0.0297	0.0248	0.0209	0.0248	0.017	0.0054	0.0077	0.0054	0.0089
chr2L	5473979	5474168	chr2L:5473980-5474168	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0431	0.1017	0.017	0.0064	0.1336	0.0485	0.1795	0.0959	0.1336	0.0236	0.0228	0.0236	0.0093	0.0031	0.011	0.0031	0.0047
chr2L	5474185	5474446	chr2L:5474186-5474446	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0382	0.087	0.018	0.0058	0.1018	0.0461	0.1445	0.0926	0.1018	0.0229	0.0248	0.0229	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0036
chr2L	5474756	5474979	chr2L:5474757-5474979	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0326	0.0383	0.0463	0.0113	0.0159	0.0417	0.0398	0.0626	0.0159	0.0314	0.0855	0.0314	0.0155	0.0069	0.0284	0.0069	0.0078
chr2L	5475342	5475493	chr2L:5475343-5475493	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0214	0.0253	0.0255	0.0125	0.0106	0.0267	0.0255	0.0453	0.0106	0.0242	0.0376	0.0242	0.017	0.01	0.0168	0.01	0.0109
chr2L	5476622	5476820	chr2L:5476623-5476820	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0301	0.0249	0.0416	0.0231	0.0127	0.0291	0.0333	0.03	0.0127	0.0356	0.0534	0.0356	0.062	0.0107	0.0477	0.0107	0.0281
chr2L	5476906	5477116	chr2L:5476907-5477116	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0336	0.0287	0.0475	0.0238	0.0095	0.032	0.0415	0.036	0.0095	0.0405	0.065	0.0405	0.0651	0.0176	0.0535	0.0176	0.0245
chr2L	5477294	5477445	chr2L:5477295-5477445	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0228	0.0206	0.0307	0.0166	0.0053	0.0238	0.0324	0.0227	0.0053	0.0248	0.0469	0.0248	0.024	0.0107	0.0413	0.0107	0.0146
chr2L	5477500	5477651	chr2L:5477501-5477651	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0172	0.015	0.0227	0.0136	0.0085	0.0175	0.0212	0.0167	0.0085	0.0169	0.0389	0.0169	0.0101	0.0077	0.0413	0.0077	0.0078
chr2L	5478901	5479052	chr2L:5478902-5479052	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0126	0.0152	0.0139	0.0032	0.0155	0.0164	0.0153	0.0032	0.0193	0.0161	0.0193	0.0139	0.0138	0.0258	0.0138	0.0063
chr2L	5480296	5480447	chr2L:5480297-5480447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0152	0.0142	0.024	0.0068	0.0042	0.017	0.0225	0.0127	0.0042	0.0326	0.0363	0.0326	0.007	0.0061	0.0097	0.0061	0.0063
chr2L	5484396	5484547	chr2L:5484397-5484547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.016	0.0138	0.0203	0.0138	0.0053	0.0141	0.0216	0.0167	0.0053	0.0169	0.0315	0.0169	0.0163	0.0084	0.0393	0.0084	0.0073
chr2L	5484570	5484721	chr2L:5484571-5484721	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0146	0.0121	0.0183	0.0132	0.0053	0.0146	0.0182	0.0127	0.0053	0.0187	0.0273	0.0187	0.0116	0.0092	0.0342	0.0092	0.0094
chr2L	5488388	5488539	chr2L:5488389-5488539	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0142	0.0157	0.0183	0.0079	0.0074	0.0146	0.0234	0.02	0.0074	0.0193	0.018	0.0193	0.0085	0.0077	0.0103	0.0077	0.0057
chr2L	5489190	5489367	chr2L:5489191-5489367	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0347	0.0278	0.0383	0.0383	0.0095	0.0296	0.0411	0.0346	0.0095	0.0133	0.0315	0.0133	0.0116	0.0031	0.0116	0.0031	0.0104
chr2L	5489803	5490027	chr2L:5489804-5490027	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0467	0.0307	0.0753	0.0333	0.0085	0.0311	0.0329	0.058	0.0085	0.0435	0.1309	0.0435	0.0403	0.0268	0.0825	0.0268	0.0156
chr2L	5491158	5491309	chr2L:5491159-5491309	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0148	0.0111	0.0245	0.0084	0.0053	0.0092	0.0182	0.0147	0.0053	0.0405	0.0238	0.0405	0.0139	0.0153	0.009	0.0153	0.0036
chr2L	5491481	5491632	chr2L:5491482-5491632	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0179	0.0192	0.024	0.0097	0.0085	0.017	0.0268	0.0286	0.0085	0.0447	0.0277	0.0447	0.0093	0.0115	0.0129	0.0115	0.0078
chr2L	5495801	5495952	chr2L:5495802-5495952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0086	0.0081	0.0086	0.0092	0.0032	0.0053	0.0143	0.0113	0.0032	0.0097	0.0132	0.0097	0.0039	0.0031	0.0297	0.0031	0.0052
chr2L	5496625	5496824	chr2L:5496626-5496824	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0252	0.0171	0.0301	0.029	0.0127	0.0165	0.0251	0.018	0.0127	0.0211	0.0521	0.0211	0.0108	0.0077	0.0967	0.0077	0.0115
chr2L	5496952	5497103	chr2L:5496953-5497103	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0158	0.0096	0.0175	0.0209	0.0032	0.0107	0.0169	0.008	0.0032	0.0103	0.0312	0.0103	0.0093	0.0092	0.0703	0.0092	0.0047
chr2L	5500481	5500672	chr2L:5500482-5500672	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0301	0.0434	0.0306	0.0146	0.0318	0.0393	0.0575	0.0626	0.0318	0.0495	0.0331	0.0495	0.0217	0.023	0.0123	0.023	0.0214
chr2L	5501970	5502121	chr2L:5501971-5502121	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.013	0.0209	0.0095	0.0078	0.0127	0.0141	0.0411	0.0213	0.0127	0.0139	0.009	0.0139	0.0077	0.0061	0.009	0.0061	0.0068
chr2L	5502992	5503143	chr2L:5502993-5503143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0152	0.013	0.017	0.0156	0.0011	0.0117	0.0199	0.018	0.0011	0.0163	0.0244	0.0163	0.0132	0.0107	0.0342	0.0107	0.0151
chr2L	5504834	5504985	chr2L:5504835-5504985	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0141	0.0222	0.0123	0.0071	0.0127	0.0141	0.0454	0.0153	0.0127	0.0127	0.0174	0.0127	0.0077	0.0054	0.0187	0.0054	0.0031
chr2L	5505160	5505311	chr2L:5505161-5505311	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0132	0.0131	0.0136	0.013	0.0042	0.0092	0.0247	0.0127	0.0042	0.0097	0.0228	0.0097	0.0093	0.0061	0.0387	0.0061	0.0073
chr2L	5505451	5505602	chr2L:5505452-5505602	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0149	0.0135	0.0173	0.0139	0.0032	0.0165	0.0186	0.0173	0.0032	0.0145	0.027	0.0145	0.0132	0.0123	0.038	0.0123	0.0089
chr2L	5505635	5505817	chr2L:5505636-5505817	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0182	0.0176	0.0216	0.0152	0.0085	0.0184	0.0247	0.024	0.0085	0.0133	0.035	0.0133	0.0163	0.01	0.0426	0.01	0.0104
chr2L	5507675	5507959	chr2L:5507676-5507959	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0166	0.0272	0.0146	0.0011	0.018	0.0225	0.026	0.0011	0.0236	0.0376	0.0236	0.0054	0.0046	0.0155	0.0046	0.0068
chr2L	5508182	5508339	chr2L:5508183-5508339	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0188	0.0123	0.0209	0.0235	0.0042	0.0107	0.0234	0.01	0.0042	0.0139	0.0196	0.0139	0.0139	0.0054	0.0077	0.0054	0.0063
chr2L	5510319	5510496	chr2L:5510320-5510496	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0165	0.0145	0.0137	0.0217	0.0042	0.0121	0.0285	0.0133	0.0042	0.0054	0.0106	0.0054	0.0023	0.0077	0.0064	0.0077	0.0078
chr2L	5510599	5511007	chr2L:5510600-5511007	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0259	0.0203	0.0256	0.0324	0.0042	0.0155	0.0398	0.0207	0.0042	0.0145	0.0206	0.0145	0.0124	0.0107	0.009	0.0107	0.0172
chr2L	5515080	5515231	chr2L:5515081-5515231	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0217	0.0234	0.0165	0.0256	0.0127	0.0233	0.0285	0.0333	0.0127	0.0169	0.0154	0.0169	0.0093	0.0015	0.0077	0.0015	0.0063
chr2L	5517498	5517649	chr2L:5517499-5517649	FBgn0031707	CG14020	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0256	0.04	0.0246	0.0104	0.0286	0.0306	0.0558	0.0546	0.0286	0.0284	0.0277	0.0284	0.0163	0.0031	0.0097	0.0031	0.0073
chr2L	5519503	5519735	chr2L:5519504-5519735	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0593	0.0583	0.0703	0.0483	0.0329	0.0684	0.0779	0.0646	0.0329	0.0827	0.0859	0.0827	0.0635	0.0429	0.0516	0.0429	0.0537
chr2L	5519832	5520003	chr2L:5519833-5520003	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1044	0.0852	0.1212	0.1075	0.053	0.1024	0.1025	0.1066	0.053	0.1443	0.1437	0.1443	0.1193	0.1164	0.1141	0.1164	0.1329
chr2L	5520113	5520325	chr2L:5520114-5520325	FBgn0000318,FBgn0031708	CG7382,cl	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0964	0.0556	0.1046	0.133	0.0223	0.0796	0.0597	0.0733	0.0223	0.1069	0.1161	0.1069	0.1317	0.1348	0.147	0.1348	0.1751
chr2L	5520566	5520717	chr2L:5520567-5520717	FBgn0000318	cl	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0351	0.0233	0.0362	0.0471	0.0148	0.0316	0.0268	0.026	0.0148	0.032	0.0383	0.032	0.0596	0.0383	0.0554	0.0383	0.0677
chr2L	5523612	5523763	chr2L:5523613-5523763	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0521	0.0442	0.0598	0.0525	0.0201	0.0534	0.0541	0.0513	0.0201	0.067	0.0685	0.067	0.0635	0.0467	0.0574	0.0467	0.062
chr2L	5523824	5523984	chr2L:5523825-5523984	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0824	0.0672	0.0881	0.0933	0.0424	0.0859	0.0709	0.0859	0.0424	0.0966	0.1039	0.0966	0.086	0.0972	0.1019	0.0972	0.1032
chr2L	5524194	5524386	chr2L:5524195-5524386	FBgn0031710,FBgn0031711	CG6907,CG7371	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1076	0.0936	0.1203	0.1092	0.0668	0.1141	0.0995	0.1219	0.0668	0.1479	0.1421	0.1479	0.1022	0.1087	0.1083	0.1087	0.1308
chr2L	5525805	5525973	chr2L:5525806-5525973	FBgn0051989	Cap-D3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1045	0.0967	0.1292	0.0861	0.0742	0.1117	0.1176	0.1206	0.0742	0.1655	0.1424	0.1655	0.1294	0.0904	0.0916	0.0904	0.1068
chr2L	5526135	5526286	chr2L:5526136-5526286	FBgn0051989	Cap-D3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0397	0.041	0.049	0.0281	0.0191	0.0417	0.0541	0.0566	0.0191	0.0664	0.0476	0.0664	0.0496	0.0345	0.0303	0.0345	0.0302
chr2L	5526516	5526711	chr2L:5526517-5526711	FBgn0051648	CG31648	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0566	0.056	0.0734	0.0389	0.0265	0.0578	0.0761	0.0726	0.0265	0.0912	0.0781	0.0912	0.0728	0.0459	0.04	0.0459	0.0459
chr2L	5526835	5527042	chr2L:5526836-5527042	FBgn0051648	CG31648	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1148	0.1039	0.1396	0.0998	0.0541	0.1223	0.1215	0.1392	0.0541	0.1902	0.1405	0.1902	0.1379	0.1026	0.1038	0.1026	0.1214
chr2L	5527989	5528201	chr2L:5527990-5528201	FBgn0051915	CG31915	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1045	0.087	0.1296	0.0966	0.0498	0.1141	0.0973	0.1019	0.0498	0.2095	0.1132	0.2095	0.1472	0.1432	0.0722	0.1432	0.1381
chr2L	5531894	5532082	chr2L:5531895-5532082	FBgn0031713	CG7277	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0302	0.0424	0.0376	0.0212	0.032	0.0411	0.034	0.0212	0.0586	0.037	0.0586	0.0604	0.0429	0.04	0.0429	0.0552
chr2L	5532157	5532331	chr2L:5532158-5532331	FBgn0031713	CG7277	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0603	0.0424	0.0666	0.0735	0.0233	0.0485	0.0493	0.062	0.0233	0.0845	0.0633	0.0845	0.0999	0.0911	0.0819	0.0911	0.0959
chr2L	5532436	5532608	chr2L:5532437-5532608	FBgn0031713	CG7277	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0362	0.0297	0.0402	0.039	0.0117	0.0291	0.0389	0.0453	0.0117	0.0495	0.0405	0.0495	0.0519	0.049	0.0426	0.049	0.0563
chr2L	5536931	5537082	chr2L:5536932-5537082	FBgn0031715	tomb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0239	0.0236	0.0202	0.017	0.0267	0.0311	0.0293	0.017	0.0236	0.0248	0.0236	0.0302	0.0375	0.0155	0.0375	0.0281
chr2L	5537171	5537400	chr2L:5537172-5537400	FBgn0031715	tomb	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0424	0.04	0.0477	0.0391	0.0223	0.0461	0.0489	0.0513	0.0223	0.0513	0.0492	0.0513	0.0635	0.0551	0.0316	0.0551	0.0641
chr2L	5539149	5539300	chr2L:5539150-5539300	FBgn0031716	CG14015	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0354	0.0444	0.0325	0.0285	0.035	0.0461	0.0519	0.066	0.035	0.0386	0.0286	0.0386	0.0302	0.0153	0.0077	0.0153	0.0188
chr2L	5541975	5542167	chr2L:5541976-5542167	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0982	0.0971	0.1203	0.0751	0.0721	0.1058	0.1254	0.1146	0.0721	0.1425	0.1376	0.1425	0.0968	0.075	0.0793	0.075	0.0808
chr2L	5542215	5542396	chr2L:5542216-5542396	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1716	0.1629	0.1986	0.1517	0.1103	0.1796	0.1929	0.2192	0.1103	0.2518	0.2135	0.2518	0.1867	0.1516	0.1528	0.1516	0.1824
chr2L	5542445	5542636	chr2L:5542446-5542636	FBgn0002525,FBgn0014189	Hel25E,Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1934	0.1803	0.2272	0.171	0.1177	0.1971	0.2314	0.2185	0.1177	0.2899	0.2399	0.2899	0.2262	0.1738	0.1786	0.1738	0.2064
chr2L	5542932	5543118	chr2L:5542933-5543118	FBgn0002525	Lam	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2032	0.1861	0.2387	0.1834	0.1304	0.2301	0.2037	0.2292	0.1304	0.2947	0.2614	0.2947	0.2262	0.2067	0.1954	0.2067	0.2183
chr2L	5543346	5543497	chr2L:5543347-5543497	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.046	0.0621	0.0574	0.0223	0.0553	0.0567	0.0606	0.0223	0.0815	0.0576	0.0815	0.0736	0.0842	0.0741	0.0842	0.0698
chr2L	5546222	5546536	chr2L:5546223-5546536	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1197	0.1139	0.1169	0.1294	0.0774	0.1311	0.1445	0.1279	0.0774	0.1135	0.137	0.1135	0.1348	0.1807	0.2102	0.1807	0.1329
chr2L	5546739	5546963	chr2L:5546740-5546963	FBgn0031717	Oscillin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1358	0.1063	0.1405	0.1635	0.0636	0.1393	0.1224	0.1233	0.0636	0.1461	0.1457	0.1461	0.1875	0.206	0.1928	0.206	0.1944
chr2L	5546984	5547232	chr2L:5546985-5547232	FBgn0031717	Oscillin	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1765	0.1633	0.1966	0.1693	0.0954	0.2068	0.1782	0.2112	0.0954	0.2059	0.2051	0.2059	0.2246	0.193	0.1663	0.193	0.2027
chr2L	5547440	5547737	chr2L:5547441-5547737	FBgn0031717	Oscillin	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0726	0.0791	0.083	0.0539	0.0498	0.0937	0.0969	0.0919	0.0498	0.0809	0.0759	0.0809	0.1418	0.0528	0.0406	0.0528	0.0928
chr2L	5550810	5550988	chr2L:5550811-5550988	FBgn0031718	CG14014	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0411	0.0986	0.0131	0.0077	0.088	0.0291	0.2331	0.0526	0.088	0.0103	0.0174	0.0103	0.0124	0.0092	0.0084	0.0092	0.0089
chr2L	5551918	5552069	chr2L:5551919-5552069	FBgn0031719	CG18269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0205	0.0437	0.0105	0.0056	0.0085	0.0141	0.1194	0.0153	0.0085	0.0127	0.0135	0.0127	0.0077	0.0084	0.0077	0.0084	0.0031
chr2L	5552284	5552435	chr2L:5552285-5552435	FBgn0031719	CG18269	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.015	0.0312	0.0085	0.0042	0.0032	0.0092	0.0804	0.018	0.0032	0.0133	0.01	0.0133	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0036
chr2L	5554950	5555101	chr2L:5554951-5555101	FBgn0004620	GluRIIA	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0114	0.0123	0.0071	0.015	0.0042	0.0112	0.0221	0.0113	0.0042	0.0115	0.008	0.0115	0.0062	0.0551	0.0058	0.0551	0.0057
chr2L	5558722	5558873	chr2L:5558723-5558873	FBgn0020429	GluRIIB	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0103	0.0096	0.0061	0.0157	0	0.0049	0.0203	0.0107	0	0.0115	0.0029	0.0115	0.0054	0.0567	0.0084	0.0567	0.0073
chr2L	5559159	5559310	chr2L:5559160-5559310	FBgn0020429	GluRIIB	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0193	0.0174	0.0112	0.0304	0.0032	0.0121	0.0324	0.02	0.0032	0.0133	0.0103	0.0133	0.0147	0.1194	0.0135	0.1194	0.0099
chr2L	5560141	5560292	chr2L:5560142-5560292	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.016	0.0092	0.0157	0.0238	0.0011	0.0121	0.0138	0.0073	0.0011	0.0302	0.0093	0.0302	0.0248	0.0972	0.0084	0.0972	0.0068
chr2L	5564220	5564371	chr2L:5564221-5564371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0145	0.0212	0.0071	0.0152	0.0138	0.0155	0.0381	0.0173	0.0138	0.0079	0.0087	0.0079	0	0.013	0.0052	0.013	0.0036
chr2L	5564551	5564702	chr2L:5564552-5564702	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0089	0.0112	0.0043	0.0114	0.0042	0.0097	0.0182	0.012	0.0042	0.0036	0.0029	0.0036	0.0031	0.0061	0.0032	0.0061	0.0047
chr2L	5565159	5565310	chr2L:5565160-5565310	FBgn0041719	snRNA:U4:25F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0147	0.0267	0.0082	0.0084	0.0127	0.0155	0.0541	0.0227	0.0127	0.0054	0.0109	0.0054	0.0046	0.0061	0.0077	0.0061	0.0063
chr2L	5565498	5565649	chr2L:5565499-5565649	FBgn0041719	snRNA:U4:25F	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0128	0.0217	0.0089	0.0071	0.0085	0.0121	0.0502	0.0133	0.0085	0.0072	0.0106	0.0072	0.0046	0.0054	0.0077	0.0054	0.0031
chr2L	5593903	5594054	chr2L:5593904-5594054	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0117	0.0198	0.0108	0.0038	0.0106	0.0112	0.0372	0.0173	0.0106	0.0133	0.0109	0.0133	0.0085	0.0015	0.0032	0.0015	0.0036
chr2L	5599718	5599869	chr2L:5599719-5599869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0081	0.0161	0.0036	0.0042	0.0106	0.0058	0.0415	0.0047	0.0106	0.0054	0.0035	0.0054	0.0023	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	5601039	5601190	chr2L:5601040-5601190	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0101	0.0198	0.0049	0.0049	0.0064	0.0068	0.0519	0.01	0.0064	0.0036	0.0064	0.0036	0.0023	0.0038	0.0032	0.0038	0.0042
chr2L	5602504	5602655	chr2L:5602505-5602655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0136	0.0297	0.0062	0.0038	0.0255	0.0112	0.0662	0.02	0.0255	0.0079	0.0071	0.0079	0.0054	0.0031	0.0052	0.0031	0.0016
chr2L	5609559	5609710	chr2L:5609560-5609710	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0096	0.0066	0.0089	0.0136	0.0032	0.0044	0.013	0.0047	0.0032	0.0079	0.0096	0.0079	0.0062	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	5609873	5610024	chr2L:5609874-5610024	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0112	0.0108	0.0102	0.0128	0.0064	0.0107	0.0186	0.0093	0.0064	0.006	0.0087	0.006	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0068
chr2L	5610025	5610176	chr2L:5610026-5610176	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0125	0.0113	0.016	0.0095	0.0131	0.0208	0.0093	0.0095	0.0091	0.008	0.0091	0.0046	0.0038	0.0052	0.0038	0.0068
chr2L	5612214	5612365	chr2L:5612215-5612365	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0091	0.0077	0.0084	0.0114	0	0.0034	0.0151	0.01	0	0.0097	0.0093	0.0097	0.0023	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	5612528	5612679	chr2L:5612529-5612679	distal	distal	none	none	VT2834.1	VT2834.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0075	0.008	0.0082	0.0021	0.0044	0.0147	0.0087	0.0021	0.0109	0.008	0.0109	0.0054	0.0023	0.0032	0.0023	0.0021
chr2L	5615185	5615336	chr2L:5615186-5615336	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0186	0.0269	0.0189	0.0091	0.0127	0.0199	0.0489	0.0286	0.0127	0.0296	0.019	0.0296	0.0116	0.0061	0.0077	0.0061	0.0115
chr2L	5617932	5618083	chr2L:5617933-5618083	FBgn0031725	CG14010	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0131	0.0105	0.0081	0.0214	0.0042	0.0087	0.019	0.01	0.0042	0.0103	0.0068	0.0103	0.0054	0.0046	0.0019	0.0046	0.0068
chr2L	5618130	5618281	chr2L:5618131-5618281	FBgn0031725	CG14010	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0098	0.0127	0.0276	0.0021	0.0087	0.0195	0.0067	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.007	0.0115	0.0071	0.0115	0.0151
chr2L	5623732	5623955	chr2L:5623733-5623955	FBgn0031726	Cyp6a16Psi	stage11,stage5	none	VT2841.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0346	0.0223	0.0343	0.0487	0.0148	0.0286	0.0251	0.0293	0.0148	0.029	0.037	0.029	0.0565	0.0345	0.0554	0.0345	0.0787
chr2L	5624121	5624303	chr2L:5624122-5624303	FBgn0031726	Cyp6a16Psi	stage11,stage14,stage5	none	VT2841.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0669	0.0419	0.068	0.0936	0.0286	0.0485	0.0385	0.0726	0.0286	0.0598	0.082	0.0598	0.0945	0.0796	0.0916	0.0796	0.1152
chr2L	5627273	5627424	chr2L:5627274-5627424	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0121	0.0133	0.0117	0.0111	0.0032	0.0107	0.0272	0.0113	0.0032	0.0079	0.008	0.0079	0.0054	0.0023	6e-04	0.0023	0.0021
chr2L	5627491	5627642	chr2L:5627492-5627642	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0119	0.0105	0.0099	0.0157	0.0032	0.0117	0.0182	0.008	0.0032	0.0115	0.0074	0.0115	0.0054	0.0023	0.0045	0.0023	0.0021
chr2L	5628570	5628721	chr2L:5628571-5628721	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0087	0.009	0.0069	0.0104	0.0042	0.0107	0.0117	0.0107	0.0042	0.0103	0.0058	0.0103	0.0023	0.0031	0.0013	0.0031	0.0016
chr2L	5631766	5631917	chr2L:5631767-5631917	distal	distal	none	none	VT2844.1	VT2844.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0079	0.0069	0.0077	0.0093	0.0032	0.0092	0.0099	0.0053	0.0032	0.0091	0.008	0.0091	0.0062	0.0015	0.0026	0.0015	0.0052
chr2L	5635298	5635449	chr2L:5635299-5635449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0256	0.027	0.0255	0.0241	0.0117	0.0262	0.045	0.0253	0.0117	0.0314	0.0244	0.0314	0.0403	0.026	0.0226	0.026	0.0459
chr2L	5644540	5644691	chr2L:5644541-5644691	distal	distal	none	none	VT2851.1	VT2851.1	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0076	0.0076	0.0057	0.0097	0.0021	0.0039	0.0156	0.0053	0.0021	0.006	0.0071	0.006	0.0023	0.0038	0.0032	0.0038	0.0052
chr2L	5658544	5658790	chr2L:5658545-5658790	FBgn0051646	CG31646	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0434	0.073	0.0231	0.0327	0.0795	0.0524	0.1086	0.0746	0.0795	0.0513	0.0158	0.0513	0.0124	0.0123	0.0097	0.0123	0.0078
chr2L	5659251	5659402	chr2L:5659252-5659402	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0181	0.0217	0.0133	0.0192	0.0138	0.0243	0.0303	0.0253	0.0138	0.0181	0.0154	0.0181	0.0101	0.0184	0.0123	0.0184	0.013
chr2L	5720926	5721123	chr2L:5720927-5721123	FBgn0024191,FBgn0031732	CG11149,sip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0816	0.0755	0.0978	0.0706	0.0488	0.0874	0.0913	0.0979	0.0488	0.1081	0.1138	0.1081	0.1046	0.0735	0.0658	0.0735	0.0933
chr2L	5721180	5721331	chr2L:5721181-5721331	FBgn0024191,FBgn0031732	CG11149,sip1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0428	0.0393	0.0532	0.0355	0.0148	0.0413	0.0515	0.0573	0.0148	0.0628	0.0585	0.0628	0.0643	0.0398	0.0329	0.0398	0.0443
chr2L	5723978	5724172	chr2L:5723979-5724172	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1158	0.1152	0.1195	0.1124	0.0785	0.1369	0.1367	0.1399	0.0785	0.1655	0.1215	0.1655	0.1046	0.1279	0.1032	0.1279	0.1277
chr2L	5724598	5724788	chr2L:5724599-5724788	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1753	0.1498	0.2168	0.1582	0.0901	0.1951	0.1696	0.1805	0.0901	0.2639	0.2402	0.2639	0.1921	0.1807	0.1605	0.1807	0.1829
chr2L	5724933	5725164	chr2L:5724934-5725164	FBgn0031736	CG11030	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0975	0.071	0.1218	0.1003	0.0255	0.1019	0.0822	0.0799	0.0255	0.1383	0.1309	0.1383	0.1301	0.1294	0.1019	0.1294	0.11
chr2L	5725800	5725994	chr2L:5725801-5725994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0402	0.0204	0.0444	0.0577	0.0032	0.0238	0.0294	0.022	0.0032	0.0411	0.0264	0.0411	0.0225	0.013	0.0258	0.013	0.0302
chr2L	5730326	5730477	chr2L:5730327-5730477	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0121	0.0083	0.0105	0.0181	0.0011	0.0155	0.0078	0.01	0.0011	0.0163	0.0106	0.0163	0.0093	0.0375	0.0058	0.0375	0.0162
chr2L	5730792	5731190	chr2L:5730793-5731190	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0398	0.0502	0.0381	0.0301	0.0095	0.0791	0.0415	0.0806	0.0095	0.0688	0.036	0.0688	0.0209	0.0391	0.0161	0.0391	0.0219
chr2L	5733293	5733444	chr2L:5733294-5733444	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0142	0.0145	0.0136	0.0146	0.0042	0.016	0.0242	0.0133	0.0042	0.0163	0.0129	0.0163	0.0147	0.0107	0.0084	0.0107	0.0094
chr2L	5739251	5739443	chr2L:5739252-5739443	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.024	0.0436	0.0199	0.0064	0.0255	0.0481	0.0437	0.0733	0.0255	0.0115	0.0318	0.0115	0.0139	0.0054	0.009	0.0054	0.0078
chr2L	5740883	5741034	chr2L:5740884-5741034	FBgn0031734	CG11147	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3	0.0105	0.0085	0.0109	0.0124	0.0021	0.0083	0.0164	0.0073	0.0021	0.0054	0.0164	0.0054	0.0093	0.0069	0.0368	0.0069	0.0052
chr2L	5748685	5748836	chr2L:5748686-5748836	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0162	0.0153	0.0165	0.017	0.0053	0.017	0.0238	0.0173	0.0053	0.0205	0.0122	0.0205	0.0294	0.023	0.0103	0.023	0.0115
chr2L	5750923	5751074	chr2L:5750924-5751074	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.013	0.0151	0.0123	0.0116	0.0064	0.0131	0.026	0.0153	0.0064	0.0115	0.0138	0.0115	0.0163	0.0077	0.0052	0.0077	0.0068
chr2L	5751141	5751292	chr2L:5751142-5751292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0138	0.014	0.0113	0.0021	0.0189	0.0156	0.0153	0.0021	0.0139	0.0154	0.0139	0.017	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chr2L	5754366	5754517	chr2L:5754367-5754517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0072	0.0105	0.0106	0	0.0068	0.0121	0.0093	0	0.0097	0.0122	0.0097	0.0155	0.0069	0.0052	0.0069	0.0063
chr2L	5756661	5756821	chr2L:5756662-5756821	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0229	0.0376	0.0189	0.0107	0.0265	0.0379	0.0493	0.048	0.0265	0.026	0.0151	0.026	0.0225	0.0077	0.0077	0.0077	0.0198
chr2L	5757139	5757300	chr2L:5757140-5757300	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0257	0.0459	0.0218	0.0074	0.035	0.0398	0.0679	0.056	0.035	0.0284	0.0203	0.0284	0.0248	0.0054	0.0045	0.0054	0.0094
chr2L	5765208	5765359	chr2L:5765209-5765359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0167	0.0132	0.0192	0.0178	0.0042	0.0146	0.0216	0.012	0.0042	0.0145	0.027	0.0145	0.0178	0.0069	0.0458	0.0069	0.0141
chr2L	5771019	5771180	chr2L:5771020-5771180	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0297	0.0319	0.0352	0.0213	0.0191	0.0306	0.0515	0.0326	0.0191	0.0423	0.0341	0.0423	0.0449	0.0253	0.0148	0.0253	0.0292
chr2L	5771282	5771460	chr2L:5771283-5771460	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0846	0.0808	0.0956	0.0769	0.0467	0.0874	0.1029	0.1053	0.0467	0.1171	0.1019	0.1171	0.0999	0.0804	0.0741	0.0804	0.1016
chr2L	5772307	5772475	chr2L:5772308-5772475	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0199	0.0344	0.0326	0.0127	0.0233	0.026	0.022	0.0127	0.032	0.0286	0.032	0.0829	0.0245	0.0297	0.0245	0.0683
chr2L	5777632	5777783	chr2L:5777633-5777783	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0204	0.0322	0.0184	0.0093	0.0212	0.033	0.0541	0.0227	0.0212	0.0217	0.0228	0.0217	0.0232	0.0153	0.0097	0.0153	0.0125
chr2L	5779848	5779999	chr2L:5779849-5779999	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0184	0.0275	0.0159	0.011	0.0148	0.0233	0.0502	0.02	0.0148	0.0187	0.0151	0.0187	0.024	0.0107	0.0045	0.0107	0.0229
chr2L	5780607	5780972	chr2L:5780608-5780972	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.054	0.0573	0.0461	0.0589	0.018	0.1146	0.0584	0.0286	0.018	0.0556	0.0357	0.0556	0.0953	0.0322	0.0271	0.0322	0.1641
chr2L	5781211	5781418	chr2L:5781212-5781418	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0338	0.0455	0.0299	0.0249	0.0201	0.0752	0.0523	0.0373	0.0201	0.0459	0.0318	0.0459	0.0349	0.0176	0.0264	0.0176	0.05
chr2L	5782869	5783020	chr2L:5782870-5783020	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0183	0.0178	0.0237	0.013	0.0053	0.0335	0.0195	0.0153	0.0053	0.0368	0.0277	0.0368	0.0225	0.0161	0.011	0.0161	0.024
chr2L	5783216	5783379	chr2L:5783217-5783379	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0207	0.0166	0.0254	0.0203	0.0127	0.0282	0.0164	0.0133	0.0127	0.0574	0.0209	0.0574	0.0217	0.0452	0.0232	0.0452	0.0214
chr2L	5783560	5783711	chr2L:5783561-5783711	FBgn0051913	CG31913	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0211	0.0237	0.0225	0.0167	0.0138	0.0267	0.035	0.0233	0.0138	0.0435	0.0206	0.0435	0.0201	0.0276	0.0239	0.0276	0.0156
chr2L	5788732	5788883	chr2L:5788733-5788883	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0218	0.0359	0.0171	0.0111	0.018	0.0544	0.0381	0.036	0.018	0.0308	0.0158	0.0308	0.0178	0.0145	0.0084	0.0145	0.0135
chr2L	5789417	5789629	chr2L:5789418-5789629	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.1309	0.0164	0.0088	0.1612	0.0874	0.1782	0.1659	0.1612	0.0217	0.018	0.0217	0.0147	0.0084	0.011	0.0084	0.0063
chr2L	5789825	5790031	chr2L:5789826-5790031	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0276	0.0553	0.0148	0.0104	0.0509	0.0345	0.0891	0.0673	0.0509	0.0169	0.017	0.0169	0.0139	0.0092	0.0077	0.0092	0.0146
chr2L	5791309	5791460	chr2L:5791310-5791460	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0121	0.0135	0.0105	0.0123	0.0064	0.0112	0.0229	0.0133	0.0064	0.0097	0.0093	0.0097	0.0225	0.0061	0.0052	0.0061	0.0307
chr2L	5799609	5799854	chr2L:5799610-5799854	FBgn0031738	CG9171	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1761	0.1343	0.2193	0.1755	0.0626	0.1951	0.1215	0.1899	0.0626	0.2446	0.2637	0.2446	0.227	0.2044	0.2431	0.2044	0.1912
chr2L	5800117	5800341	chr2L:5800118-5800341	FBgn0031738	CG9171	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2353	0.2126	0.2617	0.2319	0.1453	0.2544	0.2422	0.2638	0.1453	0.3182	0.282	0.3182	0.2579	0.2665	0.2431	0.2665	0.2527
chr2L	5801656	5802038	chr2L:5801657-5802038	FBgn0031739,FBgn0031740	CG14005,CG7239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1347	0.1603	0.1343	0.1067	0.1336	0.1738	0.1972	0.1992	0.1336	0.1757	0.1556	0.1757	0.1139	0.1179	0.1115	0.1179	0.1313
chr2L	5802157	5802345	chr2L:5802158-5802345	FBgn0031739,FBgn0031740	CG14005,CG7239	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1012	0.1093	0.1082	0.0844	0.0785	0.1282	0.1298	0.1379	0.0785	0.1461	0.1183	0.1461	0.1038	0.085	0.0851	0.085	0.1089
chr2L	5805205	5805466	chr2L:5805206-5805466	FBgn0031741	CG11034	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1515	0.151	0.194	0.1053	0.1198	0.1369	0.1864	0.2212	0.1198	0.221	0.2701	0.221	0.1967	0.0812	0.1999	0.0812	0.1433
chr2L	5805864	5806015	chr2L:5805865-5806015	FBgn0031741	CG11034	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.0247	0.0255	0.0253	0.018	0.0238	0.0381	0.0227	0.018	0.0121	0.0383	0.0121	0.0364	0.0123	0.0458	0.0123	0.0427
chr2L	5823693	5823844	chr2L:5823694-5823844	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0098	0.0086	0.0082	0.0128	0	0.0053	0.0177	0.0093	0	0.0097	0.0103	0.0097	0.0039	0.0077	0.0084	0.0077	0.0073
chr2L	5827200	5827351	chr2L:5827201-5827351	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0172	0.0338	0.0096	0.007	0.0106	0.0306	0.042	0.056	0.0106	0.0199	0.0068	0.0199	0.0116	0.0107	0.0052	0.0107	0.0104
chr2L	5845588	5845739	chr2L:5845589-5845739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0116	0.012	0.0108	0.012	0.0032	0.0107	0.0251	0.0073	0.0032	0.0163	0.0096	0.0163	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0135
chr2L	5855246	5855397	chr2L:5855247-5855397	distal	distal	none	none	VT2963.1	VT2963.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0146	0.0117	0.0145	0.0178	0.0032	0.0107	0.0199	0.014	0.0032	0.0133	0.0196	0.0133	0.0124	0.0153	0.0374	0.0153	0.0224
chr2L	5862006	5862157	chr2L:5862007-5862157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.018	0.0138	0.0228	0.0174	0.0064	0.0175	0.0186	0.014	0.0064	0.0393	0.0238	0.0393	0.0116	0.0214	0.0187	0.0214	0.025
chr2L	5862391	5862542	chr2L:5862392-5862542	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0154	0.0141	0.0183	0.0138	0.0053	0.015	0.0234	0.0133	0.0053	0.0302	0.0193	0.0302	0.0085	0.013	0.009	0.013	0.0271
chr2L	5870939	5871263	chr2L:5870940-5871263	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1297	0.2001	0.1467	0.0324	0.1389	0.2286	0.2305	0.2632	0.1389	0.2252	0.2177	0.2252	0.0411	0.0459	0.0567	0.0459	0.0302
chr2L	5871487	5871696	chr2L:5871488-5871696	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0824	0.1231	0.0928	0.0256	0.0901	0.1005	0.1674	0.1785	0.0901	0.0827	0.1614	0.0827	0.0511	0.023	0.0464	0.023	0.0318
chr2L	5871927	5872109	chr2L:5871928-5872109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.042	0.0513	0.0476	0.0253	0.0233	0.0553	0.0649	0.0759	0.0233	0.0501	0.0778	0.0501	0.0256	0.0184	0.0368	0.0184	0.0396
chr2L	5874501	5874652	chr2L:5874502-5874652	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.027	0.0345	0.0496	0.0085	0.034	0.0355	0.0313	0.0085	0.0562	0.0428	0.0562	0.0201	0.108	0.0335	0.108	0.0714
chr2L	5874654	5874805	chr2L:5874655-5874805	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0323	0.0209	0.0329	0.0444	0.0053	0.0223	0.0298	0.026	0.0053	0.0453	0.0408	0.0453	0.0302	0.075	0.029	0.075	0.0808
chr2L	5877267	5877418	chr2L:5877268-5877418	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0288	0.0406	0.0299	0.0142	0.0276	0.0248	0.0649	0.0573	0.0276	0.0284	0.0479	0.0284	0.0163	0.013	0.0219	0.013	0.0162
chr2L	5877704	5877896	chr2L:5877705-5877896	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0752	0.1311	0.0735	0.0148	0.1029	0.068	0.1851	0.2258	0.1029	0.0507	0.1383	0.0507	0.0217	0.0123	0.029	0.0123	0.0167
chr2L	5879079	5879231	chr2L:5879080-5879231	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0611	0.0522	0.0826	0.0473	0.0361	0.0519	0.0649	0.0753	0.0361	0.0984	0.118	0.0984	0.0589	0.059	0.0761	0.059	0.0526
chr2L	5879428	5879627	chr2L:5879429-5879627	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.222	0.1882	0.2811	0.1951	0.1591	0.218	0.1964	0.2605	0.1591	0.3877	0.3428	0.3877	0.2618	0.2098	0.2856	0.2098	0.2647
chr2L	5879814	5880007	chr2L:5879815-5880007	FBgn0031745	CG8965	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.0695	0.2124	0.16	0.0297	0.1165	0.0532	0.0966	0.0297	0.2723	0.2547	0.2723	0.2424	0.124	0.2392	0.124	0.2298
chr2L	5887000	5887151	chr2L:5887001-5887151	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0124	0.0111	0.0113	0.015	0.0032	0.0121	0.016	0.0133	0.0032	0.0085	0.0151	0.0085	0.0108	0.0046	0.0445	0.0046	0.0078
chr2L	5887240	5887391	chr2L:5887241-5887391	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0147	0.0171	0.014	0.013	0.0106	0.017	0.0255	0.02	0.0106	0.0133	0.0183	0.0133	0.0093	0.0054	0.0361	0.0054	0.0094
chr2L	5890728	5890985	chr2L:5890729-5890985	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0413	0.0713	0.0359	0.0136	0.035	0.0442	0.0913	0.1372	0.035	0.0175	0.0637	0.0175	0.0178	0.0123	0.02	0.0123	0.0089
chr2L	5891215	5891366	chr2L:5891216-5891366	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.023	0.0302	0.0253	0.0127	0.0255	0.0233	0.0428	0.0406	0.0255	0.0103	0.046	0.0103	0.0178	0.0123	0.0271	0.0123	0.0083
chr2L	5891861	5892125	chr2L:5891862-5892125	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0648	0.1041	0.0628	0.023	0.0721	0.0398	0.1886	0.1346	0.0721	0.0223	0.1296	0.0223	0.0201	0.0084	0.0651	0.0084	0.013
chr2L	5892544	5892711	chr2L:5892545-5892711	FBgn0002856	Acp26Ab	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.029	0.0465	0.0283	0.0103	0.0286	0.0388	0.0662	0.0606	0.0286	0.0278	0.0424	0.0278	0.0186	0.0176	0.009	0.0176	0.0125
chr2L	5895417	5895644	chr2L:5895418-5895644	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0241	0.0316	0.0394	0.0138	0.0218	0.0385	0.0233	0.0138	0.0362	0.0418	0.0362	0.0271	0.0184	0.0613	0.0184	0.0657
chr2L	5896378	5896529	chr2L:5896379-5896529	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0143	0.0113	0.015	0.017	0.0011	0.0121	0.0195	0.012	0.0011	0.0145	0.0196	0.0145	0.0155	0.0161	0.0174	0.0161	0.0328
chr2L	5899337	5899491	chr2L:5899338-5899491	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0103	0.0204	0.0221	0.0032	0.0121	0.0151	0.0113	0.0032	0.0151	0.0267	0.0151	0.0225	0.0107	0.0368	0.0107	0.0307
chr2L	5899581	5899732	chr2L:5899582-5899732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0159	0.0106	0.0141	0.0238	0.0021	0.0112	0.019	0.0093	0.0021	0.0133	0.0193	0.0133	0.0163	0.0176	0.0484	0.0176	0.0245
chr2L	5899975	5900126	chr2L:5899976-5900126	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0121	0.0174	0.022	0.0032	0.0141	0.0186	0.012	0.0032	0.0163	0.0235	0.0163	0.0209	0.0107	0.0458	0.0107	0.0245
chr2L	5902706	5902870	chr2L:5902707-5902870	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0415	0.0292	0.0603	0.0348	0.0064	0.0602	0.0238	0.0247	0.0064	0.1051	0.0495	0.1051	0.0976	0.0712	0.0322	0.0712	0.0406
chr2L	5902998	5903218	chr2L:5902999-5903218	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0728	0.0532	0.1076	0.0565	0.0138	0.118	0.0376	0.0466	0.0138	0.2337	0.0823	0.2337	0.1038	0.1585	0.0348	0.1585	0.0505
chr2L	5907009	5907182	chr2L:5907010-5907182	FBgn0043362	bchs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1964	0.168	0.2358	0.1849	0.1294	0.2087	0.17	0.2219	0.1294	0.3001	0.2447	0.3001	0.2455	0.196	0.1908	0.196	0.2137
chr2L	5907343	5907543	chr2L:5907344-5907543	FBgn0043362	bchs	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2371	0.2127	0.2765	0.2211	0.1782	0.2466	0.2271	0.2851	0.1782	0.3261	0.2907	0.3261	0.2974	0.242	0.2308	0.242	0.234
chr2L	5923724	5923918	chr2L:5923725-5923918	FBgn0031751	CG9016	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0562	0.03	0.0648	0.0759	0.0064	0.0451	0.0294	0.0453	0.0064	0.0604	0.0415	0.0604	0.0356	0.0283	0.0206	0.0283	0.0281
chr2L	5924266	5924417	chr2L:5924267-5924417	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0247	0.0135	0.0289	0.0326	0.0032	0.0155	0.0199	0.016	0.0032	0.0157	0.0145	0.0157	0.0093	0.01	0.0084	0.01	0.0068
chr2L	5925308	5925480	chr2L:5925309-5925480	FBgn0015381,FBgn0264547	CR43926,dsf	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0395	0.0228	0.0387	0.059	0.0106	0.0262	0.0281	0.0293	0.0106	0.0187	0.0212	0.0187	0.0116	0.0069	0.0155	0.0069	0.013
chr2L	5933491	5933642	chr2L:5933492-5933642	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0105	0.0116	0.0131	0.0064	0.0053	0.0117	0.0169	0.0127	0.0053	0.0157	0.0093	0.0157	0.007	0.0023	0.0045	0.0023	0.0063
chr2L	5933702	5933853	chr2L:5933703-5933853	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.013	0.0117	0.0089	0.0032	0.0175	0.0169	0.016	0.0032	0.0157	0.0087	0.0157	0.0023	0.0023	0.0032	0.0023	0.0052
chr2L	5934055	5934315	chr2L:5934056-5934315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0314	0.0338	0.0294	0.0308	0.0053	0.0578	0.0281	0.0466	0.0053	0.0187	0.0148	0.0187	0.0085	0.0115	0.009	0.0115	0.0089
chr2L	5943547	5943718	chr2L:5943548-5943718	FBgn0001128,FBgn0261055	Gpdh,Sfp26Ad	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1909	0.1792	0.2151	0.1776	0.1421	0.2136	0.1907	0.2298	0.1421	0.2482	0.2315	0.2482	0.2146	0.1776	0.1921	0.1776	0.197
chr2L	5943814	5944005	chr2L:5943815-5944005	FBgn0001128	Gpdh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2086	0.1975	0.2335	0.1937	0.1654	0.234	0.2115	0.2398	0.1654	0.2935	0.2331	0.2935	0.2424	0.2205	0.1896	0.2205	0.2121
chr2L	5944454	5944909	chr2L:5944455-5944909	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1605	0.1226	0.1855	0.1752	0.0732	0.1786	0.1311	0.1406	0.0732	0.2579	0.1627	0.2579	0.2494	0.281	0.1219	0.281	0.2705
chr2L	5948863	5949055	chr2L:5948864-5949055	FBgn0031752	CG9044	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1174	0.0928	0.1486	0.1107	0.0573	0.1194	0.0978	0.1219	0.0573	0.1824	0.1598	0.1824	0.151	0.1302	0.1128	0.1302	0.1454
chr2L	5949067	5949268	chr2L:5949068-5949268	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1198	0.0879	0.1529	0.1192	0.0467	0.1214	0.0848	0.1239	0.0467	0.183	0.1633	0.183	0.1797	0.1294	0.1257	0.1294	0.1376
chr2L	5949346	5949536	chr2L:5949347-5949536	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1639	0.1345	0.1997	0.1574	0.105	0.165	0.1345	0.1865	0.105	0.2536	0.2116	0.2536	0.2115	0.17	0.1734	0.17	0.1829
chr2L	5949600	5949751	chr2L:5949601-5949751	FBgn0031752	CG9044	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0617	0.0553	0.0717	0.0578	0.0318	0.0626	0.0735	0.064	0.0318	0.09	0.0756	0.09	0.0759	0.0582	0.0703	0.0582	0.073
chr2L	5956236	5956387	chr2L:5956237-5956387	FBgn0031753,FBgn0040949	CG13998,CG13999	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0172	0.0165	0.0141	0.0214	0.0064	0.0189	0.0255	0.016	0.0064	0.0169	0.0151	0.0169	0.0116	0.0061	0.0077	0.0061	0.0057
chr2L	5961303	5961585	chr2L:5961304-5961585	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0437	0.0397	0.0304	0.0159	0.0699	0.0497	0.0386	0.0159	0.0459	0.0309	0.0459	0.079	0.0322	0.0309	0.0322	0.0453
chr2L	5961706	5961923	chr2L:5961707-5961923	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0451	0.0457	0.0544	0.0343	0.0276	0.0883	0.0402	0.0353	0.0276	0.0628	0.0437	0.0628	0.1154	0.0452	0.0271	0.0452	0.0599
chr2L	5965151	5965302	chr2L:5965152-5965302	FBgn0086265	psd	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0163	0.0137	0.0161	0.0195	0.0074	0.0189	0.0177	0.0133	0.0074	0.0266	0.0154	0.0266	0.0139	0.062	0.0097	0.062	0.0089
chr2L	5968198	5968349	chr2L:5968199-5968349	FBgn0031756,FBgn0031757	CG13992,Ucp4C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.026	0.0405	0.0244	0.0116	0.0127	0.0903	0.0307	0.0253	0.0127	0.0374	0.0241	0.0374	0.0271	0.0153	0.0097	0.0153	0.0151
chr2L	5968811	5968962	chr2L:5968812-5968962	FBgn0031757	Ucp4C	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0187	0.0288	0.0178	0.0085	0.0085	0.0408	0.0285	0.04	0.0085	0.0314	0.0138	0.0314	0.0201	0.0161	0.0071	0.0161	0.0078
chr2L	5969087	5969330	chr2L:5969088-5969330	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0313	0.0502	0.0268	0.015	0.0127	0.0874	0.0316	0.0779	0.0127	0.038	0.0254	0.038	0.0318	0.0191	0.0161	0.0191	0.0172
chr2L	5971116	5971267	chr2L:5971117-5971267	FBgn0263442	CR43465	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0268	0.0249	0.0292	0.0262	0.0127	0.032	0.0281	0.0306	0.0127	0.0405	0.0206	0.0405	0.048	0.0352	0.0303	0.0352	0.0276
chr2L	5971364	5971598	chr2L:5971365-5971598	FBgn0263442	CR43465	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0418	0.035	0.0372	0.0543	0.0148	0.0587	0.0359	0.0313	0.0148	0.0483	0.0248	0.0483	0.0658	0.0911	0.0309	0.0911	0.0912
chr2L	5971875	5972026	chr2L:5971876-5972026	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0278	0.0241	0.027	0.0329	0.0201	0.0345	0.0294	0.016	0.0201	0.0447	0.0193	0.0447	0.0403	0.0796	0.02	0.0796	0.0391
chr2L	5972158	5972417	chr2L:5972159-5972417	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0466	0.0439	0.0486	0.0475	0.0276	0.0544	0.0567	0.0446	0.0276	0.0719	0.036	0.0719	0.0713	0.0965	0.0426	0.0965	0.0532
chr2L	5972711	5972917	chr2L:5972712-5972917	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.059	0.0527	0.0628	0.0618	0.0339	0.0738	0.0631	0.0573	0.0339	0.1117	0.0514	0.1117	0.0713	0.1631	0.0535	0.1631	0.049
chr2L	5974013	5974164	chr2L:5974014-5974164	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0437	0.0394	0.0449	0.0471	0.0297	0.0432	0.0532	0.044	0.0297	0.0477	0.0486	0.0477	0.0558	0.0475	0.0928	0.0475	0.0396
chr2L	5977296	5977453	chr2L:5977297-5977453	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1016	0.0915	0.1187	0.0943	0.0477	0.1146	0.1159	0.0999	0.0477	0.1226	0.0984	0.1226	0.0991	0.0551	0.0593	0.0551	0.0771
chr2L	5978373	5978696	chr2L:5978374-5978696	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2278	0.2321	0.2714	0.1752	0.1495	0.2782	0.2375	0.3205	0.1495	0.3231	0.2878	0.3231	0.275	0.2289	0.1225	0.2289	0.185
chr2L	5978732	5978970	chr2L:5978733-5978970	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2104	0.1595	0.2689	0.203	0.0933	0.2646	0.1241	0.2019	0.0933	0.34	0.255	0.34	0.3292	0.2557	0.1315	0.2557	0.2668
chr2L	5979071	5979295	chr2L:5979072-5979295	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1496	0.1085	0.1838	0.1581	0.0456	0.1757	0.1042	0.1266	0.0456	0.2488	0.1421	0.2488	0.1929	0.1753	0.0787	0.1753	0.1657
chr2L	5979961	5980112	chr2L:5979962-5980112	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2287	0.1922	0.2728	0.221	0.1516	0.2529	0.1756	0.2538	0.1516	0.3557	0.2913	0.3557	0.2463	0.2305	0.2128	0.2305	0.2637
chr2L	5980150	5980434	chr2L:5980151-5980434	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3769	0.3488	0.4353	0.3441	0.2853	0.4447	0.3529	0.4364	0.2853	0.5616	0.4585	0.5616	0.3958	0.3714	0.3585	0.3714	0.3736
chr2L	5980605	5980799	chr2L:5980606-5980799	FBgn0000308	chic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2191	0.217	0.2476	0.1901	0.1622	0.2359	0.2673	0.2692	0.1622	0.3007	0.2585	0.3007	0.2455	0.1968	0.1915	0.1968	0.2142
chr2L	5980907	5981110	chr2L:5980908-5981110	FBgn0000308	chic	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2547	0.2395	0.2961	0.2263	0.1792	0.2767	0.2772	0.2998	0.1792	0.3798	0.308	0.3798	0.2943	0.2412	0.2444	0.2412	0.2642
chr2L	5981426	5981584	chr2L:5981427-5981584	FBgn0000308,FBgn0001942	chic,eIF-4a	stage5	none	eIF-4a_p5′-436eIF4awt-luc/lacZ	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1835	0.1499	0.224	0.1764	0.0933	0.1913	0.1587	0.1992	0.0933	0.2748	0.2428	0.2748	0.2285	0.193	0.1928	0.193	0.1996
chr2L	5981987	5982155	chr2L:5981988-5982155	FBgn0001942	eIF-4a	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1867	0.1492	0.2155	0.1972	0.0986	0.1937	0.1566	0.1932	0.0986	0.2482	0.2206	0.2482	0.2455	0.1539	0.1934	0.1539	0.2475
chr2L	5982417	5982616	chr2L:5982418-5982616	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2818	0.2754	0.331	0.2351	0.211	0.3422	0.298	0.3351	0.211	0.3756	0.3576	0.3756	0.3153	0.1792	0.2566	0.1792	0.2913
chr2L	5983479	5983759	chr2L:5983480-5983759	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1252	0.2318	0.0892	0.0457	0.2471	0.1646	0.33	0.2925	0.2471	0.0833	0.1032	0.0833	0.0922	0.0245	0.0548	0.0245	0.0625
chr2L	5986230	5986439	chr2L:5986231-5986439	FBgn0001941	ifc	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1903	0.1787	0.2234	0.1671	0.1273	0.2175	0.186	0.2452	0.1273	0.2548	0.2431	0.2548	0.2494	0.1616	0.156	0.1616	0.2298
chr2L	5986900	5987209	chr2L:5986901-5987209	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1123	0.1031	0.1336	0.0992	0.0551	0.1403	0.1099	0.1292	0.0551	0.1419	0.1145	0.1419	0.1898	0.0789	0.0761	0.0789	0.148
chr2L	5988097	5988420	chr2L:5988098-5988420	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0569	0.048	0.0679	0.0549	0.0244	0.0476	0.064	0.06	0.0244	0.0694	0.0617	0.0694	0.1371	0.0314	0.0303	0.0314	0.1235
chr2L	5988752	5988903	chr2L:5988753-5988903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0357	0.0358	0.0358	0.0354	0.0212	0.0369	0.0506	0.0393	0.0212	0.0393	0.0354	0.0393	0.0558	0.0283	0.0219	0.0283	0.0683
chr2L	5997044	5997552	chr2L:5997045-5997552	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.1844	0.2362	0.2118	0.0964	0.1951	0.1922	0.2781	0.3837	0.1951	0.18	0.3032	0.18	0.1487	0.0789	0.1057	0.0789	0.0844
chr2L	5997558	5997818	chr2L:5997559-5997818	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1156	0.1291	0.1209	0.0946	0.0976	0.1184	0.1492	0.1979	0.0976	0.122	0.1447	0.122	0.1038	0.0605	0.0645	0.0605	0.0803
chr2L	5997868	5998124	chr2L:5997869-5998124	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1636	0.1638	0.1726	0.1536	0.1315	0.1655	0.1708	0.2532	0.1315	0.1866	0.182	0.1866	0.134	0.134	0.1077	0.134	0.135
chr2L	5998288	5998568	chr2L:5998289-5998568	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0892	0.1114	0.0824	0.0719	0.0806	0.0966	0.1358	0.1805	0.0806	0.0815	0.0952	0.0815	0.0573	0.075	0.0632	0.075	0.0719
chr2L	5998697	5998902	chr2L:5998698-5998902	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0701	0.0704	0.084	0.0546	0.0445	0.0709	0.0917	0.0959	0.0445	0.1033	0.0907	0.1033	0.0581	0.0613	0.0477	0.0613	0.049
chr2L	5998914	5999295	chr2L:5998915-5999295	FBgn0031759	lid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1347	0.129	0.1657	0.1069	0.0912	0.1345	0.1505	0.1785	0.0912	0.2107	0.1736	0.2107	0.1379	0.124	0.0986	0.124	0.124
chr2L	5999401	5999602	chr2L:5999402-5999602	FBgn0031759	lid	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1867	0.1609	0.2316	0.1663	0.1039	0.2005	0.1674	0.2172	0.1039	0.2687	0.2527	0.2687	0.2378	0.1692	0.1728	0.1692	0.2178
chr2L	6000125	6000301	chr2L:6000126-6000301	FBgn0031760	Tsp26A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0886	0.0724	0.1088	0.0845	0.0276	0.0995	0.0718	0.1113	0.0276	0.1268	0.1309	0.1268	0.1061	0.0988	0.0986	0.0988	0.0823
chr2L	6004726	6005197	chr2L:6004727-6005197	distal	distal	stage11,stage5	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0607	0.0818	0.0701	0.0269	0.0456	0.068	0.0926	0.1546	0.0456	0.0465	0.1251	0.0465	0.0426	0.0199	0.0445	0.0199	0.0328
chr2L	6006706	6006857	chr2L:6006707-6006857	FBgn0001089	Gal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0184	0.0138	0.0146	0.0276	0.0042	0.0155	0.0203	0.0153	0.0042	0.0133	0.0174	0.0133	0.0201	0.013	0.0174	0.013	0.0625
chr2L	6010637	6010844	chr2L:6010638-6010844	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0463	0.0571	0.0439	0.0369	0.0244	0.0587	0.0644	0.0926	0.0244	0.0628	0.046	0.0628	0.0271	0.0168	0.0097	0.0168	0.012
chr2L	6010939	6011340	chr2L:6010940-6011340	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0575	0.0521	0.0551	0.0661	0.0265	0.0471	0.0696	0.0799	0.0265	0.07	0.0511	0.07	0.024	0.0168	0.0135	0.0168	0.0208
chr2L	6012722	6013012	chr2L:6012723-6013012	FBgn0031762	CG9098	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0491	0.043	0.0608	0.0432	0.0233	0.0529	0.0532	0.0453	0.0233	0.07	0.0743	0.07	0.0503	0.0459	0.0368	0.0459	0.0756
chr2L	6013121	6013303	chr2L:6013122-6013303	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0597	0.0566	0.072	0.0499	0.0244	0.0718	0.067	0.0646	0.0244	0.0918	0.0778	0.0918	0.0682	0.0681	0.0516	0.0681	0.0651
chr2L	6013350	6013501	chr2L:6013351-6013501	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0294	0.0283	0.0371	0.0223	0.0085	0.0291	0.0381	0.0386	0.0085	0.0501	0.037	0.0501	0.0372	0.0329	0.0322	0.0329	0.0203
chr2L	6014719	6014891	chr2L:6014720-6014891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0429	0.0516	0.0588	0.0157	0.0318	0.0631	0.0593	0.066	0.0318	0.0972	0.065	0.0972	0.0395	0.0222	0.0168	0.0222	0.0151
chr2L	6015046	6015251	chr2L:6015047-6015251	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0355	0.0396	0.0471	0.0182	0.0138	0.0568	0.045	0.0473	0.0138	0.0906	0.0405	0.0906	0.0356	0.0452	0.0142	0.0452	0.0162
chr2L	6017596	6017747	chr2L:6017597-6017747	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0228	0.0208	0.0322	0.0146	0.0074	0.0316	0.0238	0.0213	0.0074	0.064	0.0315	0.064	0.0279	0.0352	0.0142	0.0352	0.0099
chr2L	6019359	6019540	chr2L:6019360-6019540	FBgn0001170	H2.0	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0309	0.0246	0.0429	0.0248	0.0053	0.0447	0.0225	0.028	0.0053	0.0894	0.0402	0.0894	0.0318	0.0658	0.0361	0.0658	0.0083
chr2L	6019861	6020098	chr2L:6019862-6020098	FBgn0001170	H2.0	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1075	0.0835	0.1555	0.0816	0.0138	0.1981	0.0381	0.0853	0.0138	0.2705	0.1814	0.2705	0.0999	0.1692	0.156	0.1692	0.038
chr2L	6022312	6022463	chr2L:6022313-6022463	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0243	0.0252	0.0293	0.0178	0.0106	0.032	0.0294	0.0313	0.0106	0.0356	0.0373	0.0356	0.0256	0.0153	0.0374	0.0153	0.0167
chr2L	6022662	6022844	chr2L:6022663-6022844	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0392	0.0356	0.053	0.0279	0.0159	0.0485	0.0424	0.0393	0.0159	0.0628	0.0704	0.0628	0.038	0.0161	0.0735	0.0161	0.0219
chr2L	6023094	6023279	chr2L:6023095-6023279	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0363	0.0335	0.0452	0.0295	0.0148	0.0364	0.0502	0.036	0.0148	0.0507	0.0569	0.0507	0.038	0.0199	0.0651	0.0199	0.0318
chr2L	6024025	6024176	chr2L:6024026-6024176	FBgn0031764	CG9107	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0354	0.0417	0.0412	0.0219	0.0191	0.05	0.0636	0.0366	0.0191	0.055	0.0431	0.055	0.0349	0.0276	0.0271	0.0276	0.0214
chr2L	6024426	6024627	chr2L:6024427-6024627	FBgn0031764	CG9107	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0953	0.0872	0.1218	0.0753	0.0498	0.1063	0.1103	0.0933	0.0498	0.1431	0.1299	0.1431	0.1363	0.0812	0.0838	0.0812	0.0938
chr2L	6024966	6025117	chr2L:6024967-6025117	FBgn0031764	CG9107	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0244	0.0216	0.0312	0.0202	0.0106	0.016	0.0381	0.022	0.0106	0.0362	0.035	0.0362	0.0287	0.0153	0.0226	0.0153	0.0276
chr2L	6034428	6034579	chr2L:6034429-6034579	FBgn0031765	CG9109	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0174	0.0207	0.015	0.0021	0.0204	0.026	0.0213	0.0021	0.0193	0.0212	0.0193	0.0209	0.0054	0.0097	0.0054	0.0089
chr2L	6036583	6036734	chr2L:6036584-6036734	FBgn0025742	mtm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0487	0.0356	0.0635	0.0472	0.017	0.0461	0.0424	0.0413	0.017	0.0688	0.0682	0.0688	0.0697	0.0452	0.0554	0.0452	0.0703
chr2L	6036841	6037034	chr2L:6036842-6037034	FBgn0025742	mtm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1062	0.0955	0.1296	0.0925	0.0647	0.1112	0.1133	0.1193	0.0647	0.1655	0.1383	0.1655	0.1263	0.0988	0.1051	0.0988	0.1193
chr2L	6037157	6037773	chr2L:6037158-6037773	FBgn0025742,FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117,mtm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1161	0.1081	0.1395	0.0994	0.0689	0.1204	0.1298	0.1459	0.0689	0.1757	0.1588	0.1757	0.1441	0.1141	0.1141	0.1141	0.1209
chr2L	6037791	6037977	chr2L:6037792-6037977	FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1136	0.1009	0.1345	0.1049	0.0732	0.1243	0.1068	0.1379	0.0732	0.1691	0.1585	0.1691	0.1464	0.1141	0.1161	0.1141	0.1438
chr2L	6038017	6038231	chr2L:6038018-6038231	FBgn0031766,FBgn0051643	CG31643,CG9117	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0878	0.0819	0.1015	0.0794	0.0467	0.0985	0.0848	0.1193	0.0467	0.122	0.1219	0.122	0.103	0.0911	0.0838	0.0911	0.1141
chr2L	6045654	6045805	chr2L:6045655-6045805	FBgn0000052,FBgn0262317	ade2,mir-966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0201	0.0373	0.0407	0.0106	0.0267	0.0251	0.022	0.0106	0.0356	0.0399	0.0356	0.0705	0.0207	0.0342	0.0207	0.0928
chr2L	6045933	6046138	chr2L:6045934-6046138	FBgn0000052,FBgn0262317	ade2,mir-966	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0587	0.0322	0.056	0.0912	0.0297	0.0354	0.0394	0.0386	0.0297	0.0513	0.0489	0.0513	0.1216	0.0352	0.0903	0.0352	0.1845
chr2L	6046304	6046455	chr2L:6046305-6046455	FBgn0000052	ade2	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.0284	0.0341	0.0383	0.0233	0.0325	0.0355	0.034	0.0233	0.0248	0.0344	0.0248	0.0666	0.0207	0.029	0.0207	0.0875
chr2L	6047579	6047761	chr2L:6047580-6047761	FBgn0031768	CG12393	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.0649	0.0836	0.0602	0.0562	0.0709	0.0792	0.0746	0.0562	0.0996	0.0875	0.0996	0.0953	0.0636	0.058	0.0636	0.0766
chr2L	6047868	6048038	chr2L:6047869-6048038	FBgn0031768	CG12393	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1728	0.1601	0.2032	0.1536	0.1262	0.1937	0.1795	0.2005	0.1262	0.2512	0.2148	0.2512	0.213	0.1585	0.1534	0.1585	0.2043
chr2L	6048197	6048510	chr2L:6048198-6048510	FBgn0029161,FBgn0031768,FBgn0085208	CG12393,CG34179,slmo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1332	0.1265	0.1595	0.1117	0.0838	0.1529	0.1527	0.1512	0.0838	0.1957	0.1756	0.1957	0.151	0.1064	0.1141	0.1064	0.1527
chr2L	6048647	6048901	chr2L:6048648-6048901	FBgn0029161,FBgn0085208	CG34179,slmo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.171	0.1608	0.1083	0.1421	0.1553	0.2223	0.2239	0.1421	0.1896	0.1878	0.1896	0.1363	0.1172	0.118	0.1172	0.1334
chr2L	6050744	6050922	chr2L:6050745-6050922	FBgn0031769	CG9135	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1618	0.1575	0.1881	0.1376	0.1103	0.1767	0.1739	0.2219	0.1103	0.2391	0.2048	0.2391	0.1673	0.1256	0.1721	0.1256	0.1475
chr2L	6051194	6051372	chr2L:6051195-6051372	FBgn0031769	CG9135	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.1568	0.1397	0.1972	0.1315	0.0827	0.1534	0.1561	0.2112	0.0827	0.2301	0.2074	0.2301	0.1991	0.0727	0.1728	0.0727	0.1636
chr2L	6051487	6051638	chr2L:6051488-6051638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.0608	0.0745	0.0572	0.0371	0.0655	0.0779	0.0779	0.0371	0.0809	0.0801	0.0809	0.0821	0.0299	0.0909	0.0299	0.0756
chr2L	6053991	6054375	chr2L:6053992-6054375	FBgn0031770	CG13995	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0657	0.072	0.0638	0.0607	0.0414	0.0757	0.0921	0.0986	0.0414	0.0598	0.0675	0.0598	0.0449	0.0184	0.0271	0.0184	0.0261
chr2L	6058819	6058970	chr2L:6058820-6058970	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0162	0.0138	0.0147	0.0206	0.0064	0.0155	0.0221	0.0127	0.0064	0.0145	0.017	0.0145	0.0201	0.0123	0.0142	0.0123	0.0479
chr2L	6062381	6062532	chr2L:6062382-6062532	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0466	0.038	0.0532	0.049	0.0233	0.0485	0.0454	0.04	0.0233	0.0592	0.0617	0.0592	0.0503	0.0643	0.0471	0.0643	0.0511
chr2L	6062642	6062822	chr2L:6062643-6062822	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1264	0.1038	0.1558	0.1193	0.0657	0.1296	0.1142	0.1332	0.0657	0.1872	0.1727	0.1872	0.1689	0.1447	0.1283	0.1447	0.1433
chr2L	6062878	6063085	chr2L:6062879-6063085	FBgn0031771,FBgn0031772	CG13994,CG9140	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1296	0.1162	0.159	0.1122	0.1018	0.1301	0.1328	0.1426	0.1018	0.1866	0.1778	0.1866	0.1813	0.1363	0.1109	0.1363	0.1438
chr2L	6065879	6066059	chr2L:6065880-6066059	FBgn0031773,FBgn0031774	CG9147,Fbw5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1346	0.112	0.1596	0.1323	0.0795	0.1466	0.1125	0.1459	0.0795	0.1836	0.1797	0.1836	0.1689	0.147	0.138	0.147	0.1631
chr2L	6066110	6066298	chr2L:6066111-6066298	FBgn0031773,FBgn0031774	CG9147,Fbw5	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0883	0.0709	0.1027	0.0919	0.0498	0.0951	0.0627	0.1026	0.0498	0.1214	0.117	0.1214	0.1046	0.1126	0.0909	0.1126	0.1126
chr2L	6068972	6069158	chr2L:6068973-6069158	FBgn0031775,FBgn0031776	CG13993,CG9150	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1057	0.0925	0.1286	0.0954	0.052	0.1019	0.112	0.1272	0.052	0.1498	0.1511	0.1498	0.1325	0.1041	0.0974	0.1041	0.1167
chr2L	6070316	6070467	chr2L:6070317-6070467	FBgn0031777	CG9154	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0444	0.0327	0.06	0.0404	0.0117	0.0398	0.0376	0.0473	0.0117	0.0761	0.0643	0.0761	0.0736	0.0436	0.0458	0.0436	0.0459
chr2L	6070618	6070863	chr2L:6070619-6070863	FBgn0028419,FBgn0031777	CG9154,Kr-h2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1041	0.0754	0.1199	0.1188	0.0456	0.1034	0.0709	0.1013	0.0456	0.1419	0.1379	0.1419	0.1387	0.1524	0.1289	0.1524	0.1522
chr2L	6070940	6071120	chr2L:6070941-6071120	FBgn0028419,FBgn0031777	CG9154,Kr-h2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1475	0.1104	0.1774	0.1562	0.0541	0.1505	0.1129	0.1486	0.0541	0.2083	0.2023	0.2083	0.1936	0.1937	0.1631	0.1937	0.1991
chr2L	6071231	6071435	chr2L:6071232-6071435	FBgn0028419	Kr-h2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0705	0.0505	0.0888	0.0728	0.017	0.068	0.0558	0.0666	0.017	0.1045	0.099	0.1045	0.1007	0.0819	0.0787	0.0819	0.0964
chr2L	6074086	6074267	chr2L:6074087-6074267	distal	distal	stage14	none	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0647	0.038	0.0668	0.0923	0.0117	0.0471	0.0446	0.054	0.0117	0.0749	0.0788	0.0749	0.079	0.1508	0.0858	0.1508	0.1063
chr2L	6074413	6074599	chr2L:6074414-6074599	FBgn0264345	CR43801	stage14	none	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0609	0.0167	0.0388	0.1345	0.0021	0.0204	0.0238	0.0167	0.0021	0.0308	0.0395	0.0308	0.0651	0.196	0.1019	0.196	0.1412
chr2L	6075493	6075834	chr2L:6075494-6075834	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1301	0.0446	0.1425	0.2119	0.0138	0.0869	0.0307	0.056	0.0138	0.1763	0.145	0.1763	0.1952	0.268	0.1786	0.268	0.2585
chr2L	6076179	6076402	chr2L:6076180-6076402	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT3067.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1411	0.0945	0.1492	0.1842	0.0488	0.1354	0.093	0.1239	0.0488	0.1715	0.1614	0.1715	0.1673	0.196	0.185	0.196	0.2183
chr2L	6076922	6077073	chr2L:6076923-6077073	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0288	0.0127	0.0171	0.0597	0.0042	0.017	0.0173	0.012	0.0042	0.0133	0.0116	0.0133	0.0178	0.0345	0.0264	0.0345	0.0354
chr2L	6078785	6079218	chr2L:6078786-6079218	FBgn0031778	CR9162	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2646	0.2026	0.3108	0.2831	0.0859	0.3097	0.1631	0.2971	0.0859	0.4535	0.2984	0.4535	0.4043	0.3951	0.3211	0.3951	0.4028
chr2L	6081260	6081411	chr2L:6081261-6081411	FBgn0028420	Kr-h1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.037	0.026	0.0256	0.0616	0.0085	0.033	0.0316	0.0306	0.0085	0.029	0.0186	0.029	0.0232	0.0888	0.0368	0.0888	0.0552
chr2L	6081426	6081578	chr2L:6081427-6081578	FBgn0028420	Kr-h1	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0341	0.0254	0.0235	0.0556	0.0138	0.0296	0.0333	0.0306	0.0138	0.0199	0.0151	0.0199	0.0232	0.062	0.0284	0.062	0.049
chr2L	6082414	6082631	chr2L:6082415-6082631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0508	0.0167	0.0279	0.1141	0.0042	0.0238	0.0264	0.012	0.0042	0.0187	0.0267	0.0187	0.0542	0.108	0.138	0.108	0.1647
chr2L	6083047	6083326	chr2L:6083048-6083326	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0574	0.0203	0.0364	0.1217	0.0085	0.0282	0.0298	0.0167	0.0085	0.0229	0.0296	0.0229	0.1084	0.1462	0.1412	0.1462	0.2084
chr2L	6087801	6088112	chr2L:6087802-6088112	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0545	0.0201	0.0317	0.1178	0.0085	0.0267	0.029	0.0167	0.0085	0.026	0.0367	0.026	0.0496	0.1279	0.1773	0.1279	0.1584
chr2L	6088403	6088639	chr2L:6088404-6088639	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.2163	0.1746	0.2183	0.2607	0.1082	0.232	0.1873	0.2112	0.1082	0.2452	0.2241	0.2452	0.2773	0.304	0.2573	0.304	0.3069
chr2L	6089121	6089351	chr2L:6089122-6089351	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0867	0.0737	0.0642	0.1259	0.0498	0.0825	0.0969	0.0766	0.0498	0.061	0.0566	0.061	0.0813	0.1164	0.1109	0.1164	0.1475
chr2L	6090448	6090705	chr2L:6090449-6090705	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0671	0.0161	0.0434	0.15	0.0042	0.0286	0.0164	0.0153	0.0042	0.0393	0.0405	0.0393	0.0991	0.2067	0.2037	0.2067	0.2069
chr2L	6091283	6091486	chr2L:6091284-6091486	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1679	0.111	0.1972	0.1994	0.0562	0.1675	0.0939	0.1559	0.0562	0.2313	0.1997	0.2313	0.2231	0.2113	0.1992	0.2113	0.2355
chr2L	6091568	6091745	chr2L:6091569-6091745	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0866	0.0654	0.103	0.0923	0.0371	0.0874	0.0636	0.0913	0.0371	0.1322	0.1096	0.1322	0.0953	0.098	0.0974	0.098	0.0964
chr2L	6092459	6092649	chr2L:6092460-6092649	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0479	0.0282	0.0444	0.0737	0.017	0.0413	0.0268	0.0353	0.017	0.0411	0.0331	0.0411	0.0511	0.0368	0.0426	0.0368	0.0573
chr2L	6098658	6098809	chr2L:6098659-6098809	FBgn0031779	CG9175	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.071	0.0389	0.0921	0.0838	0.0148	0.0573	0.0463	0.0393	0.0148	0.1008	0.1	0.1008	0.1162	0.0689	0.0683	0.0689	0.1438
chr2L	6098928	6099148	chr2L:6098929-6099148	FBgn0031779	CG9175	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1846	0.1396	0.2364	0.1781	0.0764	0.1942	0.1522	0.1632	0.0764	0.2651	0.2682	0.2651	0.2432	0.1692	0.1831	0.1692	0.2262
chr2L	6100215	6100437	chr2L:6100216-6100437	FBgn0051641	stai	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0431	0.027	0.0421	0.062	0.0106	0.0286	0.042	0.0266	0.0106	0.0459	0.0566	0.0459	0.0372	0.072	0.0845	0.072	0.0776
chr2L	6104526	6104677	chr2L:6104527-6104677	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0143	0.0098	0.0129	0.0207	0.0053	0.0112	0.0164	0.0073	0.0053	0.0079	0.0129	0.0079	0.0147	0.0092	0.0045	0.0092	0.0063
chr2L	6109140	6109291	chr2L:6109141-6109291	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0127	0.0115	0.0397	0.0074	0.0121	0.019	0.0133	0.0074	0.0103	0.0103	0.0103	0.007	0.0092	0.0161	0.0092	0.0172
chr2L	6109507	6109667	chr2L:6109508-6109667	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0252	0.013	0.0129	0.0522	0.0085	0.0121	0.0242	0.0087	0.0085	0.0085	0.0077	0.0085	0.0101	0.0054	0.0077	0.0054	0.0125
chr2L	6115827	6115978	chr2L:6115828-6115978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0094	0.0096	0.0072	0.0117	0.0053	0.0063	0.0195	0.008	0.0053	0.006	0.0087	0.006	0.007	0.0061	0.0052	0.0061	0.0052
chr2L	6117952	6118103	chr2L:6117953-6118103	FBgn0051642	CG31642	none	none	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	2to4_Clade3	0.0118	0.0231	0.0055	0.0061	0.0127	0.0117	0.048	0.0173	0.0127	0.0042	0.0058	0.0042	0.0054	0.0054	0.0026	0.0054	0.0047
chr2L	6121632	6121814	chr2L:6121633-6121814	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.021	0.0123	0.0157	0.0365	0.0042	0.0102	0.0208	0.014	0.0042	0.0097	0.0084	0.0097	0.007	0.0077	0.0097	0.0077	0.0042
chr2L	6123938	6124089	chr2L:6123939-6124089	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0191	0.0169	0.0176	0.0233	0.0095	0.0199	0.0242	0.0173	0.0095	0.0344	0.0151	0.0344	0.0124	0.0498	0.0116	0.0498	0.0188
chr2L	6124465	6124616	chr2L:6124466-6124616	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0254	0.0339	0.0315	0.0138	0.0301	0.0359	0.0266	0.0138	0.0489	0.036	0.0489	0.0279	0.0429	0.0284	0.0429	0.0271
chr2L	6124816	6124992	chr2L:6124817-6124992	FBgn0031781	Arc-p20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1238	0.11	0.1409	0.1203	0.071	0.1272	0.1406	0.1252	0.071	0.1733	0.1505	0.1733	0.1518	0.1424	0.1186	0.1424	0.1407
chr2L	6125045	6125241	chr2L:6125046-6125241	FBgn0031781	Arc-p20	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1394	0.1315	0.1608	0.1246	0.0912	0.1427	0.1652	0.1606	0.0912	0.1848	0.1781	0.1848	0.1743	0.1493	0.1244	0.1493	0.1501
chr2L	6126734	6126910	chr2L:6126735-6126910	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0305	0.035	0.0331	0.0226	0.0148	0.0345	0.0549	0.0353	0.0148	0.0326	0.0434	0.0326	0.024	0.0207	0.0226	0.0207	0.0292
chr2L	6126974	6127125	chr2L:6126975-6127125	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.0289	0.0307	0.0205	0.0127	0.0296	0.0411	0.0346	0.0127	0.0368	0.0354	0.0368	0.0302	0.0168	0.0187	0.0168	0.0266
chr2L	6127329	6127480	chr2L:6127330-6127480	FBgn0031782	WDR79	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.0405	0.0468	0.034	0.0276	0.0379	0.061	0.0486	0.0276	0.0519	0.0518	0.0519	0.0542	0.0276	0.0368	0.0276	0.0479
chr2L	6127564	6127743	chr2L:6127565-6127743	FBgn0031782	WDR79	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0901	0.0937	0.0967	0.0788	0.0689	0.1107	0.1025	0.1259	0.0689	0.1292	0.1061	0.1292	0.0953	0.0812	0.0793	0.0812	0.0995
chr2L	6130608	6130776	chr2L:6130609-6130776	FBgn0031784,FBgn0261683,FBgn0261697	CG42730,CG9222,tectonic	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0274	0.0429	0.0279	0.0095	0.0233	0.0383	0.0597	0.0553	0.0233	0.0368	0.0315	0.0368	0.0178	0.0061	0.0052	0.0061	0.0099
chr2L	6148216	6148367	chr2L:6148217-6148367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0085	0.0086	0.0069	0.0102	0.0064	0.0063	0.0143	0.0107	0.0064	0.0036	0.0058	0.0036	0.007	0.0054	0.0045	0.0054	0.0021
chr2L	6155629	6155826	chr2L:6155630-6155826	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0133	0.0074	0.0098	0.0237	0.0021	0.0049	0.0108	0.0113	0.0021	0.0085	0.0035	0.0085	0.0046	0	0.0026	0	0.0078
chr2L	6156006	6156157	chr2L:6156007-6156157	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0079	0.0089	0.0121	0.0064	0.0063	0.0138	0.0067	0.0064	0.0091	0.0061	0.0091	0.0093	0.0023	0.0032	0.0023	0.0016
chr2L	6156654	6156991	chr2L:6156655-6156991	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0286	0.0523	0.0154	0.0166	0.0371	0.0485	0.0753	0.0586	0.0371	0.0139	0.0141	0.0139	0.0124	0.0069	0.0071	0.0069	0.0115
chr2L	6177059	6177210	chr2L:6177060-6177210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0295	0.0378	0.0398	0.0089	0.0127	0.067	0.035	0.0393	0.0127	0.0393	0.0232	0.0393	0.1154	0.0061	0.0071	0.0061	0.0156
chr2L	6177228	6177379	chr2L:6177229-6177379	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0356	0.041	0.0509	0.0128	0.0148	0.0714	0.0355	0.0466	0.0148	0.0634	0.0286	0.0634	0.1317	0.0092	0.0071	0.0092	0.0229
chr2L	6177415	6177636	chr2L:6177416-6177636	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0479	0.0573	0.068	0.0153	0.0223	0.0937	0.0584	0.0593	0.0223	0.0996	0.0412	0.0996	0.1425	0.0145	0.0116	0.0145	0.0156
chr2L	6177673	6177824	chr2L:6177674-6177824	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0403	0.0499	0.0541	0.0145	0.018	0.082	0.0454	0.0573	0.018	0.0743	0.0424	0.0743	0.1077	0.0077	0.0116	0.0077	0.0182
chr2L	6178258	6178445	chr2L:6178259-6178445	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0597	0.051	0.0834	0.0436	0.0339	0.0723	0.0562	0.056	0.0339	0.0785	0.0768	0.0785	0.1572	0.0322	0.049	0.0322	0.0776
chr2L	6178614	6178815	chr2L:6178615-6178815	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1896	0.1893	0.2301	0.1457	0.1654	0.2184	0.1925	0.2678	0.1654	0.2512	0.2595	0.2512	0.2486	0.1409	0.1605	0.1409	0.1537
chr2L	6179013	6179226	chr2L:6179014-6179226	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2564	0.2475	0.3094	0.208	0.1866	0.3019	0.2578	0.3225	0.1866	0.3394	0.3505	0.3394	0.3044	0.1968	0.2321	0.1968	0.2282
chr2L	6179386	6179537	chr2L:6179387-6179537	FBgn0085409	CG34380	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0951	0.1134	0.1159	0.0519	0.07	0.116	0.1163	0.1945	0.07	0.1208	0.1434	0.1208	0.1208	0.0544	0.0593	0.0544	0.0547
chr2L	6180057	6180208	chr2L:6180058-6180208	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0479	0.052	0.0584	0.0318	0.0191	0.0733	0.045	0.0766	0.0191	0.0707	0.0698	0.0707	0.0666	0.0337	0.0477	0.0337	0.036
chr2L	6181867	6182018	chr2L:6181868-6182018	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0342	0.0221	0.0513	0.0291	0.0127	0.0383	0.0186	0.024	0.0127	0.0441	0.0682	0.0441	0.048	0.0597	0.0297	0.0597	0.0219
chr2L	6183564	6183715	chr2L:6183565-6183715	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0337	0.0287	0.0487	0.0228	0.0064	0.0466	0.026	0.0373	0.0064	0.0411	0.0534	0.0411	0.0372	0.0069	0.0284	0.0069	0.0203
chr2L	6184599	6185146	chr2L:6184600-6185146	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0599	0.0581	0.0816	0.038	0.0201	0.0932	0.0545	0.0733	0.0201	0.1129	0.0855	0.1129	0.0457	0.0337	0.0374	0.0337	0.0344
chr2L	6185211	6185362	chr2L:6185212-6185362	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0237	0.0227	0.0364	0.0109	0.0127	0.0306	0.0242	0.0266	0.0127	0.058	0.0315	0.058	0.0209	0.013	0.0084	0.013	0.0094
chr2L	6186410	6186760	chr2L:6186411-6186760	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0512	0.0659	0.0579	0.0276	0.0339	0.0917	0.0666	0.0893	0.0339	0.0731	0.0572	0.0731	0.0426	0.0191	0.0174	0.0191	0.0245
chr2L	6186876	6187027	chr2L:6186877-6187027	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.0156	0.0164	0.0169	0.0042	0.0214	0.019	0.0173	0.0042	0.0169	0.0148	0.0169	0.0209	0.0145	0.0084	0.0145	0.0156
chr2L	6187815	6188109	chr2L:6187816-6188109	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0276	0.0213	0.0316	0.0304	0.0053	0.0296	0.0255	0.0247	0.0053	0.0332	0.0283	0.0332	0.0325	0.0214	0.0213	0.0214	0.0526
chr2L	6189892	6190043	chr2L:6189893-6190043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0133	0.0118	0.0136	0.0148	0.0032	0.0126	0.0147	0.0193	0.0032	0.0205	0.0109	0.0205	0.0093	0.0077	0.009	0.0077	0.013
chr2L	6192102	6192308	chr2L:6192103-6192308	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0314	0.0269	0.0349	0.0327	0.0106	0.0374	0.0307	0.0306	0.0106	0.0483	0.0354	0.0483	0.024	0.0858	0.0264	0.0858	0.0261
chr2L	6192636	6192787	chr2L:6192637-6192787	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0206	0.0174	0.0226	0.022	0.0021	0.0252	0.0177	0.024	0.0021	0.0272	0.0257	0.0272	0.0186	0.0314	0.0303	0.0314	0.0198
chr2L	6192818	6192969	chr2L:6192819-6192969	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0246	0.0201	0.0306	0.0231	0.0042	0.0277	0.0251	0.024	0.0042	0.0308	0.0418	0.0308	0.0163	0.0222	0.0393	0.0222	0.0214
chr2L	6193072	6193302	chr2L:6193073-6193302	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0272	0.0167	0.0332	0.0324	0.0074	0.0267	0.0164	0.0133	0.0074	0.0302	0.0428	0.0302	0.0372	0.0237	0.0587	0.0237	0.0391
chr2L	6193464	6193615	chr2L:6193465-6193615	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0209	0.0194	0.0222	0.0212	0.0064	0.0316	0.0208	0.022	0.0064	0.0199	0.0235	0.0199	0.0294	0.0161	0.0368	0.0161	0.0234
chr2L	6194043	6194299	chr2L:6194044-6194299	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0574	0.0417	0.0698	0.0614	0.0233	0.0602	0.0458	0.0386	0.0233	0.0942	0.0765	0.0942	0.0682	0.1279	0.0716	0.1279	0.0563
chr2L	6194311	6194462	chr2L:6194312-6194462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0336	0.0222	0.0429	0.0362	0.0085	0.0316	0.026	0.0213	0.0085	0.055	0.0463	0.055	0.0488	0.0674	0.0438	0.0674	0.037
chr2L	6197674	6197904	chr2L:6197675-6197904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0309	0.0339	0.0391	0.0185	0.0085	0.065	0.026	0.034	0.0085	0.0471	0.0334	0.0471	0.0604	0.0138	0.0097	0.0138	0.0292
chr2L	6198632	6198783	chr2L:6198633-6198783	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.025	0.0166	0.0303	0.0287	0.0064	0.0282	0.0164	0.018	0.0064	0.0272	0.0347	0.0272	0.0325	0.0138	0.0554	0.0138	0.0344
chr2L	6198883	6199274	chr2L:6198884-6199274	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0519	0.0265	0.0594	0.072	0.0106	0.0408	0.0281	0.0247	0.0106	0.0471	0.0714	0.0471	0.0837	0.0207	0.1167	0.0207	0.1251
chr2L	6201004	6201332	chr2L:6201005-6201332	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0416	0.0254	0.0576	0.0422	0.0074	0.0476	0.026	0.0213	0.0074	0.1014	0.0662	0.1014	0.0287	0.0965	0.0509	0.0965	0.0177
chr2L	6202906	6203057	chr2L:6202907-6203057	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0258	0.0166	0.0312	0.0301	0.0042	0.0267	0.0147	0.022	0.0042	0.0242	0.0322	0.0242	0.0279	0.0184	0.0206	0.0184	0.0172
chr2L	6203870	6204092	chr2L:6203871-6204092	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0444	0.0359	0.0744	0.0212	0.0074	0.0578	0.0337	0.0513	0.0074	0.0495	0.0675	0.0495	0.0325	0.0115	0.0245	0.0115	0.0146
chr2L	6204202	6204450	chr2L:6204203-6204450	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.071	0.0499	0.1235	0.0372	0.0159	0.0845	0.0407	0.0653	0.0159	0.1171	0.1283	0.1171	0.0651	0.0345	0.04	0.0345	0.0313
chr2L	6204749	6205161	chr2L:6204750-6205161	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.105	0.0937	0.1509	0.0673	0.0191	0.1796	0.0489	0.1446	0.0191	0.2331	0.1476	0.2331	0.055	0.0995	0.0632	0.0995	0.0349
chr2L	6205269	6205444	chr2L:6205270-6205444	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0437	0.0379	0.0638	0.028	0.0106	0.0665	0.0255	0.058	0.0106	0.0821	0.0527	0.0821	0.0217	0.0245	0.0226	0.0245	0.0125
chr2L	6205488	6205639	chr2L:6205489-6205639	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0305	0.026	0.0473	0.0171	0.0042	0.0427	0.0199	0.0426	0.0042	0.0652	0.0399	0.0652	0.0201	0.0069	0.0148	0.0069	0.0073
chr2L	6207896	6208047	chr2L:6207897-6208047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0219	0.0125	0.0269	0.0269	0.0053	0.0175	0.0134	0.0147	0.0053	0.0296	0.0215	0.0296	0.0132	0.01	0.0116	0.01	0.0172
chr2L	6210846	6210997	chr2L:6210847-6210997	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0171	0.0162	0.0251	0.0092	0.0042	0.0291	0.0164	0.0133	0.0042	0.0592	0.0174	0.0592	0.0108	0.0145	0.0058	0.0145	0.0089
chr2L	6211263	6211493	chr2L:6211264-6211493	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.037	0.0323	0.0567	0.0205	0.0117	0.0558	0.0316	0.0326	0.0117	0.1153	0.0441	0.1153	0.0449	0.0268	0.0142	0.0268	0.0141
chr2L	6213510	6213788	chr2L:6213511-6213788	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0668	0.0925	0.0816	0.0219	0.0806	0.0888	0.0973	0.1506	0.0806	0.0459	0.0952	0.0459	0.0178	0.0123	0.0129	0.0123	0.0125
chr2L	6214343	6214599	chr2L:6214344-6214599	distal	distal	none	none	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0427	0.0573	0.047	0.0216	0.0403	0.0684	0.0714	0.0646	0.0403	0.0405	0.0402	0.0405	0.0201	0.0077	0.0071	0.0077	0.0094
chr2L	6215719	6215908	chr2L:6215720-6215908	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0397	0.0343	0.0609	0.0224	0.0127	0.0505	0.0298	0.052	0.0127	0.0399	0.0685	0.0399	0.024	0.0084	0.0123	0.0084	0.0125
chr2L	6216004	6216319	chr2L:6216005-6216319	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3137.1	VT3137.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0606	0.0507	0.0911	0.038	0.0201	0.082	0.042	0.07	0.0201	0.0501	0.0785	0.0501	0.0287	0.0069	0.0116	0.0069	0.0146
chr2L	6216927	6217078	chr2L:6216928-6217078	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0212	0.0173	0.0316	0.0142	0.0053	0.0209	0.0242	0.0167	0.0053	0.0405	0.0344	0.0405	0.0116	0.0168	0.0052	0.0168	0.0057
chr2L	6218832	6218983	chr2L:6218833-6218983	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0246	0.0267	0.032	0.0143	0.0106	0.0311	0.0329	0.036	0.0106	0.0145	0.0495	0.0145	0.0147	0.0069	0.0206	0.0069	0.0078
chr2L	6219302	6219515	chr2L:6219303-6219515	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.028	0.0199	0.041	0.0228	0.0095	0.0199	0.0346	0.0167	0.0095	0.029	0.0598	0.029	0.0256	0.0092	0.02	0.0092	0.0255
chr2L	6221723	6221992	chr2L:6221724-6221992	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0225	0.0273	0.0223	0.0174	0.0106	0.0325	0.0298	0.042	0.0106	0.0223	0.0212	0.0223	0.0093	0.01	0.0039	0.01	0.0089
chr2L	6228360	6228534	chr2L:6228361-6228534	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0197	0.0263	0.0143	0.0148	0.0204	0.0294	0.0173	0.0148	0.0157	0.0177	0.0157	0.0116	0.0061	0.0058	0.0061	0.0083
chr2L	6228633	6228811	chr2L:6228634-6228811	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0282	0.0255	0.039	0.0192	0.0138	0.0282	0.0415	0.0173	0.0138	0.0211	0.027	0.0211	0.0108	0.0084	0.0084	0.0084	0.0125
chr2L	6229103	6229254	chr2L:6229104-6229254	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0246	0.0308	0.0332	0.0084	0.017	0.0335	0.0428	0.034	0.017	0.0181	0.0559	0.0181	0.0085	0.0107	0.0071	0.0107	0.0068
chr2L	6229289	6229676	chr2L:6229290-6229676	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0528	0.0592	0.0864	0.0088	0.0647	0.0505	0.0796	0.0686	0.0647	0.0356	0.1627	0.0356	0.0217	0.01	0.0155	0.01	0.0036
chr2L	6233721	6233872	chr2L:6233722-6233872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0142	0.0151	0.0157	0.0042	0.0117	0.0242	0.0153	0.0042	0.0133	0.0148	0.0133	0.007	0.0046	0.009	0.0046	0.0109
chr2L	6234058	6234209	chr2L:6234059-6234209	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0139	0.0113	0.0161	0.0142	0.0021	0.0121	0.0186	0.012	0.0021	0.0121	0.0122	0.0121	0.0077	0.0023	0.0058	0.0023	0.0052
chr2L	6234427	6234578	chr2L:6234428-6234578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0139	0.0121	0.015	0.0148	0.0021	0.0194	0.0125	0.0127	0.0021	0.0085	0.0116	0.0085	0.0132	8e-04	0.0058	8e-04	0.0078
chr2L	6234918	6235069	chr2L:6234919-6235069	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0172	0.0247	0.0095	0.0085	0.0204	0.0212	0.0227	0.0085	0.0205	0.0164	0.0205	0.007	0.0038	0.0084	0.0038	0.0094
chr2L	6235297	6235448	chr2L:6235298-6235448	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0147	0.0177	0.0188	0.0068	0.0053	0.0189	0.0212	0.0273	0.0053	0.0217	0.0106	0.0217	0.0077	0.0069	0.0039	0.0069	0.0047
chr2L	6236055	6236210	chr2L:6236056-6236210	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0267	0.0163	0.0339	0.0304	0.0032	0.0267	0.0195	0.0167	0.0032	0.0453	0.0293	0.0453	0.0442	0.0475	0.0187	0.0475	0.0459
chr2L	6236372	6236523	chr2L:6236373-6236523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.028	0.0118	0.0345	0.039	0.0021	0.0214	0.013	0.0073	0.0021	0.0501	0.0219	0.0501	0.0387	0.0796	0.0206	0.0796	0.0552
chr2L	6236552	6236913	chr2L:6236553-6236913	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0493	0.0231	0.0576	0.0696	0.0085	0.0388	0.0238	0.022	0.0085	0.0761	0.0453	0.0761	0.0875	0.1103	0.0406	0.1103	0.1131
chr2L	6238346	6238528	chr2L:6238347-6238528	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0248	0.0223	0.0344	0.0171	0.0095	0.0301	0.0247	0.0273	0.0095	0.035	0.0273	0.035	0.0085	0.0023	0.0026	0.0023	0.0047
chr2L	6240618	6240836	chr2L:6240619-6240836	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0487	0.0408	0.0841	0.0188	0.0085	0.0733	0.0307	0.0513	0.0085	0.1818	0.0871	0.1818	0.0225	0.023	0.0187	0.023	0.0203
chr2L	6240962	6241158	chr2L:6240963-6241158	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_5565	Unspecified_5565	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.057	0.0568	0.0989	0.0113	0.0053	0.1228	0.0303	0.072	0.0053	0.2699	0.0788	0.2699	0.0163	0.0123	0.0084	0.0123	0.0089
chr2L	6241261	6241412	chr2L:6241262-6241412	distal	distal	stage11	stage11	Unspecified_5565	Unspecified_5565	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0366	0.0474	0.0523	0.0075	0.0085	0.0835	0.0221	0.0859	0.0085	0.1359	0.0386	0.1359	0.0101	0.0168	0.0026	0.0168	0.0031
chr2L	6242002	6242474	chr2L:6242003-6242474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0523	0.0836	0.0468	0.0234	0.0138	0.1607	0.0497	0.1173	0.0138	0.0501	0.0357	0.0501	0.0163	0.0061	0.0103	0.0061	0.0104
chr2L	6242485	6242636	chr2L:6242486-6242636	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0178	0.0228	0.0202	0.0097	0.0032	0.0393	0.0212	0.0253	0.0032	0.0151	0.0154	0.0151	0.007	0.0046	0.0052	0.0046	0.0042
chr2L	6247640	6247807	chr2L:6247641-6247807	distal	distal	none	none	VT3155.1	VT3155.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0246	0.0184	0.026	0.0301	0.0106	0.0252	0.0229	0.0173	0.0106	0.0242	0.0148	0.0242	0.0147	0.0123	0.0097	0.0123	0.0109
chr2L	6250199	6250559	chr2L:6250200-6250559	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0589	0.0578	0.0918	0.024	0.0201	0.0607	0.0489	0.1246	0.0201	0.0284	0.1585	0.0284	0.1084	0.0092	0.0542	0.0092	0.0188
chr2L	6251070	6251221	chr2L:6251071-6251221	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0212	0.0194	0.0288	0.0148	0.0042	0.0296	0.0221	0.0233	0.0042	0.0193	0.0277	0.0193	0.0627	0.0092	0.0116	0.0092	0.0261
chr2L	6251284	6251435	chr2L:6251285-6251435	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0174	0.0162	0.023	0.0127	0.0053	0.0228	0.0195	0.0187	0.0053	0.0169	0.018	0.0169	0.0565	0.0054	0.009	0.0054	0.0229
chr2L	6252414	6252602	chr2L:6252415-6252602	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0937	0.0566	0.127	0.0986	0.0329	0.0811	0.051	0.0779	0.0329	0.1763	0.146	0.1763	0.134	0.1072	0.1135	0.1072	0.0959
chr2L	6252802	6253059	chr2L:6252803-6253059	FBgn0053531	Ddr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1228	0.0779	0.1692	0.1221	0.035	0.1199	0.0631	0.1133	0.035	0.2343	0.19	0.2343	0.1797	0.1286	0.1115	0.1286	0.1089
chr2L	6259724	6259938	chr2L:6259725-6259938	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0424	0.0618	0.0435	0.0195	0.0127	0.0471	0.0476	0.1626	0.0127	0.0223	0.0814	0.0223	0.0225	0.0199	0.0451	0.0199	0.0094
chr2L	6274057	6274249	chr2L:6274058-6274249	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0226	0.0147	0.0277	0.0258	0.0127	0.0146	0.0225	0.0153	0.0127	0.0151	0.0518	0.0151	0.0101	0.0107	0.0812	0.0107	0.0104
chr2L	6277678	6277829	chr2L:6277679-6277829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0147	0.0115	0.0142	0.0188	0.0032	0.0117	0.0177	0.0127	0.0032	0.0169	0.0132	0.0169	0.0279	0.0138	0.0213	0.0138	0.0302
chr2L	6278011	6278282	chr2L:6278012-6278282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0245	0.012	0.0217	0.0416	0.0032	0.0131	0.019	0.0107	0.0032	0.0193	0.0209	0.0193	0.0434	0.023	0.0484	0.023	0.0803
chr2L	6278817	6278968	chr2L:6278818-6278968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0162	0.0133	0.017	0.0184	0.0085	0.0126	0.0234	0.012	0.0085	0.0229	0.018	0.0229	0.0194	0.0115	0.0303	0.0115	0.0245
chr2L	6283435	6283586	chr2L:6283436-6283586	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.013	0.0106	0.0155	0.013	0.0032	0.0126	0.0147	0.0133	0.0032	0.0127	0.0164	0.0127	0.0294	0.0214	0.0135	0.0214	0.0146
chr2L	6290584	6290735	chr2L:6290585-6290735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0113	0.0069	0.0141	0.0131	0	0.0087	0.0121	0.0053	0	0.0157	0.0093	0.0157	0.0364	0.0283	0.0077	0.0283	0.0188
chr2L	6291253	6291404	chr2L:6291254-6291404	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0144	0.0081	0.0188	0.0167	0.0021	0.0131	0.0087	0.0067	0.0021	0.0229	0.0103	0.0229	0.0542	0.0176	0.0064	0.0176	0.0417
chr2L	6291732	6291939	chr2L:6291733-6291939	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	Unspecified_5570	Unspecified_5570	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0531	0.0202	0.0689	0.0724	0.0085	0.0413	0.0182	0.0133	0.0085	0.0773	0.035	0.0773	0.2153	0.0812	0.0277	0.0812	0.1735
chr2L	6303478	6303629	chr2L:6303479-6303629	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0081	0.0076	0.0067	0.01	0.0011	0.0058	0.016	0.0073	0.0011	0.0072	0.0071	0.0072	0.007	0.0015	0.0026	0.0015	0.0068
chr2L	6310218	6310369	chr2L:6310219-6310369	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.007	0.0055	0.0057	0.01	0.0011	0.0049	0.0104	0.0053	0.0011	0.0066	0.0055	0.0066	0.0039	0.0038	0.0032	0.0038	0.0031
chr2L	6316765	6317008	chr2L:6316766-6317008	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0324	0.031	0.0315	0.0351	0.0085	0.035	0.0424	0.0406	0.0085	0.0242	0.0154	0.0242	0.007	0.0038	0.0052	0.0038	0.0135
chr2L	6319222	6319397	chr2L:6319223-6319397	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0279	0.0217	0.026	0.037	0.0159	0.0184	0.0346	0.0247	0.0159	0.026	0.0164	0.026	0.0101	0.0046	0.0097	0.0046	0.0099
chr2L	6323643	6323818	chr2L:6323644-6323818	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2136	0.209	0.2379	0.192	0.1379	0.2427	0.2362	0.2771	0.1379	0.2941	0.2611	0.2941	0.2316	0.2075	0.2031	0.2075	0.2204
chr2L	6323925	6324096	chr2L:6323926-6324096	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1904	0.1621	0.2269	0.1819	0.1135	0.1917	0.1959	0.1905	0.1135	0.2941	0.236	0.2941	0.2301	0.1937	0.1915	0.1937	0.2152
chr2L	6324157	6324338	chr2L:6324158-6324338	FBgn0021873	Gef26	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1393	0.1098	0.173	0.1354	0.0817	0.1248	0.1337	0.1352	0.0817	0.2228	0.1833	0.2228	0.196	0.1531	0.1476	0.1531	0.1574
chr2L	6324382	6324582	chr2L:6324383-6324582	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.0936	0.153	0.1367	0.0594	0.1141	0.1055	0.1239	0.0594	0.195	0.1669	0.195	0.182	0.1792	0.1451	0.1792	0.1714
chr2L	6330166	6330371	chr2L:6330167-6330371	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0314	0.0319	0.0306	0.0318	0.0138	0.0277	0.0476	0.04	0.0138	0.0411	0.035	0.0411	0.0279	0.0827	0.0239	0.0827	0.024
chr2L	6331945	6332096	chr2L:6331946-6332096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0209	0.0248	0.0206	0.0169	0.0148	0.0257	0.0324	0.0313	0.0148	0.0205	0.0257	0.0205	0.0271	0.0245	0.0142	0.0245	0.0255
chr2L	6337677	6337881	chr2L:6337678-6337881	distal	distal	stage11,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0672	0.0568	0.0901	0.0536	0.0212	0.0738	0.0593	0.0853	0.0212	0.1063	0.1019	0.1063	0.0976	0.049	0.0722	0.049	0.0651
chr2L	6337896	6338267	chr2L:6337897-6338267	FBgn0031799	Pez	stage11,stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1323	0.0891	0.1834	0.1245	0.0318	0.117	0.0921	0.1252	0.0318	0.2367	0.2219	0.2367	0.1836	0.1531	0.1509	0.1531	0.1694
chr2L	6338358	6338532	chr2L:6338359-6338532	FBgn0015623,FBgn0031799	Cpr,Pez	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1758	0.1482	0.2197	0.1585	0.0901	0.1772	0.1579	0.2099	0.0901	0.2778	0.2601	0.2778	0.2246	0.1861	0.1715	0.1861	0.222
chr2L	6338689	6338886	chr2L:6338690-6338886	FBgn0015623,FBgn0031799	Cpr,Pez	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2549	0.2417	0.2986	0.2217	0.1898	0.2816	0.2638	0.3158	0.1898	0.3925	0.3347	0.3925	0.2889	0.2511	0.2502	0.2511	0.2908
chr2L	6339257	6339435	chr2L:6339258-6339435	FBgn0015623	Cpr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2086	0.1984	0.2586	0.1652	0.14	0.2209	0.221	0.2825	0.14	0.3285	0.3186	0.3285	0.2223	0.2182	0.2366	0.2182	0.1871
chr2L	6339585	6339736	chr2L:6339586-6339736	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0673	0.0617	0.0815	0.0579	0.0403	0.0597	0.0835	0.0773	0.0403	0.1063	0.0984	0.1063	0.0868	0.0613	0.0883	0.0613	0.0714
chr2L	6343544	6343747	chr2L:6343545-6343747	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0752	0.0743	0.0869	0.0634	0.0509	0.0893	0.0826	0.0939	0.0509	0.1129	0.0804	0.1129	0.1216	0.072	0.0529	0.072	0.099
chr2L	6343873	6344024	chr2L:6343874-6344024	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0304	0.0293	0.0353	0.0263	0.017	0.0316	0.0368	0.0366	0.017	0.0477	0.0299	0.0477	0.0527	0.0383	0.0174	0.0383	0.0375
chr2L	6351526	6351711	chr2L:6351527-6351711	FBgn0031801	CG9498	stage14	none	VT3211.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0187	0.0148	0.0168	0.0251	0.0064	0.017	0.0216	0.014	0.0064	0.0097	0.0232	0.0097	0.0248	0.0084	0.0413	0.0084	0.0459
chr2L	6356364	6356591	chr2L:6356365-6356591	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0559	0.0594	0.0684	0.0383	0.0361	0.0665	0.0757	0.0733	0.0361	0.0906	0.0791	0.0906	0.0503	0.0322	0.0393	0.0322	0.0464
chr2L	6356796	6357191	chr2L:6356797-6357191	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1841	0.1842	0.2015	0.1647	0.1707	0.1976	0.2115	0.2239	0.1707	0.2506	0.2254	0.2506	0.1797	0.1593	0.1721	0.1593	0.2001
chr2L	6357399	6357550	chr2L:6357400-6357550	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0274	0.032	0.0185	0.0117	0.0262	0.0424	0.028	0.0117	0.0326	0.0376	0.0326	0.0395	0.0176	0.0193	0.0176	0.0208
chr2L	6357571	6357722	chr2L:6357572-6357722	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.023	0.0243	0.0269	0.0171	0.0085	0.0252	0.0329	0.0333	0.0085	0.0284	0.0344	0.0284	0.0256	0.0176	0.0168	0.0176	0.0193
chr2L	6361798	6361949	chr2L:6361799-6361949	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0162	0.0254	0.0138	0.0084	0.0138	0.017	0.0489	0.022	0.0138	0.0109	0.0145	0.0109	0.0248	0.0054	0.0058	0.0054	0.0162
chr2L	6367020	6367238	chr2L:6367021-6367238	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0502	0.0663	0.0463	0.0365	0.0456	0.0529	0.1029	0.0746	0.0456	0.0405	0.0556	0.0405	0.0589	0.0306	0.0406	0.0306	0.0641
chr2L	6373216	6373408	chr2L:6373217-6373408	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0544	0.1452	0.0088	0.0029	0.1951	0.0238	0.3521	0.0446	0.1951	0.0103	0.009	0.0103	0.007	0.0023	0.0064	0.0023	0.0021
chr2L	6373461	6373850	chr2L:6373462-6373850	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0808	0.2162	0.0124	0.0045	0.3097	0.035	0.5143	0.058	0.3097	0.0139	0.0135	0.0139	0.0124	0.0061	0.0077	0.0061	0.0016
chr2L	6373950	6374101	chr2L:6373951-6374101	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.047	0.1257	0.0072	0.0028	0.1697	0.0146	0.3084	0.0326	0.1697	0.0072	0.009	0.0072	0.007	8e-04	0.0026	8e-04	0.0031
chr2L	6374125	6374463	chr2L:6374126-6374463	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0704	0.1899	0.0086	0.0047	0.2874	0.0252	0.4554	0.0413	0.2874	0.006	0.01	0.006	0.0093	0.0031	0.0052	0.0031	0.0047
chr2L	6374539	6374694	chr2L:6374540-6374694	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	FALSE	FALSE	none	0.0474	0.129	0.0049	0.0028	0.1824	0.015	0.317	0.0247	0.1824	0.0036	0.0051	0.0036	0.0085	0.0054	0	0.0054	0.0047
chr2L	6374865	6375078	chr2L:6374866-6375078	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0586	0.1558	0.0088	0.0046	0.2556	0.0189	0.3685	0.038	0.2556	0.0127	0.0103	0.0127	0.007	0.0061	0.0026	0.0061	0.0089
chr2L	6375546	6375819	chr2L:6375547-6375819	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0641	0.1696	0.0095	0.0061	0.263	0.0262	0.401	0.0393	0.263	0.0133	0.0116	0.0133	0.007	0.01	0.0077	0.01	0.0073
chr2L	6375839	6376109	chr2L:6375840-6376109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0604	0.1626	0.0071	0.0047	0.246	0.0184	0.3997	0.0313	0.246	0.0109	0.0087	0.0109	0.0039	0.0084	0.0019	0.0084	0.0047
chr2L	6376282	6376476	chr2L:6376283-6376476	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0521	0.1383	0.008	0.004	0.2004	0.0199	0.333	0.028	0.2004	0.0109	0.0055	0.0109	0.0101	0.0077	0.0026	0.0077	0.0047
chr2L	6376500	6376786	chr2L:6376501-6376786	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0652	0.1721	0.0104	0.0058	0.2503	0.0267	0.407	0.0453	0.2503	0.0127	0.0106	0.0127	0.0077	0.0084	0.0052	0.0084	0.0068
chr2L	6377307	6377502	chr2L:6377308-6377502	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0462	0.1196	0.0104	0.0033	0.1792	0.0204	0.2829	0.032	0.1792	0.0151	0.0109	0.0151	0.0101	0.0038	0.0013	0.0038	0.0036
chr2L	6389607	6389758	chr2L:6389608-6389758	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0128	0.0236	0.0081	0.0058	0.0117	0.0136	0.0484	0.0193	0.0117	0.0091	0.0084	0.0091	0.0101	0.0061	0.0058	0.0061	0.0052
chr2L	6389845	6389996	chr2L:6389846-6389996	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0104	0.0194	0.007	0.004	0.0074	0.0136	0.0394	0.0147	0.0074	0.0072	0.0077	0.0072	0.0062	0.0023	0.0039	0.0023	0.0031
chr2L	6390285	6390436	chr2L:6390286-6390436	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2	0.0155	0.0325	0.007	0.0058	0.0191	0.0442	0.0441	0.026	0.0191	0.0109	0.0071	0.0109	0.007	0.0092	0.0032	0.0092	0.0068
chr2L	6390439	6390634	chr2L:6390440-6390634	distal	distal	stage5	stage5	VT3226.1	VT3226.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0282	0.0608	0.0135	0.0079	0.0276	0.0801	0.0766	0.0686	0.0276	0.0193	0.0151	0.0193	0.0116	0.0084	0.0026	0.0084	0.0068
chr2L	6391135	6391286	chr2L:6391136-6391286	distal	distal	none	none	VT3226.1	VT3226.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0103	0.0193	0.0067	0.0042	0.0011	0.0155	0.0368	0.0173	0.0011	0.0042	0.0093	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0042
chr2L	6394500	6394651	chr2L:6394501-6394651	distal	distal	none	none	VT3228.1	VT3228.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0129	0.0123	0.0096	0.017	0.0053	0.0121	0.0229	0.0087	0.0053	0.0066	0.0119	0.0066	0.017	0.0107	0.02	0.0107	0.0323
chr2L	6397128	6397279	chr2L:6397129-6397279	FBgn0259715	CG42369	none	none	VT3229.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0139	0.01	0.0108	0.0217	0.0021	0.0121	0.0138	0.0107	0.0021	0.0115	0.0087	0.0115	0.0186	0.0046	0.0097	0.0046	0.0641
chr2L	6398705	6398856	chr2L:6398706-6398856	distal	distal	none	none	VT3229.1,VT3230.1	VT3230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0095	0.0081	0.0071	0.0138	0.0011	0.0073	0.0173	0.0047	0.0011	0.0091	0.0061	0.0091	0.0101	0.0084	0.0032	0.0084	0.0344
chr2L	6399012	6399163	chr2L:6399013-6399163	distal	distal	none	none	VT3229.1,VT3230.1	VT3230.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0115	0.012	0.0088	0.0139	0.0011	0.0117	0.0255	0.006	0.0011	0.0079	0.009	0.0079	0.0124	0.0077	0.0032	0.0077	0.038
chr2L	6411238	6411482	chr2L:6411239-6411482	FBgn0259714	CG42368	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1143	0.1294	0.1081	0.1042	0.1156	0.1369	0.1561	0.1532	0.1156	0.2059	0.0981	0.2059	0.0775	0.1884	0.0696	0.1884	0.0902
chr2L	6411688	6411839	chr2L:6411689-6411839	FBgn0031811,FBgn0259714	CG13982,CG42368	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.033	0.034	0.0297	0.0355	0.0191	0.0476	0.0411	0.03	0.0191	0.0519	0.0283	0.0519	0.024	0.0544	0.0213	0.0544	0.036
chr2L	6412076	6412276	chr2L:6412077-6412276	FBgn0031811	CG13982	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0276	0.0137	0.0133	0.0586	0.0095	0.0126	0.0208	0.0147	0.0095	0.0133	0.0106	0.0133	0.0139	0.0322	0.0135	0.0322	0.037
chr2L	6417362	6417513	chr2L:6417363-6417513	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0137	0.0218	0.0089	0.0099	0.0032	0.0359	0.0238	0.0233	0.0032	0.0097	0.0096	0.0097	0.0132	0.0115	0.0032	0.0115	0.0234
chr2L	6422660	6423046	chr2L:6422661-6423046	FBgn0011722	Tig	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.0193	0.032	0.0873	0.0106	0.0243	0.0316	0.01	0.0106	0.0459	0.0225	0.0459	0.0627	0.1547	0.0226	0.1547	0.1839
chr2L	6423204	6423453	chr2L:6423205-6423453	FBgn0011722	Tig	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0491	0.0232	0.034	0.0946	0.0085	0.0301	0.032	0.0247	0.0085	0.0435	0.0244	0.0435	0.0705	0.1953	0.0297	0.1953	0.1761
chr2L	6423519	6423925	chr2L:6423520-6423925	FBgn0011722,FBgn0263278	Tig,l(2)k11101	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0585	0.0472	0.053	0.077	0.0244	0.0597	0.061	0.0553	0.0244	0.07	0.0563	0.07	0.0682	0.1409	0.0496	0.1409	0.1167
chr2L	6424250	6424425	chr2L:6424251-6424425	FBgn0263278	l(2)k11101	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1199	0.1042	0.1447	0.1104	0.0626	0.1388	0.1055	0.1412	0.0626	0.1836	0.1576	0.1836	0.158	0.1271	0.1135	0.1271	0.1464
chr2L	6424717	6424868	chr2L:6424718-6424868	FBgn0263278	l(2)k11101	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0331	0.0277	0.0414	0.0302	0.0106	0.0267	0.0398	0.0326	0.0106	0.0519	0.0469	0.0519	0.0434	0.0291	0.0297	0.0291	0.0422
chr2L	6447465	6447629	chr2L:6447466-6447629	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0278	0.0223	0.0296	0.032	0.0074	0.0257	0.0346	0.0207	0.0074	0.0254	0.0347	0.0254	0.0449	0.0276	0.0432	0.0276	0.0547
chr2L	6447821	6448387	chr2L:6447822-6448387	FBgn0031813	CG9527	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1108	0.0763	0.1253	0.1335	0.0403	0.1078	0.0934	0.0706	0.0403	0.1268	0.1476	0.1268	0.1634	0.1302	0.1515	0.1302	0.2069
chr2L	6448461	6448634	chr2L:6448462-6448634	FBgn0031813	CG9527	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0687	0.057	0.0806	0.0688	0.0424	0.067	0.0662	0.07	0.0424	0.096	0.0949	0.096	0.0821	0.0781	0.0677	0.0781	0.0938
chr2L	6455142	6455324	chr2L:6455143-6455324	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.1381	0.1139	0.1646	0.1362	0.052	0.1529	0.1237	0.1439	0.052	0.1938	0.1685	0.1938	0.1603	0.1577	0.1199	0.1577	0.1621
chr2L	6455400	6455581	chr2L:6455401-6455581	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1471	0.1302	0.174	0.1363	0.0732	0.1636	0.1419	0.1699	0.0732	0.2029	0.1849	0.2029	0.1751	0.1662	0.1309	0.1662	0.1454
chr2L	6455866	6456058	chr2L:6455867-6456058	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2309	0.2024	0.2791	0.2099	0.141	0.25	0.2171	0.2558	0.141	0.346	0.2952	0.346	0.2928	0.2274	0.2244	0.2274	0.2548
chr2L	6456192	6456411	chr2L:6456193-6456411	FBgn0031814,FBgn0031815	frj,retm	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1403	0.1301	0.172	0.1168	0.0965	0.1476	0.1587	0.1539	0.0965	0.212	0.1891	0.212	0.1642	0.1233	0.1206	0.1233	0.1548
chr2L	6461294	6461445	chr2L:6461295-6461445	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0303	0.0227	0.0357	0.033	0.0064	0.0243	0.0337	0.0273	0.0064	0.0314	0.0418	0.0314	0.0573	0.0237	0.0458	0.0237	0.0604
chr2L	6462327	6462549	chr2L:6462328-6462549	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0456	0.0416	0.0636	0.0304	0.0106	0.0723	0.0376	0.0506	0.0106	0.035	0.0704	0.035	0.1402	0.0283	0.0522	0.0283	0.0386
chr2L	6462551	6462735	chr2L:6462552-6462735	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0483	0.0486	0.0614	0.0334	0.0148	0.0723	0.0476	0.0646	0.0148	0.035	0.064	0.035	0.1363	0.0329	0.0548	0.0329	0.0459
chr2L	6463292	6463467	chr2L:6463293-6463467	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0316	0.0218	0.0367	0.037	0.0117	0.0262	0.0329	0.0193	0.0117	0.0374	0.0412	0.0374	0.0527	0.0421	0.04	0.0421	0.0667
chr2L	6464203	6464354	chr2L:6464204-6464354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0221	0.0198	0.0294	0.0167	0.0042	0.0248	0.0285	0.0187	0.0042	0.0181	0.0322	0.0181	0.0705	0.0077	0.0213	0.0077	0.0307
chr2L	6465125	6465276	chr2L:6465126-6465276	FBgn0031816	CG16947	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0234	0.0194	0.0204	0.0312	0.0106	0.0165	0.029	0.0233	0.0106	0.0109	0.0267	0.0109	0.0333	0.0168	0.0522	0.0168	0.0485
chr2L	6465588	6465798	chr2L:6465589-6465798	FBgn0031816	CG16947	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0554	0.0212	0.0438	0.1065	0.0085	0.0248	0.0294	0.0213	0.0085	0.029	0.0463	0.029	0.0829	0.059	0.1173	0.059	0.1902
chr2L	6467635	6467828	chr2L:6467636-6467828	FBgn0031817	CG9531	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1007	0.093	0.1113	0.0978	0.052	0.1102	0.1151	0.1139	0.052	0.1298	0.1273	0.1298	0.134	0.1126	0.0909	0.1126	0.135
chr2L	6473358	6473603	chr2L:6473359-6473603	FBgn0259749	mmy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.1576	0.1159	0.1919	0.1667	0.0498	0.1544	0.128	0.1519	0.0498	0.2114	0.1952	0.2114	0.2711	0.1815	0.127	0.1815	0.2678
chr2L	6473658	6473983	chr2L:6473659-6473983	FBgn0259749	mmy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.227	0.1959	0.2747	0.2093	0.1188	0.2485	0.2215	0.2445	0.1188	0.3424	0.2923	0.3424	0.2943	0.2305	0.1921	0.2305	0.2876
chr2L	6474482	6474633	chr2L:6474483-6474633	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0639	0.0631	0.078	0.0493	0.0467	0.0709	0.0813	0.0746	0.0467	0.1021	0.0871	0.1021	0.0751	0.0482	0.049	0.0482	0.0709
chr2L	6476918	6477084	chr2L:6476919-6477084	FBgn0031818	CG9536	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.132	0.1287	0.149	0.1171	0.0827	0.1427	0.1613	0.1526	0.0827	0.1618	0.1778	0.1618	0.1534	0.1064	0.1431	0.1064	0.1548
chr2L	6479394	6479585	chr2L:6479395-6479585	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1598	0.141	0.1871	0.1511	0.0859	0.1689	0.1522	0.1999	0.0859	0.2126	0.2087	0.2126	0.2223	0.1378	0.1805	0.1378	0.1949
chr2L	6479741	6479943	chr2L:6479742-6479943	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1801	0.1618	0.2146	0.1627	0.0976	0.2141	0.154	0.2332	0.0976	0.2506	0.2392	0.2506	0.2239	0.1501	0.1631	0.1501	0.1892
chr2L	6480370	6480578	chr2L:6480371-6480578	FBgn0031820,FBgn0086357	DLP,Sec61alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2572	0.2292	0.3075	0.2333	0.1654	0.2816	0.25	0.2878	0.1654	0.369	0.3347	0.369	0.3036	0.2243	0.256	0.2243	0.2793
chr2L	6480784	6480975	chr2L:6480785-6480975	FBgn0031820,FBgn0086357	DLP,Sec61alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2339	0.1868	0.2841	0.2314	0.1145	0.2583	0.1843	0.2405	0.1145	0.3744	0.2974	0.3744	0.275	0.242	0.2437	0.242	0.272
chr2L	6481102	6481274	chr2L:6481103-6481274	FBgn0031820	DLP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1358	0.0986	0.1766	0.1327	0.0286	0.1495	0.099	0.1326	0.0286	0.2283	0.1868	0.2283	0.1689	0.1355	0.147	0.1355	0.1516
chr2L	6481350	6481570	chr2L:6481351-6481570	FBgn0031820	DLP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2043	0.1376	0.2529	0.2256	0.0848	0.1985	0.1367	0.1712	0.0848	0.3062	0.2672	0.3062	0.2773	0.2358	0.2521	0.2358	0.2637
chr2L	6481590	6481741	chr2L:6481591-6481741	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1214	0.0677	0.1449	0.1555	0.0361	0.0883	0.0826	0.0786	0.0361	0.1721	0.1524	0.1721	0.1844	0.1914	0.1663	0.1914	0.1886
chr2L	6488698	6488888	chr2L:6488699-6488888	FBgn0027496,FBgn0031821	CG9542,epsilonCOP	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1103	0.0856	0.1311	0.1152	0.0615	0.1078	0.0895	0.1146	0.0615	0.1377	0.1492	0.1377	0.1472	0.1011	0.1335	0.1011	0.1334
chr2L	6488987	6489193	chr2L:6488988-6489193	FBgn0027496,FBgn0031821	CG9542,epsilonCOP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1527	0.136	0.183	0.1383	0.0785	0.1748	0.1453	0.1819	0.0785	0.2222	0.2068	0.2222	0.1751	0.1256	0.1438	0.1256	0.1808
chr2L	6489252	6489403	chr2L:6489253-6489403	FBgn0027496	epsilonCOP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0781	0.0715	0.0996	0.0618	0.0403	0.0888	0.0809	0.0906	0.0403	0.1341	0.11	0.1341	0.0852	0.0582	0.0671	0.0582	0.0818
chr2L	6489528	6489679	chr2L:6489529-6489679	FBgn0027496	epsilonCOP	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0364	0.0384	0.0451	0.0248	0.0265	0.0481	0.0454	0.0426	0.0265	0.0525	0.0547	0.0525	0.0449	0.0268	0.0193	0.0268	0.0313
chr2L	6489973	6490124	chr2L:6489974-6490124	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0396	0.0396	0.0513	0.0267	0.0223	0.0481	0.0523	0.0453	0.0223	0.0556	0.0611	0.0556	0.0488	0.0276	0.0297	0.0276	0.0318
chr2L	6490222	6490694	chr2L:6490223-6490694	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1206	0.111	0.1542	0.0946	0.0668	0.1413	0.1298	0.1359	0.0668	0.1769	0.1826	0.1769	0.1441	0.0896	0.1019	0.0896	0.124
chr2L	6490745	6490926	chr2L:6490746-6490926	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1066	0.0943	0.1209	0.1046	0.0583	0.1058	0.112	0.1239	0.0583	0.151	0.1399	0.151	0.1092	0.1049	0.1096	0.1049	0.1287
chr2L	6490981	6491331	chr2L:6490982-6491331	FBgn0031822,FBgn0051638	CG31638,CG9548	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1234	0.1155	0.1378	0.1164	0.0901	0.1252	0.1397	0.1372	0.0901	0.1757	0.1466	0.1757	0.1363	0.1325	0.1173	0.1325	0.1459
chr2L	6494474	6494665	chr2L:6494475-6494665	FBgn0031824	CG9547	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0352	0.0236	0.0269	0.0574	0.0106	0.0257	0.035	0.0253	0.0106	0.0205	0.0219	0.0205	0.0713	0.0222	0.0542	0.0222	0.1428
chr2L	6498194	6498367	chr2L:6498195-6498367	FBgn0051637	CG31637	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0531	0.0495	0.0678	0.0411	0.0223	0.0534	0.0636	0.0673	0.0223	0.0948	0.0707	0.0948	0.0674	0.049	0.04	0.049	0.0474
chr2L	6498518	6498735	chr2L:6498519-6498735	FBgn0051637	CG31637	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1948	0.1766	0.2326	0.1738	0.1485	0.201	0.1929	0.2372	0.1485	0.3092	0.2566	0.3092	0.2378	0.196	0.1941	0.196	0.2256
chr2L	6500136	6500356	chr2L:6500137-6500356	distal	distal	none	none	VT3274.1	VT3274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0313	0.0273	0.0359	0.0306	0.0159	0.0311	0.0372	0.0306	0.0159	0.0302	0.0341	0.0302	0.0689	0.0115	0.0161	0.0115	0.0808
chr2L	6500933	6501084	chr2L:6500934-6501084	distal	distal	none	none	VT3274.1	VT3274.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0184	0.0249	0.0136	0.0064	0.0209	0.0264	0.0193	0.0064	0.0254	0.0244	0.0254	0.0503	0.0138	0.0148	0.0138	0.0229
chr2L	6503060	6503330	chr2L:6503061-6503330	distal	distal	stage5	stage5	VT3275.1	VT3275.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0432	0.0421	0.0419	0.0458	0.0148	0.0471	0.0476	0.0673	0.0148	0.0278	0.055	0.0278	0.0596	0.0145	0.0806	0.0145	0.0792
chr2L	6504216	6504367	chr2L:6504217-6504367	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0122	0.0115	0.013	0.0021	0.0097	0.0182	0.016	0.0021	0.0127	0.0138	0.0127	0.0108	0.0145	0.0284	0.0145	0.0125
chr2L	6504588	6504739	chr2L:6504589-6504739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0122	0.0096	0.0117	0.0157	0.0053	0.0044	0.0164	0.014	0.0053	0.0079	0.0161	0.0079	0.0124	0.0115	0.0432	0.0115	0.0115
chr2L	6508033	6508224	chr2L:6508034-6508224	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0217	0.0279	0.0195	0.017	0.0243	0.0272	0.0266	0.017	0.0187	0.0434	0.0187	0.024	0.0084	0.0464	0.0084	0.0193
chr2L	6508647	6508798	chr2L:6508648-6508798	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0153	0.0258	0.0115	0.0077	0.0212	0.0218	0.0285	0.044	0.0212	0.0115	0.0135	0.0115	0.0163	0.0054	0.0077	0.0054	0.0156
chr2L	6510751	6511124	chr2L:6510752-6511124	distal	distal	none	none	VT3280.1	VT3280.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0279	0.0241	0.0293	0.0308	0.0138	0.0291	0.0311	0.0266	0.0138	0.0223	0.0302	0.0223	0.0596	0.0337	0.0413	0.0337	0.0459
chr2L	6511127	6511290	chr2L:6511128-6511290	distal	distal	none	none	VT3280.1	VT3280.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0145	0.0207	0.018	0.0064	0.0165	0.0199	0.018	0.0064	0.0157	0.0273	0.0157	0.0287	0.0253	0.0303	0.0253	0.0177
chr2L	6513691	6513855	chr2L:6513692-6513855	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0209	0.0186	0.0268	0.0171	0.0106	0.0175	0.0285	0.0173	0.0106	0.0284	0.0273	0.0284	0.0457	0.0207	0.0135	0.0207	0.0302
chr2L	6522315	6522466	chr2L:6522316-6522466	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0157	0.0158	0.0173	0.0138	0.0148	0.0136	0.0216	0.0187	0.0148	0.0236	0.0167	0.0236	0.024	0.0092	0.0123	0.0092	0.0281
chr2L	6526032	6526295	chr2L:6526033-6526295	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0334	0.033	0.0379	0.0288	0.0212	0.033	0.0502	0.0333	0.0212	0.0393	0.0357	0.0393	0.0635	0.013	0.02	0.013	0.0683
chr2L	6526679	6526830	chr2L:6526680-6526830	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0263	0.0293	0.0247	0.0246	0.0212	0.0306	0.0368	0.036	0.0212	0.0314	0.0273	0.0314	0.0287	0.0237	0.0239	0.0237	0.0391
chr2L	6527068	6527255	chr2L:6527069-6527255	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0833	0.0834	0.0912	0.0745	0.0541	0.1024	0.0908	0.1039	0.0541	0.1135	0.0949	0.1135	0.0968	0.0842	0.0838	0.0842	0.0865
chr2L	6527379	6527831	chr2L:6527380-6527831	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0734	0.0763	0.0878	0.0543	0.0456	0.099	0.0852	0.0826	0.0456	0.1111	0.1029	0.1111	0.0775	0.0544	0.0716	0.0544	0.0646
chr2L	6527961	6528222	chr2L:6527962-6528222	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0405	0.0356	0.0574	0.0273	0.0138	0.0515	0.0376	0.0413	0.0138	0.0646	0.0836	0.0646	0.0318	0.023	0.0503	0.023	0.0281
chr2L	6528252	6528403	chr2L:6528253-6528403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0255	0.039	0.0152	0.0095	0.0417	0.0264	0.0266	0.0095	0.0405	0.0579	0.0405	0.0232	0.0107	0.0322	0.0107	0.0135
chr2L	6531095	6531310	chr2L:6531096-6531310	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	eya_meso_eya_(1)	eya_meso_eya_(1)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0793	0.0596	0.1445	0.0297	0.0159	0.1544	0.0277	0.0406	0.0159	0.3599	0.1441	0.3599	0.0372	0.062	0.0374	0.062	0.024
chr2L	6532057	6532260	chr2L:6532058-6532260	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0375	0.0327	0.0467	0.0329	0.0117	0.0587	0.0329	0.0286	0.0117	0.1057	0.0453	0.1057	0.024	0.0528	0.0355	0.0528	0.0156
chr2L	6532280	6532684	chr2L:6532281-6532684	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0634	0.0841	0.0792	0.023	0.0403	0.1403	0.0744	0.0966	0.0403	0.154	0.0929	0.154	0.0279	0.0291	0.0309	0.0291	0.0167
chr2L	6534246	6534491	chr2L:6534247-6534491	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0472	0.0206	0.0872	0.0331	0.0074	0.0408	0.0156	0.022	0.0074	0.0743	0.1447	0.0743	0.0674	0.0084	0.1096	0.0084	0.0167
chr2L	6536080	6536358	chr2L:6536081-6536358	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade3	0.231	0.1826	0.3202	0.1872	0.1156	0.2748	0.1436	0.2578	0.1156	0.4372	0.3595	0.4372	0.2494	0.2052	0.2502	0.2052	0.1714
chr2L	6539783	6539934	chr2L:6539784-6539934	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0213	0.0203	0.0207	0.023	0.0117	0.0272	0.0255	0.022	0.0117	0.0211	0.0238	0.0211	0.0124	0.0123	0.0129	0.0123	0.0172
chr2L	6540440	6540591	chr2L:6540441-6540591	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0196	0.0126	0.0239	0.0227	0.0064	0.0141	0.0164	0.016	0.0064	0.0399	0.0232	0.0399	0.0085	0.0123	0.0129	0.0123	0.012
chr2L	6541033	6541239	chr2L:6541034-6541239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0194	0.033	0.0322	0.0053	0.0257	0.0242	0.0247	0.0053	0.0423	0.0267	0.0423	0.0139	0.013	0.0071	0.013	0.0156
chr2L	6541468	6541619	chr2L:6541469-6541619	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0185	0.0171	0.0211	0.0173	0.0053	0.0199	0.0238	0.0227	0.0053	0.0187	0.0232	0.0187	0.0124	0.0061	0.0135	0.0061	0.0073
chr2L	6543961	6544188	chr2L:6543962-6544188	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0245	0.0384	0.0274	0.0057	0.0138	0.0272	0.0502	0.0726	0.0138	0.0362	0.0386	0.0362	0.0062	0.0069	0.0032	0.0069	0.0031
chr2L	6544722	6544873	chr2L:6544723-6544873	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0225	0.0369	0.0211	0.0079	0.0223	0.034	0.0415	0.066	0.0223	0.0278	0.0277	0.0278	0.007	0.0046	0.0077	0.0046	0.0078
chr2L	6545199	6545409	chr2L:6545200-6545409	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0372	0.054	0.044	0.0109	0.0244	0.0505	0.0631	0.0913	0.0244	0.0761	0.046	0.0761	0.0062	0.0069	0.0084	0.0069	0.0057
chr2L	6545584	6545735	chr2L:6545585-6545735	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0215	0.0272	0.028	0.0079	0.0148	0.0262	0.0372	0.0386	0.0148	0.0229	0.0408	0.0229	0.0108	0.0061	0.0123	0.0061	0.0042
chr2L	6546963	6547203	chr2L:6546964-6547203	FBgn0000320	eya	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1097	0.081	0.1581	0.0886	0.0297	0.1277	0.0627	0.1266	0.0297	0.1902	0.1913	0.1902	0.1084	0.0796	0.1109	0.0796	0.0792
chr2L	6547345	6547496	chr2L:6547346-6547496	FBgn0000320	eya	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0298	0.028	0.0416	0.0188	0.0159	0.0354	0.0316	0.036	0.0159	0.0537	0.0453	0.0537	0.0225	0.0176	0.0193	0.0176	0.0125
chr2L	6548127	6548306	chr2L:6548128-6548306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0289	0.0133	0.0378	0.0366	0.0032	0.0218	0.0156	0.0107	0.0032	0.0556	0.0338	0.0556	0.0201	0.0168	0.0129	0.0168	0.012
chr2L	6549667	6549818	chr2L:6549668-6549818	distal	distal	stage11	stage11	eya_ecto_eya_(2)	eya_ecto_eya_(2)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0253	0.0176	0.0353	0.023	0.0053	0.0204	0.0225	0.0253	0.0053	0.0248	0.0524	0.0248	0.0287	0.0145	0.0284	0.0145	0.0125
chr2L	6549908	6550300	chr2L:6549909-6550300	distal	distal	stage11	stage11	eya_ecto_eya_(2)	eya_ecto_eya_(2)	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0676	0.0491	0.1118	0.0397	0.018	0.0743	0.0433	0.0726	0.018	0.0827	0.1762	0.0827	0.103	0.0237	0.0767	0.0237	0.0266
chr2L	6550569	6550787	chr2L:6550570-6550787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0337	0.0206	0.0562	0.0237	0.0011	0.032	0.026	0.0207	0.0011	0.0543	0.0881	0.0543	0.0457	0.0161	0.0522	0.0161	0.0224
chr2L	6553341	6553519	chr2L:6553342-6553519	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0424	0.0156	0.0609	0.0521	0.0011	0.0194	0.0195	0.0233	0.0011	0.0537	0.1019	0.0537	0.038	0.0413	0.1251	0.0413	0.0552
chr2L	6553705	6553865	chr2L:6553706-6553865	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0399	0.016	0.0581	0.0468	0.0042	0.0214	0.0225	0.016	0.0042	0.0435	0.1029	0.0435	0.0256	0.0268	0.1128	0.0268	0.049
chr2L	6557472	6557640	chr2L:6557473-6557640	FBgn0031829,FBgn0031830	CoVb,osm-6	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1745	0.155	0.2131	0.1539	0.1113	0.1879	0.1838	0.1885	0.1113	0.2621	0.236	0.2621	0.213	0.1753	0.1528	0.1753	0.1876
chr2L	6557724	6557907	chr2L:6557725-6557907	FBgn0031829,FBgn0031830	CoVb,osm-6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1643	0.1499	0.1935	0.1484	0.1166	0.1748	0.1799	0.1832	0.1166	0.253	0.209	0.253	0.1913	0.1662	0.1573	0.1662	0.1808
chr2L	6558052	6558267	chr2L:6558053-6558267	FBgn0031830	CoVb	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0685	0.0535	0.0843	0.0681	0.0276	0.0612	0.0705	0.0673	0.0276	0.1057	0.0865	0.1057	0.0976	0.0842	0.0625	0.0842	0.0969
chr2L	6561371	6561522	chr2L:6561372-6561522	FBgn0031832	CG9596	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0592	0.0484	0.0775	0.0511	0.0244	0.0529	0.061	0.0706	0.0244	0.1081	0.0833	0.1081	0.0728	0.0513	0.0496	0.0513	0.074
chr2L	6561559	6561784	chr2L:6561560-6561784	FBgn0031832	CG9596	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1203	0.113	0.1418	0.1047	0.07	0.1286	0.1319	0.1506	0.07	0.1902	0.1556	0.1902	0.1371	0.124	0.1135	0.124	0.1355
chr2L	6562044	6562195	chr2L:6562045-6562195	FBgn0031832,FBgn0263916	CG9596,Ent2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1073	0.0971	0.1272	0.0968	0.0721	0.1126	0.1224	0.1106	0.0721	0.1594	0.1328	0.1594	0.1518	0.0942	0.1057	0.0942	0.1423
chr2L	6562213	6562414	chr2L:6562214-6562414	FBgn0263916	Ent2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1771	0.1696	0.2095	0.1498	0.1315	0.2015	0.2046	0.1945	0.1315	0.2669	0.2199	0.2669	0.2355	0.1478	0.1747	0.1478	0.2084
chr2L	6562496	6562647	chr2L:6562497-6562647	FBgn0263916	Ent2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.072	0.0581	0.089	0.0688	0.0286	0.0733	0.0675	0.0746	0.0286	0.0833	0.1016	0.0833	0.1177	0.0436	0.1206	0.0436	0.0902
chr2L	6565062	6565239	chr2L:6565063-6565239	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0405	0.0388	0.0463	0.0362	0.0286	0.0471	0.048	0.0433	0.0286	0.0519	0.0379	0.0519	0.0984	0.0291	0.0213	0.0291	0.0829
chr2L	6566117	6566300	chr2L:6566118-6566300	FBgn0031834	CG13766	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1273	0.1199	0.151	0.1095	0.0997	0.1383	0.1393	0.1472	0.0997	0.1793	0.1698	0.1793	0.1448	0.1103	0.1051	0.1103	0.1402
chr2L	6566583	6566806	chr2L:6566584-6566806	FBgn0031834	CG13766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0387	0.0298	0.052	0.034	0.0191	0.0345	0.0381	0.0346	0.0191	0.0779	0.0572	0.0779	0.0395	0.0444	0.0284	0.0444	0.0349
chr2L	6567056	6567207	chr2L:6567057-6567207	FBgn0031834	CG13766	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0347	0.0318	0.0499	0.0214	0.0117	0.034	0.048	0.0366	0.0117	0.0827	0.0453	0.0827	0.0442	0.0283	0.0142	0.0283	0.024
chr2L	6567357	6567508	chr2L:6567358-6567508	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0259	0.0299	0.0336	0.0131	0.0127	0.034	0.0428	0.03	0.0127	0.0483	0.0338	0.0483	0.0263	0.0184	0.0064	0.0184	0.0146
chr2L	6569909	6570060	chr2L:6569910-6570060	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0185	0.0294	0.0173	0.0075	0.0085	0.0248	0.0476	0.0393	0.0085	0.0211	0.0196	0.0211	0.0108	0.0077	0.0077	0.0077	0.0057
chr2L	6601076	6601227	chr2L:6601077-6601227	FBgn0031835	CG11319	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.011	0.0106	0.0066	0.0162	0.0032	0.0068	0.0177	0.0147	0.0032	0.0091	0.0064	0.0091	0.0054	0.0061	0.0064	0.0061	0.0057
chr2L	6610889	6611101	chr2L:6610890-6611101	FBgn0031836	CG11050	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2282	0.2192	0.2631	0.2	0.1739	0.2466	0.2612	0.2698	0.1739	0.2947	0.2823	0.2947	0.2889	0.2067	0.2083	0.2067	0.2308
chr2L	6611236	6611682	chr2L:6611237-6611682	FBgn0031836	CG11050	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade5,6to8_Clade1	0.2107	0.2564	0.2086	0.1621	0.2312	0.2568	0.3248	0.3118	0.2312	0.2409	0.2138	0.2409	0.2146	0.1998	0.1702	0.1998	0.1756
chr2L	6611824	6612042	chr2L:6611825-6612042	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0808	0.1033	0.0819	0.0546	0.0806	0.1039	0.1362	0.1226	0.0806	0.1057	0.0865	0.1057	0.0635	0.0681	0.0471	0.0681	0.0714
chr2L	6612389	6612607	chr2L:6612390-6612607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1758	0.1529	0.2023	0.1724	0.1166	0.1937	0.1825	0.1666	0.1166	0.3152	0.2109	0.3152	0.2053	0.2351	0.1915	0.2351	0.2397
chr2L	6612766	6612959	chr2L:6612767-6612959	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1317	0.0829	0.1439	0.1728	0.0477	0.117	0.099	0.0813	0.0477	0.221	0.146	0.221	0.1727	0.2228	0.1908	0.2228	0.2189
chr2L	6613215	6613366	chr2L:6613216-6613366	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0328	0.0391	0.0409	0.0223	0.034	0.0433	0.0386	0.0223	0.0417	0.0482	0.0417	0.0333	0.0345	0.0542	0.0345	0.0328
chr2L	6617334	6617523	chr2L:6617335-6617523	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.027	0.0499	0.0175	0.012	0.0456	0.034	0.0774	0.0626	0.0456	0.0181	0.0193	0.0181	0.0163	0.0115	0.0116	0.0115	0.0167
chr2L	6617563	6617794	chr2L:6617564-6617794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0302	0.0503	0.023	0.0157	0.0414	0.0354	0.0683	0.0773	0.0414	0.0302	0.0225	0.0302	0.0209	0.0153	0.0161	0.0153	0.0224
chr2L	6622706	6622916	chr2L:6622707-6622916	FBgn0085374	CG34345	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1203	0.1113	0.1463	0.1017	0.0732	0.1223	0.141	0.1359	0.0732	0.1582	0.1621	0.1582	0.172	0.1118	0.1122	0.1118	0.1188
chr2L	6623076	6623297	chr2L:6623077-6623297	FBgn0085374	CG34345	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0411	0.042	0.05	0.0304	0.0233	0.0447	0.0614	0.0466	0.0233	0.0531	0.0553	0.0531	0.0658	0.0322	0.0271	0.0322	0.0417
chr2L	6628015	6628166	chr2L:6628016-6628166	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0119	0.0131	0.0115	0.011	0.0011	0.0146	0.0182	0.0193	0.0011	0.0121	0.0141	0.0121	0.007	0.0038	0.0045	0.0038	0.0073
chr2L	6629399	6629553	chr2L:6629400-6629553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0127	0.0123	0.0118	0.0141	0.0042	0.0121	0.019	0.0153	0.0042	0.0085	0.009	0.0085	0.0085	0.0054	0.0032	0.0054	0.0057
chr2L	6630325	6630476	chr2L:6630326-6630476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0156	0.0155	0.0132	0.0032	0.0165	0.0229	0.0207	0.0032	0.0145	0.0183	0.0145	0.0124	0.0069	0.0097	0.0069	0.0109
chr2L	6632311	6632548	chr2L:6632312-6632548	FBgn0051634	Oatp26F	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0491	0.0729	0.042	0.0304	0.0477	0.0772	0.0861	0.1013	0.0477	0.0441	0.0434	0.0441	0.0302	0.013	0.02	0.013	0.0182
chr2L	6633381	6633542	chr2L:6633382-6633542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0341	0.0217	0.0152	0.018	0.0296	0.0489	0.0486	0.018	0.0181	0.0277	0.0181	0.0225	0.0207	0.0123	0.0207	0.0177
chr2L	6641062	6641213	chr2L:6641063-6641213	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0159	0.0213	0.017	0.0086	0.0042	0.0383	0.0251	0.016	0.0042	0.0272	0.019	0.0272	0.017	0.0069	0.0052	0.0069	0.0182
chr2L	6644543	6644736	chr2L:6644544-6644736	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0503	0.0309	0.0626	0.0585	0.0117	0.0549	0.029	0.0326	0.0117	0.0525	0.0582	0.0525	0.158	0.0306	0.0606	0.0306	0.123
chr2L	6646349	6646569	chr2L:6646350-6646569	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0619	0.0953	0.0523	0.0351	0.0721	0.0908	0.1319	0.1113	0.0721	0.0827	0.0572	0.0827	0.0465	0.0567	0.0277	0.0567	0.0532
chr2L	6647042	6647241	chr2L:6647043-6647241	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1008	0.1037	0.1122	0.0851	0.0509	0.1286	0.1116	0.1479	0.0509	0.1298	0.1228	0.1298	0.1387	0.108	0.0883	0.108	0.1209
chr2L	6647310	6647607	chr2L:6647311-6647607	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1906	0.2177	0.1937	0.1571	0.175	0.2379	0.2379	0.3018	0.175	0.2222	0.2061	0.2222	0.2332	0.1914	0.1502	0.1914	0.1996
chr2L	6648069	6648271	chr2L:6648070-6648271	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1774	0.1699	0.214	0.1457	0.1039	0.2146	0.1799	0.2298	0.1039	0.2911	0.2405	0.2911	0.1875	0.1807	0.1406	0.1807	0.1454
chr2L	6648430	6648607	chr2L:6648431-6648607	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1625	0.1427	0.1995	0.1441	0.0912	0.167	0.1596	0.1959	0.0912	0.2572	0.226	0.2572	0.1751	0.1746	0.1354	0.1746	0.1511
chr2L	6648661	6648913	chr2L:6648662-6648913	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.108	0.097	0.1277	0.0987	0.07	0.1121	0.1103	0.1246	0.07	0.1455	0.1479	0.1455	0.1402	0.0988	0.1006	0.0988	0.1266
chr2L	6649052	6649240	chr2L:6649053-6649240	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1752	0.1503	0.2115	0.1631	0.0827	0.2039	0.1531	0.1972	0.0827	0.2488	0.2383	0.2488	0.2161	0.1485	0.1812	0.1485	0.2126
chr2L	6649273	6649470	chr2L:6649274-6649470	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1672	0.1427	0.2041	0.154	0.0753	0.1859	0.1609	0.1765	0.0753	0.2283	0.2418	0.2283	0.1975	0.1593	0.1689	0.1593	0.1902
chr2L	6649608	6649759	chr2L:6649609-6649759	FBgn0031842,FBgn0051635	CG31635,Tango1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0564	0.048	0.0643	0.057	0.0255	0.0607	0.0588	0.0526	0.0255	0.0688	0.0797	0.0688	0.062	0.0597	0.0548	0.0597	0.0771
chr2L	6655943	6656094	chr2L:6655944-6656094	FBgn0051633	CG31633	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0204	0.0156	0.0234	0.0226	0.0053	0.016	0.0234	0.02	0.0053	0.0217	0.0251	0.0217	0.0372	0.013	0.0342	0.013	0.0354
chr2L	6656238	6656437	chr2L:6656239-6656437	FBgn0051633	CG31633	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0305	0.0171	0.022	0.0549	0.0074	0.0214	0.026	0.0153	0.0074	0.0193	0.0254	0.0193	0.0349	0.0391	0.0606	0.0391	0.0969
chr2L	6657946	6658333	chr2L:6657947-6658333	FBgn0028467,FBgn0051636	CG11070,CG31636	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.054	0.0499	0.0605	0.0514	0.0191	0.0553	0.0683	0.0586	0.0191	0.0562	0.0614	0.0562	0.0922	0.0467	0.0516	0.0467	0.0792
chr2L	6658423	6658586	chr2L:6658424-6658586	FBgn0028467	CG11070	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0931	0.0768	0.116	0.0862	0.0286	0.0976	0.0908	0.1013	0.0286	0.1389	0.1318	0.1389	0.1239	0.0965	0.0896	0.0965	0.1131
chr2L	6658664	6658841	chr2L:6658665-6658841	FBgn0028467	CG11070	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0558	0.044	0.0764	0.0462	0.0138	0.0583	0.0532	0.054	0.0138	0.0906	0.0878	0.0906	0.0759	0.0521	0.0509	0.0521	0.0532
chr2L	6663834	6664022	chr2L:6663835-6664022	FBgn0000392,FBgn0031844,FBgn0085339	CG13771,CG34310,cup	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0577	0.052	0.0704	0.0503	0.0371	0.0573	0.0657	0.0613	0.0371	0.0767	0.0775	0.0767	0.0976	0.0888	0.0542	0.0888	0.0625
chr2L	6667918	6668116	chr2L:6667919-6668116	FBgn0263200	Galt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1381	0.1211	0.1539	0.1398	0.0817	0.1714	0.1034	0.1659	0.0817	0.1697	0.1421	0.1697	0.2765	0.1616	0.1257	0.1616	0.2319
chr2L	6668315	6668656	chr2L:6668316-6668656	FBgn0263200	Galt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0625	0.0532	0.0721	0.0622	0.0286	0.0631	0.0593	0.0773	0.0286	0.0767	0.0765	0.0767	0.1108	0.0697	0.058	0.0697	0.1047
chr2L	6673314	6673525	chr2L:6673315-6673525	FBgn0028990	Spn27A	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0833	0.0334	0.0994	0.1216	0.0117	0.0646	0.0268	0.032	0.0117	0.1208	0.1074	0.1208	0.1495	0.0498	0.1954	0.0498	0.2069
chr2L	6673837	6674044	chr2L:6673838-6674044	FBgn0028990	Spn27A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1024	0.0819	0.1211	0.1049	0.0594	0.1015	0.0878	0.1073	0.0594	0.1498	0.1238	0.1498	0.151	0.1072	0.1225	0.1072	0.1334
chr2L	6674152	6674581	chr2L:6674153-6674581	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0802	0.0788	0.0902	0.0709	0.0488	0.0966	0.0934	0.1006	0.0488	0.1129	0.0913	0.1129	0.1185	0.0666	0.0799	0.0666	0.0818
chr2L	6677530	6677730	chr2L:6677531-6677730	FBgn0031848	CG11329	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.082	0.079	0.0986	0.067	0.0477	0.0898	0.09	0.1086	0.0477	0.1238	0.1087	0.1238	0.0991	0.0896	0.0651	0.0896	0.099
chr2L	6683073	6683224	chr2L:6683074-6683224	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0284	0.0242	0.0326	0.0285	0.0117	0.0325	0.0303	0.026	0.0117	0.0266	0.0405	0.0266	0.038	0.0237	0.0284	0.0237	0.0485
chr2L	6683418	6683613	chr2L:6683419-6683613	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0434	0.0391	0.0487	0.0422	0.0159	0.0451	0.0484	0.0546	0.0159	0.0495	0.0563	0.0495	0.0527	0.0291	0.0361	0.0291	0.0641
chr2L	6683947	6684098	chr2L:6683948-6684098	FBgn0028703	Nhe3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0371	0.0274	0.0473	0.0368	0.0074	0.0369	0.0324	0.0313	0.0074	0.0634	0.0482	0.0634	0.055	0.0352	0.04	0.0352	0.0401
chr2L	6684290	6684466	chr2L:6684291-6684466	FBgn0028703	Nhe3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1465	0.1174	0.1811	0.1411	0.0827	0.1505	0.1181	0.1552	0.0827	0.2252	0.1971	0.2252	0.1836	0.1608	0.1393	0.1608	0.1673
chr2L	6684698	6684874	chr2L:6684699-6684874	FBgn0028703	Nhe3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1635	0.1649	0.1883	0.1347	0.1092	0.1816	0.1881	0.2312	0.1092	0.2126	0.2199	0.2126	0.182	0.1217	0.1367	0.1217	0.1615
chr2L	6684930	6685206	chr2L:6684931-6685206	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.068	0.0758	0.0479	0.0424	0.0718	0.0904	0.0813	0.0424	0.0845	0.0904	0.0845	0.0713	0.0498	0.049	0.0498	0.0537
chr2L	6691077	6691423	chr2L:6691078-6691423	distal	distal	stage11	stage11	VT3374.1	VT3374.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0589	0.0355	0.1081	0.0311	0.0106	0.0379	0.0385	0.0633	0.0106	0.0507	0.217	0.0507	0.0341	0.0237	0.0864	0.0237	0.0162
chr2L	6693689	6693840	chr2L:6693690-6693840	distal	distal	none	none	VT3375.1,VT3376.1	VT3375.1,VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0231	0.0135	0.0242	0.0327	0.0064	0.0146	0.0221	0.0113	0.0064	0.0145	0.0421	0.0145	0.0155	0.01	0.1012	0.01	0.0146
chr2L	6694217	6694509	chr2L:6694218-6694509	distal	distal	stage14	stage14	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0383	0.0174	0.0433	0.0563	0.0074	0.0223	0.0229	0.018	0.0074	0.0205	0.0801	0.0205	0.0294	0.0306	0.1754	0.0306	0.0266
chr2L	6695178	6695329	chr2L:6695179-6695329	distal	distal	stage11	stage11	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0331	0.0221	0.0584	0.0177	0.0095	0.0194	0.035	0.0253	0.0095	0.0145	0.1264	0.0145	0.0116	0.0069	0.0664	0.0069	0.0031
chr2L	6695483	6695842	chr2L:6695484-6695842	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3376.1	VT3376.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.028	0.0989	0.0462	0.0095	0.034	0.0376	0.0346	0.0095	0.0278	0.209	0.0278	0.0349	0.0161	0.1605	0.0161	0.0167
chr2L	6696382	6696582	chr2L:6696383-6696582	distal	distal	stage11	stage11	VT3378.1	VT3378.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0179	0.047	0.0234	0.0021	0.0194	0.0281	0.0227	0.0021	0.0236	0.0814	0.0236	0.0426	0.0115	0.078	0.0115	0.0104
chr2L	6700895	6701092	chr2L:6700896-6701092	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT3380.1	VT3380.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0382	0.0495	0.0491	0.0135	0.0265	0.0811	0.0489	0.05	0.0265	0.0248	0.054	0.0248	0.1193	0.0176	0.0187	0.0176	0.013
chr2L	6701691	6701921	chr2L:6701692-6701921	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT3380.1	VT3380.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0408	0.0272	0.0666	0.0277	0.0074	0.0432	0.0407	0.014	0.0074	0.0326	0.1151	0.0326	0.0666	0.0268	0.0696	0.0268	0.0188
chr2L	6704158	6704376	chr2L:6704159-6704376	distal	distal	none	none	VT3381.1,VT3382.1	VT3381.1,VT3382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.024	0.0177	0.0341	0.0198	0.0074	0.0209	0.0247	0.0213	0.0074	0.0211	0.0582	0.0211	0.0248	0.0138	0.049	0.0138	0.0172
chr2L	6704487	6704675	chr2L:6704488-6704675	distal	distal	none	none	VT3382.1	VT3382.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0262	0.0174	0.0425	0.018	0.0074	0.0243	0.0251	0.0147	0.0074	0.0242	0.0736	0.0242	0.0279	0.0054	0.0561	0.0054	0.0115
chr2L	6705220	6705371	chr2L:6705221-6705371	distal	distal	stage14	stage14	VT3382.1,VT3383.1	VT3382.1,VT3383.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0273	0.0234	0.0357	0.0224	0.017	0.0214	0.0355	0.0273	0.017	0.0326	0.054	0.0326	0.0302	0.0123	0.0638	0.0123	0.0141
chr2L	6708598	6708839	chr2L:6708599-6708839	FBgn0031850	Tsp	none	none	VT3384.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0323	0.0227	0.0471	0.0267	0.0074	0.0194	0.0407	0.02	0.0074	0.0399	0.0743	0.0399	0.0395	0.0337	0.0587	0.0337	0.0193
chr2L	6709004	6709402	chr2L:6709005-6709402	FBgn0031850	Tsp	stage11,stage14,stage5	none	VT3384.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.099	0.0631	0.1426	0.0914	0.0255	0.0801	0.0943	0.0553	0.0255	0.1558	0.2013	0.1558	0.1526	0.1539	0.1863	0.1539	0.0667
chr2L	6710045	6710196	chr2L:6710046-6710196	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0123	0.0236	0.0187	0.0042	0.0112	0.0203	0.0133	0.0042	0.0362	0.0293	0.0362	0.0178	0.0329	0.0368	0.0329	0.0115
chr2L	6710390	6710541	chr2L:6710391-6710541	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0157	0.0103	0.017	0.0202	0.0011	0.0112	0.0169	0.01	0.0011	0.0229	0.0222	0.0229	0.017	0.036	0.0322	0.036	0.0151
chr2L	6715999	6716150	chr2L:6716000-6716150	FBgn0025595	GRHR	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0246	0.0386	0.019	0.0149	0.0255	0.0301	0.0679	0.0366	0.0255	0.0217	0.0219	0.0217	0.0232	0.0084	0.0155	0.0084	0.025
chr2L	6716283	6716434	chr2L:6716284-6716434	FBgn0025595	GRHR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade3	0.022	0.0363	0.0217	0.0063	0.0286	0.0296	0.0584	0.034	0.0286	0.035	0.0244	0.035	0.017	0.0031	0.0045	0.0031	0.0115
chr2L	6717089	6717285	chr2L:6717090-6717285	FBgn0031851	CG11188	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0722	0.0981	0.0661	0.0392	0.0757	0.0939	0.0933	0.0392	0.1105	0.1106	0.1105	0.1115	0.0835	0.0864	0.0835	0.0938
chr2L	6717520	6717722	chr2L:6717521-6717722	FBgn0031851	CG11188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1297	0.1195	0.1529	0.1154	0.0764	0.134	0.1436	0.1492	0.0764	0.1975	0.1682	0.1975	0.1479	0.1539	0.1231	0.1539	0.147
chr2L	6717845	6717996	chr2L:6717846-6717996	FBgn0031851	CG11188	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0483	0.047	0.0586	0.0384	0.018	0.0524	0.067	0.0506	0.018	0.0839	0.0627	0.0839	0.048	0.0574	0.0374	0.0574	0.0427
chr2L	6722938	6723137	chr2L:6722939-6723137	FBgn0025777	homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2212	0.2207	0.2457	0.195	0.1824	0.2233	0.2777	0.2698	0.1824	0.2953	0.2916	0.2953	0.2479	0.2427	0.2276	0.2427	0.2262
chr2L	6723258	6723451	chr2L:6723259-6723451	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2102	0.204	0.2307	0.1945	0.1485	0.2248	0.2444	0.2598	0.1485	0.2784	0.2585	0.2784	0.2378	0.1953	0.2211	0.1953	0.2178
chr2L	6723594	6723785	chr2L:6723595-6723785	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.174	0.1606	0.1931	0.1678	0.1092	0.1762	0.1769	0.2292	0.1092	0.2174	0.217	0.2174	0.1991	0.1616	0.1857	0.1616	0.1902
chr2L	6723826	6724030	chr2L:6723827-6724030	FBgn0025777,FBgn0046704	Liprin-alpha,homer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1848	0.1811	0.2081	0.1632	0.14	0.2039	0.2141	0.2292	0.14	0.2548	0.2318	0.2548	0.1975	0.1547	0.1915	0.1547	0.1829
chr2L	6724279	6724467	chr2L:6724280-6724467	FBgn0046704	Liprin-alpha	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1724	0.1583	0.2037	0.154	0.1018	0.1845	0.183	0.2065	0.1018	0.2198	0.2457	0.2198	0.2208	0.157	0.1831	0.157	0.1949
chr2L	6734681	6734832	chr2L:6734682-6734832	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4	0.0129	0.0253	0.0086	0.0038	0.0064	0.0228	0.0255	0.0526	0.0064	0.0127	0.0093	0.0127	0.0085	0.0023	0.0026	0.0023	0.0026
chr2L	6737819	6738064	chr2L:6737820-6738064	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0242	0.049	0.0145	0.0072	0.035	0.0252	0.096	0.044	0.035	0.0157	0.0174	0.0157	0.0108	0.0115	0.0064	0.0115	0.0047
chr2L	6738352	6738544	chr2L:6738353-6738544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0214	0.0398	0.0162	0.0064	0.0223	0.0199	0.0701	0.0513	0.0223	0.0157	0.0219	0.0157	0.0139	0.0084	0.0045	0.0084	0.0068
chr2L	6742050	6742201	chr2L:6742051-6742201	FBgn0031855	CG11221	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0088	0.0051	0.0047	0.0174	0	0.0068	0.0095	0.0027	0	0.003	0.0058	0.003	0.0039	0.01	0.009	0.01	0.0135
chr2L	6742392	6742543	chr2L:6742393-6742543	FBgn0031855	CG11221	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0115	0.009	0.0066	0.0198	0.0042	0.0083	0.0143	0.0093	0.0042	0.0054	0.0061	0.0054	0.0093	0.0176	0.0064	0.0176	0.0125
chr2L	6743509	6743660	chr2L:6743510-6743660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0128	0.0161	0.0147	0.0071	0.0032	0.0257	0.019	0.014	0.0032	0.0417	0.0061	0.0417	0.0077	0.0084	0.0064	0.0084	0.0052
chr2L	6750992	6751143	chr2L:6750993-6751143	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0119	0.0086	0.0129	0.0143	0	0.0117	0.0138	0.0047	0	0.0284	0.0087	0.0284	0.0155	0.0391	0.0071	0.0391	0.0146
chr2L	6751296	6751447	chr2L:6751297-6751447	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0088	0.0072	0.0084	0.0111	0.0042	0.0068	0.0117	0.0053	0.0042	0.0157	0.0087	0.0157	0.0054	0.0253	0.0052	0.0253	0.0141
chr2L	6751811	6751962	chr2L:6751812-6751962	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0109	0.0125	0.0102	0.0099	0.0095	0.0155	0.0186	0.0073	0.0095	0.0296	0.0048	0.0296	0.0077	0.0306	0.0058	0.0306	0.0068
chr2L	6772022	6772173	chr2L:6772023-6772173	FBgn0031857	CG11321	stage14	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0126	0.0062	0.0058	0.0273	0.0011	0.0039	0.0125	0.0067	0.0011	0.0097	0.0055	0.0097	0.0046	0.124	0.0084	0.124	0.0073
chr2L	6772381	6772532	chr2L:6772382-6772532	FBgn0031857	CG11321	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade3	0.0081	0.0045	0.0039	0.0169	0.0032	0.0034	0.0095	0.002	0.0032	0.0091	0.0039	0.0091	0.0015	0.0766	0.0045	0.0766	0.0026
chr2L	6772754	6772905	chr2L:6772755-6772905	FBgn0031857	CG11321	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0141	0.008	0.01	0.0255	0.0042	0.0107	0.013	0.0053	0.0042	0.0187	0.0074	0.0187	0.0132	0.0995	0.0142	0.0995	0.0083
chr2L	6773814	6773965	chr2L:6773815-6773965	FBgn0031858	CG17378	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0143	0.0122	0.0076	0.0241	0.0064	0.0083	0.0251	0.01	0.0064	0.0066	0.0058	0.0066	0.0124	0.0245	0.0135	0.0245	0.0167
chr2L	6781555	6781706	chr2L:6781556-6781706	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0148	0.0137	0.0138	0.0171	0.0106	0.0112	0.0251	0.01	0.0106	0.0133	0.0106	0.0133	0.0248	0.0161	0.0129	0.0161	0.0146
chr2L	6783323	6783474	chr2L:6783324-6783474	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0184	0.0216	0.0135	0.0202	0.0138	0.016	0.032	0.028	0.0138	0.0115	0.0167	0.0115	0.0132	0.0145	0.0129	0.0145	0.0125
chr2L	6784454	6784605	chr2L:6784455-6784605	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0167	0.0117	0.0141	0.0251	0.0021	0.0097	0.0225	0.0113	0.0021	0.0048	0.0228	0.0048	0.0186	0.0084	0.0806	0.0084	0.0172
chr2L	6785836	6785987	chr2L:6785837-6785987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0246	0.0148	0.0208	0.0398	0.0011	0.018	0.0212	0.0187	0.0011	0.0115	0.0183	0.0115	0.0542	0.0168	0.0258	0.0168	0.1042
chr2L	6786311	6786462	chr2L:6786312-6786462	FBgn0015776	nrv1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0309	0.0161	0.026	0.0528	0.0074	0.0218	0.0203	0.016	0.0074	0.0187	0.0228	0.0187	0.0627	0.0467	0.0645	0.0467	0.0954
chr2L	6786814	6786995	chr2L:6786815-6786995	FBgn0015776	nrv1	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0864	0.0227	0.0646	0.1816	0.0032	0.0398	0.0264	0.0207	0.0032	0.035	0.0614	0.035	0.1603	0.2335	0.1908	0.2335	0.2751
chr2L	6787327	6787559	chr2L:6787328-6787559	FBgn0015776	nrv1	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0893	0.0198	0.0623	0.1965	0.0064	0.0393	0.0199	0.0153	0.0064	0.0272	0.0614	0.0272	0.1549	0.2297	0.2295	0.2297	0.2616
chr2L	6787722	6787916	chr2L:6787723-6787916	distal	distal	stage11,stage14	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0917	0.0188	0.0675	0.1997	0.0042	0.034	0.0199	0.0147	0.0042	0.0356	0.0598	0.0356	0.1673	0.2251	0.1857	0.2251	0.2814
chr2L	6788251	6788402	chr2L:6788252-6788402	distal	distal	none	none	nrv1_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.027	0.0156	0.0242	0.0428	0.0042	0.0136	0.0255	0.0193	0.0042	0.0163	0.0241	0.0163	0.0426	0.0291	0.0264	0.0291	0.0703
chr2L	6792076	6792348	chr2L:6792077-6792348	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1031	0.0703	0.1269	0.1135	0.0382	0.1	0.0493	0.1179	0.0382	0.0942	0.1846	0.0942	0.1464	0.1126	0.1625	0.1126	0.1746
chr2L	6793691	6793940	chr2L:6793692-6793940	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1042	0.1004	0.1255	0.0849	0.0583	0.115	0.0852	0.1879	0.0583	0.1057	0.145	0.1057	0.0775	0.0597	0.078	0.0597	0.0584
chr2L	6794052	6794352	chr2L:6794053-6794352	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1976	0.1655	0.247	0.1792	0.1007	0.2218	0.1298	0.2758	0.1007	0.2101	0.3055	0.2101	0.2014	0.1677	0.1999	0.1677	0.1756
chr2L	6794530	6794725	chr2L:6794531-6794725	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1681	0.1507	0.2065	0.1454	0.0774	0.2175	0.0947	0.2785	0.0774	0.1298	0.2826	0.1298	0.158	0.0712	0.1863	0.0712	0.1449
chr2L	6795228	6795427	chr2L:6795229-6795427	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.082	0.0823	0.1055	0.0558	0.0265	0.1058	0.0601	0.1632	0.0265	0.0791	0.1158	0.0791	0.038	0.013	0.0316	0.013	0.0198
chr2L	6797524	6797701	chr2L:6797525-6797701	distal	distal	stage5	stage5	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.125	0.1031	0.1549	0.1167	0.0594	0.1218	0.1142	0.1446	0.0594	0.1842	0.165	0.1842	0.1526	0.1156	0.1296	0.1156	0.1423
chr2L	6797806	6797982	chr2L:6797807-6797982	distal	distal	none	none	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0639	0.0565	0.0794	0.0553	0.0212	0.0704	0.0614	0.0833	0.0212	0.087	0.0936	0.087	0.0775	0.0597	0.0593	0.0597	0.0641
chr2L	6799665	6799856	chr2L:6799666-6799856	FBgn0051631,FBgn0263585	CR43610,tRNA:CR31631	none	none	nrv2_5_flank	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0513	0.0688	0.0609	0.0213	0.0488	0.0684	0.0921	0.0859	0.0488	0.093	0.0611	0.093	0.0527	0.0368	0.0135	0.0368	0.0302
chr2L	6805719	6805910	chr2L:6805720-6805910	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0302	0.0308	0.0297	0.0301	0.017	0.0413	0.0316	0.04	0.017	0.0278	0.0293	0.0278	0.0565	0.0322	0.0355	0.0322	0.049
chr2L	6805928	6806110	chr2L:6805929-6806110	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0291	0.0288	0.0274	0.0312	0.0159	0.0398	0.0307	0.034	0.0159	0.029	0.0264	0.029	0.0473	0.0383	0.0329	0.0383	0.0495
chr2L	6806190	6806341	chr2L:6806191-6806341	FBgn0031861	CG17375	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0227	0.0212	0.0209	0.0265	0.0106	0.0267	0.026	0.024	0.0106	0.0181	0.0183	0.0181	0.0418	0.0276	0.0187	0.0276	0.0448
chr2L	6812335	6812511	chr2L:6812336-6812511	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0202	0.0194	0.0278	0.0128	0.0053	0.0238	0.0303	0.0147	0.0053	0.0157	0.0186	0.0157	0.0837	0.0077	0.0084	0.0077	0.0276
chr2L	6814965	6815254	chr2L:6814966-6815254	distal	distal	none	none	VT3436.1	VT3436.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0234	0.0232	0.0275	0.0191	0.0095	0.0306	0.0242	0.0346	0.0095	0.0236	0.0212	0.0236	0.0155	0.0092	0.0045	0.0092	0.0115
chr2L	6816347	6816579	chr2L:6816348-6816579	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0262	0.0227	0.0322	0.0234	0.0064	0.0267	0.0294	0.032	0.0064	0.0374	0.0267	0.0374	0.0395	0.0352	0.0123	0.0352	0.0318
chr2L	6817536	6817776	chr2L:6817537-6817776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0347	0.0177	0.0341	0.0542	0.0042	0.035	0.0203	0.0107	0.0042	0.0236	0.0196	0.0236	0.1022	0.0383	0.0239	0.0383	0.1084
chr2L	6818377	6818544	chr2L:6818378-6818544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0282	0.0255	0.0391	0.0192	0.0064	0.0417	0.0268	0.03	0.0064	0.0278	0.0248	0.0278	0.1208	0.0176	0.0116	0.0176	0.0427
chr2L	6818965	6819202	chr2L:6818966-6819202	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0377	0.0226	0.0595	0.0306	0.0053	0.0374	0.0277	0.018	0.0053	0.0978	0.035	0.0978	0.1185	0.0521	0.0135	0.0521	0.0547
chr2L	6819244	6819445	chr2L:6819245-6819445	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0466	0.0278	0.0654	0.0471	0.0042	0.049	0.0316	0.0213	0.0042	0.1262	0.036	0.1262	0.1069	0.1256	0.0174	0.1256	0.0526
chr2L	6820341	6820531	chr2L:6820342-6820531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0273	0.0233	0.035	0.0233	0.0074	0.0427	0.0229	0.024	0.0074	0.0906	0.0177	0.0906	0.0387	0.0681	0.011	0.0681	0.0234
chr2L	6821739	6821942	chr2L:6821740-6821942	FBgn0051632	sens-2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1442	0.0986	0.1722	0.1645	0.0286	0.1597	0.0804	0.1379	0.0286	0.1812	0.1415	0.1812	0.237	0.1708	0.1335	0.1708	0.1808
chr2L	6826134	6826285	chr2L:6826135-6826285	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0256	0.028	0.0336	0.0139	0.0138	0.0388	0.0355	0.024	0.0138	0.0314	0.0215	0.0314	0.0883	0.013	0.009	0.013	0.0245
chr2L	6826429	6826695	chr2L:6826430-6826695	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0506	0.0561	0.0643	0.0295	0.0297	0.0767	0.0705	0.0553	0.0297	0.0525	0.0531	0.0525	0.1479	0.0168	0.0245	0.0168	0.0594
chr2L	6826775	6826926	chr2L:6826776-6826926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.031	0.0398	0.0231	0.0138	0.0408	0.0381	0.036	0.0138	0.0302	0.0367	0.0302	0.0829	0.0084	0.0187	0.0084	0.0469
chr2L	6826963	6827211	chr2L:6826964-6827211	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0248	0.0334	0.0205	0.0085	0.0267	0.0333	0.0326	0.0085	0.0223	0.0286	0.0223	0.0767	0.0115	0.0123	0.0115	0.0396
chr2L	6827677	6827884	chr2L:6827678-6827884	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0364	0.0636	0.0312	0.0118	0.035	0.066	0.0813	0.0853	0.035	0.0145	0.0383	0.0145	0.0294	0.0092	0.0097	0.0092	0.0167
chr2L	6828842	6829089	chr2L:6828843-6829089	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0306	0.0174	0.0325	0.0432	0.0042	0.0243	0.0225	0.022	0.0042	0.0254	0.0219	0.0254	0.017	0.0038	0.0071	0.0038	0.013
chr2L	6829625	6829800	chr2L:6829626-6829800	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0277	0.0152	0.0301	0.039	0.0074	0.0267	0.0164	0.0127	0.0074	0.0441	0.0193	0.0441	0.0271	0.0391	0.0058	0.0391	0.0177
chr2L	6830077	6830394	chr2L:6830078-6830394	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0736	0.0528	0.1057	0.0617	0.0159	0.083	0.0411	0.0826	0.0159	0.1866	0.0749	0.1866	0.0395	0.0459	0.011	0.0459	0.0229
chr2L	6830627	6830810	chr2L:6830628-6830810	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0668	0.047	0.1056	0.0465	0.0191	0.0767	0.0333	0.0733	0.0191	0.1872	0.0762	0.1872	0.0287	0.0176	0.0123	0.0176	0.0172
chr2L	6833500	6833651	chr2L:6833501-6833651	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0412	0.0223	0.047	0.0561	0.0117	0.0325	0.0195	0.0293	0.0117	0.038	0.0431	0.038	0.0542	0.0291	0.0239	0.0291	0.0479
chr2L	6833739	6833960	chr2L:6833740-6833960	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.16	0.1186	0.2018	0.1604	0.0562	0.1728	0.1038	0.1732	0.0562	0.2331	0.2077	0.2331	0.2022	0.1807	0.1373	0.1807	0.172
chr2L	6836157	6836481	chr2L:6836158-6836481	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0609	0.0467	0.0827	0.0528	0.0148	0.0714	0.0489	0.054	0.0148	0.1099	0.0659	0.1099	0.151	0.0582	0.0251	0.0582	0.1073
chr2L	6841200	6841441	chr2L:6841201-6841441	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0498	0.0513	0.0522	0.0454	0.0064	0.0791	0.0311	0.0946	0.0064	0.0284	0.0209	0.0284	0.0186	0.01	0.0064	0.01	0.0151
chr2L	6841597	6841811	chr2L:6841598-6841811	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0421	0.033	0.0458	0.0483	0.0032	0.0524	0.0242	0.0553	0.0032	0.0248	0.0193	0.0248	0.0155	0.01	0.0071	0.01	0.0125
chr2L	6843353	6843504	chr2L:6843354-6843504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0249	0.0269	0.0231	0.0246	0.0085	0.0481	0.0264	0.026	0.0085	0.029	0.0235	0.029	0.007	0.0069	0.0071	0.0069	0.0094
chr2L	6843509	6843660	chr2L:6843510-6843660	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.027	0.0242	0.0261	0.0311	0.0074	0.0374	0.0277	0.0266	0.0074	0.0296	0.0251	0.0296	0.0116	0.0084	0.0052	0.0084	0.0104
chr2L	6846767	6846918	chr2L:6846768-6846918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0222	0.0182	0.0301	0.018	0.0042	0.0233	0.0208	0.0247	0.0042	0.0193	0.0267	0.0193	0.0279	0.01	0.0187	0.01	0.0156
chr2L	6847517	6847703	chr2L:6847518-6847703	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0332	0.0193	0.0503	0.0299	0.0064	0.0383	0.0195	0.0147	0.0064	0.0598	0.0354	0.0598	0.0411	0.0222	0.0219	0.0222	0.0401
chr2L	6851024	6851218	chr2L:6851025-6851218	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0316	0.0243	0.0349	0.0361	0.0117	0.0359	0.0247	0.0266	0.0117	0.0272	0.0293	0.0272	0.0155	0.0123	0.0168	0.0123	0.0146
chr2L	6851946	6852145	chr2L:6851947-6852145	FBgn0017551	Rca1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1697	0.1472	0.2084	0.1525	0.1018	0.2005	0.1501	0.1905	0.1018	0.2542	0.2302	0.2542	0.2022	0.1608	0.1593	0.1608	0.1834
chr2L	6852226	6852389	chr2L:6852227-6852389	FBgn0017551	Rca1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1938	0.1787	0.2334	0.1671	0.1156	0.2345	0.1834	0.2432	0.1156	0.2832	0.2685	0.2832	0.1991	0.1853	0.1625	0.1853	0.1871
chr2L	6854026	6854213	chr2L:6854027-6854213	FBgn0086451	l(2)k09022	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1333	0.1245	0.1683	0.1049	0.0721	0.1539	0.1371	0.1652	0.0721	0.2132	0.1862	0.2132	0.1696	0.124	0.0993	0.124	0.1397
chr2L	6854346	6854497	chr2L:6854347-6854497	FBgn0086451	l(2)k09022	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0401	0.0409	0.0513	0.0269	0.017	0.0563	0.0458	0.0493	0.017	0.0725	0.0566	0.0725	0.0503	0.0391	0.0264	0.0391	0.0323
chr2L	6861203	6861354	chr2L:6861204-6861354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0144	0.0146	0.0197	0.0085	0.0032	0.018	0.0195	0.018	0.0032	0.0266	0.0196	0.0266	0.031	0.0123	0.0052	0.0123	0.0167
chr2L	6873381	6873532	chr2L:6873382-6873532	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0089	0.0103	0.0057	0.0107	0.0095	0.0068	0.0203	0.008	0.0095	0.0042	0.0074	0.0042	0.0046	0.0031	0.0019	0.0031	0.0089
chr2L	6874187	6874338	chr2L:6874188-6874338	distal	distal	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0113	0.0066	0.0051	0.0233	0.0032	0.0063	0.0134	0.002	0.0032	0.0036	0.0068	0.0036	0.0031	0.0123	0.0064	0.0123	0.0198
chr2L	6874350	6874501	chr2L:6874351-6874501	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0123	0.007	0.006	0.0251	0.0053	0.0049	0.016	0.002	0.0053	0.0042	0.0074	0.0042	0.0054	0.0207	0.0129	0.0207	0.0276
chr2L	6874872	6875023	chr2L:6874873-6875023	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0132	0.008	0.0076	0.0252	0.0074	0.0073	0.0138	0.0047	0.0074	0.006	0.0071	0.006	0.0132	0.0214	0.011	0.0214	0.0271
chr2L	6875124	6875275	chr2L:6875125-6875275	FBgn0031866	neuroligin	stage14	none	VT3466.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0138	0.0103	0.0098	0.022	0.0042	0.0112	0.0169	0.0093	0.0042	0.0085	0.0096	0.0085	0.0147	0.0123	0.0168	0.0123	0.0156
chr2L	6875729	6875880	chr2L:6875730-6875880	distal	distal	stage14	stage14	VT3466.1	none	TRUE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0103	0.0079	0.006	0.0178	0.0042	0.0083	0.013	0.0067	0.0042	0.0036	0.0058	0.0036	0.0054	0.0038	0.0039	0.0038	0.0089
chr2L	6885207	6885358	chr2L:6885208-6885358	distal	distal	none	none	VT3469.1	VT3469.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0076	0.0075	0.0074	0.0081	0.0032	0.0063	0.0125	0.0073	0.0032	0.0042	0.0071	0.0042	0.0077	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr2L	6889400	6889551	chr2L:6889401-6889551	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0135	0.0152	0.0137	0.0114	0.0095	0.0131	0.0264	0.014	0.0095	0.0223	0.0116	0.0223	0.0132	0.0031	0.0045	0.0031	0.0057
chr2L	6907476	6907649	chr2L:6907477-6907649	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0635	0.0548	0.082	0.0529	0.035	0.0694	0.0644	0.0646	0.035	0.0984	0.092	0.0984	0.086	0.0536	0.0535	0.0536	0.0651
chr2L	6907747	6907939	chr2L:6907748-6907939	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1244	0.1127	0.1473	0.1124	0.087	0.1427	0.1172	0.1459	0.087	0.1938	0.1617	0.1938	0.158	0.1378	0.1103	0.1378	0.1386
chr2L	6907956	6908148	chr2L:6907957-6908148	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1116	0.1044	0.1346	0.0943	0.0721	0.1214	0.1099	0.1506	0.0721	0.1661	0.1502	0.1661	0.1495	0.1126	0.0954	0.1126	0.1199
chr2L	6908224	6908412	chr2L:6908225-6908412	FBgn0031868,FBgn0042092	CG13773,Rat1	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0552	0.0535	0.0692	0.0419	0.0276	0.0568	0.0636	0.0726	0.0276	0.0827	0.0749	0.0827	0.0782	0.0391	0.0368	0.0391	0.061
chr2L	6913810	6913963	chr2L:6913811-6913963	FBgn0011737	wee	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0676	0.069	0.0798	0.0525	0.0509	0.0748	0.0865	0.0813	0.0509	0.1008	0.0849	0.1008	0.0844	0.0544	0.0574	0.0544	0.0683
chr2L	6914102	6914285	chr2L:6914103-6914285	FBgn0011737	wee	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.194	0.2065	0.2162	0.1557	0.141	0.2427	0.2336	0.2678	0.141	0.2723	0.2354	0.2723	0.2014	0.17	0.1605	0.17	0.1782
chr2L	6918693	6918880	chr2L:6918694-6918880	FBgn0026196	nop5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.2133	0.2078	0.2515	0.1777	0.158	0.2481	0.231	0.2538	0.158	0.3321	0.2746	0.3321	0.2401	0.2106	0.1954	0.2106	0.2011
chr2L	6919206	6919391	chr2L:6919207-6919391	FBgn0026196	nop5	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2534	0.2495	0.2898	0.2178	0.2057	0.2874	0.2872	0.2945	0.2057	0.3551	0.3064	0.3551	0.2641	0.2312	0.2211	0.2312	0.2418
chr2L	6919603	6919754	chr2L:6919604-6919754	FBgn0028554	x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0694	0.0707	0.0853	0.0506	0.0435	0.0782	0.0774	0.1026	0.0435	0.1153	0.0852	0.1153	0.0635	0.0413	0.0387	0.0413	0.0563
chr2L	6919870	6920046	chr2L:6919871-6920046	FBgn0028554	x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.105	0.1193	0.1218	0.0706	0.0774	0.1364	0.1401	0.1559	0.0774	0.1697	0.1232	0.1697	0.1115	0.0727	0.06	0.0727	0.0912
chr2L	6920084	6920317	chr2L:6920085-6920317	FBgn0004838,FBgn0028554	Hrb27C,x16	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1755	0.1746	0.2034	0.1458	0.1273	0.2044	0.1925	0.2298	0.1273	0.2591	0.2225	0.2591	0.1844	0.1508	0.1489	0.1508	0.174
chr2L	6920585	6920764	chr2L:6920586-6920764	FBgn0004838,FBgn0028554	Hrb27C,x16	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1798	0.1659	0.2115	0.1604	0.1198	0.1845	0.2007	0.2079	0.1198	0.2627	0.2289	0.2627	0.1991	0.173	0.1644	0.173	0.1777
chr2L	6920886	6921046	chr2L:6920887-6921046	FBgn0004838	Hrb27C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1373	0.1144	0.1756	0.1209	0.0795	0.1291	0.1358	0.1466	0.0795	0.2198	0.183	0.2198	0.1704	0.1325	0.1231	0.1325	0.1298
chr2L	6921144	6921313	chr2L:6921145-6921313	FBgn0004838	Hrb27C	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1825	0.1675	0.2129	0.1659	0.122	0.1835	0.1964	0.2145	0.122	0.2717	0.2219	0.2717	0.206	0.1907	0.1767	0.1907	0.1834
chr2L	6921514	6921722	chr2L:6921515-6921722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1867	0.2028	0.216	0.1367	0.1633	0.2257	0.2314	0.2672	0.1633	0.2711	0.2424	0.2711	0.1766	0.1524	0.147	0.1524	0.1631
chr2L	6921738	6921937	chr2L:6921739-6921937	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1546	0.1574	0.183	0.1203	0.1273	0.1845	0.1782	0.1985	0.1273	0.2246	0.2158	0.2246	0.1541	0.124	0.147	0.124	0.1412
chr2L	6922000	6922392	chr2L:6922001-6922392	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2439	0.2515	0.2911	0.1837	0.1919	0.2883	0.2595	0.3524	0.1919	0.2965	0.382	0.2965	0.2432	0.1998	0.2592	0.1998	0.172
chr2L	6927004	6927302	chr2L:6927005-6927302	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0783	0.114	0.0808	0.0356	0.1103	0.1068	0.1354	0.1512	0.1103	0.096	0.0936	0.096	0.0829	0.0299	0.0445	0.0299	0.0448
chr2L	6927929	6928228	chr2L:6927930-6928228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0677	0.0963	0.0698	0.0336	0.0838	0.0951	0.1215	0.1179	0.0838	0.0797	0.0814	0.0797	0.0806	0.0391	0.0277	0.0391	0.0542
chr2L	6928510	6928661	chr2L:6928511-6928661	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.035	0.0465	0.034	0.0231	0.0329	0.0471	0.0614	0.058	0.0329	0.0386	0.0412	0.0386	0.0287	0.0276	0.0193	0.0276	0.036
chr2L	6928682	6929102	chr2L:6928683-6929102	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0838	0.1115	0.0831	0.0535	0.0954	0.118	0.1393	0.1286	0.0954	0.1051	0.0955	0.1051	0.0751	0.0681	0.0522	0.0681	0.0771
chr2L	6929141	6929421	chr2L:6929142-6929421	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0576	0.0687	0.0627	0.0397	0.0467	0.0714	0.0908	0.0806	0.0467	0.0725	0.0711	0.0725	0.0689	0.0475	0.0406	0.0475	0.0547
chr2L	6937438	6937622	chr2L:6937439-6937622	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0244	0.0314	0.0311	0.0092	0.0074	0.0398	0.0298	0.0573	0.0074	0.0223	0.0514	0.0223	0.0178	0.0092	0.009	0.0092	0.0135
chr2L	6939851	6940069	chr2L:6939852-6940069	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0948	0.119	0.1077	0.0535	0.0774	0.1223	0.1349	0.1779	0.0774	0.0797	0.1518	0.0797	0.1115	0.0237	0.0799	0.0237	0.0829
chr2L	6941895	6942046	chr2L:6941896-6942046	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0207	0.0173	0.0155	0.0304	0.0074	0.018	0.0238	0.02	0.0074	0.0211	0.0154	0.0211	0.0155	0.1087	0.0123	0.1087	0.013
chr2L	6942259	6942410	chr2L:6942260-6942410	FBgn0031869	CG18304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0246	0.0213	0.0277	0.0251	0.0085	0.0204	0.029	0.03	0.0085	0.0356	0.0312	0.0356	0.0248	0.0858	0.0129	0.0858	0.0146
chr2L	6942669	6942820	chr2L:6942670-6942820	FBgn0031869	CG18304	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0196	0.0176	0.0246	0.0106	0.0175	0.0285	0.024	0.0106	0.0193	0.0225	0.0193	0.0163	0.0796	0.0142	0.0796	0.0162
chr2L	6944954	6945134	chr2L:6944955-6945134	FBgn0031871	CG10158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0411	0.0624	0.0384	0.0191	0.0524	0.0471	0.052	0.0191	0.0809	0.073	0.0809	0.0565	0.0521	0.0335	0.0521	0.0511
chr2L	6945222	6945415	chr2L:6945223-6945415	FBgn0031871	CG10158	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1054	0.1009	0.1265	0.0873	0.0647	0.1165	0.1142	0.1326	0.0647	0.163	0.1383	0.163	0.1232	0.1087	0.0883	0.1087	0.1141
chr2L	6945508	6945740	chr2L:6945509-6945740	FBgn0031871	CG10158	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0727	0.0784	0.0854	0.0525	0.0414	0.0908	0.093	0.1026	0.0414	0.1045	0.0984	0.1045	0.086	0.0628	0.0548	0.0628	0.0714
chr2L	6948520	6948671	chr2L:6948521-6948671	FBgn0031872	ihog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0806	0.0713	0.0959	0.0742	0.052	0.0806	0.0783	0.0979	0.052	0.119	0.1151	0.119	0.0883	0.075	0.0793	0.075	0.0902
chr2L	6948746	6948920	chr2L:6948747-6948920	FBgn0031872	ihog	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1428	0.1309	0.1734	0.1227	0.088	0.151	0.1522	0.1706	0.088	0.2252	0.191	0.2252	0.172	0.134	0.1238	0.134	0.1501
chr2L	6949506	6949687	chr2L:6949507-6949687	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0401	0.0543	0.0343	0.0201	0.0471	0.0523	0.0453	0.0201	0.064	0.0595	0.064	0.072	0.0398	0.04	0.0398	0.0328
chr2L	6949845	6949996	chr2L:6949846-6949996	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0541	0.0548	0.0652	0.0411	0.0339	0.0597	0.0783	0.0573	0.0339	0.0845	0.0707	0.0845	0.0643	0.0398	0.0438	0.0398	0.05
chr2L	6950052	6950259	chr2L:6950053-6950259	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0826	0.0866	0.0892	0.0709	0.052	0.0985	0.1151	0.0979	0.052	0.1184	0.0971	0.1184	0.0767	0.0796	0.0664	0.0796	0.0928
chr2L	6950346	6950543	chr2L:6950347-6950543	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0953	0.0852	0.1161	0.0837	0.0583	0.0981	0.1008	0.1093	0.0583	0.1359	0.1312	0.1359	0.1146	0.0957	0.0761	0.0957	0.1089
chr2L	6950551	6950758	chr2L:6950552-6950758	FBgn0020616,FBgn0031873	Gas41,SA	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0714	0.0722	0.0855	0.0551	0.0551	0.066	0.0952	0.0986	0.0551	0.1021	0.0897	0.1021	0.0868	0.0666	0.0522	0.0666	0.0662
chr2L	6950774	6950925	chr2L:6950775-6950925	FBgn0020616	SA	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0493	0.0508	0.0614	0.0341	0.0308	0.0544	0.0701	0.0606	0.0308	0.0761	0.0646	0.0761	0.0651	0.0345	0.0309	0.0345	0.0443
chr2L	6956260	6956435	chr2L:6956261-6956435	FBgn0031874	CG13775	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.045	0.0451	0.0569	0.0319	0.018	0.0553	0.0558	0.054	0.018	0.0725	0.0659	0.0725	0.0534	0.0283	0.0329	0.0283	0.049
chr2L	6956519	6956759	chr2L:6956520-6956759	FBgn0031874,FBgn0031875	CG13775,CG3430	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0965	0.0925	0.1225	0.0726	0.0403	0.118	0.1003	0.1239	0.0403	0.1473	0.1402	0.1473	0.1177	0.0842	0.0683	0.0842	0.0959
chr2L	6956884	6957063	chr2L:6956885-6957063	FBgn0031874,FBgn0031875	CG13775,CG3430	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1244	0.1186	0.1579	0.094	0.0806	0.1427	0.1233	0.1692	0.0806	0.1938	0.1711	0.1938	0.1472	0.1187	0.0903	0.1187	0.1141
chr2L	6960256	6960428	chr2L:6960257-6960428	FBgn0031876,FBgn0031877	Atac1,CG10399	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0949	0.1087	0.1084	0.0646	0.0721	0.1199	0.1211	0.1572	0.0721	0.1274	0.1212	0.1274	0.1162	0.0789	0.0761	0.0789	0.0881
chr2L	6963977	6964183	chr2L:6963978-6964183	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1552	0.1609	0.1803	0.1212	0.1124	0.1898	0.1782	0.2159	0.1124	0.2403	0.1923	0.2403	0.1665	0.1394	0.1225	0.1394	0.149
chr2L	6964292	6964509	chr2L:6964293-6964509	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1428	0.136	0.1651	0.126	0.0923	0.1607	0.1492	0.1779	0.0923	0.2065	0.174	0.2065	0.1673	0.1371	0.1212	0.1371	0.1615
chr2L	6964532	6964683	chr2L:6964533-6964683	FBgn0021944,FBgn0031878	Coprox,sip2	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0702	0.0678	0.0873	0.054	0.0435	0.082	0.0722	0.0893	0.0435	0.1123	0.0846	0.1123	0.0976	0.0482	0.0567	0.0482	0.0818
chr2L	6966351	6966715	chr2L:6966352-6966715	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.198	0.2309	0.2331	0.1227	0.1972	0.2534	0.2349	0.3384	0.1972	0.279	0.2389	0.279	0.1967	0.1057	0.0896	0.1057	0.1219
chr2L	6967054	6967250	chr2L:6967055-6967250	FBgn0026170	smt3	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1044	0.1138	0.1206	0.0762	0.0679	0.1413	0.1176	0.1619	0.0679	0.1534	0.1209	0.1534	0.1007	0.0888	0.0625	0.0888	0.0787
chr2L	6967501	6967722	chr2L:6967502-6967722	FBgn0026170	smt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1828	0.1773	0.2157	0.1529	0.1304	0.2126	0.2003	0.2212	0.1304	0.2554	0.2318	0.2554	0.2138	0.1914	0.1425	0.1914	0.1756
chr2L	6967994	6968159	chr2L:6967995-6968159	FBgn0026170	smt3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.167	0.1479	0.2119	0.139	0.0997	0.1845	0.1648	0.1832	0.0997	0.2446	0.236	0.2446	0.1936	0.1631	0.1348	0.1631	0.1636
chr2L	6968239	6968428	chr2L:6968240-6968428	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1688	0.1694	0.1991	0.1348	0.1485	0.1888	0.1955	0.2072	0.1485	0.2283	0.2251	0.2283	0.1782	0.1516	0.1341	0.1516	0.1621
chr2L	6971670	6971920	chr2L:6971671-6971920	FBgn0016978,FBgn0262616	CR43142,snRNP-U1-70K	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2096	0.2131	0.2392	0.1732	0.1782	0.233	0.2556	0.2585	0.1782	0.2566	0.2685	0.2566	0.244	0.1953	0.1844	0.1953	0.198
chr2L	6974937	6975088	chr2L:6974938-6975088	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0217	0.0398	0.0151	0.0088	0.0233	0.0233	0.0761	0.0366	0.0233	0.0097	0.0254	0.0097	0.0093	0.0038	0.0181	0.0038	0.0063
chr2L	6975141	6975292	chr2L:6975142-6975292	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.022	0.0378	0.0183	0.0086	0.0382	0.0223	0.0675	0.0366	0.0382	0.0079	0.0283	0.0079	0.0147	0.0069	0.0219	0.0069	0.0047
chr2L	6983204	6983355	chr2L:6983205-6983355	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0203	0.0322	0.0169	0.0107	0.0286	0.0126	0.061	0.038	0.0286	0.0121	0.0293	0.0121	0.0093	0.0023	0.0258	0.0023	0.0099
chr2L	6987078	6987229	chr2L:6987079-6987229	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0165	0.0214	0.0154	0.0123	0.0148	0.0102	0.0428	0.0227	0.0148	0.0085	0.0264	0.0085	0.0101	0.0069	0.038	0.0069	0.0078
chr2L	6990258	6990536	chr2L:6990259-6990536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0428	0.0556	0.0457	0.0255	0.0361	0.0345	0.0887	0.0793	0.0361	0.0199	0.083	0.0199	0.024	0.0023	0.0799	0.0023	0.0156
chr2L	6990789	6990940	chr2L:6990790-6990940	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0223	0.0198	0.0113	0.0244	0.0112	0.0342	0.0313	0.0244	0.0091	0.0373	0.0091	0.0085	0.0046	0.0368	0.0046	0.0047
chr2L	6991083	6991257	chr2L:6991084-6991257	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0206	0.0198	0.0235	0.0184	0.0106	0.0097	0.0329	0.03	0.0106	0.0085	0.0469	0.0085	0.0108	0.0054	0.0638	0.0054	0.0063
chr2L	6998631	6998782	chr2L:6998632-6998782	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0104	0.0101	0.0121	0.0089	0.0064	0.0053	0.0169	0.016	0.0064	0.0048	0.0235	0.0048	0.0046	0.0015	0.0284	0.0015	0.0042
chr2L	6998836	6998987	chr2L:6998837-6998987	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0131	0.0161	0.0141	0.0088	0.0138	0.0092	0.029	0.0193	0.0138	0.0085	0.0241	0.0085	0.0085	0	0.029	0	0.0021
chr2L	7001380	7001531	chr2L:7001381-7001531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0132	0.0208	0.0124	0.0056	0.0148	0.0117	0.0381	0.0233	0.0148	0.0042	0.0212	0.0042	0.0124	0.0015	0.0142	0.0015	0.0042
chr2L	7001637	7001788	chr2L:7001638-7001788	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3	0.0133	0.0218	0.0105	0.0067	0.0074	0.0107	0.0437	0.0253	0.0074	0.0048	0.0151	0.0048	0.0108	0.0015	0.0213	0.0015	0.0026
chr2L	7003116	7003288	chr2L:7003117-7003288	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0322	0.0394	0.0377	0.0182	0.0318	0.032	0.0489	0.062	0.0318	0.0091	0.0804	0.0091	0.0132	0.0023	0.0664	0.0023	0.0063
chr2L	7003466	7003617	chr2L:7003467-7003617	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0389	0.0272	0.015	0.0361	0.0228	0.0549	0.0586	0.0361	0.0103	0.0514	0.0103	0.0139	0.0038	0.0477	0.0038	0.0078
chr2L	7004474	7004640	chr2L:7004475-7004640	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0302	0.0209	0.041	0.0287	0.018	0.0141	0.0355	0.0227	0.018	0.0072	0.0923	0.0072	0.0101	0.0015	0.1122	0.0015	0.0068
chr2L	7005591	7005745	chr2L:7005592-7005745	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.045	0.0334	0.0637	0.0373	0.017	0.0267	0.0428	0.0553	0.017	0.0103	0.1418	0.0103	0.0209	0.0031	0.1502	0.0031	0.0094
chr2L	7006732	7006921	chr2L:7006733-7006921	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0575	0.0975	0.0553	0.0153	0.0912	0.0471	0.1497	0.1439	0.0912	0.0109	0.1212	0.0109	0.0101	0.0023	0.0516	0.0023	0.0057
chr2L	7007650	7007801	chr2L:7007651-7007801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0403	0.0432	0.0523	0.024	0.0382	0.0262	0.0627	0.0693	0.0382	0.0145	0.1113	0.0145	0.0116	8e-04	0.0935	8e-04	0.0068
chr2L	7008766	7008917	chr2L:7008767-7008917	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.037	0.0404	0.0444	0.0252	0.0286	0.0267	0.0657	0.0466	0.0286	0.0097	0.0961	0.0097	0.0201	0.0023	0.0954	0.0023	0.0068
chr2L	7009851	7010027	chr2L:7009852-7010027	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1318	0.1935	0.1317	0.0629	0.2227	0.1039	0.2703	0.2798	0.2227	0.0217	0.29	0.0217	0.0271	0.0069	0.2392	0.0069	0.0188
chr2L	7010152	7010352	chr2L:7010153-7010352	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1155	0.1631	0.1173	0.0604	0.1771	0.0942	0.234	0.2252	0.1771	0.0242	0.2553	0.0242	0.0287	0.0084	0.2411	0.0084	0.012
chr2L	7010424	7010637	chr2L:7010425-7010637	FBgn0031879	uif	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.117	0.2145	0.0923	0.0351	0.2047	0.1092	0.3335	0.2991	0.2047	0.0211	0.2006	0.0211	0.0271	0.0061	0.1348	0.0061	0.0109
chr2L	7011114	7011265	chr2L:7011115-7011265	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0343	0.0735	0.0201	0.006	0.0721	0.034	0.1246	0.0913	0.0721	0.0109	0.0357	0.0109	0.0108	8e-04	0.0148	8e-04	0.0052
chr2L	7013009	7013160	chr2L:7013010-7013160	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0425	0.0486	0.0443	0.0337	0.0382	0.0422	0.0692	0.0613	0.0382	0.0405	0.0576	0.0405	0.0465	0.0383	0.0419	0.0383	0.0453
chr2L	7013257	7013424	chr2L:7013258-7013424	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1006	0.1125	0.1065	0.0808	0.0923	0.1092	0.1484	0.1352	0.0923	0.1057	0.1338	0.1057	0.1123	0.0865	0.0909	0.0865	0.112
chr2L	7013526	7013729	chr2L:7013527-7013729	FBgn0263027	CG43322	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0577	0.0648	0.067	0.0394	0.0392	0.0626	0.09	0.0806	0.0392	0.0779	0.0794	0.0779	0.0705	0.0421	0.0419	0.0421	0.0526
chr2L	7023168	7023319	chr2L:7023169-7023319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0316	0.0243	0.0393	0.0313	0.0117	0.0345	0.0277	0.03	0.0117	0.0296	0.0476	0.0296	0.0651	0.0191	0.0516	0.0191	0.0526
chr2L	7023818	7024052	chr2L:7023819-7024052	FBgn0000053	ade3	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade4	0.0885	0.0932	0.0817	0.0905	0.087	0.0947	0.1311	0.0933	0.087	0.0417	0.072	0.0417	0.2308	0.0306	0.136	0.0306	0.1845
chr2L	7024396	7024577	chr2L:7024397-7024577	FBgn0000053	ade3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0401	0.0409	0.0335	0.0464	0.0276	0.0476	0.0536	0.0413	0.0276	0.0229	0.0357	0.0229	0.0635	0.0222	0.0664	0.0222	0.087
chr2L	7026697	7026848	chr2L:7026698-7026848	FBgn0051908	CG31908	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0566	0.0618	0.0492	0.0329	0.0631	0.0657	0.0806	0.0329	0.067	0.0723	0.067	0.0689	0.0559	0.0438	0.0559	0.0646
chr2L	7026974	7027373	chr2L:7026975-7027373	FBgn0031881,FBgn0051908	CG31908,CG3476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2234	0.214	0.2525	0.2019	0.158	0.2495	0.253	0.2632	0.158	0.3013	0.2807	0.3013	0.2579	0.2136	0.2141	0.2136	0.2564
chr2L	7027441	7027613	chr2L:7027442-7027613	FBgn0031881,FBgn0051908	CG31908,CG3476	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.1588	0.1509	0.1826	0.1415	0.1188	0.1782	0.1773	0.1772	0.1188	0.2331	0.1994	0.2331	0.1851	0.1462	0.1431	0.1462	0.1902
chr2L	7029152	7029303	chr2L:7029153-7029303	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.032	0.0252	0.0273	0.0448	0.0127	0.0272	0.0385	0.0207	0.0127	0.0223	0.0296	0.0223	0.0442	0.0214	0.0516	0.0214	0.0865
chr2L	7032237	7032451	chr2L:7032238-7032451	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0732	0.067	0.0865	0.0653	0.0382	0.068	0.0891	0.0866	0.0382	0.0845	0.1048	0.0845	0.0767	0.0567	0.0825	0.0567	0.0787
chr2L	7032588	7032777	chr2L:7032589-7032777	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1985	0.1912	0.2258	0.1769	0.141	0.2155	0.2167	0.2538	0.141	0.279	0.2479	0.279	0.2122	0.1838	0.1818	0.1838	0.209
chr2L	7032906	7033102	chr2L:7032907-7033102	FBgn0031882,FBgn0031883	CG11266,Rab30	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1186	0.1665	0.1259	0.0848	0.1243	0.138	0.1692	0.0848	0.2005	0.1804	0.2005	0.1627	0.121	0.1238	0.121	0.1506
chr2L	7033120	7033559	chr2L:7033121-7033559	FBgn0031883	CG11266	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2032	0.2064	0.219	0.1824	0.1718	0.2369	0.2336	0.2565	0.1718	0.2639	0.2193	0.2639	0.22	0.1799	0.2089	0.1799	0.222
chr2L	7037917	7038127	chr2L:7037918-7038127	FBgn0262872	milt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1842	0.1882	0.214	0.1472	0.1654	0.1976	0.2171	0.2458	0.1654	0.2705	0.2312	0.2705	0.2161	0.1692	0.1502	0.1692	0.1751
chr2L	7038190	7038341	chr2L:7038191-7038341	FBgn0262872	milt	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1198	0.1316	0.0883	0.1007	0.1311	0.1453	0.1432	0.1007	0.1618	0.1505	0.1618	0.1232	0.098	0.0903	0.098	0.1073
chr2L	7038381	7038576	chr2L:7038382-7038576	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1325	0.1026	0.1576	0.1383	0.0615	0.133	0.1125	0.1266	0.0615	0.2186	0.1785	0.2186	0.1363	0.1623	0.1264	0.1623	0.1688
chr2L	7038607	7038795	chr2L:7038608-7038795	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0997	0.0948	0.1128	0.0908	0.0604	0.1126	0.1116	0.1179	0.0604	0.1582	0.119	0.1582	0.103	0.1172	0.0838	0.1172	0.1209
chr2L	7038885	7039088	chr2L:7038886-7039088	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.099	0.1117	0.1066	0.0765	0.0827	0.1165	0.1349	0.1452	0.0827	0.1455	0.1055	0.1455	0.1139	0.111	0.0664	0.111	0.0917
chr2L	7042183	7042384	chr2L:7042184-7042384	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	milt_5633	milt_5633	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1633	0.1266	0.1862	0.1792	0.0689	0.1723	0.1367	0.1546	0.0689	0.2234	0.1907	0.2234	0.2301	0.196	0.1779	0.196	0.2465
chr2L	7042712	7042938	chr2L:7042713-7042938	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0849	0.0688	0.0741	0.1147	0.0403	0.0956	0.0757	0.0779	0.0403	0.0821	0.0598	0.0821	0.1557	0.2121	0.0858	0.2121	0.1631
chr2L	7043025	7043394	chr2L:7043026-7043394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1133	0.1149	0.0992	0.127	0.0817	0.1684	0.1267	0.1066	0.0817	0.096	0.0772	0.096	0.2494	0.1761	0.0935	0.1761	0.2288
chr2L	7045664	7045815	chr2L:7045665-7045815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0333	0.0511	0.0264	0.0209	0.0392	0.0388	0.0701	0.07	0.0392	0.0193	0.0415	0.0193	0.0217	0.0123	0.0593	0.0123	0.0109
chr2L	7048771	7048981	chr2L:7048772-7048981	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0893	0.163	0.0609	0.038	0.1962	0.1019	0.2647	0.1566	0.1962	0.0586	0.0704	0.0586	0.0589	0.0429	0.0451	0.0429	0.0438
chr2L	7049087	7049311	chr2L:7049088-7049311	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1897	0.1994	0.2162	0.1498	0.176	0.2243	0.221	0.2645	0.176	0.2597	0.2408	0.2597	0.1944	0.157	0.1496	0.157	0.1631
chr2L	7049446	7049630	chr2L:7049447-7049630	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1243	0.1209	0.1519	0.0979	0.088	0.1549	0.1116	0.1819	0.088	0.1993	0.1672	0.1993	0.1232	0.0873	0.098	0.0873	0.099
chr2L	7049796	7050006	chr2L:7049797-7050006	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1163	0.1436	0.1247	0.0765	0.1347	0.1568	0.1471	0.2072	0.1347	0.1594	0.1492	0.1594	0.0852	0.0475	0.0877	0.0475	0.0756
chr2L	7050080	7050448	chr2L:7050081-7050448	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.093	0.0991	0.101	0.0776	0.07	0.117	0.1051	0.1419	0.07	0.1244	0.1026	0.1244	0.0713	0.0498	0.0445	0.0498	0.0568
chr2L	7050571	7050737	chr2L:7050572-7050737	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0603	0.0444	0.0737	0.0632	0.0308	0.0583	0.0415	0.0633	0.0308	0.1286	0.0695	0.1286	0.0503	0.072	0.0484	0.072	0.0469
chr2L	7055854	7056005	chr2L:7055855-7056005	FBgn0031885	Mnn1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.044	0.0491	0.048	0.0338	0.0286	0.0505	0.0597	0.0673	0.0286	0.0447	0.0537	0.0447	0.0581	0.0391	0.0368	0.0391	0.0417
chr2L	7056196	7056405	chr2L:7056197-7056405	FBgn0031885	Mnn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2055	0.2056	0.2317	0.1767	0.1644	0.2359	0.2284	0.2738	0.1644	0.2675	0.2605	0.2675	0.2184	0.1853	0.1902	0.1853	0.2038
chr2L	7056657	7056855	chr2L:7056658-7056855	FBgn0031885	Mnn1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1324	0.159	0.1552	0.0776	0.1007	0.1723	0.1531	0.2758	0.1007	0.1504	0.2151	0.1504	0.1038	0.0819	0.1161	0.0819	0.0719
chr2L	7063255	7063406	chr2L:7063256-7063406	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0268	0.0303	0.0293	0.0201	0.0159	0.0364	0.0415	0.0293	0.0159	0.0254	0.0363	0.0254	0.0372	0.0184	0.0206	0.0184	0.0354
chr2L	7063880	7064092	chr2L:7063881-7064092	FBgn0040954	CG13779	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1001	0.0972	0.1156	0.0862	0.0604	0.1063	0.1077	0.1432	0.0604	0.1407	0.1305	0.1407	0.0976	0.0949	0.0851	0.0949	0.1084
chr2L	7064105	7064436	chr2L:7064106-7064436	FBgn0040954	CG13779	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0985	0.0973	0.1132	0.0838	0.0456	0.115	0.1094	0.1359	0.0456	0.1298	0.1248	0.1298	0.1038	0.0842	0.0903	0.0842	0.1126
chr2L	7064587	7064738	chr2L:7064588-7064738	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0286	0.0334	0.034	0.0173	0.0127	0.0413	0.0471	0.0386	0.0127	0.0332	0.0399	0.0332	0.0325	0.0138	0.0187	0.0138	0.0229
chr2L	7064797	7065031	chr2L:7064798-7065031	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0372	0.0464	0.0438	0.0198	0.0191	0.0505	0.0644	0.0613	0.0191	0.0441	0.0508	0.0441	0.0473	0.0184	0.0187	0.0184	0.0287
chr2L	7065040	7065216	chr2L:7065041-7065216	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0329	0.0385	0.0388	0.0201	0.017	0.0432	0.0476	0.058	0.017	0.0411	0.0457	0.0411	0.038	0.0176	0.0168	0.0176	0.0281
chr2L	7065304	7065455	chr2L:7065305-7065455	FBgn0031886	Nuf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0309	0.0383	0.0324	0.021	0.018	0.0398	0.048	0.06	0.018	0.038	0.0383	0.038	0.031	0.0153	0.0239	0.0153	0.0281
chr2L	7065512	7065703	chr2L:7065513-7065703	FBgn0031886	Nuf2	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0791	0.0841	0.0901	0.0614	0.0679	0.0869	0.1025	0.1079	0.0679	0.1039	0.1026	0.1039	0.0899	0.0544	0.0677	0.0544	0.0803
chr2L	7065752	7065959	chr2L:7065753-7065959	FBgn0031886	Nuf2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.128	0.1181	0.157	0.1074	0.0859	0.1359	0.1298	0.1566	0.0859	0.1781	0.1839	0.1781	0.1456	0.108	0.1186	0.108	0.1324
chr2L	7079191	7079342	chr2L:7079192-7079342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0151	0.0132	0.0211	0.0107	0.0042	0.0165	0.0186	0.0133	0.0042	0.0121	0.0196	0.0121	0.0534	0.0191	0.011	0.0191	0.0167
chr2L	7083090	7083315	chr2L:7083091-7083315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0232	0.0147	0.0355	0.0192	0.0032	0.018	0.0221	0.0147	0.0032	0.0411	0.0322	0.0411	0.072	0.0145	0.0103	0.0145	0.0438
chr2L	7084559	7084734	chr2L:7084560-7084734	FBgn0031888	Pvf2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.022	0.0086	0.0166	0.0428	0.0053	0.0087	0.0164	0.0047	0.0053	0.0139	0.0132	0.0139	0.0395	0.0574	0.04	0.0574	0.0803
chr2L	7086577	7086728	chr2L:7086578-7086728	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0131	0.0081	0.0128	0.0189	0.0021	0.0087	0.013	0.006	0.0021	0.0103	0.0154	0.0103	0.0232	0.0123	0.011	0.0123	0.0448
chr2L	7089241	7089476	chr2L:7089242-7089476	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0166	0.0352	0.0359	0.0053	0.0189	0.026	0.014	0.0053	0.0242	0.0289	0.0242	0.0984	0.0345	0.0284	0.0345	0.0761
chr2L	7089696	7090010	chr2L:7089697-7090010	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0374	0.0259	0.0501	0.0362	0.0074	0.0354	0.029	0.0326	0.0074	0.0386	0.0508	0.0386	0.1131	0.0521	0.0329	0.0521	0.0578
chr2L	7096450	7096601	chr2L:7096451-7096601	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.024	0.0325	0.0251	0.0132	0.035	0.0204	0.0532	0.0333	0.035	0.0205	0.0338	0.0205	0.0217	0.013	0.011	0.013	0.0188
chr2L	7096669	7096880	chr2L:7096670-7096880	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0263	0.0449	0.0213	0.011	0.0445	0.0286	0.0735	0.048	0.0445	0.0151	0.0254	0.0151	0.017	0.01	0.0116	0.01	0.0104
chr2L	7097489	7097640	chr2L:7097490-7097640	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0176	0.0133	0.0178	0.0223	0.0074	0.0078	0.0255	0.016	0.0074	0.0085	0.0228	0.0085	0.0287	0.0199	0.02	0.0199	0.0396
chr2L	7116032	7116183	chr2L:7116033-7116183	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0163	0.0112	0.0173	0.021	0.0053	0.0112	0.0182	0.0113	0.0053	0.0187	0.0196	0.0187	0.0256	0.0123	0.0181	0.0123	0.0495
chr2L	7116284	7116500	chr2L:7116285-7116500	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0196	0.0108	0.0277	0.0206	0.0011	0.0102	0.0164	0.0153	0.0011	0.0284	0.0344	0.0284	0.0302	0.0299	0.0219	0.0299	0.0328
chr2L	7117721	7117872	chr2L:7117722-7117872	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0201	0.0142	0.0274	0.0187	0.0106	0.0146	0.0177	0.0147	0.0106	0.0296	0.0386	0.0296	0.017	0.0329	0.0232	0.0329	0.0208
chr2L	7119700	7119891	chr2L:7119701-7119891	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0316	0.0417	0.0359	0.0155	0.018	0.0481	0.0454	0.0686	0.018	0.0302	0.055	0.0302	0.0217	0.0084	0.0271	0.0084	0.012
chr2L	7121162	7121334	chr2L:7121163-7121334	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.031	0.0158	0.0374	0.0409	0.0064	0.0228	0.0208	0.0153	0.0064	0.0507	0.0402	0.0507	0.0364	0.0459	0.0206	0.0459	0.0818
chr2L	7121430	7121581	chr2L:7121431-7121581	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.019	0.0097	0.0199	0.0284	0.0011	0.0117	0.0134	0.012	0.0011	0.0193	0.0244	0.0193	0.0263	0.023	0.0135	0.023	0.0677
chr2L	7122071	7122270	chr2L:7122072-7122270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0354	0.0364	0.0411	0.028	0.0148	0.0248	0.0554	0.0566	0.0148	0.0223	0.064	0.0223	0.0271	0.0222	0.0471	0.0222	0.025
chr2L	7123626	7123829	chr2L:7123627-7123829	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0207	0.0461	0.0356	0.0064	0.0291	0.0268	0.0233	0.0064	0.0658	0.0617	0.0658	0.031	0.0291	0.058	0.0291	0.0537
chr2L	7123960	7124248	chr2L:7123961-7124248	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0371	0.0184	0.0518	0.0419	0.0032	0.0267	0.0199	0.028	0.0032	0.0598	0.072	0.0598	0.0418	0.0375	0.0716	0.0375	0.0558
chr2L	7125287	7125591	chr2L:7125288-7125591	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0667	0.0553	0.0901	0.0538	0.018	0.0772	0.0497	0.0866	0.018	0.0725	0.136	0.0725	0.0798	0.0429	0.1032	0.0429	0.0636
chr2L	7127416	7127676	chr2L:7127417-7127676	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0284	0.0167	0.0419	0.0267	0.0053	0.0228	0.0169	0.0286	0.0053	0.0193	0.0765	0.0193	0.0318	0.0123	0.0619	0.0123	0.0281
chr2L	7134038	7134242	chr2L:7134039-7134242	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1839	0.1874	0.2127	0.1484	0.1198	0.218	0.2063	0.2505	0.1198	0.2397	0.2563	0.2397	0.1991	0.2098	0.1631	0.2098	0.1813
chr2L	7134759	7134910	chr2L:7134760-7134910	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0193	0.027	0.0213	0.0085	0.0127	0.0184	0.0229	0.072	0.0127	0.0139	0.0347	0.0139	0.0163	0.0107	0.0135	0.0107	0.0057
chr2L	7136585	7136963	chr2L:7136586-7136963	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0577	0.0497	0.0888	0.0323	0.0117	0.0655	0.0454	0.0833	0.0117	0.0489	0.1129	0.0489	0.0945	0.023	0.0271	0.023	0.0334
chr2L	7137643	7137794	chr2L:7137644-7137794	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0178	0.0132	0.0214	0.0189	0.0064	0.0087	0.0216	0.0167	0.0064	0.0229	0.0296	0.0229	0.0147	0.0551	0.0142	0.0551	0.0099
chr2L	7138155	7138306	chr2L:7138156-7138306	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0259	0.0432	0.0259	0.0065	0.0297	0.0204	0.077	0.0586	0.0297	0.0097	0.0495	0.0097	0.0062	0.0092	0.0077	0.0092	0.0047
chr2L	7138544	7138836	chr2L:7138545-7138836	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1005	0.1734	0.101	0.0185	0.1824	0.0859	0.2465	0.2685	0.1824	0.0254	0.2074	0.0254	0.0232	0.0107	0.04	0.0107	0.013
chr2L	7143616	7143767	chr2L:7143617-7143767	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0149	0.0179	0.0136	0.0131	0.0085	0.0165	0.0229	0.0293	0.0085	0.0091	0.0193	0.0091	0.0046	0.0077	0.0077	0.0077	0.0109
chr2L	7147213	7147364	chr2L:7147214-7147364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0148	0.0126	0.0176	0.0142	0.0064	0.0092	0.0203	0.018	0.0064	0.0133	0.0283	0.0133	0.0116	0.0145	0.0297	0.0145	0.013
chr2L	7148046	7148197	chr2L:7148047-7148197	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4	0.0224	0.0212	0.0226	0.0234	0.0117	0.0209	0.0225	0.0366	0.0117	0.0272	0.0322	0.0272	0.0132	0.0697	0.0213	0.0697	0.012
chr2L	7148356	7148647	chr2L:7148357-7148647	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0465	0.0654	0.0439	0.0281	0.0509	0.0655	0.0722	0.1033	0.0509	0.0477	0.0598	0.0477	0.0349	0.0727	0.0271	0.0727	0.0182
chr2L	7148707	7148858	chr2L:7148708-7148858	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0267	0.0328	0.0346	0.0111	0.0159	0.0291	0.0389	0.0573	0.0159	0.0236	0.0598	0.0236	0.017	0.0191	0.0168	0.0191	0.0094
chr2L	7150581	7150773	chr2L:7150582-7150773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0213	0.0151	0.0242	0.0251	0.0021	0.0146	0.0199	0.0207	0.0021	0.0229	0.0341	0.0229	0.0178	0.0291	0.0503	0.0291	0.0214
chr2L	7155309	7155574	chr2L:7155310-7155574	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0362	0.0259	0.0461	0.0368	0.0127	0.0286	0.0285	0.0406	0.0127	0.0278	0.063	0.0278	0.0635	0.0176	0.0316	0.0176	0.086
chr2L	7156612	7156763	chr2L:7156613-7156763	FBgn0085407	Pvf3	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0181	0.0231	0.0216	0.0086	0.0085	0.0204	0.0242	0.0446	0.0085	0.0103	0.0399	0.0103	0.0108	0.0107	0.0097	0.0107	0.0135
chr2L	7157625	7157836	chr2L:7157626-7157836	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1131	0.0943	0.1496	0.0939	0.0732	0.1117	0.096	0.1339	0.0732	0.1377	0.2026	0.1377	0.158	0.1179	0.1219	0.1179	0.136
chr2L	7158458	7158614	chr2L:7158459-7158614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0185	0.014	0.0275	0.0136	0.0074	0.016	0.019	0.0147	0.0074	0.0217	0.0473	0.0217	0.0186	0.0069	0.0316	0.0069	0.0146
chr2L	7158894	7159045	chr2L:7158895-7159045	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0166	0.0111	0.0214	0.0175	0.0064	0.0117	0.016	0.014	0.0064	0.0121	0.0235	0.0121	0.0511	0.0123	0.0329	0.0123	0.0198
chr2L	7174441	7174592	chr2L:7174442-7174592	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0122	0.0079	0.0141	0.015	0.0021	0.0087	0.013	0.0053	0.0021	0.0085	0.0257	0.0085	0.0077	0.0061	0.0393	0.0061	0.0083
chr2L	7181673	7181848	chr2L:7181674-7181848	FBgn0031893	CG4495	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0625	0.0484	0.076	0.0635	0.0255	0.0592	0.0515	0.0693	0.0255	0.0882	0.0846	0.0882	0.079	0.072	0.0716	0.072	0.0667
chr2L	7181926	7182330	chr2L:7181927-7182330	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1613	0.1419	0.1953	0.1455	0.1007	0.1738	0.16	0.1772	0.1007	0.2222	0.2206	0.2222	0.1975	0.1562	0.1515	0.1562	0.1662
chr2L	7182447	7182629	chr2L:7182448-7182629	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0574	0.0576	0.0713	0.0419	0.0318	0.0782	0.067	0.066	0.0318	0.0894	0.0781	0.0894	0.0713	0.0559	0.0374	0.0559	0.0511
chr2L	7182631	7182782	chr2L:7182632-7182782	FBgn0031893	CG4495	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.036	0.039	0.0428	0.0251	0.0127	0.0587	0.0497	0.0353	0.0127	0.0543	0.0463	0.0543	0.0387	0.0368	0.0251	0.0368	0.0266
chr2L	7188380	7188576	chr2L:7188381-7188576	FBgn0031894	CG4496	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0591	0.0363	0.0549	0.0891	0.0159	0.0485	0.0441	0.0393	0.0159	0.0622	0.0489	0.0622	0.0945	0.1011	0.0606	0.1011	0.1105
chr2L	7188696	7188940	chr2L:7188697-7188940	distal	distal	stage11,stage14	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0801	0.0344	0.0749	0.1367	0.0106	0.0558	0.0363	0.0353	0.0106	0.0761	0.0714	0.0761	0.1332	0.1478	0.0812	0.1478	0.2032
chr2L	7193328	7193527	chr2L:7193329-7193527	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0297	0.0246	0.0411	0.0228	0.0074	0.0417	0.0264	0.022	0.0074	0.1238	0.0219	0.1238	0.0186	0.0735	0.0116	0.0735	0.0135
chr2L	7194056	7194262	chr2L:7194057-7194262	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0887	0.0922	0.1156	0.0553	0.0414	0.1068	0.1025	0.1412	0.0414	0.1806	0.118	0.1806	0.0883	0.0605	0.0484	0.0605	0.0464
chr2L	7194330	7194519	chr2L:7194331-7194519	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1243	0.1139	0.1595	0.0972	0.0636	0.1422	0.1263	0.1432	0.0636	0.2071	0.1707	0.2071	0.1526	0.111	0.089	0.111	0.1183
chr2L	7194543	7194739	chr2L:7194544-7194739	FBgn0031895	CG4497	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1291	0.1178	0.157	0.1113	0.0732	0.1432	0.1228	0.1659	0.0732	0.2011	0.1801	0.2011	0.1394	0.121	0.107	0.121	0.136
chr2L	7194824	7195242	chr2L:7194825-7195242	FBgn0031895	CG4497	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0615	0.0667	0.0654	0.0515	0.0477	0.0743	0.0804	0.0839	0.0477	0.0936	0.0746	0.0936	0.0565	0.0605	0.0503	0.0605	0.0677
chr2L	7199942	7200240	chr2L:7199943-7200240	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0557	0.0591	0.0415	0.0675	0.0392	0.0602	0.0722	0.0806	0.0392	0.0374	0.0428	0.0374	0.0534	0.098	0.0606	0.098	0.0703
chr2L	7200602	7200753	chr2L:7200603-7200753	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0169	0.0152	0.0141	0.0217	0.0095	0.0146	0.0234	0.0167	0.0095	0.0199	0.0145	0.0199	0.0147	0.0168	0.0193	0.0168	0.0292
chr2L	7200790	7201032	chr2L:7200791-7201032	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0293	0.028	0.0234	0.0372	0.0127	0.033	0.0402	0.0273	0.0127	0.0326	0.0267	0.0326	0.0201	0.0214	0.038	0.0214	0.0438
chr2L	7202811	7202962	chr2L:7202812-7202962	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0219	0.0155	0.0202	0.0311	0.0053	0.0126	0.0264	0.0167	0.0053	0.0217	0.0219	0.0217	0.0248	0.0567	0.0258	0.0567	0.0276
chr2L	7203643	7203979	chr2L:7203644-7203979	FBgn0031896	CG4502	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.061	0.0477	0.0608	0.0762	0.0276	0.0456	0.0597	0.0713	0.0276	0.0586	0.0627	0.0586	0.0713	0.0505	0.0632	0.0505	0.074
chr2L	7204204	7204413	chr2L:7204205-7204413	FBgn0031896	CG4502	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1342	0.1238	0.1514	0.1269	0.088	0.1379	0.1449	0.1559	0.088	0.1824	0.1672	0.1824	0.1619	0.1348	0.1115	0.1348	0.1631
chr2L	7204527	7204708	chr2L:7204528-7204708	FBgn0031896	CG4502	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0534	0.0648	0.0518	0.0425	0.0541	0.0563	0.0895	0.0786	0.0541	0.0574	0.0601	0.0574	0.0542	0.0559	0.038	0.0559	0.0552
chr2L	7204804	7204955	chr2L:7204805-7204955	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.041	0.0239	0.0233	0.035	0.0262	0.064	0.048	0.035	0.0284	0.0244	0.0284	0.0318	0.023	0.0239	0.023	0.0344
chr2L	7205851	7206002	chr2L:7205852-7206002	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0264	0.0399	0.0226	0.0155	0.0286	0.0325	0.061	0.0473	0.0286	0.0236	0.0248	0.0236	0.0271	0.0145	0.0161	0.0145	0.0193
chr2L	7211772	7211944	chr2L:7211773-7211944	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0593	0.0263	0.0148	0.0361	0.0544	0.0804	0.0773	0.0361	0.0332	0.0338	0.0332	0.017	0.0115	0.0148	0.0115	0.0229
chr2L	7212465	7212738	chr2L:7212466-7212738	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0408	0.0552	0.0373	0.0284	0.0308	0.0801	0.0484	0.0759	0.0308	0.0435	0.0405	0.0435	0.0434	0.0207	0.0187	0.0207	0.0391
chr2L	7212785	7212936	chr2L:7212786-7212936	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0227	0.0279	0.0179	0.0221	0.0127	0.0325	0.0311	0.0406	0.0127	0.0242	0.018	0.0242	0.0248	0.0184	0.011	0.0184	0.0323
chr2L	7213714	7213904	chr2L:7213715-7213904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.031	0.0338	0.0268	0.0326	0.0255	0.0325	0.042	0.046	0.0255	0.0229	0.0251	0.0229	0.0488	0.0123	0.011	0.0123	0.0933
chr2L	7215027	7215205	chr2L:7215028-7215205	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0333	0.037	0.0292	0.0336	0.0244	0.0311	0.0619	0.0326	0.0244	0.0254	0.0248	0.0254	0.0705	0.0107	0.0116	0.0107	0.0964
chr2L	7218122	7218360	chr2L:7218123-7218360	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.081	0.1569	0.0576	0.022	0.1315	0.1286	0.2115	0.2125	0.1315	0.0513	0.0637	0.0513	0.0937	0.0214	0.0148	0.0214	0.036
chr2L	7218858	7219128	chr2L:7218859-7219128	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0652	0.0803	0.0734	0.0394	0.0657	0.0772	0.0978	0.1053	0.0657	0.1286	0.0666	0.1286	0.0798	0.0835	0.0251	0.0835	0.0453
chr2L	7219339	7219577	chr2L:7219340-7219577	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1373	0.1884	0.134	0.0837	0.1877	0.185	0.2189	0.2425	0.1877	0.1769	0.1495	0.1769	0.1092	0.144	0.0767	0.144	0.0891
chr2L	7219639	7219814	chr2L:7219640-7219814	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1047	0.1157	0.1162	0.0799	0.0923	0.1296	0.1345	0.1492	0.0923	0.1443	0.1299	0.1443	0.0991	0.108	0.0767	0.108	0.0948
chr2L	7219932	7220133	chr2L:7219933-7220133	FBgn0031897	CG13784	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1964	0.2031	0.2237	0.1589	0.1697	0.2175	0.2396	0.2618	0.1697	0.2754	0.2405	0.2754	0.2215	0.1884	0.1509	0.1884	0.1939
chr2L	7220661	7220861	chr2L:7220662-7220861	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0483	0.0435	0.0524	0.0492	0.0233	0.0534	0.0627	0.0366	0.0233	0.0888	0.0466	0.0888	0.0565	0.1126	0.0284	0.1126	0.0552
chr2L	7222741	7222892	chr2L:7222742-7222892	FBgn0263133	ico	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0457	0.0491	0.0384	0.0297	0.0481	0.0688	0.0453	0.0297	0.0477	0.0547	0.0477	0.0527	0.0337	0.0464	0.0337	0.0479
chr2L	7223003	7223181	chr2L:7223004-7223181	FBgn0263133	ico	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.0996	0.1048	0.0831	0.0827	0.1053	0.1332	0.1086	0.0827	0.1159	0.1167	0.1159	0.1255	0.0881	0.0896	0.0881	0.1073
chr2L	7226741	7226940	chr2L:7226742-7226940	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0565	0.0751	0.056	0.0362	0.0498	0.0694	0.1051	0.0953	0.0498	0.0737	0.0617	0.0737	0.0581	0.0429	0.0309	0.0429	0.0542
chr2L	7227045	7227196	chr2L:7227046-7227196	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0228	0.0327	0.022	0.0128	0.0308	0.0257	0.0545	0.032	0.0308	0.0278	0.0238	0.0278	0.0263	0.0115	0.009	0.0115	0.0208
chr2L	7227611	7227762	chr2L:7227612-7227762	FBgn0264343	CG43799	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0194	0.0211	0.0198	0.0171	0.0191	0.0107	0.0372	0.0227	0.0191	0.0229	0.0183	0.0229	0.0341	0.01	0.0064	0.01	0.0464
chr2L	7228815	7229071	chr2L:7228816-7229071	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0229	0.0411	0.0137	0.0125	0.0286	0.0388	0.0532	0.0573	0.0286	0.0157	0.0125	0.0157	0.0248	0.0084	0.0135	0.0084	0.025
chr2L	7233609	7233819	chr2L:7233610-7233819	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0163	0.0238	0.0141	0.0103	0.0148	0.0131	0.0458	0.0233	0.0148	0.0121	0.0158	0.0121	0.0186	0.0092	0.0084	0.0092	0.0162
chr2L	7239287	7239438	chr2L:7239288-7239438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0187	0.0237	0.0193	0.0125	0.0191	0.017	0.045	0.0167	0.0191	0.0139	0.0209	0.0139	0.0341	0.0084	0.0148	0.0084	0.0208
chr2L	7239982	7240133	chr2L:7239983-7240133	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0108	0.0138	0.0071	0.0116	0.0117	0.0068	0.0281	0.012	0.0117	0.006	0.0096	0.006	0.0077	0.0046	0.0077	0.0046	0.0302
chr2L	7240460	7240611	chr2L:7240461-7240611	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0212	0.0269	0.0173	0.0192	0.0191	0.0257	0.048	0.018	0.0191	0.0145	0.0199	0.0145	0.0263	0.0153	0.0123	0.0153	0.0459
chr2L	7240950	7241101	chr2L:7240951-7241101	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0207	0.0226	0.0176	0.022	0.0148	0.0199	0.0381	0.0207	0.0148	0.0115	0.0206	0.0115	0.0333	0.0214	0.0206	0.0214	0.0412
chr2L	7241659	7241857	chr2L:7241660-7241857	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0458	0.0667	0.0449	0.0234	0.0456	0.0447	0.106	0.0859	0.0456	0.0284	0.0801	0.0284	0.0217	0.013	0.0529	0.013	0.0188
chr2L	7243795	7243995	chr2L:7243796-7243995	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0293	0.0254	0.0302	0.0326	0.018	0.0209	0.045	0.0193	0.018	0.0223	0.0215	0.0223	0.0899	0.0199	0.0232	0.0199	0.0584
chr2L	7244921	7245072	chr2L:7244922-7245072	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0274	0.057	0.0147	0.0082	0.0562	0.0364	0.0804	0.0753	0.0562	0.0133	0.0209	0.0133	0.0132	0.0077	0.0103	0.0077	0.0083
chr2L	7245311	7245652	chr2L:7245312-7245652	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0962	0.1466	0.0846	0.0526	0.1474	0.1063	0.2132	0.1765	0.1474	0.058	0.1376	0.058	0.0651	0.0268	0.1231	0.0268	0.0443
chr2L	7247520	7247704	chr2L:7247521-7247704	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.034	0.0748	0.0147	0.0097	0.0827	0.0393	0.1289	0.0766	0.0827	0.0133	0.0199	0.0133	0.0101	0.0084	0.0129	0.0084	0.0073
chr2L	7249450	7249659	chr2L:7249451-7249659	FBgn0259111	Ndae1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1226	0.1373	0.149	0.0773	0.1241	0.1417	0.1817	0.1446	0.1241	0.2053	0.1711	0.2053	0.1038	0.0919	0.0374	0.0919	0.0297
chr2L	7254666	7254861	chr2L:7254667-7254861	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.062	0.0604	0.0754	0.0492	0.0371	0.0709	0.0722	0.0766	0.0371	0.0658	0.0952	0.0658	0.086	0.0413	0.0632	0.0413	0.0594
chr2L	7254927	7255170	chr2L:7254928-7255170	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0583	0.0507	0.0721	0.0517	0.0382	0.0626	0.0593	0.054	0.0382	0.0501	0.0961	0.0501	0.0991	0.0176	0.0986	0.0176	0.0735
chr2L	7256376	7256527	chr2L:7256377-7256527	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0296	0.027	0.0369	0.0245	0.0138	0.0243	0.0342	0.0413	0.0138	0.0314	0.0514	0.0314	0.0395	0.0306	0.0316	0.0306	0.0318
chr2L	7258206	7258379	chr2L:7258207-7258379	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1059	0.0976	0.1222	0.0972	0.0647	0.0971	0.1302	0.1246	0.0647	0.1419	0.1344	0.1419	0.141	0.0888	0.0954	0.0888	0.1443
chr2L	7260056	7260251	chr2L:7260057-7260251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0214	0.0125	0.0241	0.0283	0.0011	0.0146	0.0186	0.016	0.0011	0.0217	0.0334	0.0217	0.0225	0.0536	0.0451	0.0536	0.0172
chr2L	7261905	7262056	chr2L:7261906-7262056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0162	0.009	0.0156	0.0248	0.0053	0.0087	0.0151	0.0087	0.0053	0.0229	0.0141	0.0229	0.0108	0.0092	0.0084	0.0092	0.012
chr2L	7262287	7262438	chr2L:7262288-7262438	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0082	0.0174	0.0242	0.0011	0.0087	0.0117	0.012	0.0011	0.0242	0.0151	0.0242	0.0077	0.0115	0.0077	0.0115	0.0057
chr2L	7263040	7263191	chr2L:7263041-7263191	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.0145	0.0181	0.0202	0.0021	0.0165	0.0264	0.012	0.0021	0.0302	0.0167	0.0302	0.0085	0.0283	0.0155	0.0283	0.012
chr2L	7265071	7265251	chr2L:7265072-7265251	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0311	0.0194	0.0317	0.0433	0.0053	0.0214	0.0247	0.0286	0.0053	0.0254	0.0289	0.0254	0.0116	0.0329	0.0219	0.0329	0.0182
chr2L	7265411	7265623	chr2L:7265412-7265623	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0296	0.0208	0.0316	0.0372	0.0117	0.0189	0.0298	0.0266	0.0117	0.0338	0.0367	0.0338	0.0279	0.0605	0.0361	0.0605	0.0234
chr2L	7266601	7266752	chr2L:7266602-7266752	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0231	0.0288	0.0246	0.015	0.0127	0.0422	0.0337	0.0247	0.0127	0.0332	0.0267	0.0332	0.0147	0.0222	0.0155	0.0222	0.0146
chr2L	7267313	7267464	chr2L:7267314-7267464	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0189	0.0132	0.0275	0.0157	0.0042	0.0165	0.0173	0.0173	0.0042	0.035	0.0363	0.035	0.024	0.0245	0.0187	0.0245	0.013
chr2L	7267594	7267845	chr2L:7267595-7267845	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0303	0.0174	0.0404	0.0336	0.0074	0.0272	0.0182	0.0207	0.0074	0.0489	0.0466	0.0489	0.0473	0.0574	0.0342	0.0574	0.0339
chr2L	7268734	7268885	chr2L:7268735-7268885	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0143	0.0103	0.0164	0.0166	0.0032	0.0107	0.0143	0.0133	0.0032	0.0163	0.026	0.0163	0.0023	0.0069	0.0484	0.0069	0.0094
chr2L	7269239	7269390	chr2L:7269240-7269390	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0132	0.0105	0.0152	0.0139	0.0074	0.0121	0.016	0.0073	0.0074	0.0115	0.0225	0.0115	0.0139	0.0084	0.0316	0.0084	0.0094
chr2L	7270136	7270310	chr2L:7270137-7270310	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0203	0.0128	0.0259	0.0226	0.0042	0.0117	0.0242	0.01	0.0042	0.0242	0.0392	0.0242	0.0201	0.0237	0.0419	0.0237	0.0182
chr2L	7270654	7270901	chr2L:7270655-7270901	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0303	0.0199	0.0463	0.0244	0.0053	0.0257	0.0229	0.0253	0.0053	0.035	0.065	0.035	0.0116	0.0268	0.0348	0.0268	0.024
chr2L	7272040	7272191	chr2L:7272041-7272191	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0156	0.0123	0.0176	0.0169	0.0064	0.016	0.016	0.0133	0.0064	0.0151	0.0164	0.0151	0.0085	0.0077	0.0084	0.0077	0.0083
chr2L	7272507	7272741	chr2L:7272508-7272741	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0467	0.0258	0.068	0.0465	0.0053	0.0383	0.0247	0.0406	0.0053	0.0411	0.0801	0.0411	0.031	0.0145	0.0309	0.0145	0.0266
chr2L	7276663	7276901	chr2L:7276664-7276901	FBgn0010453	Wnt4	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0689	0.0366	0.1108	0.0589	0.018	0.0544	0.0342	0.0466	0.018	0.0839	0.1762	0.0839	0.0821	0.0505	0.1186	0.0505	0.0505
chr2L	7277091	7277294	chr2L:7277092-7277294	FBgn0010453	Wnt4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1623	0.1098	0.2143	0.1638	0.0827	0.149	0.1064	0.1432	0.0827	0.2633	0.2389	0.2633	0.2045	0.1914	0.185	0.1914	0.161
chr2L	7278358	7278623	chr2L:7278359-7278623	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0586	0.0289	0.0996	0.0468	0.0106	0.0451	0.029	0.0393	0.0106	0.0537	0.146	0.0537	0.1572	0.0168	0.0658	0.0168	0.0959
chr2L	7281248	7281408	chr2L:7281249-7281408	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0381	0.0541	0.0369	0.0286	0.0359	0.0506	0.0513	0.0286	0.058	0.063	0.058	0.0488	0.0436	0.0316	0.0436	0.0438
chr2L	7281552	7281733	chr2L:7281553-7281733	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1442	0.1314	0.1745	0.1253	0.0838	0.1427	0.1561	0.1779	0.0838	0.2101	0.1971	0.2101	0.158	0.1279	0.1212	0.1279	0.1631
chr2L	7281982	7282155	chr2L:7281983-7282155	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0422	0.0511	0.05	0.0237	0.035	0.051	0.0588	0.0753	0.035	0.0453	0.0662	0.0453	0.0403	0.0268	0.0213	0.0268	0.0313
chr2L	7282598	7282749	chr2L:7282599-7282749	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0172	0.0133	0.0168	0.0221	0.0021	0.0107	0.0238	0.0147	0.0021	0.0139	0.0212	0.0139	0.0155	0.0145	0.0174	0.0145	0.0521
chr2L	7288817	7288968	chr2L:7288818-7288968	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0168	0.0148	0.0201	0.0155	0.0032	0.0141	0.0221	0.0227	0.0032	0.0151	0.026	0.0151	0.0287	0.0115	0.0251	0.0115	0.0219
chr2L	7289638	7289789	chr2L:7289639-7289789	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0311	0.0619	0.0208	0.0078	0.0604	0.032	0.093	0.0886	0.0604	0.0187	0.0286	0.0187	0.0139	0.0107	0.0064	0.0107	0.0057
chr2L	7289946	7290162	chr2L:7289947-7290162	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0652	0.1392	0.0395	0.0107	0.1241	0.0811	0.1808	0.2298	0.1241	0.038	0.0637	0.038	0.0116	0.0077	0.0123	0.0077	0.0083
chr2L	7290289	7290569	chr2L:7290290-7290569	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0533	0.1064	0.0346	0.0145	0.0986	0.0675	0.151	0.1532	0.0986	0.0266	0.054	0.0266	0.0155	0.013	0.0239	0.013	0.0089
chr2L	7291534	7291685	chr2L:7291535-7291685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0218	0.0368	0.0214	0.0056	0.0159	0.0534	0.0381	0.0426	0.0159	0.0103	0.0373	0.0103	0.0194	0.0069	0.009	0.0069	0.0063
chr2L	7293092	7293243	chr2L:7293093-7293243	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.028	0.014	0.041	0.0294	0.0032	0.0189	0.0195	0.0133	0.0032	0.0236	0.0765	0.0236	0.0178	0.0345	0.0664	0.0345	0.0214
chr2L	7293318	7293488	chr2L:7293319-7293488	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0295	0.0141	0.0485	0.026	0.0042	0.0141	0.0186	0.0207	0.0042	0.0229	0.1026	0.0229	0.0093	0.013	0.0819	0.013	0.0115
chr2L	7294049	7294256	chr2L:7294050-7294256	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0351	0.0308	0.0499	0.0237	0.0085	0.0374	0.0324	0.052	0.0085	0.0199	0.0974	0.0199	0.0201	0.0107	0.0696	0.0107	0.0193
chr2L	7294454	7294623	chr2L:7294455-7294623	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0227	0.0504	0.0213	0.0032	0.0257	0.0238	0.0433	0.0032	0.0199	0.1029	0.0199	0.0147	0.0069	0.0735	0.0069	0.0109
chr2L	7294829	7295103	chr2L:7294830-7295103	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0412	0.0308	0.0607	0.0316	0.0053	0.0456	0.0333	0.0433	0.0053	0.038	0.1003	0.038	0.048	0.0123	0.0658	0.0123	0.0427
chr2L	7295141	7295536	chr2L:7295142-7295536	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0553	0.068	0.0609	0.035	0.0085	0.1199	0.0528	0.0966	0.0085	0.0393	0.0984	0.0393	0.0465	0.0145	0.0574	0.0145	0.0526
chr2L	7295603	7296051	chr2L:7295604-7296051	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0686	0.0911	0.0669	0.0453	0.0074	0.1597	0.0536	0.1539	0.0074	0.0465	0.1158	0.0465	0.0318	0.0207	0.1109	0.0207	0.0505
chr2L	7296237	7296452	chr2L:7296238-7296452	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.0591	0.0614	0.0347	0.0095	0.0816	0.0411	0.1206	0.0095	0.0453	0.1071	0.0453	0.0325	0.0283	0.0716	0.0283	0.0422
chr2L	7296626	7296860	chr2L:7296627-7296860	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0466	0.084	0.042	0.0097	0.0117	0.0917	0.0489	0.2152	0.0117	0.0308	0.0736	0.0308	0.0155	0.0046	0.0239	0.0046	0.0073
chr2L	7299084	7299407	chr2L:7299085-7299407	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0477	0.0572	0.0627	0.0207	0.0286	0.0568	0.0601	0.1046	0.0286	0.035	0.1064	0.035	0.0527	0.0061	0.0464	0.0061	0.0255
chr2L	7299492	7299696	chr2L:7299493-7299696	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0418	0.0732	0.0378	0.0113	0.0551	0.0743	0.093	0.0899	0.0551	0.0308	0.0585	0.0308	0.0271	0.0092	0.0181	0.0092	0.0135
chr2L	7300015	7300341	chr2L:7300016-7300341	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0443	0.0809	0.0396	0.0086	0.0467	0.1248	0.0891	0.0779	0.0467	0.0628	0.046	0.0628	0.0194	0.0092	0.009	0.0092	0.0078
chr2L	7302486	7302637	chr2L:7302487-7302637	distal	distal	none	none	wg_del-wg	wg_del-wg	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0304	0.0248	0.0524	0.0124	0.0032	0.033	0.0255	0.0413	0.0032	0.0616	0.0559	0.0616	0.0349	0.013	0.0155	0.013	0.012
chr2L	7303380	7303544	chr2L:7303381-7303544	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.04	0.0437	0.0522	0.0226	0.0191	0.0451	0.048	0.0799	0.0191	0.0272	0.1032	0.0272	0.0116	0.0092	0.0709	0.0092	0.0104
chr2L	7304471	7304676	chr2L:7304472-7304676	distal	distal	stage5	stage5	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0456	0.1027	0.0244	0.0052	0.0573	0.0966	0.1042	0.1839	0.0573	0.0181	0.0254	0.0181	0.0147	0.0038	0.0097	0.0038	0.0057
chr2L	7305042	7305193	chr2L:7305043-7305193	distal	distal	stage5	stage5	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0321	0.0661	0.0203	0.007	0.0498	0.0563	0.093	0.0873	0.0498	0.0175	0.028	0.0175	0.0155	0.0069	0.011	0.0069	0.0068
chr2L	7305617	7305768	chr2L:7305618-7305768	distal	distal	none	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0432	0.0869	0.0294	0.0095	0.071	0.0408	0.1847	0.062	0.071	0.032	0.0379	0.032	0.0217	0.013	0.0129	0.013	0.0083
chr2L	7306266	7306421	chr2L:7306267-7306421	distal	distal	none	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0578	0.0627	0.074	0.0347	0.0318	0.0675	0.0779	0.0866	0.0318	0.0477	0.1254	0.0477	0.0496	0.0329	0.0916	0.0329	0.024
chr2L	7306903	7307113	chr2L:7306904-7307113	FBgn0004009	wg	stage11,stage14,stage5	none	wg_WLZ2.5L	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.2774	0.3199	0.3226	0.1803	0.2969	0.3432	0.3824	0.3664	0.2969	0.3937	0.3762	0.3937	0.3075	0.2435	0.2585	0.2435	0.235
chr2L	7309849	7310000	chr2L:7309850-7310000	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0425	0.0511	0.0621	0.0113	0.0212	0.0553	0.0623	0.0773	0.0212	0.122	0.073	0.122	0.0178	0.0084	0.0219	0.0084	0.013
chr2L	7310288	7310494	chr2L:7310289-7310494	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0605	0.121	0.0476	0.0071	0.1241	0.0699	0.1955	0.1419	0.1241	0.0707	0.065	0.0707	0.0225	0.0069	0.0123	0.0069	0.0047
chr2L	7310767	7310918	chr2L:7310768-7310918	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0409	0.0754	0.0378	0.0058	0.0339	0.0612	0.0657	0.1712	0.0339	0.0266	0.0646	0.0266	0.0178	0.0038	0.0135	0.0038	0.0047
chr2L	7311024	7311175	chr2L:7311025-7311175	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0425	0.0825	0.0334	0.0079	0.0392	0.065	0.0861	0.1666	0.0392	0.0278	0.0479	0.0278	0.0232	0.0054	0.0129	0.0054	0.0078
chr2L	7311622	7311773	chr2L:7311623-7311773	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0431	0.0646	0.0501	0.0113	0.0445	0.065	0.0792	0.0899	0.0445	0.0423	0.0614	0.0423	0.0829	0.0084	0.0174	0.0084	0.0151
chr2L	7312094	7312319	chr2L:7312095-7312319	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0655	0.1122	0.067	0.0118	0.0944	0.1146	0.1462	0.1266	0.0944	0.096	0.0859	0.096	0.0534	0.0153	0.0206	0.0153	0.012
chr2L	7313386	7313537	chr2L:7313387-7313537	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0296	0.0247	0.0367	0.0273	0.0085	0.0277	0.0234	0.0426	0.0085	0.0489	0.046	0.0489	0.0325	0.072	0.0258	0.072	0.0255
chr2L	7313723	7313903	chr2L:7313724-7313903	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0246	0.0243	0.0306	0.0184	0.0053	0.0262	0.0316	0.0353	0.0053	0.0682	0.0318	0.0682	0.0108	0.059	0.0155	0.059	0.0104
chr2L	7315648	7315836	chr2L:7315649-7315836	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0561	0.0842	0.0636	0.0164	0.052	0.084	0.1073	0.1133	0.052	0.0827	0.0817	0.0827	0.0248	0.0115	0.0161	0.0115	0.0083
chr2L	7320317	7320468	chr2L:7320318-7320468	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0165	0.0183	0.0253	0.0049	0.0032	0.0218	0.0234	0.0266	0.0032	0.0048	0.0441	0.0048	0.0279	0.0038	0.009	0.0038	0.0042
chr2L	7320868	7321019	chr2L:7320869-7321019	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0173	0.0214	0.0226	0.0068	0.0095	0.0277	0.0216	0.03	0.0095	0.0236	0.0318	0.0236	0.017	0.0084	0.0123	0.0084	0.0036
chr2L	7321069	7321220	chr2L:7321070-7321220	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0177	0.0228	0.0218	0.0074	0.0095	0.0282	0.0234	0.0346	0.0095	0.0278	0.0277	0.0278	0.0194	0.0084	0.0097	0.0084	0.0073
chr2L	7330625	7330776	chr2L:7330626-7330776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0198	0.0142	0.0234	0.0221	0.0032	0.0204	0.0186	0.012	0.0032	0.0217	0.0299	0.0217	0.0318	0.0429	0.02	0.0429	0.0266
chr2L	7332269	7332420	chr2L:7332270-7332420	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0132	0.0092	0.0183	0.0121	0.0011	0.0126	0.0151	0.0073	0.0011	0.0091	0.0228	0.0091	0.0333	0.01	0.0258	0.01	0.0099
chr2L	7332669	7332894	chr2L:7332670-7332894	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.035	0.0169	0.0428	0.0468	0.0021	0.0257	0.0242	0.0127	0.0021	0.0236	0.0489	0.0236	0.0968	0.0812	0.0593	0.0812	0.0573
chr2L	7333088	7333274	chr2L:7333089-7333274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0455	0.0173	0.0461	0.0765	0.0064	0.0296	0.019	0.014	0.0064	0.0356	0.0466	0.0356	0.1061	0.1554	0.0825	0.1554	0.0917
chr2L	7333536	7333754	chr2L:7333537-7333754	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0182	0.0449	0.0744	0.0042	0.0296	0.0229	0.0147	0.0042	0.0465	0.0479	0.0465	0.0891	0.1462	0.0729	0.1462	0.1053
chr2L	7339630	7339823	chr2L:7339631-7339823	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.027	0.0182	0.0461	0.0159	0.0042	0.0243	0.026	0.02	0.0042	0.0272	0.0659	0.0272	0.0775	0.0161	0.0329	0.0161	0.0162
chr2L	7340177	7340423	chr2L:7340178-7340423	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0745	0.0378	0.1189	0.0668	0.018	0.0568	0.0363	0.05	0.018	0.0996	0.1849	0.0996	0.1232	0.1539	0.1064	0.1539	0.0433
chr2L	7340551	7340741	chr2L:7340552-7340741	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0505	0.0194	0.0714	0.0621	0.0064	0.0306	0.0234	0.0193	0.0064	0.0755	0.1045	0.0755	0.0689	0.1838	0.0819	0.1838	0.024
chr2L	7352825	7352976	chr2L:7352826-7352976	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.017	0.0177	0.0184	0.0146	0.0074	0.017	0.0294	0.0153	0.0074	0.0169	0.0251	0.0169	0.0155	0.0123	0.029	0.0123	0.0151
chr2L	7353434	7353647	chr2L:7353435-7353647	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.022	0.0136	0.0246	0.0284	0.0011	0.0131	0.0234	0.0153	0.0011	0.0187	0.0357	0.0187	0.0279	0.0161	0.0458	0.0161	0.0495
chr2L	7353718	7353979	chr2L:7353719-7353979	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.024	0.0145	0.0319	0.0259	0.0074	0.015	0.0234	0.014	0.0074	0.0229	0.0498	0.0229	0.0318	0.0153	0.0471	0.0153	0.0417
chr2L	7354795	7354994	chr2L:7354796-7354994	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0304	0.0229	0.0565	0.01	0.0042	0.0223	0.0221	0.0486	0.0042	0.0187	0.1158	0.0187	0.0209	0.0069	0.0277	0.0069	0.0042
chr2L	7355335	7355486	chr2L:7355336-7355486	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.015	0.0182	0.0195	0.0064	0.0085	0.017	0.0247	0.0247	0.0085	0.0127	0.0334	0.0127	0.0124	0.0084	0.011	0.0084	0.0052
chr2L	7355628	7355779	chr2L:7355629-7355779	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0162	0.0221	0.0211	0.0042	0.0106	0.0248	0.0316	0.026	0.0106	0.0079	0.0395	0.0079	0.0124	0.0054	0.0084	0.0054	0.0026
chr2L	7355840	7355991	chr2L:7355841-7355991	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.014	0.0158	0.0203	0.0052	0.0085	0.016	0.0199	0.0247	0.0085	0.0157	0.035	0.0157	0.0085	0.0061	0.0071	0.0061	0.0047
chr2L	7358832	7359001	chr2L:7358833-7359001	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.024	0.008	0.0171	0.0493	0.0021	0.0078	0.0134	0.0073	0.0021	0.0139	0.0145	0.0139	0.0139	0.0628	0.0142	0.0628	0.0203
chr2L	7361305	7361456	chr2L:7361306-7361456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.015	0.014	0.0204	0.0103	0.0021	0.0107	0.026	0.0153	0.0021	0.0133	0.026	0.0133	0.0116	0.0054	0.0071	0.0054	0.0052
chr2L	7362986	7363200	chr2L:7362987-7363200	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0212	0.0165	0.0142	0.0138	0.0175	0.0303	0.0313	0.0138	0.0121	0.0161	0.0121	0.007	0.0031	0.0039	0.0031	0.0063
chr2L	7375684	7375835	chr2L:7375685-7375835	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0169	0.0098	0.0228	0.0181	0.0053	0.0112	0.013	0.0127	0.0053	0.026	0.0206	0.026	0.0457	0.0061	0.0148	0.0061	0.0464
chr2L	7386535	7386830	chr2L:7386536-7386830	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0435	0.0573	0.0468	0.0245	0.0498	0.065	0.0657	0.0673	0.0498	0.0827	0.0437	0.0827	0.0457	0.036	0.0168	0.036	0.0344
chr2L	7387114	7387377	chr2L:7387115-7387377	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0476	0.0376	0.0635	0.0415	0.0233	0.0607	0.0342	0.0413	0.0233	0.096	0.0569	0.096	0.0953	0.0651	0.0264	0.0651	0.0703
chr2L	7387696	7387847	chr2L:7387697-7387847	FBgn0031904	CG5149	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0329	0.0595	0.0366	0.017	0.0495	0.0316	0.042	0.017	0.0725	0.0659	0.0725	0.0713	0.0406	0.0426	0.0406	0.038
chr2L	7387922	7388113	chr2L:7387923-7388113	FBgn0031904,FBgn0031905	CG5149,CG5155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1002	0.0895	0.1258	0.0841	0.0541	0.1049	0.1021	0.1199	0.0541	0.151	0.1415	0.151	0.1123	0.0735	0.0961	0.0735	0.0891
chr2L	7388180	7388366	chr2L:7388181-7388366	FBgn0031904,FBgn0031905	CG5149,CG5155	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1325	0.1099	0.1698	0.1168	0.0742	0.1354	0.1224	0.1419	0.0742	0.2053	0.1884	0.2053	0.1596	0.1225	0.1206	0.1225	0.1475
chr2L	7397227	7397378	chr2L:7397228-7397378	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.013	0.0092	0.0129	0.0173	0.0042	0.0073	0.0143	0.012	0.0042	0.0109	0.0161	0.0109	0.0186	0.0345	0.0193	0.0345	0.0156
chr2L	7398687	7398864	chr2L:7398688-7398864	FBgn0031906	CG5160	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0382	0.0258	0.0373	0.0532	0.0148	0.0282	0.035	0.0273	0.0148	0.0356	0.0389	0.0356	0.0651	0.0681	0.0761	0.0681	0.0625
chr2L	7402993	7403144	chr2L:7402994-7403144	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0134	0.0121	0.0118	0.0167	0.0053	0.0092	0.0229	0.0113	0.0053	0.0085	0.0148	0.0085	0.0186	0.0092	0.0129	0.0092	0.0386
chr2L	7405063	7405214	chr2L:7405064-7405214	FBgn0031908	CG5177	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0204	0.0165	0.0168	0.0287	0.0042	0.017	0.0285	0.0147	0.0042	0.0181	0.0199	0.0181	0.0209	0.1087	0.0084	0.1087	0.012
chr2L	7406492	7406643	chr2L:7406493-7406643	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0133	0.0092	0.0098	0.0217	0.0053	0.0097	0.013	0.0087	0.0053	0.0139	0.01	0.0139	0.0101	0.072	0.009	0.072	0.0125
chr2L	7407741	7407951	chr2L:7407742-7407951	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0328	0.0236	0.0299	0.0462	0.0127	0.0238	0.035	0.0233	0.0127	0.0574	0.0286	0.0574	0.0271	0.1753	0.0245	0.1753	0.0229
chr2L	7409414	7409635	chr2L:7409415-7409635	FBgn0031909	CG5181	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0504	0.042	0.0582	0.0512	0.017	0.0481	0.0519	0.0566	0.017	0.0725	0.0653	0.0725	0.0542	0.0704	0.0567	0.0704	0.0615
chr2L	7409697	7409880	chr2L:7409698-7409880	FBgn0031909	CG5181	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0762	0.0627	0.0881	0.0783	0.053	0.0757	0.067	0.0759	0.053	0.1039	0.1023	0.1039	0.079	0.0995	0.0793	0.0995	0.1006
chr2L	7410031	7410182	chr2L:7410032-7410182	FBgn0031909	CG5181	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0243	0.0186	0.0274	0.0272	0.0074	0.0233	0.0234	0.0207	0.0074	0.0296	0.0299	0.0296	0.0318	0.0237	0.0232	0.0237	0.0479
chr2L	7411565	7411904	chr2L:7411566-7411904	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0561	0.0601	0.0669	0.0397	0.018	0.0689	0.0917	0.0593	0.018	0.0876	0.0723	0.0876	0.0604	0.0482	0.0374	0.0482	0.0479
chr2L	7412311	7412503	chr2L:7412312-7412503	FBgn0028387	chm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1109	0.0998	0.1392	0.092	0.0689	0.115	0.1233	0.1179	0.0689	0.1715	0.1453	0.1715	0.1433	0.0957	0.1025	0.0957	0.1146
chr2L	7412580	7412790	chr2L:7412581-7412790	FBgn0028387	chm	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0516	0.0608	0.0398	0.0212	0.0529	0.0757	0.0633	0.0212	0.0731	0.0617	0.0731	0.0705	0.0391	0.0419	0.0391	0.0479
chr2L	7418457	7418718	chr2L:7418458-7418718	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0782	0.0957	0.0647	0.0734	0.0573	0.0961	0.0995	0.1639	0.0573	0.0411	0.0685	0.0411	0.1177	0.0352	0.098	0.0352	0.0782
chr2L	7419701	7419891	chr2L:7419702-7419891	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0664	0.0774	0.0549	0.0666	0.0424	0.0816	0.0913	0.1113	0.0424	0.0628	0.0534	0.0628	0.048	0.0544	0.0264	0.0544	0.05
chr2L	7419986	7420336	chr2L:7419987-7420336	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.102	0.1011	0.0906	0.1156	0.0636	0.115	0.112	0.1446	0.0636	0.0954	0.0772	0.0954	0.1022	0.1003	0.0477	0.1003	0.1063
chr2L	7420559	7420713	chr2L:7420560-7420713	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0268	0.0231	0.0245	0.0334	0.0106	0.0184	0.0359	0.032	0.0106	0.0254	0.0167	0.0254	0.0132	0.01	0.011	0.01	0.0156
chr2L	7421021	7421176	chr2L:7421022-7421176	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.028	0.0241	0.0272	0.0334	0.0053	0.0306	0.0294	0.0293	0.0053	0.0266	0.0209	0.0266	0.0287	0.0107	0.0148	0.0107	0.0193
chr2L	7422537	7422776	chr2L:7422538-7422776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0541	0.0376	0.0522	0.0748	0.0159	0.0403	0.048	0.048	0.0159	0.0386	0.0569	0.0386	0.096	0.0842	0.1206	0.0842	0.0766
chr2L	7423502	7423668	chr2L:7423503-7423668	FBgn0264439	CR43857	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0546	0.0314	0.0707	0.0629	0.0074	0.0422	0.0437	0.032	0.0074	0.0833	0.0582	0.0833	0.1332	0.0919	0.0477	0.0919	0.0907
chr2L	7424979	7425169	chr2L:7424980-7425169	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.03	0.0471	0.0641	0.0191	0.0311	0.0415	0.036	0.0191	0.0284	0.0598	0.0284	0.0852	0.0651	0.0993	0.0651	0.0891
chr2L	7425777	7426026	chr2L:7425778-7426026	FBgn0262453,FBgn0262458	mir-275,mir-305	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0634	0.0471	0.083	0.06	0.0233	0.0592	0.0497	0.0666	0.0233	0.0785	0.1058	0.0785	0.1084	0.0651	0.0986	0.0651	0.0589
chr2L	7426308	7426459	chr2L:7426309-7426459	FBgn0031912,FBgn0262458	CG5261,mir-305	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.048	0.0339	0.0581	0.0525	0.017	0.0422	0.0355	0.0493	0.017	0.0737	0.0669	0.0737	0.0658	0.0773	0.0567	0.0773	0.0636
chr2L	7426544	7426720	chr2L:7426545-7426720	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1218	0.0955	0.1406	0.1305	0.0551	0.1243	0.1034	0.1193	0.0551	0.1733	0.1608	0.1733	0.1387	0.1455	0.1431	0.1455	0.1516
chr2L	7426901	7427089	chr2L:7426902-7427089	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1535	0.1199	0.1865	0.1549	0.0689	0.1675	0.1142	0.1506	0.0689	0.2385	0.208	0.2385	0.1844	0.1646	0.167	0.1646	0.2032
chr2L	7427177	7427412	chr2L:7427178-7427412	FBgn0031912	CG5261	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.0668	0.1234	0.0848	0.0191	0.0913	0.0727	0.0913	0.0191	0.157	0.1437	0.157	0.1154	0.1118	0.0916	0.1118	0.1094
chr2L	7427439	7427831	chr2L:7427440-7427831	distal	distal	stage11,stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.083	0.0634	0.0996	0.0868	0.0318	0.0714	0.077	0.0899	0.0318	0.1286	0.1026	0.1286	0.117	0.0926	0.0716	0.0926	0.1595
chr2L	7432316	7432518	chr2L:7432317-7432518	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0318	0.0179	0.0274	0.0521	0.0095	0.0223	0.0238	0.016	0.0095	0.0151	0.0196	0.0151	0.0899	0.0222	0.0226	0.0222	0.1506
chr2L	7433085	7433237	chr2L:7433086-7433237	FBgn0031913	CG5958	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0187	0.0121	0.017	0.0279	0.0032	0.0136	0.019	0.0127	0.0032	0.0139	0.0093	0.0139	0.0511	0.0092	0.0161	0.0092	0.0771
chr2L	7433494	7433703	chr2L:7433495-7433703	FBgn0031913	CG5958	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0299	0.0157	0.025	0.0512	0.0042	0.0194	0.029	0.0093	0.0042	0.0127	0.0132	0.0127	0.093	0.0145	0.0116	0.0145	0.16
chr2L	7434337	7434488	chr2L:7434338-7434488	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0141	0.009	0.011	0.0233	0.0021	0.0107	0.0125	0.01	0.0021	0.0103	0.0087	0.0103	0.0271	0.0107	0.0052	0.0107	0.0709
chr2L	7436937	7437088	chr2L:7436938-7437088	FBgn0031914	CG5973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0209	0.0095	0.0119	0.0434	0.0032	0.0126	0.013	0.0093	0.0032	0.0054	0.0113	0.0054	0.0318	0.0077	0.0645	0.0077	0.086
chr2L	7437280	7437462	chr2L:7437281-7437462	FBgn0031914	CG5973	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0235	0.0087	0.0124	0.0522	0.0032	0.0097	0.0125	0.0113	0.0032	0.0042	0.0122	0.0042	0.0318	0.0092	0.0832	0.0092	0.086
chr2L	7437830	7437981	chr2L:7437831-7437981	FBgn0031914	CG5973	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0113	0.0081	0.009	0.0174	0.0042	0.0053	0.0134	0.0087	0.0042	0.0024	0.0103	0.0024	0.0139	0.0015	0.0368	0.0015	0.012
chr2L	7440305	7440456	chr2L:7440306-7440456	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0107	0.0069	0.0142	0.0111	0.0011	0.0073	0.0099	0.01	0.0011	0.0103	0.0125	0.0103	0.0403	0.0046	0.0058	0.0046	0.0297
chr2L	7440565	7440716	chr2L:7440566-7440716	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0152	0.0087	0.0154	0.0221	0.0042	0.0107	0.0134	0.0073	0.0042	0.0127	0.0129	0.0127	0.0387	0.0061	0.0064	0.0061	0.0667
chr2L	7440779	7440930	chr2L:7440780-7440930	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0175	0.0102	0.0141	0.0294	0.0064	0.0107	0.0147	0.0107	0.0064	0.0109	0.0125	0.0109	0.0333	0.0115	0.0155	0.0115	0.0844
chr2L	7442298	7442449	chr2L:7442299-7442449	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0095	0.0077	0.0082	0.013	0.0042	0.0053	0.0121	0.01	0.0042	0.0054	0.0116	0.0054	0.0116	0.0061	0.029	0.0061	0.0151
chr2L	7447611	7447762	chr2L:7447612-7447762	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0111	0.017	0.0214	0.0085	0.0102	0.0156	0.0127	0.0085	0.0193	0.0167	0.0193	0.0287	0.0168	0.0226	0.0168	0.0422
chr2L	7447842	7448029	chr2L:7447843-7448029	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0241	0.0409	0.0471	0.0117	0.0238	0.0298	0.034	0.0117	0.0465	0.0418	0.0465	0.0666	0.0452	0.0606	0.0452	0.0839
chr2L	7448100	7448274	chr2L:7448101-7448274	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0367	0.0273	0.0395	0.0441	0.0106	0.0282	0.0376	0.032	0.0106	0.0423	0.0383	0.0423	0.0728	0.0406	0.0535	0.0406	0.0818
chr2L	7452005	7452156	chr2L:7452006-7452156	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0242	0.0222	0.0283	0.022	0.0117	0.0238	0.029	0.024	0.0117	0.0229	0.0392	0.0229	0.0387	0.0199	0.0219	0.0199	0.0313
chr2L	7452227	7452393	chr2L:7452228-7452393	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0395	0.0542	0.0433	0.017	0.0466	0.0493	0.0486	0.017	0.0531	0.0691	0.0531	0.0651	0.0398	0.0503	0.0398	0.0599
chr2L	7459559	7459710	chr2L:7459560-7459710	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0149	0.016	0.0162	0.0124	0.0085	0.0194	0.0208	0.018	0.0085	0.0109	0.0161	0.0109	0.0349	0.0115	0.0155	0.0115	0.0214
chr2L	7459866	7460017	chr2L:7459867-7460017	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0159	0.0146	0.0216	0.0111	0.0053	0.0175	0.0216	0.0153	0.0053	0.0103	0.018	0.0103	0.0666	0.0077	0.0071	0.0077	0.0229
chr2L	7466139	7466594	chr2L:7466140-7466594	FBgn0031918	CG6055	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0711	0.0715	0.0893	0.0506	0.0509	0.0694	0.09	0.0979	0.0509	0.0399	0.1643	0.0399	0.0434	0.0107	0.1721	0.0107	0.0219
chr2L	7470360	7470511	chr2L:7470361-7470511	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	VT3764.1	VT3764.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.018	0.0223	0.019	0.012	0.0064	0.0228	0.0303	0.0293	0.0064	0.0163	0.0315	0.0163	0.0147	0.0046	0.0284	0.0046	0.0099
chr2L	7483668	7483856	chr2L:7483669-7483856	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0247	0.0197	0.026	0.0288	0.0064	0.0262	0.0298	0.0167	0.0064	0.0519	0.0193	0.0519	0.0325	0.0881	0.0123	0.0881	0.0193
chr2L	7491458	7491609	chr2L:7491459-7491609	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0326	0.0491	0.0316	0.0152	0.0329	0.0335	0.0727	0.07	0.0329	0.0121	0.0527	0.0121	0.0403	0.0107	0.0374	0.0107	0.0104
chr2L	7494050	7494258	chr2L:7494051-7494258	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0263	0.0174	0.0334	0.0283	0.0064	0.0218	0.0234	0.0207	0.0064	0.0266	0.0305	0.0266	0.0782	0.0145	0.0271	0.0145	0.0651
chr2L	7494679	7494893	chr2L:7494680-7494893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0579	0.0328	0.0802	0.0614	0.0085	0.0471	0.0346	0.046	0.0085	0.0682	0.1225	0.0682	0.0837	0.0475	0.1109	0.0475	0.0928
chr2L	7495357	7495847	chr2L:7495358-7495847	FBgn0260486	CG42533	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1992	0.2296	0.208	0.1555	0.1909	0.2228	0.266	0.3225	0.1909	0.2277	0.2617	0.2277	0.1689	0.1256	0.2257	0.1256	0.0995
chr2L	7496245	7496523	chr2L:7496246-7496523	FBgn0260486	CG42533	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2333	0.1862	0.291	0.2227	0.1251	0.232	0.1821	0.2612	0.1251	0.3744	0.3257	0.3744	0.2804	0.2443	0.2489	0.2443	0.2637
chr2L	7496809	7497026	chr2L:7496810-7497026	FBgn0011283	Pbprp5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0548	0.0518	0.074	0.037	0.0191	0.0655	0.064	0.066	0.0191	0.0864	0.0846	0.0864	0.0829	0.0467	0.0496	0.0467	0.0391
chr2L	7498344	7498519	chr2L:7498345-7498519	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade5	0.0431	0.0659	0.0437	0.017	0.0626	0.0641	0.0943	0.0633	0.0626	0.0465	0.0495	0.0465	0.0372	0.0115	0.0187	0.0115	0.0281
chr2L	7503074	7503354	chr2L:7503075-7503354	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0448	0.043	0.0524	0.0386	0.0276	0.0544	0.0471	0.0553	0.0276	0.0628	0.0598	0.0628	0.0426	0.0406	0.0393	0.0406	0.0401
chr2L	7505581	7505904	chr2L:7505582-7505904	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0464	0.0525	0.0566	0.0283	0.0414	0.0675	0.0506	0.0686	0.0414	0.0809	0.0621	0.0809	0.0449	0.023	0.0458	0.023	0.025
chr2L	7507515	7507887	chr2L:7507516-7507887	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0635	0.0588	0.0834	0.0471	0.035	0.0665	0.064	0.0879	0.035	0.1745	0.0695	0.1745	0.0604	0.0911	0.0406	0.0911	0.0573
chr2L	7508912	7509135	chr2L:7508913-7509135	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0389	0.0411	0.0459	0.0287	0.0244	0.05	0.0402	0.064	0.0244	0.0731	0.0502	0.0731	0.0418	0.0398	0.049	0.0398	0.0229
chr2L	7511376	7511527	chr2L:7511377-7511527	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0253	0.0299	0.0286	0.0167	0.0265	0.0311	0.032	0.0473	0.0265	0.0217	0.0412	0.0217	0.0271	0.0046	0.0554	0.0046	0.0068
chr2L	7512519	7512670	chr2L:7512520-7512670	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.03	0.0472	0.0296	0.0113	0.0297	0.0437	0.0653	0.062	0.0297	0.0199	0.0469	0.0199	0.0116	0.0084	0.0181	0.0084	0.0073
chr2L	7512795	7512994	chr2L:7512796-7512994	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0548	0.0801	0.0613	0.0195	0.0445	0.0777	0.096	0.1292	0.0445	0.0417	0.092	0.0417	0.031	0.0123	0.0258	0.0123	0.0125
chr2L	7513060	7513399	chr2L:7513061-7513399	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0687	0.0747	0.0943	0.0338	0.0308	0.0859	0.0817	0.1119	0.0308	0.0707	0.136	0.0707	0.0782	0.0176	0.0406	0.0176	0.0412
chr2L	7513450	7513601	chr2L:7513451-7513601	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0394	0.0508	0.0207	0.018	0.0466	0.0428	0.0546	0.018	0.0525	0.0662	0.0525	0.0503	0.0107	0.029	0.0107	0.0255
chr2L	7515082	7515233	chr2L:7515083-7515233	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0389	0.0496	0.0454	0.0196	0.0361	0.0408	0.0623	0.0766	0.0361	0.0435	0.0662	0.0435	0.0271	0.013	0.0342	0.013	0.0167
chr2L	7515362	7515531	chr2L:7515363-7515531	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0444	0.0598	0.0499	0.0212	0.0339	0.0505	0.0696	0.1053	0.0339	0.038	0.0762	0.038	0.0318	0.0084	0.0464	0.0084	0.0135
chr2L	7516425	7516632	chr2L:7516426-7516632	distal	distal	stage11	stage11	Rapgap1_802bp_CRM,VT3784.1	Rapgap1_802bp_CRM,VT3784.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0531	0.0801	0.0627	0.0124	0.0498	0.1005	0.077	0.1126	0.0498	0.1286	0.0633	0.1286	0.0294	0.0161	0.011	0.0161	0.0151
chr2L	7518420	7518598	chr2L:7518421-7518598	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0439	0.052	0.057	0.0206	0.0361	0.0583	0.0541	0.0813	0.0361	0.0344	0.1023	0.0344	0.0217	0.0145	0.0438	0.0145	0.0167
chr2L	7519009	7519259	chr2L:7519010-7519259	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0373	0.0475	0.0423	0.0206	0.0318	0.05	0.0558	0.064	0.0318	0.0368	0.0383	0.0368	0.0829	0.013	0.0174	0.013	0.0391
chr2L	7519740	7519996	chr2L:7519741-7519996	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1023	0.1917	0.0872	0.0189	0.2025	0.1515	0.2595	0.2398	0.2025	0.0942	0.1296	0.0942	0.0426	0.0153	0.0303	0.0153	0.0203
chr2L	7520381	7520582	chr2L:7520382-7520582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0448	0.0685	0.0472	0.0157	0.0488	0.0665	0.0804	0.1013	0.0488	0.0562	0.0605	0.0562	0.031	0.0191	0.0174	0.0191	0.0162
chr2L	7522385	7522700	chr2L:7522386-7522700	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0516	0.0527	0.0635	0.0373	0.0318	0.0752	0.051	0.0626	0.0318	0.1105	0.0646	0.1105	0.0465	0.0574	0.06	0.0574	0.0292
chr2L	7522799	7522950	chr2L:7522800-7522950	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.031	0.0334	0.0373	0.0214	0.0201	0.0432	0.0372	0.0406	0.0201	0.0483	0.0447	0.0483	0.0232	0.0253	0.0413	0.0253	0.0156
chr2L	7525367	7525518	chr2L:7525368-7525518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0327	0.038	0.0423	0.0164	0.0212	0.0481	0.0389	0.0506	0.0212	0.0284	0.035	0.0284	0.1115	0.0145	0.0155	0.0145	0.0287
chr2L	7526236	7526494	chr2L:7526237-7526494	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1421	0.2058	0.1635	0.0475	0.1898	0.2316	0.2076	0.2831	0.1898	0.1528	0.2186	0.1528	0.1998	0.0605	0.0516	0.0605	0.0724
chr2L	7527117	7527409	chr2L:7527118-7527409	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1107	0.1321	0.1362	0.0588	0.052	0.2248	0.0973	0.1772	0.052	0.2228	0.1395	0.2228	0.1309	0.1072	0.0716	0.1072	0.0594
chr2L	7527948	7528099	chr2L:7527949-7528099	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.0499	0.0506	0.0558	0.0426	0.0297	0.0752	0.0506	0.0586	0.0297	0.0574	0.0717	0.0574	0.0689	0.0421	0.0754	0.0421	0.0547
chr2L	7528385	7528536	chr2L:7528386-7528536	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0436	0.0401	0.0482	0.0423	0.0244	0.0544	0.0433	0.044	0.0244	0.0562	0.0547	0.0562	0.0589	0.0337	0.0542	0.0337	0.0756
chr2L	7530492	7530673	chr2L:7530493-7530673	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2136	0.1776	0.268	0.1941	0.1453	0.2612	0.1458	0.2199	0.1453	0.3629	0.2936	0.3629	0.2742	0.2175	0.2424	0.2175	0.2413
chr2L	7530842	7531011	chr2L:7530843-7531011	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1664	0.1229	0.2142	0.1627	0.0944	0.183	0.0999	0.1572	0.0944	0.2748	0.2453	0.2748	0.2308	0.1723	0.1921	0.1723	0.2215
chr2L	7532512	7532746	chr2L:7532513-7532746	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1233	0.154	0.1471	0.0629	0.1241	0.1869	0.1894	0.1579	0.1241	0.1775	0.1852	0.1775	0.134	0.1317	0.0928	0.1317	0.0396
chr2L	7532927	7533279	chr2L:7532928-7533279	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1415	0.1635	0.175	0.0802	0.1156	0.2112	0.1734	0.2052	0.1156	0.1787	0.2344	0.1787	0.1619	0.1371	0.1373	0.1371	0.0516
chr2L	7533991	7534142	chr2L:7533992-7534142	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.0486	0.0948	0.0416	0.0255	0.067	0.0441	0.0686	0.0255	0.1129	0.1174	0.1129	0.0899	0.0352	0.0619	0.0352	0.061
chr2L	7534149	7534344	chr2L:7534150-7534344	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.078	0.0687	0.1175	0.0451	0.0424	0.0913	0.0649	0.0959	0.0424	0.1461	0.1399	0.1461	0.1069	0.0467	0.0587	0.0467	0.0427
chr2L	7535017	7535205	chr2L:7535018-7535205	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1755	0.1514	0.222	0.1514	0.0923	0.1859	0.1786	0.1785	0.0923	0.2923	0.2322	0.2923	0.2401	0.1746	0.1734	0.1746	0.1886
chr2L	7537306	7537457	chr2L:7537307-7537457	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0401	0.0324	0.0723	0.0132	0.0095	0.0495	0.0385	0.034	0.0095	0.2071	0.0457	0.2071	0.0201	0.0161	0.0168	0.0161	0.0094
chr2L	7539006	7539293	chr2L:7539007-7539293	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0515	0.0643	0.0683	0.0188	0.0244	0.0748	0.0662	0.1059	0.0244	0.0984	0.0801	0.0984	0.0294	0.0061	0.0161	0.0061	0.0115
chr2L	7539969	7540120	chr2L:7539970-7540120	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0322	0.0553	0.0278	0.0113	0.0414	0.0306	0.0956	0.0706	0.0414	0.0229	0.0367	0.0229	0.0132	0.0046	0.0103	0.0046	0.0052
chr2L	7543980	7544206	chr2L:7543981-7544206	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.1264	0.1985	0.1338	0.0376	0.1845	0.1733	0.2513	0.2678	0.1845	0.1304	0.1926	0.1304	0.086	0.0306	0.0509	0.0306	0.0344
chr2L	7544359	7544550	chr2L:7544360-7544550	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.2143	0.2514	0.2558	0.1273	0.1909	0.267	0.2894	0.3344	0.1909	0.2784	0.2881	0.2784	0.2386	0.0812	0.1534	0.0812	0.1751
chr2L	7544649	7544897	chr2L:7544650-7544897	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1317	0.1347	0.1751	0.0808	0.0795	0.1534	0.1522	0.1945	0.0795	0.131	0.2077	0.131	0.1673	0.0352	0.1109	0.0352	0.1167
chr2L	7545301	7545471	chr2L:7545302-7545471	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0473	0.0513	0.0632	0.0253	0.0244	0.0461	0.0679	0.0806	0.0244	0.0266	0.1196	0.0266	0.0271	0.0107	0.0722	0.0107	0.013
chr2L	7545521	7545851	chr2L:7545522-7545851	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.072	0.0657	0.0959	0.0528	0.035	0.0534	0.0856	0.1126	0.035	0.0314	0.1814	0.0314	0.0426	0.0107	0.1651	0.0107	0.0208
chr2L	7546045	7546196	chr2L:7546046-7546196	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0241	0.0176	0.0283	0.0269	0.0095	0.0131	0.0238	0.0253	0.0095	0.0127	0.0428	0.0127	0.0108	0.0061	0.0567	0.0061	0.0099
chr2L	7547027	7547178	chr2L:7547028-7547178	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0075	0.0141	0.0294	0.0032	0.0112	0.0104	0.006	0.0032	0.0115	0.0074	0.0115	0.0101	0.0077	0.0103	0.0077	0.0151
chr2L	7547385	7547536	chr2L:7547386-7547536	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0129	0.0101	0.0122	0.0167	0.0032	0.0146	0.0138	0.0087	0.0032	0.0133	0.0106	0.0133	0.0108	0.0031	0.0077	0.0031	0.0104
chr2L	7560586	7560751	chr2L:7560587-7560751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0159	0.008	0.0152	0.0253	0.0011	0.0087	0.0143	0.0067	0.0011	0.0199	0.017	0.0199	0.0178	0.0521	0.0432	0.0521	0.0156
chr2L	7560960	7561111	chr2L:7560961-7561111	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0131	0.0096	0.014	0.016	0	0.0121	0.0156	0.0093	0	0.0145	0.018	0.0145	0.0132	0.0314	0.0155	0.0314	0.0224
chr2L	7564810	7564984	chr2L:7564811-7564984	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.0204	0.0132	0.0275	0.0207	0.0127	0.018	0.0143	0.0133	0.0127	0.0229	0.045	0.0229	0.0132	0.0536	0.0232	0.0536	0.0094
chr2L	7565161	7565346	chr2L:7565162-7565346	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade2	0.022	0.0096	0.0316	0.0255	0.0042	0.0112	0.0091	0.016	0.0042	0.0242	0.0534	0.0242	0.0147	0.0658	0.0277	0.0658	0.0141
chr2L	7565418	7565681	chr2L:7565419-7565681	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0232	0.0193	0.0282	0.0221	0.0032	0.0277	0.0216	0.0253	0.0032	0.0187	0.045	0.0187	0.017	0.026	0.038	0.026	0.0162
chr2L	7566213	7566364	chr2L:7566214-7566364	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0154	0.0126	0.0157	0.0181	0.0042	0.0126	0.0195	0.016	0.0042	0.0139	0.0222	0.0139	0.0108	0.0268	0.0374	0.0268	0.0063
chr2L	7566574	7566725	chr2L:7566575-7566725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0085	0.0124	0.0301	0.0011	0.0087	0.0121	0.0107	0.0011	0.0139	0.0154	0.0139	0.0116	0.0949	0.0309	0.0949	0.0104
chr2L	7566914	7567065	chr2L:7566915-7567065	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0149	0.0075	0.011	0.0274	0	0.0092	0.0134	0.0053	0	0.0109	0.0138	0.0109	0.0077	0.0911	0.0245	0.0911	0.012
chr2L	7569511	7569797	chr2L:7569512-7569797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0284	0.0238	0.0368	0.0244	0.0127	0.0301	0.0342	0.0207	0.0127	0.029	0.0514	0.029	0.0287	0.0199	0.0245	0.0199	0.0156
chr2L	7573572	7573723	chr2L:7573573-7573723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0123	0.0244	0.0265	0.0011	0.0165	0.019	0.012	0.0011	0.0145	0.0357	0.0145	0.0248	0.01	0.0625	0.01	0.0297
chr2L	7575400	7575551	chr2L:7575401-7575551	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0211	0.012	0.0286	0.0231	0.0042	0.0165	0.0134	0.012	0.0042	0.0187	0.0476	0.0187	0.0263	0.0306	0.0426	0.0306	0.0224
chr2L	7576471	7576773	chr2L:7576472-7576773	FBgn0085403	Rapgap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1351	0.0571	0.1619	0.1929	0.0286	0.0864	0.0588	0.0666	0.0286	0.195	0.1682	0.195	0.2448	0.1815	0.2353	0.1815	0.2871
chr2L	7576912	7577115	chr2L:7576913-7577115	FBgn0085403	Rapgap1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1074	0.053	0.1359	0.1369	0.0212	0.0888	0.0463	0.0606	0.0212	0.1775	0.1338	0.1775	0.2045	0.1669	0.1715	0.1669	0.2032
chr2L	7577168	7577350	chr2L:7577169-7577350	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0891	0.0593	0.116	0.0927	0.0265	0.0956	0.0489	0.0779	0.0265	0.1341	0.1058	0.1341	0.213	0.098	0.0941	0.098	0.1579
chr2L	7577659	7577886	chr2L:7577660-7577886	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0718	0.042	0.1003	0.0739	0.0191	0.0621	0.0389	0.0566	0.0191	0.1021	0.0955	0.1021	0.213	0.0452	0.0825	0.0452	0.1516
chr2L	7578916	7579067	chr2L:7578917-7579067	FBgn0031923	CG13791	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0161	0.0055	0.0192	0.0246	0.0042	0.0049	0.0069	0.0067	0.0042	0.0139	0.0199	0.0139	0.0426	0.01	0.0206	0.01	0.0646
chr2L	7582372	7582523	chr2L:7582373-7582523	FBgn0083141	Spn7	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade2	0.0175	0.0233	0.0212	0.007	0.0276	0.016	0.0324	0.0286	0.0276	0.0187	0.0315	0.0187	0.0116	0.0061	0.011	0.0061	0.0047
chr2L	7584690	7584893	chr2L:7584691-7584893	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0301	0.0383	0.0412	0.0088	0.017	0.0563	0.0303	0.062	0.017	0.0851	0.0457	0.0851	0.0124	0.0092	0.0058	0.0092	0.0026
chr2L	7585080	7585312	chr2L:7585081-7585312	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0498	0.0679	0.0673	0.0104	0.0148	0.0893	0.0675	0.1119	0.0148	0.096	0.0961	0.096	0.017	0.0115	0.0129	0.0115	0.0104
chr2L	7587038	7587189	chr2L:7587039-7587189	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0106	0.0067	0.0127	0.0125	0.0032	0.0058	0.0117	0.006	0.0032	0.0163	0.0132	0.0163	0.0062	0.01	0.0064	0.01	0.0042
chr2L	7587312	7587463	chr2L:7587313-7587463	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.009	0.0071	0.0095	0.0106	0.0032	0.0063	0.0117	0.0073	0.0032	0.0121	0.0077	0.0121	0.0062	0.0038	0.0026	0.0038	0.0036
chr2L	7587908	7588059	chr2L:7587909-7588059	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0085	0.0079	0.0107	0.0068	0.0042	0.0073	0.0134	0.006	0.0042	0.0024	0.0048	0.0024	0.0031	0.0015	0.0032	0.0015	0.001
chr2L	7588905	7589056	chr2L:7588906-7589056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0115	0.0137	0.0126	0.0079	0.0074	0.0121	0.0199	0.018	0.0074	0.0079	0.0138	0.0079	0.0062	0.0038	0.0019	0.0038	0.0026
chr2L	7590252	7590403	chr2L:7590253-7590403	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0207	0.0239	0.0274	0.0097	0.0064	0.0199	0.0303	0.0433	0.0064	0.0163	0.027	0.0163	0.0271	0.0031	0.0058	0.0031	0.0094
chr2L	7590564	7590743	chr2L:7590565-7590743	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0249	0.0318	0.0312	0.0103	0.0085	0.0233	0.0523	0.0433	0.0085	0.0254	0.0248	0.0254	0.0155	0.0054	0.0071	0.0054	0.0083
chr2L	7591018	7591316	chr2L:7591019-7591316	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0616	0.083	0.0799	0.0174	0.0445	0.0937	0.0878	0.1326	0.0445	0.096	0.0913	0.096	0.0248	0.0107	0.0239	0.0107	0.0099
chr2L	7591481	7591738	chr2L:7591482-7591738	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0405	0.053	0.048	0.0184	0.0308	0.0413	0.0709	0.0826	0.0308	0.0459	0.0595	0.0459	0.0178	0.013	0.029	0.013	0.013
chr2L	7591795	7592099	chr2L:7591796-7592099	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0379	0.0422	0.0449	0.0252	0.0255	0.0354	0.0519	0.0726	0.0255	0.032	0.0482	0.032	0.0209	0.0153	0.0284	0.0153	0.0167
chr2L	7592561	7592712	chr2L:7592562-7592712	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0172	0.0247	0.0192	0.0068	0.0159	0.016	0.0446	0.0253	0.0159	0.0151	0.0222	0.0151	0.0077	0.0038	0.0064	0.0038	0.0063
chr2L	7592952	7593151	chr2L:7592953-7593151	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0445	0.0683	0.044	0.0184	0.0382	0.0447	0.1051	0.0993	0.0382	0.0338	0.065	0.0338	0.024	0.0176	0.0284	0.0176	0.0182
chr2L	7596695	7596964	chr2L:7596696-7596964	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0647	0.0358	0.1047	0.0532	0.0138	0.0612	0.0307	0.0406	0.0138	0.1473	0.1428	0.1473	0.0674	0.0636	0.0858	0.0636	0.0662
chr2L	7597134	7597339	chr2L:7597135-7597339	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0454	0.0209	0.0687	0.0473	0.0042	0.0408	0.0164	0.0247	0.0042	0.0942	0.0952	0.0942	0.0457	0.0567	0.0858	0.0567	0.0495
chr2L	7608194	7608345	chr2L:7608195-7608345	FBgn0031926	CG6739	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0139	0.0064	0.0141	0.022	0.0021	0.0058	0.0087	0.0093	0.0021	0.0097	0.0219	0.0097	0.0139	0.0031	0.0787	0.0031	0.0089
chr2L	7611334	7611500	chr2L:7611335-7611500	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0202	0.0354	0.0184	0.0052	0.0244	0.0248	0.0532	0.05	0.0244	0.0127	0.0257	0.0127	0.0147	0.0015	0.0097	0.0015	0.0047
chr2L	7616163	7616315	chr2L:7616164-7616315	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0205	0.0179	0.0185	0.0256	0.0106	0.0199	0.0303	0.0093	0.0106	0.0109	0.0248	0.0109	0.0093	0.0413	0.0251	0.0413	0.0297
chr2L	7616722	7616946	chr2L:7616723-7616946	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.046	0.0404	0.0615	0.0352	0.018	0.0451	0.0515	0.0546	0.018	0.0278	0.0833	0.0278	0.0325	0.0153	0.0471	0.0153	0.049
chr2L	7617125	7617276	chr2L:7617126-7617276	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0227	0.0161	0.0348	0.017	0.0095	0.0214	0.0182	0.018	0.0095	0.0121	0.0405	0.0121	0.0209	0.0038	0.02	0.0038	0.0229
chr2L	7617285	7617436	chr2L:7617286-7617436	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0156	0.027	0.0089	0.0021	0.0194	0.0177	0.022	0.0021	0.0072	0.0228	0.0072	0.0108	0.0031	0.0064	0.0031	0.0068
chr2L	7617511	7617662	chr2L:7617512-7617662	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.014	0.0218	0.0077	0.0032	0.0165	0.0169	0.0207	0.0032	0.006	0.017	0.006	0.0062	0.0015	0.0071	0.0015	0.0036
chr2L	7618529	7618878	chr2L:7618530-7618878	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.027	0.035	0.0329	0.0116	0.0053	0.0553	0.032	0.05	0.0053	0.0236	0.0318	0.0236	0.0108	0.0061	0.0135	0.0061	0.0078
chr2L	7618980	7619131	chr2L:7618981-7619131	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0146	0.015	0.018	0.0103	0.0021	0.0218	0.0186	0.0167	0.0021	0.0157	0.0164	0.0157	0.0116	0.0038	0.0148	0.0038	0.0042
chr2L	7619140	7619291	chr2L:7619141-7619291	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0177	0.0156	0.023	0.0142	0.0042	0.0155	0.0212	0.0233	0.0042	0.0163	0.026	0.0163	0.0163	0.0061	0.0174	0.0061	0.0083
chr2L	7619731	7619927	chr2L:7619732-7619927	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0278	0.0322	0.0365	0.0134	0.0011	0.0534	0.0281	0.048	0.0011	0.0296	0.0376	0.0296	0.0163	0.0084	0.0174	0.0084	0.0094
chr2L	7620758	7621045	chr2L:7620759-7621045	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0273	0.0401	0.0305	0.0095	0.0095	0.0515	0.0415	0.064	0.0095	0.0314	0.0341	0.0314	0.0163	0.0084	0.009	0.0084	0.0083
chr2L	7622351	7622511	chr2L:7622352-7622511	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0226	0.0153	0.0352	0.017	0.0032	0.0175	0.0212	0.0193	0.0032	0.0229	0.0389	0.0229	0.0403	0.0153	0.0271	0.0153	0.0219
chr2L	7622889	7623040	chr2L:7622890-7623040	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.015	0.0155	0.0208	0.0082	0.0011	0.0146	0.0216	0.0253	0.0011	0.0066	0.0135	0.0066	0.0093	8e-04	0.0052	8e-04	0.0052
chr2L	7624145	7624296	chr2L:7624146-7624296	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.023	0.027	0.0275	0.0134	0.0201	0.0272	0.0368	0.0293	0.0201	0.0399	0.027	0.0399	0.0108	0.0061	0.0142	0.0061	0.0063
chr2L	7624467	7624914	chr2L:7624468-7624914	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0583	0.0607	0.077	0.0352	0.035	0.0762	0.0787	0.0593	0.035	0.1093	0.0595	0.1093	0.0519	0.0268	0.0297	0.0268	0.0307
chr2L	7625822	7625973	chr2L:7625823-7625973	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.016	0.0141	0.0266	0.0065	0.0021	0.0189	0.0186	0.0167	0.0021	0.0109	0.0154	0.0109	0.007	0.0031	0.0032	0.0031	0.0068
chr2L	7626584	7626735	chr2L:7626585-7626735	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0187	0.0132	0.0175	0.026	0.0064	0.0165	0.0177	0.0167	0.0064	0.0217	0.0151	0.0217	0.0217	0.0306	0.0155	0.0306	0.0469
chr2L	7628324	7628682	chr2L:7628325-7628682	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0502	0.0297	0.0633	0.0588	0.0106	0.0408	0.0372	0.0346	0.0106	0.0525	0.0595	0.0525	0.1294	0.1348	0.0309	0.1348	0.0698
chr2L	7632547	7632896	chr2L:7632548-7632896	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0679	0.0996	0.0703	0.0298	0.0954	0.0714	0.1414	0.1352	0.0954	0.0278	0.0936	0.0278	0.0333	0.0061	0.0464	0.0061	0.0193
chr2L	7633091	7633313	chr2L:7633092-7633313	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0732	0.1011	0.0857	0.0283	0.0668	0.0791	0.1419	0.1506	0.0668	0.0199	0.1617	0.0199	0.0263	0.0061	0.0716	0.0061	0.0172
chr2L	7635068	7635323	chr2L:7635069-7635323	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0406	0.0319	0.0185	0.018	0.0505	0.0402	0.0633	0.018	0.0217	0.0328	0.0217	0.0178	0.0115	0.0168	0.0115	0.0094
chr2L	7635479	7635630	chr2L:7635480-7635630	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0196	0.0285	0.0199	0.0092	0.0138	0.0383	0.0268	0.0446	0.0138	0.0169	0.0212	0.0169	0.0093	0.0145	0.0084	0.0145	0.0052
chr2L	7639684	7640023	chr2L:7639685-7640023	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0408	0.0526	0.0478	0.0198	0.0265	0.0859	0.0411	0.0686	0.0265	0.0429	0.0469	0.0429	0.0271	0.0161	0.0168	0.0161	0.0146
chr2L	7640028	7640179	chr2L:7640029-7640179	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0214	0.0278	0.026	0.0092	0.0064	0.0529	0.0199	0.0306	0.0064	0.0242	0.0299	0.0242	0.0147	0.0069	0.0077	0.0069	0.0089
chr2L	7640187	7640338	chr2L:7640188-7640338	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0201	0.0264	0.0239	0.0088	0.0095	0.049	0.0212	0.0306	0.0095	0.0236	0.027	0.0236	0.0124	0.0061	0.0097	0.0061	0.0073
chr2L	7640606	7640776	chr2L:7640607-7640776	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0266	0.0366	0.0335	0.0078	0.0106	0.0549	0.0398	0.0453	0.0106	0.0386	0.0248	0.0386	0.0139	0.0061	0.0052	0.0061	0.0057
chr2L	7640901	7641152	chr2L:7640902-7641152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0367	0.0581	0.0373	0.0123	0.0297	0.0621	0.0584	0.0993	0.0297	0.0229	0.0289	0.0229	0.0124	0.0046	0.0045	0.0046	0.0057
chr2L	7641330	7641521	chr2L:7641331-7641521	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0337	0.0365	0.0452	0.0178	0.0085	0.0413	0.0467	0.05	0.0085	0.0284	0.0302	0.0284	0.0263	0.0084	0.0123	0.0084	0.0115
chr2L	7641692	7641891	chr2L:7641693-7641891	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0628	0.0578	0.0753	0.0547	0.0308	0.0748	0.0696	0.068	0.0308	0.0996	0.0727	0.0996	0.0674	0.0574	0.0619	0.0574	0.0636
chr2L	7642004	7642185	chr2L:7642005-7642185	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.04	0.039	0.0494	0.0308	0.0201	0.0437	0.0571	0.0393	0.0201	0.0568	0.0514	0.0568	0.0503	0.0299	0.0309	0.0299	0.0386
chr2L	7674674	7674825	chr2L:7674675-7674825	FBgn0264087	Slob	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0076	0.0057	0.0046	0.0131	0.0032	0.0073	0.0091	0.0033	0.0032	0.0036	0.0042	0.0036	0.0031	0.0038	0.0142	0.0038	0.0063
chr2L	7675154	7675332	chr2L:7675155-7675332	FBgn0264087	Slob	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0179	0.009	0.0103	0.0362	0.0095	0.0087	0.0134	0.0067	0.0095	0.0066	0.0084	0.0066	0.0155	0.0168	0.0245	0.0168	0.0344
chr2L	7675669	7675854	chr2L:7675670-7675854	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	none	0.0182	0.0061	0.008	0.043	0.0042	0.0053	0.0095	0.006	0.0042	0.0048	0.0061	0.0048	0.0124	0.0191	0.0297	0.0191	0.0667
chr2L	7701527	7701699	chr2L:7701528-7701699	FBgn0041182	TepII	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0182	0.0749	0.0706	0.0074	0.0238	0.0255	0.014	0.0074	0.0411	0.1196	0.0411	0.0868	0.013	0.1399	0.013	0.1287
chr2L	7702101	7702437	chr2L:7702102-7702437	FBgn0041181	TepIII	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0319	0.0236	0.0334	0.0397	0.018	0.0218	0.0402	0.0187	0.018	0.0181	0.0498	0.0181	0.0496	0.0153	0.0812	0.0153	0.0521
chr2L	7702604	7702861	chr2L:7702605-7702861	FBgn0041181	TepIII	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0465	0.0303	0.0352	0.0771	0.0276	0.0291	0.0454	0.0273	0.0276	0.0187	0.0534	0.0187	0.0503	0.0391	0.1876	0.0391	0.0766
chr2L	7710844	7710995	chr2L:7710845-7710995	FBgn0012018,FBgn0031934	Ntl,tRNA:Y1:28C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0101	0.0091	0.0079	0.0136	0.0053	0.0063	0.0164	0.0073	0.0053	0.0066	0.01	0.0066	0.007	0.0398	0.0097	0.0398	0.0068
chr2L	7711294	7711524	chr2L:7711295-7711524	FBgn0012018,FBgn0031934	Ntl,tRNA:Y1:28C	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0202	0.0123	0.0123	0.0377	0.0074	0.0117	0.0225	0.008	0.0074	0.0121	0.0125	0.0121	0.0108	0.108	0.0226	0.108	0.0167
chr2L	7726281	7726432	chr2L:7726282-7726432	FBgn0031937	CG13795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3	0.0109	0.0076	0.0112	0.0142	0.0032	0.0053	0.0164	0.0047	0.0032	0.0121	0.0119	0.0121	0.0147	0.0031	0.0052	0.0031	0.0401
chr2L	7726658	7726809	chr2L:7726659-7726809	FBgn0031937	CG13795	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0116	0.0092	0.01	0.0159	0.0042	0.0058	0.0186	0.0073	0.0042	0.0091	0.0109	0.0091	0.0186	0.0054	0.0058	0.0054	0.0448
chr2L	7772055	7772206	chr2L:7772056-7772206	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0235	0.0369	0.0195	0.0128	0.0148	0.0641	0.0402	0.0306	0.0148	0.0199	0.0212	0.0199	0.0279	0.0092	0.0155	0.0092	0.0203
chr2L	7782320	7782510	chr2L:7782321-7782510	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0394	0.037	0.0511	0.0291	0.018	0.0383	0.051	0.048	0.018	0.0694	0.0524	0.0694	0.0457	0.0306	0.0432	0.0306	0.0276
chr2L	7782776	7782950	chr2L:7782777-7782950	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1243	0.1108	0.1499	0.1114	0.0742	0.1335	0.1298	0.1372	0.0742	0.1812	0.1608	0.1812	0.1603	0.1302	0.1141	0.1302	0.1219
chr2L	7783011	7783208	chr2L:7783012-7783208	FBgn0031947	CG7154	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1213	0.1145	0.1429	0.1051	0.0774	0.1364	0.1397	0.1352	0.0774	0.1715	0.1579	0.1715	0.1456	0.1172	0.1038	0.1172	0.1292
chr2L	7786487	7786638	chr2L:7786488-7786638	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0258	0.0363	0.0256	0.0142	0.0223	0.032	0.0549	0.044	0.0223	0.0344	0.027	0.0344	0.0279	0.0092	0.0116	0.0092	0.0271
chr2L	7790452	7790738	chr2L:7790453-7790738	FBgn0031948	CG7149	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0634	0.0521	0.0536	0.0869	0.0392	0.0553	0.0787	0.0473	0.0392	0.0429	0.0386	0.0429	0.1495	0.0276	0.029	0.0276	0.2465
chr2L	7790954	7791112	chr2L:7790955-7791112	FBgn0031948	CG7149	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0272	0.0226	0.0227	0.0372	0.0127	0.0223	0.035	0.022	0.0127	0.0169	0.0209	0.0169	0.0565	0.0077	0.0116	0.0077	0.1141
chr2L	7795929	7796080	chr2L:7795930-7796080	FBgn0025687	LKR	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0242	0.0169	0.0232	0.0333	0.0095	0.0165	0.0272	0.0187	0.0095	0.0223	0.0235	0.0223	0.0496	0.0107	0.0142	0.0107	0.0964
chr2L	7799112	7799263	chr2L:7799113-7799263	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0324	0.0345	0.0359	0.0262	0.0233	0.0393	0.0437	0.0373	0.0233	0.0326	0.036	0.0326	0.0612	0.0283	0.0148	0.0283	0.0474
chr2L	7799724	7799907	chr2L:7799725-7799907	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1789	0.1685	0.209	0.1576	0.1686	0.1908	0.183	0.2059	0.1686	0.2403	0.2341	0.2403	0.2239	0.1616	0.1534	0.1616	0.2053
chr2L	7800030	7800201	chr2L:7800031-7800201	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2515	0.2254	0.2923	0.2359	0.1877	0.2583	0.2452	0.2898	0.1877	0.3496	0.3203	0.3496	0.3083	0.2496	0.2302	0.2496	0.2814
chr2L	7800301	7800484	chr2L:7800302-7800484	FBgn0031950,FBgn0031951	Herp,r2d2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1423	0.1171	0.175	0.1344	0.0912	0.1437	0.1198	0.1552	0.0912	0.2295	0.1881	0.2295	0.1743	0.1508	0.1193	0.1508	0.173
chr2L	7809129	7809510	chr2L:7809130-7809510	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1076	0.0708	0.119	0.1362	0.0318	0.1286	0.0623	0.0706	0.0318	0.1153	0.117	0.1153	0.2363	0.1945	0.167	0.1945	0.1761
chr2L	7809642	7809902	chr2L:7809643-7809902	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1327	0.0435	0.1227	0.2434	0.017	0.0748	0.0463	0.0393	0.017	0.1075	0.128	0.1075	0.2301	0.2802	0.2772	0.2802	0.285
chr2L	7809984	7810135	chr2L:7809985-7810135	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0779	0.0249	0.0808	0.1338	0.0074	0.0413	0.029	0.0187	0.0074	0.093	0.074	0.093	0.1541	0.17	0.138	0.17	0.1772
chr2L	7810620	7810840	chr2L:7810621-7810840	FBgn0031952	cdc14	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1312	0.0795	0.15	0.1684	0.0488	0.1	0.0891	0.0993	0.0488	0.2083	0.1595	0.2083	0.1797	0.2006	0.1779	0.2006	0.2236
chr2L	7811026	7811200	chr2L:7811027-7811200	FBgn0031952,FBgn0261800	LanB1,cdc14	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1024	0.077	0.1312	0.099	0.0456	0.1019	0.0761	0.1073	0.0456	0.1655	0.1511	0.1655	0.1394	0.1302	0.1167	0.1302	0.1298
chr2L	7811314	7811601	chr2L:7811315-7811601	FBgn0261800	LanB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2314	0.1725	0.2996	0.2225	0.0997	0.2447	0.1587	0.2398	0.0997	0.4161	0.3379	0.4161	0.3253	0.3109	0.2837	0.3109	0.2996
chr2L	7811821	7812007	chr2L:7811822-7812007	FBgn0261800	LanB1	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1436	0.1132	0.2015	0.1142	0.0657	0.183	0.0973	0.1326	0.0657	0.3056	0.2087	0.3056	0.2579	0.1562	0.1425	0.1562	0.1532
chr2L	7813422	7813573	chr2L:7813423-7813573	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0568	0.0304	0.0766	0.0645	0.0074	0.0544	0.0281	0.032	0.0074	0.0978	0.0579	0.0978	0.1689	0.0735	0.0303	0.0735	0.1428
chr2L	7813730	7813921	chr2L:7813731-7813921	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0494	0.0236	0.0623	0.0642	0.0095	0.0427	0.0247	0.0173	0.0095	0.0755	0.0431	0.0755	0.1619	0.0544	0.0219	0.0544	0.1647
chr2L	7814191	7814342	chr2L:7814192-7814342	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0341	0.0201	0.0372	0.0465	0.0064	0.032	0.0234	0.0207	0.0064	0.0465	0.0286	0.0465	0.0829	0.0352	0.0116	0.0352	0.1287
chr2L	7820545	7820727	chr2L:7820546-7820727	FBgn0027515	CG7115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0357	0.0434	0.0308	0.0326	0.0286	0.0427	0.0636	0.042	0.0286	0.0386	0.0322	0.0386	0.0387	0.0283	0.0271	0.0283	0.0433
chr2L	7821008	7821336	chr2L:7821009-7821336	FBgn0027515	CG7115	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0747	0.0646	0.0835	0.0765	0.0392	0.0767	0.0709	0.0866	0.0392	0.0936	0.1	0.0936	0.0999	0.0758	0.0703	0.0758	0.1245
chr2L	7821406	7821590	chr2L:7821407-7821590	FBgn0027515	CG7115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.121	0.0963	0.1411	0.1264	0.0764	0.115	0.0921	0.1392	0.0764	0.163	0.1566	0.163	0.1704	0.1447	0.1302	0.1447	0.1683
chr2L	7821637	7821859	chr2L:7821638-7821859	FBgn0027515	CG7115	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1027	0.0698	0.1268	0.1131	0.0509	0.0932	0.064	0.0933	0.0509	0.1781	0.1318	0.1781	0.1363	0.1692	0.1038	0.1692	0.1511
chr2L	7827163	7827348	chr2L:7827164-7827348	FBgn0004177,FBgn0020618	Rack1,mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1671	0.1431	0.2075	0.1497	0.088	0.1947	0.1492	0.1732	0.088	0.282	0.2193	0.282	0.1851	0.1577	0.1676	0.1577	0.1683
chr2L	7827683	7827863	chr2L:7827684-7827863	FBgn0004177,FBgn0020618	Rack1,mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2302	0.198	0.2712	0.2211	0.1516	0.2456	0.2106	0.2525	0.1516	0.3333	0.2952	0.3333	0.2541	0.2351	0.2289	0.2351	0.2579
chr2L	7827947	7828147	chr2L:7827948-7828147	FBgn0004177	mts	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1533	0.139	0.1816	0.1383	0.0859	0.1592	0.1548	0.1945	0.0859	0.2083	0.2032	0.2083	0.1751	0.1225	0.1676	0.1225	0.1595
chr2L	7828290	7828488	chr2L:7828291-7828488	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.3073	0.2809	0.3536	0.286	0.2195	0.3335	0.3036	0.3518	0.2195	0.4336	0.3775	0.4336	0.3354	0.2825	0.2882	0.2825	0.3309
chr2L	7828632	7829223	chr2L:7828633-7829223	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2761	0.2176	0.3367	0.275	0.105	0.3126	0.2037	0.2978	0.105	0.413	0.3624	0.413	0.361	0.3361	0.3005	0.3361	0.3429
chr2L	7832897	7833079	chr2L:7832898-7833079	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0548	0.0632	0.0661	0.033	0.035	0.0631	0.0692	0.1053	0.035	0.0713	0.09	0.0713	0.0426	0.0222	0.0148	0.0222	0.0214
chr2L	7833506	7833659	chr2L:7833507-7833659	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0243	0.0395	0.0253	0.0064	0.034	0.0251	0.0326	0.0064	0.0622	0.0447	0.0622	0.0279	0.0436	0.0193	0.0436	0.0297
chr2L	7833726	7833958	chr2L:7833727-7833958	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0298	0.0194	0.0412	0.0287	0.0074	0.0267	0.0208	0.0253	0.0074	0.0767	0.0405	0.0767	0.024	0.0459	0.0258	0.0459	0.0323
chr2L	7834892	7835043	chr2L:7834893-7835043	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0102	0.0086	0.0095	0.0128	0.0011	0.0121	0.0125	0.008	0.0011	0.0085	0.0129	0.0085	0.0039	0.01	0.009	0.01	0.0036
chr2L	7838478	7838629	chr2L:7838479-7838629	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0069	0.006	0.0058	0.0091	0.0032	0.0078	0.0087	0.004	0.0032	0.0048	0.0058	0.0048	0.0039	0.0015	0.0013	0.0015	0.0036
chr2L	7838806	7838957	chr2L:7838807-7838957	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0207	0.0122	0.0155	0.0191	0.0228	0.0303	0.0173	0.0191	0.0151	0.0125	0.0151	0.0039	0.0031	0.0045	0.0031	0.0078
chr2L	7843905	7844056	chr2L:7843906-7844056	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0095	0.0072	0.0072	0.0145	0.0011	0.0073	0.0125	0.0067	0.0011	0.0085	0.0042	0.0085	0.0031	8e-04	0.0032	8e-04	0.0016
chr2L	7844546	7844781	chr2L:7844547-7844781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0234	0.0133	0.0259	0.0319	0.0095	0.0131	0.0203	0.0127	0.0095	0.0356	0.0209	0.0356	0.0209	0.01	0.0052	0.01	0.0167
chr2L	7849772	7849923	chr2L:7849773-7849923	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0111	0.0083	0.0093	0.0163	0.0011	0.0097	0.0117	0.008	0.0011	0.0097	0.01	0.0097	0.0085	0.0084	0.0026	0.0084	0.0078
chr2L	7850324	7850475	chr2L:7850325-7850475	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.01	0.0113	0.0244	0.0042	0.0112	0.0169	0.0073	0.0042	0.0091	0.0122	0.0091	0.0077	0.0054	0.0052	0.0054	0.0083
chr2L	7854862	7855037	chr2L:7854863-7855037	FBgn0031955	CG14535	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0296	0.0227	0.0339	0.0327	0.0127	0.0218	0.0272	0.0326	0.0127	0.0211	0.0434	0.0211	0.0209	0.0054	0.0245	0.0054	0.012
chr2L	7855240	7855493	chr2L:7855241-7855493	FBgn0031955	CG14535	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0996	0.0801	0.1293	0.0888	0.0562	0.0913	0.077	0.1173	0.0562	0.0543	0.2161	0.0543	0.1022	0.01	0.1502	0.01	0.0328
chr2L	7856502	7856695	chr2L:7856503-7856695	FBgn0040099	lectin-28C	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0431	0.0336	0.0536	0.0422	0.0191	0.0481	0.0355	0.0446	0.0191	0.0489	0.0688	0.0489	0.0689	0.0352	0.0561	0.0352	0.0537
chr2L	7857775	7857926	chr2L:7857776-7857926	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0195	0.0264	0.0183	0.0131	0.018	0.0335	0.035	0.026	0.018	0.0217	0.018	0.0217	0.0225	0.0084	0.0123	0.0084	0.0141
chr2L	7858159	7858354	chr2L:7858160-7858354	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0346	0.0495	0.0404	0.0116	0.0286	0.0704	0.0575	0.0506	0.0286	0.038	0.0395	0.038	0.0798	0.0077	0.0077	0.0077	0.0182
chr2L	7858416	7858567	chr2L:7858417-7858567	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0246	0.0324	0.0301	0.0099	0.0085	0.0524	0.0363	0.0326	0.0085	0.0229	0.0238	0.0229	0.0782	0.0084	0.0064	0.0084	0.0188
chr2L	7861944	7862095	chr2L:7861945-7862095	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0139	0.0112	0.0143	0.0163	0.0032	0.0107	0.0216	0.008	0.0032	0.0127	0.0196	0.0127	0.0101	0.0038	0.0516	0.0038	0.0078
chr2L	7867303	7867460	chr2L:7867304-7867460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0203	0.0128	0.0213	0.0276	0.0011	0.0131	0.0212	0.0153	0.0011	0.0103	0.0122	0.0103	0.0039	0.0046	0.0026	0.0046	0.0078
chr2L	7868072	7868223	chr2L:7868073-7868223	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0116	0.0131	0.0146	0.0011	0.0102	0.0182	0.016	0.0011	0.0072	0.0109	0.0072	0.0147	0.0046	0.0071	0.0046	0.0052
chr2L	7868346	7868497	chr2L:7868347-7868497	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0142	0.0108	0.017	0.0149	0.0011	0.0112	0.0199	0.01	0.0011	0.0091	0.0219	0.0091	0.0147	0.0054	0.0084	0.0054	0.0078
chr2L	7871501	7871652	chr2L:7871502-7871652	FBgn0045038	Proct	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0125	0.0105	0.0129	0.0142	0.0074	0.0053	0.0208	0.0113	0.0074	0.0133	0.0158	0.0133	0.0101	0.0115	0.0071	0.0115	0.0036
chr2L	7872182	7872630	chr2L:7872183-7872630	FBgn0011861	tRNA:G3:28D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0457	0.0328	0.0472	0.0586	0.0148	0.0325	0.0532	0.0333	0.0148	0.0254	0.0646	0.0254	0.0488	0.0482	0.0522	0.0482	0.0547
chr2L	7872699	7872916	chr2L:7872700-7872916	FBgn0011861	tRNA:G3:28D	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0473	0.0333	0.0411	0.0698	0.0265	0.033	0.0471	0.034	0.0265	0.0266	0.0418	0.0266	0.0798	0.075	0.0619	0.075	0.1021
chr2L	7876869	7877096	chr2L:7876870-7877096	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0317	0.0297	0.0456	0.0188	0.0117	0.0282	0.0372	0.0513	0.0117	0.0447	0.065	0.0447	0.0349	0.0084	0.0535	0.0084	0.0109
chr2L	7877323	7877474	chr2L:7877324-7877474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0219	0.027	0.0261	0.0116	0.0148	0.0311	0.0268	0.044	0.0148	0.0229	0.0367	0.0229	0.0225	0.01	0.0245	0.01	0.0068
chr2L	7880339	7880490	chr2L:7880340-7880490	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.021	0.0211	0.0232	0.0185	0.0074	0.0175	0.0333	0.0293	0.0074	0.0121	0.0441	0.0121	0.0139	0.0023	0.06	0.0023	0.0099
chr2L	7880610	7880786	chr2L:7880611-7880786	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.03	0.0228	0.0336	0.0341	0.0085	0.0267	0.0268	0.036	0.0085	0.0175	0.0624	0.0175	0.0209	0.0069	0.1154	0.0069	0.0151
chr2L	7885119	7885305	chr2L:7885120-7885305	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0947	0.0981	0.1121	0.0717	0.071	0.1029	0.1289	0.1213	0.071	0.1479	0.1206	0.1479	0.1092	0.0704	0.0729	0.0704	0.0891
chr2L	7885391	7885599	chr2L:7885392-7885599	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1752	0.1653	0.2041	0.1546	0.123	0.1947	0.2003	0.1932	0.123	0.2391	0.2241	0.2391	0.2184	0.1631	0.1612	0.1631	0.1892
chr2L	7885746	7885979	chr2L:7885747-7885979	FBgn0083968,FBgn0261790	CG34132,SmE	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0994	0.0877	0.1179	0.092	0.0583	0.101	0.1029	0.1126	0.0583	0.119	0.1389	0.119	0.127	0.0949	0.1006	0.0949	0.1193
chr2L	7886066	7886233	chr2L:7886067-7886233	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1187	0.1104	0.1393	0.1054	0.0657	0.1223	0.1263	0.1619	0.0657	0.1425	0.1691	0.1425	0.1363	0.1118	0.1057	0.1118	0.1298
chr2L	7886321	7886583	chr2L:7886322-7886583	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0739	0.0768	0.0897	0.0535	0.0361	0.0767	0.0943	0.1219	0.0361	0.09	0.1116	0.09	0.0813	0.0628	0.049	0.0628	0.0677
chr2L	7887141	7887313	chr2L:7887142-7887313	FBgn0031961	CG7102	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0638	0.0689	0.0881	0.0315	0.0286	0.0709	0.0683	0.1299	0.0286	0.0242	0.1727	0.0242	0.0496	0.0138	0.098	0.0138	0.013
chr2L	7887446	7887611	chr2L:7887447-7887611	FBgn0031961	CG7102	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0741	0.0965	0.0918	0.0298	0.0774	0.0786	0.1051	0.1765	0.0774	0.032	0.1839	0.032	0.0426	0.0138	0.0993	0.0138	0.0115
chr2L	7890519	7890670	chr2L:7890520-7890670	FBgn0053121	Spn28Db	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0373	0.0391	0.0448	0.0272	0.0244	0.0413	0.048	0.0573	0.0244	0.0423	0.054	0.0423	0.0542	0.0406	0.0303	0.0406	0.0307
chr2L	7890807	7890995	chr2L:7890808-7890995	FBgn0053121	Spn28Db	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1053	0.1073	0.122	0.0847	0.0859	0.1131	0.1254	0.1446	0.0859	0.1322	0.1479	0.1322	0.127	0.1225	0.1006	0.1225	0.0938
chr2L	7911254	7911405	chr2L:7911255-7911405	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0132	0.0083	0.0138	0.0178	0.0042	0.0078	0.0173	0.004	0.0042	0.0103	0.0167	0.0103	0.0163	0.049	0.0097	0.049	0.0078
chr2L	7912741	7912892	chr2L:7912742-7912892	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0171	0.0095	0.0104	0.033	0.0064	0.0083	0.0156	0.0087	0.0064	0.0151	0.0093	0.0151	0.0124	0.121	0.0213	0.121	0.0104
chr2L	7913138	7913301	chr2L:7913139-7913301	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0191	0.013	0.0113	0.0345	0.0053	0.0092	0.0212	0.016	0.0053	0.0163	0.0113	0.0163	0.0116	0.108	0.029	0.108	0.0125
chr2L	7915100	7915275	chr2L:7915101-7915275	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0501	0.0441	0.0467	0.0604	0.0223	0.0437	0.0627	0.0493	0.0223	0.0531	0.0524	0.0531	0.055	0.1279	0.0471	0.1279	0.0537
chr2L	7925360	7925518	chr2L:7925361-7925518	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0139	0.0086	0.0123	0.0217	0.0021	0.0073	0.0151	0.0087	0.0021	0.0133	0.0109	0.0133	0.0116	0.0337	0.0052	0.0337	0.0083
chr2L	7925699	7925946	chr2L:7925700-7925946	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0217	0.0096	0.0166	0.0408	0.0042	0.0078	0.016	0.0107	0.0042	0.0205	0.0141	0.0205	0.0116	0.0681	0.0084	0.0681	0.013
chr2L	7926544	7926695	chr2L:7926545-7926695	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0114	0.0097	0.0085	0.0164	0.0085	0.0058	0.016	0.012	0.0085	0.0048	0.01	0.0048	0.0163	0.0176	0.0077	0.0176	0.0307
chr2L	7932236	7932387	chr2L:7932237-7932387	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0095	0.0049	0.0047	0.0199	0.0021	0.0039	0.0099	0.0027	0.0021	0.0042	0.0051	0.0042	0.0046	0.0092	0.0039	0.0092	0.0042
chr2L	7933010	7933161	chr2L:7933011-7933161	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0164	0.0087	0.0096	0.0324	0.0032	0.0039	0.0177	0.012	0.0032	0.0097	0.0074	0.0097	0.0101	0.0077	0.0052	0.0077	0.0104
chr2L	7933216	7933367	chr2L:7933217-7933367	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0162	0.0079	0.0108	0.0313	0.0064	0.0044	0.0138	0.008	0.0064	0.0091	0.0093	0.0091	0.0124	0.0084	0.0052	0.0084	0.0109
chr2L	7936567	7936718	chr2L:7936568-7936718	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	FALSE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0047	0.0063	0.0214	0	0.0034	0.0091	0.006	0	0.0048	0.0071	0.0048	0.0015	0.01	6e-04	0.01	0.0036
chr2L	7940588	7940843	chr2L:7940589-7940843	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.024	0.0131	0.0164	0.0446	0.0053	0.0136	0.0242	0.0093	0.0053	0.0151	0.0167	0.0151	0.0186	0.0283	0.0129	0.0283	0.0234
chr2L	7956727	7956878	chr2L:7956728-7956878	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3	0.0161	0.0066	0.0103	0.033	0.0011	0.0058	0.013	0.006	0.0011	0.0109	0.0103	0.0109	0.0178	0.0069	0.0503	0.0069	0.0651
chr2L	7956914	7957065	chr2L:7956915-7957065	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0167	0.0067	0.0114	0.0336	0.0011	0.0068	0.0121	0.0067	0.0011	0.0085	0.0154	0.0085	0.0163	0.01	0.0645	0.01	0.0542
chr2L	7957401	7957557	chr2L:7957402-7957557	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0208	0.0115	0.019	0.0333	0.0053	0.0102	0.0199	0.0113	0.0053	0.0097	0.0286	0.0097	0.0232	0.0253	0.0645	0.0253	0.0433
chr2L	7960910	7961061	chr2L:7960911-7961061	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0146	0.0061	0.0108	0.0284	0.0042	0.0097	0.0082	0.0033	0.0042	0.0072	0.0068	0.0072	0.0364	0.01	0.0058	0.01	0.086
chr2L	7961150	7961301	chr2L:7961151-7961301	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0163	0.0102	0.0131	0.0267	0.0053	0.0126	0.0156	0.0087	0.0053	0.0079	0.0113	0.0079	0.0364	0.0138	0.0077	0.0138	0.0709
chr2L	7965759	7965910	chr2L:7965760-7965910	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0121	0.0113	0.0115	0.0136	0.0064	0.0126	0.019	0.0093	0.0064	0.0097	0.0077	0.0097	0.0263	0.0161	0.011	0.0161	0.0224
chr2L	7965994	7966145	chr2L:7965995-7966145	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.008	0.006	0.0067	0.0117	0	0.0049	0.0108	0.0067	0	0.006	0.0026	0.006	0.0178	0.0176	0.0064	0.0176	0.0229
chr2L	7966586	7966886	chr2L:7966587-7966886	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0204	0.0236	0.0393	0.0095	0.0209	0.0311	0.0227	0.0095	0.0254	0.0212	0.0254	0.0356	0.0482	0.0548	0.0482	0.0505
chr2L	7973691	7973842	chr2L:7973692-7973842	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0094	0.0092	0.0082	0.0107	0.0032	0.0087	0.0169	0.0087	0.0032	0.0091	0.0093	0.0091	0.0046	0.0069	0.0039	0.0069	0.0089
chr2L	7976782	7976961	chr2L:7976783-7976961	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0948	0.0652	0.1044	0.1174	0.0339	0.0772	0.0865	0.074	0.0339	0.1014	0.1042	0.1014	0.151	0.1386	0.1044	0.1386	0.1501
chr2L	7984171	7984368	chr2L:7984172-7984368	FBgn0031968,FBgn0085450	CG7231,Snoo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1735	0.141	0.2016	0.1789	0.0997	0.1762	0.1548	0.1672	0.0997	0.2566	0.2164	0.2566	0.2022	0.1953	0.1599	0.1953	0.2204
chr2L	7984541	7984755	chr2L:7984542-7984755	FBgn0085450	Snoo	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0495	0.0409	0.059	0.0486	0.018	0.0417	0.051	0.06	0.018	0.0725	0.0653	0.0725	0.0604	0.0467	0.0419	0.0467	0.0657
chr2L	7984810	7984961	chr2L:7984811-7984961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0261	0.0203	0.0298	0.0284	0.0074	0.0209	0.029	0.0253	0.0074	0.0248	0.035	0.0248	0.0411	0.0391	0.0206	0.0391	0.037
chr2L	7985123	7985355	chr2L:7985124-7985355	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0615	0.0417	0.0621	0.0829	0.0191	0.0524	0.0536	0.0466	0.0191	0.0598	0.0576	0.0598	0.0782	0.1286	0.0361	0.1286	0.086
chr2L	7985538	7985689	chr2L:7985539-7985689	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0301	0.0273	0.034	0.0288	0.0106	0.0335	0.0355	0.0346	0.0106	0.0356	0.0357	0.0356	0.0411	0.0314	0.0168	0.0314	0.05
chr2L	7991571	7991904	chr2L:7991572-7991904	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.187	0.1375	0.2622	0.1599	0.07	0.1947	0.1272	0.1845	0.07	0.3605	0.2817	0.3605	0.3075	0.1723	0.1663	0.1723	0.2986
chr2L	7992369	7992520	chr2L:7992370-7992520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0445	0.0427	0.0534	0.0368	0.0233	0.0519	0.0519	0.046	0.0233	0.0658	0.0588	0.0658	0.0689	0.0283	0.0297	0.0283	0.0599
chr2L	7992915	7993066	chr2L:7992916-7993066	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.04	0.0322	0.0473	0.0408	0.0095	0.0451	0.035	0.042	0.0095	0.0495	0.0543	0.0495	0.055	0.0138	0.0419	0.0138	0.0469
chr2L	7993210	7993361	chr2L:7993211-7993361	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0369	0.0302	0.0348	0.0467	0.0127	0.0393	0.0333	0.0373	0.0127	0.0326	0.0383	0.0326	0.0542	0.026	0.0477	0.026	0.0677
chr2L	7993480	7993631	chr2L:7993481-7993631	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0581	0.0652	0.0605	0.0475	0.0255	0.0917	0.0735	0.072	0.0255	0.1021	0.0595	0.1021	0.0589	0.0766	0.0496	0.0766	0.0547
chr2L	7994065	7994280	chr2L:7994066-7994280	FBgn0031969	pes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2574	0.2202	0.326	0.2238	0.1601	0.284	0.2098	0.2878	0.1601	0.4366	0.3543	0.4366	0.3362	0.2603	0.2876	0.2603	0.3142
chr2L	7994447	7994657	chr2L:7994448-7994657	FBgn0031969	pes	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2375	0.2334	0.2868	0.1879	0.1813	0.2762	0.2439	0.3118	0.1813	0.3599	0.3277	0.3599	0.2889	0.232	0.225	0.232	0.2366
chr2L	7994794	7994945	chr2L:7994795-7994945	distal	distal	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.105	0.1104	0.1344	0.0667	0.0817	0.1325	0.1189	0.1499	0.0817	0.1854	0.1579	0.1854	0.1301	0.0766	0.0767	0.0766	0.1042
chr2L	7998216	7998390	chr2L:7998217-7998390	FBgn0031970	CG7227	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0475	0.0389	0.0553	0.0485	0.0201	0.0485	0.0588	0.03	0.0201	0.0447	0.0473	0.0447	0.1239	0.0222	0.0355	0.0222	0.112
chr2L	7998783	7998990	chr2L:7998784-7998990	FBgn0031971	CG7224	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.125	0.1226	0.161	0.088	0.0795	0.1573	0.1341	0.1519	0.0795	0.2258	0.1662	0.2258	0.1634	0.0942	0.0877	0.0942	0.1214
chr2L	8000809	8000960	chr2L:8000810-8000960	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0244	0.0196	0.0277	0.0262	0.0117	0.0248	0.0277	0.018	0.0117	0.038	0.0235	0.038	0.0356	0.0245	0.0174	0.0245	0.0229
chr2L	8001459	8001722	chr2L:8001460-8001722	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0698	0.05	0.0848	0.0755	0.0159	0.0767	0.0454	0.07	0.0159	0.1268	0.0788	0.1268	0.1108	0.111	0.069	0.111	0.1006
chr2L	8002008	8002227	chr2L:8002009-8002227	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0526	0.0431	0.0665	0.048	0.0201	0.0568	0.0454	0.0566	0.0201	0.1135	0.0608	0.1135	0.0643	0.0812	0.0368	0.0812	0.0646
chr2L	8003917	8004150	chr2L:8003918-8004150	FBgn0031972	Wwox	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0417	0.038	0.0451	0.0422	0.0191	0.0461	0.0463	0.0486	0.0191	0.0435	0.0511	0.0435	0.0643	0.0429	0.0393	0.0429	0.0599
chr2L	8004238	8004411	chr2L:8004239-8004411	FBgn0031972	Wwox	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0632	0.0562	0.061	0.0735	0.035	0.0665	0.0541	0.0879	0.035	0.0399	0.0794	0.0399	0.0945	0.0796	0.069	0.0796	0.1006
chr2L	8009382	8009568	chr2L:8009383-8009568	FBgn0031974	CG12560	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0411	0.0148	0.0321	0.0802	0.0032	0.0257	0.0173	0.0127	0.0032	0.0272	0.026	0.0272	0.0844	0.0781	0.0877	0.0781	0.1454
chr2L	8009902	8010103	chr2L:8009903-8010103	FBgn0031974	CG12560	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0289	0.0199	0.035	0.0322	0.0064	0.0277	0.0264	0.0187	0.0064	0.0278	0.0293	0.0278	0.0953	0.0176	0.0309	0.0176	0.073
chr2L	8010202	8010353	chr2L:8010203-8010353	FBgn0054010	CG34010	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0307	0.0254	0.0339	0.0331	0.0117	0.0383	0.0272	0.028	0.0117	0.0296	0.0334	0.0296	0.0736	0.0291	0.0329	0.0291	0.0646
chr2L	8010408	8010635	chr2L:8010409-8010635	FBgn0054010	CG34010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.059	0.0427	0.0626	0.0731	0.0276	0.0587	0.0363	0.0626	0.0276	0.0471	0.0691	0.0471	0.1309	0.0735	0.0722	0.0735	0.1443
chr2L	8010651	8010867	chr2L:8010652-8010867	FBgn0054010	CG34010	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0682	0.0475	0.0717	0.0875	0.0318	0.0626	0.0407	0.074	0.0318	0.0489	0.0768	0.0489	0.1565	0.1095	0.098	0.1095	0.1501
chr2L	8011238	8011424	chr2L:8011239-8011424	FBgn0031975	Tg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0299	0.0199	0.0329	0.0377	0.0095	0.0204	0.0333	0.0173	0.0095	0.0217	0.0331	0.0217	0.0775	0.0276	0.0651	0.0276	0.0573
chr2L	8011596	8011749	chr2L:8011597-8011749	FBgn0031975	Tg	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade4	0.0208	0.0143	0.0263	0.0221	0.0074	0.0146	0.0242	0.01	0.0074	0.0139	0.027	0.0139	0.0612	0.01	0.0509	0.01	0.0297
chr2L	8012631	8012782	chr2L:8012632-8012782	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0196	0.0167	0.0156	0.0272	0.0042	0.0165	0.0272	0.02	0.0042	0.0127	0.0228	0.0127	0.0155	0.0107	0.089	0.0107	0.0182
chr2L	8029133	8029313	chr2L:8029134-8029313	FBgn0031977	baf	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1164	0.1129	0.1357	0.0992	0.087	0.1189	0.1324	0.1519	0.087	0.1721	0.1521	0.1721	0.1247	0.098	0.1148	0.098	0.1303
chr2L	8029408	8029800	chr2L:8029409-8029800	FBgn0031977	baf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2375	0.2532	0.2744	0.1794	0.2248	0.2869	0.2894	0.3058	0.2248	0.337	0.2945	0.337	0.2641	0.1953	0.2005	0.1953	0.2137
chr2L	8029885	8030449	chr2L:8029886-8030449	FBgn0031977,FBgn0044323	Cka,baf	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2068	0.2369	0.2414	0.1351	0.1782	0.2718	0.282	0.2905	0.1782	0.3068	0.274	0.3068	0.1851	0.1539	0.156	0.1539	0.1714
chr2L	8030642	8030821	chr2L:8030643-8030821	FBgn0044323	Cka	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1942	0.1863	0.2302	0.1636	0.1304	0.217	0.2158	0.2325	0.1304	0.2941	0.2576	0.2941	0.1998	0.183	0.1812	0.183	0.1949
chr2L	8030939	8031111	chr2L:8030940-8031111	FBgn0044323	Cka	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.26	0.2349	0.3058	0.2377	0.1665	0.2854	0.269	0.2798	0.1665	0.3841	0.3405	0.3841	0.2889	0.2473	0.2682	0.2473	0.2819
chr2L	8031228	8031394	chr2L:8031229-8031394	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1235	0.1185	0.1461	0.1044	0.0944	0.1345	0.1423	0.1506	0.0944	0.1739	0.1691	0.1739	0.1425	0.0904	0.1064	0.0904	0.1277
chr2L	8031465	8031652	chr2L:8031466-8031652	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.152	0.1165	0.1887	0.1512	0.0647	0.1578	0.1129	0.1652	0.0647	0.2446	0.2129	0.2446	0.1789	0.144	0.1651	0.144	0.1772
chr2L	8031725	8031930	chr2L:8031726-8031930	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.1254	0.1041	0.1572	0.1143	0.0679	0.1398	0.1073	0.1332	0.0679	0.2005	0.1714	0.2005	0.1418	0.0896	0.1238	0.0896	0.1183
chr2L	8039122	8039273	chr2L:8039123-8039273	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0342	0.0551	0.0307	0.0148	0.0456	0.0471	0.0939	0.0466	0.0456	0.0399	0.0315	0.0399	0.0356	0.0153	0.0174	0.0153	0.0182
chr2L	8040575	8040726	chr2L:8040576-8040726	FBgn0031979	CG7429	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0454	0.0474	0.0485	0.04	0.0308	0.0476	0.0644	0.0533	0.0308	0.0634	0.0534	0.0634	0.0558	0.0352	0.0406	0.0352	0.0594
chr2L	8040977	8041168	chr2L:8040978-8041168	FBgn0031979	CG7429	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0888	0.0603	0.1065	0.1014	0.0318	0.0777	0.0692	0.0753	0.0318	0.1129	0.1296	0.1129	0.1185	0.0965	0.1051	0.0965	0.1548
chr2L	8041258	8041669	chr2L:8041259-8041669	FBgn0031979	CG7429	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0846	0.0672	0.1074	0.0792	0.035	0.0772	0.0822	0.0846	0.035	0.1159	0.1215	0.1159	0.1379	0.0888	0.0735	0.0888	0.1235
chr2L	8041989	8042182	chr2L:8041990-8042182	FBgn0065055	snoRNA:Psi28S-2648	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0517	0.0469	0.0642	0.0434	0.035	0.0519	0.0657	0.0446	0.035	0.0694	0.0723	0.0694	0.0837	0.0475	0.0374	0.0475	0.0651
chr2L	8042379	8042665	chr2L:8042380-8042665	FBgn0031980,FBgn0065055	RpL36A,snoRNA:Psi28S-2648	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1042	0.0996	0.1245	0.0872	0.0604	0.1068	0.1289	0.1259	0.0604	0.1667	0.1273	0.1667	0.1317	0.0988	0.078	0.0988	0.1183
chr2L	8042792	8042985	chr2L:8042793-8042985	FBgn0031980,FBgn0031981,FBgn0065055	CG7466,RpL36A,snoRNA:Psi28S-2648	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1768	0.1777	0.1968	0.1539	0.1453	0.199	0.2059	0.2265	0.1453	0.2524	0.209	0.2524	0.1921	0.17	0.1528	0.17	0.1839
chr2L	8043308	8043500	chr2L:8043309-8043500	FBgn0031980,FBgn0031981	CG7466,RpL36A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.1705	0.1628	0.1928	0.1547	0.1294	0.1898	0.1869	0.2032	0.1294	0.2295	0.2029	0.2295	0.2045	0.1853	0.138	0.1853	0.1839
chr2L	8055417	8055568	chr2L:8055418-8055568	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0165	0.0174	0.0193	0.0123	0.0021	0.0199	0.029	0.016	0.0021	0.035	0.0154	0.035	0.0178	0.023	0.0077	0.023	0.0135
chr2L	8056226	8056517	chr2L:8056227-8056517	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0354	0.0435	0.0406	0.0207	0.0223	0.0524	0.0627	0.042	0.0223	0.0815	0.0322	0.0815	0.0325	0.0322	0.0135	0.0322	0.024
chr2L	8056590	8056741	chr2L:8056591-8056741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0229	0.0293	0.0236	0.015	0.017	0.0296	0.0415	0.0353	0.017	0.0501	0.019	0.0501	0.0178	0.026	0.0155	0.026	0.0188
chr2L	8057364	8057637	chr2L:8057365-8057637	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0324	0.0416	0.0376	0.0164	0.0106	0.0476	0.0601	0.0473	0.0106	0.0719	0.0344	0.0719	0.0271	0.0253	0.0103	0.0253	0.0172
chr2L	8058445	8058655	chr2L:8058446-8058655	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.0278	0.0356	0.034	0.0123	0.018	0.035	0.058	0.0306	0.018	0.0634	0.0293	0.0634	0.0279	0.0153	0.0071	0.0153	0.0177
chr2L	8064467	8064618	chr2L:8064468-8064618	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0218	0.0263	0.0253	0.0131	0.0064	0.0311	0.0394	0.026	0.0064	0.0332	0.0267	0.0332	0.0279	0.0123	0.0148	0.0123	0.0146
chr2L	8071101	8071293	chr2L:8071102-8071293	FBgn0011230	poe	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0526	0.0487	0.0607	0.0482	0.0286	0.0587	0.064	0.0506	0.0286	0.0694	0.0627	0.0694	0.0736	0.0513	0.0387	0.0513	0.0578
chr2L	8071537	8071719	chr2L:8071538-8071719	FBgn0011230	poe	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1743	0.1685	0.1892	0.1643	0.1166	0.1879	0.202	0.2099	0.1166	0.2162	0.2158	0.2162	0.1875	0.17	0.1805	0.17	0.1787
chr2L	8071970	8072180	chr2L:8071971-8072180	FBgn0011230	poe	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0707	0.0603	0.0906	0.0604	0.0276	0.0699	0.0753	0.0773	0.0276	0.099	0.1074	0.099	0.0782	0.0727	0.06	0.0727	0.0672
chr2L	8072304	8072689	chr2L:8072305-8072689	FBgn0010287,FBgn0013531	MED20,Trf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.1185	0.1041	0.1504	0.0996	0.0435	0.1301	0.125	0.1286	0.0435	0.1999	0.1608	0.1999	0.1487	0.1087	0.1077	0.1087	0.1136
chr2L	8072801	8073042	chr2L:8072802-8073042	FBgn0010287,FBgn0013531	MED20,Trf	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1621	0.1517	0.1943	0.1383	0.1166	0.1811	0.1644	0.1992	0.1166	0.2355	0.2068	0.2355	0.2208	0.1646	0.1444	0.1646	0.1709
chr2L	8080549	8080700	chr2L:8080550-8080700	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0269	0.0174	0.0273	0.0372	0.0011	0.0209	0.0225	0.026	0.0011	0.0417	0.028	0.0417	0.0287	0.1286	0.0174	0.1286	0.0229
chr2L	8080968	8081119	chr2L:8080969-8081119	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0387	0.0308	0.041	0.0451	0.017	0.0374	0.0346	0.0326	0.017	0.0713	0.0424	0.0713	0.0325	0.1508	0.0232	0.1508	0.0307
chr2L	8081762	8082093	chr2L:8081763-8082093	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1646	0.2188	0.1994	0.0659	0.1782	0.1927	0.2608	0.3284	0.1782	0.1298	0.3248	0.1298	0.1379	0.0505	0.1161	0.0505	0.0537
chr2L	8082638	8082822	chr2L:8082639-8082822	FBgn0020240	Mcr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1338	0.1199	0.1685	0.1113	0.0689	0.1539	0.1241	0.1699	0.0689	0.1793	0.1891	0.1793	0.1898	0.0842	0.1412	0.0842	0.1412
chr2L	8082904	8083071	chr2L:8082905-8083071	FBgn0020240,FBgn0261822	Bsg,Mcr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2386	0.2226	0.2807	0.2104	0.1516	0.2665	0.2448	0.2891	0.1516	0.3357	0.31	0.3357	0.2843	0.2198	0.2218	0.2198	0.235
chr2L	8083261	8083449	chr2L:8083262-8083449	FBgn0020240,FBgn0261822	Bsg,Mcr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2568	0.251	0.2945	0.2218	0.1718	0.3083	0.2625	0.3304	0.1718	0.3653	0.3183	0.3653	0.2874	0.2228	0.2282	0.2228	0.247
chr2L	8083680	8083875	chr2L:8083681-8083875	FBgn0261822	Bsg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2472	0.1917	0.3051	0.2456	0.105	0.2971	0.1492	0.2585	0.105	0.3786	0.3302	0.3786	0.3052	0.2588	0.2695	0.2588	0.2788
chr2L	8084347	8085115	chr2L:8084348-8085115	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.2097	0.1512	0.2827	0.1948	0.0689	0.2345	0.128	0.2119	0.0689	0.2512	0.399	0.2512	0.2742	0.1547	0.3101	0.1547	0.2272
chr2L	8085590	8085741	chr2L:8085591-8085741	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0491	0.0709	0.0639	0.0286	0.0583	0.0593	0.064	0.0286	0.0393	0.0939	0.0393	0.1115	0.0237	0.1141	0.0237	0.098
chr2L	8087067	8087239	chr2L:8087068-8087239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0568	0.051	0.0685	0.0504	0.0223	0.068	0.0623	0.0546	0.0223	0.0296	0.0608	0.0296	0.1998	0.0245	0.0477	0.0245	0.1094
chr2L	8087533	8087724	chr2L:8087534-8087724	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0462	0.0511	0.0486	0.038	0.0244	0.0481	0.0683	0.072	0.0244	0.032	0.0357	0.032	0.1441	0.0161	0.0187	0.0161	0.1006
chr2L	8090574	8090725	chr2L:8090575-8090725	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.028	0.0312	0.0264	0.0262	0.0212	0.0277	0.0502	0.0286	0.0212	0.0229	0.0232	0.0229	0.0596	0.0291	0.02	0.0291	0.0386
chr2L	8091028	8091278	chr2L:8091029-8091278	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0548	0.0658	0.057	0.0401	0.0445	0.0641	0.1025	0.0626	0.0445	0.0688	0.0617	0.0688	0.0775	0.059	0.0548	0.059	0.0469
chr2L	8091309	8091460	chr2L:8091310-8091460	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0338	0.0405	0.0372	0.0227	0.0255	0.0471	0.0545	0.044	0.0255	0.0393	0.0453	0.0393	0.0473	0.0283	0.0335	0.0283	0.0297
chr2L	8093106	8093506	chr2L:8093107-8093506	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0654	0.0614	0.0796	0.0542	0.0233	0.0748	0.074	0.0786	0.0233	0.0628	0.0839	0.0628	0.1588	0.0291	0.0729	0.0291	0.0964
chr2L	8095219	8095370	chr2L:8095220-8095370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0251	0.0181	0.0255	0.0326	0.0085	0.0238	0.0229	0.0193	0.0085	0.0193	0.0257	0.0193	0.0565	0.0138	0.0129	0.0138	0.0917
chr2L	8097524	8097675	chr2L:8097525-8097675	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0205	0.0137	0.0223	0.0262	0.0032	0.0252	0.0138	0.012	0.0032	0.0205	0.0183	0.0205	0.0565	0.0383	0.0103	0.0383	0.0537
chr2L	8098463	8098631	chr2L:8098464-8098631	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0409	0.0336	0.0397	0.0503	0.0106	0.0403	0.0463	0.0373	0.0106	0.0562	0.0392	0.0562	0.0534	0.1233	0.0335	0.1233	0.0474
chr2L	8099011	8099162	chr2L:8099012-8099162	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0194	0.0166	0.0183	0.024	0.0053	0.0233	0.0199	0.0187	0.0053	0.0163	0.0177	0.0163	0.0403	0.049	0.0123	0.049	0.0323
chr2L	8100088	8100266	chr2L:8100089-8100266	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.039	0.0283	0.034	0.0564	0.0223	0.0335	0.0398	0.0213	0.0223	0.0296	0.0244	0.0296	0.0899	0.0835	0.0322	0.0835	0.0995
chr2L	8100716	8101004	chr2L:8100717-8101004	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0703	0.0614	0.0845	0.0645	0.0233	0.099	0.0709	0.0473	0.0233	0.0441	0.0547	0.0441	0.2812	0.0322	0.0264	0.0322	0.172
chr2L	8101030	8101181	chr2L:8101031-8101181	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0414	0.0456	0.033	0.0106	0.0699	0.0502	0.0273	0.0106	0.0308	0.0357	0.0308	0.1263	0.0115	0.0193	0.0115	0.0875
chr2L	8104086	8104304	chr2L:8104087-8104304	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0567	0.0422	0.0577	0.0719	0.0127	0.0544	0.051	0.0566	0.0127	0.0562	0.0559	0.0562	0.086	0.0628	0.089	0.0628	0.1131
chr2L	8104375	8104697	chr2L:8104376-8104697	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0573	0.0422	0.0641	0.0667	0.0138	0.049	0.0584	0.0493	0.0138	0.0338	0.0727	0.0338	0.1301	0.0459	0.098	0.0459	0.1053
chr2L	8104920	8105071	chr2L:8104921-8105071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0237	0.0317	0.0231	0.0156	0.018	0.0306	0.0554	0.0233	0.018	0.0169	0.026	0.0169	0.0434	0.01	0.0168	0.01	0.0307
chr2L	8110904	8111055	chr2L:8110905-8111055	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0241	0.0282	0.0221	0.0217	0.0138	0.0257	0.0463	0.0293	0.0138	0.0236	0.0219	0.0236	0.0356	0.0283	0.0155	0.0283	0.0281
chr2L	8111106	8111305	chr2L:8111107-8111305	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0351	0.0451	0.0344	0.0248	0.0244	0.035	0.0779	0.0466	0.0244	0.0374	0.0347	0.0374	0.0573	0.0345	0.0155	0.0345	0.0354
chr2L	8111427	8111578	chr2L:8111428-8111578	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade4	0.0239	0.0259	0.0231	0.0226	0.0074	0.0257	0.042	0.028	0.0074	0.0242	0.0241	0.0242	0.0372	0.0406	0.0142	0.0406	0.0261
chr2L	8112088	8112239	chr2L:8112089-8112239	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0165	0.0151	0.0166	0.0178	0.0042	0.016	0.0242	0.0167	0.0042	0.0266	0.0154	0.0266	0.0209	0.059	0.0071	0.059	0.0156
chr2L	8116772	8116923	chr2L:8116773-8116923	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0252	0.0314	0.0279	0.0153	0.018	0.0393	0.0372	0.0306	0.018	0.0157	0.028	0.0157	0.0674	0.0145	0.0161	0.0145	0.0224
chr2L	8123527	8123692	chr2L:8123528-8123692	FBgn0031985	mon2	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0291	0.0226	0.0326	0.0324	0.0074	0.0282	0.0294	0.0273	0.0074	0.0308	0.0302	0.0308	0.0418	0.0337	0.0232	0.0337	0.0323
chr2L	8123958	8124145	chr2L:8123959-8124145	FBgn0031985,FBgn0031986	CG8673,mon2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1204	0.1089	0.141	0.1107	0.0636	0.1383	0.1168	0.1459	0.0636	0.1594	0.154	0.1594	0.1596	0.1064	0.1025	0.1064	0.1344
chr2L	8124239	8124390	chr2L:8124240-8124390	FBgn0031985,FBgn0031986	CG8673,mon2	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0358	0.0369	0.0388	0.0313	0.0223	0.0398	0.0493	0.044	0.0223	0.029	0.0453	0.029	0.0511	0.0237	0.0303	0.0237	0.0433
chr2L	8126572	8126764	chr2L:8126573-8126764	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0646	0.0613	0.0783	0.0532	0.0392	0.065	0.0783	0.074	0.0392	0.093	0.0826	0.093	0.0837	0.0605	0.0503	0.0605	0.0714
chr2L	8126863	8127040	chr2L:8126864-8127040	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1522	0.1593	0.1636	0.1319	0.1156	0.1835	0.1873	0.1965	0.1156	0.1938	0.1814	0.1938	0.1658	0.1401	0.1283	0.1401	0.1688
chr2L	8127138	8127476	chr2L:8127139-8127476	FBgn0031987,FBgn0031988	CG12375,CG8668	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0996	0.1029	0.1066	0.0881	0.0679	0.1087	0.125	0.1372	0.0679	0.1329	0.1219	0.1329	0.1115	0.0957	0.0877	0.0957	0.1157
chr2L	8127479	8127744	chr2L:8127480-8127744	FBgn0031988	CG8668	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0704	0.0833	0.0688	0.0579	0.0615	0.0786	0.106	0.1079	0.0615	0.0797	0.0814	0.0797	0.0682	0.0567	0.0696	0.0567	0.074
chr2L	8127951	8128102	chr2L:8127952-8128102	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0297	0.0265	0.0321	0.0306	0.0233	0.0243	0.0346	0.0353	0.0233	0.0362	0.0347	0.0362	0.0442	0.026	0.0309	0.026	0.0558
chr2L	8128920	8129071	chr2L:8128921-8129071	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0188	0.0171	0.021	0.0148	0.018	0.029	0.0167	0.0148	0.0169	0.0125	0.0169	0.0364	0.013	0.0064	0.013	0.0589
chr2L	8129177	8129370	chr2L:8129178-8129370	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0317	0.0262	0.0336	0.0358	0.0106	0.0296	0.0355	0.0266	0.0106	0.0296	0.0283	0.0296	0.0829	0.0237	0.0168	0.0237	0.0902
chr2L	8133391	8133542	chr2L:8133392-8133542	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0282	0.034	0.0283	0.0217	0.0233	0.0311	0.0489	0.0433	0.0233	0.0374	0.0283	0.0374	0.038	0.0161	0.0258	0.0161	0.0375
chr2L	8133557	8133918	chr2L:8133558-8133918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0627	0.0722	0.0631	0.0518	0.0456	0.0796	0.0908	0.0879	0.0456	0.07	0.0688	0.07	0.0821	0.0528	0.0574	0.0528	0.075
chr2L	8134031	8134264	chr2L:8134032-8134264	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.116	0.127	0.1136	0.1063	0.0848	0.1306	0.1665	0.1646	0.0848	0.1159	0.1341	0.1159	0.1247	0.1156	0.1128	0.1156	0.136
chr2L	8134398	8134549	chr2L:8134399-8134549	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0491	0.0477	0.0533	0.0461	0.0265	0.0485	0.0683	0.056	0.0265	0.0447	0.0643	0.0447	0.0705	0.0436	0.0529	0.0436	0.0651
chr2L	8142618	8142769	chr2L:8142619-8142769	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0267	0.0409	0.0256	0.012	0.0297	0.0238	0.0744	0.0453	0.0297	0.0103	0.0482	0.0103	0.0201	0.0046	0.0251	0.0046	0.0156
chr2L	8144098	8144276	chr2L:8144099-8144276	FBgn0261830	CG42762	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0523	0.1007	0.0405	0.0111	0.0976	0.0451	0.1769	0.1193	0.0976	0.0205	0.0746	0.0205	0.0209	0.0077	0.0213	0.0077	0.0141
chr2L	8144435	8144586	chr2L:8144436-8144586	FBgn0261830	CG42762	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade2	0.0243	0.0389	0.0259	0.0061	0.0339	0.0194	0.0714	0.0353	0.0339	0.0151	0.0463	0.0151	0.0147	0.0031	0.011	0.0031	0.0089
chr2L	8145325	8145625	chr2L:8145326-8145625	FBgn0261831,FBgn0263256	CG42763,CG43394	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0694	0.1598	0.0305	0.0111	0.1644	0.068	0.3088	0.1379	0.1644	0.0109	0.0543	0.0109	0.017	0.01	0.0168	0.01	0.0135
chr2L	8146854	8147058	chr2L:8146855-8147058	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0464	0.0928	0.0266	0.0163	0.0954	0.0325	0.1786	0.0893	0.0954	0.0127	0.0482	0.0127	0.0201	0.0084	0.0316	0.0084	0.0177
chr2L	8148707	8148945	chr2L:8148708-8148945	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0751	0.1186	0.068	0.0343	0.1241	0.065	0.1834	0.1539	0.1241	0.0229	0.1344	0.0229	0.0364	0.0161	0.0986	0.0161	0.0219
chr2L	8150197	8150373	chr2L:8150198-8150373	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0246	0.0304	0.0255	0.0171	0.0244	0.0214	0.0489	0.0346	0.0244	0.0127	0.0466	0.0127	0.0139	0.01	0.0484	0.01	0.013
chr2L	8150650	8150801	chr2L:8150651-8150801	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0188	0.0243	0.018	0.0135	0.0201	0.0199	0.0363	0.0293	0.0201	0.0115	0.0264	0.0115	0.0232	0.0054	0.0413	0.0054	0.0094
chr2L	8156451	8156772	chr2L:8156452-8156772	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.08	0.0874	0.0874	0.0635	0.0732	0.085	0.109	0.1086	0.0732	0.0936	0.1093	0.0936	0.0875	0.0567	0.0561	0.0567	0.0657
chr2L	8156863	8157064	chr2L:8156864-8157064	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.132	0.165	0.1125	0.0838	0.1515	0.1613	0.1572	0.0838	0.1902	0.1932	0.1902	0.1782	0.1179	0.109	0.1179	0.1282
chr2L	8157149	8157357	chr2L:8157150-8157357	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0703	0.0735	0.0854	0.0501	0.0361	0.0835	0.0913	0.0966	0.0361	0.0918	0.1013	0.0918	0.0984	0.0444	0.0477	0.0444	0.0683
chr2L	8159299	8159450	chr2L:8159300-8159450	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0384	0.0253	0.0412	0.0499	0.0106	0.0345	0.0247	0.036	0.0106	0.029	0.0482	0.029	0.0744	0.0429	0.0548	0.0429	0.0808
chr2L	8159535	8159703	chr2L:8159536-8159703	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0801	0.0454	0.0854	0.1129	0.0265	0.0568	0.051	0.0586	0.0265	0.0713	0.0981	0.0713	0.1317	0.124	0.1051	0.124	0.1574
chr2L	8159792	8159946	chr2L:8159793-8159946	FBgn0031990,FBgn0261064	CG8552,Rbsn-5	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0727	0.0516	0.0843	0.0836	0.0318	0.0646	0.0545	0.0686	0.0318	0.0785	0.0945	0.0785	0.1185	0.0911	0.0799	0.0911	0.1152
chr2L	8162058	8162256	chr2L:8162059-8162256	FBgn0031992	CG8498	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0802	0.0627	0.0996	0.0784	0.0403	0.0762	0.0709	0.0813	0.0403	0.0996	0.1219	0.0996	0.1084	0.0881	0.0916	0.0881	0.1094
chr2L	8162381	8162550	chr2L:8162382-8162550	FBgn0031992	CG8498	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1585	0.127	0.1964	0.1519	0.088	0.1519	0.1406	0.1599	0.088	0.2144	0.2338	0.2144	0.1998	0.1593	0.1702	0.1593	0.1944
chr2L	8162685	8162852	chr2L:8162686-8162852	FBgn0031992,FBgn0031993	CG8498,Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1685	0.1244	0.2142	0.1677	0.0732	0.165	0.1263	0.1686	0.0732	0.2554	0.2585	0.2554	0.1967	0.1784	0.2018	0.1784	0.1928
chr2L	8162965	8163159	chr2L:8162966-8163159	FBgn0031993	Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2041	0.1621	0.2464	0.2044	0.1145	0.2015	0.1618	0.2245	0.1145	0.2953	0.2907	0.2953	0.2393	0.2251	0.2373	0.2251	0.2298
chr2L	8163387	8163874	chr2L:8163388-8163874	FBgn0031993	Piezo	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1448	0.1235	0.1713	0.1394	0.0551	0.1505	0.1332	0.1819	0.0551	0.1733	0.2154	0.1733	0.206	0.173	0.1676	0.173	0.1834
chr2L	8163974	8164144	chr2L:8163975-8164144	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0504	0.0393	0.0602	0.0521	0.0127	0.0456	0.048	0.0533	0.0127	0.0453	0.0611	0.0453	0.1286	0.0467	0.0445	0.0467	0.1115
chr2L	8166073	8166379	chr2L:8166074-8166379	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0867	0.1275	0.0933	0.034	0.106	0.1015	0.17	0.1852	0.106	0.0374	0.1781	0.0374	0.0604	0.0191	0.0838	0.0191	0.0276
chr2L	8167335	8167486	chr2L:8167336-8167486	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.021	0.0348	0.0188	0.0081	0.0159	0.032	0.0363	0.0673	0.0159	0.0085	0.0331	0.0085	0.0108	0.0077	0.0103	0.0077	0.0109
chr2L	8168461	8168612	chr2L:8168462-8168612	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade3	0.0138	0.012	0.0152	0.0142	0.0042	0.0058	0.0238	0.0147	0.0042	0.0103	0.0212	0.0103	0.0139	0.0368	0.011	0.0368	0.0125
chr2L	8170111	8170262	chr2L:8170112-8170262	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0136	0.0116	0.0131	0.0164	0.0042	0.0117	0.016	0.0187	0.0042	0.0085	0.0164	0.0085	0.0217	0.0061	0.0135	0.0061	0.038
chr2L	8170615	8170766	chr2L:8170616-8170766	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0118	0.009	0.0119	0.0149	0.0032	0.0117	0.0104	0.0113	0.0032	0.0072	0.0141	0.0072	0.0232	0.0123	0.0181	0.0123	0.0276
chr2L	8171624	8171789	chr2L:8171625-8171789	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0189	0.0101	0.019	0.0287	0.0032	0.0121	0.0138	0.0113	0.0032	0.0121	0.0145	0.0121	0.0503	0.0107	0.0155	0.0107	0.0688
chr2L	8174323	8174474	chr2L:8174324-8174474	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0146	0.0193	0.0165	0.0071	0.0053	0.0204	0.0212	0.034	0.0053	0.0163	0.0225	0.0163	0.0155	0.0092	0.0077	0.0092	0.0083
chr2L	8185050	8185282	chr2L:8185051-8185282	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0434	0.0652	0.0405	0.0223	0.0594	0.0476	0.1016	0.0713	0.0594	0.0543	0.0502	0.0543	0.0294	0.0498	0.0206	0.0498	0.0224
chr2L	8196539	8196762	chr2L:8196540-8196762	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0511	0.0384	0.0594	0.0563	0.0127	0.051	0.0484	0.042	0.0127	0.0713	0.0614	0.0713	0.0689	0.0582	0.0458	0.0582	0.0881
chr2L	8196844	8197035	chr2L:8196845-8197035	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1052	0.0776	0.1249	0.1143	0.0382	0.0995	0.0848	0.0979	0.0382	0.1329	0.1389	0.1329	0.1549	0.1271	0.1051	0.1271	0.149
chr2L	8197095	8197289	chr2L:8197096-8197289	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.1041	0.0938	0.1204	0.0975	0.0509	0.1058	0.1068	0.1292	0.0509	0.1347	0.1338	0.1347	0.1487	0.111	0.0961	0.111	0.1261
chr2L	8197328	8197496	chr2L:8197329-8197496	FBgn0031995,FBgn0031996	CG8460,CG8475	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0481	0.0403	0.0603	0.0434	0.0138	0.049	0.0489	0.0526	0.0138	0.0797	0.0659	0.0797	0.0635	0.0436	0.0413	0.0436	0.0604
chr2L	8198543	8198771	chr2L:8198544-8198771	FBgn0031997	CG8455	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.047	0.043	0.053	0.0447	0.0244	0.0461	0.0497	0.0646	0.0244	0.058	0.0627	0.058	0.0496	0.0505	0.0451	0.0505	0.062
chr2L	8198836	8199020	chr2L:8198837-8199020	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0877	0.0755	0.0999	0.088	0.0445	0.0883	0.0792	0.1146	0.0445	0.1135	0.1164	0.1135	0.1115	0.098	0.0883	0.098	0.1193
chr2L	8199084	8199235	chr2L:8199085-8199235	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0446	0.0391	0.0557	0.0384	0.0233	0.0422	0.0489	0.0486	0.0233	0.0688	0.0611	0.0688	0.0635	0.0383	0.0426	0.0383	0.0516
chr2L	8199308	8199483	chr2L:8199309-8199483	FBgn0031997	CG8455	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0375	0.0436	0.0401	0.0277	0.0244	0.0413	0.0709	0.04	0.0244	0.0556	0.0431	0.0556	0.0333	0.0291	0.0277	0.0291	0.0354
chr2L	8204666	8204821	chr2L:8204667-8204821	FBgn0031998	CG8451	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0175	0.014	0.0129	0.0265	0.0074	0.0083	0.026	0.0173	0.0074	0.0109	0.0135	0.0109	0.0178	0.0153	0.0161	0.0153	0.0396
chr2L	8205047	8205223	chr2L:8205048-8205223	FBgn0031998	CG8451	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0459	0.0176	0.0235	0.1021	0.0042	0.0189	0.0277	0.0167	0.0042	0.0115	0.0228	0.0115	0.0527	0.0904	0.0709	0.0904	0.1751
chr2L	8205358	8205547	chr2L:8205359-8205547	FBgn0031998	CG8451	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0399	0.0157	0.0198	0.089	0.0053	0.018	0.0221	0.0187	0.0053	0.0127	0.0199	0.0127	0.0418	0.0819	0.0651	0.0819	0.1423
chr2L	8208999	8209150	chr2L:8209000-8209150	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0389	0.0783	0.0278	0.007	0.071	0.0879	0.0943	0.0833	0.071	0.0447	0.0257	0.0447	0.0178	0.0077	0.0064	0.0077	0.0068
chr2L	8209373	8209576	chr2L:8209374-8209576	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0781	0.1736	0.0402	0.0131	0.1792	0.1786	0.2305	0.1659	0.1792	0.07	0.0383	0.07	0.0248	0.0153	0.011	0.0153	0.0151
chr2L	8209776	8210054	chr2L:8209777-8210054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0622	0.1231	0.0449	0.013	0.0891	0.1432	0.1665	0.1166	0.0891	0.0694	0.0469	0.0694	0.024	0.013	0.0129	0.013	0.0156
chr2L	8210241	8210450	chr2L:8210242-8210450	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.0608	0.1137	0.0482	0.0155	0.0742	0.1136	0.1618	0.1306	0.0742	0.0809	0.0482	0.0809	0.0287	0.0153	0.0129	0.0153	0.013
chr2L	8210472	8210781	chr2L:8210473-8210781	FBgn0003607	Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0775	0.1138	0.081	0.0333	0.0679	0.1282	0.1462	0.1372	0.0679	0.1171	0.0817	0.1171	0.0651	0.0406	0.029	0.0406	0.0313
chr2L	8210812	8210963	chr2L:8210813-8210963	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0619	0.0713	0.0713	0.0409	0.0573	0.0811	0.0852	0.0899	0.0573	0.0888	0.0746	0.0888	0.079	0.0421	0.0277	0.0421	0.0532
chr2L	8210987	8211229	chr2L:8210988-8211229	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1372	0.1493	0.1506	0.109	0.1304	0.1689	0.1786	0.1785	0.1304	0.1854	0.1611	0.1854	0.1487	0.1026	0.0903	0.1026	0.1438
chr2L	8211259	8211434	chr2L:8211260-8211434	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1215	0.115	0.1435	0.1046	0.0657	0.1437	0.1427	0.1319	0.0657	0.1848	0.1537	0.1848	0.1325	0.1034	0.0935	0.1034	0.1344
chr2L	8211505	8211795	chr2L:8211506-8211795	FBgn0003607,FBgn0015299	Ssb-c31a,Su(var)205	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0782	0.0702	0.0997	0.0636	0.035	0.0956	0.0787	0.0853	0.035	0.1214	0.1051	0.1214	0.096	0.0681	0.0516	0.0681	0.0829
chr2L	8212600	8212751	chr2L:8212601-8212751	FBgn0032000,FBgn0032001	CG8360,CG8372	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0457	0.0371	0.0615	0.0379	0.0138	0.0466	0.0428	0.0493	0.0138	0.0725	0.0585	0.0725	0.072	0.0406	0.0297	0.0406	0.0521
chr2L	8212811	8213203	chr2L:8212812-8213203	FBgn0032000,FBgn0032001	CG8360,CG8372	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1652	0.1391	0.2062	0.1493	0.0933	0.185	0.1285	0.1979	0.0933	0.2524	0.2158	0.2524	0.2184	0.1539	0.158	0.1539	0.1855
chr2L	8213884	8214061	chr2L:8213885-8214061	FBgn0032002	CG8353	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.04	0.0628	0.0313	0.0255	0.0495	0.0493	0.044	0.0255	0.0374	0.0405	0.0374	0.0488	0.0176	0.0213	0.0176	0.0261
chr2L	8214141	8214292	chr2L:8214142-8214292	FBgn0032002	CG8353	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0441	0.0537	0.0529	0.0235	0.0318	0.0602	0.0787	0.0533	0.0318	0.0356	0.036	0.0356	0.0589	0.0237	0.02	0.0237	0.0177
chr2L	8218330	8218481	chr2L:8218331-8218481	FBgn0032004	CG8292	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0214	0.0199	0.027	0.0167	0.0095	0.0199	0.0298	0.0233	0.0095	0.035	0.0193	0.035	0.0527	0.0123	0.0097	0.0123	0.0334
chr2L	8220175	8220326	chr2L:8220176-8220326	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.023	0.0169	0.0277	0.0248	0.0074	0.0218	0.0212	0.018	0.0074	0.0205	0.0341	0.0205	0.0457	0.0207	0.0251	0.0207	0.0401
chr2L	8220394	8220620	chr2L:8220395-8220620	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0463	0.0365	0.0516	0.0512	0.0138	0.0466	0.0458	0.044	0.0138	0.0525	0.0563	0.0525	0.0751	0.0421	0.0484	0.0421	0.0881
chr2L	8220628	8220827	chr2L:8220629-8220827	FBgn0032005	Snx6	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0628	0.048	0.0701	0.0713	0.0223	0.0578	0.0575	0.0626	0.0223	0.0682	0.0804	0.0682	0.0922	0.0658	0.0754	0.0658	0.1089
chr2L	8221053	8221204	chr2L:8221054-8221204	FBgn0032005	Snx6	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0228	0.0178	0.0216	0.0298	0.0085	0.0214	0.0251	0.0193	0.0085	0.0181	0.0277	0.0181	0.0248	0.0184	0.0284	0.0184	0.0584
chr2L	8229158	8229692	chr2L:8229159-8229692	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.064	0.0361	0.0731	0.0852	0.0159	0.0539	0.0471	0.024	0.0159	0.0453	0.0768	0.0453	0.172	0.0352	0.0406	0.0352	0.2371
chr2L	8230652	8230803	chr2L:8230653-8230803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.016	0.0106	0.0122	0.0262	0.0042	0.0112	0.0169	0.0087	0.0042	0.0054	0.0103	0.0054	0.0372	0.0107	0.011	0.0107	0.074
chr2L	8231162	8231313	chr2L:8231163-8231313	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0142	0.0115	0.0095	0.0224	0.0032	0.0136	0.016	0.016	0.0032	0.0066	0.0103	0.0066	0.0201	0.0092	0.0071	0.0092	0.0636
chr2L	8232686	8232837	chr2L:8232687-8232837	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0155	0.0132	0.0188	0.0143	0.0021	0.0209	0.0173	0.0127	0.0021	0.0344	0.0183	0.0344	0.0194	0.0322	0.0123	0.0322	0.0125
chr2L	8236463	8236614	chr2L:8236464-8236614	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0164	0.0146	0.0217	0.0125	0.0074	0.0184	0.0199	0.0133	0.0074	0.0139	0.0232	0.0139	0.0527	0.0092	0.0071	0.0092	0.0297
chr2L	8238723	8238909	chr2L:8238724-8238909	distal	distal	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2,6to8_Clade2	0.0451	0.0259	0.0648	0.045	0.0053	0.0374	0.0316	0.03	0.0053	0.0181	0.1248	0.0181	0.0473	0.0161	0.1122	0.0161	0.0485
chr2L	8239078	8239326	chr2L:8239079-8239326	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.077	0.0532	0.1082	0.0693	0.0265	0.0772	0.067	0.0493	0.0265	0.0441	0.1707	0.0441	0.1518	0.0214	0.1244	0.0214	0.123
chr2L	8239381	8239572	chr2L:8239382-8239572	FBgn0032006	Pvr	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.039	0.0736	0.0525	0.0308	0.0495	0.0471	0.0393	0.0308	0.0344	0.1061	0.0344	0.1201	0.0283	0.0806	0.0283	0.0891
chr2L	8239787	8240005	chr2L:8239788-8240005	FBgn0032006	Pvr	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1508	0.1127	0.1772	0.1646	0.0721	0.1369	0.1406	0.1246	0.0721	0.1606	0.2273	0.1606	0.2076	0.147	0.1889	0.147	0.2402
chr2L	8240079	8240256	chr2L:8240080-8240256	FBgn0032006	Pvr	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.1361	0.1145	0.1574	0.1367	0.0732	0.1388	0.1458	0.1213	0.0732	0.1727	0.1839	0.1727	0.1627	0.1524	0.1399	0.1524	0.1866
chr2L	8256928	8257079	chr2L:8256929-8257079	FBgn0032010	CG8086	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0191	0.0166	0.0212	0.0196	0.0042	0.015	0.0247	0.022	0.0042	0.0248	0.0264	0.0248	0.017	0.013	0.0329	0.013	0.0135
chr2L	8257112	8257263	chr2L:8257113-8257263	FBgn0032010	CG8086	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0252	0.027	0.0284	0.0195	0.0106	0.0306	0.0346	0.0373	0.0106	0.0374	0.0338	0.0374	0.0232	0.0207	0.0277	0.0207	0.0151
chr2L	8257471	8257683	chr2L:8257472-8257683	FBgn0032010	CG8086	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1025	0.1019	0.1067	0.0986	0.0742	0.1058	0.1207	0.1426	0.0742	0.1196	0.1312	0.1196	0.1177	0.124	0.1264	0.124	0.1152
chr2L	8257832	8258216	chr2L:8257833-8258216	FBgn0032010,FBgn0262374	CG8086,mir-2b-1	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0754	0.0646	0.0874	0.0744	0.0371	0.0631	0.0839	0.0873	0.0371	0.0906	0.1125	0.0906	0.0937	0.1141	0.0767	0.1141	0.0954
chr2L	8258396	8258588	chr2L:8258397-8258588	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade4,6to8_Clade4	0.0319	0.0308	0.0296	0.0356	0.0201	0.0272	0.0368	0.05	0.0201	0.0266	0.0373	0.0266	0.0449	0.0337	0.0451	0.0337	0.0568
chr2L	8258609	8258969	chr2L:8258610-8258969	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0535	0.0495	0.0571	0.0539	0.0297	0.0476	0.0636	0.0693	0.0297	0.0586	0.0678	0.0586	0.0798	0.0651	0.0671	0.0651	0.073
chr2L	8259055	8259264	chr2L:8259056-8259264	FBgn0262374	mir-2b-1	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0406	0.041	0.0434	0.037	0.0339	0.0354	0.0545	0.0526	0.0339	0.0417	0.0559	0.0417	0.0496	0.0375	0.0445	0.0375	0.0526
chr2L	8260220	8260723	chr2L:8260221-8260723	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0585	0.0688	0.0652	0.0397	0.07	0.0519	0.0908	0.0953	0.07	0.0676	0.0868	0.0676	0.0689	0.0322	0.049	0.0322	0.0573
chr2L	8266854	8267049	chr2L:8266855-8267049	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0747	0.1028	0.0764	0.0414	0.0764	0.0617	0.1406	0.1659	0.0764	0.0187	0.1402	0.0187	0.072	0.0199	0.0909	0.0199	0.0464
chr2L	8267261	8267419	chr2L:8267262-8267419	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0383	0.0375	0.0438	0.0333	0.0255	0.035	0.042	0.064	0.0255	0.0272	0.0727	0.0272	0.0434	0.0184	0.0567	0.0184	0.0573
chr2L	8274820	8275065	chr2L:8274821-8275065	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0889	0.1474	0.0839	0.0291	0.1283	0.1073	0.186	0.2312	0.1283	0.0429	0.1424	0.0429	0.0852	0.0184	0.0535	0.0184	0.0354
chr2L	8275226	8275560	chr2L:8275227-8275560	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0869	0.0941	0.1089	0.0547	0.0689	0.1053	0.1008	0.1319	0.0689	0.0713	0.1563	0.0713	0.158	0.0306	0.0922	0.0306	0.0875
chr2L	8275758	8276044	chr2L:8275759-8276044	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0976	0.1124	0.1171	0.0597	0.0742	0.1383	0.1267	0.1419	0.0742	0.1401	0.1331	0.1401	0.172	0.0398	0.0767	0.0398	0.1115
chr2L	8276045	8276563	chr2L:8276046-8276563	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.187	0.2754	0.2076	0.0656	0.2577	0.2602	0.3486	0.3384	0.2577	0.1757	0.3045	0.1757	0.2401	0.0513	0.1244	0.0513	0.0813
chr2L	8277148	8277317	chr2L:8277149-8277317	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0841	0.0786	0.1056	0.0666	0.0435	0.0883	0.0913	0.1126	0.0435	0.1226	0.1453	0.1226	0.1061	0.0681	0.1206	0.0681	0.0813
chr2L	8277589	8277793	chr2L:8277590-8277793	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1783	0.1486	0.2349	0.1494	0.1018	0.1757	0.1687	0.1812	0.1018	0.3237	0.2968	0.3237	0.227	0.1838	0.2263	0.1838	0.21
chr2L	8277950	8278138	chr2L:8277951-8278138	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.136	0.072	0.1972	0.1402	0.0276	0.1005	0.074	0.1013	0.0276	0.3116	0.2248	0.3116	0.1936	0.2243	0.1773	0.2243	0.1866
chr2L	8278296	8278523	chr2L:8278297-8278523	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1093	0.087	0.1355	0.1054	0.0583	0.1175	0.0774	0.1266	0.0583	0.2271	0.1621	0.2271	0.0953	0.2083	0.1625	0.2083	0.0933
chr2L	8279516	8279688	chr2L:8279517-8279688	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0557	0.0312	0.0787	0.0579	0.0074	0.0388	0.0333	0.0506	0.0074	0.0658	0.1392	0.0658	0.0349	0.0758	0.1386	0.0758	0.025
chr2L	8280293	8280474	chr2L:8280294-8280474	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0851	0.0626	0.1272	0.0641	0.0329	0.0655	0.0614	0.1106	0.0329	0.0447	0.2582	0.0447	0.0596	0.0214	0.2012	0.0214	0.0349
chr2L	8281869	8282206	chr2L:8281870-8282206	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0798	0.0545	0.1225	0.0613	0.0042	0.0883	0.058	0.064	0.0042	0.1274	0.1434	0.1274	0.1851	0.0636	0.0787	0.0636	0.0954
chr2L	8282750	8282901	chr2L:8282751-8282901	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0301	0.0287	0.0435	0.0171	0.0085	0.0413	0.0346	0.0326	0.0085	0.0791	0.0434	0.0791	0.0395	0.0153	0.0206	0.0153	0.024
chr2L	8282993	8283144	chr2L:8282994-8283144	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0242	0.0212	0.0362	0.0145	0.0064	0.0291	0.0285	0.0187	0.0064	0.0616	0.035	0.0616	0.0349	0.0123	0.0155	0.0123	0.0224
chr2L	8284671	8284822	chr2L:8284672-8284822	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0195	0.0126	0.0216	0.0251	0.0042	0.0141	0.0199	0.0127	0.0042	0.0229	0.026	0.0229	0.0248	0.0291	0.0219	0.0291	0.0474
chr2L	8285381	8285532	chr2L:8285382-8285532	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.02	0.0108	0.0204	0.0297	0.0064	0.0097	0.0156	0.0127	0.0064	0.0151	0.0241	0.0151	0.0341	0.0161	0.0297	0.0161	0.0677
chr2L	8287408	8287637	chr2L:8287409-8287637	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade2	0.0595	0.1104	0.05	0.0131	0.0848	0.0578	0.1328	0.2159	0.0848	0.0302	0.0904	0.0302	0.024	0.0077	0.0161	0.0077	0.0104
chr2L	8287711	8287877	chr2L:8287712-8287877	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.046	0.0742	0.0454	0.0152	0.052	0.0476	0.08	0.1539	0.052	0.0338	0.0695	0.0338	0.0333	0.0184	0.0161	0.0184	0.0162
chr2L	8288131	8288432	chr2L:8288132-8288432	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.073	0.068	0.1023	0.0464	0.0361	0.0976	0.058	0.0966	0.0361	0.0984	0.1318	0.0984	0.1208	0.0467	0.0529	0.0467	0.0641
chr2L	8288449	8288600	chr2L:8288450-8288600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0386	0.0319	0.0577	0.0251	0.017	0.0451	0.0255	0.0453	0.017	0.0519	0.0823	0.0519	0.0612	0.0329	0.0342	0.0329	0.0266
chr2L	8289676	8289827	chr2L:8289677-8289827	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0738	0.0329	0.1146	0.0748	0.0148	0.0631	0.0277	0.0333	0.0148	0.1588	0.1441	0.1588	0.1146	0.1194	0.1057	0.1194	0.0808
chr2L	8289833	8290315	chr2L:8289834-8290315	FBgn0011902	tRNA:K5:29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1634	0.1264	0.227	0.1348	0.07	0.1898	0.122	0.1552	0.07	0.3521	0.2682	0.3521	0.1913	0.307	0.1638	0.307	0.1047
chr2L	8290643	8290833	chr2L:8290644-8290833	FBgn0011902	tRNA:K5:29A	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0497	0.0689	0.0519	0.0259	0.0562	0.0786	0.0792	0.0879	0.0562	0.0785	0.0431	0.0785	0.0519	0.0505	0.0232	0.0505	0.0255
chr2L	8292320	8292503	chr2L:8292321-8292503	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.055	0.0194	0.0704	0.0778	0.0042	0.0267	0.0272	0.02	0.0042	0.0507	0.0981	0.0507	0.1038	0.0605	0.1289	0.0605	0.1219
chr2L	8292664	8292815	chr2L:8292665-8292815	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0347	0.0153	0.0406	0.05	0.0053	0.0194	0.0203	0.0187	0.0053	0.029	0.0643	0.029	0.0387	0.0276	0.107	0.0276	0.0677
chr2L	8292988	8293139	chr2L:8292989-8293139	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0272	0.0176	0.0335	0.0311	0.0074	0.017	0.0225	0.0266	0.0074	0.0169	0.055	0.0169	0.0287	0.01	0.0825	0.01	0.0271
chr2L	8293420	8293577	chr2L:8293421-8293577	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0311	0.0208	0.0458	0.0265	0.0064	0.0267	0.0277	0.0233	0.0064	0.0344	0.0772	0.0344	0.0287	0.0092	0.0761	0.0092	0.0198
chr2L	8294601	8294752	chr2L:8294602-8294752	FBgn0264083	CR43752	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0264	0.0303	0.033	0.0149	0.017	0.0311	0.0454	0.032	0.017	0.029	0.0476	0.029	0.024	0.0145	0.0258	0.0145	0.013
chr2L	8295810	8295961	chr2L:8295811-8295961	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0269	0.0263	0.0365	0.017	0.0095	0.0233	0.0424	0.032	0.0095	0.0254	0.0363	0.0254	0.0139	0.0069	0.0155	0.0069	0.0146
chr2L	8296451	8296649	chr2L:8296452-8296649	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0686	0.0543	0.0831	0.0685	0.0244	0.0515	0.0709	0.0819	0.0244	0.0839	0.0701	0.0839	0.0558	0.0329	0.0413	0.0329	0.0339
chr2L	8296791	8296952	chr2L:8296792-8296952	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0451	0.0348	0.0501	0.0512	0.0106	0.0398	0.0458	0.0426	0.0106	0.0417	0.0347	0.0417	0.0248	0.0107	0.0264	0.0107	0.0172
chr2L	8297139	8297350	chr2L:8297140-8297350	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0869	0.0753	0.1015	0.0837	0.0318	0.0956	0.0804	0.1066	0.0318	0.0984	0.0749	0.0984	0.0465	0.0123	0.0251	0.0123	0.038
chr2L	8299552	8299757	chr2L:8299553-8299757	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.051	0.03	0.0849	0.0373	0.0117	0.0432	0.0329	0.0386	0.0117	0.0779	0.118	0.0779	0.096	0.0513	0.0432	0.0513	0.0485
chr2L	8300287	8300476	chr2L:8300288-8300476	distal	distal	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0966	0.1147	0.114	0.0575	0.0753	0.1204	0.1414	0.1486	0.0753	0.1069	0.1257	0.1069	0.1309	0.0283	0.0413	0.0283	0.1324
chr2L	8300490	8300941	chr2L:8300491-8300941	FBgn0003502	Btk29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.2192	0.2321	0.2641	0.1557	0.1665	0.2549	0.285	0.2785	0.1665	0.3098	0.2974	0.3098	0.2758	0.121	0.1676	0.121	0.2606
chr2L	8300976	8301177	chr2L:8300977-8301177	FBgn0003502	Btk29A	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.159	0.1626	0.1871	0.1241	0.123	0.1743	0.1951	0.2092	0.123	0.2271	0.2125	0.2271	0.1851	0.0934	0.1502	0.0934	0.173
chr2L	8302542	8302820	chr2L:8302543-8302820	FBgn0261020	wol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0907	0.0923	0.106	0.072	0.053	0.0879	0.1185	0.1292	0.053	0.1117	0.1251	0.1117	0.117	0.0781	0.0761	0.0781	0.0948
chr2L	8302850	8303071	chr2L:8302851-8303071	FBgn0032013,FBgn0261020	Scgalpha,wol	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1157	0.1183	0.1265	0.1008	0.0764	0.1083	0.1548	0.1592	0.0764	0.1341	0.1502	0.1341	0.1309	0.1087	0.107	0.1087	0.1167
chr2L	8303339	8303493	chr2L:8303340-8303493	FBgn0032013,FBgn0261020	Scgalpha,wol	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0511	0.0449	0.0513	0.0579	0.0276	0.0505	0.0519	0.0593	0.0276	0.0519	0.0566	0.0519	0.0612	0.1003	0.0387	0.1003	0.0339
chr2L	8304765	8304916	chr2L:8304766-8304916	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0509	0.0809	0.0439	0.0252	0.0467	0.0772	0.0913	0.1266	0.0467	0.0495	0.0518	0.0495	0.0449	0.0138	0.0355	0.0138	0.0292
chr2L	8305469	8305648	chr2L:8305470-8305648	FBgn0032014	CG7840	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0972	0.0859	0.1166	0.0887	0.0573	0.0976	0.1016	0.1106	0.0573	0.131	0.135	0.131	0.1301	0.0896	0.1019	0.0896	0.1126
chr2L	8305743	8305899	chr2L:8305744-8305899	FBgn0032014	CG7840	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0586	0.0501	0.0749	0.0501	0.0265	0.0505	0.0662	0.0686	0.0265	0.093	0.0772	0.093	0.0945	0.0475	0.0567	0.0475	0.0714
chr2L	8307871	8308056	chr2L:8307872-8308056	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0781	0.069	0.0926	0.0721	0.035	0.0806	0.0882	0.0866	0.035	0.1135	0.1026	0.1135	0.0953	0.0689	0.0819	0.0689	0.0969
chr2L	8308107	8308281	chr2L:8308108-8308281	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1232	0.1103	0.1388	0.1203	0.0668	0.1282	0.1298	0.1432	0.0668	0.1733	0.1576	0.1733	0.1356	0.1355	0.1302	0.1355	0.1501
chr2L	8308351	8308548	chr2L:8308352-8308548	FBgn0032015,FBgn0032016	CG7818,CG7830	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.1104	0.1038	0.1251	0.1015	0.0891	0.1083	0.1267	0.1252	0.0891	0.1667	0.1399	0.1667	0.1092	0.1194	0.0941	0.1194	0.1318
chr2L	8309700	8309851	chr2L:8309701-8309851	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0269	0.041	0.0268	0.0114	0.0286	0.0345	0.0601	0.0513	0.0286	0.0314	0.0296	0.0314	0.0271	0.0145	0.0097	0.0145	0.0115
chr2L	8311100	8311293	chr2L:8311101-8311293	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0912	0.0891	0.1056	0.0777	0.052	0.1121	0.1077	0.1079	0.052	0.1383	0.1064	0.1383	0.1239	0.0888	0.0735	0.0888	0.1094
chr2L	8311347	8311546	chr2L:8311348-8311546	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0965	0.0823	0.1127	0.0947	0.0467	0.1039	0.0921	0.1033	0.0467	0.1371	0.1196	0.1371	0.1441	0.1103	0.0799	0.1103	0.1475
chr2L	8311632	8311981	chr2L:8311633-8311981	FBgn0032017,FBgn0032018	CG7806,CG7810	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0742	0.071	0.0933	0.0568	0.0297	0.0869	0.0878	0.0833	0.0297	0.0954	0.0939	0.0954	0.1255	0.059	0.0477	0.059	0.0875
chr2L	8319842	8320099	chr2L:8319843-8320099	FBgn0032020,FBgn0262598	CG7787,mtsh	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0519	0.052	0.0623	0.0405	0.0212	0.0553	0.0692	0.0673	0.0212	0.0731	0.0707	0.0731	0.0503	0.0329	0.0458	0.0329	0.0401
chr2L	8320222	8320406	chr2L:8320223-8320406	FBgn0032020,FBgn0262598	CG7787,mtsh	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1067	0.0955	0.1254	0.0987	0.052	0.1228	0.1047	0.1213	0.052	0.1419	0.1418	0.1419	0.1278	0.0842	0.0993	0.0842	0.1199
chr2L	8320476	8320665	chr2L:8320477-8320665	FBgn0032020	CG7787	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0736	0.0652	0.0896	0.0656	0.0382	0.0772	0.0718	0.0899	0.0382	0.1021	0.0974	0.1021	0.0999	0.0582	0.0677	0.0582	0.0849
chr2L	8320699	8320967	chr2L:8320700-8320967	FBgn0032020	CG7787	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.048	0.0415	0.058	0.0444	0.0148	0.0573	0.048	0.0506	0.0148	0.0713	0.0559	0.0713	0.0666	0.0421	0.0432	0.0421	0.0589
chr2L	8324301	8324452	chr2L:8324302-8324452	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0114	0.0076	0.0085	0.0188	0.0032	0.0049	0.0125	0.01	0.0032	0.0079	0.0093	0.0079	0.0077	0.0054	0.0019	0.0054	0.0073
chr2L	8324658	8324809	chr2L:8324659-8324809	FBgn0032021	CG7781	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0131	0.0091	0.0109	0.0201	0.0021	0.0087	0.0156	0.0087	0.0021	0.0109	0.0129	0.0109	0.0124	0.0077	0.0052	0.0077	0.0063
chr2L	8325313	8325464	chr2L:8325314-8325464	FBgn0032021	CG7781	stage14	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.013	0.0056	0.008	0.0269	0.0042	0.0073	0.0091	0.002	0.0042	0.0103	0.0055	0.0103	0.007	0.0038	0.0103	0.0038	0.0167
chr2L	8326930	8327123	chr2L:8326931-8327123	FBgn0032022	CG14275	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0208	0.007	0.015	0.0426	0.0032	0.0073	0.0121	0.0053	0.0032	0.0066	0.019	0.0066	0.0271	0.0046	0.0709	0.0046	0.0631
chr2L	8327285	8327436	chr2L:8327286-8327436	FBgn0032022	CG14275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0186	0.0088	0.0204	0.0274	0.0032	0.0078	0.0151	0.0107	0.0032	0.0121	0.035	0.0121	0.0194	0.0046	0.0761	0.0046	0.0234
chr2L	8327793	8327944	chr2L:8327794-8327944	FBgn0032022	CG14275	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0115	0.008	0.011	0.0159	0.0042	0.0073	0.0134	0.0093	0.0042	0.0042	0.0196	0.0042	0.0116	0.0038	0.0458	0.0038	0.0089
chr2L	8328067	8328218	chr2L:8328068-8328218	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0174	0.0131	0.0189	0.0205	0.0053	0.0102	0.0242	0.0147	0.0053	0.0085	0.0299	0.0085	0.0248	0.0107	0.0509	0.0107	0.0203
chr2L	8328763	8328915	chr2L:8328764-8328915	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0199	0.0128	0.0165	0.0315	0.0021	0.0097	0.0216	0.016	0.0021	0.0085	0.0251	0.0085	0.0209	0.0077	0.0864	0.0077	0.024
chr2L	8334845	8334996	chr2L:8334846-8334996	distal	distal	none	none	VT4193.1	VT4193.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0186	0.0172	0.0175	0.0214	0.0085	0.0165	0.029	0.0187	0.0085	0.0242	0.017	0.0242	0.0248	0.023	0.0297	0.023	0.0344
chr2L	8342448	8342599	chr2L:8342449-8342599	FBgn0032024	CG14273	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0105	0.0081	0.0079	0.0162	0.0085	0.0063	0.016	0.004	0.0085	0.0066	0.0074	0.0066	0.0116	0.0054	0.0052	0.0054	0.0474
chr2L	8346386	8346571	chr2L:8346387-8346571	FBgn0032025	CG7778	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0256	0.0143	0.0296	0.034	0.0021	0.0131	0.026	0.014	0.0021	0.0139	0.0495	0.0139	0.0287	0.0061	0.0993	0.0061	0.0323
chr2L	8348341	8348520	chr2L:8348342-8348520	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0186	0.027	0.0184	0.0095	0.018	0.0121	0.0536	0.026	0.018	0.0133	0.017	0.0133	0.0426	0.0107	0.0103	0.0107	0.0146
chr2L	8355517	8355685	chr2L:8355518-8355685	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0288	0.0444	0.0204	0.0207	0.0329	0.0427	0.0567	0.0586	0.0329	0.0127	0.0277	0.0127	0.0263	0.0138	0.0335	0.0138	0.0261
chr2L	8361329	8361548	chr2L:8361330-8361548	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0748	0.0766	0.0924	0.0535	0.035	0.1218	0.0779	0.0866	0.035	0.093	0.0804	0.093	0.1712	0.0475	0.0348	0.0475	0.0891
chr2L	8361901	8362057	chr2L:8361902-8362057	FBgn0032026	CG7627	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0616	0.0566	0.0684	0.0596	0.0276	0.0791	0.0666	0.062	0.0276	0.0743	0.0579	0.0743	0.1084	0.0949	0.038	0.0949	0.073
chr2L	8362370	8362606	chr2L:8362371-8362606	FBgn0032026	CG7627	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1007	0.0768	0.1301	0.0953	0.0191	0.116	0.0649	0.1166	0.0191	0.1697	0.1106	0.1697	0.2029	0.1608	0.0561	0.1608	0.148
chr2L	8364273	8364463	chr2L:8364274-8364463	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1203	0.1097	0.1444	0.1057	0.0689	0.1238	0.1328	0.1339	0.0689	0.1848	0.1527	0.1848	0.1565	0.1133	0.0954	0.1133	0.1464
chr2L	8364528	8364704	chr2L:8364529-8364704	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2013	0.1868	0.2376	0.1778	0.1379	0.2199	0.2111	0.2365	0.1379	0.2899	0.2627	0.2899	0.2347	0.1998	0.1728	0.1998	0.2298
chr2L	8364762	8364954	chr2L:8364763-8364954	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1962	0.1884	0.2293	0.1685	0.1432	0.2316	0.2059	0.2325	0.1432	0.2766	0.2521	0.2766	0.2169	0.1876	0.1689	0.1876	0.2079
chr2L	8365090	8365312	chr2L:8365091-8365312	FBgn0010265,FBgn0261437	CSN8,RpS13	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1185	0.1109	0.1467	0.0961	0.071	0.1257	0.1423	0.1299	0.071	0.1745	0.1717	0.1745	0.1201	0.1041	0.0941	0.1041	0.1131
chr2L	8365419	8365584	chr2L:8365420-8365584	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.1029	0.0968	0.1324	0.0774	0.0689	0.1078	0.1207	0.1113	0.0689	0.1558	0.1486	0.1558	0.1232	0.0789	0.0696	0.0789	0.0938
chr2L	8365647	8365832	chr2L:8365648-8365832	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1522	0.1381	0.1789	0.1387	0.1156	0.1476	0.1644	0.1726	0.1156	0.2071	0.1981	0.2071	0.1975	0.1378	0.1322	0.1378	0.1668
chr2L	8365955	8366164	chr2L:8365956-8366164	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.148	0.1387	0.1725	0.1315	0.1198	0.1587	0.1553	0.1672	0.1198	0.2035	0.1878	0.2035	0.1782	0.1378	0.1354	0.1378	0.147
chr2L	8366185	8366403	chr2L:8366186-8366403	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1456	0.1421	0.169	0.1238	0.0997	0.1587	0.1713	0.1706	0.0997	0.1938	0.183	0.1938	0.1805	0.1317	0.1322	0.1317	0.1329
chr2L	8366421	8366610	chr2L:8366422-8366610	FBgn0260439	Pp2A-29B	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.118	0.1274	0.1265	0.0982	0.0901	0.1316	0.1561	0.1652	0.0901	0.1256	0.1241	0.1256	0.141	0.1072	0.0864	0.1072	0.0964
chr2L	8370424	8370626	chr2L:8370425-8370626	FBgn0032029	CG17292	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0662	0.0338	0.0766	0.0909	0.0212	0.0422	0.0394	0.0446	0.0212	0.0622	0.099	0.0622	0.1139	0.1279	0.156	0.1279	0.1042
chr2L	8370789	8370940	chr2L:8370790-8370940	FBgn0032029	CG17292	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0405	0.0318	0.0424	0.048	0.0159	0.0335	0.0493	0.0366	0.0159	0.0386	0.045	0.0386	0.0798	0.0658	0.0735	0.0658	0.0604
chr2L	8370999	8371150	chr2L:8371000-8371150	FBgn0032029	CG17292	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.031	0.0257	0.0363	0.0311	0.0127	0.0311	0.0346	0.0306	0.0127	0.032	0.0367	0.032	0.0666	0.0406	0.0316	0.0406	0.05
chr2L	8374039	8374234	chr2L:8374040-8374234	FBgn0032030	Wdr82	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0538	0.0587	0.0582	0.0433	0.0414	0.0558	0.083	0.0666	0.0414	0.0616	0.0678	0.0616	0.0596	0.0467	0.0438	0.0467	0.0573
chr2L	8374352	8374524	chr2L:8374353-8374524	FBgn0032030	Wdr82	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1021	0.1023	0.1169	0.0856	0.0657	0.1078	0.1345	0.1233	0.0657	0.1383	0.1322	0.1383	0.1247	0.0858	0.0909	0.0858	0.1131
chr2L	8374647	8374798	chr2L:8374648-8374798	FBgn0032030	Wdr82	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0488	0.0472	0.0618	0.0363	0.0233	0.05	0.0679	0.0553	0.0233	0.0713	0.0646	0.0713	0.0759	0.0398	0.04	0.0398	0.0464
chr2L	8376734	8376899	chr2L:8376735-8376899	FBgn0032031,FBgn0032032	CG13390,CG17294	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0612	0.0449	0.0692	0.0707	0.0148	0.0573	0.0515	0.0626	0.0148	0.0876	0.0836	0.0876	0.0705	0.0819	0.069	0.0819	0.0917
chr2L	8376915	8377107	chr2L:8376916-8377107	FBgn0032031,FBgn0032032	CG13390,CG17294	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0758	0.0607	0.0824	0.0854	0.0244	0.0752	0.0705	0.0773	0.0244	0.1008	0.0945	0.1008	0.0945	0.1049	0.0825	0.1049	0.1032
chr2L	8381433	8381584	chr2L:8381434-8381584	FBgn0027094	Aats-ala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0671	0.0641	0.0813	0.0547	0.0265	0.0728	0.0804	0.0879	0.0265	0.1014	0.0887	0.1014	0.0914	0.0505	0.0593	0.0505	0.0787
chr2L	8381661	8381851	chr2L:8381662-8381851	FBgn0027094	Aats-ala	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.123	0.1163	0.1442	0.1074	0.0795	0.132	0.1406	0.1406	0.0795	0.1703	0.1598	0.1703	0.1681	0.1126	0.1122	0.1126	0.1423
chr2L	8381932	8382164	chr2L:8381933-8382164	FBgn0027094	Aats-ala	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.085	0.0798	0.1022	0.0721	0.0477	0.0961	0.0861	0.1113	0.0477	0.1268	0.1174	0.1268	0.1077	0.0697	0.0806	0.0697	0.0985
chr2L	8382172	8382594	chr2L:8382173-8382594	FBgn0027094,FBgn0032033,FBgn0032034	Aats-ala,CG13392,Rcd4	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.127	0.1251	0.1508	0.1029	0.0764	0.1515	0.1432	0.1632	0.0764	0.1763	0.1656	0.1763	0.1712	0.1064	0.1019	0.1064	0.1371
chr2L	8382749	8382932	chr2L:8382750-8382932	FBgn0032033,FBgn0032034	CG13392,Rcd4	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1907	0.198	0.2121	0.159	0.1803	0.2189	0.2154	0.2558	0.1803	0.2343	0.2354	0.2343	0.2308	0.1677	0.1657	0.1677	0.1949
chr2L	8383776	8383982	chr2L:8383777-8383982	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0898	0.0933	0.103	0.0714	0.0689	0.0961	0.1138	0.1159	0.0689	0.1165	0.119	0.1165	0.0999	0.075	0.0748	0.075	0.0803
chr2L	8384051	8384229	chr2L:8384052-8384229	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.119	0.1203	0.1264	0.1096	0.0954	0.1359	0.1371	0.1499	0.0954	0.1425	0.1428	0.1425	0.1216	0.1202	0.1161	0.1202	0.1251
chr2L	8384385	8384581	chr2L:8384386-8384581	FBgn0032036,FBgn0263852	CG13384,l(2)k12914	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.1346	0.1331	0.1529	0.1163	0.1166	0.1451	0.1557	0.1652	0.1166	0.1812	0.1678	0.1812	0.1472	0.1286	0.1141	0.1286	0.1355
chr2L	8384716	8384945	chr2L:8384717-8384945	FBgn0032036	CG13384	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0917	0.1127	0.0961	0.0634	0.0817	0.1078	0.1527	0.1406	0.0817	0.1057	0.11	0.1057	0.0968	0.0643	0.0658	0.0643	0.0677
chr2L	8385958	8386109	chr2L:8385959-8386109	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0408	0.0588	0.0306	0.0318	0.0467	0.0393	0.1034	0.0606	0.0467	0.0344	0.026	0.0344	0.0542	0.01	0.0135	0.01	0.0896
chr2L	8386145	8386296	chr2L:8386146-8386296	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0391	0.0653	0.0289	0.021	0.0551	0.034	0.1224	0.0666	0.0551	0.0344	0.0273	0.0344	0.0449	0.0092	0.011	0.0092	0.05
chr2L	8387172	8387383	chr2L:8387173-8387383	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0654	0.1482	0.0283	0.0135	0.1039	0.1063	0.215	0.1999	0.1039	0.0332	0.0302	0.0332	0.0294	0.0092	0.0135	0.0092	0.0203
chr2L	8389591	8389805	chr2L:8389592-8389805	FBgn0041717,FBgn0262001	CG42819,snRNA:U6atac:29B	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0447	0.0649	0.0368	0.0308	0.0509	0.0573	0.0965	0.072	0.0509	0.0362	0.0408	0.0362	0.0581	0.0398	0.0361	0.0398	0.0339
chr2L	8400324	8400490	chr2L:8400325-8400490	FBgn0051898	CG31898	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0623	0.0613	0.0698	0.0553	0.0424	0.0631	0.0688	0.0933	0.0424	0.0857	0.0723	0.0857	0.072	0.0613	0.058	0.0613	0.0735
chr2L	8403008	8403217	chr2L:8403009-8403217	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0997	0.1119	0.1075	0.0774	0.0753	0.1248	0.1367	0.1386	0.0753	0.1256	0.1183	0.1256	0.117	0.0835	0.0812	0.0835	0.0928
chr2L	8403455	8403636	chr2L:8403456-8403636	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.2272	0.2168	0.2594	0.2033	0.158	0.2485	0.2643	0.2585	0.158	0.3146	0.2733	0.3146	0.2703	0.2159	0.2276	0.2159	0.2241
chr2L	8403741	8403931	chr2L:8403742-8403931	FBgn0001084,FBgn0020497	emb,fy	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1809	0.1572	0.2184	0.1661	0.0976	0.183	0.1864	0.1979	0.0976	0.2808	0.2251	0.2808	0.2448	0.1838	0.1734	0.1838	0.1985
chr2L	8411520	8411718	chr2L:8411521-8411718	FBgn0014417	CG13397	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0554	0.0283	0.0635	0.077	0.018	0.0393	0.0311	0.0293	0.018	0.0598	0.0643	0.0598	0.1131	0.0926	0.0903	0.0926	0.1365
chr2L	8414935	8415132	chr2L:8414936-8415132	FBgn0032042	CG13398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0801	0.0733	0.0944	0.0719	0.0445	0.0704	0.1055	0.0859	0.0445	0.1141	0.1039	0.1141	0.0991	0.0835	0.0606	0.0835	0.0917
chr2L	8415172	8415350	chr2L:8415173-8415350	FBgn0027932,FBgn0032042	Akap200,CG13398	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1125	0.0968	0.1327	0.1076	0.0732	0.101	0.1224	0.1179	0.0732	0.1848	0.1431	0.1848	0.1216	0.1263	0.1038	0.1263	0.1219
chr2L	8415632	8415821	chr2L:8415633-8415821	FBgn0027932,FBgn0032042	Akap200,CG13398	stage11,stage14,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2103	0.1978	0.2524	0.178	0.1591	0.218	0.2388	0.2365	0.1591	0.3345	0.2778	0.3345	0.2153	0.1914	0.1831	0.1914	0.2147
chr2L	8415849	8416000	chr2L:8415850-8416000	FBgn0027932	Akap200	stage11,stage14,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1373	0.1447	0.1617	0.1022	0.105	0.1422	0.1873	0.1825	0.105	0.2174	0.1743	0.2174	0.1456	0.108	0.1115	0.108	0.1303
chr2L	8416051	8416294	chr2L:8416052-8416294	FBgn0027932	Akap200	stage11,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.1549	0.1651	0.1962	0.0982	0.1273	0.1801	0.1873	0.2185	0.1273	0.2464	0.2386	0.2464	0.158	0.0842	0.1161	0.0842	0.1047
chr2L	8416390	8416617	chr2L:8416391-8416617	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage14	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.2603	0.2984	0.3129	0.16	0.2259	0.3301	0.3434	0.3904	0.2259	0.4022	0.3585	0.4022	0.2603	0.1386	0.1921	0.1386	0.1506
chr2L	8416896	8417083	chr2L:8416897-8417083	distal	distal	stage11,stage5	none	VT4239.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.1618	0.2312	0.1675	0.0778	0.1697	0.2325	0.2846	0.3078	0.1697	0.2114	0.192	0.2114	0.1433	0.075	0.0864	0.075	0.075
chr2L	8419342	8419531	chr2L:8419343-8419531	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.104	0.0674	0.1449	0.0998	0.0244	0.0956	0.0688	0.0906	0.0244	0.2222	0.1534	0.2222	0.1394	0.147	0.0999	0.147	0.1563
chr2L	8419633	8419864	chr2L:8419634-8419864	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0984	0.0689	0.1251	0.1019	0.0318	0.0917	0.0748	0.0893	0.0318	0.154	0.1344	0.154	0.1495	0.1172	0.1006	0.1172	0.1834
chr2L	8420292	8420466	chr2L:8420293-8420466	distal	distal	none	none	VT4241.1	VT4241.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0773	0.0575	0.1114	0.0621	0.0223	0.0699	0.0627	0.0839	0.0223	0.0731	0.173	0.0731	0.0999	0.0505	0.1141	0.0505	0.0823
chr2L	8421390	8421673	chr2L:8421391-8421673	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0874	0.0818	0.106	0.0732	0.0626	0.0869	0.1042	0.0933	0.0626	0.1588	0.1006	0.1588	0.1325	0.0942	0.0677	0.0942	0.1271
chr2L	8421745	8422045	chr2L:8421746-8422045	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0734	0.0674	0.0915	0.0602	0.0414	0.0864	0.0774	0.074	0.0414	0.1111	0.0855	0.1111	0.1448	0.0551	0.0419	0.0551	0.1282
chr2L	8422169	8422320	chr2L:8422170-8422320	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0556	0.0532	0.0612	0.0521	0.0233	0.0665	0.0575	0.0786	0.0233	0.0646	0.0611	0.0646	0.0875	0.0276	0.0322	0.0276	0.1235
chr2L	8423020	8423223	chr2L:8423021-8423223	distal	distal	none	none	VT4243.1	VT4243.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0573	0.0517	0.0607	0.0597	0.035	0.0549	0.0614	0.0726	0.035	0.0525	0.0646	0.0525	0.1038	0.0306	0.0542	0.0306	0.1381
chr2L	8423574	8423816	chr2L:8423575-8423816	distal	distal	none	none	VT4243.1,VT4244.1	VT4243.1,VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0973	0.0834	0.1053	0.1042	0.0509	0.0961	0.0982	0.1119	0.0509	0.1027	0.1392	0.1027	0.0953	0.1018	0.1277	0.1018	0.1563
chr2L	8423962	8424312	chr2L:8423963-8424312	distal	distal	none	none	VT4243.1,VT4244.1	VT4243.1,VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1234	0.1049	0.1211	0.1466	0.0764	0.1223	0.1276	0.1246	0.0764	0.1709	0.1241	0.1709	0.1201	0.1998	0.1425	0.1998	0.2303
chr2L	8424429	8424580	chr2L:8424430-8424580	distal	distal	none	none	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.056	0.0573	0.0549	0.0556	0.0477	0.0592	0.0692	0.072	0.0477	0.07	0.055	0.07	0.0457	0.0574	0.0355	0.0574	0.0818
chr2L	8424839	8425086	chr2L:8424840-8425086	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.1263	0.1593	0.1166	0.1001	0.1145	0.1534	0.1955	0.2219	0.1145	0.1196	0.1116	0.1196	0.0728	0.0436	0.0664	0.0436	0.0688
chr2L	8425224	8425375	chr2L:8425225-8425375	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4244.1	VT4244.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0615	0.0693	0.0596	0.0549	0.0382	0.0714	0.0939	0.0873	0.0382	0.0604	0.0608	0.0604	0.0511	0.0291	0.0432	0.0291	0.0578
chr2L	8425959	8426173	chr2L:8425960-8426173	distal	distal	stage14	stage14	VT4245.1	VT4245.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0542	0.0584	0.0556	0.048	0.0255	0.0743	0.0584	0.0846	0.0255	0.0393	0.0486	0.0393	0.0411	0.0291	0.0206	0.0291	0.0406
chr2L	8429800	8429951	chr2L:8429801-8429951	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0372	0.0471	0.043	0.0198	0.0339	0.05	0.0562	0.0586	0.0339	0.0513	0.0576	0.0513	0.0349	0.0168	0.0135	0.0168	0.0354
chr2L	8431574	8432324	chr2L:8431575-8432324	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1077	0.1205	0.1202	0.0798	0.0944	0.1199	0.1462	0.1666	0.0944	0.1298	0.1383	0.1298	0.134	0.0651	0.0554	0.0651	0.1423
chr2L	8433235	8433386	chr2L:8433236-8433386	FBgn0001137	grk	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0301	0.0287	0.033	0.0287	0.0085	0.0335	0.0368	0.0386	0.0085	0.0314	0.0376	0.0314	0.0387	0.0567	0.0181	0.0567	0.038
chr2L	8433552	8433905	chr2L:8433553-8433905	FBgn0001137	grk	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0817	0.067	0.1043	0.0731	0.0308	0.0845	0.0753	0.0953	0.0308	0.1377	0.1029	0.1377	0.1069	0.1279	0.0509	0.1279	0.1146
chr2L	8437042	8437193	chr2L:8437043-8437193	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0496	0.0485	0.0603	0.0391	0.0308	0.0602	0.0515	0.0673	0.0308	0.0821	0.0588	0.0821	0.0713	0.0406	0.038	0.0406	0.0443
chr2L	8437307	8437482	chr2L:8437308-8437482	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1528	0.1494	0.1811	0.1255	0.0901	0.1864	0.1579	0.2012	0.0901	0.2409	0.1897	0.2409	0.1867	0.1417	0.118	0.1417	0.1558
chr2L	8437548	8438024	chr2L:8437549-8438024	FBgn0002887,FBgn0027490,FBgn0043002	Chrac-14,D12,mus201	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1387	0.133	0.1778	0.1024	0.0721	0.1728	0.1419	0.1719	0.0721	0.2355	0.1939	0.2355	0.1681	0.1179	0.0967	0.1179	0.1266
chr2L	8438041	8438360	chr2L:8438042-8438360	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0834	0.0732	0.1023	0.0741	0.0467	0.0966	0.077	0.0913	0.0467	0.1298	0.1058	0.1298	0.1154	0.0766	0.0696	0.0766	0.1016
chr2L	8449245	8449431	chr2L:8449246-8449431	FBgn0027780	U26	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0434	0.0406	0.0536	0.0352	0.0191	0.0485	0.0458	0.058	0.0191	0.0604	0.054	0.0604	0.0674	0.0329	0.0387	0.0329	0.0479
chr2L	8449468	8449670	chr2L:8449469-8449670	FBgn0027780	U26	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0743	0.0612	0.0858	0.0765	0.0223	0.0801	0.0571	0.1006	0.0223	0.0906	0.0894	0.0906	0.1108	0.0674	0.0851	0.0674	0.1079
chr2L	8449779	8449943	chr2L:8449780-8449943	FBgn0027780	U26	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0314	0.0289	0.0324	0.0333	0.0053	0.034	0.0376	0.0366	0.0053	0.0278	0.036	0.0278	0.0465	0.023	0.038	0.023	0.0547
chr2L	8450674	8450825	chr2L:8450675-8450825	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0173	0.0131	0.019	0.0201	0.0021	0.0121	0.0203	0.0173	0.0021	0.0223	0.0225	0.0223	0.0248	0.0115	0.0103	0.0115	0.0438
chr2L	8451464	8451738	chr2L:8451465-8451738	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0303	0.0247	0.032	0.0348	0.0032	0.0286	0.0346	0.0286	0.0032	0.0242	0.0293	0.0242	0.0744	0.026	0.0174	0.026	0.0834
chr2L	8451963	8452114	chr2L:8451964-8452114	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0123	0.0118	0.0103	0.0149	0.0011	0.0146	0.0169	0.012	0.0011	0.0097	0.0103	0.0097	0.017	0.0069	0.0064	0.0069	0.038
chr2L	8462187	8462390	chr2L:8462188-8462390	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0338	0.0232	0.0263	0.0539	0.0085	0.0267	0.0346	0.0247	0.0085	0.0248	0.019	0.0248	0.0581	0.0161	0.0303	0.0161	0.1287
chr2L	8462539	8462690	chr2L:8462540-8462690	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0238	0.0199	0.0241	0.0277	0.0095	0.018	0.0294	0.0233	0.0095	0.0272	0.0196	0.0272	0.0457	0.0138	0.0155	0.0138	0.061
chr2L	8463092	8463270	chr2L:8463093-8463270	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0298	0.0234	0.0279	0.0389	0.0148	0.0252	0.0333	0.026	0.0148	0.0296	0.0254	0.0296	0.0178	0.0069	0.0193	0.0069	0.0297
chr2L	8463437	8463826	chr2L:8463438-8463826	FBgn0026718	fu12	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0766	0.0793	0.0652	0.0861	0.053	0.0874	0.1021	0.0979	0.053	0.0749	0.0611	0.0749	0.0527	0.0352	0.0406	0.0352	0.0651
chr2L	8463875	8464241	chr2L:8463876-8464241	FBgn0026718,FBgn0029173	fu12,fu2	stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0813	0.0637	0.0816	0.1005	0.0265	0.0816	0.0839	0.0706	0.0265	0.0809	0.0887	0.0809	0.093	0.0796	0.078	0.0796	0.1298
chr2L	8464371	8464563	chr2L:8464372-8464563	FBgn0026718,FBgn0029173	fu12,fu2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1053	0.0876	0.1273	0.101	0.0456	0.1092	0.1008	0.1159	0.0456	0.1425	0.1463	0.1425	0.1232	0.1034	0.0948	0.1034	0.1214
chr2L	8464633	8464784	chr2L:8464634-8464784	FBgn0029173	fu2	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0507	0.0417	0.0656	0.0444	0.0148	0.0447	0.0506	0.064	0.0148	0.0743	0.0733	0.0743	0.0682	0.0475	0.0393	0.0475	0.0526
chr2L	8466700	8466915	chr2L:8466701-8466915	FBgn0262029	d	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0831	0.0713	0.0959	0.0823	0.0551	0.0816	0.0792	0.0933	0.0551	0.1268	0.1051	0.1268	0.1278	0.1049	0.1025	0.1049	0.1313
chr2L	8467046	8467197	chr2L:8467047-8467197	FBgn0262029	d	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0324	0.0307	0.0379	0.0281	0.0127	0.0335	0.0363	0.05	0.0127	0.038	0.0482	0.038	0.0418	0.0291	0.0342	0.0291	0.0459
chr2L	8477811	8477979	chr2L:8477812-8477979	FBgn0053194	CheA29a	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0528	0.0619	0.0609	0.0336	0.0339	0.0583	0.0856	0.0779	0.0339	0.0634	0.073	0.0634	0.0658	0.0329	0.0451	0.0329	0.036
chr2L	8478084	8478283	chr2L:8478085-8478283	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1553	0.1798	0.1779	0.1029	0.1442	0.1743	0.215	0.2478	0.1442	0.1685	0.2254	0.1685	0.1797	0.1072	0.1612	0.1072	0.1105
chr2L	8478429	8478707	chr2L:8478430-8478707	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1906	0.241	0.223	0.0989	0.2206	0.199	0.285	0.3611	0.2206	0.1075	0.3923	0.1075	0.158	0.0536	0.2818	0.0536	0.0646
chr2L	8478866	8479065	chr2L:8478867-8479065	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0893	0.1017	0.1157	0.0465	0.0636	0.0845	0.109	0.1912	0.0636	0.0411	0.2212	0.0411	0.0682	0.0115	0.1605	0.0115	0.0214
chr2L	8479326	8479554	chr2L:8479327-8479554	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.1083	0.1494	0.1259	0.0432	0.1103	0.1306	0.1579	0.2665	0.1103	0.0483	0.2328	0.0483	0.0875	0.0123	0.1393	0.0123	0.0182
chr2L	8480432	8480583	chr2L:8480433-8480583	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.027	0.0213	0.0311	0.029	0.0127	0.0214	0.0247	0.0313	0.0127	0.0121	0.0563	0.0121	0.0232	0.0084	0.0961	0.0084	0.0135
chr2L	8480794	8480945	chr2L:8480795-8480945	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0275	0.0218	0.0284	0.0329	0.0095	0.0204	0.0316	0.0293	0.0095	0.0103	0.0543	0.0103	0.0163	0.0092	0.1199	0.0092	0.0109
chr2L	8481721	8481901	chr2L:8481722-8481901	FBgn0051892,FBgn0051896,FBgn0264340	CG43796,tRNA:CR31892,tRNA:CR31896	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1162	0.1341	0.1188	0.0934	0.1304	0.1495	0.1639	0.1446	0.1304	0.1824	0.1116	0.1824	0.1239	0.1792	0.049	0.1792	0.1298
chr2L	8482034	8482215	chr2L:8482035-8482215	FBgn0051892,FBgn0051896,FBgn0264340	CG43796,tRNA:CR31892,tRNA:CR31896	none	none	Unspecified_5749	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1298	0.1469	0.1362	0.1037	0.1198	0.1689	0.1812	0.1626	0.1198	0.2204	0.1148	0.2204	0.1526	0.1861	0.0413	0.1861	0.1558
chr2L	8485677	8485869	chr2L:8485678-8485869	FBgn0263489	unsRNA:d-a	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0924	0.1107	0.0879	0.0769	0.088	0.1282	0.1293	0.1319	0.088	0.1461	0.0678	0.1461	0.1115	0.1103	0.0374	0.1103	0.1188
chr2L	8488479	8488632	chr2L:8488480-8488632	FBgn0032047	CG13088	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0269	0.0241	0.0319	0.0248	0.018	0.0262	0.029	0.0313	0.018	0.0248	0.046	0.0248	0.0349	0.0176	0.04	0.0176	0.0313
chr2L	8488849	8489028	chr2L:8488850-8489028	FBgn0032047	CG13088	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0906	0.0783	0.1048	0.0888	0.0498	0.0966	0.0917	0.0899	0.0498	0.1238	0.1138	0.1238	0.1325	0.1057	0.0922	0.1057	0.1199
chr2L	8509981	8510132	chr2L:8509982-8510132	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.025	0.0462	0.0206	0.0063	0.035	0.0184	0.0774	0.0666	0.035	0.0308	0.0222	0.0308	0.017	0.0084	0.0045	0.0084	0.012
chr2L	8510476	8510663	chr2L:8510477-8510663	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0644	0.1557	0.0235	0.0072	0.175	0.0767	0.2465	0.1939	0.175	0.0278	0.0293	0.0278	0.0217	0.0084	0.0071	0.0084	0.0083
chr2L	8510856	8511047	chr2L:8510857-8511047	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0489	0.0995	0.0305	0.0127	0.1188	0.0544	0.1393	0.1379	0.1188	0.0435	0.0357	0.0435	0.0271	0.0138	0.0123	0.0138	0.0141
chr2L	8511413	8511686	chr2L:8511414-8511686	FBgn0032050	CG13096	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5,6to8_Clade3	0.0749	0.091	0.0812	0.0501	0.0785	0.0985	0.1142	0.0973	0.0785	0.1171	0.0961	0.1171	0.0682	0.0498	0.0464	0.0498	0.0625
chr2L	8511818	8512032	chr2L:8511819-8512032	FBgn0032050	CG13096	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1825	0.1736	0.2157	0.156	0.1294	0.1956	0.205	0.2132	0.1294	0.2603	0.2373	0.2603	0.206	0.17	0.1528	0.17	0.1839
chr2L	8512213	8512450	chr2L:8512214-8512450	FBgn0032050	CG13096	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0668	0.0593	0.0883	0.0517	0.0329	0.0655	0.0809	0.0693	0.0329	0.1184	0.0961	0.1184	0.0852	0.072	0.04	0.072	0.0698
chr2L	8514769	8514952	chr2L:8514770-8514952	FBgn0032051,FBgn0032052	CG13089,CG13097	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1076	0.0956	0.132	0.0943	0.053	0.1126	0.1107	0.1292	0.053	0.1655	0.1441	0.1655	0.1472	0.0911	0.1038	0.0911	0.1271
chr2L	8515005	8515174	chr2L:8515006-8515174	FBgn0032051,FBgn0032052	CG13089,CG13097	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.145	0.1287	0.1811	0.1235	0.0859	0.1451	0.1527	0.1712	0.0859	0.2156	0.1945	0.2156	0.2014	0.1325	0.127	0.1325	0.1563
chr2L	8517297	8517683	chr2L:8517298-8517683	FBgn0032053,FBgn0032054	CG13090,mRpL51	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1617	0.1503	0.185	0.1487	0.0986	0.1961	0.1592	0.1972	0.0986	0.2349	0.1961	0.2349	0.2115	0.1715	0.1425	0.1715	0.185
chr2L	8521524	8521729	chr2L:8521525-8521729	FBgn0016122	Acer	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade4,6to8_Clade3	0.0972	0.1248	0.1029	0.0602	0.088	0.1209	0.1527	0.1712	0.088	0.1461	0.1199	0.1461	0.0782	0.0835	0.0535	0.0835	0.0688
chr2L	8521837	8522284	chr2L:8521838-8522284	FBgn0016122	Acer	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.2516	0.33	0.2377	0.1792	0.3203	0.2762	0.4247	0.4304	0.3203	0.2935	0.2714	0.2935	0.2564	0.2289	0.1908	0.2289	0.235
chr2L	8522560	8522715	chr2L:8522561-8522715	distal	distal	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade5	0.0416	0.0572	0.0391	0.0269	0.0562	0.0383	0.0848	0.0753	0.0562	0.0628	0.0373	0.0628	0.0473	0.0429	0.0193	0.0429	0.0438
chr2L	8522930	8523081	chr2L:8522931-8523081	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0314	0.0344	0.0326	0.0267	0.0212	0.0286	0.0532	0.044	0.0212	0.0441	0.0293	0.0441	0.0457	0.0337	0.0168	0.0337	0.049
chr2L	8528165	8528335	chr2L:8528166-8528335	FBgn0085470,FBgn0250903	CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.061	0.0604	0.0725	0.049	0.0339	0.067	0.0761	0.0786	0.0339	0.0876	0.0775	0.0876	0.0953	0.0459	0.0458	0.0459	0.0641
chr2L	8528425	8528604	chr2L:8528426-8528604	FBgn0085470,FBgn0250903	CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1319	0.1252	0.1537	0.1154	0.0774	0.1505	0.1419	0.1632	0.0774	0.1896	0.1746	0.1896	0.1642	0.1217	0.1148	0.1217	0.1475
chr2L	8528638	8528832	chr2L:8528639-8528832	FBgn0028394,FBgn0085470,FBgn0250903	CG17834,CG34441,lmg	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0847	0.0814	0.0949	0.0771	0.0541	0.0927	0.0882	0.1139	0.0541	0.1129	0.1071	0.1129	0.1092	0.085	0.089	0.085	0.1016
chr2L	8528902	8529194	chr2L:8528903-8529194	FBgn0028394,FBgn0085470,FBgn0250903	CG17834,CG34441,lmg	stage14	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0627	0.0576	0.0692	0.0613	0.0318	0.0602	0.0727	0.0746	0.0318	0.0682	0.0785	0.0682	0.103	0.0567	0.0793	0.0567	0.0995
chr2L	8529546	8529697	chr2L:8529547-8529697	FBgn0028394	CG17834	none	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0317	0.0234	0.0159	0.0244	0.0218	0.0528	0.0346	0.0244	0.0187	0.0244	0.0187	0.0356	0.0123	0.0174	0.0123	0.024
chr2L	8530466	8530617	chr2L:8530467-8530617	distal	distal	none	none	VT4293.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0218	0.0192	0.0237	0.0226	0.0106	0.016	0.0311	0.0193	0.0106	0.0151	0.0215	0.0151	0.0643	0.0207	0.0161	0.0207	0.0459
chr2L	8533773	8534121	chr2L:8533774-8534121	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.037	0.0243	0.0424	0.0454	0.0095	0.0311	0.0368	0.022	0.0095	0.0187	0.0302	0.0187	0.1394	0.0184	0.0587	0.0184	0.0907
chr2L	8534434	8534852	chr2L:8534435-8534852	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0605	0.0368	0.0537	0.0944	0.0148	0.0466	0.0502	0.0386	0.0148	0.0302	0.0527	0.0302	0.1394	0.0972	0.1161	0.0972	0.16
chr2L	8535053	8535334	chr2L:8535054-8535334	distal	distal	stage14	stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0651	0.0198	0.0539	0.1278	0.0042	0.0282	0.0303	0.0153	0.0042	0.0296	0.0514	0.0296	0.1464	0.1715	0.1438	0.1715	0.223
chr2L	8535667	8535840	chr2L:8535668-8535840	distal	distal	stage14	stage14	VT4296.1	VT4296.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0448	0.0115	0.0363	0.0915	0.0011	0.0175	0.0151	0.01	0.0011	0.0205	0.0367	0.0205	0.0984	0.1034	0.1096	0.1034	0.1621
chr2L	8535969	8536178	chr2L:8535970-8536178	distal	distal	stage14,stage5	stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0359	0.0168	0.0341	0.0592	0.0032	0.0267	0.0195	0.018	0.0032	0.0139	0.0405	0.0139	0.0821	0.036	0.1109	0.036	0.0933
chr2L	8541572	8541771	chr2L:8541573-8541771	FBgn0011259,FBgn0051603,FBgn0051604	Sema-1a,tRNA:CR31603,tRNA:CR31604	none	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.2233	0.2216	0.253	0.1926	0.1983	0.2573	0.2452	0.2618	0.1983	0.3134	0.2611	0.3134	0.2517	0.1845	0.1876	0.1845	0.2449
chr2L	8542025	8542200	chr2L:8542026-8542200	FBgn0011259,FBgn0051603,FBgn0051604	Sema-1a,tRNA:CR31603,tRNA:CR31604	stage11,stage14,stage5	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade2	0.1514	0.126	0.2015	0.1248	0.0944	0.151	0.1423	0.1546	0.0944	0.2349	0.2322	0.2349	0.1813	0.108	0.1586	0.108	0.1339
chr2L	8542297	8542473	chr2L:8542298-8542473	FBgn0011259	Sema-1a	stage11,stage14,stage5	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1265	0.0976	0.1641	0.1175	0.0551	0.1267	0.1064	0.1279	0.0551	0.195	0.19	0.195	0.1441	0.1363	0.1406	0.1363	0.1183
chr2L	8542755	8542918	chr2L:8542756-8542918	distal	distal	none	none	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0959	0.072	0.1183	0.0982	0.0424	0.1034	0.0705	0.0886	0.0424	0.1612	0.127	0.1612	0.0883	0.0896	0.1135	0.0896	0.0985
chr2L	8543225	8543413	chr2L:8543226-8543413	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4299.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1689	0.1449	0.2151	0.1448	0.088	0.1879	0.16	0.1839	0.088	0.2893	0.2305	0.2893	0.1851	0.1493	0.1496	0.1493	0.1553
chr2L	8543642	8543803	chr2L:8543643-8543803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0759	0.0816	0.0925	0.0511	0.0509	0.0981	0.0952	0.1039	0.0509	0.1196	0.0974	0.1196	0.0782	0.0513	0.0445	0.0513	0.0516
chr2L	8543979	8544280	chr2L:8543980-8544280	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.2368	0.2329	0.29	0.1828	0.1697	0.2908	0.2413	0.2991	0.1697	0.3738	0.3129	0.3738	0.2455	0.1715	0.1644	0.1715	0.1866
chr2L	8544695	8544877	chr2L:8544696-8544877	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0725	0.0809	0.0967	0.0366	0.0467	0.1117	0.0882	0.0939	0.0467	0.1582	0.0849	0.1582	0.0852	0.0245	0.0329	0.0245	0.0427
chr2L	8545569	8545866	chr2L:8545570-8545866	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.1125	0.1307	0.1306	0.0721	0.0435	0.2345	0.0748	0.1945	0.0435	0.1878	0.1222	0.1878	0.1875	0.0666	0.0703	0.0666	0.1329
chr2L	8550692	8550872	chr2L:8550693-8550872	distal	distal	none	none	VT4304.1	VT4304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0215	0.0182	0.0245	0.022	0.0106	0.0291	0.016	0.022	0.0106	0.0211	0.0203	0.0211	0.017	0.0092	0.0161	0.0092	0.0177
chr2L	8551252	8551403	chr2L:8551253-8551403	distal	distal	stage5	stage5	VT4304.1	VT4304.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0257	0.0343	0.025	0.0169	0.0085	0.0714	0.0333	0.02	0.0085	0.0326	0.0228	0.0326	0.0217	0.01	0.0129	0.01	0.0109
chr2L	8553630	8553881	chr2L:8553631-8553881	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4305.1	VT4305.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2	0.0532	0.0174	0.0638	0.0813	0.0021	0.0311	0.0169	0.0173	0.0021	0.0833	0.0547	0.0833	0.1154	0.062	0.0896	0.062	0.1522
chr2L	8554069	8554320	chr2L:8554070-8554320	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4305.1	VT4305.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0473	0.0168	0.0595	0.0678	0.0042	0.0296	0.0147	0.0193	0.0042	0.0362	0.074	0.0362	0.1038	0.0406	0.1115	0.0406	0.0886
chr2L	8554539	8554740	chr2L:8554540-8554740	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0427	0.025	0.0537	0.0503	0.0085	0.0383	0.0242	0.032	0.0085	0.0483	0.0611	0.0483	0.0542	0.0207	0.0651	0.0207	0.0422
chr2L	8555602	8556042	chr2L:8555603-8556042	distal	distal	none	none	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0432	0.0275	0.0489	0.0544	0.0085	0.034	0.0398	0.0293	0.0085	0.0447	0.0431	0.0447	0.0318	0.0161	0.0129	0.0161	0.0188
chr2L	8556185	8556545	chr2L:8556186-8556545	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0645	0.0444	0.0726	0.078	0.0286	0.0563	0.0588	0.042	0.0286	0.0362	0.0614	0.0362	0.0473	0.0207	0.0393	0.0207	0.0219
chr2L	8556905	8557136	chr2L:8556906-8557136	distal	distal	none	none	VT4307.1	VT4307.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0287	0.0229	0.0329	0.0305	0.0095	0.0286	0.0294	0.0273	0.0095	0.029	0.0219	0.029	0.0403	0.0115	0.0135	0.0115	0.0177
chr2L	8557845	8558097	chr2L:8557846-8558097	distal	distal	none	none	VT4308.1	VT4308.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0331	0.0213	0.0433	0.0351	0.0032	0.0306	0.0264	0.0193	0.0032	0.0181	0.0508	0.0181	0.0875	0.0176	0.0355	0.0176	0.0563
chr2L	8558527	8558722	chr2L:8558528-8558722	distal	distal	none	none	VT4308.1	VT4308.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0402	0.0282	0.0584	0.0337	0.0021	0.0602	0.0242	0.0233	0.0021	0.0338	0.0633	0.0338	0.1216	0.01	0.0522	0.01	0.0334
chr2L	8560402	8560553	chr2L:8560403-8560553	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0172	0.0193	0.0197	0.012	0.0074	0.032	0.0203	0.0207	0.0074	0.0296	0.0151	0.0296	0.0263	0.0054	0.0084	0.0054	0.0089
chr2L	8562289	8562440	chr2L:8562290-8562440	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0248	0.0243	0.031	0.0185	0.0095	0.0403	0.0238	0.024	0.0095	0.0326	0.0338	0.0326	0.0387	0.0153	0.0187	0.0153	0.0203
chr2L	8563380	8563531	chr2L:8563381-8563531	distal	distal	none	none	VT4311.1	VT4311.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0145	0.0121	0.0171	0.0143	0.0042	0.015	0.0182	0.0093	0.0042	0.0145	0.0158	0.0145	0.024	0.0092	0.0071	0.0092	0.0125
chr2L	8570760	8570944	chr2L:8570761-8570944	FBgn0051895	tRNA:CR31895	stage14	none	VT4315.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0447	0.031	0.0411	0.0638	0.0255	0.0383	0.042	0.026	0.0255	0.0356	0.036	0.0356	0.093	0.0513	0.0503	0.0513	0.135
chr2L	8572656	8572931	chr2L:8572657-8572931	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0395	0.0312	0.0464	0.0414	0.0095	0.0427	0.0376	0.038	0.0095	0.0405	0.0605	0.0405	0.0279	0.0145	0.0251	0.0145	0.0229
chr2L	8573175	8573326	chr2L:8573176-8573326	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0194	0.0146	0.0212	0.023	0.0021	0.0243	0.013	0.0173	0.0021	0.0205	0.0241	0.0205	0.017	0.013	0.0103	0.013	0.0151
chr2L	8574609	8574760	chr2L:8574610-8574760	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0194	0.0123	0.0234	0.0231	0.0011	0.0175	0.0156	0.012	0.0011	0.0314	0.0251	0.0314	0.0263	0.0391	0.0335	0.0391	0.0141
chr2L	8574900	8575096	chr2L:8574901-8575096	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2	0.0348	0.0176	0.0429	0.0451	0.0042	0.034	0.016	0.0153	0.0042	0.0713	0.0373	0.0713	0.0527	0.1118	0.0368	0.1118	0.0344
chr2L	8576550	8576975	chr2L:8576551-8576975	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4319.1	VT4319.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.0661	0.0508	0.0812	0.0666	0.0201	0.0864	0.0515	0.0466	0.0201	0.0513	0.0695	0.0513	0.1588	0.0628	0.0503	0.0628	0.075
chr2L	8577428	8577591	chr2L:8577429-8577591	distal	distal	stage14	stage14	VT4319.1	VT4319.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0295	0.0213	0.0357	0.032	0.0053	0.0282	0.0294	0.0227	0.0053	0.032	0.0347	0.032	0.0356	0.0176	0.0309	0.0176	0.0266
chr2L	8578592	8578803	chr2L:8578593-8578803	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4319.1,VT4320.1	VT4319.1,VT4320.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0456	0.0454	0.0571	0.0333	0.018	0.0471	0.0571	0.0633	0.018	0.029	0.0994	0.029	0.0395	0.0268	0.0554	0.0268	0.025
chr2L	8579878	8580029	chr2L:8579879-8580029	distal	distal	none	none	VT4320.1	VT4320.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0184	0.0118	0.0197	0.0244	0.0021	0.0165	0.0134	0.014	0.0021	0.0175	0.0206	0.0175	0.0248	0.0551	0.0142	0.0551	0.0177
chr2L	8580239	8580439	chr2L:8580240-8580439	distal	distal	none	none	VT4320.1,VT4321.1	VT4320.1,VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0321	0.0177	0.0269	0.0538	0.0064	0.0248	0.0225	0.016	0.0064	0.0344	0.0254	0.0344	0.0349	0.124	0.0239	0.124	0.0615
chr2L	8580720	8580871	chr2L:8580721-8580871	distal	distal	none	none	VT4321.1	VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0196	0.0143	0.0234	0.0214	0.0053	0.0194	0.0203	0.0133	0.0053	0.026	0.0257	0.026	0.0256	0.0406	0.0155	0.0406	0.0255
chr2L	8581730	8582094	chr2L:8581731-8582094	distal	distal	none	none	VT4321.1	VT4321.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0449	0.0298	0.0575	0.048	0.0074	0.0456	0.0333	0.0346	0.0074	0.0821	0.0672	0.0821	0.0395	0.1041	0.0496	0.1041	0.0354
chr2L	8583042	8583193	chr2L:8583043-8583193	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0188	0.0105	0.0211	0.0258	0.0042	0.0146	0.0112	0.0127	0.0042	0.0217	0.0183	0.0217	0.0318	0.0253	0.0142	0.0253	0.0198
chr2L	8584581	8584732	chr2L:8584582-8584732	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade1	0.0228	0.0202	0.0302	0.0175	0.0095	0.0238	0.0294	0.0187	0.0095	0.032	0.0254	0.032	0.0318	0.0375	0.009	0.0375	0.012
chr2L	8584903	8585054	chr2L:8584904-8585054	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0214	0.0177	0.0313	0.0148	0.0064	0.0136	0.0307	0.0213	0.0064	0.0326	0.0215	0.0326	0.0287	0.0123	0.0077	0.0123	0.0135
chr2L	8585375	8585556	chr2L:8585376-8585556	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0257	0.0226	0.0312	0.0233	0.0095	0.0204	0.0355	0.0253	0.0095	0.0308	0.0193	0.0308	0.0302	0.0299	0.0135	0.0299	0.0162
chr2L	8585973	8586124	chr2L:8585974-8586124	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0195	0.0107	0.0222	0.0265	0.0064	0.0141	0.0143	0.0093	0.0064	0.0236	0.0209	0.0236	0.0294	0.049	0.0155	0.049	0.0266
chr2L	8586192	8586343	chr2L:8586193-8586343	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0188	0.0117	0.0208	0.0245	0.0085	0.015	0.0164	0.01	0.0085	0.0169	0.0193	0.0169	0.0294	0.0337	0.0168	0.0337	0.0302
chr2L	8587956	8588180	chr2L:8587957-8588180	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3	0.0587	0.053	0.067	0.056	0.0392	0.0495	0.0856	0.046	0.0392	0.067	0.0585	0.067	0.0782	0.0406	0.0554	0.0406	0.0459
chr2L	8588325	8588544	chr2L:8588326-8588544	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0467	0.0375	0.0591	0.0432	0.0201	0.0432	0.0497	0.046	0.0201	0.0622	0.0592	0.0622	0.0821	0.0391	0.0438	0.0391	0.049
chr2L	8588639	8588790	chr2L:8588640-8588790	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0232	0.0171	0.0275	0.0253	0.0074	0.0199	0.0242	0.0187	0.0074	0.0302	0.0267	0.0302	0.0403	0.0214	0.0245	0.0214	0.0234
chr2L	8590767	8590918	chr2L:8590768-8590918	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0124	0.0097	0.0142	0.0134	0.0064	0.0087	0.013	0.0147	0.0064	0.0145	0.0135	0.0145	0.0201	0.01	0.0123	0.01	0.0229
chr2L	8592655	8592806	chr2L:8592656-8592806	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.0179	0.0225	0.015	0.0095	0.0223	0.0281	0.014	0.0095	0.0236	0.019	0.0236	0.0263	0.0107	0.0077	0.0107	0.0151
chr2L	8594115	8594266	chr2L:8594116-8594266	FBgn0264437	CR43855	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0177	0.0177	0.0209	0.0141	0.0138	0.0238	0.0221	0.0147	0.0138	0.0187	0.0212	0.0187	0.024	0.0046	0.0174	0.0046	0.0135
chr2L	8601815	8601966	chr2L:8601816-8601966	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0274	0.0209	0.0348	0.0266	0.0138	0.0209	0.0285	0.024	0.0138	0.0356	0.035	0.0356	0.0511	0.0253	0.0264	0.0253	0.037
chr2L	8602544	8602695	chr2L:8602545-8602695	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0144	0.0074	0.0159	0.0206	0.0095	0.0068	0.0095	0.008	0.0095	0.0145	0.0151	0.0145	0.0147	0.0061	0.0058	0.0061	0.0094
chr2L	8602873	8603106	chr2L:8602874-8603106	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0227	0.0135	0.0236	0.0319	0.0074	0.0155	0.019	0.0147	0.0074	0.0242	0.0186	0.0242	0.0279	0.0054	0.0077	0.0054	0.0219
chr2L	8603220	8603371	chr2L:8603221-8603371	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0171	0.014	0.0174	0.0203	0.0032	0.0112	0.0251	0.012	0.0032	0.0205	0.0154	0.0205	0.0178	0.0054	0.0123	0.0054	0.013
chr2L	8607143	8607294	chr2L:8607144-8607294	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0174	0.0135	0.018	0.021	0.0032	0.0165	0.0195	0.0147	0.0032	0.0169	0.0161	0.0169	0.0163	0.01	0.0077	0.01	0.0109
chr2L	8607556	8607707	chr2L:8607557-8607707	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0088	0.0113	0.0202	0.0053	0.0117	0.0125	0.006	0.0053	0.0109	0.0087	0.0109	0.0147	0.0069	0.0058	0.0069	0.012
chr2L	8611288	8611439	chr2L:8611289-8611439	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0165	0.0092	0.0171	0.024	0.0053	0.0131	0.013	0.0067	0.0053	0.0175	0.0141	0.0175	0.0163	0.0123	0.0097	0.0123	0.0162
chr2L	8612192	8612377	chr2L:8612193-8612377	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0465	0.0194	0.0569	0.0655	0.0053	0.0335	0.0195	0.022	0.0053	0.0284	0.0315	0.0284	0.0302	0.0161	0.0161	0.0161	0.0229
chr2L	8612513	8612664	chr2L:8612514-8612664	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0324	0.0181	0.0371	0.0434	0.0064	0.0286	0.0182	0.0213	0.0064	0.0223	0.0203	0.0223	0.0186	0.0077	0.011	0.0077	0.0109
chr2L	8614149	8614300	chr2L:8614150-8614300	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0181	0.0113	0.0217	0.0217	0.0032	0.0146	0.0134	0.014	0.0032	0.0169	0.0225	0.0169	0.0225	0.0084	0.0142	0.0084	0.0328
chr2L	8614729	8614893	chr2L:8614730-8614893	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0232	0.0117	0.035	0.0231	0.0021	0.017	0.0108	0.02	0.0021	0.029	0.035	0.029	0.0263	0.0123	0.0084	0.0123	0.0208
chr2L	8615496	8615751	chr2L:8615497-8615751	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade1	0.0285	0.0127	0.0348	0.0393	0.0053	0.0218	0.0134	0.0113	0.0053	0.0356	0.0299	0.0356	0.0263	0.0413	0.0187	0.0413	0.0391
chr2L	8616229	8616380	chr2L:8616230-8616380	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0204	0.0122	0.0236	0.0259	0.0085	0.0141	0.0169	0.0113	0.0085	0.0217	0.0215	0.0217	0.0271	0.0191	0.0116	0.0191	0.0302
chr2L	8619477	8619628	chr2L:8619478-8619628	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0166	0.01	0.0171	0.0234	0.0021	0.0131	0.0125	0.0113	0.0021	0.0157	0.0135	0.0157	0.0139	0.0107	0.0103	0.0107	0.0261
chr2L	8619705	8619856	chr2L:8619706-8619856	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0178	0.01	0.0174	0.027	0.0021	0.0102	0.0164	0.0107	0.0021	0.0169	0.0138	0.0169	0.0248	0.0184	0.0129	0.0184	0.0375
chr2L	8619872	8620111	chr2L:8619873-8620111	FBgn0051602	tRNA:CR31602	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0335	0.0292	0.0315	0.0405	0.018	0.0325	0.0394	0.0306	0.018	0.0254	0.0318	0.0254	0.0488	0.0352	0.0277	0.0352	0.0563
chr2L	8620634	8620785	chr2L:8620635-8620785	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0115	0.014	0.017	0.0021	0.0131	0.0208	0.0073	0.0021	0.0103	0.0125	0.0103	0.0124	0.0092	0.0103	0.0092	0.0104
chr2L	8622364	8622584	chr2L:8622365-8622584	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade4	0.0244	0.0177	0.0289	0.027	0.0095	0.0175	0.026	0.0207	0.0095	0.0236	0.0293	0.0236	0.0473	0.0138	0.0316	0.0138	0.0255
chr2L	8622648	8622799	chr2L:8622649-8622799	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.016	0.0117	0.0193	0.0173	0.0053	0.0131	0.0151	0.0147	0.0053	0.0157	0.0177	0.0157	0.0263	0.0077	0.0123	0.0077	0.013
chr2L	8624581	8624847	chr2L:8624582-8624847	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0311	0.0253	0.0504	0.0166	0.0106	0.034	0.029	0.028	0.0106	0.0393	0.055	0.0393	0.0906	0.0184	0.0135	0.0184	0.0177
chr2L	8625168	8625409	chr2L:8625169-8625409	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0409	0.029	0.0698	0.0226	0.0085	0.0529	0.0329	0.0213	0.0085	0.0399	0.0768	0.0399	0.1356	0.0138	0.0232	0.0138	0.0219
chr2L	8632778	8632929	chr2L:8632779-8632929	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0173	0.015	0.0181	0.0189	0.0064	0.0199	0.0195	0.0147	0.0064	0.0223	0.0183	0.0223	0.0225	0.0084	0.0084	0.0084	0.0115
chr2L	8633773	8633978	chr2L:8633774-8633978	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.03	0.031	0.0311	0.0277	0.0159	0.0257	0.0554	0.0273	0.0159	0.0362	0.0273	0.0362	0.0279	0.0276	0.0116	0.0276	0.0188
chr2L	8648530	8648681	chr2L:8648531-8648681	distal	distal	none	none	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0086	0.0061	0.0095	0.0104	0.0011	0.0068	0.0104	0.006	0.0011	0.0097	0.008	0.0097	0.0124	0.0031	0.0077	0.0031	0.0083
chr2L	8653331	8653482	chr2L:8653332-8653482	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0136	0.01	0.0126	0.0188	0.0011	0.0155	0.0125	0.0113	0.0011	0.0169	0.01	0.0169	0.0201	0.0161	0.0116	0.0161	0.0354
chr2L	8653718	8653869	chr2L:8653719-8653869	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0183	0.014	0.0174	0.0241	0.0053	0.0155	0.0234	0.0113	0.0053	0.0193	0.0186	0.0193	0.0201	0.0199	0.0168	0.0199	0.038
chr2L	8670408	8670559	chr2L:8670409-8670559	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0153	0.012	0.0181	0.0159	0.0032	0.0165	0.0151	0.01	0.0032	0.0103	0.0164	0.0103	0.0395	0.0176	0.0058	0.0176	0.0276
chr2L	8671509	8671740	chr2L:8671510-8671740	FBgn0001114	Glt	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0284	0.0156	0.0277	0.0434	0.0074	0.0209	0.0234	0.0087	0.0074	0.0284	0.0264	0.0284	0.0449	0.0253	0.0232	0.0253	0.1037
chr2L	8672249	8672400	chr2L:8672250-8672400	FBgn0001114	Glt	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0204	0.0147	0.018	0.0292	0.0127	0.017	0.019	0.0133	0.0127	0.0151	0.018	0.0151	0.0271	0.0176	0.0187	0.0176	0.0646
chr2L	8672617	8672804	chr2L:8672618-8672804	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0288	0.0176	0.0261	0.0441	0.0074	0.0209	0.0268	0.0173	0.0074	0.0223	0.0225	0.0223	0.0542	0.0161	0.0187	0.0161	0.1172
chr2L	8673081	8673232	chr2L:8673082-8673232	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0208	0.0115	0.0187	0.0337	0.0011	0.016	0.0156	0.012	0.0011	0.0223	0.0145	0.0223	0.0349	0.0161	0.0129	0.0161	0.0907
chr2L	8675654	8675852	chr2L:8675655-8675852	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade3	0.0483	0.0774	0.0442	0.0205	0.0551	0.0752	0.1073	0.0799	0.0551	0.0737	0.0412	0.0737	0.038	0.0161	0.0116	0.0161	0.038
chr2L	8679033	8679217	chr2L:8679034-8679217	FBgn0051889	tRNA:CR31889	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.06	0.0779	0.0598	0.0404	0.0615	0.0796	0.0926	0.1026	0.0615	0.0857	0.0582	0.0857	0.072	0.0858	0.0271	0.0858	0.0578
chr2L	8683385	8683562	chr2L:8683386-8683562	FBgn0051888,FBgn0051890	tRNA:CR31888,tRNA:CR31890	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0992	0.1185	0.108	0.068	0.1124	0.1267	0.1319	0.1512	0.1124	0.1486	0.1058	0.1486	0.1317	0.1095	0.0419	0.1095	0.1001
chr2L	8683755	8683953	chr2L:8683756-8683953	FBgn0032058,FBgn0051888,FBgn0051890	CG9289,tRNA:CR31888,tRNA:CR31890	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.114	0.1292	0.1183	0.0922	0.105	0.1432	0.1393	0.1712	0.105	0.1492	0.1296	0.1492	0.134	0.1049	0.0922	0.1049	0.1344
chr2L	8684043	8684194	chr2L:8684044-8684194	FBgn0032058,FBgn0051888	CG9289,tRNA:CR31888	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0431	0.0462	0.0495	0.0327	0.0276	0.0515	0.0571	0.0626	0.0276	0.0495	0.0569	0.0495	0.0558	0.0467	0.0368	0.0467	0.0354
chr2L	8684702	8684853	chr2L:8684703-8684853	FBgn0032058	CG9289	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0319	0.0354	0.0362	0.0233	0.017	0.0359	0.0515	0.0373	0.017	0.058	0.0363	0.058	0.0364	0.0375	0.0277	0.0375	0.0224
chr2L	8684939	8685092	chr2L:8684940-8685092	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.0382	0.0346	0.0473	0.032	0.0233	0.0369	0.0441	0.04	0.0233	0.0888	0.0405	0.0888	0.0519	0.0597	0.0271	0.0597	0.0401
chr2L	8685300	8685546	chr2L:8685301-8685546	FBgn0032059	PrBP	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0464	0.0449	0.0522	0.0416	0.0255	0.0432	0.0623	0.0586	0.0255	0.0658	0.0605	0.0658	0.0565	0.0613	0.0632	0.0613	0.0339
chr2L	8685831	8686030	chr2L:8685832-8686030	FBgn0032059,FBgn0260861	PrBP,Trs23	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3,6to8_Clade3	0.1033	0.1016	0.1141	0.0934	0.0689	0.1165	0.1107	0.1372	0.0689	0.1552	0.119	0.1552	0.1239	0.1401	0.087	0.1401	0.1053
chr2L	8686142	8686321	chr2L:8686143-8686321	FBgn0032059,FBgn0260861	PrBP,Trs23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade3	0.1173	0.1108	0.1348	0.1053	0.0764	0.1296	0.1189	0.1412	0.0764	0.189	0.1399	0.189	0.141	0.1217	0.1019	0.1217	0.1355
chr2L	8686468	8686619	chr2L:8686469-8686619	FBgn0260861	Trs23	stage11,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0366	0.0335	0.0434	0.0327	0.0255	0.0311	0.042	0.0466	0.0255	0.0604	0.0386	0.0604	0.0565	0.0299	0.0271	0.0299	0.0526
chr2L	8690469	8690625	chr2L:8690470-8690625	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.033	0.0436	0.0264	0.0284	0.0212	0.0408	0.0657	0.054	0.0212	0.0362	0.0318	0.0362	0.0186	0.0138	0.049	0.0138	0.0464
chr2L	8691135	8691359	chr2L:8691136-8691359	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0533	0.0228	0.0487	0.0923	0.0074	0.0306	0.0307	0.0227	0.0074	0.0332	0.0527	0.0332	0.1115	0.0467	0.1541	0.0467	0.1668
chr2L	8691583	8691825	chr2L:8691584-8691825	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0712	0.0193	0.0777	0.122	0.0074	0.0398	0.0199	0.0127	0.0074	0.061	0.0907	0.061	0.1596	0.0505	0.2012	0.0505	0.2314
chr2L	8692633	8692784	chr2L:8692634-8692784	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0233	0.0174	0.0256	0.0274	0.0085	0.0214	0.0234	0.0167	0.0085	0.0284	0.0251	0.0284	0.0457	0.0306	0.04	0.0306	0.0323
chr2L	8693043	8693194	chr2L:8693044-8693194	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0149	0.0105	0.0151	0.0195	0.0064	0.0131	0.0134	0.0113	0.0064	0.0187	0.0158	0.0187	0.024	0.0337	0.0174	0.0337	0.0307
chr2L	8694320	8694471	chr2L:8694321-8694471	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade3,6to8_Clade4	0.0183	0.0122	0.0178	0.0258	0.0032	0.0117	0.0238	0.0067	0.0032	0.0157	0.0119	0.0157	0.0457	0.0107	0.0148	0.0107	0.0724
chr2L	8699964	8700188	chr2L:8699965-8700188	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0328	0.0196	0.0303	0.0503	0.0053	0.0243	0.0316	0.0153	0.0053	0.0169	0.0257	0.0169	0.086	0.0406	0.0168	0.0406	0.1344
chr2L	8700791	8700958	chr2L:8700792-8700958	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0264	0.0162	0.0217	0.0429	0.0074	0.0214	0.0229	0.0127	0.0074	0.0193	0.017	0.0193	0.0534	0.0176	0.0193	0.0176	0.1193
chr2L	8701099	8701250	chr2L:8701100-8701250	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0217	0.0128	0.0189	0.0348	0.0074	0.0141	0.0195	0.0113	0.0074	0.0169	0.0161	0.0169	0.0426	0.0191	0.0161	0.0191	0.0948
chr2L	8701713	8702037	chr2L:8701714-8702037	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0395	0.0246	0.0444	0.0507	0.0074	0.0354	0.0342	0.0193	0.0074	0.0543	0.0309	0.0543	0.0976	0.0413	0.0226	0.0413	0.1277
chr2L	8702997	8703170	chr2L:8702998-8703170	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.022	0.0177	0.022	0.0267	0.0074	0.0262	0.0242	0.012	0.0074	0.0181	0.0148	0.0181	0.0604	0.0115	0.0168	0.0115	0.0724
chr2L	8708525	8708679	chr2L:8708526-8708679	FBgn0004914	Hnf4	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0224	0.0125	0.0189	0.0372	0.0064	0.0126	0.0203	0.012	0.0064	0.0139	0.0154	0.0139	0.0527	0.013	0.0374	0.013	0.0902
chr2L	8709001	8709215	chr2L:8709002-8709215	FBgn0004914	Hnf4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0481	0.0257	0.0456	0.076	0.0095	0.032	0.0277	0.0353	0.0095	0.026	0.0531	0.026	0.0945	0.0345	0.0999	0.0345	0.1569
chr2L	8709273	8709427	chr2L:8709274-8709427	FBgn0004914	Hnf4	stage11,stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0314	0.0178	0.0305	0.0476	0.0074	0.0218	0.0199	0.022	0.0074	0.0145	0.0376	0.0145	0.0589	0.0283	0.0664	0.0283	0.0875
chr2L	8709586	8709763	chr2L:8709587-8709763	distal	distal	stage14	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0511	0.0249	0.0482	0.0836	0.0117	0.0286	0.0324	0.0286	0.0117	0.029	0.0489	0.029	0.11	0.075	0.1103	0.075	0.1443
chr2L	8709877	8710047	chr2L:8709878-8710047	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade4	0.0239	0.0147	0.0232	0.0348	0	0.0175	0.0212	0.0187	0	0.0193	0.0225	0.0193	0.0473	0.0306	0.0451	0.0306	0.0578
chr2L	8715593	8715744	chr2L:8715594-8715744	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade3	0.0174	0.0118	0.0171	0.0238	0.0095	0.016	0.0151	0.01	0.0095	0.0151	0.0199	0.0151	0.0248	0.0758	0.0206	0.0758	0.0089
chr2L	8717975	8718243	chr2L:8717976-8718243	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.1002	0.0466	0.1063	0.1535	0.0159	0.0743	0.045	0.054	0.0159	0.0731	0.1251	0.0731	0.1998	0.2167	0.2282	0.2167	0.1605
chr2L	8719751	8719902	chr2L:8719752-8719902	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0187	0.0132	0.0265	0.0163	0.0011	0.0209	0.0156	0.012	0.0011	0.0103	0.0225	0.0103	0.0782	0.0138	0.0135	0.0138	0.036
chr2L	8719977	8720147	chr2L:8719978-8720147	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0222	0.0141	0.0301	0.0227	0.0021	0.0243	0.0151	0.0093	0.0021	0.0175	0.0225	0.0175	0.0937	0.0168	0.0187	0.0168	0.0474
chr2L	8720630	8720781	chr2L:8720631-8720781	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.012	0.0076	0.0107	0.0184	0.0021	0.0107	0.0087	0.0113	0.0021	0.0054	0.0125	0.0054	0.024	0.0161	0.0155	0.0161	0.037
chr2L	8734432	8734625	chr2L:8734433-8734625	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0287	0.0192	0.0316	0.0361	0.0032	0.0272	0.0268	0.0167	0.0032	0.0236	0.0264	0.0236	0.0767	0.0153	0.0181	0.0153	0.0922
chr2L	8734807	8734958	chr2L:8734808-8734958	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0191	0.0147	0.022	0.0209	0.0064	0.016	0.0229	0.0127	0.0064	0.0157	0.0238	0.0157	0.0426	0.0176	0.0193	0.0176	0.0412
chr2L	8735682	8735863	chr2L:8735683-8735863	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.0736	0.0233	0.0708	0.1327	0.0095	0.0354	0.0277	0.022	0.0095	0.0399	0.0871	0.0399	0.1371	0.1922	0.1863	0.1922	0.1876
chr2L	8738383	8738600	chr2L:8738384-8738600	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,2to4_Clade2,6to8_Clade4	0.0358	0.0318	0.0442	0.0312	0.0064	0.065	0.0264	0.0293	0.0064	0.0278	0.0277	0.0278	0.1526	0.0237	0.02	0.0237	0.0714
chr2L	8740026	8740467	chr2L:8740027-8740467	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1895	0.1259	0.2246	0.222	0.0583	0.1806	0.1267	0.1632	0.0583	0.1914	0.2955	0.1914	0.2835	0.2711	0.294	0.2711	0.2335
chr2L	8740584	8740772	chr2L:8740585-8740772	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.1517	0.1305	0.1678	0.1578	0.0838	0.1655	0.1345	0.1759	0.0838	0.192	0.1961	0.192	0.1712	0.1975	0.1605	0.1975	0.1912
chr2L	8740948	8741175	chr2L:8740949-8741175	FBgn0003209	raw	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2,6to8_Clade3	0.0955	0.0968	0.1027	0.0861	0.07	0.1175	0.109	0.1113	0.07	0.1359	0.1135	0.1359	0.0891	0.0888	0.0825	0.0888	0.0985
chr2L	8743250	8743401	chr2L:8743251-8743401	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0178	0.0123	0.0188	0.0228	0.0053	0.0141	0.0177	0.012	0.0053	0.0193	0.0183	0.0193	0.0194	0.0069	0.0142	0.0069	0.012
chr2L	8746219	8746370	chr2L:8746220-8746370	distal	distal	stage14	stage14	none	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0111	0.0046	0.0074	0.0224	0	0.0063	0.0078	0.002	0	0.0042	0.0042	0.0042	0.0039	0.0031	0.0052	0.0031	0.0073
chr2L	8746622	8746774	chr2L:8746623-8746774	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.023	0.0112	0.0222	0.0369	0.0042	0.0117	0.019	0.0107	0.0042	0.0109	0.0141	0.0109	0.0101	0.0031	0.0045	0.0031	0.0104
chr2L	8747644	8747795	chr2L:8747645-8747795	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0155	0.0081	0.0096	0.0301	0.0011	0.0068	0.013	0.0093	0.0011	0.0066	0.0061	0.0066	0.0039	0.0015	0.0058	0.0015	0.0068
chr2L	8753720	8753871	chr2L:8753721-8753871	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0101	0.0143	0.0091	0.0065	0.0053	0.018	0.0216	0.012	0.0053	0.006	0.0087	0.006	0.0015	0.0031	0.0019	0.0031	0.001
chr2L	8754077	8754228	chr2L:8754078-8754228	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0118	0.0143	0.0072	0.0053	0.0126	0.0156	0.0167	0.0053	0.006	0.0109	0.006	0.0046	0.0023	0.0032	0.0023	0.0042
chr2L	8754316	8754467	chr2L:8754317-8754467	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0124	0.013	0.0169	0.007	0.0042	0.0121	0.0199	0.016	0.0042	0.0079	0.0151	0.0079	0.0085	0.0015	0.0045	0.0015	0.0057
chr2L	8759646	8759797	chr2L:8759647-8759797	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0074	0.0066	0.0077	0.0079	0.0042	0.0073	0.0104	0.004	0.0042	0.0066	0.0087	0.0066	0.0015	0.0038	0.0013	0.0038	0.0047
chr2L	8760626	8760777	chr2L:8760627-8760777	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0113	0.0088	0.0176	0.0072	0.0032	0.0112	0.0121	0.0113	0.0032	0.0048	0.01	0.0048	0.0039	0.0015	0.0026	0.0015	0.0031
chr2L	8761612	8761763	chr2L:8761613-8761763	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0132	0.0143	0.0188	0.0058	0.0053	0.0121	0.0169	0.026	0.0053	0.0066	0.018	0.0066	0.0101	0.0038	0.0019	0.0038	0.0031
chr2L	8762629	8762780	chr2L:8762630-8762780	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0132	0.0097	0.0214	0.0081	0.0021	0.0092	0.0151	0.0133	0.0021	0.0127	0.0212	0.0127	0.0093	0.0038	0.0071	0.0038	0.0047
chr2L	8764588	8764739	chr2L:8764589-8764739	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0158	0.016	0.0178	0.0135	0.0095	0.0189	0.0203	0.014	0.0095	0.0175	0.0199	0.0175	0.0085	0.0046	0.0071	0.0046	0.0057
chr2L	8764986	8765137	chr2L:8764987-8765137	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0106	0.0115	0.0117	0.0084	0.0074	0.0073	0.0208	0.012	0.0074	0.0097	0.0116	0.0097	0.007	8e-04	0.0039	8e-04	0.0047
chr2L	8783498	8783649	chr2L:8783499-8783649	distal	distal	none	none	VT4416.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0097	0.009	0.0112	0.0088	0.0021	0.0087	0.0177	0.006	0.0021	0.0079	0.0116	0.0079	0.0062	0.0023	0.0071	0.0023	0.0031
chr2L	8786997	8787198	chr2L:8786998-8787198	distal	distal	none	none	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0149	0.0092	0.0168	0.0192	0.0021	0.0083	0.0169	0.0107	0.0021	0.0115	0.0109	0.0115	0.0046	0.0023	0.0039	0.0023	0.0089
chr2L	8787365	8787667	chr2L:8787366-8787667	distal	distal	stage14	stage14	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0224	0.0145	0.025	0.0283	0.0074	0.0175	0.0182	0.02	0.0074	0.0109	0.0312	0.0109	0.0085	0.0054	0.0097	0.0054	0.0083
chr2L	8787950	8788101	chr2L:8787951-8788101	distal	distal	none	none	VT4419.1	VT4419.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0147	0.013	0.0192	0.0118	0.0095	0.0087	0.0203	0.0133	0.0095	0.0115	0.0244	0.0115	0.0085	0.0046	0.0032	0.0046	0.0047
chr2L	8788441	8788592	chr2L:8788442-8788592	distal	distal	none	none	VT4419.1,VT4420.1	VT4419.1,VT4420.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0159	0.0186	0.0152	0.0136	0.0106	0.0136	0.0242	0.034	0.0106	0.0097	0.0196	0.0097	0.0054	0.0023	0.0058	0.0023	0.0068
chr2L	8789151	8789302	chr2L:8789152-8789302	distal	distal	stage5	stage5	VT4420.1	VT4420.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0226	0.0383	0.0209	0.007	0.0318	0.0243	0.0437	0.0706	0.0318	0.0127	0.0322	0.0127	0.007	0.0031	0.0064	0.0031	5e-04
chr2L	8789311	8789490	chr2L:8789312-8789490	distal	distal	stage5	stage5	VT4420.1	VT4420.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.0291	0.0561	0.0216	0.0071	0.0562	0.0354	0.064	0.0986	0.0562	0.0091	0.0325	0.0091	0.0101	0.0015	0.009	0.0015	0.0026
chr2L	8790549	8790700	chr2L:8790550-8790700	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.014	0.0116	0.0151	0.0155	0.0074	0.0083	0.0186	0.014	0.0074	0.0121	0.0132	0.0121	0.0093	0.0054	0.0071	0.0054	0.0063
chr2L	8790743	8790918	chr2L:8790744-8790918	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0172	0.0127	0.0171	0.0224	0.0053	0.0102	0.019	0.0187	0.0053	0.0127	0.0167	0.0127	0.0054	0.0061	0.0032	0.0061	0.0052
chr2L	8790956	8791120	chr2L:8790957-8791120	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0163	0.0135	0.0145	0.0214	0.0074	0.0097	0.0234	0.016	0.0074	0.0103	0.0151	0.0103	0.0046	0.0054	0.0026	0.0054	0.0057
chr2L	8791835	8791986	chr2L:8791836-8791986	distal	distal	none	none	VT4421.1	VT4421.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0105	0.0086	0.009	0.0143	0.0032	0.0107	0.0112	0.0093	0.0032	0.0109	0.0093	0.0109	0.0054	0.0031	0.0045	0.0031	0.0073
chr2L	8794048	8794199	chr2L:8794049-8794199	distal	distal	stage14	stage14	VT4423.1	VT4423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0168	0.0166	0.0151	0.0189	0.0032	0.0165	0.0234	0.0247	0.0032	0.0091	0.0122	0.0091	0.0062	8e-04	0.0013	8e-04	0.0047
chr2L	8794240	8794433	chr2L:8794241-8794433	distal	distal	stage14	stage14	VT4423.1	VT4423.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0161	0.0175	0.0294	0.0074	0.0136	0.0229	0.0233	0.0074	0.0115	0.0148	0.0115	0.007	0.0015	0.0032	0.0015	0.0078
chr2L	8799116	8799267	chr2L:8799117-8799267	distal	distal	stage14	stage14	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0135	0.0079	0.009	0.0246	0.0074	0.0063	0.0117	0.01	0.0074	0.0048	0.0061	0.0048	0.0085	0.0023	6e-04	0.0023	0.0042
chr2L	8799596	8799747	chr2L:8799597-8799747	distal	distal	none	none	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0107	0.0102	0.0094	0.0128	0.0053	0.0078	0.0186	0.01	0.0053	0.0103	0.0113	0.0103	0.0039	0.0092	6e-04	0.0092	0.0068
chr2L	8800099	8800445	chr2L:8800100-8800445	distal	distal	none	none	VT4426.1	VT4426.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0272	0.031	0.0308	0.0189	0.0064	0.0282	0.0588	0.026	0.0064	0.0284	0.0309	0.0284	0.0101	0.0145	0.0129	0.0145	0.0109
chr2L	8804209	8804462	chr2L:8804210-8804462	distal	distal	none	none	VT4428.1,VT4429.1	VT4428.1,VT4429.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0207	0.0201	0.0178	0.0245	0.0064	0.0238	0.0234	0.0293	0.0064	0.0115	0.0183	0.0115	0.0077	0.0031	0.0064	0.0031	0.0042
chr2L	8808696	8808847	chr2L:8808697-8808847	distal	distal	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0234	0.0237	0.0324	0.0132	0.0053	0.0189	0.0381	0.0313	0.0053	0.0151	0.0595	0.0151	0.0108	0.0046	0.0297	0.0046	0.0125
chr2L	8809095	8809329	chr2L:8809096-8809329	FBgn0261629	CG42712	stage11	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4	0.0429	0.0384	0.0694	0.0188	0.0212	0.0291	0.0506	0.062	0.0212	0.0266	0.109	0.0266	0.0256	0.01	0.0406	0.01	0.0099
chr2L	8809889	8810087	chr2L:8809890-8810087	FBgn0261629	CG42712	stage11,stage14,stage5	none	VT4432.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0963	0.1899	0.0766	0.0134	0.1898	0.1063	0.25	0.3145	0.1898	0.0229	0.1096	0.0229	0.0225	0.0069	0.0226	0.0069	0.0031
chr2L	8811334	8811592	chr2L:8811335-8811592	distal	distal	stage5	stage5	VT4432.1,VT4433.1	VT4433.1	TRUE	TRUE	FALSE	none	0.048	0.1012	0.0313	0.0068	0.0954	0.0393	0.1488	0.1692	0.0954	0.0157	0.045	0.0157	0.0124	0.0046	0.0103	0.0046	0.0036
chr2L	8815737	8815888	chr2L:8815738-8815888	distal	distal	none	none	VT4435.1	VT4435.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.0188	0.0201	0.0244	0.0114	0.0085	0.018	0.0264	0.0313	0.0085	0.0217	0.035	0.0217	0.0186	0.0092	0.0148	0.0092	0.0104
chr2L	8817423	8817615	chr2L:8817424-8817615	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0247	0.025	0.033	0.0153	0.0117	0.0272	0.0337	0.032	0.0117	0.029	0.0453	0.029	0.0132	0.0077	0.0348	0.0077	0.0141
chr2L	8817884	8818057	chr2L:8817885-8818057	distal	distal	none	none	VT4437.1	VT4437.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0226	0.0248	0.0331	0.0085	0.0064	0.0218	0.0272	0.0493	0.0064	0.0272	0.0424	0.0272	0.0178	0.0069	0.0129	0.0069	0.0089
chr2L	8818165	8818444	chr2L:8818166-8818444	distal	distal	none	none	VT4437.1	VT4437.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade1	0.0344	0.0419	0.0451	0.0145	0.0106	0.0456	0.0441	0.072	0.0106	0.0344	0.0518	0.0344	0.0132	0.0077	0.02	0.0077	0.012
chr2L	8822370	8822521	chr2L:8822371-8822521	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade1	0.0405	0.0586	0.0456	0.0148	0.0255	0.0558	0.0497	0.1206	0.0255	0.0314	0.0556	0.0314	0.0341	0.01	0.0155	0.01	0.0156
chr2L	8825346	8825678	chr2L:8825347-8825678	FBgn0029123	SoxN	stage11,stage14,stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.3658	0.3509	0.4225	0.3203	0.3446	0.3942	0.3655	0.4417	0.3446	0.4197	0.5058	0.4197	0.3586	0.2734	0.3843	0.2734	0.3273
chr2L	8832193	8832344	chr2L:8832194-8832344	distal	distal	stage5	stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade3,6to8_Clade2	0.0281	0.0479	0.0236	0.011	0.0286	0.0209	0.0878	0.064	0.0286	0.0145	0.0357	0.0145	0.0201	8e-04	0.029	8e-04	0.0099
chr2L	8832468	8833049	chr2L:8832469-8833049	distal	distal	stage5	stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0944	0.1787	0.0652	0.0323	0.1453	0.0733	0.3218	0.2072	0.1453	0.035	0.0733	0.035	0.0937	0.0084	0.0303	0.0084	0.0672
chr2L	8833098	8833299	chr2L:8833099-8833299	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	VT4442.1	VT4442.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0371	0.0457	0.0405	0.0237	0.0159	0.0505	0.058	0.062	0.0159	0.029	0.0325	0.029	0.0612	0.0069	0.0193	0.0069	0.0547
chr2L	8835142	8835293	chr2L:8835143-8835293	distal	distal	none	none	VT4444.1	VT4444.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0174	0.0196	0.0181	0.0141	0.0106	0.0175	0.0281	0.0247	0.0106	0.0133	0.0215	0.0133	0.0186	0.0061	0.0123	0.0061	0.0271
chr2L	8836138	8836380	chr2L:8836139-8836380	distal	distal	none	none	VT4444.1	VT4444.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.025	0.0239	0.0301	0.0206	0.0095	0.032	0.0285	0.028	0.0095	0.0205	0.0466	0.0205	0.0194	0.0084	0.0535	0.0084	0.013
chr2L	8836814	8836965	chr2L:8836815-8836965	distal	distal	none	none	VT4444.1,VT4445.1	VT4444.1,VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0181	0.0152	0.0277	0.0109	0.0032	0.0165	0.0242	0.0147	0.0032	0.0127	0.0196	0.0127	0.0155	0.0054	0.0116	0.0054	0.0063
chr2L	8837069	8837269	chr2L:8837070-8837269	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0194	0.0191	0.0241	0.0146	0.0064	0.0194	0.0303	0.0187	0.0064	0.0079	0.0135	0.0079	0.0139	0.0023	0.0077	0.0023	0.0021
chr2L	8837454	8837605	chr2L:8837455-8837605	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade3,6to8_Clade1	0.0136	0.0133	0.0159	0.0113	0.0021	0.0112	0.0255	0.0113	0.0021	0.0079	0.0158	0.0079	0.0108	0.0038	0.0077	0.0038	0.0031
chr2L	8838310	8838461	chr2L:8838311-8838461	distal	distal	none	none	VT4445.1	VT4445.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0169	0.0204	0.0155	0.0145	0.0095	0.0126	0.0359	0.0207	0.0095	0.0109	0.0177	0.0109	0.0116	0.0031	0.0123	0.0031	0.0083
chr2L	8840640	8840791	chr2L:8840641-8840791	distal	distal	stage14	stage14	VT4447.1	VT4447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0161	0.0158	0.0155	0.017	0.0064	0.0121	0.0221	0.0266	0.0064	0.0072	0.0238	0.0072	0.0155	0.0054	0.0464	0.0054	0.0099
chr2L	8840935	8841086	chr2L:8840936-8841086	distal	distal	stage14	stage14	VT4447.1	VT4447.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0182	0.0178	0.0222	0.0142	0.0053	0.0199	0.0247	0.0227	0.0053	0.0079	0.035	0.0079	0.0147	0.0015	0.0406	0.0015	0.0104
chr2L	8841443	8841594	chr2L:8841444-8841594	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4	0.0496	0.0889	0.0464	0.0092	0.0647	0.0796	0.0913	0.1606	0.0647	0.0242	0.0646	0.0242	0.0225	0.0031	0.0148	0.0031	0.0063
chr2L	8841690	8842147	chr2L:8841691-8842147	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	SoxN_5830,VT4447.1,VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.1828	0.3633	0.1447	0.0231	0.3659	0.283	0.4537	0.5023	0.3659	0.0803	0.2273	0.0803	0.0418	0.0115	0.0426	0.0115	0.0167
chr2L	8842857	8843086	chr2L:8842858-8843086	distal	distal	none	none	VT4448.1	VT4448.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.036	0.035	0.0492	0.0226	0.0138	0.0383	0.045	0.0486	0.0138	0.0296	0.0698	0.0296	0.0534	0.013	0.0445	0.013	0.0224
chr2L	8843687	8844106	chr2L:8843688-8844106	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4448.1,VT4449.1	VT4448.1,VT4449.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0761	0.0712	0.0989	0.0565	0.0445	0.0733	0.0882	0.0973	0.0445	0.067	0.0878	0.067	0.0689	0.0375	0.0496	0.0375	0.0479
chr2L	8844810	8845003	chr2L:8844811-8845003	distal	distal	none	none	VT4449.1,VT4450.1	VT4449.1,VT4450.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0476	0.0442	0.0596	0.038	0.018	0.0461	0.0528	0.064	0.018	0.0332	0.0656	0.0332	0.0201	0.0107	0.0174	0.0107	0.0099
chr2L	8846089	8846331	chr2L:8846090-8846331	distal	distal	stage5	stage5	VT4450.1	VT4450.1	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0664	0.1332	0.0492	0.0104	0.1304	0.0903	0.2189	0.1359	0.1304	0.029	0.0646	0.029	0.0813	0.0077	0.0174	0.0077	0.0078
chr2L	8846718	8847201	chr2L:8846719-8847201	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4450.1,VT4451.1	VT4450.1,VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.1811	0.2633	0.2093	0.0583	0.2333	0.2087	0.3421	0.3524	0.2333	0.0978	0.4051	0.0978	0.0899	0.0161	0.1999	0.0161	0.0203
chr2L	8847332	8847483	chr2L:8847333-8847483	distal	distal	stage11	stage11	VT4451.1	VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0595	0.072	0.0827	0.0201	0.0308	0.066	0.096	0.1073	0.0308	0.0405	0.1566	0.0405	0.0263	0.0084	0.0619	0.0084	0.0078
chr2L	8848312	8848463	chr2L:8848313-8848463	distal	distal	stage14	stage14	VT4451.1	VT4451.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0174	0.0189	0.0199	0.013	0.0148	0.0141	0.0272	0.0233	0.0148	0.0085	0.0334	0.0085	0.0116	0.0054	0.0419	0.0054	0.0052
chr2L	8849373	8849611	chr2L:8849374-8849611	distal	distal	stage5	stage5	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	6to8_Clade2	0.05	0.1016	0.0324	0.0117	0.0721	0.0791	0.0882	0.2179	0.0721	0.0205	0.0527	0.0205	0.0139	0.0084	0.0206	0.0084	0.0047
chr2L	8849988	8850149	chr2L:8849989-8850149	distal	distal	stage5	stage5	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0263	0.0294	0.0286	0.0205	0.0127	0.032	0.035	0.04	0.0127	0.029	0.0267	0.029	0.0318	0.0054	0.0071	0.0054	0.0177
chr2L	8850242	8850393	chr2L:8850243-8850393	distal	distal	none	none	VT4452.1	VT4452.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade2	0.023	0.0198	0.0296	0.0195	0.0074	0.0306	0.0216	0.0207	0.0074	0.0405	0.0183	0.0405	0.0473	0.0038	0.009	0.0038	0.0214
chr2L	8852056	8852580	chr2L:8852057-8852580	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	VT4454.1	VT4454.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade3	0.1281	0.1415	0.1777	0.0589	0.0657	0.2262	0.1146	0.1759	0.0657	0.3345	0.154	0.3345	0.1836	0.0436	0.0548	0.0436	0.0584
chr2L	8853188	8853339	chr2L:8853189-8853339	distal	distal	none	none	VT4454.1	VT4454.1	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0088	0.005	0.0122	0.0093	0.0011	0.0053	0.0074	0.0053	0.0011	0.0127	0.0113	0.0127	0.0101	0.0031	0.0052	0.0031	0.0042
chr2L	8853942	8854190	chr2L:8853943-8854190	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4454.1,VT4455.1	VT4454.1,VT4455.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0364	0.0282	0.0516	0.029	0.0085	0.0282	0.0316	0.05	0.0085	0.0393	0.0916	0.0393	0.0271	0.0115	0.0819	0.0115	0.0156
chr2L	8854196	8854347	chr2L:8854197-8854347	distal	distal	stage14	stage14	VT4455.1	VT4455.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0282	0.0238	0.0392	0.021	0.0053	0.0277	0.0247	0.044	0.0053	0.0223	0.0704	0.0223	0.0201	0.0069	0.0567	0.0069	0.0135
chr2L	8857480	8857631	chr2L:8857481-8857631	distal	distal	stage11	stage11	VT4457.1	VT4457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0238	0.0121	0.0412	0.0177	0.0032	0.016	0.0164	0.0127	0.0032	0.0236	0.0807	0.0236	0.0101	0.0138	0.0522	0.0138	0.0099
chr2L	8857767	8858181	chr2L:8857768-8858181	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	VT4457.1	VT4457.1	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0626	0.0338	0.106	0.0472	0.0085	0.0417	0.042	0.044	0.0085	0.0519	0.1904	0.0519	0.0496	0.0145	0.1186	0.0145	0.0313
chr2L	8860084	8860261	chr2L:8860085-8860261	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4,6to8_Clade4	0.0205	0.0169	0.0265	0.0178	0.0032	0.0136	0.0277	0.0233	0.0032	0.0157	0.0273	0.0157	0.0581	0.0038	0.0213	0.0038	0.036
chr2L	8860696	8860864	chr2L:8860697-8860864	distal	distal	none	none	VT4459.1	none	FALSE	TRUE	TRUE	10to12_Clade4	0.0158	0.0062	0.0179	0.0242	0.0011	0.0058	0.0082	0.01	0.0011	0.0187	0.0219	0.0187	0.0263	0.0199	0.0148	0.0199	0.0401
chr2L	8861057	8861351	chr2L:8861058-8861351	distal	distal	stage14	stage14	VT4459.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.034	0.0187	0.0421	0.0422	0.0021	0.018	0.0311	0.0193	0.0021	0.0248	0.0605	0.0248	0.0496	0.0268	0.069	0.0268	0.0469
chr2L	8861574	8861725	chr2L:8861575-8861725	distal	distal	none	none	VT4459.1	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0174	0.0165	0.0204	0.015	0.0032	0.0121	0.0234	0.0266	0.0032	0.0139	0.028	0.0139	0.0178	0.0061	0.0226	0.0061	0.012
chr2L	8865969	8866203	chr2L:8865970-8866203	FBgn0052983	CG32983	stage5	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4	0.0325	0.0553	0.0311	0.0086	0.0265	0.0583	0.061	0.0839	0.0265	0.0254	0.0408	0.0254	0.0232	0.0069	0.0077	0.0069	0.0063
chr2L	8866369	8866520	chr2L:8866370-8866520	FBgn0032072	CG9483	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	none	0.0224	0.0274	0.0283	0.0103	0.0106	0.0286	0.0372	0.0393	0.0106	0.0272	0.0334	0.0272	0.024	0.0077	0.0123	0.0077	0.012
chr2L	8868998	8869152	chr2L:8868999-8869152	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0186	0.013	0.024	0.0189	0.0085	0.0083	0.0203	0.0173	0.0085	0.0079	0.0161	0.0079	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0073
chr2L	8870217	8870368	chr2L:8870218-8870368	distal	distal	none	none	VT4465.1	VT4465.1	TRUE	TRUE	FALSE	6to8_Clade1	0.0187	0.0305	0.0174	0.007	0.0148	0.0316	0.0407	0.038	0.0148	0.0115	0.0174	0.0115	0.0077	0.0015	0.0071	0.0015	0.0021
chr2L	8871662	8871919	chr2L:8871663-8871919	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0308	0.0335	0.0406	0.0171	0.0148	0.0335	0.0458	0.0426	0.0148	0.0163	0.0408	0.0163	0.0139	0.0092	0.0123	0.0092	0.0026
chr2L	8872384	8872673	chr2L:8872385-8872673	distal	distal	stage5	stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0682	0.1347	0.0503	0.0136	0.0944	0.0709	0.1687	0.2638	0.0944	0.0169	0.0942	0.0169	0.0163	0.0069	0.0226	0.0069	0.012
chr2L	8874086	8874237	chr2L:8874087-8874237	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1	0.0203	0.0217	0.0301	0.0081	0.0053	0.0272	0.0268	0.032	0.0053	0.0157	0.0444	0.0157	0.0077	0.0015	0.0077	0.0015	0.0052
chr2L	8874799	8875195	chr2L:8874800-8875195	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0443	0.0577	0.0546	0.0181	0.0286	0.0529	0.0804	0.0779	0.0286	0.0393	0.0537	0.0393	0.0225	0.0145	0.0129	0.0145	0.0115
chr2L	8875927	8876197	chr2L:8875928-8876197	distal	distal	stage11,stage5	stage11,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,2to4_Clade4,6to8_Clade2	0.0576	0.1152	0.0447	0.0075	0.0583	0.085	0.0999	0.2771	0.0583	0.0254	0.0768	0.0254	0.0101	0.0046	0.0058	0.0046	0.0042
chr2L	8877575	8877726	chr2L:8877576-8877726	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0156	0.0122	0.0174	0.0175	0.0053	0.0126	0.0151	0.0187	0.0053	0.0103	0.0325	0.0103	0.0077	0.0015	0.0613	0.0015	0.0068
chr2L	8877900	8878051	chr2L:8877901-8878051	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0211	0.0212	0.0261	0.0155	0.017	0.0194	0.0242	0.034	0.017	0.0163	0.045	0.0163	0.0124	0.0061	0.0484	0.0061	0.0057
chr2L	8878336	8878525	chr2L:8878337-8878525	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0417	0.0236	0.0659	0.0355	0.0064	0.032	0.0238	0.0353	0.0064	0.0417	0.1228	0.0417	0.0225	0.0245	0.1122	0.0245	0.0125
chr2L	8878641	8878792	chr2L:8878642-8878792	distal	distal	stage11,stage14	stage11,stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0198	0.0424	0.0298	0.0095	0.0218	0.0221	0.034	0.0095	0.0278	0.0797	0.0278	0.0085	0.0138	0.0974	0.0138	0.012
chr2L	8879301	8879452	chr2L:8879302-8879452	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0184	0.012	0.0212	0.0226	0.0032	0.0126	0.016	0.0187	0.0032	0.0079	0.0383	0.0079	0.0132	0.0031	0.0722	0.0031	0.0089
chr2L	8879593	8879787	chr2L:8879594-8879787	distal	distal	stage14	stage14	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0306	0.0237	0.0405	0.0276	0.0032	0.0223	0.032	0.0386	0.0032	0.0151	0.0746	0.0151	0.0163	0.0069	0.0916	0.0069	0.0125
chr2L	8882431	8882582	chr2L:8882432-8882582	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0212	0.0177	0.0296	0.016	0.0064	0.016	0.0225	0.0313	0.0064	0.0151	0.0563	0.0151	0.0101	0.0077	0.0522	0.0077	0.0057
chr2L	8884292	8884462	chr2L:8884293-8884462	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade1,6to8_Clade1	0.0273	0.0156	0.0275	0.0401	0.0074	0.0121	0.0221	0.0247	0.0074	0.0121	0.0177	0.0121	0.0132	0.0038	0.0123	0.0038	0.0068
chr2L	8885113	8885264	chr2L:8885114-8885264	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0183	0.0174	0.026	0.0107	0.0064	0.0204	0.0199	0.026	0.0064	0.0145	0.0453	0.0145	0.0116	0.0054	0.0239	0.0054	0.0057
chr2L	8885353	8885504	chr2L:8885354-8885504	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0162	0.0135	0.026	0.0085	0.0074	0.017	0.0147	0.0167	0.0074	0.0127	0.0444	0.0127	0.0147	0.0046	0.0168	0.0046	0.0063
chr2L	8887652	8887803	chr2L:8887653-8887803	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0197	0.0146	0.0302	0.0139	0.0106	0.0165	0.0199	0.016	0.0106	0.0193	0.045	0.0193	0.0318	0.0069	0.0309	0.0069	0.0104
chr2L	8888404	8888597	chr2L:8888405-8888597	distal	distal	stage11	stage11	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2,6to8_Clade2	0.0642	0.0469	0.0893	0.0558	0.0159	0.0544	0.0532	0.0753	0.0159	0.055	0.1392	0.055	0.0658	0.0444	0.1154	0.0444	0.0438
chr2L	8888666	8888870	chr2L:8888667-8888870	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1191	0.112	0.1249	0.1206	0.087	0.1374	0.1189	0.1406	0.087	0.1232	0.1489	0.1232	0.117	0.1286	0.1393	0.1286	0.1313
chr2L	8888944	8889156	chr2L:8888945-8889156	distal	distal	stage11,stage14,stage5	stage11,stage14,stage5	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	2to4_Clade2	0.1094	0.1014	0.1176	0.1092	0.0689	0.1228	0.1146	0.1233	0.0689	0.1304	0.1315	0.1304	0.1092	0.1179	0.1193	0.1179	0.1318
chr2L	8889311	8889547	chr2L:8889312-8889547	distal	distal	none	none	none	none	TRUE	TRUE	TRUE	10to12_Clade2	0.0348	0.0305